bin/jalview/analysis/AlignmentUtils.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.AlignmentUtils", ["jalview.analysis.CodonComparator", "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame", "$.Alignment", "$.AlignmentAnnotation", "$.DBRefEntry", "$.DBRefSource", "$.FeatureProperties", "$.SearchResults", "$.Sequence", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.DBRefUtils", "$.MapList", "$.MappingUtils", "java.lang.StringBuilder", "java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.HashMap", "$.HashSet", "$.LinkedHashMap", "$.LinkedHashSet", "$.TreeMap"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "AlignmentUtils");
   4 c$.expandContext = Clazz.defineMethod (c$, "expandContext",
   5 function (core, flankSize) {
   6 var sq =  new java.util.ArrayList ();
   7 var maxoffset = 0;
   8 for (var s, $s = core.getSequences ().iterator (); $s.hasNext () && ((s = $s.next ()) || true);) {
   9 var newSeq = s.deriveSequence ();
  10 var newSeqStart = newSeq.getStart () - 1;
  11 if (newSeqStart > maxoffset && newSeq.getDatasetSequence ().getStart () < s.getStart ()) {
  12 maxoffset = newSeqStart;
  13 }sq.add (newSeq);
  14 }
  15 if (flankSize > -1) {
  16 maxoffset = Math.min (maxoffset, flankSize);
  17 }for (var s, $s = sq.iterator (); $s.hasNext () && ((s = $s.next ()) || true);) {
  18 var ds = s;
  19 while (ds.getDatasetSequence () != null) {
  20 ds = ds.getDatasetSequence ();
  21 }
  22 var s_end = s.findPosition (s.getStart () + s.getLength ());
  23 var ustream_ds = s.getStart () - ds.getStart ();
  24 var dstream_ds = ds.getEnd () - s_end;
  25 var offset = maxoffset - ustream_ds;
  26 if (flankSize >= 0) {
  27 if (flankSize < ustream_ds) {
  28 offset = maxoffset - flankSize;
  29 ustream_ds = flankSize;
  30 }if (flankSize <= dstream_ds) {
  31 dstream_ds = flankSize - 1;
  32 }}var upstream =  String.instantialize (ds.getSequence (s.getStart () - 1 - ustream_ds, s.getStart () - 1)).toLowerCase ().toCharArray ();
  33 var downstream =  String.instantialize (ds.getSequence (s_end - 1, s_end + dstream_ds)).toLowerCase ().toCharArray ();
  34 var coreseq = s.getSequence ();
  35 var nseq =  Clazz.newCharArray (offset + upstream.length + downstream.length + coreseq.length, '\0');
  36 var c = core.getGapCharacter ();
  37 var p = 0;
  38 for (; p < offset; p++) {
  39 nseq[p] = c;
  40 }
  41 System.arraycopy (upstream, 0, nseq, p, upstream.length);
  42 System.arraycopy (coreseq, 0, nseq, p + upstream.length, coreseq.length);
  43 System.arraycopy (downstream, 0, nseq, p + coreseq.length + upstream.length, downstream.length);
  44 s.setSequence ( String.instantialize (nseq));
  45 s.setStart (s.getStart () - ustream_ds);
  46 s.setEnd (s_end + downstream.length);
  47 }
  48 var newAl =  new jalview.datamodel.Alignment (sq.toArray ( new Array (0)));
  49 for (var s, $s = sq.iterator (); $s.hasNext () && ((s = $s.next ()) || true);) {
  50 if (s.getAnnotation () != null) {
  51 for (var aa, $aa = 0, $$aa = s.getAnnotation (); $aa < $$aa.length && ((aa = $$aa[$aa]) || true); $aa++) {
  52 aa.adjustForAlignment ();
  53 newAl.addAnnotation (aa);
  54 }
  55 }}
  56 newAl.setDataset (core.getDataset ());
  57 return newAl;
  58 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~N");
  59 c$.getSequenceIndex = Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceIndex",
  60 function (al, seq) {
  61 var result = -1;
  62 var pos = 0;
