help/help/html/features/clarguments.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
   4  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
   5  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
   6  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   7  *
   8  * You should have received a copy of the GNU General Public License
   9  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  10  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  11  -->
  12 <title>Jalview Command Line Arguments: summary</title>
  13 <body>
  14
  15   <h1>Jalview Command Line Arguments: summary</h1>
  16
  17   <p>
  18   Jalview Command Line Arguments: summary
  19   <br/>
  20   <a href="clarguments-intro.html">Jalview Command Line Arguments: introduction</a>
  21   <br/>
  22   <a href="clarguments-basic.html">Jalview Command Line Arguments: basic usage</a>
  23   <br/>
  24   <a href="clarguments-advanced.html">Jalview Command Line Arguments: advanced usage</a>
  25   <br/>
  26   <a href="clarguments-argfiles.html">Jalview Command Line Arguments: argfiles</a>
  27   </p>
  28
  29   <hr/>
  30
  31
  32   <h2>Initialising arguments</h2>
  33
  34   <table border="1" cellpadding="3">
  35     <tr valign="top">
  36     <td><strong>argument</strong></td>
  37     <td><strong>action</strong></td>
  38     </tr>
  39
  40     <tr valign="top">
  41     <td><code>&#8209;&#8209;help / -h</code></td>
  42     <td>Display a help statement</td>
  43     </tr>
  44
  45     <tr valign="top">
  46     <td><code>&#8209;&#8209;headless</code></td>
  47     <td>Run Jalview in headless mode.  No GUI interface will be created and Jalview will quit after all arguments have been processed.</td>
  48     </tr>
  49
  50     <tr valign="top">
  51     <td><code>&#8209;&#8209;jabaws&nbsp;<em>URL</em></code></td>
  52     <td>Set a different URL to connect to a JABAWS server.</td>
  53     </tr>
  54
  55     <tr valign="top">
  56     <td><code>&#8209;&#8209;news / &#8209;&#8209;nonews</code></td>
  57     <td>Show (or don't show) the news feed.</td>
  58     </tr>
  59
  60     <tr valign="top">
  61     <td><code>&#8209;&#8209;splash / &#8209;&#8209;nosplash</code></td>
  62     <td>Show (or don't show) the About Jalview splash screen.</td>
  63     </tr>
  64
  65     <tr valign="top">
  66     <td><code>&#8209;&#8209;questionnaire / &#8209;&#8209;noquestionnaire</code></td>
  67     <td>Show (or don't show) the questionnaire if one is available.</td>
  68     </tr>
  69
  70     <tr valign="top">
  71     <td><code>&#8209;&#8209;usagestats / &#8209;&#8209;nousagestats</code></td>
  72     <td>Send (or don't send) initial launch usage stats. <em>Note: usage stats are useful for future funding for Jalview!</em></td>
  73     </tr>
  74
  75     <tr valign="top">
  76     <td><code>&#8209;&#8209;webservicediscovery / &#8209;&#8209;nowebservicediscovery</code></td>
  77     <td>Attempt (or don't attempt) to connect to JABAWS web services.</td>
  78     </tr>
  79
  80     <tr valign="top">
  81     <td><code>&#8209;&#8209;props&nbsp;<em>filename</em></code></td>
  82     <td>Use file <em>filename</em> as the preferences file <em>instead</em> of the usual <code>~/.jalview_properties</code> file.</td>
  83     </tr>
  84
  85     <tr valign="top">
  86     <td><code>&#8209;&#8209;debug</code></td>
  87     <td>Start Jalview in debug log level.</td>
  88     </tr>
  89
  90     <tr valign="top">
  91     <td><code>&#8209;&#8209;quiet</code></td>
  92     <td>Stop all output to STDOUT (after the Java Virtual Machine has started).  Use <code>&#8209;&#8209;quiet</code> a second time to stop all output to STDERR.</td>
  93     </tr>
  94
  95     <tr valign="top">
  96     <td><code>&#8209;&#8209;initsubstitutions / &#8209;&#8209;noinitsubstitutions</code></td>
  97     <td>Set <code>&#8209;&#8209;substitutions</code> to be initially enabled (or initially disabled).</td>
  98     </tr>
  99
 100     <tr valign="top">
 101     <td><code>&#8209;&#8209;jvmmempc=<em>PERCENT</em></code></td>
 102     <td>
 103       <em>Only available with standalone executable jar or jalview.bin.Launcher.</em>
