help/help/html/features/clarguments.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
   4  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
   5  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
   6  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   7  *
   8  * You should have received a copy of the GNU General Public License
   9  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  10  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  11  -->
  12 <title>Jalview Command Line Arguments: summary</title>
  13 <body>
  14
  15   <h1>Jalview Command Line Arguments: summary</h1>
  16
  17   <p>
  18   Jalview Command Line Arguments: summary
  19   <br/>
  20   <a href="clarguments-intro.html">Jalview Command Line Arguments: introduction</a>
  21   <br/>
  22   <a href="clarguments-basic.html">Jalview Command Line Arguments: basic usage</a>
  23   <br/>
  24   <a href="clarguments-advanced.html">Jalview Command Line Arguments: advanced usage</a>
  25   <br/>
  26   <a href="clarguments-argfiles.html">Jalview Command Line Arguments: argfiles</a>
  27   </p>
  28
  29   <hr/>
  30
  31
  32   <h2>Initialising arguments</h2>
  33
  34   <table border="1" cellpadding="3">
  35     <tr valign="top">
  36     <td><strong>argument</strong></td>
  37     <td><strong>action</strong></td>
  38     </tr>
  39
  40     <tr valign="top">
  41     <td><code>&#8209;&#8209;help / -h</code></td>
  42     <td>Display a help statement</td>
  43     </tr>
  44
  45     <tr valign="top">
  46     <td><code>&#8209;&#8209;headless</code></td>
  47     <td>Run Jalview in headless mode.  No GUI interface will be created and Jalview will quit after all arguments have been processed.</td>
  48     </tr>
  49
  50     <tr valign="top">
  51     <td><code>&#8209;&#8209;jabaws&nbsp;<em>URL</em></code></td>
  52     <td>Set a different URL to connect to a JABAWS server.</td>
  53     </tr>
  54
  55     <tr valign="top">
  56     <td><code>&#8209;&#8209;news / &#8209;&#8209;nonews</code></td>
  57     <td>Show (or don't show) the news feed.</td>
  58     </tr>
  59
  60     <tr valign="top">
  61     <td><code>&#8209;&#8209;splash / &#8209;&#8209;nosplash</code></td>
  62     <td>Show (or don't show) the About Jalview splash screen.</td>
  63     </tr>
  64
  65     <tr valign="top">
  66     <td><code>&#8209;&#8209;questionnaire / &#8209;&#8209;noquestionnaire</code></td>
  67     <td>Show (or don't show) the questionnaire if one is available.</td>
  68     </tr>
  69
  70     <tr valign="top">
  71     <td><code>&#8209;&#8209;usagestats / &#8209;&#8209;nousagestats</code></td>
  72     <td>Send (or don't send) initial launch usage stats. <em>Note: usage stats are useful for future funding for Jalview!</em></td>
  73     </tr>
  74
  75     <tr valign="top">
  76     <td><code>&#8209;&#8209;webservicediscovery / &#8209;&#8209;nowebservicediscovery</code></td>
  77     <td>Attempt (or don't attempt) to connect to JABAWS web services.</td>
  78     </tr>
  79
  80     <tr valign="top">
  81     <td><code>&#8209;&#8209;props&nbsp;<em>filename</em></code></td>
  82     <td>Use file <em>filename</em> as the preferences file <em>instead</em> of the usual <code>~/.jalview_properties</code> file.</td>
  83     </tr>
  84
  85     <tr valign="top">
  86     <td><code>&#8209;&#8209;debug</code></td>
  87     <td>Start Jalview in debug log level.</td>
  88     </tr>
  89
  90     <tr valign="top">
  91     <td><code>&#8209;&#8209;quiet</code></td>
  92     <td>Stop all output to STDOUT (after the Java Virtual Machine has started).  Use <code>&#8209;&#8209;quiet</code> a second time to stop all output to STDERR.</td>
  93     </tr>
  94
  95     <tr valign="top">
  96     <td><code>&#8209;&#8209;initsubstitutions / &#8209;&#8209;noinitsubstitutions</code></td>
  97     <td>Set <code>&#8209;&#8209;substitutions</code> to be initially enabled (or initially disabled).</td>