  63 for (var alSeq, $alSeq = al.getSequences ().iterator (); $alSeq.hasNext () && ((alSeq = $alSeq.next ()) || true);) {
  64 if (alSeq === seq) {
  65 result = pos;
  66 break;
  67 }pos++;
  68 }
  69 return result;
  70 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceI");
  71 c$.getSequencesByName = Clazz.defineMethod (c$, "getSequencesByName",
  72 function (al) {
  73 var theMap =  new java.util.LinkedHashMap ();
  74 for (var seq, $seq = al.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
  75 var name = seq.getName ();
  76 if (name != null) {
  77 var seqs = theMap.get (name);
  78 if (seqs == null) {
  79 seqs =  new java.util.ArrayList ();
  80 theMap.put (name, seqs);
  81 }seqs.add (seq);
  82 }}
  83 return theMap;
  84 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
  85 c$.mapProteinToCdna = Clazz.defineMethod (c$, "mapProteinToCdna",
  86 function (proteinAlignment, cdnaAlignment) {
  87 if (proteinAlignment == null || cdnaAlignment == null) {
  88 return false;
  89 }var mappedDna =  new java.util.HashSet ();
  90 var mappedProtein =  new java.util.HashSet ();
  91 var mappingPerformed = jalview.analysis.AlignmentUtils.mapProteinToCdna (proteinAlignment, cdnaAlignment, mappedDna, mappedProtein, true);
  92 mappingPerformed = new Boolean (mappingPerformed | jalview.analysis.AlignmentUtils.mapProteinToCdna (proteinAlignment, cdnaAlignment, mappedDna, mappedProtein, false)).valueOf ();
  93 return mappingPerformed;
  94 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignmentI");
  95 c$.mapProteinToCdna = Clazz.defineMethod (c$, "mapProteinToCdna",
  96 function (proteinAlignment, cdnaAlignment, mappedDna, mappedProtein, xrefsOnly) {
  97 var mappingPerformed = false;
  98 var thisSeqs = proteinAlignment.getSequences ();
  99 for (var aaSeq, $aaSeq = thisSeqs.iterator (); $aaSeq.hasNext () && ((aaSeq = $aaSeq.next ()) || true);) {
 100 var proteinMapped = false;
 101 var acf =  new jalview.datamodel.AlignedCodonFrame ();
 102 for (var cdnaSeq, $cdnaSeq = cdnaAlignment.getSequences ().iterator (); $cdnaSeq.hasNext () && ((cdnaSeq = $cdnaSeq.next ()) || true);) {
 103 if (xrefsOnly && !jalview.analysis.AlignmentUtils.haveCrossRef (aaSeq, cdnaSeq)) {
 104 continue;
 105 }if (!xrefsOnly && (mappedProtein.contains (aaSeq) || mappedDna.contains (cdnaSeq))) {
 106 continue;
 107 }if (!jalview.analysis.AlignmentUtils.mappingExists (proteinAlignment.getCodonFrames (), aaSeq.getDatasetSequence (), cdnaSeq.getDatasetSequence ())) {
 108 var map = jalview.analysis.AlignmentUtils.mapProteinToCdna (aaSeq, cdnaSeq);
 109 if (map != null) {
 110 acf.addMap (cdnaSeq, aaSeq, map);
 111 mappingPerformed = true;
 112 proteinMapped = true;
 113 mappedDna.add (cdnaSeq);
 114 mappedProtein.add (aaSeq);
 115 }}}
 116 if (proteinMapped) {
 117 proteinAlignment.addCodonFrame (acf);
 118 }}
 119 return mappingPerformed;
 120 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Set,java.util.Set,~B");
 121 c$.mappingExists = Clazz.defineMethod (c$, "mappingExists",
 122 function (set, aaSeq, cdnaSeq) {
 123 if (set != null) {
 124 for (var acf, $acf = set.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {
 125 if (cdnaSeq === acf.getDnaForAaSeq (aaSeq)) {
 126 return true;
 127 }}
 128 }return false;
 129 }, "java.util.Set,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");
 130 c$.mapProteinToCdna = Clazz.defineMethod (c$, "mapProteinToCdna",
