help/html/calculations/tree.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
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  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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  36 <head><title>Tree Calculation</title></head>
  37 <body>
  38 <p><strong>Calculation of trees from alignments</strong></p>
  39 <p>Trees are calculated on either the complete alignment, or just the
  40 currently selected group of sequences, using the functions in the
  41 <strong>Calculate&#8594;Calculate tree</strong> submenu.
  42 Once calculated, trees are displayed in a new <a
  43 href="../calculations/treeviewer.html">tree viewing window</a>. There are
  44 four different calculations, using one of two distance measures and
  45 constructing the tree from one of two algorithms :
  46 </p>
  47 <p><strong>Distance Measures</strong></p>
  48 <p>Trees are calculated on the basis of a measure of similarity
  49 between each pair of sequences in the alignment :
  50 <ul>
  51 <li><strong>PID</strong><br>The percentage identity between the two
  52 sequences at each aligned position.<ul><li>PID = Number of equivalent
  53 aligned non-gap symbols * 100 / Smallest number of non-gap positions
  54 in either of both sequences<br><em>This is essentially the 'number of
  55 identical bases (or residues) per 100 base pairs (or residues)'.</em></li></ul>
  56 <li><strong>BLOSUM62</strong><br>The sum of BLOSUM62 scores for the
  57 residue pair at each aligned position.
  58 </ul>
  59 </p>
  60 <p><strong>Tree Construction Methods</strong></p>
  61 <p>Jalview currently supports two kinds of agglomerative clustering
  62 methods. These are not intended to substitute for rigorous
  63 phylogenetic tree construction, and may fail on very large alignments.
  64 <ul>
  65 <li><strong>UPGMA tree</strong><br>
  66   UPGMA stands for Unweighted Pair-Group Method using Arithmetic
  67   averages. Clusters are iteratively formed and extended by finding a
  68   non-member sequence with the lowest average dissimilarity over the
  69   cluster members.
  70 <p></p>
  71 </li>
  72 <li><strong>Neighbour Joining tree</strong><br>
  73   First described in 1987 by Saitou and Nei, this method applies a
  74   greedy algorithm to find the tree with the shortest branch
  75   lengths.<br>
  76   This method, as implemented in Jalview, is considerably more
  77   expensive than UPGMA.
  78 </li>
  79 </ul>
  80 </p>
  81 <p>A newly calculated tree will be displayed in a new <a
  82 href="../calculations/treeviewer.html">tree viewing window</a>. In
  83 addition, a new entry with the same tree viewer window name will be added in the Sort
  84 menu so that the alignment can be reordered to reflect the ordering of
  85 the leafs of the tree. If the tree was calculated on a selected region
  86 of the alignment, then the title of the tree view will reflect this.</p>
  87
  88 <p><strong>External Sources for Phylogenetic Trees</strong></p>
  89   <p>A number of programs exist for the reliable construction of
  90   phylogenetic trees, which can cope with large numbers of sequences,
  91   use better distance methods and can perform bootstrapping. Jalview
  92   can read <a
  93   href="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newick_doc.html">Newick</a>
  94   format tree files using the 'Load Associated Tree' entry of the
  95   alignment's File menu. Sequences in the alignment will be
  96   automatically associated to nodes in the tree, by matching Sequence
  97   IDs to the tree's leaf names.
  98   </p>
  99
 100
 101 </body>
 102 </html>