binaries/src/ViennaRNA/doc/html/deprecated.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
   2 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
   3 <head>
   4 <meta http-equiv="Content-Type" content="text/xhtml;charset=UTF-8"/>
   5 <title>RNAlib-2.1.2: Deprecated List</title>
   6 <link href="tabs.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
   7 <link href="doxygen.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
   8 </head>
   9 <body>
  10 <!-- Generated by Doxygen 1.6.1 -->
  11 <script type="text/javascript">
  12 <!--
  13 function changeDisplayState (e){
  14   var num=this.id.replace(/[^[0-9]/g,'');
  15   var button=this.firstChild;
  16   var sectionDiv=document.getElementById('dynsection'+num);
  17   if (sectionDiv.style.display=='none'||sectionDiv.style.display==''){
  18     sectionDiv.style.display='block';
  19     button.src='open.gif';
  20   }else{
  21     sectionDiv.style.display='none';
  22     button.src='closed.gif';
  23   }
  24 }
  25 function initDynSections(){
  26   var divs=document.getElementsByTagName('div');
  27   var sectionCounter=1;
  28   for(var i=0;i<divs.length-1;i++){
  29     if(divs[i].className=='dynheader'&&divs[i+1].className=='dynsection'){
  30       var header=divs[i];
  31       var section=divs[i+1];
  32       var button=header.firstChild;
  33       if (button!='IMG'){
  34         divs[i].insertBefore(document.createTextNode(' '),divs[i].firstChild);
  35         button=document.createElement('img');
  36         divs[i].insertBefore(button,divs[i].firstChild);
  37       }
  38       header.style.cursor='pointer';
  39       header.onclick=changeDisplayState;
  40       header.id='dynheader'+sectionCounter;
  41       button.src='closed.gif';
  42       section.id='dynsection'+sectionCounter;
  43       section.style.display='none';
  44       section.style.marginLeft='14px';
  45       sectionCounter++;
  46     }
  47   }
  48 }
  49 window.onload = initDynSections;
  50 -->
  51 </script>
  52 <div class="navigation" id="top">
  53   <div class="tabs">
  54     <ul>
  55       <li><a href="main.html"><span>Main&nbsp;Page</span></a></li>
  56       <li class="current"><a href="pages.html"><span>Related&nbsp;Pages</span></a></li>
  57       <li><a href="modules.html"><span>Modules</span></a></li>
  58       <li><a href="annotated.html"><span>Data&nbsp;Structures</span></a></li>
  59       <li><a href="files.html"><span>Files</span></a></li>
  60     </ul>
  61   </div>
  62 </div>
  63 <div class="contents">
  64
  65
  66 <h1><a class="anchor" id="deprecated">Deprecated List </a></h1><p><a class="anchor" id="_deprecated000008"></a> </p>
  67 <dl>
  68 <dt>Global <a class="el" href="fold__vars_8h.html#a0244a629b5ab4f58b77590c3dfd130dc">base_pair</a>  </dt>
  69 <dd>Do not use this variable anymore! </dd>
  70 </dl>
  71 <p><a class="anchor" id="_deprecated000012"></a> </p>
  72 <dl>
  73 <dt>Global <a class="el" href="part__func_8h.html#ae89a63bd83e75a80b2ba36d20b31ce81">centroid</a>  </dt>
  74 <dd>This function is deprecated and should not be used anymore as it is not threadsafe! </dd>
  75 </dl>
  76 <p><a class="anchor" id="_deprecated000007"></a> </p>
