bin/jalview/datamodel/SequenceGroup.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI", "java.awt.Color", "java.util.ArrayList"], "jalview.datamodel.SequenceGroup", ["jalview.analysis.AAFrequency", "$.Conservation", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.Sequence", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "java.lang.StringBuffer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.groupName = null;\r
   5 this.description = null;\r
   6 this.conserve = null;\r
   7 this.aaFrequency = null;\r
   8 this.displayBoxes = true;\r
   9 this.displayText = true;\r
  10 this.colourText = false;\r
  11 this.showNonconserved = false;\r
  12 this.sequences = null;\r
  13 this.seqrep = null;\r
  14 this.width = -1;\r
  15 this.cs = null;\r
  16 this.startRes = 0;\r
  17 this.endRes = 0;\r
  18 this.outlineColour = null;\r
  19 this.idColour = null;\r
  20 this.thresholdTextColour = 0;\r
  21 this.textColour = null;\r
  22 this.textColour2 = null;\r
  23 this.ignoreGapsInConsensus = true;\r
  24 this.showSequenceLogo = false;\r
  25 this.normaliseSequenceLogo = false;\r
  26 this.consPercGaps = 25;\r
  27 this.consensusData = null;\r
  28 this.hidereps = false;\r
  29 this.hidecols = false;\r
  30 this.consensus = null;\r
  31 this.conservation = null;\r
  32 this.showConsensusHistogram = false;\r
  33 this.context = null;\r
  34 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  35 }, jalview.datamodel, "SequenceGroup", null, jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI);\r
  36 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  37 this.sequences =  new java.util.ArrayList ();\r
  38 this.outlineColour = java.awt.Color.black;\r
  39 this.textColour = java.awt.Color.black;\r
  40 this.textColour2 = java.awt.Color.white;\r
  41 });\r
  42 Clazz.defineMethod (c$, "isShowSequenceLogo", \r
  43 function () {\r
  44 return this.showSequenceLogo;\r
  45 });\r
  46 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  47 function () {\r
  48 this.groupName = "JGroup:" + this.hashCode ();\r
  49 });\r
  50 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  51 function (sequences, groupName, scheme, displayBoxes, displayText, colourText, start, end) {\r
  52 this.sequences = sequences;\r
  53 this.groupName = groupName;\r
  54 this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  55 this.displayText = displayText;\r
  56 this.colourText = colourText;\r
  57 this.cs = scheme;\r
  58 this.startRes = start;\r
  59 this.endRes = end;\r
  60 this.recalcConservation ();\r
  61 }, "java.util.List,~S,jalview.schemes.ColourSchemeI,~B,~B,~B,~N,~N");\r
  62 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  63 function (seqsel) {\r
  64 if (seqsel != null) {\r
  65 this.sequences =  new java.util.ArrayList ();\r
  66 this.sequences.addAll (seqsel.sequences);\r
  67 if (seqsel.groupName != null) {\r
  68 this.groupName =  String.instantialize (seqsel.groupName);\r
  69 }this.displayBoxes = seqsel.displayBoxes;\r
  70 this.displayText = seqsel.displayText;\r
  71 this.colourText = seqsel.colourText;\r
  72 this.startRes = seqsel.startRes;\r
  73 this.endRes = seqsel.endRes;\r
  74 this.cs = seqsel.cs;\r
  75 if (seqsel.description != null) {\r
  76 this.description =  String.instantialize (seqsel.description);\r
  77 }this.hidecols = seqsel.hidecols;\r
  78 this.hidereps = seqsel.hidereps;\r
  79 this.idColour = seqsel.idColour;\r
