build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5
   6 plugins {
   7   id 'java'
   8   id 'application'
   9   id 'eclipse'
  10   id 'com.diffplug.gradle.oomph.ide' version '3.18.0'
  11   id 'com.diffplug.gradle.equinoxlaunch' version '3.18.0'
  12
  13   id 'com.diffplug.gradle.p2.asmaven' version '3.18.0'
  14 }
  15
  16
  17
  18 def eclipseDeps = [
  19 /*
  20     // The dependencies we actually use
  21     'org.eclipse.jdt.core',
  22     'org.eclipse.text',
  23
  24     // Their transitives
  25     'org.eclipse.core.contenttype',
  26     'org.eclipse.core.jobs',
  27     'org.eclipse.core.runtime',
  28     'org.eclipse.core.resources',
  29     'org.eclipse.equinox.common',
  30     'org.eclipse.equinox.preferences',
  31 */
  32     'org.eclipse.osgi'
  33 ]
  34
  35 p2AsMaven {
  36   group 'p2', {
  37     repoEclipse goomph_eclipse_version
  38     eclipseDeps.each { p2.addIU(it) }
  39     eclipseDeps.each { p2.addIU(it + '.source') }
  40   }
  41 }
  42
  43 dependencies {
  44     eclipseDeps.each { compile "p2:${it}:+" }
  45 }
  46
  47
  48
  49
  50
  51 repositories {
  52   jcenter()
  53   mavenCentral()
  54   mavenLocal()
  55   flatDir {
  56     dirs gradlePluginsDir
  57   }
  58 }
  59
  60 mainClassName = launcherClass
  61 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  62
  63 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  64
  65 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  66 def libDir
  67 def libDistDir
  68 def compile_source_compatibility
  69 def compile_target_compatibility
  70
  71 ext {
  72   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
  73
  74   gitHash = ""
  75   gitBranch = ""
  76
  77   jalviewjsServer = ""
  78 }
  79
  80 def JAVA_INTEGER_VERSION
  81 //def additional_compiler_args = []
  82 // this property is for the Java library used in eclipse
  83 def eclipse_java_runtime_name
  84 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  85   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
  86   //libDir = j8libDir
  87   libDir = j11libDir
  88   libDistDir = j8libDir
  89   compile_source_compatibility = 1.8
  90   compile_target_compatibility = 1.8
  91   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
  92 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
  93   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
  94   libDir = j11libDir
  95   libDistDir = j11libDir
  96   compile_source_compatibility = 11
  97   compile_target_compatibility = 11
  98   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
  99   /* compile without modules -- using classpath libraries
 100   additional_compiler_args += [
 101   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 102   '--add-modules', j11modules
 103   ]
 104   */
 105 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 106   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 107   libDir = j11libDir
 108   libDistDir = j11libDir
 109   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 110   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 111   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 112   /* compile without modules -- using classpath libraries
 113   additional_compiler_args += [
 114   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 115   '--add-modules', j11modules
 116   ]
 117   */
 118 } else {
 119   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
 120 }
 121
 122 sourceSets {
 123
 124   main {
 125     java {
 126       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 127       outputDir = file("$classes")
 128     }
 129
 130     resources {
 131       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 132     }
 133
 134     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 135     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 136
 137     runtimeClasspath = compileClasspath
 138   }
 139
 140 }
 141
 142 eclipse {
 143   project {
 144     name = eclipse_project_name
 145
 146     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 147     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 148
 149     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 150     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 151   }
 152
 153   classpath {
 154     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 155     def removeThese = []
 156     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 157         removeThese += it
 158       }
 159     }
 160
 161     minusConfigurations += removeThese
 162     plusConfigurations = [ ]
 163     file {
 164
 165       whenMerged { cp ->
 166         def removeTheseToo = []
 167         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 168         cp.entries.each { entry ->
 169           if (entry.kind == 'src') {
 170             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 171               removeTheseToo += entry
 172             } else {
 173               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 174             }
 175           }
 176         }
 177         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 178
 179         cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 180         cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 181         cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 182
 183         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 184
 185         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 186         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 187         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 188           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 189           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 190             // don't add dirs to classpath
 191             return
 192           }
 193           def itPath = it.toString()
