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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
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  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
  78               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
  79       <td><div align="left">
  80           <em>Desktop</em><ul>
  81           <ul>
  82             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
  83             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
  84             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
  85             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
  86             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
  87             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
  88             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
  89           </ul>
  90           </div>
  91       </td>
  92     </tr>
  93     <tr>
  94       <td width="60" nowrap>
  95         <div align="center">
  96           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>27/02/2018</em></strong>
  97         </div>
  98       </td>
  99       <td><div align="left">
 100           <em></em>
 101           <ul>
 102             <li>
 103               <!-- -->
 104           </ul>
 105           </div>
 106       </td>
 107       <td><div align="left">
 108       </div>
 109       </td>
 110     </tr>
 111     <tr>
 112       <td width="60" nowrap>
 113         <div align="center">
 114           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 115         </div>
 116       </td>
 117       <td><div align="left">
 118           <em></em>
 119           <ul>
 120             <li>
 121               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 122               rendering of sequence features
 123             </li>
 124             <li>
 125               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 126               429 rate limit request hander
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 130               their colours have changed
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 134               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 138               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 142               view from Ensembl locus cross-references
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 146               Alignment report
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 150               feature can be disabled
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 154               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 158               Uniprot
 159             </li>
 160           </ul>
 161           <em>Scripting</em>
 162           <ul>
 163             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 164             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 165               percent identity scores for current alignment.</li>
 166           </ul>
 167           <em>Testing and Deployment</em>
 168           <ul>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 171             </li>
 172           </ul>
 173         </div></td>
 174       <td><div align="left">
 175           <em>General</em>
 176           <ul>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 179               threshold text field doesn't trigger an update to the
 180               alignment view
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 184               strings in parallel
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 188               alignment window is closed
 189             </li>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 192               group visibility
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 196               takes a long time in Cursor mode
 197             </li>
 198           </ul>
 199           <em>Desktop</em>
 200           <ul>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 203               cannot be viewed in Chimera
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 207               CDS/Protein view
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 211               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 212               Search Dialogs
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 219             </li>
 220             <li>
 221               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 222               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 226               scrolling right in unwapped alignment view
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 230               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 231               database
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 235               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 239               features of same type and group to be selected for
 240               amending
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 244               alignments when hidden columns are present
 245             </li>
 246             <li>
 247               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 248               displaying several structures
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 252               moving a window
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 256               within the Jalview desktop on OSX
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 260               when in wrapped alignment mode
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 264               hand end of alignment
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 268               each selected sequence do not have correct start/end
 269               positions
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 273               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 277               restoring project until a new view is created
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 281               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 282               configured (since 2.10.2b2)
 283             </li>
 284             <li>
 285               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 286               position is adjusted
 287             </li>
 288             <li>
 289               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 290               in a multi-chain structure when viewing alignment
 291               involving more than one chain (since 2.10)
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 295               if new selection moves alignment window
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 299               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 303               that produces correctly annotated transcripts and products
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 307               doesn't update associated structure view
 308             </li>
 309           </ul>
 310           <em>Applet</em><br />
 311           <ul>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 314               closing alignment panel
 315             </li>
 316           </ul>
 317           <em>BioJSON</em><br />
 318           <ul>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 321               non-positional features
 322             </li>
 323           </ul>
 324           <em>New Known Issues</em>
 325           <ul>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 328               sequence features correctly (for many previous versions of
 329               Jalview)
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 333               using cursor in wrapped panel other than top
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 337               graduated colour threshold
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 341               always preserve numbering and sequence features
 342             </li>
 343           </ul>
 344           <em>Known Java 9 Issues</em>
 345           <ul>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 348               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 349               9.01, OSX 10.10)
 350             </li>
 351           </ul>
 352         </div></td>
 353     </tr>
 354     <tr>
 355       <td width="60" nowrap>
 356         <div align="center">
 357           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 358             <em>2/10/2017</em></strong>
 359         </div>
 360       </td>
 361       <td><div align="left">
 362           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 363           <ul>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 366             </li>
 367             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 368             </li>
 369           </ul>
 370         </div></td>
 371       <td><div align="left">
 372         </div></td>
 373     </tr>
 374     <tr>
 375       <td width="60" nowrap>
 376         <div align="center">
 377           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 378             <em>7/9/2017</em></strong>
 379         </div>
 380       </td>
 381       <td><div align="left">
 382           <em></em>
 383           <ul>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 386               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 387               white)
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 391               Preferences
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 395               in size and progress bar shown as higher resolution
 396               overview is recalculated
 397             </li>
 398
 399           </ul>
 400         </div></td>
 401       <td><div align="left">
 402           <em></em>
 403           <ul>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 406               column region row by row
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 410               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 411             </li>
 412             <li>
 413               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 414               format setting is unticked
 415             </li>
 416             <li>
 417               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 418               if group has show boxes format setting unticked
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 422               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 423               include sequences and columns not currently displayed
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 427               assemblies are imported via CIF file
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 431               displayed when threshold or conservation colouring is also
 432               enabled.
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 436               server version
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 440               dragging a selected region off the visible region of the
 441               alignment
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 445               colourscheme to all groups in a view
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 449               initially after font size change using the Font chooser or
 450               middle-mouse zoom
 451             </li>
 452           </ul>
 453         </div></td>
 454     </tr>
 455     <tr>
 456       <td width="60" nowrap>
 457         <div align="center">
 458           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 459         </div>
 460       </td>
 461       <td><div align="left">
 462           <em>Calculations</em>
 463           <ul>
 464
 465             <li>
 466               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 467               ungapped positions in each column of the alignment.
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 471               a calculation dialog box
 472             </li>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 475               and memory efficiency (~30x faster)
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 479               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 480               and other calculations
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 484               files within the Jalview codebase
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 488               Similarity may have different topology due to increased
 489               precision
 490             </li>
 491           </ul>
 492           <em>Rendering</em>
 493           <ul>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 496               model for alignments and groups
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 500               scripts
 501             </li>
 502           </ul>
 503           <em>Overview</em>
 504           <ul>
 505             <li>
 506               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 507               with alignment and overview windows
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 511               overview
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 515               omitted in Overview
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 519               adjustment of visible position
 520             </li>
 521           </ul>
 522
 523           <em>Data import/export</em>
 524           <ul>
 525             <li>
 526               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 527               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 531               annotation input/output via stockholm flatfile
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 535               extension when importing structure files without embedded
 536               names or PDB accessions
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 540               format sequence substitution matrices
 541             </li>
 542           </ul>
 543           <em>User Interface</em>
 544           <ul>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 547               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 548               the application.
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 552               via Overview or sequence motif search operations
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 556               opened by double clicking gaps within sequence feature
 557               extent
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 561               aligned positions were available to create a 3D structure
 562               superposition.
 563             </li>
 564           </ul>
 565           <em>3D Structure</em>
 566           <ul>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 569               coloured in linked structure views
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 573               file-based command exchange
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 577               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 578               structures are already available for sequences
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 582               the Jalview project rather than downloaded again when the
 583               project is reopened.
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 587               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 588               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 589                 Feature</strong>)
 590             </li>
 591           </ul>
 592           <em>Web Services</em>
 593           <ul>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 599               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 600               Analysis services
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 604               cross-references provided by identifiers.org and the
 605               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 606             </li>
 607           </ul>
 608
 609           <em>Scripting</em>
 610           <ul>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 613               identifying file formats (instead of String constants)
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 617               efficiency when counting all displayed features (not
 618               backwards compatible with 2.10.1)
 619             </li>
 620           </ul>
 621           <em>Example files</em>
 622           <ul>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 625               included in the example feature file
 626             </li>
 627           </ul>
 628           <em>Documentation</em>
 629           <ul>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 632               with the built-in Java help viewer
 633             </li>
 634             <li>
 635               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 636               sequence description' option
 637             </li>
 638           </ul>
 639           <em>Test Suite</em>
 640           <ul>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 643               Uniprot REST Free Text Search Client
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 650               during tests
 651             </li>
 652           </ul>
 653         </div></td>
 654       <td><div align="left">
 655           <em>Calculations</em>
 656           <ul>
 657             <li>
 658               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 659               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 660               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 661             </li>
 662             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 663               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 664               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 665               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 666               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 667               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 668               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 669               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 670               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 671               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 672               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 673               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 674               // for 2.10.1 mode <br />
 675               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 676               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 677                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 678                 calculations (not recommended)</em></li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 681               scaling of branch lengths for trees computed using