  98     </tr>
  99
 100     <tr valign="top">
 101     <td><code>&#8209;&#8209;jvmmempc=<em>PERCENT</em></code></td>
 102     <td>
 103       Limit maximum heap size (memory) to PERCENT% of total physical memory detected.
 104       This defaults to 90 if total physical memory can be detected.
 105       <br/>
 106       The equals sign ("=") separator must be used with no spaces.
 107       <br/>
 108       See <a href="../memory.html">Memory usage settings for Jalview</a> for more details.
 109     </td>
 110     </tr>
 111
 112     <tr valign="top">
 113     <td><code>&#8209;&#8209;jvmmemmax=<em>MAXMEMORY</em></code></td>
 114     <td>
 115       Limit maximum heap size (memory) to MAXMEMORY. MAXMEMORY can be specified in bytes, kilobytes(k), megabytes(m),
 116       gigabytes(g) or if you're lucky enough, terabytes(t).
 117       This defaults to 32g if total physical memory can be detected, or to 8g if total physical memory cannot be detected.
 118       <br/>
 119       The equals sign ("=") separator must be used with no spaces.
 120       <br/>
 121       See <a href="../memory.html">Memory usage settings for Jalview</a> for more details.
 122     </td>
 123     </tr>
 124
 125   </table>
 126
 127
 128   <h2>Opening an alignment</h2>
 129
 130   <table border="1" cellpadding="3">
 131     <tr valign="top">
 132     <td><strong>argument</strong></td>
 133     <td><strong>action</strong></td>
 134     <td><strong>sub-value modifiers</strong> (optional)</td>
 135     <td><strong>linked</strong> (optional)</td>
 136     </tr>
 137
 138     <tr valign="top">
 139     <td><code>&#8209;&#8209;open&nbsp;<em>filename/URL ...</em></code></td>
 140     <td>
 141     Opens one or more alignment files <em>filename</em> or URLs <em>URL</em> in new alignment windows.
 142     </td>
 143     <td>
 144       <code>
 145         colour=<em>name</em>,
 146         <br/>
 147         title=<em>string</em>,
 148         <br/>
 149         features=<em>filename</em>,
 150         <br/>
 151         annotations=<em>filename</em>,
 152         <br/>
 153         tree=<em>filename</em>,
 154         <br/>
 155         showannotations,
 156         <br/>
 157         showssannotations,
 158         <br/>
 159         sortbytree,
 160         <br/>
 161         wrap
 162       </code>
 163     </td>
 164     <td align="center">&#x2713;</td>
 165     </tr>
 166
 167     <tr valign="top">
 168     <td><code>&#8209;&#8209;append&nbsp;<em>filename/URL ...</em></code></td>
 169     <td>Appends one or more alignment files <em>filename</em> or URLs <em>URL</em> to the open alignment window (or opens a new alignment if none already open).</td>
 170     <td>
 171     <code>
 172         colour=<em>name</em>,
 173         <br/>
 174         title=<em>string</em>,
 175         <br/>
 176         features=<em>filename</em>,
 177         <br/>
 178         annotations=<em>filename</em>,
 179         <br/>
 180         tree=<em>filename</em>,
 181         <br/>
 182         showannotations,
 183         <br/>
 184         showssannotations,
 185         <br/>
 186         sortbytree,
 187         <br/>
 188         wrap
 189       </code>
 190     </td>
 191     <td align="center">&#x2713;</td>
 192     </tr>
 193
 194     <tr valign="top">
 195     <td><code>&#8209;&#8209;title&nbsp;<em>"string""</em></code></td>
 196     <td>Specifies the title for the open alignment window as <em>string</em>.</td>
 197     <td></td>