  80 this.outlineColour = seqsel.outlineColour;\r
  81 this.seqrep = seqsel.seqrep;\r
  82 this.textColour = seqsel.textColour;\r
  83 this.textColour2 = seqsel.textColour2;\r
  84 this.thresholdTextColour = seqsel.thresholdTextColour;\r
  85 this.width = seqsel.width;\r
  86 this.ignoreGapsInConsensus = seqsel.ignoreGapsInConsensus;\r
  87 if (seqsel.conserve != null) {\r
  88 this.recalcConservation ();\r
  89 }}}, "jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
  90 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectionAsNewSequences", \r
  91 function (align) {\r
  92 var iSize = this.sequences.size ();\r
  93 var seqs =  new Array (iSize);\r
  94 var inorder = this.getSequencesInOrder (align);\r
  95 for (var i = 0, ipos = 0; i < inorder.length; i++) {\r
  96 var seq = inorder[i];\r
  97 seqs[ipos] = seq.getSubSequence (this.startRes, this.endRes + 1);\r
  98 if (seqs[ipos] != null) {\r
  99 seqs[ipos].setDescription (seq.getDescription ());\r
 100 seqs[ipos].setDBRef (seq.getDBRef ());\r
 101 seqs[ipos].setSequenceFeatures (seq.getSequenceFeatures ());\r
 102 if (seq.getDatasetSequence () != null) {\r
 103 seqs[ipos].setDatasetSequence (seq.getDatasetSequence ());\r
 104 }if (seq.getAnnotation () != null) {\r
 105 var alann = align.getAlignmentAnnotation ();\r
 106 for (var a = 0; a < seq.getAnnotation ().length; a++) {\r
 107 var tocopy = seq.getAnnotation ()[a];\r
 108 if (alann != null) {\r
 109 var found = false;\r
 110 for (var pos = 0; pos < alann.length; pos++) {\r
 111 if (alann[pos] === tocopy) {\r
 112 found = true;\r
 113 break;\r
 114 }}\r
 115 if (!found) {\r
 116 continue;\r
 117 }}var newannot =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (seq.getAnnotation ()[a]);\r
 118 newannot.restrict (this.startRes, this.endRes);\r
 119 newannot.setSequenceRef (seqs[ipos]);\r
 120 newannot.adjustForAlignment ();\r
 121 seqs[ipos].addAlignmentAnnotation (newannot);\r
 122 }\r
 123 }ipos++;\r
 124 } else {\r
 125 iSize--;\r
 126 }}\r
 127 if (iSize != inorder.length) {\r
 128 var nseqs =  new Array (iSize);\r
 129 System.arraycopy (seqs, 0, nseqs, 0, iSize);\r
 130 seqs = nseqs;\r
 131 }return seqs;\r
 132 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
 133 Clazz.defineMethod (c$, "findEndRes", \r
 134 function (seq) {\r
 135 var eres = 0;\r
 136 var ch;\r
 137 for (var j = 0; j < this.endRes + 1 && j < seq.getLength (); j++) {\r
 138 ch = seq.getCharAt (j);\r
 139 if (!jalview.util.Comparison.isGap ((ch))) {\r
 140 eres++;\r
 141 }}\r
 142 if (eres > 0) {\r
 143 eres += seq.getStart () - 1;\r
 144 }return eres;\r
 145 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 146 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences", \r
 147 function () {\r
 148 return this.sequences;\r
 149 });\r
 150 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences", \r
 151 function (hiddenReps) {\r
 152 if (hiddenReps == null) {\r
 153 return this.sequences;\r
 154 } else {\r
 155 var allSequences =  new java.util.ArrayList ();\r
 156 for (var seq, $seq = this.sequences.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 157 allSequences.add (seq);\r
 158 if (hiddenReps.containsKey (seq)) {\r
 159 var hsg = hiddenReps.get (seq);\r
 160 for (var seq2, $seq2 = hsg.getSequences ().iterator (); $seq2.hasNext () && ((seq2 = $seq2.next ()) || true);) {\r
 161 if (seq2 !== seq && !allSequences.contains (seq2)) {\r