 682               Sequence Feature Similarity.
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 686               generating output report when working with highly
 687               redundant alignments
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 691               right of selected region when gaps present on right-hand
 692               boundary
 693             </li>
 694           </ul>
 695           <em>User Interface</em>
 696           <ul>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 699               doesn't reselect a specific sequence's associated
 700               annotation after it was used for colouring a view
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 704               opened on a region of alignment without groups
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 708               of an alignment with overlapping groups
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 712               name and description match
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 716               hidden regions results in incorrect hidden regions
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 720               changing colour does not apply Conservation slider value
 721               to all groups
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 725               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 729               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 733               gaps before start of features
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 737               restored to UI when feature colour is edited
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 741               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 745               as graduate feature colour settings are modified via the
 746               dialog box
 747             </li>
 748             <li>
 749               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 750               when a group defined on the alignment is resized
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 754               wrapped view result in positional status updates
 755             </li>
 756
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 759               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 763               alignment included gapped columns
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 767               widgets don't permanently disappear
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 771               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 772               T-Coffee column reliability scores)
 773             </li>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 776               sequence feature on gaps only
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 780               button from a Find inherit previously defined feature type
 781               rather than the Find query string
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 785               exporting tree calculated in Jalview
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 789               and then revealing them reorders sequences on the
 790               alignment
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 794               doesn't update to reflect available set of groups after
 795               interactively adding or modifying features
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 799               Linux
 800             </li>
 801             <li>
 802               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 803               only excluded gaps in current sequence and ignored
 804               selection.
 805             </li>
 806           </ul>
 807           <em>Rendering</em>
 808           <ul>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 811               erratically when hidden rows or columns are present
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 815               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 816               sequence colouring
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 820               colour and group colour menu for protein alignments
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 824               reflect currently selected view or group's shading
 825               thresholds
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 829               when rendered on overview and structures when opacity at
 830               100%
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 834               overview when features overlaid on alignment
 835             </li>
 836           </ul>
 837           <em>Data import/export</em>
 838           <ul>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 841               load
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 845               added after a sequence was imported are not written to
 846               Stockholm File
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 850               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 854               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 858               with lightGray or darkGray via features file (but can
 859               specify lightgray)
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 863               when alignment view imported from project
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 867               structure and sequences extracted from structure files
 868               imported via URL and viewed in Jmol
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 872               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 873               the project is loaded and the structure viewed
 874             </li>
 875           </ul>
 876           <em>Web Services</em>
 877           <ul>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 880               release of Ensembl v.88
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 884               appear enabled in Preferences->Connections
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 888               removed from console output
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 892               Ensembl by Peptide ID
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 896               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 897               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 898               due to 'null' string rather than empty string used for
 899               residues with no corresponding PDB mapping).
 900             </li>
 901           </ul>
 902           <em>Application UI</em>
 903           <ul>
 904             <li>
 905               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 906               menu
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 910               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 911               new documentation and tooltips added)
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 915               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 919               new features are added to alignment
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 923               changes to feature colours via the Amend features dialog
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 927               edit graduated feature colour via amend features dialog
 928               box
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 932               selection menu changes colours of alignment views
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 936               from alignment calculation workers after alignment has
 937               been closed
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 941               groups now 'Create Group'
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 945               Create/Undefine group doesn't always work
 946             </li>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 949               shown again after pressing 'Cancel'
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 953               adjusts start position in wrap mode
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 957               ambiguous amino acids
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 961               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 962               proteins
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 966               Defined' don't appear in Colours menu
 967             </li>
 968           </ul>
 969           <em>Applet</em>
 970           <ul>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 973               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 977               overview or linked structure view
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 981               work (since 2.8)
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 985               user-defined colourscheme doesn't restore original
 986               colourscheme
 987             </li>
 988           </ul>
 989           <em>Test Suite</em>
 990           <ul>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 993               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 997               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 998               problems with deep array comparison equality asserts in
 999               successive versions of TestNG
1000             </li>
1001             <li>
1002               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1003               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1004             </li>
1005           </ul>
1006           <em>New Known Issues</em>
1007           <ul>
1008             <li>
1009               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1010               phase after a sequence motif find operation
1011             </li>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1014               containing just upper and lower case letters are
1015               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1019               reliably from eggnog Ortholog database
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1023               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1024               to mark columns containing highlighted regions.
1025             </li>
1026             <li>
1027               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1028               doesn't always add secondary structure annotation.
1029             </li>
1030           </ul>
1031         </div>
1032     <tr>
1033       <td width="60" nowrap>
1034         <div align="center">
1035           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1036         </div>
1037       </td>
1038       <td><div align="left">
1039           <em>General</em>
1040           <ul>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1043               for all consensus calculations
1044             </li>
1045             <li>
1046               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1047               3rd Oct 2016)
1048             </li>
1049             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1050               for 2016-2017</li>
1051           </ul>
1052           <em>Application</em>
1053           <ul>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1056               set of database cross-references, sorted alphabetically
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1060               from database cross references. Users with custom links
1061               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1062                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1063             </li>
1064             <li>
1065               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1066               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1067               Chimera session
1068             </li>
1069             <li>
1070               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1071               the Chimera it is connected to is shut down
1072             </li>
1073             <li>
1074               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1075               columns menu item to mark columns containing highlighted
1076               regions (e.g. from structure selections or results of a
1077               Find operation)
1078             </li>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1081               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1082               MSAviewer
1083             </li>
1084           </ul>
1085         </div></td>
1086       <td>
1087         <div align="left">
1088           <em>General</em>
1089           <ul>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1092               are not coloured or thresholded according to percent
1093               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1097               hydrophobic
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1101               threshold, amino acid properties)
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1105               reported as mapped to residues in a structure file in the
1106               View Mapping report
1107             </li>
1108             <li>
1109               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1110               could be added multiple times to a sequence
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1114               bond features shown as two highlighted residues rather
1115               than a range in linked structure views, and treated
1116               correctly when selecting and computing trees from features
1117             </li>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1120               cross-references are matched to database name regardless
1121               of case
1122             </li>
1123
1124           </ul>
1125           <em>Application</em>
1126           <ul>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1129               names without regular expressions also offer links from
1130               Sequence ID
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1134               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1135               update Jalview configuration
1136             </li>
1137             <li>
1138               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1139               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1140             </li>
1141             <li>
1142               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1143               files with similarly named sequences if dropped onto the
1144               alignment
1145             </li>
1146             <li>
1147               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1148               entries where more chains exist in the PDB accession than
1149               are reported in the SIFTS file
1150             </li>
1151             <li>
1152               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1153               the structure view when displayed with Chimera
1154             </li>
1155             <li>
1156               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1157               panel's View->Show Chains submenu
1158             </li>
1159             <li>
1160               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1161               work for wrapped alignment views
1162             </li>
1163             <li>
1164               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1165               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1169               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1170               first annotation row
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1174               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1178               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1179             </li>
1180             <!-- JAL-2319 -->
1181             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1182             coordindate data
1183             </li>
1184           </ul>
1185           <!--           <em>New Known Issues</em>
1186           <ul>
1187             <li></li>
1188           </ul> -->
1189         </div>
1190       </td>
1191     </tr>
1192     <td width="60" nowrap>
1193       <div align="center">
1194         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1195           <em>25/10/2016</em></strong>
1196       </div>
1197     </td>
1198     <td><em>Application</em>
1199       <ul>
1200         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1201           view if structures already loaded</li>
1202         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1203           structure views</li>
1204       </ul></td>
1205     <td>
1206       <div align="left">
1207         <em>General</em>
1208         <ul>
1209           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1210             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1211           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1212             example sequences/projects/trees</li>
1213         </ul>
1214         <em>Application</em>
1215         <ul>
1216           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1217             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1218           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1219             without timeout for structures with multiple models or
1220             multiple sequences in alignment</li>
1221           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1222             PDB ID HEADER line</li>
1223           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1224             is performed</li>
1225           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1226             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1227           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1228           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1229             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1230             option</li>
1231           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1232             is created on the alignment</li>
1233           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1234             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1235             pop-up menu</li>
1236         </ul>
1237         <em>Build and deployment</em>
1238         <ul>
1239           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1240             tags</li>
1241         </ul>
1242         <em>New Known Issues</em>
1243         <ul>
1244           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1245             on Windows</li>
1246         </ul>
1247       </div>
1248     </td>
1249     </tr>
1250     <tr>
1251       <td width="60" nowrap>
1252         <div align="center">
1253           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1254         </div>
1255       </td>
1256       <td><em>General</em>
1257         <ul>
1258           <li>
1259             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1260           </li>
1261           <li>
1262             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1263             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1264             better PDB parsing.
