help/html/colourSchemes/index.html

   1 <html>\r
   2 \r
   3 <body>\r
   4 <p><strong>Colour schemes</strong></p>\r
   5 <p>Jalview allows the user to set a background colour for the whole alignment\r
   6   and also set the colour of defined groups within the alignment. </p>\r
   7 <p>To change the background colour, simply select the colour from the &quot;Colour&quot;\r
   8   menu.</p>\r
   9 <p>To change the colour of a group, right click on any residue within a group\r
  10   and use the popup menu to define the group colour. </p>\r
  11 <p>At the top of the &quot;Colour&quot; menu the tick box &quot;Apply Background\r
  12   Colour to all groups&quot;. This is automatically ticked as default and means\r
  13   the chosen colour will be applied to all existing groups. If you wish to maintain\r
  14   the colour scheme for defined groups, make sure you deselect this option before\r
  15   changing the background colour.</p>\r
  16 <p>&nbsp;</p>\r
  17 <p>&nbsp;</p>\r
  18 <p>&nbsp;</p>\r
  19 <p>&nbsp; </p>\r
  20 </body>\r
  21 </html>\r