 162 allSequences.add (seq2);\r
 163 }}\r
 164 }}\r
 165 return allSequences;\r
 166 }}, "java.util.Map");\r
 167 Clazz.defineMethod (c$, "getSequencesAsArray", \r
 168 function (map) {\r
 169 var tmp = this.getSequences (map);\r
 170 if (tmp == null) {\r
 171 return null;\r
 172 }return tmp.toArray ( new Array (tmp.size ()));\r
 173 }, "java.util.Map");\r
 174 Clazz.defineMethod (c$, "adjustForRemoveLeft", \r
 175 function (col) {\r
 176 if (this.startRes >= col) {\r
 177 this.startRes = this.startRes - col;\r
 178 }if (this.endRes >= col) {\r
 179 this.endRes = this.endRes - col;\r
 180 if (this.startRes > this.endRes) {\r
 181 this.startRes = 0;\r
 182 }} else {\r
 183 return false;\r
 184 }return true;\r
 185 }, "~N");\r
 186 Clazz.defineMethod (c$, "adjustForRemoveRight", \r
 187 function (col) {\r
 188 if (this.startRes > col) {\r
 189 return false;\r
 190 }if (this.endRes >= col) {\r
 191 this.endRes = col;\r
 192 }return true;\r
 193 }, "~N");\r
 194 Clazz.defineMethod (c$, "getName", \r
 195 function () {\r
 196 return this.groupName;\r
 197 });\r
 198 Clazz.defineMethod (c$, "getDescription", \r
 199 function () {\r
 200 return this.description;\r
 201 });\r
 202 Clazz.defineMethod (c$, "setName", \r
 203 function (name) {\r
 204 this.groupName = name;\r
 205 }, "~S");\r
 206 Clazz.defineMethod (c$, "setDescription", \r
 207 function (desc) {\r
 208 this.description = desc;\r
 209 }, "~S");\r
 210 Clazz.defineMethod (c$, "getConservation", \r
 211 function () {\r
 212 return this.conserve;\r
 213 });\r
 214 Clazz.defineMethod (c$, "setConservation", \r
 215 function (c) {\r
 216 this.conserve = c;\r
 217 }, "jalview.analysis.Conservation");\r
 218 Clazz.defineMethod (c$, "addSequence", \r
 219 function (s, recalc) {\r
 220 {\r
 221 if (s != null && !this.sequences.contains (s)) {\r
 222 this.sequences.add (s);\r
 223 }if (recalc) {\r
 224 this.recalcConservation ();\r
 225 }}}, "jalview.datamodel.SequenceI,~B");\r
 226 Clazz.defineMethod (c$, "getConsPercGaps", \r
 227 function () {\r
 228 return this.consPercGaps;\r
 229 });\r
 230 Clazz.defineMethod (c$, "setConsPercGaps", \r
 231 function (consPercGaps) {\r
 232 this.consPercGaps = consPercGaps;\r
 233 }, "~N");\r
 234 Clazz.defineMethod (c$, "recalcConservation", \r
 235 function () {\r
 236 if (this.cs == null && this.consensus == null && this.conservation == null) {\r
 237 return;\r
 238 }try {\r
 239 var cnsns = jalview.analysis.AAFrequency.calculate (this.sequences, this.startRes, this.endRes + 1, this.showSequenceLogo);\r
 240 if (this.consensus != null) {\r
 241 this._updateConsensusRow (cnsns, this.sequences.size ());\r
 242 }if (this.cs != null) {\r
 243 this.cs.setConsensus (cnsns);\r
 244 }if ((this.conservation != null) || (this.cs != null && this.cs.conservationApplied ())) {\r
 245 var c =  new jalview.analysis.Conservation (this.groupName, jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, this.sequences, this.startRes, this.endRes + 1);\r
 246 c.calculate ();\r
 247 c.verdict (false, this.consPercGaps);\r
 248 if (this.conservation != null) {\r
 249 this._updateConservationRow (c);\r
 250 }if (this.cs != null) {\r
 251 if (this.cs.conservationApplied ()) {\r
 252 this.cs.setConservation (c);\r
 253 }}}if (this.cs != null) {\r
 254 this.cs.alignmentChanged (this.context != null ? this.context : this, null);\r
 255 }} catch (err) {\r
 256 if (Clazz.exceptionOf (err, OutOfMemoryError)) {\r