1265           </li>
1266           <li>
1267             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1268             reference sequence
1269           </li>
1270           <li>
1271             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1272             mousing over sequence associated annotation
1273           </li>
1274           <li>
1275             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1276             for manual entry
1277           </li>
1278           <li>
1279             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1280             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1281             for each column
1282           </li>
1283           <li>
1284             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1285             showing or hiding columns containing a feature
1286           </li>
1287           <li>
1288             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1289             group and sequence associated annotation labels
1290           </li>
1291           <li>
1292             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1293             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1294             dialogs
1295           </li>
1296
1297         </ul> <em>Application</em>
1298         <ul>
1299           <li>
1300             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1301             gene/transcript view
1302           </li>
1303           <li>
1304             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1305             dialog
1306           </li>
1307           <li>
1308             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1309             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1310           </li>
1311           <li>
1312             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1313             Pfam sources to xfam.org
1314           </li>
1315           <li>
1316             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1317           </li>
1318           <li>
1319             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1320             over sequences in Jalview
1321           </li>
1322           <li>
1323             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1324             regions in ENA and EMBL
1325           </li>
1326           <li>
1327             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1328             for record retrieval via ENA rest API
1329           </li>
1330           <li>
1331             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1332             complement operator
1333           </li>
1334           <li>
1335             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1336             groovy script execution
1337           </li>
1338           <li>
1339             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1340             alignment window's Calculate menu
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1344             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1348             calculation workers from groovy scripts
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1352             Jalview projects
1353           </li>
1354           <li>
1355             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1356             associations are now saved/restored from project
1357           </li>
1358           <li>
1359             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1360             before sequence fetcher is opened
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1364             database chooser opens a sequence fetcher
1365           </li>
1366           <li>
1367             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1368             the UniProt REST API
1369           </li>
1370           <li>
1371             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1372             the news reader opening
1373           </li>
1374           <li>
1375             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1376             querying stored in preferences
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1380             search results
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1387             menu for nucleotide sequences
1388           </li>
1389           <li>
1390             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1391             and feature counts preserves alignment ordering (and
1392             debugged for complex feature sets).
1393           </li>
1394           <li>
1395             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1396             viewing structures with Jalview 2.10
1397           </li>
1398           <li>
1399             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1400             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1401             Ensembl Genomes REST API
1402           </li>
1403           <li>
1404             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1405             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1406             (Ensembl)
1407           </li>
1408           <li>
1409             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1410             sequences
1411           </li>
1412           <li>
1413             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1414             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1415             data from external database records.
1416           </li>
1417           <li>
1418             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1419             efficient recovery of sequence coding and alignment
1420             annotation relationships.
1421           </li>
1422         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1423         <ul>
1424           <li>
1425             -- JAL---
1426           </li>
1427         </ul> --></td>
1428       <td>
1429         <div align="left">
1430           <em>General</em>
1431           <ul>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1434               menu on OSX
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1438               includes graduated colourschemes
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1442               working with big alignments and lots of hidden columns
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1446               at right of alignment window
1447             </li>
1448             <li>
1449               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1450               contents
1451             </li>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1454               for DNA alignments
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1458               based tree calculation
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1462               unconserved enabled for group on alignment
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1466               set as reference
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1470               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1471               annotation
1472             </li>
1473             <li>
1474               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1475               hidden columns present
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1479               user created annotation added to alignment
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1483               '()' base pair annotation
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1487               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1488               Consensus
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1492               feature not working
1493             </li>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1496               beginning of sequence
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1500               entry 3a6s
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1504               from a tree when t-coffee scores are shown
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1508               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1512               some structures
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1516               to Clustal, PIR and PileUp output
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1520               not visible causes alignment window to repaint
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1524               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1525               scores associated with features and annotation rows
1526             </li>
1527             <li>
1528               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1529               calculation should be case independent
1530             </li>
1531             <li>
1532               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1533               columns
1534             </li>
1535             <li>
1536               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1537               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1538               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1539             </li>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1542               problems when reference sequence defined and 'show
1543               non-conserved' enabled
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1547               load even when Consensus calculation is disabled
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1551               alignment does nothing
1552             </li>
1553           </ul>
1554           <em>Application</em>
1555           <ul>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1558               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1559               yet fixed for El Capitan)
1560             </li>
1561             <li>
1562               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1563               output when running on non-gb/us i18n platforms
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1567               hidden sequences as flat-file alignment
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1571               launching Chimera
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1575               (also hotfix for 2.9.0b2)
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1579               reference sequence defined
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1583               alignments and views when revealing hidden columns
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1587               view in a cDNA/Protein splitframe
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1591               sequence from project when only one sequence is
1592               represented
1593             </li>
1594             <li>
1595               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1596               in Structure Chooser
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1600               structure consensus didn't refresh annotation panel
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1604               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1608               dialogs format columns correctly, don't display array
1609               data, sort columns according to type
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1613               file chooser is cancelled during an image export
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1617               sequence name containing special characters
1618             </li>
1619             <li>
1620               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1621               case insensitive
1622             </li>
1623             <li>
1624               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1625               formatting don't wrap
1626             </li>
1627             <li>
1628               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1629               truncated so L looks like I in consensus annotation
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1633               currently displayed features for the current selection or
1634               view
1635             </li>
1636             <li>
1637               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1638               after fetching cross-references, and restoring from
1639               project
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1643               followed in the structure viewer
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1647               splitframe not restored from project
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1651               trailing end of protein alignment in transcript/product
1652               splitview when pad-gaps not enabled by default
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1656               is case dependent
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1660               article has been read (reopened issue due to
1661               internationalisation problems)
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1665               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1666               cross-references
1667             </li>
1668
1669             <li>
1670               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1671               alignment as HTML
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1675               multiple structures are shown for one or more sequences.
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1679               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1680               is enabled.
1681             </li>
1682             <li>
1683               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1684               specific PDB id for sequence
1685             </li>
1686             <li>
1687               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1688               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1689               columns' is disabled.
1690             </li>
1691             <li>
1692               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1693               selects lowest rather than highest resolution structures
1694               for each sequence
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1698               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1702               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1706               after clicking on it to create new annotation for a
1707               column.
1708             </li>
1709             <li>
1710               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1711               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1712             </li>
1713             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1714             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1715           </ul>
1716           <em>Applet</em>
1717           <ul>
1718             <li>
1719               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1720               hidden columns present before start of sequence
1721             </li>
1722             <li>
1723               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1724               (JSON jars)
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1728               sequences are hidden in applet
1729             </li>
1730             <li>
1731               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1732               deployment on examples pages.
