conf/settings/ClustalParameters.xml

   1 <?xml version="1.0" encoding="US-ASCII" standalone="yes"?>\r
   2 <runnerConfig>\r
   3     <runnerClassName>compbio.runner.clustal.ClustalW</runnerClassName>\r
   4     <options>\r
   5         <name>NOPGAP</name>\r
   6         <description>Residue-specific gaps off</description>\r
   7         <optionNames>-NOPGAP</optionNames>\r
   8         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
   9     </options>\r
  10     <options>\r
  11         <name>No transition weighting</name>\r
  12         <description>Disable sequence weighting</description>\r
  13         <optionNames>-NOWEIGHTS</optionNames>\r
  14         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  15     </options>\r
  16     <options>\r
  17         <name>NOHGAP</name>\r
  18         <description>Hydrophilic gaps off</description>\r
  19         <optionNames>-NOHGAP</optionNames>\r
  20         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  21     </options>\r
  22     <prmSeparator>=</prmSeparator>\r
  23     <parameters>\r
  24         <name>Transition weighting</name>\r
  25         <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>\r
  26         <optionNames>-TRANSWEIGHT</optionNames>\r
  27         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  28         <defaultValue>0.5</defaultValue>\r
  29         <validValue>\r
  30             <type>Float</type>\r
  31             <min>0</min>\r
  32             <max>10</max>\r
  33         </validValue>\r
  34     </parameters>\r
  35     <parameters>\r
  36         <name>Type</name>\r
  37         <description>Type of the sequence (PROTEIN or DNA)</description>\r
  38         <optionNames>-TYPE</optionNames>\r
  39         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  40         <defaultValue>PROTEIN</defaultValue>\r
  41         <possibleValues>PROTEIN</possibleValues>\r
  42         <possibleValues>DNA</possibleValues>\r
  43     </parameters>\r
  44     <parameters>\r
  45         <name>OUTORDER</name>\r
  46         <description>As per INPUT or ALIGNED</description>\r
  47         <optionNames>-OUTORDER</optionNames>\r
  48         <defaultValue>INPUT</defaultValue>\r
  49         <possibleValues>INPUT</possibleValues>\r
  50         <possibleValues>ALIGNED</possibleValues>\r
  51     </parameters>\r
  52     <parameters>\r
  53         <name>MATRIX</name>\r
  54         <description>Protein weight matrix</description>\r
  55         <optionNames>-MATRIX</optionNames>\r
  56         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
  57         <defaultValue>BLOSUM62</defaultValue>\r
  58         <!-- Clustal build in matrices\r
  59         <possibleValues>BLOSUM</possibleValues>\r
  60         <possibleValues>PAM</possibleValues>\r
  61         <possibleValues>ID</possibleValues>\r
  62         <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
  63          -->\r
  64         <possibleValues>BLOSUM100</possibleValues>\r
  65         <possibleValues>BLOSUM30</possibleValues>\r
  66         <possibleValues>BLOSUM35</possibleValues>\r
  67         <possibleValues>BLOSUM40</possibleValues>\r
  68         <possibleValues>BLOSUM45</possibleValues>\r
  69         <possibleValues>BLOSUM50</possibleValues>\r
  70         <possibleValues>BLOSUM55</possibleValues>\r
  71         <possibleValues>BLOSUM60</possibleValues>\r
  72         <possibleValues>BLOSUM62</possibleValues>\r
  73         <possibleValues>BLOSUM65</possibleValues>\r
  74         <possibleValues>BLOSUM70</possibleValues>\r
  75         <possibleValues>BLOSUM75</possibleValues>\r
  76         <possibleValues>BLOSUM80</possibleValues>\r
  77         <possibleValues>BLOSUM85</possibleValues>\r
  78         <possibleValues>BLOSUM90</possibleValues>\r
  79         <possibleValues>BLOSUMN</possibleValues>\r
  80         <possibleValues>DAYHOFF</possibleValues>\r
  81         <possibleValues>GONNET</possibleValues>\r
  82         <possibleValues>IDENTITY</possibleValues>\r
  83         <possibleValues>MATCH</possibleValues>\r
  84         <possibleValues>NUC.4.2</possibleValues>\r
  85         <possibleValues>NUC.4.4</possibleValues>\r
  86         <possibleValues>PAM10</possibleValues>\r
  87         <possibleValues>PAM100</possibleValues>\r
  88         <possibleValues>PAM110</possibleValues>\r
  89         <possibleValues>PAM120</possibleValues>\r
  90         <possibleValues>PAM130</possibleValues>\r
