help/html/features/clarguments.html

   1 <html>
   2 <title>Jalview Command Line Arguments
   3 </title>
   4 <body>
   5  <p><strong>The Jalview Executable's Command Line
   6  Arguments</strong></p>
   7  See <a href="commandline.html">running Jalview from the command
   8  line</a> for more information.<br>
   9  <table width="100%" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
  10  <tr >
  11  <td width="27%"><div align="center">-nodisplay</div></td>
  12  <td width="73%"><div align="left">Run Jalview without User Interface. (automatically disables questionnaire, version and usage stats checks)</div></td>
  13  </tr>
  14
  15  <tr>
  16  <td><div align="center">-props FILE</div></td>
  17  <td><div align="left">Use the given Jalview properties file instead
  18  of users default.</div></td>
  19  </tr>
  20  <tr>
  21  <td><div align="center">-features FILE</div></td>
  22  <td><div align="left">
  23  <p>Use the given file to add sequence features to an alignment.
  24  See <a href="featuresFormat.html" target="NEW">Features
  25  File</a> (Known as Groups file prior to 2.08) description. </p>
  26
  27  </div></td>
  28  </tr>
  29         <tr>
  30                 <td>
  31                 <div align="center">-annotations FILE</div>
  32                 </td>
  33                 <td>Add precalculated annotations to the alignment. See <a
  34                         href="annotationsFormat.html" target="NEW">Annotation File</a>
  35                 description.</td>
  36         </tr>
  37         <tr>
  38                 <td>
  39                 <div align="center">-tree FILE</div>
  40                 <td>
  41                 <div align="left">Load the given newick format tree file onto
  42                 the alignment</div>
  43                 </td>
  44         </tr>
  45         <tr>
  46                 <td>
  47                 <div align="center">-questionnaire URL</div>
  48                 <td>
  49                 <div align="left">Queries the given URL for information about
  50                 any Jalview user questionnaires</div>
  51                 </td>
  52         </tr>
  53         <tr>
  54                 <td>
  55                 <div align="center">-noquestionnaire</div>
  56                 <td>
  57                 <div align="left">Turn off questionnaire check</div>
  58                 </td>
  59         </tr>
  60         <tr><td>
  61                 <div align="center">-nousagestats</div>
  62                 <td>
  63                 <div align="left">Turn off google analytics usage tracking</div>
  64                 </td>
  65         </tr>
  66         <tr>
  67                 <td>
  68                 <div align="center">-dasserver nickname=URL</div>
  69                 <td>
  70                 <div align="left">Add and enable a das server with given
  71                 nickname (alphanumeric or underscores only) for retrieval of features
  72                 for all alignments</div>
  73                 </td>
  74         </tr>
  75         <tr>
  76                 <td>
  77                 <div align="center">-fetchfrom nickname</div>
  78                 <td>
  79                 <div align="left">Query nickname for features for the alignments
  80                 and display them</div>
  81                 </td>
  82         </tr>
  83         <tr>
  84                 <td>
  85                 <div align="center">-groovy FILE</div>
  86                 <td>
  87                 <div align="left">Execute groovy script in FILE (where FILE may be 'STDIN' to read from the standard input) after all other
  88                 arguments have been processed</div>
  89                 </td>
  90         </tr>
  91         <tr>
  92                 <td>
  93                 <div align="center">-fasta FILE</div>
  94                 </td>
  95
  96                 <td>
  97                 <div align="left">Create alignment file FILE in Fasta format.</div>
  98                 </td>
  99         </tr>
 100         <tr>
 101  <td><div align="center">-clustal FILE</div></td>
 102  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Clustal format.</div></td>
 103  </tr>
 104  <tr>
 105  <td><div align="center">-msf FILE</div></td>
 106
 107  <td><div align="left">Create alignment file FILE in MSF format.</div></td>
 108  </tr>
 109  <tr>
 110  <td><div align="center">-pileup FILE</div></td>
 111  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Pileup format.</div></td>
 112  </tr>
 113  <tr>
 114  <td><div align="center">-pir FILE</div></td>
 115
 116  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PIR format.</div></td>
 117  </tr>
 118  <tr>
 119  <td><div align="center">-pfam FILE</div></td>
 120  <td><div align="left">Create alignment file FILE in PFAM format.</div></td>
 121  </tr>
 122  <tr>
 123  <td><div align="center">-blc FILE</div></td>
 124  <td><div align="left">Create alignment file FILE in BLC format.</div></td>
 125  </tr>
 126  <tr>
 127  <td><div align="center">-jalview FILE</div></td>
 128
 129  <td><div align="left">Create alignment file FILE in Jalview format.</div></td>
 130  </tr>
 131  <tr>
 132  <td><div align="center">-png FILE</div></td>
 133  <td><div align="left">Create PNG image FILE from alignment.</div></td>
 134  </tr>
 135  <tr>
 136  <td><div align="center">-imgMap FILE</div></td>
 137
 138  <td><div align="left">Create HTML file FILE with image map of PNG
 139  image.</div></td>
 140  </tr>
 141  <tr>
 142  <td><div align="center">-eps FILE</div></td>
 143  <td><div align="left">Create EPS file FILE from alignment.</div></td>
 144  </tr>
 145  </table>
 146 </body>
 147 </html>