1733             </li>
1734           </ul>
1735         </div>
1736       </td>
1737     </tr>
1738     <tr>
1739       <td width="60" nowrap>
1740         <div align="center">
1741           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1742             <em>16/10/2015</em></strong>
1743         </div>
1744       </td>
1745       <td><em>General</em>
1746         <ul>
1747           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1748             jars</li>
1749         </ul></td>
1750       <td>
1751         <div align="left">
1752           <em>Application</em>
1753           <ul>
1754             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1755               shown when tree is partitioned</li>
1756             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1757               multiple cDNA/Protein split views</li>
1758           </ul>
1759         </div>
1760       </td>
1761     </tr>
1762     <tr>
1763       <td width="60" nowrap>
1764         <div align="center">
1765           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1766             <em>8/10/2015</em></strong>
1767         </div>
1768       </td>
1769       <td><em>General</em>
1770         <ul>
1771           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1772             2.9</li>
1773         </ul> <em>Application</em>
1774         <ul>
1775           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1776           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1777           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1778         </ul> <em>Applet</em>
1779         <ul>
1780           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1781         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1782         <ul>
1783           <li>
1784             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1785             suite
1786           </li>
1787         </ul></td>
1788       <td>
1789         <div align="left">
1790           <em>General</em>
1791           <ul>
1792             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1793               incorrect when sequence start > 1</li>
1794             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1795               documentation</li>
1796             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1797             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1798               loading a features file containing HTML tags in feature
1799               description</li>
1800
1801           </ul>
1802           <em>Application</em>
1803           <ul>
1804             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1805               reimport</li>
1806             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1807               with 'trim retrieved sequences'</li>
1808             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1809               deleting selected columns</li>
1810             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1811               JNLP templates for webstart launch</li>
1812             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1813               unreleased structures for download or viewing</li>
1814             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1815               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1816             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1817               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1818             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1819               recovered from jalview project</li>
1820             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1821               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1822               alignment view</li>
1823             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1824               color schemes from BioJSON</li>
1825           </ul>
1826           <em>Applet</em>
1827           <ul>
1828             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1829               frame</li>
1830             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1831           </ul>
1832         </div>
1833       </td>
1834     </tr>
1835     <tr>
1836       <td><div align="center">
1837           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1838         </div></td>
1839       <td><em>General</em>
1840         <ul>
1841           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1842             alignments:
1843             <ul>
1844               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1845                 and DNA alignment views</li>
1846               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1847                 cDNA alignment views</li>
1848               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1849                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1850               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1851                 protein sequences</li>
1852             </ul>
1853           </li>
1854           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1855           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1856             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1857           <li>New alignment annotation file statements for
1858             reference sequences and marking hidden columns</li>
1859           <li>Reference sequence based alignment shading to
1860             highlight variation</li>
1861           <li>Select or hide columns according to alignment
1862             annotation</li>
1863           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1864           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1865             acid conservation row</li>
1866           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1867         </ul> <em>Application</em>
1868         <ul>
1869           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1870             <ul>
1871               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1872                 view with cDNA/Protein</li>
1873               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1874                 sequences are placed in the same alignment</li>
1875               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1876                 projects</li>
1877             </ul>
1878           </li>
1879
1880           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1881           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1882             Jalview windows</li>
1883
1884           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1885           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1886           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1887             be shown in VARNA</li>
1888
1889           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1890             as the active selected region</li>
1891
1892           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1893             similarity</li>
1894           <li>New Export options
1895             <ul>
1896               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1897                 region export in flat file generation</li>
1898
1899               <li>Export alignment views for display with the <a
1900                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1901
1902               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1903               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1904                 alignment figures to HTML</li>
1905           </li>
1906           <li>3D structure retrieval and display
1907             <ul>
1908               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1909                 Search API</li>
1910               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1911                 PDB structures for a sequence set</li>
1912             </ul>
1913           </li>
1914
1915           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1916             predictions</li>
1917           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1918             for one or a group of sequences</li>
1919           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1920             from the JPred4 web server</li>
1921           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1922             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1923             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1924           </li>
1925           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1926             VARNA 2D Structure'</li>
1927           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1928             Structure ..."</li>
1929
1930         </ul> <em>Applet</em>
1931         <ul>
1932           <li>New layout for applet example pages</li>
1933           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1934             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1935           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1936             Protein alignments</li>
1937         </ul> <em>Development and deployment</em>
1938         <ul>
1939           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1940           <li>Include installation type and git revision in build
1941             properties and console log output</li>
1942           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1943             storing BioJsMSA Templates</li>
1944           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1945         </ul></td>
1946       <td>
1947         <!-- <em>General</em>
1948         <ul>
1949         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1950         <ul>
1951           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1952           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1953           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1954             predictions are not highlighted in amber</li>
1955           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1956             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1957           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1958             associated structure views</li>
1959           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1960             width checkbox not enabled</li>
1961           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1962             creating user defined colours</li>
1963           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1964             mappings for just that viewer's sequences</li>
1965           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1966             multiple models in Chimera</li>
1967           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1968             over Jmol structure</li>
1969           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1970             output to text box</li>
1971           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1972             have incorrect sequence start/end</li>
1973           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1974             Jalview fails</li>
1975           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1976             work for nucleotide</li>
1977           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1978             to a grey/invisible alignment window</li>
1979           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1980             imports to different position</li>
1981           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1982             on some platforms</li>
1983           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1984             populated</li>
1985           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1986             console if Chimera has been opened</li>
1987           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1988           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1989             retrieved</li>
1990           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1991           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1992             either sequence shows on first structure</li>
1993           <li>'Show annotations' options should not make
1994             non-positional annotations visible</li>
1995           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1996             in right place after 'view flanking regions'</li>
1997           <li>File Save As type unset when current file format is
1998             unknown</li>
1999           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2000             projects</li>
2001           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2002             responsive</li>
2003           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2004             several views on same alignment</li>
2005           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2006           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2007             spaces</li>
2008         </ul> <em>Applet</em>
2009         <ul>
2010           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2011           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2012             descriptions containing angle brackets</li>
2013         </ul> <em>General</em>
2014         <ul>
2015           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2016             via jalview annotation file</li>
2017           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2018             with RNA secondary structure</li>
2019           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2020             translation doesn't work.</li>
2021           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2022           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2023             positions</li>
2024           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2025             choosing 1pt font</li>
2026           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2027             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2028             'h'</li>
2029           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2030             new feature</li>
2031           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2032             order dependent</li>
2033           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2034             sequences</li>
2035           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2036         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2037         <ul>
2038           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2039             www.jalview.org</li>
2040         </ul> <em>Application Known issues</em>
2041         <ul>
2042           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2043           <li>Misleading message appears after trying to delete
2044             solid column.</li>
2045           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2046             version launches</li>
2047           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2048             fails with a sequence mismatch</li>
2049           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2050             scrolling alignment to right</li>
2051           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2052             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2053           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2054             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2055           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2056             ultra-high resolution</li>
2057           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2058             quality and conservation</li>
2059           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2060             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2061         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2062         <ul>
2063           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2064           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2065             window is being resized</li>
2066
2067         </ul>
2068       </td>
2069     </tr>
2070     <tr>
2071       <td><div align="center">
2072           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2073         </div></td>
2074       <td><em>General</em>
2075         <ul>
2076           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2077             Certum.PL.</li>
2078           <li>Features and annotation preserved when performing
2079             pairwise alignment</li>
2080           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2081             imported/exported/displayed</li>
2082           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2083             protein secondary structure</li>
2084           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2085               post-hoc with 2.9 release</em>)
2086           </li>
2087
2088         </ul> <em>Application</em>
2089         <ul>
2090           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2091             with 3D structures</li>
2092           <li>Support for parsing RNAML</li>
2093           <li>Annotations menu for layout
2094             <ul>
2095               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2096               <li>place sequence annotation above/below alignment
2097                 annotation</li>
2098             </ul>
2099           <li>Output in Stockholm format</li>
2100           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2101             translation</li>
2102           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2103           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2104             shared between alignments</li>
2105           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2106             Jalview</li>
2107           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2108             all or current selection</li>
2109           <li>disorder and secondary structure predictions
2110             available as dataset annotation</li>
2111           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2112
2113
2114           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2115             alignments from Rfam</li>
2116           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2117
2118           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2119             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2120           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2121           <li>include installation type in build properties and
2122             console log output</li>
2123           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2124             annotation</li>
2125         </ul></td>
2126       <td>
2127         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2128         <ul>
2129           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2130             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2131           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2132             alignment</li>
2133           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2134           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2135           <li>Double click on sequence associated annotation
2136             selects only first column</li>
2137           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2138             leaves shown in tree</li>