 194           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 195             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 196           }
 197           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 198             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 199           } else {
 200             //println("Adding entry "+itPath)
 201             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 202             addedLibPath.put(itPath, true)
 203           }
 204         }
 205       } // whenMerged
 206
 207     } // file
 208
 209     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 210   } // classpath
 211
 212   jdt {
 213     // for the IDE, use java 11 compatibility
 214     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 215     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 216     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 217
 218     /*
 219     file {
 220     withProperties { props ->
 221     def jalview_prefs = new Properties()
 222     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 223     jalview_prefs.load(ins)
 224     ins.close()
 225     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 226     if (props.getAt(t) == null) {
 227     props.putAt(t, v)
 228     }
 229     }
 230     }
 231     }
 232      */
 233   } // jdt
 234
 235   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 236   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 237 } // eclipse
 238
 239 /*
 240 compileJava {
 241
 242   doFirst {
 243     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 244     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 245     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 246     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 247   }
 248
 249 }
 250
 251 clean {
 252   delete sourceSets.main.java.outputDir
 253 }
 254 */
 255
 256
 257
 258
 259
 260
 261
 262
 263
 264
 265
 266 oomphIde {
 267   repoEclipse goomph_eclipse_version
 268   jdt {
 269     /*
 270     installedJre {
 271       //markDefault = true
 272       //executionEnvironments = [ eclipse.jdt.javaRuntimeName ]
 273     }
 274     */
 275     //compilerComplianceLevel( JAVA_INTEGER_VERSION )
 276   }
 277   //repo 'http://download.eclipse.org/buildship/updates/e45/milestones/3.x/'
 278   repo goomph_repo_buildship
 279         feature goomph_feature_buildship
 280 }
 281
 282 equinoxLaunch {
 283   headlessAppSetup {
 284     launchTask 'ideJalviewjsBuild', {
 285       //it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 286       it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 287     }
 288   }
 289 }
 290
 291 task ideCopyDropins (type: Copy) {
 292   dependsOn ideSetupP2
 293
 294   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 295   def outputDir = oomphIde.ideDir + "/" + com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse() + "/dropins"
 296
 297   from inputFiles
 298   into outputDir
 299   def outputFiles = []
 300   rename { filename ->
 301     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 302     println("COPYING ${filename} to ${outputFiles}")
 303     null
 304   }
 305   outputs.files outputFiles
 306   inputs.files inputFiles
 307
 308 }
 309
 310 ide.dependsOn ideCopyDropins
 311 ideJalviewjsBuild.dependsOn ideSetupWorkspace
 312 ideJalviewjsBuild.dependsOn ideCopyDropins
 313
 314
 315
 316
 317
 318
 319
 320
 321
 322
 323
 324
 325
 326
 327 def tempEclipseWorkspace = ""
 328
 329 task jalviewjsSetTempEclipseWorkspace {
 330   tempEclipseWorkspace = file(jalviewjs_eclipse_workspace)
 331   if (!tempEclipseWorkspace.exists()) {
 332     tempEclipseWorkspace = File.createTempDir()
 333     tempEclipseWorkspace.deleteOnExit()
 334   }
 335   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+tempEclipseWorkspace.getPath())
 336 }
 337
 338 task jalviewjsUnzipFiles {
 339   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 340   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 341
 342   doLast {
 343     zipFiles.each { file_zip ->
 344       copy {
 345         from zipTree(file_zip)
 346         into jalviewjs_site_dir
 347       }
 348     }
 349   }
 350
 351   inputs.files zipFiles
 352   outputs.dir jalviewjs_site_dir
 353 }
 354
 355 def eclipseBinary
 356 def eclipseDropinsDir
 357 def eclipsePluginsDir
 358 task jalviewjsEclipsePaths {
 359   def eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 360   if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 361     eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 362   }
 363         if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 364     eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 365                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 366                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/plugins"
 367                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 368         } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 369                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 370                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 371                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 372         } else { // linux or unix
 373                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 374                 eclipsePluginsDir = eclipseRoot+"/plugins"
 375                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 376         }
 377   println("ECLIPSE ROOT: "+eclipseRoot)
 378 }
 379
 380 task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 381   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 382   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 383   def outputDir = eclipseDropinsDir
 384
 385   from inputFiles
 386   into outputDir
 387   def outputFiles = []
 388   rename { filename ->