 198     <td align="center">&#x2713;</td>
 199     </tr>
 200
 201     <tr valign="top">
 202     <td><code>&#8209;&#8209;colour&nbsp;<em>name</em></code></td>
 203     <td>Applies the colour scheme <em>name</em> to the open alignment window.  Valid values for <em>name</em> are:
 204     <br/>
 205     <code>clustal</code>,
 206     <br/>
 207     <code>blosum62</code>,
 208     <br/>
 209     <code>pc-identity</code>,
 210     <br/>
 211     <code>zappo</code>,
 212     <br/>
 213     <code>taylor</code>,
 214     <br/>
 215     <code>gecos-flower</code>,
 216     <br/>
 217     <code>gecos-blossom</code>,
 218     <br/>
 219     <code>gecos-sunset</code>,
 220     <br/>
 221     <code>gecos-ocean</code>,
 222     <br/>
 223     <code>hydrophobic</code>,
 224     <br/>
 225     <code>helix-propensity</code>,
 226     <br/>
 227     <code>strand-propensity</code>,
 228     <br/>
 229     <code>turn-propensity</code>,
 230     <br/>
 231     <code>buried-index</code>,
 232     <br/>
 233     <code>nucleotide</code>,
 234     <br/>
 235     <code>nucleotide-ambiguity</code>,
 236     <br/>
 237     <code>purine-pyrimidine</code>,
 238     <br/>
 239     <code>rna-helices</code>,
 240     <br/>
 241     <code>t-coffee-scores</code>,
 242     <br/>
 243     <code>sequence-id</code>.
 244     <td></td>
 245     <td align="center">&#x2713;</td>
 246     </tr>
 247
 248     <tr valign="top">
 249     <td><code>&#8209;&#8209;features&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 250     <td>Add a feature file <em>filename</em> or URL <em>URL</em> to the open alignment.</td>
 251     <td></td>
 252     <td align="center">&#x2713;</td>
 253     </tr>
 254
 255
 256
 257     <tr valign="top">
 258     <td><code>&#8209;&#8209;tree&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 259     <td>Add a tree file <em>filename</em> or URL <em>URL</em> to the open alignment.</td>
 260     <td></td>
 261     <td align="center">&#x2713;</td>
 262     </tr>
 263
 264     <tr valign="top">
 265     <td><code>&#8209;&#8209;sortbytree / &#8209;&#8209;nosortbytree</code></td>
 266     <td>Enforces sorting (or not sorting) the alignment in the order of an attached phylogenetic tree.</td>
 267     <td></td>
 268     <td align="center">&#x2713;</td>
 269     </tr>
 270
 271
 272     <tr valign="top">
 273     <td><code>&#8209;&#8209;annotations&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 274     <td>Add an annotations file <em>filename</em> or URL <em>URL</em> to the open alignment.</td>
 275     <td></td>
 276     <td align="center">&#x2713;</td>
 277     </tr>
 278
 279     <tr valign="top">
 280     <td><code>&#8209;&#8209;showannotations / &#8209;&#8209;noshowannotations</code></td>
 281     <td>Enforces showing (or not showing) alignment annotations.</td>
 282     <td></td>
 283     <td align="center">&#x2713;</td>
 284     </tr>
 285
 286     <tr valign="top">
 287     <td><code>&#8209;&#8209;wrap / &#8209;&#8209;nowrap</code></td>
 288     <td>Enforces wrapped (or not wrapped) alignment formatting.</td>
 289     <td></td>
 290     <td align="center">&#x2713;</td>
 291     </tr>
 292
 293     <tr valign="top">
 294     <td><code>&#8209;&#8209;nostructure</code></td>
 295     <td>Do not open or process any 3D structure in the <code>&#8209;&#8209;open</code> or <code>&#8209;&#8209;append</code> files.</td>
 296     <td></td>
 297     <td align="center">&#x2713;</td>
 298     </tr>
 299
 300   </table>
 301
 302
 303   <h2>Adding a 3D structure</h2>