2139           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2140             properly</li>
2141           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2142           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2143             screen and buttons not visible</li>
2144           <li>author list isn't updated if already written to
2145             Jalview properties</li>
2146           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2147             from database</li>
2148           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2149           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2150             browser search window</li>
2151           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2152             in feature settings dialog</li>
2153           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2154             desktop</li>
2155           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2156             pass validation</li>
2157           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2158             fit on screen</li>
2159           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2160             tooltip</li>
2161           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2162             defined user preset</li>
2163           <li>MSA web services warns user if they were launched
2164             with invalid input</li>
2165           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2166             Java 8</li>
2167           <li>
2168             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2169             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2170             created
2171           </li>
2172
2173         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2174         <ul>
2175         </ul> <em>General</em>
2176         <ul>
2177         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2178         <ul>
2179           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2180             memory allocation</li>
2181           <li>launchApp service doesn't automatically open
2182             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2183           <li>
2184             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2185             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2186             1.7_055 is available
2187           </li>
2188         </ul> <em>Application Known issues</em>
2189         <ul>
2190           <li>
2191             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2192             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2193             alignment to right
2194           </li>
2195           <li>
2196             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2197             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2198             with large number of ID
2199           </li>
2200           <li>
2201             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2202             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2203             start/end
2204           </li>
2205           <li>
2206             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2207             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2208             structure tracks are rearranged
2209           </li>
2210           <li>
2211             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2212             invalid rna structure positional highlighting does not
2213             highlight position of invalid base pairs
2214           </li>
2215           <li>
2216             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2217             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2218             project from alignment window file menu
2219           </li>
2220           <li>
2221             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2222             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2223             structures
2224           </li>
2225           <li>
2226             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2227             colour by RNA Helices not enabled when user created
2228             annotation added to alignment
2229           </li>
2230           <li>
2231             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2232             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2233           </li>
2234         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2235         <ul>
2236           <li>
2237             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2238             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2239           </li>
2240           <li>
2241             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2242             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2243           </li>
2244
2245           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2246             when selected</li>
2247         </ul>
2248       </td>
2249     </tr>
2250     <tr>
2251       <td><div align="center">
2252           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2253         </div></td>
2254       <td>
2255         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2256         <em>General</em>
2257         <ul>
2258           <li>Internationalisation of user interface (usually
2259             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2260           <li>Define/Undefine group on current selection with
2261             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2262           <li>Improved group creation/removal options in
2263             alignment/sequence Popup menu</li>
2264           <li>Sensible precision for symbol distribution
2265             percentages shown in logo tooltip.</li>
2266           <li>Annotation panel height set according to amount of
2267             annotation when alignment first opened</li>
2268         </ul> <em>Application</em>
2269         <ul>
2270           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2271             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2272           <li>Select columns containing particular features from
2273             Feature Settings dialog</li>
2274           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2275             sequences</li>
2276           <li>Update Jalview project format:
2277             <ul>
2278               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2279               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2280                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2281               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2282                 colouring</li>
2283             </ul>
2284           </li>
2285           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2286             (PAM250)</li>
2287           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2288             flanking regions for an alignment</li>
2289         </ul>
2290       </td>
2291       <td>
2292         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2293         <ul>
2294           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2295             running after job is cancelled</li>
2296           <li>cannot export features from alignments imported from
2297             Jalview/VAMSAS projects</li>
2298           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2299             float values</li>
2300           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2301             have 'display all symbols' flag set</li>
2302           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2303             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2304           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2305             Jalview</li>
2306           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2307             Lion/Webstart</li>
2308           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2309           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2310           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2311             alignment onto desktop</li>
2312           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2313             'extract scores' function</li>
2314           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2315             alignment window</li>
2316           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2317             performing IUPred disorder prediction</li>
2318           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2319             changing 'normalise logo' display setting</li>
2320           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2321             nothing matches query</li>
2322           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2323             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2324           </li>
2325           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2326             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2327           </li>
2328           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2329             Jalview's menu</li>
2330           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2331             'invalid literal/length code'</li>
2332           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2333             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2334           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2335             colourscheme</li>
2336
2337         </ul> <em>Applet</em>
2338         <ul>
2339           <li>Remove group option is shown even when selection is
2340             not a group</li>
2341           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2342             don't affect groups</li>
2343           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2344             colourscheme name</li>
2345           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2346             Annotation panel is not displayed</li>
2347           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2348             embedded windows</li>
2349         </ul> <em>Other</em>
2350         <ul>
2351           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2352             single sequence were not calculated</li>
2353           <li>annotation files that contain only groups imported as
2354             annotation and junk sequences</li>
2355           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2356             recognised as PFAM or BLC</li>
2357           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2358             doesn't affect background (2.8.0b1)
2359           <li></li>
2360           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2361           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2362             trailing gaps</li>
2363           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2364             registered correctly on import</li>
2365           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2366             certain alignments</li>
2367           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2368             existing annotation based 'use original colours'
2369             colourscheme loses original colours setting</li>
2370         </ul>
2371       </td>
2372     </tr>
2373     <tr>
2374       <td><div align="center">
2375           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2376             <em>30/1/2014</em></strong>
2377         </div></td>
2378       <td>
2379         <ul>
2380           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2381             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2382             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2383             open source project).
2384           </li>
2385           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2386           <li>Output in Stockholm format</li>
2387           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2388           <li>Export/import group and sequence associated line
2389             graph thresholds</li>
2390           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2391             ambiguity codes</li>
2392           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2393             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2394             works</li>
2395           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2396         </ul> <em>Other improvements</em>
2397         <ul>
2398           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2399           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2400             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2401           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2402             files</li>
2403           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2404           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2405             link but no description</li>
2406           <li>Select primary source when selecting authority in
2407             database fetcher GUI</li>
2408           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2409             Jalview</li>
2410           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2411         </ul>
2412       </td>
2413       <td>
2414         <ul>
2415           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2416             displayed</li>
2417           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2418             secondary structure annotation line</li>
2419           <li>Sequence database accessions not imported when
2420             fetching alignments from Rfam</li>
2421           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2422             identical IDs</li>
2423           <li>View all structures does not always superpose
2424             structures</li>
2425           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2426             reflect user or preset settings</li>
2427           <li>Null pointer exceptions for some services without
2428             presets or adjustable parameters</li>
2429           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2430             discover PDB xRefs</li>
2431           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2432             features with DAS</li>
2433           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2434             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2435           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2436             residue follows a gap</li>
2437           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2438             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2439           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2440             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2441           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2442             annotation already exists on alignment</li>
2443           <li>oninit javascript function should be called after
2444             initialisation completes</li>
2445           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2446             alignment window display</li>
2447           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2448           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2449             to annotation file</li>
2450           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2451             groups created</li>
2452           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2453             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2454           <li>Pressing return several times causes Number Format
2455             exceptions in keyboard mode</li>
2456           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2457             correct partitions for input data</li>
2458           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2459           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2460           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2461           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2462             mode</li>
2463           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2464             changes one row&#39;s threshold</li>
2465           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2466             doesn&#39;t open</li>
2467           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2468             quality histograms</li>
2469         </ul>
2470       </td>
2471     </tr>
2472     <tr>
2473       <td><div align="center">
2474           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2475         </div></td>
2476       <td><em>Application</em>
2477         <ul>
2478           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2479             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2480           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2481             preferences</li>
2482           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2483             in Jalview alignment window</li>
2484           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2485             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2486           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2487             RNA and ambiguity codes</li>
2488
2489           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2490           <li>Support fetching and database reference look up
2491             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2492             refs')</li>
2493           <li>Jalview project improvements
2494             <ul>
2495               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2496                 flag for annotation</li>
2497               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2498                 alignment</li>
2499               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2500                 Jalview project</li>
2501
2502             </ul>
2503           </li>
2504           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2505           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2506             running</li>
2507           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2508           <li>visual indication that web service results are still
2509             being retrieved from server</li>
2510           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2511             starts up for first time</li>
2512           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2513             services</li>
2514           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2515             client library</li>
2516           <li>Examples directory and Groovy library included in
2517             InstallAnywhere distribution</li>
2518         </ul> <em>Applet</em>
2519         <ul>
2520           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2521             visualization applet example</li>
2522         </ul> <em>General</em>
2523         <ul>
2524           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2525           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2526             defaults</li>
2527           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2528             calculation</li>
2529           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2530             matrices
2531           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2532             in HTML</li>
2533           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2534             structure contacts</li>
