build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5 import org.eclipse.osgi.*
   6
   7 /*
   8 buildscript {
   9   repositories {
  10     repos
  11     mavenCentral()
  12     jcenter()
  13   }
  14   dependencies {
  15     //eclipseDeps.each { compile "p2:${it}:+" }
  16     //classpath 'org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.15.0'
  17     //compile group: 'org.eclipse.platform', name: 'org.eclipse.osgi', version: '3.15.0'
  18     //classpath 'biz.aQute.bnd:biz.aQute.bnd.gradle:4.4.0'
  19   }
  20 }
  21 */
  22
  23 plugins {
  24   id 'java'
  25   id 'application'
  26   id 'eclipse'
  27   id 'com.diffplug.gradle.oomph.ide' version '3.18.1'
  28   id 'com.diffplug.gradle.equinoxlaunch' version '3.18.1'
  29
  30   //id 'com.diffplug.gradle.p2.asmaven' version '3.18.1'
  31
  32   //id 'org.eclipse.osgi' version '3.15.0'
  33   //id 'osgi'
  34 }
  35
  36
  37 /*
  38 def eclipseDeps = [
  39     // The dependencies we actually use
  40     'org.eclipse.jdt.core',
  41     'org.eclipse.text',
  42
  43     // Their transitives
  44     'org.eclipse.core.contenttype',
  45     'org.eclipse.core.jobs',
  46     'org.eclipse.core.runtime',
  47     'org.eclipse.core.resources',
  48     'org.eclipse.equinox.common',
  49     'org.eclipse.equinox.preferences',
  50     //'org.eclipse.osgi'
  51 ]
  52 */
  53
  54 /*
  55 p2AsMaven {
  56   group 'p2', {
  57     repoEclipse goomph_eclipse_version
  58     eclipseDeps.each { p2.addIU(it) }
  59     eclipseDeps.each { p2.addIU(it + '.source') }
  60   }
  61 }
  62 */
  63
  64
  65 /*
  66 dependencies {
  67   //eclipseDeps.each { compile "p2:${it}:+" }
  68   //implementation 'org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.15.0'
  69   //compile 'org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.15.0'
  70   //classpath 'biz.aQute.bnd:biz.aQute.bnd.gradle:4.4.0'
  71 }
  72 */
  73
  74
  75
  76 repositories {
  77   jcenter()
  78   mavenCentral()
  79   flatDir {
  80     dirs gradlePluginsDir
  81   }
  82 }
  83
  84 mainClassName = launcherClass
  85 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  86
  87 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  88
  89 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  90 def libDir
  91 def libDistDir
  92 def compile_source_compatibility
  93 def compile_target_compatibility
  94
  95 ext {
  96   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
  97
  98   gitHash = ""
  99   gitBranch = ""
 100
 101   jalviewjsServer = ""
 102 }
 103
 104 def JAVA_INTEGER_VERSION
 105 //def additional_compiler_args = []
 106 // this property is for the Java library used in eclipse
 107 def eclipse_java_runtime_name
 108 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 109   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
 110   //libDir = j8libDir
 111   libDir = j11libDir
 112   libDistDir = j8libDir
 113   compile_source_compatibility = 1.8
 114   compile_target_compatibility = 1.8
 115   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
 116 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 117   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
 118   libDir = j11libDir
 119   libDistDir = j11libDir
 120   compile_source_compatibility = 11
 121   compile_target_compatibility = 11
 122   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 123   /* compile without modules -- using classpath libraries
 124   additional_compiler_args += [
 125   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 126   '--add-modules', j11modules
 127   ]
 128   */
 129 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 130   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 131   libDir = j11libDir
 132   libDistDir = j11libDir
 133   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 134   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 135   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 136   /* compile without modules -- using classpath libraries
 137   additional_compiler_args += [
 138   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 139   '--add-modules', j11modules
 140   ]
 141   */
 142 } else {
 143   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
 144 }
 145
 146 sourceSets {
 147
 148   main {
 149     java {
 150       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 151       outputDir = file("$classes")
 152     }
 153
 154     resources {
 155       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 156     }
 157
 158     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 159     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 160
 161     runtimeClasspath = compileClasspath
 162   }
 163
 164 }
 165
 166 eclipse {
 167   project {
 168     name = eclipse_project_name
 169
 170     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 171     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 172
 173     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 174     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 175   }
 176
 177   classpath {
 178     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 179     def removeThese = []
 180     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 181         removeThese += it
 182       }
 183     }
 184
 185     minusConfigurations += removeThese
 186     plusConfigurations = [ ]
 187     file {
 188
 189       whenMerged { cp ->
 190         def removeTheseToo = []
 191         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 192         cp.entries.each { entry ->
 193           if (entry.kind == 'src') {
 194             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 195               removeTheseToo += entry
 196             } else {
 197               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 198             }
 199           }
 200         }
 201         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 202
 203         if (file(eclipse_bin_dir+"/main").isDirectory()) {
 204                 cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 205         }
 206         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 207                 cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 208         }
 209         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 210                 cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 211         }