 131 function (proteinSeq, cdnaSeq) {
 132 var proteinDataset = proteinSeq.getDatasetSequence ();
 133 var aaSeqChars = proteinDataset != null ? proteinDataset.getSequence () : proteinSeq.getSequence ();
 134 var cdnaDataset = cdnaSeq.getDatasetSequence ();
 135 var cdnaSeqChars = cdnaDataset != null ? cdnaDataset.getSequence () : cdnaSeq.getSequence ();
 136 if (aaSeqChars == null || cdnaSeqChars == null) {
 137 return null;
 138 }var mappedLength = 3 * aaSeqChars.length;
 139 var cdnaLength = cdnaSeqChars.length;
 140 var cdnaStart = 1;
 141 var cdnaEnd = cdnaLength;
 142 var proteinStart = 1;
 143 var proteinEnd = aaSeqChars.length;
 144 if (cdnaLength != mappedLength && cdnaLength > 2) {
 145 var lastCodon = String.valueOf (cdnaSeqChars, cdnaLength - 3, 3).toUpperCase ();
 146 for (var stop, $stop = jalview.schemes.ResidueProperties.STOP.iterator (); $stop.hasNext () && ((stop = $stop.next ()) || true);) {
 147 if (lastCodon.equals (stop)) {
 148 cdnaEnd -= 3;
 149 cdnaLength -= 3;
 150 break;
 151 }}
 152 }if (cdnaLength != mappedLength && cdnaLength > 2 && String.valueOf (cdnaSeqChars, 0, 3).toUpperCase ().equals (jalview.schemes.ResidueProperties.START)) {
 153 cdnaStart += 3;
 154 cdnaLength -= 3;
 155 }if (cdnaLength != mappedLength) {
 156 return null;
 157 }if (!jalview.analysis.AlignmentUtils.translatesAs (cdnaSeqChars, cdnaStart - 1, aaSeqChars)) {
 158 return null;
 159 }var map =  new jalview.util.MapList ( Clazz.newIntArray (-1, [cdnaStart, cdnaEnd]),  Clazz.newIntArray (-1, [1, proteinEnd]), 3, 1);
 160 return map;
 161 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");
 162 c$.translatesAs = Clazz.defineMethod (c$, "translatesAs",
 163 function (cdnaSeqChars, cdnaStart, aaSeqChars) {
 164 var aaResidue = 0;
 165 for (var i = cdnaStart; i < cdnaSeqChars.length - 2 && aaResidue < aaSeqChars.length; i += 3, aaResidue++) {
 166 var codon = String.valueOf (cdnaSeqChars, i, 3);
 167 var translated = jalview.schemes.ResidueProperties.codonTranslate (codon);
 168 var aaRes = aaSeqChars[aaResidue];
 169 if ((translated == null || "STOP".equals (translated)) && aaRes == 'X') {
 170 continue;
 171 }if (translated == null || !(aaRes == translated.charAt (0))) {
 172 return false;
 173 }}
 174 return (aaResidue == aaSeqChars.length);
 175 }, "~A,~N,~A");
 176 c$.alignSequenceAs = Clazz.defineMethod (c$, "alignSequenceAs",
 177 function (seq, al, gap, preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps) {
 178 var mappings = al.getCodonFrame (seq);
 179 if (mappings == null || mappings.isEmpty ()) {
 180 return false;
 181 }var alignFrom = null;
 182 var mapping = null;
 183 for (var mp, $mp = mappings.iterator (); $mp.hasNext () && ((mp = $mp.next ()) || true);) {
 184 alignFrom = mp.findAlignedSequence (seq.getDatasetSequence (), al);
 185 if (alignFrom != null) {
 186 mapping = mp;
 187 break;
 188 }}
 189 if (alignFrom == null) {
 190 return false;
 191 }jalview.analysis.AlignmentUtils.alignSequenceAs (seq, alignFrom, mapping, gap, al.getGapCharacter (), preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps);
 192 return true;
 193 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.AlignmentI,~S,~B,~B");
 194 c$.alignSequenceAs = Clazz.defineMethod (c$, "alignSequenceAs",
 195 function (alignTo, alignFrom, mapping, myGap, sourceGap, preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps) {
 196 var thisSeq = alignTo.getSequence ();
 197 var thatAligned = alignFrom.getSequence ();
