help/html/features/dasfeatures.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>DAS Features</title>
  38 </head>
  39
  40 <body>
  41 <p><strong>DAS Sequence Feature Retrieval</strong></p>
  42 <p>Jalview includes a client for retrieving sequences and their features via
  43 the <a href="http://www.biodas.org">Distributed Annotation System</a>.</p>
  44 <ol>
  45         <li>Open the Feature Settings panel by selecting &quot;View -&gt;
  46         Feature Settings...&quot;</li>
  47         <li>Click on the &quot;<a href="dassettings.html">DAS Settings</a>&quot;
  48         tabbed pane.</li>
  49         <li>Select the sources to use for DAS feature retrieval, then
  50         click the &quot;Fetch DAS Features&quot; button.
  51         <ul>
  52                 <li>Cancelling Feature Retrieval<br>
  53                 Press the <strong>Cancel Fetch</strong> button to immediately stop
  54                 feature retrieval. This will not remove any features already added to
  55                 the alignment, but will halt any outstanding DAS requests.<em>The
  56                 cancel fetch button is of particular use when one or more DAS
  57                 annotation servers are not responding!</em>
  58         </ul>
  59         </li>
  60 </ol>
  61 <p>If your DAS source selection contains sources which use Uniprot
  62 accession ids, you will be asked whether Jalview should find Uniprot
  63 Accession ids for the given sequence names. It is important to realise
  64 that many DAS sources only use Uniprot accession ids, rather than
  65 Swissprot/Uniprot sequence names.<br>
  66 The <a href="../webservices/dbreffetcher.html">database reference
  67 fetcher</a> documentation describes how Jalview discovers what database
  68 references are appropriate for the sequences in the alignment.
  69 <ul>
  70         <li><em>Note</em><br>
  71         Please remember to save your alignment if either the start/end
  72         numbering, or the sequence IDs were updated during the ID
  73         retrieval process.</li>
  74 </ul>
  75 <p>&nbsp;
  76 <p><em>DAS support was introduced in Jalview Version 2.1.</em></p>
  77 <p>&nbsp;
  78 </body>
  79 </html>