  77 <dl>
  78 <dt>Global <a class="el" href="fold_8h.html#a657222e2758c46bf13b416ef3032e417">energy_of_circ_struct</a>  </dt>
  79 <dd><p class="startdd">This function is deprecated and should not be used in future programs Use <a class="el" href="group__eval.html#gaeb14f3664aec67fc03268ac75253f0f8">energy_of_circ_structure()</a> instead!</p>
  80 <p class="enddd"></p>
  81 </dd>
  82 </dl>
  83 <p><a class="anchor" id="_deprecated000005"></a> </p>
  84 <dl>
  85 <dt>Global <a class="el" href="fold_8h.html#ac2b37fea2145c94d925a3f33378ef87b">energy_of_struct</a>  </dt>
  86 <dd><p class="startdd">This function is deprecated and should not be used in future programs! Use <a class="el" href="group__eval.html#gaf93986cb3cb29770ec9cca69c9fab8cf">energy_of_structure()</a> instead!</p>
  87 <p class="enddd"></p>
  88 </dd>
  89 </dl>
  90 <p><a class="anchor" id="_deprecated000006"></a> </p>
  91 <dl>
  92 <dt>Global <a class="el" href="fold_8h.html#a27ce6f68512d43bf1fe14a06c9d76d5c">energy_of_struct_pt</a>  </dt>
  93 <dd><p class="startdd">This function is deprecated and should not be used in future programs! Use <a class="el" href="group__eval.html#ga8831445966b761417e713360791299d8">energy_of_structure_pt()</a> instead!</p>
  94 <p class="enddd"></p>
  95 </dd>
  96 </dl>
  97 <p><a class="anchor" id="_deprecated000015"></a> </p>
  98 <dl>
  99 <dt>Global <a class="el" href="part__func_8h.html#a7b6ab474cc80accc48010ccfcc59f96b">expHairpinEnergy</a>  </dt>
 100 <dd>Use <a class="el" href="loop__energies_8h.html#a0e128184bb097dc2da33706f33b555a6">exp_E_Hairpin()</a> from <a class="el" href="loop__energies_8h.html" title="Energy evaluation for MFE and partition function calculations.">loop_energies.h</a> instead </dd>
 101 </dl>
 102 <p><a class="anchor" id="_deprecated000014"></a> </p>
 103 <dl>
 104 <dt>Global <a class="el" href="part__func_8h.html#a68ba6f3a48e08ca131ab54621ce3a2d7">expLoopEnergy</a>  </dt>
 105 <dd>Use <a class="el" href="loop__energies_8h.html#aa5e98e524e2a41e290b942b09544bc9e">exp_E_IntLoop()</a> from <a class="el" href="loop__energies_8h.html" title="Energy evaluation for MFE and partition function calculations.">loop_energies.h</a> instead </dd>
 106 </dl>
 107 <p><a class="anchor" id="_deprecated000016"></a> </p>
 108 <dl>
 109 <dt>Global <a class="el" href="part__func__co_8h.html#a334de3c96e2186abfbdc0eaea6d08b14">get_plist</a>  </dt>
 110 <dd>{ This function is deprecated and will be removed soon!} use <a class="el" href="group__pf__fold.html#ga03e15e831a31b1154855ab47edbdb019">assign_plist_from_pr()</a> instead! </dd>
 111 </dl>
 112 <p><a class="anchor" id="_deprecated000003"></a> </p>
 113 <dl>
 114 <dt>Global <a class="el" href="fold_8h.html#ab327ce11972f5ac069d52c8dedfdb700">HairpinE</a>  </dt>
 115 <dd>{This function is deprecated and will be removed soon. Use <a class="el" href="loop__energies_8h.html#aa362183cf6db89a10cdb0f5c4bd180c6">E_Hairpin()</a> instead!} </dd>
 116 </dl>
 117 <p><a class="anchor" id="_deprecated000010"></a> </p>
 118 <dl>
 119 <dt>Global <a class="el" href="fold__vars_8h.html#a92089ae3a51b5d75a14ce9cc29cc8317">iindx</a>  </dt>
 120 <dd>Do not use this variable anymore! </dd>
 121 </dl>
