examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/buildali.log

   1 ./buildali_uniref50_dssp.pl  /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/56da5616b4559c93/query.fasta  /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/56da5616b4559c93
   2 $ ./reformat.pl -M first -noss a3m a3m /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/56da5616b4559c93/query.fasta /tmp/phyre2/26541/query.in.a3m -> 1
   3 $ ./reformat.pl -r a3m psi /tmp/phyre2/26541/query.in.a3m /tmp/phyre2/26541/query.psi -> 1
   4
   5 ************************************************
   6  Building alignment for /tmp/phyre2/26541/query (FER_CAPAN_1-144)
   7 ************************************************
   8 Building alignment for query with PSI-BLAST ...
   9 $ /bmm/www/servers/phyre2/bin/blast/blastpgp -I T -s T -b 20000 -v 1 -e 0.001 -d /data/data/blast/uniref50.fasta -i /tmp/phyre2/26541/query.seq &> /tmp/phyre2/26541/query.bla
  10 $ ./alignhits.pl -cov 80 -e 0.001  -bl 0.33 -bs 0.67  -best -psi -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.core.psi -> 4
  11 $ ./alignhits.pl -cov 80 -e 0.001  -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi  -best -psi -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.psi -> 14
  12 $ ./alignhits.pl -cov 80 -e 0.001  -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi  -best -a3m -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.a3m -> 14
  13 Found 14 sequences in PSI-BLAST round 1 (E-value<1E-03, coverage>20%, db=uniref50.fasta)
  14
  15 $ /bmm/www/servers/phyre2/bin/blast/blastpgp -I T -s T -b 20000 -v 1 -e 0.001 -d /data/data/blast/uniref50.fasta -i /tmp/phyre2/26541/query.seq -B /tmp/phyre2/26541/query.psi &> /tmp/phyre2/26541/query.bla
  16 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -a3m -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 633
  17 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.a3m
  18 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -psi -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 633
  19 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.psi
  20 Found 633 sequences in PSI-BLAST round 2 (E-value<1E-03, coverage>20%, db=uniref50.fasta)
  21
  22 $ /bmm/www/servers/phyre2/bin/blast/blastpgp -I T -s T -b 20000 -v 1 -e 0.001 -d /data/data/blast/uniref50.fasta -i /tmp/phyre2/26541/query.seq -B /tmp/phyre2/26541/query.psi &> /tmp/phyre2/26541/query.bla
  23 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -a3m -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 782
  24 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.a3m
  25 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -psi -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 782
  26 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.psi
  27 Found 782 sequences in PSI-BLAST round 3 (E-value<1E-03, coverage>20%, db=uniref50.fasta)
  28
  29 $ /bmm/www/servers/phyre2/bin/blast/blastpgp -I T -s T -b 20000 -v 1 -e 0.001 -d /data/data/blast/uniref50.fasta -i /tmp/phyre2/26541/query.seq -B /tmp/phyre2/26541/query.psi &> /tmp/phyre2/26541/query.bla
  30 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -a3m -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 774
  31 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.a3m
  32 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -psi -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 774
  33 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.psi
  34 Found 774 sequences in PSI-BLAST round 4 (E-value<1E-03, coverage>20%, db=uniref50.fasta)
  35
  36 $ /bmm/www/servers/phyre2/bin/blast/blastpgp -I T -s T -b 20000 -v 1 -e 0.001 -d /data/data/blast/uniref50.fasta -i /tmp/phyre2/26541/query.seq -B /tmp/phyre2/26541/query.psi &> /tmp/phyre2/26541/query.bla
  37 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -a3m -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 763
  38 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.a3m
  39 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -psi -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 763
  40 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.psi
  41 Found 763 sequences in PSI-BLAST round 5 (E-value<1E-03, coverage>20%, db=uniref50.fasta)
  42
  43 $ /bmm/www/servers/phyre2/bin/blast/blastpgp -I T -s T -b 20000 -v 1 -e 0.001 -d /data/data/blast/uniref50.fasta -i /tmp/phyre2/26541/query.seq -B /tmp/phyre2/26541/query.psi &> /tmp/phyre2/26541/query.bla
  44 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -a3m -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 761