2535           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2536           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2537           <li>Parse sequence associated secondary structure
2538             information in Stockholm files</li>
2539           <li>HTML Export database accessions and annotation
2540             information presented in tooltip for sequences</li>
2541           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2542             style RNA alignment files</li>
2543           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2544             alignment</li>
2545           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2546             shade each sequence according to its associated alignment
2547             annotation</li>
2548           <li>New Jalview Logo</li>
2549         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2550         <ul>
2551           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2552           <li>New Website!</li>
2553         </ul></td>
2554       <td><em>Application</em>
2555         <ul>
2556           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2557             wsdbfetch REST service</li>
2558           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2559           <li>Filetype associations not installed for webstart
2560             launch</li>
2561           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2562             job execution in full once it is complete</li>
2563           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2564             uploaded via ali_file parameter</li>
2565           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2566           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2567           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2568             submitted for prediction</li>
2569           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2570             desktop window</li>
2571           <li>Putting fractional value into integer text box in
2572             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2573           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2574             windows 7</li>
2575           <li>View all structures fails with exception shown in
2576             structure view</li>
2577           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2578             escaped in a platform independent way</li>
2579           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2580             using proxy</li>
2581           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2582             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2583           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2584             failure when java web start temporary file caching is
2585             disabled</li>
2586           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2587             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2588           <li>Errors during processing of command line arguments
2589             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2590           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2591             DAS sources in sequence fetcher</li>
2592           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2593             dialog is shown</li>
2594           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2595           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2596           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2597           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2598             on OSX Mountain Lion</li>
2599           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2600             sequences with alignment annotation are pasted into the
2601             alignment</li>
2602           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2603             when loaded from Jalview project</li>
2604           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2605           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2606             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2607           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2608             associated with all views</li>
2609           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2610             annotation rows to new window</li>
2611         </ul> <em>Applet</em>
2612         <ul>
2613           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2614             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2615           <li>loading features via javascript API automatically
2616             enables feature display</li>
2617           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2618             work</li>
2619         </ul> <em>General</em>
2620         <ul>
2621           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2622           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2623             and then deselected</li>
2624           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2625           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2626             coloured with clustalx</li>
2627           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2628             exceptions and redraw errors</li>
2629           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2630             reconfigured view</li>
2631           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2632             colour</li>
2633           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2634             for lots of labels</li>
2635         </ul>
2636     </tr>
2637     <tr>
2638       <td>
2639         <div align="center">
2640           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2641         </div>
2642       </td>
2643       <td><em>Application</em>
2644         <ul>
2645           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2646           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2647           <li>View/alignment association menu to enable user to
2648             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2649             its colours/correspondences from</li>
2650           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2651           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2652             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2653           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2654           <li>Annotation row column label formatting attributes
2655             stored in project file</li>
2656           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2657             rows preserved in Jalview project file</li>
2658           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2659             saved using Desktop window menu</li>
2660           <li>Visual indication that command line arguments are
2661             still being processed</li>
2662           <li>Groovy script execution from URL</li>
2663           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2664             preferences</li>
2665           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2666             alignment with sequences that have high similarity and
2667             matching IDs</li>
2668           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2669           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2670             structures in same window</li>
2671           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2672           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2673             analysis function in its own submenu</li>
2674         </ul> <em>Applet</em>
2675         <ul>
2676           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2677             groups</li>
2678           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2679           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2680           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2681           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2682           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2683             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2684           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2685           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2686             parameters are treated as such</li>
2687           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2688             <ul>
2689               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2690               <li>Javascript callbacks for
2691                 <ul>
2692                   <li>Applet initialisation</li>
2693                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2694                 </ul>
2695               </li>
2696               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2697                 functions</li>
2698               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2699               <li>javascript structure viewer harness to pass
2700                 messages between Jmol and Jalview when running as
2701                 distinct applets</li>
2702               <li>sortBy method</li>
2703               <li>Set of applet and application examples shipped
2704                 with documentation</li>
2705               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2706                 javascript message exchange</li>
2707             </ul>
2708         </ul> <em>General</em>
2709         <ul>
2710           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2711             multiple alignments</li>
2712           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2713           <li>User configurable link to enable redirects to a
2714             www.Jalview.org mirror</li>
2715           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2716           <li>Configurable newline string when writing alignment
2717             and other flat files</li>
2718           <li>Allow alignment annotation description lines to
2719             contain html tags</li>
2720         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2721         <ul>
2722           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2723             examples</li>
2724           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2725             using a web service before displaying the result in the
2726             Jalview desktop</li>
2727           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2728           <li>Ant target to publish example html files with applet
2729             archive</li>
2730           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2731           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2732         </ul></td>
2733       <td><em>Application</em>
2734         <ul>
2735           <li>User defined colourscheme throws exception when
2736             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2737           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2738             dialog for valid filename/format</li>
2739           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2740           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2741             P37173</li>
2742           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2743             which sequence is to be associated with the file</li>
2744           <li>Find All raises null pointer exception when query
2745             only matches sequence IDs</li>
2746           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2747           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2748             2.4 cannot be loaded</li>
2749           <li>Filetype associations not installed for webstart
2750             launch</li>
2751           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2752             with sequences in different alignments do not get coloured
2753             by their associated sequence</li>
2754           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2755             not preserved when project is loaded</li>
2756           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2757             stored in Jalview project</li>
2758           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2759             Jalview project</li>
2760           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2761           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2762             by conservation</li>
2763           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2764             created on new view</li>
2765           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2766             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2767           <li>Alignment quality not updated after alignment
2768             annotation row is hidden then shown</li>
2769           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2770             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2771           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2772             properly</li>
2773           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2774             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2775           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2776           <li>Structures imported from file and saved in project
2777             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2778           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2779             job execution in full once it is complete</li>
2780         </ul> <em>Applet</em>
2781         <ul>
2782           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2783             annotation rows are displayed</li>
2784           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2785             codebase</li>
2786           <li>View follows highlighting does not work for positions
2787             in sequences</li>
2788           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2789           <li>Export features raises exception when no features
2790             exist</li>
2791           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2792             for javascript api is modified when separator string
2793             provided as parameter</li>
2794           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2795             alignment with no existing selection</li>
2796           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2797             to applet&#39;s codebase</li>
2798           <li>Status bar not updated after finished searching and
2799             search wraps around to first result</li>
2800           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2801             several Jalview applets causes race conditions and memory
2802             leaks</li>
2803           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2804             not sent from Jmol in applet</li>
2805           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2806             applet API fatally hang browser</li>
2807         </ul> <em>General</em>
2808         <ul>
2809           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2810             position with wrapped view and hidden regions</li>
2811           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2812             with/without hidden columns</li>
2813           <li>Sequence length given in alignment properties window
2814             is off by 1</li>
2815           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2816             import PDB like structure files</li>
2817           <li>Positional search results are only highlighted
2818             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2819           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2820           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2821             given sequence position</li>
2822           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2823             output</li>
2824           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2825             from nucleotide chains correctly</li>
2826           <li>Structure colours not updated when tree partition
2827             changed in alignment</li>
2828           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2829             parsed in interleaved stockholm</li>
2830           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2831             state</li>
2832           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2833             properly</li>
2834           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2835             properly associated with their pdb files</li>
2836         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2837         <ul>
2838           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2839             ApplyCopyright tool</li>
2840         </ul></td>
2841     </tr>
2842     <tr>
2843       <td>
2844         <div align="center">
2845           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2846         </div>
2847       </td>
2848       <td><em>Application</em>
2849         <ul>
2850           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2851             contact web services</li>
2852           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2853             service job window</li>
2854           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2855         </ul></td>
2856       <td>
2857         <ul>
2858           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2859             pir file emitted by Jalview</li>
2860           <li>Existing feature settings transferred to new
2861             alignment view created from cut'n'paste</li>
2862           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2863             parsing PDB files</li>
2864           <li>Consensus and conservation annotation rows
2865             occasionally become blank for all new windows</li>
2866           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2867             in wrapped view mode</li>
2868         </ul> <em>Application</em>
2869         <ul>
2870           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2871             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2872           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2873             parameter names</li>
2874           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2875             is down</li>
2876         </ul>
2877       </td>
2878     </tr>
2879     <tr>
2880       <td>
2881         <div align="center">
2882           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2883         </div>
2884       </td>
2885       <td><em>Application</em>
2886         <ul>
2887           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2888             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2889             (JABAWS)
2890           </li>
2891           <li>Web Services preference tab</li>
2892           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2893             preferences</li>
2894           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2895           <li>Superpose structures using associated sequence
2896             alignment</li>
2897           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2898             viewer</li>
2899         </ul> <em>Applet</em>
2900         <ul>
2901           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2902             link out mechanism</li>
2903         </ul> <em>Other</em>
2904         <ul>
2905           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2906             series 12</li>