 304
 305   <table border="1" cellpadding="3">
 306     <tr valign="top">
 307     <td><strong>argument</strong></td>
 308     <td><strong>action</strong></td>
 309     <td><strong>sub-value modifiers</strong> (optional)</td>
 310     <td><strong>linked</strong> (optional)</td>
 311     </tr>
 312
 313     <tr valign="top">
 314     <td><code>&#8209;&#8209;structure&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 315     <td>Load a structure file <em>filename</em> or URL <em>URL</em> associated with a sequence in the open alignment.  The sequence to be associated with can be specified with a following <code>&#8209;&#8209;seqid</code> argument, or the sub-value modifier <code>seqid=<em>ID</em></code> can be used.  A sub-value <em>INDEX</em> can also be used to specify the <em>INDEX-th</em> sequence in the open alignment.</td>
 316     <td>
 317       <code>
 318         seqid=<em>id</em></code> or <code><em>INDEX</em>,
 319         <br/>
 320         paefile=<em>filename</em>,
 321         <br/>
 322         tempfac=<em>name</em>,
 323         <br/>
 324         showssannotations,
 325         <!--
 326         <br/>
 327         notempfac,
 328         -->
 329         <br/>
 330         structureviewer=<em>name</em>
 331       </code></td>
 332     <td align="center">&#x2713;</td>
 333     </tr>
 334
 335
 336     <tr valign="top">
 337     <td><code>&#8209;&#8209;seqid&nbsp;<em>ID</em></code></td>
 338     <td>Specify the sequence name for the preceding <code>&#8209;&#8209;structure</code> to be associated with.</td>
 339     <td></td>
 340     <td align="center">&#x2713;</td>
 341     </tr>
 342
 343
 344     <tr valign="top">
 345     <td><code>&#8209;&#8209;paematrix&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 346     <td>Add a PAE json matrix file <em>filename</em> to the preceding <code>&#8209;&#8209;structure</code>.</td>
 347     <td></td>
 348     <td align="center">&#x2713;</td>
 349     </tr>
 350
 351
 352     <tr valign="top">
 353     <td><code>&#8209;&#8209;tempfac&nbsp;<em>name</em></code></td>
 354     <td>Set the type of temperature factor.  Valid values for <em>name</em> are:
 355       <br/>
 356       <code>default</code>,
 357       <br/>
 358       <code>plddt</code>
 359     </td>
 360     <td></td>
 361     <td align="center">&#x2713;</td>
 362     </tr>
 363
 364
 365     <tr valign="top">
 366     <td><code>&#8209;&#8209;structureviewer&nbsp;<em>name</em></code></td>
 367     <td>Set the structure viewer to use to open the 3d structure file specified in previous <code>&#8209;&#8209;structure</code> to <em>name</em>.  Valid values of <em>name</em> are:
 368     <br/>
 369     <code>none</code>,
 370     <br/>
 371     <code>jmol</code>,
 372     <br/>
 373     <code>chimera</code> <em>- requires installation, might need configuring in Preferences</em>,
 374     <br/>
 375     <code>chimerax</code> <em>- requires installation, might need configuring in Preferences</em>,
 376     <br/>
 377     <code>pymol</code> <em>- requires installation, might need configuring in Preferences</em>
 378     </td>
 379     <td></td>
 380     <td align="center">&#x2713;</td>
 381     </tr>
 382
 383
 384     <!--
 385     <tr valign="top">
 386     <td><code>&#8209;&#8209;notempfac</code></td>
 387     <td>Do not show the temperature factor annotation for the preceding <code>&#8209;&#8209;structure</code></td>
 388     <td></td>
 389     <td align="center">&#x2713;</td>