 198 var thisAligned =  new StringBuilder (2 * thisSeq.length);
 199 var thisSeqPos = 0;
 200 var sourceDsPos = 0;
 201 var basesWritten = 0;
 202 var myGapChar = myGap.charAt (0);
 203 var ratio = myGap.length;
 204 var sourceGapMappedLength = 0;
 205 var inExon = false;
 206 for (var sourceChar, $sourceChar = 0, $$sourceChar = thatAligned; $sourceChar < $$sourceChar.length && ((sourceChar = $$sourceChar[$sourceChar]) || true); $sourceChar++) {
 207 if (sourceChar == sourceGap) {
 208 sourceGapMappedLength += ratio;
 209 continue;
 210 }sourceDsPos++;
 211 var mappedPos = mapping.getMappedRegion (alignTo, alignFrom, sourceDsPos);
 212 if (mappedPos == null) {
 213 System.err.println ("Can't align: no codon mapping to residue " + sourceDsPos + "(" + sourceChar + ")");
 214 return;
 215 }var mappedCodonStart = mappedPos[0];
 216 var mappedCodonEnd = mappedPos[mappedPos.length - 1];
 217 var trailingCopiedGap =  new StringBuilder ();
 218 var intronLength = 0;
 219 while (basesWritten < mappedCodonEnd && thisSeqPos < thisSeq.length) {
 220 var c = thisSeq[thisSeqPos++];
 221 if (c != myGapChar) {
 222 basesWritten++;
 223 if (basesWritten < mappedCodonStart) {
 224 if (preserveUnmappedGaps && trailingCopiedGap.length () > 0) {
 225 thisAligned.append (trailingCopiedGap.toString ());
 226 intronLength += trailingCopiedGap.length ();
 227 trailingCopiedGap =  new StringBuilder ();
 228 }intronLength++;
 229 inExon = false;
 230 } else {
 231 var startOfCodon = basesWritten == mappedCodonStart;
 232 var gapsToAdd = jalview.analysis.AlignmentUtils.calculateGapsToInsert (preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps, sourceGapMappedLength, inExon, trailingCopiedGap.length (), intronLength, startOfCodon);
 233 for (var i = 0; i < gapsToAdd; i++) {
 234 thisAligned.append (myGapChar);
 235 }
 236 sourceGapMappedLength = 0;
 237 inExon = true;
 238 }thisAligned.append (c);
 239 trailingCopiedGap =  new StringBuilder ();
 240 } else {
 241 if (inExon && preserveMappedGaps) {
 242 trailingCopiedGap.append (myGapChar);
 243 } else if (!inExon && preserveUnmappedGaps) {
 244 trailingCopiedGap.append (myGapChar);
 245 }}}
 246 }
 247 while (thisSeqPos < thisSeq.length) {
 248 var c = thisSeq[thisSeqPos++];
 249 if (c != myGapChar || preserveUnmappedGaps) {
 250 thisAligned.append (c);
 251 }}
 252 alignTo.setSequence ( String.instantialize (thisAligned));
 253 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.AlignedCodonFrame,~S,~S,~B,~B");
 254 c$.calculateGapsToInsert = Clazz.defineMethod (c$, "calculateGapsToInsert",
 255 function (preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps, sourceGapMappedLength, inExon, trailingGapLength, intronLength, startOfCodon) {
 256 var gapsToAdd = 0;
 257 if (startOfCodon) {
 258 if (inExon && !preserveMappedGaps) {
 259 trailingGapLength = 0;
 260 }if (!inExon && !(preserveMappedGaps && preserveUnmappedGaps)) {
 261 trailingGapLength = 0;
 262 }if (inExon) {
 263 gapsToAdd = Math.max (sourceGapMappedLength, trailingGapLength);
 264 } else {
 265 if (intronLength + trailingGapLength <= sourceGapMappedLength) {
 266 gapsToAdd = sourceGapMappedLength - intronLength;
 267 } else {
 268 gapsToAdd = Math.min (intronLength + trailingGapLength - sourceGapMappedLength, trailingGapLength);
 269 }}} else {
 270 if (!preserveMappedGaps) {
 271 trailingGapLength = 0;
 272 }gapsToAdd = Math.max (sourceGapMappedLength, trailingGapLength);