 257 System.out.println ("Out of memory loading groups: " + err);\r
 258 } else {\r
 259 throw err;\r
 260 }\r
 261 }\r
 262 });\r
 263 Clazz.defineMethod (c$, "_updateConservationRow", \r
 264 ($fz = function (c) {\r
 265 if (this.conservation == null) {\r
 266 this.getConservation ();\r
 267 }this.conservation.label = "Conservation for " + this.getName ();\r
 268 this.conservation.description = "Conservation for group " + this.getName () + " less than " + this.consPercGaps + "% gaps";\r
 269 var aWidth = (this.conservation.annotations != null) ? (this.endRes < this.conservation.annotations.length ? this.conservation.annotations.length : this.endRes + 1) : this.endRes + 1;\r
 270 this.conservation.annotations = null;\r
 271 this.conservation.annotations =  new Array (aWidth);\r
 272 c.completeAnnotations (this.conservation, null, this.startRes, this.endRes + 1);\r
 273 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.analysis.Conservation");\r
 274 Clazz.defineMethod (c$, "_updateConsensusRow", \r
 275 ($fz = function (cnsns, nseq) {\r
 276 if (this.consensus == null) {\r
 277 this.getConsensus ();\r
 278 }this.consensus.label = "Consensus for " + this.getName ();\r
 279 this.consensus.description = "Percent Identity";\r
 280 this.consensusData = cnsns;\r
 281 var aWidth = (this.consensus.annotations != null) ? (this.endRes < this.consensus.annotations.length ? this.consensus.annotations.length : this.endRes + 1) : this.endRes + 1;\r
 282 this.consensus.annotations = null;\r
 283 this.consensus.annotations =  new Array (aWidth);\r
 284 jalview.analysis.AAFrequency.completeConsensus (this.consensus, cnsns, this.startRes, this.endRes + 1, this.ignoreGapsInConsensus, this.showSequenceLogo, nseq);\r
 285 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~A,~N");\r
 286 Clazz.defineMethod (c$, "addOrRemove", \r
 287 function (s, recalc) {\r
 288 {\r
 289 if (this.sequences.contains (s)) {\r
 290 this.deleteSequence (s, recalc);\r
 291 } else {\r
 292 this.addSequence (s, recalc);\r
 293 }}}, "jalview.datamodel.SequenceI,~B");\r
 294 Clazz.defineMethod (c$, "deleteSequence", \r
 295 function (s, recalc) {\r
 296 {\r
 297 this.sequences.remove (s);\r
 298 if (recalc) {\r
 299 this.recalcConservation ();\r
 300 }}}, "jalview.datamodel.SequenceI,~B");\r
 301 Clazz.overrideMethod (c$, "getStartRes", \r
 302 function () {\r
 303 return this.startRes;\r
 304 });\r
 305 Clazz.overrideMethod (c$, "getEndRes", \r
 306 function () {\r
 307 return this.endRes;\r
 308 });\r
 309 Clazz.defineMethod (c$, "setStartRes", \r
 310 function (i) {\r
 311 this.startRes = i;\r
 312 }, "~N");\r
 313 Clazz.defineMethod (c$, "setEndRes", \r
 314 function (i) {\r
 315 this.endRes = i;\r
 316 }, "~N");\r
 317 Clazz.defineMethod (c$, "getSize", \r
 318 function () {\r
 319 return this.sequences.size ();\r
 320 });\r
 321 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceAt", \r
 322 function (i) {\r
 323 return this.sequences.get (i);\r
 324 }, "~N");\r
 325 Clazz.defineMethod (c$, "setColourText", \r
 326 function (state) {\r
 327 this.colourText = state;\r
 328 }, "~B");\r
 329 Clazz.defineMethod (c$, "getColourText", \r
 330 function () {\r
 331 return this.colourText;\r
 332 });\r
 333 Clazz.defineMethod (c$, "setDisplayText", \r
 334 function (state) {\r
 335 this.displayText = state;\r
 336 }, "~B");\r
 337 Clazz.defineMethod (c$, "getDisplayText", \r
 338 function () {\r
