help/html/io/export.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>Exporting alignments as artwork</title>
  38 </head>
  39 <body>
  40 <p><strong>Exporting alignments as graphics and lineart<a name="export"></a></strong></p>
  41 <p>The alignment view can be printed using
  42 <strong>File&#8594;Print</strong>, or exported in a number of ways via the
  43 <strong>File&#8594;Export</strong> menu:
  44 <ul>
  45 <li>HTML<br><em>for viewing in a web browser</em>
  46 </li>
  47 <li>PNG - a Portable Networks Graphics image<br><em>For low quality
  48 diagrams and powerpoint presentations</em>
  49 </li>
  50 <li>EPS - an Encapsulated Postscript Document<br><em>For high quality
  51 diagrams and publications.</em>
  52 </li></ul>
  53
  54 <p><em>Tips for working with EPS Files</em></p>
  55 <li>The EPS file generated by jalview contains vector graphics which are directly
  56   editable in graphics applications such as Adobe Illustrator.</li>
  57 <li>EPS files can be produced as &quot;Text&quot; or &quot;Lineart&quot;. Use
  58   &quot;Text&quot; if you want the final document to be MUCH smaller in diskspace
  59   and be able to search, edit and select text. Use &quot;Lineart&quot; if you
  60   want an exact image of the alignment as displayed in Jalview. This is useful
  61   if a 3rd Party EPS viewer does not have the same Font which the EPS file was
  62   created with.</li>
  63 <li>When importing an EPS into to a Microsoft office document, a snapshot image of the
  64   file will be displayed which often looks blurred. Right-click the
  65   image and choose &quot;Edit image.&quot; to convert it to word
  66   drawing objects which give a truer WYSIWIG representation.
  67   </li>
  68   <li>
  69   Mac OSX users will find that eps files are automatically converted into
  70   PDF files.
  71   </li>
  72 </p>
  73 </body>
  74 </html>