 273 }return gapsToAdd;
 274 }, "~B,~B,~N,~B,~N,~N,~B");
 275 c$.getAlignedTranslation = Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedTranslation",
 276 function (sequences, gapCharacter, mappings) {
 277 var alignedSeqs =  new java.util.ArrayList ();
 278 for (var seq, $seq = sequences.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 279 var mapped = jalview.analysis.AlignmentUtils.getAlignedTranslation (seq, gapCharacter, mappings);
 280 alignedSeqs.addAll (mapped);
 281 }
 282 return alignedSeqs;
 283 }, "java.util.List,~S,java.util.Set");
 284 c$.getAlignedTranslation = Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedTranslation",
 285 function (seq, gapCharacter, mappings) {
 286 var result =  new java.util.ArrayList ();
 287 for (var mapping, $mapping = mappings.iterator (); $mapping.hasNext () && ((mapping = $mapping.next ()) || true);) {
 288 if (mapping.involvesSequence (seq)) {
 289 var mapped = jalview.analysis.AlignmentUtils.getAlignedTranslation (seq, gapCharacter, mapping);
 290 if (mapped != null) {
 291 result.add (mapped);
 292 }}}
 293 return result;
 294 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,java.util.Set");
 295 c$.getAlignedTranslation = Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedTranslation",
 296 function (seq, gapCharacter, mapping) {
 297 var gap = String.valueOf (gapCharacter);
 298 var toDna = false;
 299 var fromRatio = 1;
 300 var mapTo = mapping.getDnaForAaSeq (seq);
 301 if (mapTo != null) {
 302 toDna = true;
 303 gap = String.valueOf ( Clazz.newCharArray (-1, [gapCharacter, gapCharacter, gapCharacter]));
 304 } else {
 305 mapTo = mapping.getAaForDnaSeq (seq);
 306 fromRatio = 3;
 307 }var newseq =  new StringBuilder (seq.getLength () * (toDna ? 3 : 1));
 308 var residueNo = 0;
 309 var phrase =  Clazz.newIntArray (fromRatio, 0);
 310 var phraseOffset = 0;
 311 var gapWidth = 0;
 312 var first = true;
 313 var alignedSeq =  new jalview.datamodel.Sequence ("", "");
 314 for (var c, $c = 0, $$c = seq.getSequence (); $c < $$c.length && ((c = $$c[$c]) || true); $c++) {
 315 if (c == gapCharacter) {
 316 gapWidth++;
 317 if (gapWidth >= fromRatio) {
 318 newseq.append (gap);
 319 gapWidth = 0;
 320 }} else {
 321 phrase[phraseOffset++] = residueNo + 1;
 322 if (phraseOffset == fromRatio) {
 323 var sr =  new jalview.datamodel.SearchResults ();
 324 for (var pos, $pos = 0, $$pos = phrase; $pos < $$pos.length && ((pos = $$pos[$pos]) || true); $pos++) {
 325 mapping.markMappedRegion (seq, pos, sr);
 326 }
 327 newseq.append (sr.toString ());
 328 if (first) {
 329 first = false;
 330 var mappedTo = sr.getResultSequence (0);
 331 alignedSeq.setName (mappedTo.getName ());
 332 alignedSeq.setDescription (mappedTo.getDescription ());
 333 alignedSeq.setDatasetSequence (mappedTo);
 334 }phraseOffset = 0;
 335 }residueNo++;
 336 }}
 337 alignedSeq.setSequence (newseq.toString ());
 338 return alignedSeq;
 339 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");
 340 c$.alignProteinAsDna = Clazz.defineMethod (c$, "alignProteinAsDna",
 341 function (protein, dna) {
 342 var mappings = protein.getCodonFrames ();
 343 var alignedCodons =  new java.util.TreeMap ( new jalview.analysis.CodonComparator ());
 344 for (var dnaSeq, $dnaSeq = dna.getSequences ().iterator (); $dnaSeq.hasNext () && ((dnaSeq = $dnaSeq.next ()) || true);) {
 345 for (var mapping, $mapping = mappings.iterator (); $mapping.hasNext () && ((mapping = $mapping.next ()) || true);) {
