help/html/colourSchemes/colourSchemes.html

   1 <html>\r
   2 <head>\r
   3 <style type="text/css">\r
   4 <!--\r
   5 td {\r
   6         text-align: center;\r
   7 }\r
   8 -->\r
   9 </style>\r
  10 </head>\r
  11 \r
  12 <body>\r
  13 <p><em><a name="zappo">Zappo Colour</a>s</em><br>\r
  14   <br>\r
  15   The residues are coloured according to their physico-chemical properties as\r
  16   follows: </p>\r
  17 <div align="center">\r
  18   <table width="400" border="1">\r
  19     <tr>\r
  20       <td > Aliphatic/hydrophobic</td>\r
  21       <td bgcolor="#ffafaf">ILVAM </td>\r
  22     </tr>\r
  23     <tr>\r
  24       <td>Aromatic</td>\r
  25       <td bgcolor="#ffc800">FWY</td>\r
  26     </tr>\r
  27     <tr>\r
  28       <td>Positive</td>\r
  29       <td bgcolor="#6464ff">KRH</td>\r
  30     </tr>\r
  31     <tr>\r
  32       <td> Negative</td>\r
  33       <td bgcolor="#ff0000">DE</td>\r
  34     </tr>\r
  35     <tr>\r
  36       <td>Hydrophilic</td>\r
  37       <td bgcolor="#00ff00">STNQ</td>\r
  38     </tr>\r
  39     <tr>\r
  40       <td>conformationally special</td>\r
  41       <td bgcolor="#ff00ff">PG</td>\r
  42     </tr>\r
  43     <tr>\r
  44       <td>Cysteine</td>\r
  45       <td bgcolor="#ffff00">C</td>\r
  46     </tr>\r
  47   </table>\r
  48 </div>\r
  49 <p align="center"></p>\r
  50 <p><em><a name="taylor">Taylor</a></em></p>\r
  51 <p>These colours were invented by Willie Taylor and an entertaining description\r
  52   of their birth can be found in Protein Engineering, Vol 10 , 743-746 (1997)</p>\r
  53 <div align="center">\r
  54   <table width="400" border="1">\r
  55     <tr>\r
  56       <td bgcolor="#ccff00">A</td>\r
  57       <td bgcolor="#99ff00">V</td>\r
  58       <td bgcolor="#66ff00">I</td>\r
  59       <td bgcolor="#33ff00">L</td>\r
  60     </tr>\r
  61     <tr>\r
  62       <td bgcolor="#00ff00">M</td>\r
  63       <td bgcolor="#00ff66">F</td>\r
  64       <td bgcolor="#00ffcc">Y</td>\r
  65       <td bgcolor="#00ccff">W</td>\r
  66     </tr>\r
  67     <tr>\r
  68       <td bgcolor="#0066ff">H</td>\r
  69       <td bgcolor="#0000ff">R</td>\r
  70       <td bgcolor="#6600ff">K</td>\r
  71       <td bgcolor="#cc00ff">N</td>\r
  72     </tr>\r
  73     <tr>\r
  74       <td bgcolor="#ff00cc">Q</td>\r
  75       <td bgcolor="#ff0066">E</td>\r
  76       <td bgcolor="#ff0000">D</td>\r
  77       <td bgcolor="#ff3300">S</td>\r
  78     </tr>\r
  79     <tr>\r
  80       <td bgcolor="#ff6600">T</td>\r
  81       <td bgcolor="#ff9900">G</td>\r
  82       <td bgcolor="#ffcc00">P</td>\r
  83       <td bgcolor="#ffff00">C</td>\r
  84     </tr>\r
  85   </table>\r
  86 </div>\r
  87 <p align="center">&nbsp;</p>\r
  88 <p><em><a name="hydrophobic">Hydrophobicity</a></em></p>\r
  89 <p>According to the hydrophobicity table of Kyte, J., and Doolittle, R.F., J.\r