 212
 213         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 214
 215         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 216         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 217         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 218           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 219           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 220             // don't add dirs to classpath
 221             return
 222           }
 223           def itPath = it.toString()
 224           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 225             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 226           }
 227           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 228             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 229           } else {
 230             //println("Adding entry "+itPath)
 231             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 232             addedLibPath.put(itPath, true)
 233           }
 234         }
 235       } // whenMerged
 236
 237     } // file
 238
 239     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 240   } // classpath
 241
 242   jdt {
 243     // for the IDE, use java 11 compatibility
 244     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 245     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 246     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 247
 248     /*
 249     file {
 250     withProperties { props ->
 251     def jalview_prefs = new Properties()
 252     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 253     jalview_prefs.load(ins)
 254     ins.close()
 255     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 256     if (props.getAt(t) == null) {
 257     props.putAt(t, v)
 258     }
 259     }
 260     }
 261     }
 262      */
 263   } // jdt
 264
 265   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 266   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 267 } // eclipse
 268
 269 /*
 270 compileJava {
 271
 272   doFirst {
 273     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 274     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 275     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 276     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 277   }
 278
 279 }
 280
 281 clean {
 282   delete sourceSets.main.java.outputDir
 283 }
 284 */
 285
 286
 287
 288
 289
 290
 291
 292
 293
 294
 295
 296 oomphIde {
 297   repoEclipse goomph_eclipse_version
 298   jdt {
 299     /*
 300     installedJre {
 301       //markDefault = true
 302       //executionEnvironments = [ eclipse.jdt.javaRuntimeName ]
 303     }
 304     */
 305     //compilerComplianceLevel( JAVA_INTEGER_VERSION )
 306   }
 307   //repo 'http://download.eclipse.org/buildship/updates/e45/milestones/3.x/'
 308   repo goomph_repo_buildship
 309         feature goomph_feature_buildship
 310 }
 311
 312 equinoxLaunch {
 313   headlessAppSetup {
 314
 315     launchTask 'ideJalviewjsBuild', {
 316       //it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 317       it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 318     }
 319   }
 320 }
 321
 322 task ideCopyDropins (type: Copy) {
 323   dependsOn ideSetupP2
 324
 325   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 326   def outputDir = oomphIde.ideDir + "/" + com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse() + "/dropins"
 327
 328   from inputFiles
 329   into outputDir
 330   def outputFiles = []
 331   rename { filename ->
 332     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 333     println("COPYING ${filename} to ${outputFiles}")
 334     null
 335   }
 336   outputs.files outputFiles
 337   inputs.files inputFiles
 338
 339 }
 340
 341 ide.dependsOn eclipseProject
 342 ide.dependsOn eclipseClasspath
 343 ide.dependsOn eclipseJdt
 344 ide.dependsOn ideCopyDropins
 345 ideJalviewjsBuild.dependsOn ideSetupWorkspace
 346 ideJalviewjsBuild.dependsOn ideCopyDropins
 347
 348
 349
 350
 351
 352
 353
 354
 355
 356
 357
 358
 359
 360
 361 def tempEclipseWorkspace = ""
 362
 363 task jalviewjsSetTempEclipseWorkspace {
 364   tempEclipseWorkspace = file(jalviewjs_eclipse_workspace)
 365   if (!tempEclipseWorkspace.exists()) {
 366     tempEclipseWorkspace = File.createTempDir()
 367     tempEclipseWorkspace.deleteOnExit()
 368   }
 369   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+tempEclipseWorkspace.getPath())
 370 }
 371
 372 task jalviewjsUnzipFiles {
 373   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 374   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 375
 376   doLast {
 377     zipFiles.each { file_zip ->
 378       copy {
 379         from zipTree(file_zip)
 380         into jalviewjs_site_dir
 381       }
 382     }
 383   }
 384
 385   inputs.files zipFiles
 386   outputs.dir jalviewjs_site_dir
 387 }
 388
 389 def eclipseBinary
 390 def eclipseDropinsDir
 391 def eclipsePluginsDir
 392 task jalviewjsEclipsePaths {
 393   def eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 394   if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 395     eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 396   }
 397         if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 398     eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 399                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 400                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/plugins"
 401                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 402         } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 403                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 404                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 405                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 406         } else { // linux or unix
 407                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 408                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 409                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 410         }
 411   println("ECLIPSE ROOT: "+eclipseRoot)
 412 }
 413
 414 task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 415   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 416   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 417   def outputDir = eclipseDropinsDir