 122 <p><a class="anchor" id="_deprecated000017"></a> </p>
 123 <dl>
 124 <dt>Global <a class="el" href="part__func__co_8h.html#aa12dda9dd6179cdd22bcce87c0682c07">init_co_pf_fold</a>  </dt>
 125 <dd>{ This function is deprecated and will be removed soon!} </dd>
 126 </dl>
 127 <p><a class="anchor" id="_deprecated000011"></a> </p>
 128 <dl>
 129 <dt>Global <a class="el" href="part__func_8h.html#a15176e23eceeff8c7d14eabcfec8a2af">init_pf_fold</a>  </dt>
 130 <dd>This function is obsolete and will be removed soon! </dd>
 131 </dl>
 132 <p><a class="anchor" id="_deprecated000001"></a> </p>
 133 <dl>
 134 <dt>Global <a class="el" href="cofold_8h.html#afee0c32208aa2ac97338b6e3fbad7fa5">initialize_cofold</a>  </dt>
 135 <dd>{This function is obsolete and will be removed soon!} </dd>
 136 </dl>
 137 <p><a class="anchor" id="_deprecated000004"></a> </p>
 138 <dl>
 139 <dt>Global <a class="el" href="fold_8h.html#ac3f0a28d9cb609d388b155445073fd20">initialize_fold</a>  </dt>
 140 <dd><p class="startdd">{This function is deprecated and will be removed soon!}</p>
 141 <p class="enddd"></p>
 142 </dd>
 143 </dl>
 144 <p><a class="anchor" id="_deprecated000002"></a> </p>
 145 <dl>
 146 <dt>Global <a class="el" href="fold_8h.html#a2163034a25c6115d894b199e97e03f6c">LoopEnergy</a>  </dt>
 147 <dd>{This function is deprecated and will be removed soon. Use <a class="el" href="loop__energies_8h.html#a3e5ad89f451254b1fe366d77aa8ff7bd">E_IntLoop()</a> instead!} </dd>
 148 </dl>
 149 <p><a class="anchor" id="_deprecated000018"></a> </p>
 150 <dl>
 151 <dt>Global <a class="el" href="profiledist_8h.html#a904c7eaf4a2413567c00ac4891749d18">Make_bp_profile</a>  </dt>
 152 <dd><p class="startdd">This function is deprecated and will be removed soon! See <a class="el" href="profiledist_8h.html#a8822fd5268be115c6e6cdc92009436cc">Make_bp_profile_bppm()</a> for a replacement</p>
 153 <p class="enddd"></p>
 154 </dd>
 155 </dl>
 156 <p><a class="anchor" id="_deprecated000013"></a> </p>
 157 <dl>
 158 <dt>Global <a class="el" href="part__func_8h.html#ae9556ba7ded44fe2321b6f67c3fc02a3">mean_bp_dist</a>  </dt>
 159 <dd>This function is not threadsafe and should not be used anymore. Use <a class="el" href="group__pf__fold.html#ga79cbc375af65f11609feb6b055269e7d">mean_bp_distance()</a> instead! </dd>
 160 </dl>
 161 <p><a class="anchor" id="_deprecated000009"></a> </p>
 162 <dl>
 163 <dt>Global <a class="el" href="fold__vars_8h.html#a0f5757427fd5f2f79d6fca0081cd5a52">pr</a>  </dt>
 164 <dd>Do not use this variable anymore! </dd>
 165 </dl>
 166 <p><a class="anchor" id="_deprecated000019"></a> </p>
 167 <dl>
 168 <dt>Global <a class="el" href="PS__dot_8h.html#a689a97a7e3b8a2df14728b8204d9d57b">PS_dot_plot</a>  </dt>
 169 <dd>This function is deprecated and will be removed soon! Use <a class="el" href="PS__dot_8h.html#a00ea223b5cf02eb2faae5ff29f0d5e12">PS_dot_plot_list()</a> instead! </dd>
 170 </dl>
 171 </div>
 172 <hr size="1"/><address style="text-align: right;"><small>Generated on 11 Apr 2017 for RNAlib-2.1.2 by&nbsp;
 173 <a href="http://www.doxygen.org/index.html">
 174 <img class="footer" src="doxygen.png" alt="doxygen"/></a> 1.6.1 </small></address>
 175 </body>
 176 </html>