 339 return this.displayText;\r
 340 });\r
 341 Clazz.defineMethod (c$, "setDisplayBoxes", \r
 342 function (state) {\r
 343 this.displayBoxes = state;\r
 344 }, "~B");\r
 345 Clazz.defineMethod (c$, "getDisplayBoxes", \r
 346 function () {\r
 347 return this.displayBoxes;\r
 348 });\r
 349 Clazz.overrideMethod (c$, "getWidth", \r
 350 function () {\r
 351 {\r
 352 var first = true;\r
 353 for (var seq, $seq = this.sequences.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 354 if (first || seq.getLength () > this.width) {\r
 355 this.width = seq.getLength ();\r
 356 first = false;\r
 357 }}\r
 358 return this.width;\r
 359 }});\r
 360 Clazz.defineMethod (c$, "setOutlineColour", \r
 361 function (c) {\r
 362 this.outlineColour = c;\r
 363 }, "java.awt.Color");\r
 364 Clazz.defineMethod (c$, "getOutlineColour", \r
 365 function () {\r
 366 return this.outlineColour;\r
 367 });\r
 368 Clazz.defineMethod (c$, "getSequencesInOrder", \r
 369 function (al) {\r
 370 return this.getSequencesInOrder (al, true);\r
 371 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
 372 Clazz.defineMethod (c$, "getSequencesInOrder", \r
 373 function (al, trim) {\r
 374 {\r
 375 var sSize = this.sequences.size ();\r
 376 var alHeight = al.getHeight ();\r
 377 var seqs =  new Array ((trim) ? sSize : alHeight);\r
 378 var index = 0;\r
 379 for (var i = 0; i < alHeight && index < sSize; i++) {\r
 380 if (this.sequences.contains (al.getSequenceAt (i))) {\r
 381 seqs[(trim) ? index : i] = al.getSequenceAt (i);\r
 382 index++;\r
 383 }}\r
 384 if (index == 0) {\r
 385 return null;\r
 386 }if (!trim) {\r
 387 return seqs;\r
 388 }if (index < seqs.length) {\r
 389 var dummy = seqs;\r
 390 seqs =  new Array (index);\r
 391 while (--index >= 0) {\r
 392 seqs[index] = dummy[index];\r
 393 dummy[index] = null;\r
 394 }\r
 395 }return seqs;\r
 396 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI,~B");\r
 397 Clazz.defineMethod (c$, "getIdColour", \r
 398 function () {\r
 399 return this.idColour;\r
 400 });\r
 401 Clazz.defineMethod (c$, "setIdColour", \r
 402 function (idColour) {\r
 403 this.idColour = idColour;\r
 404 }, "java.awt.Color");\r
 405 Clazz.overrideMethod (c$, "getSeqrep", \r
 406 function () {\r
 407 return this.seqrep;\r
 408 });\r
 409 Clazz.overrideMethod (c$, "setSeqrep", \r
 410 function (seqrep) {\r
 411 this.seqrep = seqrep;\r
 412 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 413 Clazz.overrideMethod (c$, "hasSeqrep", \r
 414 function () {\r
 415 return this.seqrep != null;\r
 416 });\r
 417 Clazz.defineMethod (c$, "setHidereps", \r
 418 function (visibility) {\r
 419 this.hidereps = visibility;\r
 420 }, "~B");\r
 421 Clazz.defineMethod (c$, "isHidereps", \r
 422 function () {\r
 423 return this.hidereps;\r
 424 });\r
 425 Clazz.defineMethod (c$, "setHideCols", \r
 426 function (visibility) {\r
 427 this.hidecols = visibility;\r
 428 }, "~B");\r
 429 Clazz.defineMethod (c$, "isHideCols", \r
 430 function () {\r
 431 return this.hidecols;\r
 432 });\r
 433 Clazz.defineMethod (c$, "intersect", \r
 434 function (alignment, map) {\r
 435 var sgroup =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (this);\r
 436 var insect = this.getSequencesInOrder (alignment);\r
 437 sgroup.sequences =  new java.util.ArrayList ();\r
 438 for (var s = 0; insect != null && s < insect.length; s++) {\r
 439 if (map == null || map.containsKey (insect[s])) {\r