 104       <br/>
 105       Limit maximum heap size (memory) to PERCENT% of total physical memory detected.
 106       This defaults to 90 if total physical memory can be detected.
 107       <br/>
 108       The equals sign ("=") separator must be used with no spaces.
 109       <br/>
 110       See <a href="../memory.html">Memory usage settings for Jalview</a> for more details.
 111     </td>
 112     </tr>
 113
 114     <tr valign="top">
 115     <td><code>&#8209;&#8209;jvmmemmax=<em>MAXMEMORY</em></code></td>
 116     <td>
 117       <em>Only available with standalone executable jar or jalview.bin.Launcher.</em>
 118       <br/>
 119       Limit maximum heap size (memory) to MAXMEMORY. MAXMEMORY can be specified in bytes, kilobytes(k), megabytes(m),
 120       gigabytes(g) or if you're lucky enough, terabytes(t).
 121       This defaults to 32g if total physical memory can be detected, or to 8g if total physical memory cannot be detected.
 122       <br/>
 123       The equals sign ("=") separator must be used with no spaces.
 124       <br/>
 125       See <a href="../memory.html">Memory usage settings for Jalview</a> for more details.
 126     </td>
 127     </tr>
 128
 129   </table>
 130
 131
 132   <h2>Opening an alignment</h2>
 133
 134   <table border="1" cellpadding="3">
 135     <tr valign="top">
 136     <td><strong>argument</strong></td>
 137     <td><strong>action</strong></td>
 138     <td><strong>sub-value modifiers</strong> (optional)</td>
 139     <td><strong>linked</strong> (optional)</td>
 140     </tr>
 141
 142     <tr valign="top">
 143     <td><code>&#8209;&#8209;open&nbsp;<em>filename/URL ...</em></code></td>
 144     <td>
 145     Opens one or more alignment files <em>filename</em> or URLs <em>URL</em> in new alignment windows.
 146     </td>
 147     <td>
 148       <code>
 149         colour=<em>name</em>,
 150         <br/>
 151         title=<em>string</em>,
 152         <br/>
 153         features=<em>filename</em>,
 154         <br/>
 155         annotations=<em>filename</em>,
 156         <br/>
 157         tree=<em>filename</em>,
 158         <br/>
 159         showannotations,
 160         <br/>
 161         showssannotations,
 162         <br/>
 163         sortbytree,
 164         <br/>
 165         wrap
 166       </code>
 167     </td>
 168     <td align="center">&#x2713;</td>
 169     </tr>
 170
 171     <tr valign="top">
 172     <td><code>&#8209;&#8209;append&nbsp;<em>filename/URL ...</em></code></td>
 173     <td>Appends one or more alignment files <em>filename</em> or URLs <em>URL</em> to the open alignment window (or opens a new alignment if none already open).</td>
 174     <td>
 175     <code>
 176         colour=<em>name</em>,
 177         <br/>
 178         title=<em>string</em>,
 179         <br/>
 180         features=<em>filename</em>,
 181         <br/>
 182         annotations=<em>filename</em>,
 183         <br/>
 184         tree=<em>filename</em>,
 185         <br/>
 186         showannotations,
 187         <br/>
 188         showssannotations,
 189         <br/>
 190         sortbytree,
 191         <br/>
 192         wrap
 193       </code>
 194     </td>
 195     <td align="center">&#x2713;</td>
 196     </tr>
 197
 198     <tr valign="top">
 199     <td><code>&#8209;&#8209;title&nbsp;<em>"string""</em></code></td>
 200     <td>Specifies the title for the open alignment window as <em>string</em>.</td>
 201     <td></td>