  90   Mol. Biol. 1157, 105-132, 1982. The most hydrophobic residues according to this\r
  91   table are coloured red and the most hydrophilic ones are coloured blue.</p>\r
  92 <div align="center">\r
  93   <table width="400" border="1">\r
  94     <tr>\r
  95       <td bgcolor="#ff0000">I</td>\r
  96       <td bgcolor="#f60009">V</td>\r
  97       <td bgcolor="#ea0015">L</td>\r
  98       <td bgcolor="#cb0034">F</td>\r
  99       <td bgcolor="#c2003d">C</td>\r
 100     </tr>\r
 101     <tr>\r
 102       <td bgcolor="#b0004f">M</td>\r
 103       <td bgcolor="#ad0052">A</td>\r
 104       <td bgcolor="#6a0095">G</td>\r
 105       <td bgcolor="#680097">X</td>\r
 106       <td bgcolor="#61009e">T</td>\r
 107     </tr>\r
 108     <tr>\r
 109       <td bgcolor="#5e00a1">S</td>\r
 110       <td bgcolor="#5b00a4">W</td>\r
 111       <td bgcolor="#4f00b0">Y</td>\r
 112       <td bgcolor="#4600b9">P</td>\r
 113       <td bgcolor="#1500ea">H</td>\r
 114     </tr>\r
 115     <tr>\r
 116       <td bgcolor="#0c00f3">E</td>\r
 117       <td bgcolor="#0c00f3">Z</td>\r
 118       <td bgcolor="#0c00f3">Q</td>\r
 119       <td bgcolor="#0c00f3">D</td>\r
 120       <td bgcolor="#0c00f3">B</td>\r
 121     </tr>\r
 122     <tr> </td>\r
 123       <td bgcolor="#0c00f3">N</td>\r
 124       <td bgcolor="#0000ff">K</td>\r
 125       <td bgcolor="#0000ff">R</td>\r
 126     </tr>\r
 127   </table>\r
 128 </div>\r
 129 <p align="center">&nbsp;</p>\r
 130 <p><em><a name="helix">Helix Propensity</a></em></p>\r
 131 <div align="center">\r
 132   <table width="400" border="1">\r
 133     <tr>\r
 134       <td bgcolor="#ff00ff">E</td>\r
 135       <td bgcolor="#ef10ef">M</td>\r
 136       <td bgcolor="#e718e7">A</td>\r
 137       <td bgcolor="#c936c9">Z</td>\r
 138       <td bgcolor="#ae51ae">L</td>\r
 139     </tr>\r
 140     <tr>\r
 141       <td bgcolor="#a05fa0">K</td>\r
 142       <td bgcolor="#986798">F</td>\r
 143       <td bgcolor="#926d92">Q</td>\r
 144       <td bgcolor="#8a758a">I</td>\r
 145       <td bgcolor="#8a758a">W</td>\r
 146     </tr>\r
 147     <tr>\r
 148       <td bgcolor="#857a85">V</td>\r
 149       <td bgcolor="#778877">D</td>\r
 150       <td bgcolor="#758a75">X</td>\r
 151       <td bgcolor="#758a75">H</td>\r
 152       <td bgcolor="#6f906f">R</td>\r
 153     </tr>\r
 154     <tr>\r
 155       <td bgcolor="#49b649">B</td>\r
 156       <td bgcolor="#47b847">T</td>\r
 157       <td bgcolor="#36c936">S</td>\r
 158       <td bgcolor="#23dc23">C</td>\r
 159       <td bgcolor="#21de21">Y</td>\r
 160     </tr>\r
 161     <tr> </td>\r
 162       <td bgcolor="#1be41b">N</td>\r
 163       <td bgcolor="#00ff00">G</td>\r
 164       <td bgcolor="#00ff00">P</td>\r
 165     </tr>\r
 166   </table>\r
 167 </div>\r
 168 <p align="center">&nbsp;</p>\r
 169 <p><em><a name="strand">Strand propensity</a></em></p>\r
 170 <div align="center">\r
 171   <table width="400" border="1">\r
 172     <tr>\r