 390     </tr>
 391     -->
 392
 393
 394     <tr valign="top">
 395     <td><code>&#8209;&#8209;showssannotations / &#8209;&#8209;noshowssannotations</code></td>
 396     <td>Do not show secondary structure annotations for the preceding <code>&#8209;&#8209;structure</code></td>
 397     <td></td>
 398     <td align="center">&#x2713;</td>
 399     </tr>
 400
 401   </table>
 402
 403
 404   <h2>Outputting files</h2>
 405
 406   <table border="1" cellpadding="3">
 407     <tr valign="top">
 408     <td><strong>argument</strong></td>
 409     <td><strong>action</strong></td>
 410     <td><strong>sub-value modifiers</strong> (optional)</td>
 411     <td><strong>linked</strong> (optional)</td>
 412     </tr>
 413
 414     <tr valign="top">
 415     <td><code>&#8209;&#8209;output&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 416     <td>Export the open alignment to file <em>filename</em>.  The format <em>name</em> is specified by the sub-value modifier <code>format=<em>name</em></code>, a following <code>&#8209;&#8209;format <em>name</em></code> argument or guessed from the file extension.  Valid format names (and file extensions) are:
 417     <br/>
 418     <code>fasta</code> (<code>fa, fasta, mfa, fastq</code>),
 419     <br/>
 420     <code>pfam</code> (<code>pfam</code>),
 421     <br/>
 422     <code>stockholm</code> (<code>sto, stk</code>),
 423     <br/>
 424     <code>pir</code> (<code>pir</code>),
 425     <br/>
 426     <code>blc</code> (<code>blc</code>),
 427     <br/>
 428     <code>amsa</code> (<code>amsa</code>),
 429     <br/>
 430     <code>json</code> (<code>json</code>),
 431     <br/>
 432     <code>pileup</code> (<code>pileup</code>),
 433     <br/>
 434     <code>msf</code> (<code>msf</code>),
 435     <br/>
 436     <code>clustal</code> (<code>aln</code>),
 437     <br/>
 438     <code>phylip</code> (<code>phy</code>),
 439     <br/>
 440     <code>jalview</code> (<code>jvp, jar</code>).
 441     </td>
 442     <td><code>format=<em>name</em></code></td>
 443     <td align="center">&#x2713;</td>
 444     </tr>
 445
 446     <tr valign="top">
 447     <td><code>&#8209;&#8209;format&nbsp;<em>name</em></code></td>
 448     <td>Sets the format for the preceding <code>&#8209;&#8209;output</code> file.  Valid formats are:
 449     <br/>
 450     <code>fasta</code>,
 451     <br/>
 452     <code>pfam</code>,
 453     <br/>
 454     <code>stockholm</code>,
 455     <br/>
 456     <code>pir</code>,
 457     <br/>
 458     <code>blc</code>,
 459     <br/>
 460     <code>amsa</code>,
 461     <br/>
 462     <code>json</code>,
 463     <br/>
 464     <code>pileup</code>,
 465     <br/>
 466     <code>msf</code>,
 467     <br/>
 468     <code>clustal</code>,
 469     <br/>
 470     <code>phylip</code>,
 471     <br/>
 472     <code>jalview</code>.
 473     </td>
 474     <td></td>
 475     <td align="center">&#x2713;</td>
 476     </tr>
 477
 478     <tr valign="top">
 479     <td><code>&#8209;&#8209;image&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 480     <td>Output an image of the open alignment window.  Format is specified by the sub-value modifier, a following <code>&#8209;&#8209;type</code> argument or guessed from the file extension.  Valid formats/extensions are:
 481     <br/>
 482     <code>svg</code>,
 483     <br/>
 484     <code>png</code>,
 485     <br/>
 486     <code>eps</code>,
 487     <br/>
 488     <code>html</code>,
 489     <br/>
 490     <code>biojs</code>.