 346 var seqMap = mapping.getMappingForSequence (dnaSeq);
 347 var prot = mapping.findAlignedSequence (dnaSeq.getDatasetSequence (), protein);
 348 if (prot != null) {
 349 jalview.analysis.AlignmentUtils.addCodonPositions (dnaSeq, prot, protein.getGapCharacter (), seqMap, alignedCodons);
 350 }}
 351 }
 352 return jalview.analysis.AlignmentUtils.alignProteinAs (protein, alignedCodons);
 353 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignmentI");
 354 c$.alignProteinAs = Clazz.defineMethod (c$, "alignProteinAs",
 355 function (protein, alignedCodons) {
 356 var alignedWidth = alignedCodons.size ();
 357 var gaps =  Clazz.newCharArray (alignedWidth, '\0');
 358 java.util.Arrays.fill (gaps, protein.getGapCharacter ());
 359 var allGaps = String.valueOf (gaps);
 360 for (var seq, $seq = protein.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 361 seq.setSequence (allGaps);
 362 }
 363 var column = 0;
 364 for (var codon, $codon = alignedCodons.keySet ().iterator (); $codon.hasNext () && ((codon = $codon.next ()) || true);) {
 365 var columnResidues = alignedCodons.get (codon);
 366 for (var entry, $entry = columnResidues.entrySet ().iterator (); $entry.hasNext () && ((entry = $entry.next ()) || true);) {
 367 entry.getKey ().getSequence ()[column] = entry.getValue ().charAt (0);
 368 }
 369 column++;
 370 }
 371 return 0;
 372 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Map");
 373 c$.addCodonPositions = Clazz.defineMethod (c$, "addCodonPositions",
 374 function (dna, protein, gapChar, seqMap, alignedCodons) {
 375 var codons = seqMap.getCodonIterator (dna, gapChar);
 376 while (codons.hasNext ()) {
 377 var codon = codons.next ();
 378 var seqProduct = alignedCodons.get (codon);
 379 if (seqProduct == null) {
 380 seqProduct =  new java.util.HashMap ();
 381 alignedCodons.put (codon, seqProduct);
 382 }seqProduct.put (protein, codon.product);
 383 }
 384 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.datamodel.Mapping,java.util.Map");
 385 c$.isMappable = Clazz.defineMethod (c$, "isMappable",
 386 function (al1, al2) {
 387 if (al1.isNucleotide () == al2.isNucleotide ()) {
 388 return false;
 389 }var dna = al1.isNucleotide () ? al1 : al2;
 390 var protein = dna === al1 ? al2 : al1;
 391 var mappings = protein.getCodonFrames ();
 392 for (var dnaSeq, $dnaSeq = dna.getSequences ().iterator (); $dnaSeq.hasNext () && ((dnaSeq = $dnaSeq.next ()) || true);) {
 393 for (var proteinSeq, $proteinSeq = protein.getSequences ().iterator (); $proteinSeq.hasNext () && ((proteinSeq = $proteinSeq.next ()) || true);) {
 394 if (jalview.analysis.AlignmentUtils.isMappable (dnaSeq, proteinSeq, mappings)) {
 395 return true;
 396 }}
 397 }
 398 return false;
 399 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignmentI");
 400 c$.isMappable = Clazz.defineMethod (c$, "isMappable",
 401 function (dnaSeq, proteinSeq, mappings) {
 402 var dnaDs = dnaSeq.getDatasetSequence () == null ? dnaSeq : dnaSeq.getDatasetSequence ();
 403 var proteinDs = proteinSeq.getDatasetSequence () == null ? proteinSeq : proteinSeq.getDatasetSequence ();
 404 for (var mapping, $mapping = mappings.iterator (); $mapping.hasNext () && ((mapping = $mapping.next ()) || true);) {
 405 if (proteinDs === mapping.getAaForDnaSeq (dnaDs)) {
 406 return true;
 407 }}
 408 return jalview.analysis.AlignmentUtils.mapProteinToCdna (proteinDs, dnaDs) != null;