 440 sgroup.sequences.add (insect[s]);\r
 441 }}\r
 442 return sgroup;\r
 443 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Map");\r
 444 Clazz.defineMethod (c$, "getShowNonconserved", \r
 445 function () {\r
 446 return this.showNonconserved;\r
 447 });\r
 448 Clazz.defineMethod (c$, "setShowNonconserved", \r
 449 function (displayNonconserved) {\r
 450 this.showNonconserved = displayNonconserved;\r
 451 }, "~B");\r
 452 Clazz.defineMethod (c$, "setConsensus", \r
 453 function (aan) {\r
 454 if (this.consensus == null) {\r
 455 this.consensus = aan;\r
 456 }}, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 457 Clazz.defineMethod (c$, "getConsensus", \r
 458 function () {\r
 459 var aWidth = this.getWidth ();\r
 460 if (aWidth < 0) {\r
 461 return null;\r
 462 }if (this.consensus == null) {\r
 463 this.consensus =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("", "",  new Array (1), 0, 100, 1);\r
 464 this.consensus.hasText = true;\r
 465 this.consensus.autoCalculated = true;\r
 466 this.consensus.groupRef = this;\r
 467 this.consensus.label = "Consensus for " + this.getName ();\r
 468 this.consensus.description = "Percent Identity";\r
 469 }return this.consensus;\r
 470 });\r
 471 Clazz.defineMethod (c$, "setConservationRow", \r
 472 function (aan) {\r
 473 if (this.conservation == null) {\r
 474 this.conservation = aan;\r
 475 }}, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 476 Clazz.defineMethod (c$, "getConservationRow", \r
 477 function () {\r
 478 if (this.conservation == null) {\r
 479 this.conservation =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("", "",  new Array (1), 0, 11, 1);\r
 480 }this.conservation.hasText = true;\r
 481 this.conservation.autoCalculated = true;\r
 482 this.conservation.groupRef = this;\r
 483 this.conservation.label = "Conservation for " + this.getName ();\r
 484 this.conservation.description = "Conservation for group " + this.getName () + " less than " + this.consPercGaps + "% gaps";\r
 485 return this.conservation;\r
 486 });\r
 487 Clazz.defineMethod (c$, "hasAnnotationRows", \r
 488 function () {\r
 489 return this.consensus != null || this.conservation != null;\r
 490 });\r
 491 Clazz.defineMethod (c$, "getConsensusSeq", \r
 492 function () {\r
 493 this.getConsensus ();\r
 494 var seqs =  new StringBuffer ();\r
 495 for (var i = 0; i < this.consensus.annotations.length; i++) {\r
 496 if (this.consensus.annotations[i] != null) {\r
 497 if (this.consensus.annotations[i].description.charAt (0) == '[') {\r
 498 seqs.append (this.consensus.annotations[i].description.charAt (1));\r
 499 } else {\r
 500 seqs.append (this.consensus.annotations[i].displayCharacter);\r
 501 }}}\r
 502 var sq =  new jalview.datamodel.Sequence ("Group" + this.getName () + " Consensus", seqs.toString ());\r
 503 sq.setDescription ("Percentage Identity Consensus " + ((this.ignoreGapsInConsensus) ? " without gaps" : ""));\r
 504 return sq;\r
 505 });\r
 506 Clazz.defineMethod (c$, "setIgnoreGapsConsensus", \r
 507 function (state) {\r
 508 if (this.ignoreGapsInConsensus != state && this.consensus != null) {\r
 509 this.ignoreGapsInConsensus = state;\r
 510 this.recalcConservation ();\r
 511 }this.ignoreGapsInConsensus = state;\r
 512 }, "~B");\r
 513 Clazz.defineMethod (c$, "getIgnoreGapsConsensus", \r
 514 function () {\r
 515 return this.ignoreGapsInConsensus;\r
 516 });\r
 517 Clazz.defineMethod (c$, "setshowSequenceLogo", \r