 491     </td>
 492     <td>
 493       <code>type=<em>name</em>,
 494       <code>textrenderer=<em>name</em>,
 495       <code>scale=<em>number</em>,
 496       <code>width=<em>number</em>,
 497       <code>height=<em>number</em>
 498     </td>
 499     <td align="center">&#x2713;</td>
 500     </tr>
 501
 502     <tr valign="top">
 503     <td><code>&#8209;&#8209;type&nbsp;<em>name</em></code></td>
 504     <td>Set the image format for the preceding <code>&#8209;&#8209;image</code> to <em>name</em>.  Valid values for <em>name</em> are:
 505     <br/>
 506     <code>svg</code>,
 507     <br/>
 508     <code>png</code>,
 509     <br/>
 510     <code>eps</code>,
 511     <br/>
 512     <code>html</code>,
 513     <br/>
 514     <code>biojs</code>.
 515     </td>
 516     <td></td>
 517     <td align="center">&#x2713;</td>
 518     </tr>
 519
 520     <tr valign="top">
 521     <td><code>&#8209;&#8209;textrenderer&nbsp;<em>name</em></code></td>
 522     <td>Sets whether text in a vector image format (SVG, HTML, EPS) should be rendered as text or vector line-art.  Valid values for <em>name</em> are:
 523     <br/>
 524     <code>text</code>,
 525     <br/>
 526     <code>lineart</code>.
 527     </td>
 528     <td></td>
 529     <td align="center">&#x2713;</td>
 530     </tr>
 531
 532     <tr valign="top">
 533     <td><code>&#8209;&#8209;scale&nbsp;<em>number</em></code></td>
 534     <td>Sets a scaling for bitmap image format (PNG).  Should be given as a floating point number.  This can also be set as a sub-value modifier to the <code>--image</code> value.  If used in conjunction with <code>--width</code> and <code>--height</code> then the smallest scaling will be used (<code>scale</code>, <code>width</code> and <code>height</code> provide bounds for the image).</td>
 535     <td></td>
 536     <td align="center">&#x2713;</td>
 537     </tr>
 538
 539     <tr valign="top">
 540     <td><code>&#8209;&#8209;width&nbsp;<em>number</em></code></td>
 541     <td>Sets a width for bitmap image format (PNG) with the height maintaining the aspect ratio.  Should be given as a positive integer.  This can also be set as a sub-value modifier to the <code>--image</code> value.  If used in conjunction with <code>--scale</code> and <code>--height</code> then the smallest scaling will be used (<code>scale</code>, <code>width</code> and <code>height</code> provide bounds for the image).</td>
 542     <td></td>
 543     <td align="center">&#x2713;</td>
 544     </tr>
 545
 546     <tr valign="top">
 547     <td><code>&#8209;&#8209;height&nbsp;<em>number</em></code></td>
 548     <td>Sets a height for bitmap image format (PNG) with the width maintaining the aspect ratio.  Should be given as a positive integer.  This can also be set as a sub-value modifier to the <code>--image</code> value.  If used in conjunction with <code>--scale</code> and <code>--width</code> then the smallest scaling will be used (<code>scale</code>, <code>width</code> and <code>height</code> provide bounds for the image).</td>
 549     <td></td>
 550     <td align="center">&#x2713;</td>
 551     </tr>
 552
 553     <tr valign="top">
 554     <td><code>&#8209;&#8209;groovy&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 555     <td>Process a groovy script in the file for the open alignment.</td>
 556     <td></td>
 557     <td align="center">&#x2713;</td>
 558     </tr>
 559
 560     <tr valign="top">
 561     <td><code>&#8209;&#8209;backups / &#8209;&#8209;nobackups</code></td>
 562     <td>Enable (or disable) writing backup files when saving an <code>&#8209;&#8209;output</code> file.  This applies to the current open alignment -- to apply to all <code>&#8209;&#8209;output</code> and <code>&#8209;&#8209;image</code> files, use after <code>&#8209;&#8209;all</code>.</td>
 563     <td></td>
 564     <td align="center">&#x2713;</td>
 565     </tr>
 566
 567     <tr valign="top">
 568     <td><code>&#8209;&#8209;overwrite / &#8209;&#8209;nooverwrite</code></td>