2907           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2908             require Java 1.5</li>
2909           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2910             sequence annotation files</li>
2911           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2912             type colour specification</li>
2913           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2914             script to check if it being run in an interactive session or
2915             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2916         </ul></td>
2917       <td>
2918         <ul>
2919           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2920             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2921         </ul> <em>Application</em>
2922         <ul>
2923           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2924             selected Regions menu item</li>
2925           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2926             part of a valid accession ID</li>
2927           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2928             runs out of memory</li>
2929           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2930             analysis results</li>
2931           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2932             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2933           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2934         </ul> <em>Applet</em>
2935         <ul>
2936           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2937             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2938             defined.</li>
2939         </ul>
2940       </td>
2941     </tr>
2942     <tr>
2943       <td>
2944         <div align="center">
2945           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2946         </div>
2947       </td>
2948       <td></td>
2949       <td>
2950         <ul>
2951           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2952             sequence IDs</li>
2953           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2954             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2955           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2956             import correctly</li>
2957           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2958             number of columns are hidden</li>
2959           <li>annotation label popup menu not providing correct
2960             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2961             present</li>
2962           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2963             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2964           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2965             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2966
2967         </ul> <em>Applet</em>
2968         <ul>
2969           <li>annotation panel disappears when annotation is
2970             hidden/removed</li>
2971         </ul> <em>Application</em>
2972         <ul>
2973           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2974             alignment opened where annotation panel is visible but no
2975             annotations are present on alignment</li>
2976           <li>pasted region containing hidden columns is
2977             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2978           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2979             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2980           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2981             selected Rregions menu item.</li>
2982           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2983             'Un' or 'Non'conserved</li>
2984           <li>Sequence feature settings are being shared by
2985             multiple distinct alignments</li>
2986           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2987             changed</li>
2988           <li>double click on group annotation to select sequences
2989             does not propagate to associated trees</li>
2990           <li>Mac OSX specific issues:
2991             <ul>
2992               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2993                 window background</li>
2994               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2995                 name set correctly</li>
2996               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2997                 save feature colourscheme button</li>
2998             </ul>
2999           </li>
3000         </ul>
3001       </td>
3002     </tr>
3003     <tr>
3004
3005       <td>
3006         <div align="center">
3007           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3008         </div>
3009       </td>
3010       <td><em>New Capabilities</em>
3011         <ul>
3012           <li>URL links generated from description line for
3013             regular-expression based URL links (applet and application)
3014
3015           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3016             menu</li>
3017           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3018             structures</li>
3019           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3020             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3021           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3022             average score or total feature count for each sequence.</li>
3023           <li>Shading features by score or associated description</li>
3024           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3025             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3026           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3027             hide everything but the currently selected region.</li>
3028           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3029         </ul> <em>Application</em>
3030         <ul>
3031           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3032             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3033           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3034             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3035           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3036             database references and protein_name is parsed as
3037             description line (BioSapiens terms).</li>
3038           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3039             references in sequence ID tooltip from View menu in
3040             application.</li>
3041           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3042       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3043           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3044             conservation plots</li>
3045           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3046             and visualized as sequence logos</li>
3047           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3048             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3049           </li>
3050           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3051             when a new tree is opened.</li>
3052           <li>Jalview Java Console</li>
3053           <li>Better placement of desktop window when moving
3054             between different screens.</li>
3055           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3056             consensus annotation</li>
3057           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3058             Workflows</li>
3059           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3060             <ul>
3061               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3062                 used to preserve views, structures, and tree display
3063                 settings)</li>
3064               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3065                 command line</li>
3066               <li>Sharing of selected regions between views and
3067                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3068               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3069             </ul></li>
3070         </ul> <em>Applet</em>
3071         <ul>
3072           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3073           <li>New Parameters
3074             <ul>
3075               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3076                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3077                 opened.</li>
3078               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3079                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3080               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3081                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3082               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3083                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3084                 view</li>
3085               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3086                 increase the height or width of a cell in the alignment
3087                 grid relative to the current font size.</li>
3088             </ul>
3089           </li>
3090           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3091             tooltip</li>
3092         </ul> <em>Other</em>
3093         <ul>
3094           <li>Features format: graduated colour definitions and
3095             specification of feature scores</li>
3096           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3097             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3098             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3099           <li>XML formats extended to support graduated feature
3100             colourschemes, group associated annotation, and profile
3101             visualization settings.</li></td>
3102       <td>
3103         <ul>
3104           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3105             rather than description</li>
3106           <li>Non-positional features are now included in sequence
3107             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3108             visibility in tooltip).</li>
3109           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3110           <li>Added URL embedding instructions to features file
3111             documentation.</li>
3112           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3113             'X' in peptide product</li>
3114           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3115             sequence ID and sequence string and query strings do not
3116             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3117           <li>AMSA files only contain first column of
3118             multi-character column annotation labels</li>
3119           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3120             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3121             exported and re-imported)</li>
3122           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3123             name</li>
3124           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3125             as subsequence matches, and correctly reports total number
3126             of both.</li>
3127           <li>Application:
3128             <ul>
3129               <li>Better handling of exceptions during sequence
3130                 retrieval</li>
3131               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3132                 link text excludes the start_end suffix</li>
3133               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3134                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3135               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3136               <li>Sequence description lines properly shared via
3137                 VAMSAS</li>
3138               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3139                 data sources</li>
3140               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3141                 completes before alignment figures are generated.</li>
3142               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3143                 first time.</li>
3144               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3145                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3146               <li>User defined group colours properly recovered
3147                 from Jalview projects.</li>
3148             </ul>
3149           </li>
3150         </ul>
3151       </td>
3152
3153     </tr>
3154     <tr>
3155       <td>
3156         <div align="center">
3157           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3158         </div>
3159       </td>
3160       <td>
3161         <ul>
3162           <li>Experimental support for google analytics usage
3163             tracking.</li>
3164           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3165         </ul>
3166       </td>
3167       <td>
3168         <ul>
3169           <li>Race condition in applet preventing startup in
3170             jre1.6.0u12+.</li>
3171           <li>Exception when feature created from selection beyond
3172             length of sequence.</li>
3173           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3174           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3175             all sequences with a given id</li>
3176           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3177             ID string searches</li>
3178           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3179             alignment to fail with exception</li>
3180         </ul> <em>Application Issues</em>
3181         <ul>
3182           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3183           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3184             data sources</li>
3185         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3186         <ul>
3187           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3188             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3189           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3190             version (java class versioning error fixed)</li>
3191         </ul>
3192       </td>
3193     </tr>
3194     <tr>
3195       <td>
3196
3197         <div align="center">
3198           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3199         </div>
3200       </td>
3201       <td><em>User Interface</em>
3202         <ul>
3203           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3204             translation and protein products</li>
3205           <li>Linked highlighting of structure associated with
3206             residue mapping to codon position</li>
3207           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3208             and 'clear' button</li>
3209           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3210             Tools menu</li>
3211           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3212             numeric data in description line</li>
3213           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3214           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3215             of sequence</li>
3216         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3217         <ul>
3218           <li>JPred3 web service</li>
3219           <li>Prototype sequence search client (no public services
3220             available yet)</li>
3221           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3222             PFAM</li>
3223           <li>URL Links created for matching database cross
3224             references as well as sequence ID</li>
3225           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3226         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3227         <ul>
3228           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3229             databases</li>
3230           <li>Generalised database reference retrieval and
3231             validation to all fetchable databases</li>
3232           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3233             sequence command</li>
3234         </ul> <em>Import and Export</em>
3235         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3236         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3237           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3238         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3239           File</li>
3240         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3241           triplet as name of colourscheme</li>
3242         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3243         <ul>
3244           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3245           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3246             alignments (experimental)</li>
3247           <li>Create new or select existing session to join</li>
3248           <li>load and save of vamsas documents</li>
3249         </ul> <em>Application command line</em>
3250         <ul>
3251           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3252             from applet)</li>
3253           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3254             of DAS servers to query for alignment features</li>
3255           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3256             that are also automatically queried for features</li>
3257           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3258             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3259         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3260         <ul>
3261           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3262             application (when using &quot;View in full
3263             application&quot;)</li>
3264         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3265         <ul>
3266           <li>feature group display control parameter</li>
3267           <li>debug parameter</li>
3268           <li>showbutton parameter</li>
3269         </ul> <em>Applet API methods</em>
3270         <ul>
3271           <li>newView public method</li>
3272           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3273           <li>Feature display control methods</li>
3274           <li>get list of currently selected sequences</li>
3275         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3276         <ul>
3277           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3278           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3279             Jalview release.</li>
3280           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3281             property controls execution of obfuscator</li>
3282           <li>Build target for generating source distribution</li>
3283           <li>Debug flag for javacc</li>
3284           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3285             jalview.bin.Cache</li>
3286           <li>Continuous Build Integration for stable and
3287             development version of Application, Applet and source
3288             distribution</li>
3289         </ul></td>
3290       <td>
3291         <ul>
3292           <li>selected region output includes visible annotations
3293             (for certain formats)</li>
3294           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3295             for editing</li>