 173       <td bgcolor="#ffff00">V</td>\r
 174       <td bgcolor="#ecec13">I</td>\r
 175       <td bgcolor="#d3d32c">Y</td>\r
 176       <td bgcolor="#c2c23d">F</td>\r
 177       <td bgcolor="#c0c03f">W</td>\r
 178     </tr>\r
 179     <tr>\r
 180       <td bgcolor="#b2b24d">L</td>\r
 181       <td bgcolor="#9d9d62">T</td>\r
 182       <td bgcolor="#9d9d62">C</td>\r
 183       <td bgcolor="#8c8c73">Q</td>\r
 184       <td bgcolor="#82827d">M</td>\r
 185     </tr>\r
 186     <tr>\r
 187       <td bgcolor="#797986">X</td>\r
 188       <td bgcolor="#6b6b94">R</td>\r
 189       <td bgcolor="#64649b">N</td>\r
 190       <td bgcolor="#60609f">H</td>\r
 191       <td bgcolor="#5858a7">A</td>\r
 192     </tr>\r
 193     <tr>\r
 194       <td bgcolor="#4949b6">S</td>\r
 195       <td bgcolor="#4949b6">G</td>\r
 196       <td bgcolor="#4747b8">Z</td>\r
 197       <td bgcolor="#4747b8">K</td>\r
 198       <td bgcolor="#4343bc">B</td>\r
 199     </tr>\r
 200     <tr> </td>\r
 201       <td bgcolor="#2323dc">P</td>\r
 202       <td bgcolor="#2121de">D</td>\r
 203       <td bgcolor="#0000ff">E</td>\r
 204     </tr>\r
 205   </table>\r
 206 </div>\r
 207 <p align="center">&nbsp;</p>\r
 208 <p><em><a name="turn">Turn propensity</a></em></p>\r
 209 <div align="center">\r
 210   <table width="400" border="1">\r
 211     <tr>\r
 212       <td bgcolor="#ff0000">N</td>\r
 213       <td bgcolor="#ff0000">G</td>\r
 214       <td bgcolor="#f60909">P</td>\r
 215       <td bgcolor="#f30c0c">B</td>\r
 216       <td bgcolor="#e81717">D</td>\r
 217     </tr>\r
 218     <tr>\r
 219       <td bgcolor="#e11e1e">S</td>\r
 220       <td bgcolor="#a85757">C</td>\r
 221       <td bgcolor="#9d6262">Y</td>\r
 222       <td bgcolor="#7e8181">K</td>\r
 223       <td bgcolor="#7c8383">X</td>\r
 224     </tr>\r
 225     <tr>\r
 226       <td bgcolor="#778888">Q</td>\r
 227       <td bgcolor="#738c8c">W</td>\r
 228       <td bgcolor="#738c8c">T</td>\r
 229       <td bgcolor="#708f8f">R</td>\r
 230       <td bgcolor="#708f8f">H</td>\r
 231     </tr>\r
 232     <tr>\r
 233       <td bgcolor="#5ba4a4">Z</td>\r
 234       <td bgcolor="#3fc0c0">E</td>\r
 235       <td bgcolor="#2cd3d3">A</td>\r
 236       <td bgcolor="#1ee1e1">F</td>\r
 237       <td bgcolor="#1ee1e1">M</td>\r
 238     </tr>\r
 239     <tr> </td>\r
 240       <td bgcolor="#1ce3e3">L</td>\r
 241       <td bgcolor="#07f8f8">V</td>\r
 242       <td bgcolor="#00ffff">I</td>\r
 243     </tr>\r
 244   </table>\r
 245 </div>\r
 246 <p align="center">&nbsp;</p>\r
 247 <p><em><a name="buried"></a>Buried index</a></em></p>\r
 248 <div align="center">\r
 249   <table width="400" border="1">\r
 250     <tr>\r
 251       <td bgcolor="#0000ff">C</td>\r
 252       <td bgcolor="#0054ab">I</td>\r
 253       <td bgcolor="#005fa0">V</td>\r
 254       <td bgcolor="#007b84">L</td>\r
 255       <td bgcolor="#008778">F</td>\r
 256     </tr>\r
 257     <tr>\r