 569     <td>Enable (or disable) overwriting of output files without backups enabled.  This applies to the current open alignment -- to apply to all <code>&#8209;&#8209;output</code> and <code>&#8209;&#8209;image</code> files, use after <code>&#8209;&#8209;all</code>.</td>
 570     <td></td>
 571     <td align="center">&#x2713;</td>
 572     </tr>
 573
 574     <tr valign="top">
 575     <td><code>&#8209;&#8209;close</code></td>
 576     <td>Close the current open alignment window.  This occurs after other output arguments.  This applies to the current open alignment -- to apply to all <code>&#8209;&#8209;output</code> and <code>&#8209;&#8209;image</code> files, use after <code>&#8209;&#8209;all</code>.</td>
 577     <td></td>
 578     <td align="center">&#x2713;</td>
 579     </tr>
 580
 581   </table>
 582
 583
 584   <h2>Controlling flow of arguments</h2>
 585
 586   <table border="1" cellpadding="3">
 587     <tr valign="top">
 588     <td><strong>argument</strong></td>
 589     <td><strong>action</strong></td>
 590     </tr>
 591
 592     <tr valign="top">
 593     <td><code>&#8209;&#8209;new</code></td>
 594     <td>
 595     Move on to a new alignment window.  This will ensure <code>&#8209;&#8209;append</code> will start a new alignment window and other linked arguments will apply to the new alignment window.
 596     <br/>
 597     <em>Note</em> that <code>--open</code> already starts a new alignment window for each file it opens.
 598     </td>
 599     </tr>
 600
 601     <tr valign="top">
 602     <td><code>&#8209;&#8209;substitutions / &#8209;&#8209;nosubstitutions</code></td>
 603     <td>The following argument values allow (or don't allow) subsituting filename parts.  This is initially true.  Valid substitutions are
 604     <code>{basename}</code> - the filename-without-extension of the currently <code>&#8209;&#8209;open</code>ed file (or first <code>&#8209;&#8209;append</code>ed file),
 605     <br/>
 606     <code>{dirname}</code>, - the directory (folder) name of the currently <code>&#8209;&#8209;open</code>ed file (or first <code>&#8209;&#8209;append</code>ed file),
 607     <br/>
 608     <code>{argfilebasename}</code> - the filename-without-extension of the current <code>&#8209;&#8209;argfile</code>,
 609     <br/>
 610     <code>{argfiledirname}</code> - the directory (folder) name of the current <code>&#8209;&#8209;argfile</code>,
 611     <br/>
 612     <code>{n}</code> - the value of the index counter (starting at 0).
 613     <br/>
 614     <code>{++n}</code> - increase and substitute the value of the index counter,
 615     <br/>
 616     <code>{}</code> - the value of the current alignment window <em>default</em> index.
 617     </td>
 618     </tr>
 619
 620     <tr valign="top">
 621     <td><code>&#8209;&#8209;argfile&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 622     <td>
 623     Open one or more files <em>filename</em> and read, line-by-line, as arguments to Jalview.
 624     <br/>
 625     Values in an argfile should be given with an equals sign ("=") separator with no spaces.
 626     <br/>
 627     <strong>Note</strong> that if you use one or more <code>&#8209;&#8209;argfile</code> arguments then all other non-initialising arguments will be ignored.
 628     </td>
 629     </tr>
 630
 631     <tr valign="top">
 632     <td><code>&#8209;&#8209;npp</code></td>
 633     <td>Increase the index counter used in argument value substitutions.</td>
 634     </tr>
 635
 636     <tr valign="top">
 637     <td><code>&#8209;&#8209;all / &#8209;&#8209;noall</code></td>
 638     <td>Apply (or stop applying) the following output arguments to <em>all</em> sets of linked arguments.</td>
 639     </tr>
 640
 641     <tr valign="top">
 642     <td><code>&#8209;&#8209;quit</code></td>
 643     <td>After all files have been opened, appended and output, quit Jalview.  In <code>&#8209;&#8209;headless</code> mode this already happens.</td>
 644     </tr>
 645
 646   </table>
 647
 648 </body>
 649 </html>