 389     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 390     null
 391   }
 392   outputs.files outputFiles
 393   inputs.files inputFiles
 394 }
 395
 396 task jalviewjsEclipseCopyPlugins (type: Copy) {
 397   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 398   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_plugins_dir)
 399   def outputDir = eclipsePluginsDir
 400
 401   from inputFiles
 402   into outputDir
 403   def outputFiles = []
 404   rename { filename ->
 405     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 406     null
 407   }
 408   outputs.files outputFiles
 409   inputs.files inputFiles
 410 }
 411
 412 task jalviewjsEclipseSetup {
 413   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 414   dependsOn jalviewjsEclipseCopyPlugins
 415   dependsOn jalviewjsSetTempEclipseWorkspace
 416 }
 417
 418
 419 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 420   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 421   def props = project.properties.sort { it.key }
 422   props.each { prop, val ->
 423     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 424       property(prop,val)
 425     }
 426   }
 427   outputs.file(outputFile)
 428 }
 429
 430 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 431   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 432   def outputDir = jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 433
 434   from inputFiles
 435   into outputDir
 436   def outputFiles = []
 437   rename { filename ->
 438     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 439     null
 440   }
 441   outputs.files outputFiles
 442   inputs.files inputFiles
 443 }
 444
 445 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 446   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 447   def outputDir = jalviewjs_site_dir
 448
 449   from inputFiles
 450   into outputDir
 451   def outputFiles = []
 452   rename { filename ->
 453     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 454     null
 455   }
 456   outputs.files outputFiles
 457   inputs.files inputFiles
 458 }
 459
 460 task cleanJalviewjs {
 461   /*
 462   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_site_dir
 463   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 464   delete file(tempEclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 465   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 466   */
 467 }
 468
 469 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 470   // work out how to do this!
 471   dependsOn eclipseProject
 472   dependsOn eclipseClasspath
 473   dependsOn eclipseJdt
 474   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 475   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 476   executable(eclipseBinary)
 477   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", tempEclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 478
 479   def projdir = tempEclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core/"
 480   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 481   outputs.dir(projdir)
 482 }
 483
 484 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 485   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 486   dependsOn jalviewjsProjectImport
 487   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 488   executable(eclipseBinary)
 489   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 490   inputs.dir(sourceDir)
 491   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 492   outputs.file(eclipse_bin_dir+"/main/jalview/bin/Jalview.class")
 493   outputs.dir(jalviewjs_site_dir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir)
 494 }
 495
 496 task jalviewjsBuildSite {
 497   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 498   dependsOn jalviewjsCopyResources
 499   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 500   dependsOn jalviewjsTranspile
 501 }
 502
 503 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 504   dependsOn jalviewjsBuildSite
 505   def outputFilename = "site.tar.gz"
 506   try {
 507     archiveFileName = outputFilename
 508   } catch (Exception e) {
 509     archiveName = outputFilename
 510   }
 511
 512   compression Compression.GZIP
 513
 514   from jalviewjs_site_dir
 515   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 516
 517   inputs.dir(jalviewjs_site_dir)
 518 }
 519
 520 task jalviewjs {
 521   dependsOn jalviewjsBuildSite
 522 }
 523
 524 def jalviewjsServer = null
 525 task jalviewjsServerStart {
 526   doLast {
 527
 528     if (jalviewjsServer != null) {
 529       println("SERVER ALREADY RUNNING. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 530     } else {
 531
 532       SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 533       def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 534       def start = port
 535       def running = false
 536       while(port < start+1000 && !running) {
 537         try {
 538           jalviewjsServer = factory.start(new File(jalviewDirAbsolutePath+"/"+jalviewjs_site_dir), port)
 539           running = true
 540           println("SERVER STARTED. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 541           //println("Ctrl-c to stop.");java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 542         } catch (Exception e) {
 543           port++;
 544         }
 545       }
 546
 547     }
 548
 549   }
 550
 551 }
 552
 553 /* server persists in gradle daemon but reference is not accessible across builds
 554 task jalviewjsServerStop {
 555   doLast {
 556
 557     if (jalviewjsServer != null) {
 558
 559       println("SERVER ON PORT "+jalviewjsServer.getPort()+" STOPPING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start again.")
 560       jalviewjsServer.stop()
 561
 562     } else {
 563       println("SERVER NOT RUNNING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start.")
 564     }
 565
 566   }
 567 }
 568 */