 202     <td align="center">&#x2713;</td>
 203     </tr>
 204
 205     <tr valign="top">
 206     <td><code>&#8209;&#8209;colour&nbsp;<em>name</em></code></td>
 207     <td>Applies the colour scheme <em>name</em> to the open alignment window.  Valid values for <em>name</em> are:
 208     <br/>
 209     <code>clustal</code>,
 210     <br/>
 211     <code>blosum62</code>,
 212     <br/>
 213     <code>pc-identity</code>,
 214     <br/>
 215     <code>zappo</code>,
 216     <br/>
 217     <code>taylor</code>,
 218     <br/>
 219     <code>gecos-flower</code>,
 220     <br/>
 221     <code>gecos-blossom</code>,
 222     <br/>
 223     <code>gecos-sunset</code>,
 224     <br/>
 225     <code>gecos-ocean</code>,
 226     <br/>
 227     <code>hydrophobic</code>,
 228     <br/>
 229     <code>helix-propensity</code>,
 230     <br/>
 231     <code>strand-propensity</code>,
 232     <br/>
 233     <code>turn-propensity</code>,
 234     <br/>
 235     <code>buried-index</code>,
 236     <br/>
 237     <code>nucleotide</code>,
 238     <br/>
 239     <code>nucleotide-ambiguity</code>,
 240     <br/>
 241     <code>purine-pyrimidine</code>,
 242     <br/>
 243     <code>rna-helices</code>,
 244     <br/>
 245     <code>t-coffee-scores</code>,
 246     <br/>
 247     <code>sequence-id</code>.
 248     <td></td>
 249     <td align="center">&#x2713;</td>
 250     </tr>
 251
 252     <tr valign="top">
 253     <td><code>&#8209;&#8209;features&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 254     <td>Add a feature file <em>filename</em> or URL <em>URL</em> to the open alignment.</td>
 255     <td></td>
 256     <td align="center">&#x2713;</td>
 257     </tr>
 258
 259
 260
 261     <tr valign="top">
 262     <td><code>&#8209;&#8209;tree&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 263     <td>Add a tree file <em>filename</em> or URL <em>URL</em> to the open alignment.</td>
 264     <td></td>
 265     <td align="center">&#x2713;</td>
 266     </tr>
 267
 268     <tr valign="top">
 269     <td><code>&#8209;&#8209;sortbytree / &#8209;&#8209;nosortbytree</code></td>
 270     <td>Enforces sorting (or not sorting) the alignment in the order of an attached phylogenetic tree.</td>
 271     <td></td>
 272     <td align="center">&#x2713;</td>
 273     </tr>
 274
 275
 276     <tr valign="top">
 277     <td><code>&#8209;&#8209;annotations&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 278     <td>Add an annotations file <em>filename</em> or URL <em>URL</em> to the open alignment.</td>
 279     <td></td>
 280     <td align="center">&#x2713;</td>
 281     </tr>
 282
 283     <tr valign="top">
 284     <td><code>&#8209;&#8209;showannotations / &#8209;&#8209;noshowannotations</code></td>
 285     <td>Enforces showing (or not showing) alignment annotations.</td>
 286     <td></td>
 287     <td align="center">&#x2713;</td>
 288     </tr>
 289
 290     <tr valign="top">
 291     <td><code>&#8209;&#8209;wrap / &#8209;&#8209;nowrap</code></td>
 292     <td>Enforces wrapped (or not wrapped) alignment formatting.</td>
 293     <td></td>
 294     <td align="center">&#x2713;</td>
 295     </tr>
 296
 297     <tr valign="top">
 298     <td><code>&#8209;&#8209;nostructure</code></td>
 299     <td>Do not open or process any 3D structure in the <code>&#8209;&#8209;open</code> or <code>&#8209;&#8209;append</code> files.</td>
 300     <td></td>
 301     <td align="center">&#x2713;</td>
 302     </tr>
 303
 304   </table>
 305
 306