 258       <td bgcolor="#009768">M</td>\r
 259       <td bgcolor="#009d62">G</td>\r
 260       <td bgcolor="#00a35c">A</td>\r
 261       <td bgcolor="#00a857">W</td>\r
 262       <td bgcolor="#00b649">X</td>\r
 263     </tr>\r
 264     <tr>\r
 265       <td bgcolor="#00d52a">S</td>\r
 266       <td bgcolor="#00d52a">H</td>\r
 267       <td bgcolor="#00db24">T</td>\r
 268       <td bgcolor="#00e01f">P</td>\r
 269       <td bgcolor="#00e619">Y</td>\r
 270     </tr>\r
 271     <tr>\r
 272       <td bgcolor="#00eb14">N</td>\r
 273       <td bgcolor="#00eb14">B</td>\r
 274       <td bgcolor="#00eb14">D</td>\r
 275       <td bgcolor="#00f10e">Q</td>\r
 276       <td bgcolor="#00f10e">Z</td>\r
 277     </tr>\r
 278     <tr> </td>\r
 279       <td bgcolor="#00f10e">E</td>\r
 280       <td bgcolor="#00fc03">R</td>\r
 281       <td bgcolor="#00ff00">K</td>\r
 282     </tr>\r
 283   </table>\r
 284 </div>\r
 285 <p align="center">&nbsp;</p>\r
 286 <p><em></em><a name="nucleotide">Nucleotide Colours</a></em></p>\r
 287 <div align="center">\r
 288   <table width="200" border="1">\r
 289     <tr>\r
 290       <td bgcolor="#64F73F">A</td>\r
 291       <td bgcolor="#FFB340">C</td>\r
 292       <td bgcolor="#EB413C">G</td>\r
 293       <td bgcolor="#3C88EE">T</td>\r
 294     </tr>\r
 295   </table>\r
 296 </div>\r
 297 <p align="center">&nbsp;</p>\r
 298 <p><em><a name="blosum"></a>Blosum62</a></em></p>\r
 299 <p>Gaps are coloured white. If a residue matchs the consensus sequence residue\r
 300   at that position it is colored dark blue. If it does not match the consensus\r
 301   residue but the 2 residues have a positive Blosum62 score, it is colored light\r
 302   blue.</p>\r
 303 <p>&nbsp;</p>\r
 304 <p><em><a name="pid">Colouring above a percentage identity threshold</a></em><br>\r
 305   Selecting this option causes the colour scheme to be applied to only those residues\r
 306   that occur in that column more than a certain percentage of the time. For instance\r
 307   selecting the threshold to be 100 will only colour those columns with 100 %\r
 308   identity. This threshold option can be applied to the Zappo, Taylor, Hydrophobicity\r
 309   and User colour schemes. <br>\r
 310   This option depends on a consensus calculation having been performed. If no\r
 311   consensus exists (e.g. after a copy or a clustalw alignment) then no residues\r
 312   are coloured.</p>\r
 313 <p><em>PID Colours</em><br>\r
 314   This depends on the applet having performed a consensus calculation on the alignment.<br>\r
 315   The PID option colours the residues (boxes and/or text) according to the percentage\r
 316   of the residues in each column that agree with the consensus sequence. Only\r
 317   the residues that agree with the consensus residue for each column are coloured.<br>\r
 318 </p>\r
 319 <p>&nbsp;</p>\r
 320 <p> </p>\r
 321 </body>\r
 322 </html>\r