datamodel/compbio/metadata/LimitsManager.java

   1 /* Copyright (c) 2009 Peter Troshin\r
   2  *  \r
   3  *  JAva Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) @version: 1.0 \r
   4  * \r
   5  *  This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the\r
   6  *  Apache License version 2 as published by the Apache Software Foundation\r
   7  * \r
   8  *  This library is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without\r
   9  *  even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the Apache \r
  10  *  License for more details.\r
  11  * \r
  12  *  A copy of the license is in apache_license.txt. It is also available here:\r
  13  * @see: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt\r
  14  * \r
  15  * Any republication or derived work distributed in source code form\r
  16  * must include this copyright and license notice.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.metadata;\r
  20 \r
  21 import java.util.List;\r
  22 \r
  23 import javax.xml.bind.ValidationException;\r
  24 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;\r
  25 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;\r
  26 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;\r
  27 \r
  28 import compbio.util.Util;\r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * A collection of Limits\r
  32  * \r
  33  * @see Limit\r
  34  * @author pvtroshin\r
  35  * \r
  36  * @version 1.0 January 2010\r
  37  * @param <T>\r
  38  *            executable type\r
  39  */\r
  40 @XmlRootElement(name = "limits")\r
  41 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)\r
  42 public class LimitsManager<T> {\r
  43 \r
  44         String runnerClassName;\r
  45         List<Limit<T>> limit;\r
  46 \r
  47         /**\r
  48          * \r
  49          * @return all limits defined for an executable T\r
  50          */\r
  51         public List<Limit<T>> getLimits() {\r
  52                 return limit;\r
  53         }\r
  54 \r
  55         @Override\r
  56         public String toString() {\r
  57                 if (limit == null) {\r
  58                         return "";\r
  59                 }\r
  60                 String value = "";\r
  61                 for (Limit<T> lim : limit) {\r
  62                         value += lim.toString();\r
  63                 }\r
  64                 return value;\r
  65         }\r
  66 \r
  67         /**\r
  68          * \r
  69          * @param presetName\r
  70          * @return Limit defined for the executable T and presetName. If no limit is\r
  71          *         defined for the presetName then default Limit is returned. If\r
  72          *         presetName is empty or null than the default Limit will be\r
  73          *         returned. If not limit defined for the type T than NULL will be\r
  74          *         returned\r
  75          */\r
  76         public Limit<T> getLimitByName(String presetName) {\r
  77                 if (limit == null) {\r
  78                         return null;\r
  79                 }\r
  80                 if (Util.isEmpty(presetName)) {\r
  81                         // return default limit\r
  82                         return getDefaultLimit();\r
  83                 }\r
  84                 for (Limit<T> lim : limit) {\r
  85                         String preset = lim.getPreset();\r
  86                         if (preset == null) {\r
  87                                 continue;\r
  88                         }\r
  89                         if (preset.equalsIgnoreCase(presetName)) {\r
  90                                 return lim;\r
  91                         }\r
  92                 }\r
  93                 return null;\r
  94         }\r
  95 \r
  96         /**\r
  97          * \r
  98          * @return the default Limit for an executable type T\r
  99          */\r
 100         public Limit<T> getDefaultLimit() {\r
 101                 for (Limit<T> lim : limit) {\r
 102                         if (lim.isDefault) {\r
 103                                 return lim;\r
 104                         }\r
 105                 }\r
 106                 return null;\r
 107         }\r
 108 \r
 109         /**\r
 110          * Validate Limits\r
 111          * \r
 112          * @see Limit\r
 113          * @see Preset\r
 114          * @param presets\r
 115          * @throws ValidationException\r
 116          *             if any of the Limit defined is found to be invalid. That is\r
 117          *             when\r
 118          * \r
 119          *             1) No default limit is defined\r
 120          * \r
 121          *             2) More than 1 default limit is defined\r
 122          * \r
 123          *             3) Limit's preset name does not match any presets for type T\r
 124          */\r
 125         public void validate(PresetManager<T> presets) throws ValidationException {\r
 126                 int defaults = 0;\r
 127                 for (Limit<T> lim : limit) {\r
 128                         if (lim.isDefault) {\r
 129                                 defaults++;\r
 130                         }\r
 131                 }\r
 132                 if (defaults == 0) {\r
 133                         throw new ValidationException("Default limit is not set!");\r
 134                 }\r
 135                 if (defaults > 1) {\r
 136                         throw new ValidationException(\r
 137                                         "Default limit is set more than once!");\r
 138                 }\r
 139                 if (presets != null) {\r
 140                         for (Limit<T> lim : limit) {\r
 141                                 lim.validate();\r
 142                                 String presetName = lim.getPreset();\r
 143                                 // skip "special" preset\r
 144                                 if (presetName != null\r
 145                                                 && !presetName\r
 146                                                                 .equals(PresetManager.LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET)) {\r
 147                                         Preset<T> preset = presets.getPresetByName(presetName);\r
 148                                         if (preset == null) {\r
 149                                                 throw new ValidationException("Preset " + presetName\r
 150                                                                 + " is not found!");\r
 151                                         }\r
 152                                 }\r
 153                         }\r
 154                 }\r
 155         }\r
 156 \r
 157 }\r