 307   <h2>Adding a 3D structure</h2>
 308
 309   <table border="1" cellpadding="3">
 310     <tr valign="top">
 311     <td><strong>argument</strong></td>
 312     <td><strong>action</strong></td>
 313     <td><strong>sub-value modifiers</strong> (optional)</td>
 314     <td><strong>linked</strong> (optional)</td>
 315     </tr>
 316
 317     <tr valign="top">
 318     <td><code>&#8209;&#8209;structure&nbsp;<em>filename/URL</em></code></td>
 319     <td>Load a structure file <em>filename</em> or URL <em>URL</em> associated with a sequence in the open alignment.  The sequence to be associated with can be specified with a following <code>&#8209;&#8209;seqid</code> argument, or the sub-value modifier <code>seqid=<em>ID</em></code> can be used.  A sub-value <em>INDEX</em> can also be used to specify the <em>INDEX-th</em> sequence in the open alignment.</td>
 320     <td>
 321       <code>
 322         seqid=<em>id</em></code> or <code><em>INDEX</em>,
 323         <br/>
 324         paefile=<em>filename</em>,
 325         <br/>
 326         tempfac=<em>name</em>,
 327         <br/>
 328         showssannotations,
 329         <!--
 330         <br/>
 331         notempfac,
 332         -->
 333         <br/>
 334         structureviewer=<em>name</em>
 335       </code></td>
 336     <td align="center">&#x2713;</td>
 337     </tr>
 338
 339
 340     <tr valign="top">
 341     <td><code>&#8209;&#8209;seqid&nbsp;<em>ID</em></code></td>
 342     <td>Specify the sequence name for the preceding <code>&#8209;&#8209;structure</code> to be associated with.</td>
 343     <td></td>
 344     <td align="center">&#x2713;</td>
 345     </tr>
 346
 347
 348     <tr valign="top">
 349     <td><code>&#8209;&#8209;paematrix&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 350     <td>Add a PAE json matrix file <em>filename</em> to the preceding <code>&#8209;&#8209;structure</code>.</td>
 351     <td></td>
 352     <td align="center">&#x2713;</td>
 353     </tr>
 354
 355
 356     <tr valign="top">
 357     <td><code>&#8209;&#8209;tempfac&nbsp;<em>name</em></code></td>
 358     <td>Set the type of temperature factor.  Valid values for <em>name</em> are:
 359       <br/>
 360       <code>default</code>,
 361       <br/>
 362       <code>plddt</code>
 363     </td>
 364     <td></td>
 365     <td align="center">&#x2713;</td>
 366     </tr>
 367
 368
 369     <tr valign="top">
 370     <td><code>&#8209;&#8209;structureviewer&nbsp;<em>name</em></code></td>
 371     <td>Set the structure viewer to use to open the 3d structure file specified in previous <code>&#8209;&#8209;structure</code> to <em>name</em>.  Valid values of <em>name</em> are:
 372     <br/>
 373     <code>none</code>,
 374     <br/>
 375     <code>jmol</code>,
 376     <br/>
 377     <code>chimera</code> <em>- requires installation, might need configuring in Preferences</em>,
 378     <br/>
 379     <code>chimerax</code> <em>- requires installation, might need configuring in Preferences</em>,
 380     <br/>
 381     <code>pymol</code> <em>- requires installation, might need configuring in Preferences</em>
 382     </td>
 383     <td></td>
 384     <td align="center">&#x2713;</td>
 385     </tr>
 386
 387
 388     <!--
 389     <tr valign="top">
 390     <td><code>&#8209;&#8209;notempfac</code></td>
 391     <td>Do not show the temperature factor annotation for the preceding <code>&#8209;&#8209;structure</code></td>
 392     <td></td>
 393     <td align="center">&#x2713;</td>
