binaries/src/ViennaRNA/RNAforester/src/rnaforestsz.h

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  12 */
  13
  14 #ifndef _RNA_FORESTSZ_H_
  15 #define _RNA_FORESTSZ_H_
  16
  17 #include <iostream>
  18
  19 #include "ppforestsz.h"
  20 #include "rna_alphabet.h"
  21
  22 using namespace std;
  23
  24
  25 // RNAForestSZ
  26
  27 class RNAForestSZ : public PPForestSZ<RNA_Alphabet>
  28 {
  29  private:
  30   string m_name;
  31   string m_baseStr;
  32   string m_viennaStr;
  33
  34 //  void showLabel(ostream &s,RNA_Alphabet a);  // virtual function of PPForest
  35 //  void makeLabel(RNA_Alphabet &a,char c);
  36     void buildForest(Uint &pos, Uint &node);
  37  public:
  38   RNAForestSZ(const string &baseStr, const string &viennaStr, const string &name);
  39
  40   const string& getName() const {return m_name;};
  41   const string& getBaseStr() const {return m_baseStr;};
  42   const string& getViennaStr() const {return m_viennaStr;};
  43
  44 //  void plot2d(const string &filename_prefix, const list<pair<Uint,Uint> > &regions, const RNAFuncs::SquigglePlotOptions &sqOptions);
  45 };
  46
  47 #endif
  48
  49