  91         <possibleValues>PAM140</possibleValues>\r
  92         <possibleValues>PAM150</possibleValues>\r
  93         <possibleValues>PAM160</possibleValues>\r
  94         <possibleValues>PAM170</possibleValues>\r
  95         <possibleValues>PAM180</possibleValues>\r
  96         <possibleValues>PAM190</possibleValues>\r
  97         <possibleValues>PAM20</possibleValues>\r
  98         <possibleValues>PAM200</possibleValues>\r
  99         <possibleValues>PAM210</possibleValues>\r
 100         <possibleValues>PAM220</possibleValues>\r
 101         <possibleValues>PAM230</possibleValues>\r
 102         <possibleValues>PAM240</possibleValues>\r
 103         <possibleValues>PAM250</possibleValues>\r
 104         <possibleValues>PAM260</possibleValues>\r
 105         <possibleValues>PAM270</possibleValues>\r
 106         <possibleValues>PAM280</possibleValues>\r
 107         <possibleValues>PAM290</possibleValues>\r
 108         <possibleValues>PAM30</possibleValues>\r
 109         <possibleValues>PAM300</possibleValues>\r
 110         <possibleValues>PAM310</possibleValues>\r
 111         <possibleValues>PAM320</possibleValues>\r
 112         <possibleValues>PAM330</possibleValues>\r
 113         <possibleValues>PAM340</possibleValues>\r
 114         <possibleValues>PAM350</possibleValues>\r
 115         <possibleValues>PAM360</possibleValues>\r
 116         <possibleValues>PAM370</possibleValues>\r
 117         <possibleValues>PAM380</possibleValues>\r
 118         <possibleValues>PAM390</possibleValues>\r
 119         <possibleValues>PAM40</possibleValues>\r
 120         <possibleValues>PAM400</possibleValues>\r
 121         <possibleValues>PAM410</possibleValues>\r
 122         <possibleValues>PAM420</possibleValues>\r
 123         <possibleValues>PAM430</possibleValues>\r
 124         <possibleValues>PAM440</possibleValues>\r
 125         <possibleValues>PAM450</possibleValues>\r
 126         <possibleValues>PAM460</possibleValues>\r
 127         <possibleValues>PAM470</possibleValues>\r
 128         <possibleValues>PAM480</possibleValues>\r
 129         <possibleValues>PAM490</possibleValues>\r
 130         <possibleValues>PAM50</possibleValues>\r
 131         <possibleValues>PAM500</possibleValues>\r
 132         <possibleValues>PAM60</possibleValues>\r
 133         <possibleValues>PAM70</possibleValues>\r
 134         <possibleValues>PAM80</possibleValues>\r
 135         <possibleValues>PAM90</possibleValues>\r
 136     </parameters>\r
 137     <parameters>\r
 138         <name>GAPOPEN</name>\r
 139         <description>Gap opening penalty</description>\r
 140         <optionNames>-GAPOPEN</optionNames>\r
 141         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
 142         <defaultValue>10</defaultValue>\r
 143         <validValue>\r
 144             <type>Float</type>\r
 145             <min>0</min>\r
 146             <max>1000</max>\r
 147         </validValue>\r
 148     </parameters>\r
 149     <parameters>\r
 150         <name>-GAPEXT</name>\r
 151         <description>Gap extension penalty</description>\r
 152         <optionNames>-GAPEXT</optionNames>\r
 153         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
 154         <defaultValue>0.1</defaultValue>\r
 155         <validValue>\r
 156             <type>Float</type>\r
 157             <min>0</min>\r
 158             <max>10</max>\r
 159         </validValue>\r
 160     </parameters>\r
 161     <parameters>\r
 162         <name>ENDGAPS</name>\r
 163         <description>End gap separation pen</description>\r
 164         <optionNames>-ENDGAPS</optionNames>\r
 165         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
 166         <defaultValue>0.5</defaultValue>\r
 167         <validValue>\r
 168             <type>Float</type>\r
 169             <min>0</min>\r
 170             <max>10</max>\r
 171         </validValue>\r
 172     </parameters>\r
 173     <parameters>\r
 174         <name>GAPDIST</name>\r
 175         <description>Gap separation pen. range</description>\r
 176         <optionNames>-GAPDIST</optionNames>\r
 177         <furtherDetails>prog_docs/clustalw.txt</furtherDetails>\r
 178         <defaultValue>1</defaultValue>\r
 179         <validValue>\r
 180             <type>Integer</type>\r
 181             <min>0</min>\r
 182             <max>50</max>\r
 183         </validValue>\r
 184     </parameters>\r
 185 </runnerConfig>\r