 394     </tr>
 395     -->
 396
 397
 398     <tr valign="top">
 399     <td><code>&#8209;&#8209;showssannotations / &#8209;&#8209;noshowssannotations</code></td>
 400     <td>Do not show secondary structure annotations for the preceding <code>&#8209;&#8209;structure</code></td>
 401     <td></td>
 402     <td align="center">&#x2713;</td>
 403     </tr>
 404
 405   </table>
 406
 407
 408   <h2>Outputting files</h2>
 409
 410   <table border="1" cellpadding="3">
 411     <tr valign="top">
 412     <td><strong>argument</strong></td>
 413     <td><strong>action</strong></td>
 414     <td><strong>sub-value modifiers</strong> (optional)</td>
 415     <td><strong>linked</strong> (optional)</td>
 416     </tr>
 417
 418     <tr valign="top">
 419     <td><code>&#8209;&#8209;output&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 420     <td>Export the open alignment to file <em>filename</em>.  The format <em>name</em> is specified by the sub-value modifier <code>format=<em>name</em></code>, a following <code>&#8209;&#8209;format <em>name</em></code> argument or guessed from the file extension.  Valid format names (and file extensions) are:
 421     <br/>
 422     <code>fasta</code> (<code>fa, fasta, mfa, fastq</code>),
 423     <br/>
 424     <code>pfam</code> (<code>pfam</code>),
 425     <br/>
 426     <code>stockholm</code> (<code>sto, stk</code>),
 427     <br/>
 428     <code>pir</code> (<code>pir</code>),
 429     <br/>
 430     <code>blc</code> (<code>blc</code>),
 431     <br/>
 432     <code>amsa</code> (<code>amsa</code>),
 433     <br/>
 434     <code>json</code> (<code>json</code>),
 435     <br/>
 436     <code>pileup</code> (<code>pileup</code>),
 437     <br/>
 438     <code>msf</code> (<code>msf</code>),
 439     <br/>
 440     <code>clustal</code> (<code>aln</code>),
 441     <br/>
 442     <code>phylip</code> (<code>phy</code>),
 443     <br/>
 444     <code>jalview</code> (<code>jvp, jar</code>).
 445     </td>
 446     <td><code>format=<em>name</em></code></td>
 447     <td align="center">&#x2713;</td>
 448     </tr>
 449
 450     <tr valign="top">
 451     <td><code>&#8209;&#8209;format&nbsp;<em>name</em></code></td>
 452     <td>Sets the format for the preceding <code>&#8209;&#8209;output</code> file.  Valid formats are:
 453     <br/>
 454     <code>fasta</code>,
 455     <br/>
 456     <code>pfam</code>,
 457     <br/>
 458     <code>stockholm</code>,
 459     <br/>
 460     <code>pir</code>,
 461     <br/>
 462     <code>blc</code>,
 463     <br/>
 464     <code>amsa</code>,
 465     <br/>
 466     <code>json</code>,
 467     <br/>
 468     <code>pileup</code>,
 469     <br/>
 470     <code>msf</code>,
 471     <br/>
 472     <code>clustal</code>,
 473     <br/>
 474     <code>phylip</code>,
 475     <br/>
 476     <code>jalview</code>.
 477     </td>
 478     <td></td>
 479     <td align="center">&#x2713;</td>
 480     </tr>
 481
 482     <tr valign="top">
 483     <td><code>&#8209;&#8209;image&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 484     <td>Output an image of the open alignment window.  Format is specified by the sub-value modifier, a following <code>&#8209;&#8209;type</code> argument or guessed from the file extension.  Valid formats/extensions are:
 485     <br/>
 486     <code>svg</code>,
 487     <br/>
 488     <code>png</code>,
 489     <br/>
 490     <code>eps</code>,
 491     <br/>
 492     <code>html</code>,
 493     <br/>
 494     <code>biojs</code>.