 409 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,java.util.Set");
 410 c$.findAddableReferenceAnnotations = Clazz.defineMethod (c$, "findAddableReferenceAnnotations",
 411 function (sequenceScope, labelForCalcId, candidates, al) {
 412 if (sequenceScope == null) {
 413 return;
 414 }for (var seq, $seq = sequenceScope.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 415 var dataset = seq.getDatasetSequence ();
 416 if (dataset == null) {
 417 continue;
 418 }var datasetAnnotations = dataset.getAnnotation ();
 419 if (datasetAnnotations == null) {
 420 continue;
 421 }var result =  new java.util.ArrayList ();
 422 for (var dsann, $dsann = 0, $$dsann = datasetAnnotations; $dsann < $$dsann.length && ((dsann = $$dsann[$dsann]) || true); $dsann++) {
 423 var matchedAlignmentAnnotations = al.findAnnotations (seq, dsann.getCalcId (), dsann.label);
 424 if (!matchedAlignmentAnnotations.iterator ().hasNext ()) {
 425 result.add (dsann);
 426 if (labelForCalcId != null) {
 427 labelForCalcId.put (dsann.getCalcId (), dsann.label);
 428 }}}
 429 if (!result.isEmpty ()) {
 430 candidates.put (seq, result);
 431 }}
 432 }, "java.util.List,java.util.Map,java.util.Map,jalview.datamodel.AlignmentI");
 433 c$.addReferenceAnnotations = Clazz.defineMethod (c$, "addReferenceAnnotations",
 434 function (annotations, alignment, selectionGroup) {
 435 for (var seq, $seq = annotations.keySet ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 436 for (var ann, $ann = annotations.get (seq).iterator (); $ann.hasNext () && ((ann = $ann.next ()) || true);) {
 437 var copyAnn =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (ann);
 438 var startRes = 0;
 439 var endRes = ann.annotations.length;
 440 if (selectionGroup != null) {
 441 startRes = selectionGroup.getStartRes ();
 442 endRes = selectionGroup.getEndRes ();
 443 }copyAnn.restrict (startRes, endRes);
 444 if (!seq.hasAnnotation (ann)) {
 445 seq.addAlignmentAnnotation (copyAnn);
 446 }copyAnn.adjustForAlignment ();
 447 alignment.addAnnotation (copyAnn);
 448 copyAnn.visible = true;
 449 }
 450 }
 451 }, "java.util.Map,jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceGroup");
 452 c$.showOrHideSequenceAnnotations = Clazz.defineMethod (c$, "showOrHideSequenceAnnotations",
 453 function (al, types, forSequences, anyType, doShow) {
 454 for (var aa, $aa = 0, $$aa = al.getAlignmentAnnotation (); $aa < $$aa.length && ((aa = $$aa[$aa]) || true); $aa++) {
 455 if (anyType || types.contains (aa.label)) {
 456 if ((aa.sequenceRef != null) && (forSequences == null || forSequences.contains (aa.sequenceRef))) {
 457 aa.visible = doShow;
 458 }}}
 459 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Collection,java.util.List,~B,~B");
 460 c$.haveCrossRef = Clazz.defineMethod (c$, "haveCrossRef",
 461 function (seq1, seq2) {
 462 return jalview.analysis.AlignmentUtils.hasCrossRef (seq1, seq2) || jalview.analysis.AlignmentUtils.hasCrossRef (seq2, seq1);
 463 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");
 464 c$.hasCrossRef = Clazz.defineMethod (c$, "hasCrossRef",
 465 function (seq1, seq2) {
 466 if (seq1 == null || seq2 == null) {
 467 return false;
 468 }var name = seq2.getName ();
 469 var xrefs = seq1.getDBRef ();
 470 if (xrefs != null) {
 471 for (var xref, $xref = 0, $$xref = xrefs; $xref < $$xref.length && ((xref = $$xref[$xref]) || true); $xref++) {
 472 var xrefName = xref.getSource () + "|" + xref.getAccessionId ();