3296           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3297           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3298           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3299           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3300             comments</li>
3301           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3302             filenames containing a ':'</li>
3303           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3304             global sequence features</li>
3305           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3306             references from alignment sequences goes to zero</li>
3307           <li>Close of tree branch colour box without colour
3308             selection causes cascading exceptions</li>
3309           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3310           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3311             file parsing fails.</li>
3312           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3313           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3314             not a valid output format</li>
3315           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3316             vamsas</li>
3317           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3318           <li>error messages passed up and output when data read
3319             fails</li>
3320           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3321             sequence is edited</li>
3322           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3323             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3324           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3325             filetype</li>
3326           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3327             import fixed for PFAM records</li>
3328           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3329             window list</li>
3330           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3331             can be read and written correctly to annotation file</li>
3332           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3333             correctly</li>
3334           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3335             non-italic font for representatives in Applet</li>
3336           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3337             Macs.</li>
3338           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3339             Applet)</li>
3340           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3341             due to null pointer exceptions</li>
3342           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3343             first column of alignment</li>
3344           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3345             July 2008</li>
3346           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3347             file is case-insensitive</li>
3348           <li>Sequence features read from Features file appended to
3349             all sequences with matching IDs</li>
3350           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3351             containing a sub-sequence</li>
3352           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3353           <li>feature and annotation file applet parameters
3354             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3355           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3356           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3357             splash-screen version check to complete</li>
3358           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3359             when passing them to the launchApp service</li>
3360           <li>display name and local features preserved in results
3361             retrieved from web service</li>
3362           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3363             sequence fetcher initialisation</li>
3364           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3365             dasobert DAS client</li>
3366           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3367             association</li>
3368           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3369             sequences
3370           </li>
3371         </ul>
3372       </td>
3373     </tr>
3374     <tr>
3375       <td>
3376         <div align="center">
3377           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3378         </div>
3379       </td>
3380       <td>
3381         <ul>
3382           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3383           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3384           <li>Slide sequences</li>
3385           <li>Edit sequence in place</li>
3386           <li>EMBL CDS features</li>
3387           <li>DAS Feature mapping</li>
3388           <li>Feature ordering</li>
3389           <li>Alignment Properties</li>
3390           <li>Annotation Scores</li>
3391           <li>Sort by scores</li>
3392           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3393         </ul>
3394       </td>
3395       <td>
3396         <ul>
3397           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3398           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3399           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3400           <li>Feature group display state in XML</li>
3401           <li>Feature ordering in XML</li>
3402           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3403           <li>Stockholm alignment properties</li>
3404           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3405           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3406           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3407           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3408         </ul>
3409       </td>
3410
3411     </tr>
3412     <tr>
3413       <td>
3414         <div align="center">
3415           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3416         </div>
3417       </td>
3418       <td>
3419         <ul>
3420           <li>Non standard characters can be read and displayed
3421           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3422             applet via textbox
3423           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3424             name &amp; description
3425           <li>Preference setting to display sequence name in
3426             italics
3427           <li>Annotation file format extended to allow
3428             Sequence_groups to be defined
3429           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3430             specified in preferences
3431           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3432             sequences
3433         </ul>
3434       </td>
3435       <td>
3436         <ul>
3437           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3438             installed
3439           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3440           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3441         </ul>
3442       </td>
3443     </tr>
3444     <tr>
3445       <td>
3446         <div align="center">
3447           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3448         </div>
3449       </td>
3450       <td>
3451         <ul>
3452           <li>Multiple views on alignment
3453           <li>Sequence feature editing
3454           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3455           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3456           <li>Background dependent text colour
3457           <li>Right align sequence ids
3458           <li>User-defined lower case residue colours
3459           <li>Format Menu
3460           <li>Select Menu
3461           <li>Menu item accelerator keys
3462           <li>Control-V pastes to current alignment
3463           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3464           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3465           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3466
3467           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3468         </ul>
3469       </td>
3470       <td>
3471         <ul>
3472           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3473           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3474             calculations
3475           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3476             edits
3477           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3478             of alignment)
3479           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3480
3481           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3482             display correctly
3483           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3484           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3485             analysis results
3486           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3487             &#8739;
3488           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3489           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3490           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3491
3492         </ul>
3493       </td>
3494     </tr>
3495     <tr>
3496       <td>
3497         <div align="center">
3498           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3499         </div>
3500       </td>
3501       <td>
3502         <ul>
3503           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3504         </ul>
3505       </td>
3506       <td>
3507         <ul>
3508           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3509             sequence id panel has been resized</li>
3510           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3511             rendered</li>
3512           <li>Annotation files with sequence references - all
3513             elements in file are relative to sequence position</li>
3514           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3515         </ul>
3516       </td>
3517     </tr>
3518     <tr>
3519       <td>
3520         <div align="center">
3521           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3522         </div>
3523       </td>
3524       <td>
3525         <ul>
3526           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3527           <li>DAS Feature fetching</li>
3528           <li>Hide sequences and columns</li>
3529           <li>Export Annotations and Features</li>
3530           <li>GFF file reading / writing</li>
3531           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3532             files</li>
3533           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3534           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3535           <li>Applet can launch the full application</li>
3536           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3537             required)</li>
3538           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3539           <li>Applet can load sequences from parameter
3540             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3541           </li>
3542         </ul>
3543       </td>
3544       <td>
3545         <ul>
3546           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3547           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3548           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3549         </ul>
3550       </td>
3551     </tr>
3552     <tr>
3553       <td>
3554         <div align="center">
3555           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3556         </div>
3557       </td>
3558       <td>
3559         <ul>
3560           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3561           <li>Choose to match case when searching</li>
3562           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3563             expand the visible width and height of the alignment</li>
3564         </ul>
3565       </td>
3566       <td>
3567         <ul>
3568           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3569         </ul>
3570       </td>
3571     </tr>
3572     <tr>
3573       <td>
3574         <div align="center">
3575           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3576         </div>
3577       </td>
3578       <td>&nbsp;</td>
3579       <td>
3580         <ul>
3581           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3582           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3583             value</li>
3584         </ul>
3585       </td>
3586     </tr>
3587     <tr>
3588       <td>
3589         <div align="center">
3590           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3591         </div>
3592       </td>
3593       <td>
3594         <ul>
3595           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3596           <li>Keyboard editing</li>
3597           <li>Create sequence features from searches</li>
3598           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3599             alignments</li>
3600           <li>Features file allows grouping of features</li>
3601           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3602           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3603           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3604         </ul>
3605       </td>
3606       <td>
3607         <ul>
3608           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3609           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3610             descriptions saved.</li>
3611         </ul>
3612       </td>
3613     </tr>
3614     <tr>
3615       <td>
3616         <div align="center">
3617           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3618         </div>
3619       </td>
3620       <td>
3621         <ul>
3622           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3623           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3624           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3625             name for file output</li>
3626           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3627           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3628             used for HTML form input</li>
3629         </ul>
3630       </td>
3631       <td>
3632         <ul>
3633           <li>HTML output writes groups and features</li>
3634           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3635           <li>File IO bugs</li>
3636         </ul>
3637       </td>
3638     </tr>
3639     <tr>
3640       <td>
3641         <div align="center">
3642           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3643         </div>
3644       </td>
3645       <td>
3646         <ul>
3647           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3648           <li>More options for PCA viewer</li>
3649         </ul>
3650       </td>
3651       <td>
3652         <ul>
3653           <li>GUI bugs resolved</li>
3654           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3655         </ul>
3656       </td>
3657     </tr>
3658     <tr>
3659       <td height="63">
3660         <div align="center">
3661           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3662         </div>
3663       </td>
3664       <td>
3665         <ul>
3666           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3667           <li>Jar files are executable</li>
3668           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3669         </ul>
3670       </td>
3671       <td>
3672         <ul>
3673           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3674           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3675           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3676         </ul>
3677       </td>
3678     </tr>
3679     <tr>
3680       <td>
3681         <div align="center">
3682           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3683         </div>
3684       </td>
3685       <td>
3686         <ul>
3687           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3688         </ul>
3689       </td>
3690       <td>
3691         <ul>
3692           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3693         </ul>
3694       </td>
3695     </tr>
3696     <tr>
3697       <td>
3698         <div align="center">
3699           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3700         </div>
3701       </td>
3702       <td>
3703         <ul>
3704           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3705             size</li>
3706         </ul>
3707       </td>
3708       <td>
3709         <ul>
3710           <li>Improved JPred client reliability</li>
3711           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3712         </ul>
3713       </td>
3714     </tr>
3715     <tr>
3716       <td>
3717         <div align="center">
3718           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3719         </div>
3720       </td>
3721       <td>
3722         <ul>
3723           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3724           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3725           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3726             to Colour Menu</li>
3727           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3728           <li>Unix users can set default web browser</li>
3729           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3730           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3731         </ul>
3732       </td>
3733       <td>
3734         <ul>
3735           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3736         </ul>
3737       </td>
3738     </tr>
3739     <tr>
3740       <td>
3741         <div align="center">
3742           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3743         </div>
3744       </td>
3745       <td>&nbsp;</td>
3746       <td>
3747         <ul>
3748           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3749             alignment order.</li>
3750         </ul>
3751       </td>
3752     </tr>
3753     <tr>
3754       <td>
3755         <div align="center">
3756           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3757         </div>
3758       </td>
3759       <td>
3760         <ul>
3761           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3762           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3763           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3764             annotations.</li>
3765           <li>Version and build date written to build properties
3766             file.</li>
3767           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3768             at launch of Jalview.</li>
3769         </ul>
3770       </td>
3771       <td>
3772         <ul>
3773           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3774           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3775           <li>Can remove groups one by one.</li>
3776           <li>Filechooser icons installed.</li>
3777           <li>Finder ignores return character when searching.
3778             Return key will initiate a search.<br>
3779           </li>
3780         </ul>
3781       </td>
3782     </tr>
3783     <tr>
3784       <td>
3785         <div align="center">
3786           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3787         </div>
3788       </td>
3789       <td>
3790         <ul>
3791           <li>New codebase</li>
3792         </ul>
3793       </td>
3794       <td>&nbsp;</td>
3795     </tr>
3796   </table>
3797   <p>&nbsp;</p>
3798 </body>
3799 </html>