 495     </td>
 496     <td>
 497       <code>type=<em>name</em>,
 498       <code>textrenderer=<em>name</em>,
 499       <code>scale=<em>number</em>,
 500       <code>width=<em>number</em>,
 501       <code>height=<em>number</em>
 502     </td>
 503     <td align="center">&#x2713;</td>
 504     </tr>
 505
 506     <tr valign="top">
 507     <td><code>&#8209;&#8209;type&nbsp;<em>name</em></code></td>
 508     <td>Set the image format for the preceding <code>&#8209;&#8209;image</code> to <em>name</em>.  Valid values for <em>name</em> are:
 509     <br/>
 510     <code>svg</code>,
 511     <br/>
 512     <code>png</code>,
 513     <br/>
 514     <code>eps</code>,
 515     <br/>
 516     <code>html</code>,
 517     <br/>
 518     <code>biojs</code>.
 519     </td>
 520     <td></td>
 521     <td align="center">&#x2713;</td>
 522     </tr>
 523
 524     <tr valign="top">
 525     <td><code>&#8209;&#8209;textrenderer&nbsp;<em>name</em></code></td>
 526     <td>Sets whether text in a vector image format (SVG, HTML, EPS) should be rendered as text or vector line-art.  Valid values for <em>name</em> are:
 527     <br/>
 528     <code>text</code>,
 529     <br/>
 530     <code>lineart</code>.
 531     </td>
 532     <td></td>
 533     <td align="center">&#x2713;</td>
 534     </tr>
 535
 536     <tr valign="top">
 537     <td><code>&#8209;&#8209;scale&nbsp;<em>number</em></code></td>
 538     <td>Sets a scaling for bitmap image format (PNG).  Should be given as a floating point number.  This can also be set as a sub-value modifier to the <code>--image</code> value.  If used in conjunction with <code>--width</code> and <code>--height</code> then the smallest scaling will be used (<code>scale</code>, <code>width</code> and <code>height</code> provide bounds for the image).</td>
 539     <td></td>
 540     <td align="center">&#x2713;</td>
 541     </tr>
 542
 543     <tr valign="top">
 544     <td><code>&#8209;&#8209;width&nbsp;<em>number</em></code></td>
 545     <td>Sets a width for bitmap image format (PNG) with the height maintaining the aspect ratio.  Should be given as a positive integer.  This can also be set as a sub-value modifier to the <code>--image</code> value.  If used in conjunction with <code>--scale</code> and <code>--height</code> then the smallest scaling will be used (<code>scale</code>, <code>width</code> and <code>height</code> provide bounds for the image).</td>
 546     <td></td>
 547     <td align="center">&#x2713;</td>
 548     </tr>
 549
 550     <tr valign="top">
 551     <td><code>&#8209;&#8209;height&nbsp;<em>number</em></code></td>
 552     <td>Sets a height for bitmap image format (PNG) with the width maintaining the aspect ratio.  Should be given as a positive integer.  This can also be set as a sub-value modifier to the <code>--image</code> value.  If used in conjunction with <code>--scale</code> and <code>--width</code> then the smallest scaling will be used (<code>scale</code>, <code>width</code> and <code>height</code> provide bounds for the image).</td>
 553     <td></td>
 554     <td align="center">&#x2713;</td>
 555     </tr>
 556
 557     <tr valign="top">
 558     <td><code>&#8209;&#8209;groovy&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 559     <td>Process a groovy script in the file for the open alignment.</td>
 560     <td></td>
 561     <td align="center">&#x2713;</td>
 562     </tr>
 563
 564     <tr valign="top">
 565     <td><code>&#8209;&#8209;backups / &#8209;&#8209;nobackups</code></td>
 566     <td>Enable (or disable) writing backup files when saving an <code>&#8209;&#8209;output</code> file.  This applies to the current open alignment -- to apply to all <code>&#8209;&#8209;output</code> and <code>&#8209;&#8209;image</code> files, use after <code>&#8209;&#8209;all</code>.</td>
 567     <td></td>
 568     <td align="center">&#x2713;</td>
 569     </tr>
 570
 571     <tr valign="top">
 572     <td><code>&#8209;&#8209;overwrite / &#8209;&#8209;nooverwrite</code></td>