 473 if (xrefName.equalsIgnoreCase (name)) {
 474 return true;
 475 }}
 476 }return false;
 477 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");
 478 c$.makeExonAlignment = Clazz.defineMethod (c$, "makeExonAlignment",
 479 function (dna, mappings) {
 480 var newMappings =  new java.util.LinkedHashSet ();
 481 var exonSequences =  new java.util.ArrayList ();
 482 for (var dnaSeq, $dnaSeq = 0, $$dnaSeq = dna; $dnaSeq < $$dnaSeq.length && ((dnaSeq = $$dnaSeq[$dnaSeq]) || true); $dnaSeq++) {
 483 var ds = dnaSeq.getDatasetSequence ();
 484 var seqMappings = jalview.util.MappingUtils.findMappingsForSequence (ds, mappings);
 485 for (var acf, $acf = seqMappings.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {
 486 var newMapping =  new jalview.datamodel.AlignedCodonFrame ();
 487 var mappedExons = jalview.analysis.AlignmentUtils.makeExonSequences (ds, acf, newMapping);
 488 if (!mappedExons.isEmpty ()) {
 489 exonSequences.addAll (mappedExons);
 490 newMappings.add (newMapping);
 491 }}
 492 }
 493 var al =  new jalview.datamodel.Alignment (exonSequences.toArray ( new Array (exonSequences.size ())));
 494 al.setDataset (null);
 495 mappings.clear ();
 496 mappings.addAll (newMappings);
 497 return al;
 498 }, "~A,java.util.Set");
 499 c$.makeExonSequences = Clazz.defineMethod (c$, "makeExonSequences",
 500 function (dnaSeq, mapping, newMapping) {
 501 var exonSequences =  new java.util.ArrayList ();
 502 var seqMappings = mapping.getMappingsForSequence (dnaSeq);
 503 var dna = dnaSeq.getSequence ();
 504 for (var seqMapping, $seqMapping = seqMappings.iterator (); $seqMapping.hasNext () && ((seqMapping = $seqMapping.next ()) || true);) {
 505 var newSequence =  new StringBuilder (dnaSeq.getLength ());
 506 var dnaExonRanges = seqMapping.getMap ().getFromRanges ();
 507 for (var range, $range = dnaExonRanges.iterator (); $range.hasNext () && ((range = $range.next ()) || true);) {
 508 for (var pos = range[0]; pos <= range[1]; pos++) {
 509 newSequence.append (dna[pos - 1]);
 510 }
 511 }
 512 var exon =  new jalview.datamodel.Sequence (dnaSeq.getName (), newSequence.toString ());
 513 var cdsAccId = jalview.datamodel.FeatureProperties.getCodingFeature (jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL);
 514 var cdsRefs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs (seqMapping.getTo ().getDBRef (), jalview.datamodel.DBRefSource.CODINGDBS);
 515 if (cdsRefs != null) {
 516 for (var cdsRef, $cdsRef = 0, $$cdsRef = cdsRefs; $cdsRef < $$cdsRef.length && ((cdsRef = $$cdsRef[$cdsRef]) || true); $cdsRef++) {
 517 exon.addDBRef ( new jalview.datamodel.DBRefEntry (cdsRef));
 518 cdsAccId = cdsRef.getAccessionId ();
 519 }
 520 }exon.setName (exon.getName () + "|" + cdsAccId);
 521 exon.createDatasetSequence ();
 522 var exonRange =  new java.util.ArrayList ();
 523 exonRange.add ( Clazz.newIntArray (-1, [1, newSequence.length ()]));
 524 var map =  new jalview.util.MapList (exonRange, seqMapping.getMap ().getToRanges (), 3, 1);
 525 newMapping.addMap (exon.getDatasetSequence (), seqMapping.getTo (), map);
 526 var cdsToDnaMap =  new jalview.util.MapList (dnaExonRanges, exonRange, 1, 1);
 527 newMapping.addMap (dnaSeq, exon.getDatasetSequence (), cdsToDnaMap);
 528 exonSequences.add (exon);
 529 }
 530 return exonSequences;
 531 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.AlignedCodonFrame,jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");
 532 });