 418
 419   from inputFiles
 420   into outputDir
 421   def outputFiles = []
 422   rename { filename ->
 423     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 424     null
 425   }
 426   outputs.files outputFiles
 427   inputs.files inputFiles
 428 }
 429
 430 task jalviewjsEclipseCopyPlugins (type: Copy) {
 431   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 432   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_plugins_dir)
 433   def outputDir = eclipsePluginsDir
 434
 435   from inputFiles
 436   into outputDir
 437   def outputFiles = []
 438   rename { filename ->
 439     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 440     null
 441   }
 442   outputs.files outputFiles
 443   inputs.files inputFiles
 444 }
 445
 446 task jalviewjsEclipseSetup {
 447   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 448   dependsOn jalviewjsEclipseCopyPlugins
 449   dependsOn jalviewjsSetTempEclipseWorkspace
 450 }
 451
 452
 453 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 454   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 455   def props = project.properties.sort { it.key }
 456   props.each { prop, val ->
 457     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 458       property(prop,val)
 459     }
 460   }
 461   outputs.file(outputFile)
 462 }
 463
 464 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 465   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 466   def outputDir = jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 467
 468   from inputFiles
 469   into outputDir
 470   def outputFiles = []
 471   rename { filename ->
 472     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 473     null
 474   }
 475   outputs.files outputFiles
 476   inputs.files inputFiles
 477 }
 478
 479 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 480   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 481   def outputDir = jalviewjs_site_dir
 482
 483   from inputFiles
 484   into outputDir
 485   def outputFiles = []
 486   rename { filename ->
 487     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 488     null
 489   }
 490   outputs.files outputFiles
 491   inputs.files inputFiles
 492 }
 493
 494 task cleanJalviewjs {
 495   /*
 496   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_site_dir
 497   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 498   delete file(tempEclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 499   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 500   */
 501 }
 502
 503 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 504   // work out how to do this!
 505   dependsOn eclipseProject
 506   dependsOn eclipseClasspath
 507   dependsOn eclipseJdt
 508   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 509   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 510   executable(eclipseBinary)
 511   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", tempEclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 512
 513   def projdir = tempEclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core/"
 514   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 515   outputs.dir(projdir)
 516 }
 517
 518 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 519   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 520   dependsOn jalviewjsProjectImport
 521   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 522   executable(eclipseBinary)
 523   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 524   inputs.dir(sourceDir)
 525   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 526   outputs.file(eclipse_bin_dir+"/main/jalview/bin/Jalview.class")
 527   outputs.dir(jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir)
 528 }
 529
 530 task jalviewjsBuildSite {
 531   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 532   dependsOn jalviewjsCopyResources
 533   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 534   dependsOn jalviewjsTranspile
 535 }
 536
 537 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 538   dependsOn jalviewjsBuildSite
 539   def outputFilename = "site.tar.gz"
 540   try {
 541     archiveFileName = outputFilename
 542   } catch (Exception e) {
 543     archiveName = outputFilename
 544   }
 545
 546   compression Compression.GZIP
 547
 548   from jalviewjs_site_dir
 549   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 550
 551   inputs.dir(jalviewjs_site_dir)
 552 }
 553
 554 task jalviewjs {
 555   dependsOn jalviewjsBuildSite
 556 }
 557
 558 def jalviewjsServer = null
 559 task jalviewjsServerStart {
 560   doLast {
 561
 562     if (jalviewjsServer != null) {
 563       println("SERVER ALREADY RUNNING. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 564     } else {
 565
 566       SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 567       def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 568       def start = port
 569       def running = false
 570       while(port < start+1000 && !running) {
 571         try {
 572           jalviewjsServer = factory.start(new File(jalviewDirAbsolutePath+"/"+jalviewjs_site_dir), port)
 573           running = true
 574           println("SERVER STARTED. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 575           //println("Ctrl-c to stop.");java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 576         } catch (Exception e) {
 577           port++;
 578         }
 579       }
 580
 581     }
 582
 583   }
 584
 585 }
 586
 587 /* server persists in gradle daemon but reference is not accessible across builds
 588 task jalviewjsServerStop {
 589   doLast {
 590
 591     if (jalviewjsServer != null) {
 592
 593       println("SERVER ON PORT "+jalviewjsServer.getPort()+" STOPPING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start again.")
 594       jalviewjsServer.stop()
 595
 596     } else {
 597       println("SERVER NOT RUNNING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start.")
 598     }
 599
 600   }
 601 }
 602 */
 603
 604 project.afterEvaluate {
 605   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseProject
 606   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseClasspath
 607   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseJdt
 608 }
 609
 610
 611