 573     <td>Enable (or disable) overwriting of output files without backups enabled.  This applies to the current open alignment -- to apply to all <code>&#8209;&#8209;output</code> and <code>&#8209;&#8209;image</code> files, use after <code>&#8209;&#8209;all</code>.</td>
 574     <td></td>
 575     <td align="center">&#x2713;</td>
 576     </tr>
 577
 578     <tr valign="top">
 579     <td><code>&#8209;&#8209;close</code></td>
 580     <td>Close the current open alignment window.  This occurs after other output arguments.  This applies to the current open alignment -- to apply to all <code>&#8209;&#8209;output</code> and <code>&#8209;&#8209;image</code> files, use after <code>&#8209;&#8209;all</code>.</td>
 581     <td></td>
 582     <td align="center">&#x2713;</td>
 583     </tr>
 584
 585   </table>
 586
 587
 588   <h2>Controlling flow of arguments</h2>
 589
 590   <table border="1" cellpadding="3">
 591     <tr valign="top">
 592     <td><strong>argument</strong></td>
 593     <td><strong>action</strong></td>
 594     </tr>
 595
 596     <tr valign="top">
 597     <td><code>&#8209;&#8209;new</code></td>
 598     <td>
 599     Move on to a new alignment window.  This will ensure <code>&#8209;&#8209;append</code> will start a new alignment window and other linked arguments will apply to the new alignment window.
 600     <br/>
 601     <em>Note</em> that <code>--open</code> already starts a new alignment window for each file it opens.
 602     </td>
 603     </tr>
 604
 605     <tr valign="top">
 606     <td><code>&#8209;&#8209;substitutions / &#8209;&#8209;nosubstitutions</code></td>
 607     <td>The following argument values allow (or don't allow) subsituting filename parts.  This is initially true.  Valid substitutions are
 608     <code>{basename}</code> - the filename-without-extension of the currently <code>&#8209;&#8209;open</code>ed file (or first <code>&#8209;&#8209;append</code>ed file),
 609     <br/>
 610     <code>{dirname}</code>, - the directory (folder) name of the currently <code>&#8209;&#8209;open</code>ed file (or first <code>&#8209;&#8209;append</code>ed file),
 611     <br/>
 612     <code>{argfilebasename}</code> - the filename-without-extension of the current <code>&#8209;&#8209;argfile</code>,
 613     <br/>
 614     <code>{argfiledirname}</code> - the directory (folder) name of the current <code>&#8209;&#8209;argfile</code>,
 615     <br/>
 616     <code>{n}</code> - the value of the index counter (starting at 0).
 617     <br/>
 618     <code>{++n}</code> - increase and substitute the value of the index counter,
 619     <br/>
 620     <code>{}</code> - the value of the current alignment window <em>default</em> index.
 621     </td>
 622     </tr>
 623
 624     <tr valign="top">
 625     <td><code>&#8209;&#8209;argfile&nbsp;<em>filename</em></code></td>
 626     <td>
 627     Open one or more files <em>filename</em> and read, line-by-line, as arguments to Jalview.
 628     <br/>
 629     Values in an argfile should be given with an equals sign ("=") separator with no spaces.
 630     <br/>
 631     <strong>Note</strong> that if you use one or more <code>&#8209;&#8209;argfile</code> arguments then all other non-initialising arguments will be ignored.
 632     </td>
 633     </tr>
 634
 635     <tr valign="top">
 636     <td><code>&#8209;&#8209;npp</code></td>
 637     <td>Increase the index counter used in argument value substitutions.</td>
 638     </tr>
 639
 640     <tr valign="top">
 641     <td><code>&#8209;&#8209;all / &#8209;&#8209;noall</code></td>
 642     <td>Apply (or stop applying) the following output arguments to <em>all</em> sets of linked arguments.</td>
 643     </tr>
 644
 645     <tr valign="top">
 646     <td><code>&#8209;&#8209;quit</code></td>
 647     <td>After all files have been opened, appended and output, quit Jalview.  In <code>&#8209;&#8209;headless</code> mode this already happens.</td>
 648     </tr>
 649
 650   </table>
 651
 652 </body>
 653 </html>