  45 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.a3m
  46 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -psi -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 761
  47 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.psi
  48 Found 761 sequences in PSI-BLAST round 6 (E-value<1E-03, coverage>20%, db=uniref50.fasta)
  49
  50 $ /bmm/www/servers/phyre2/bin/blast/blastpgp -I T -s T -b 20000 -v 1 -e 0.001 -d /data/data/blast/uniref50.fasta -i /tmp/phyre2/26541/query.seq -B /tmp/phyre2/26541/query.psi &> /tmp/phyre2/26541/query.bla
  51 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -a3m -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 764
  52 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.a3m
  53 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -psi -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 764
  54 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.psi
  55 Found 764 sequences in PSI-BLAST round 7 (E-value<1E-03, coverage>20%, db=uniref50.fasta)
  56
  57 $ /bmm/www/servers/phyre2/bin/blast/blastpgp -I T -s T -b 20000 -v 1 -e 0.001 -d /data/data/blast/uniref50.fasta -i /tmp/phyre2/26541/query.seq -B /tmp/phyre2/26541/query.psi &> /tmp/phyre2/26541/query.bla
  58 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -a3m -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 762
  59 Found 762 sequences in PSI-BLAST round 8 (E-value<1E-03, coverage>20%, db=uniref50.fasta)
  60
  61 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.a3m
  62 $ ./alignhits.pl -cov 20 -e 0.001   -bl 0 -bs 0.167 -bg 20 -B /tmp/phyre2/26541/query.core.psi   -psi -q /tmp/phyre2/26541/query.seq /tmp/phyre2/26541/query.bla /tmp/phyre2/26541/query.tmp -> 762
  63 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.tmp >> /tmp/phyre2/26541/query.psi
  64 $ ./hhfilter -M a3m -id 90  -cov 20 -diff 0 -i /tmp/phyre2/26541/query.a3m -o /tmp/phyre2/26541/query.fil
  65 Input file = /tmp/phyre2/26541/query.a3m
  66 Output file = /tmp/phyre2/26541/query.fil
  67 Read /tmp/phyre2/26541/query.a3m with 5253 sequences
  68 Alignment in /tmp/phyre2/26541/query.a3m contains 144 match states
  69 891 out of 5253 sequences passed filter (20% min coverage, 90% max pairwise sequence identity)
  70 $ ./reformat.pl -r a3m psi /tmp/phyre2/26541/query.fil /tmp/phyre2/26541/query.psi -> 891
  71 Read DSSP state sequence
  72
  73 Searching DSSP state assignments...
  74 name=FER_CAPAN_1-144  range=
  75 WARNING: Cannot open /bmm/data/dssp//FER_CAPAN_1-144.dssp: No such file or directory
  76 WARNING Cannot open /pdbFER_CAPAN_1-144.ent: No such file or directory
  77 Predicting secondary structure with PSIPRED ...
  78 $ /bmm/www/servers/phyre2/bin/blast/blastpgp -I T -s T -b 1 -j 1 -h 0.001 -d /bmm/www/servers/phyre/public_html/Version_1.1/data/dummydb -i /tmp/phyre2/26541/query.seq -B /tmp/phyre2/26541/query.psi -C /tmp/phyre2/26541/query.chk &> /tmp/phyre2/26541/query.bla
  79 $ /bmm/www/servers/phyre2/bin/psipred25/bin/psipred /tmp/phyre2/26541/query.mtx /bmm/www/servers/phyre2/bin/psipred25/data/weights.dat /bmm/www/servers/phyre2/bin/psipred25/data/weights.dat2 /bmm/www/servers/phyre2/bin/psipred25/data/weights.dat3 /bmm/www/servers/phyre2/bin/psipred25/data/weights.dat4 > /tmp/phyre2/26541/query.ss
  80 $ /bmm/www/servers/phyre2/bin/psipred25/bin/psipass2 /bmm/www/servers/phyre2/bin/psipred25/data/weights_p2.dat 1 0.98 1.09 /tmp/phyre2/26541/query.ss2 /tmp/phyre2/26541/query.ss > /tmp/phyre2/26541/query.horiz
  81 $ cat /tmp/phyre2/26541/query.a3m /tmp/phyre2/26541/query.in.a3m /tmp/phyre2/26541/query.fil > /tmp/phyre2/26541/query.tmp.a3m
  82 $ ./hhfilter -M a3m -id 90  -cov 20 -diff 0 -i /tmp/phyre2/26541/query.tmp.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/56da5616b4559c93/query.a3m
  83 Input file = /tmp/phyre2/26541/query.tmp.a3m
  84 Output file = /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/56da5616b4559c93/query.a3m
  85 Read /tmp/phyre2/26541/query.tmp.a3m with 894 sequences
  86 Alignment in /tmp/phyre2/26541/query.tmp.a3m contains 144 match states
  87 891 out of 892 sequences passed filter (20% min coverage, 90% max pairwise sequence identity)
  88 Written alignment with 891 sequences to /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/56da5616b4559c93/query.a3m
  89
  90 Finished  buildali.pl /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/56da5616b4559c93/query.fasta /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/56da5616b4559c93