 518 function (showSequenceLogo) {\r
 519 if (this.showSequenceLogo != showSequenceLogo && this.consensus != null) {\r
 520 this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
 521 this.recalcConservation ();\r
 522 }this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;\r
 523 }, "~B");\r
 524 Clazz.defineMethod (c$, "setShowConsensusHistogram", \r
 525 function (showConsHist) {\r
 526 if (this.showConsensusHistogram != showConsHist && this.consensus != null) {\r
 527 this.showConsensusHistogram = showConsHist;\r
 528 this.recalcConservation ();\r
 529 }this.showConsensusHistogram = showConsHist;\r
 530 }, "~B");\r
 531 Clazz.defineMethod (c$, "isShowConsensusHistogram", \r
 532 function () {\r
 533 return this.showConsensusHistogram;\r
 534 });\r
 535 Clazz.defineMethod (c$, "setNormaliseSequenceLogo", \r
 536 function (norm) {\r
 537 this.normaliseSequenceLogo = norm;\r
 538 }, "~B");\r
 539 Clazz.defineMethod (c$, "isNormaliseSequenceLogo", \r
 540 function () {\r
 541 return this.normaliseSequenceLogo;\r
 542 });\r
 543 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentAnnotation", \r
 544 function () {\r
 545 var annot =  new java.util.ArrayList ();\r
 546 {\r
 547 for (var seq, $seq = this.sequences.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 548 var aa = seq.getAnnotation ();\r
 549 if (aa != null) {\r
 550 for (var al, $al = 0, $$al = aa; $al < $$al.length && ((al = $$al[$al]) || true); $al++) {\r
 551 if (al.groupRef === this) {\r
 552 annot.add (al);\r
 553 }}\r
 554 }}\r
 555 if (this.consensus != null) {\r
 556 annot.add (this.consensus);\r
 557 }if (this.conservation != null) {\r
 558 annot.add (this.conservation);\r
 559 }}return annot.toArray ( new Array (0));\r
 560 });\r
 561 Clazz.overrideMethod (c$, "findAnnotation", \r
 562 function (calcId) {\r
 563 var aa =  new java.util.ArrayList ();\r
 564 for (var a, $a = 0, $$a = this.getAlignmentAnnotation (); $a < $$a.length && ((a = $$a[$a]) || true); $a++) {\r
 565 if (a.getCalcId () === calcId) {\r
 566 aa.add (a);\r
 567 }}\r
 568 return aa;\r
 569 }, "~S");\r
 570 Clazz.overrideMethod (c$, "findAnnotations", \r
 571 function (seq, calcId, label) {\r
 572 var aa =  new java.util.ArrayList ();\r
 573 for (var ann, $ann = 0, $$ann = this.getAlignmentAnnotation (); $ann < $$ann.length && ((ann = $$ann[$ann]) || true); $ann++) {\r
 574 if (ann.getCalcId () != null && ann.getCalcId ().equals (calcId) && ann.sequenceRef != null && ann.sequenceRef === seq && ann.label != null && ann.label.equals (label)) {\r
 575 aa.add (ann);\r
 576 }}\r
 577 return aa;\r
 578 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,~S");\r
 579 Clazz.defineMethod (c$, "hasAnnotation", \r
 580 function (calcId) {\r
 581 if (calcId != null && !"".equals (calcId)) {\r
 582 for (var a, $a = 0, $$a = this.getAlignmentAnnotation (); $a < $$a.length && ((a = $$a[$a]) || true); $a++) {\r
 583 if (a.getCalcId () === calcId) {\r
 584 return true;\r
 585 }}\r
 586 }return false;\r
 587 }, "~S");\r
 588 Clazz.defineMethod (c$, "clear", \r
 589 function () {\r
 590 {\r
 591 this.sequences.clear ();\r
 592 }});\r
 593 Clazz.defineMethod (c$, "setContext", \r
 594 function (context) {\r
 595 this.context = context;\r
 596 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI");\r
 597 Clazz.overrideMethod (c$, "getContext", \r
 598 function () {\r
 599 return this.context;\r
 600 });\r
 601 });\r