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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
  51             <em>22/11/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><div align="left">
  55             <em>General</em>
  56             <ul>
  57               <li><!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used for all consensus calculations</li>
  58               <li><!-- JAL- --></li>
  59           </ul>
  60           <em>Application</em>
  61           <ul>
  62             <li><!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em> from database cross references. Users with custom links will receive a warning dialog asking them to update their preferences.</li>
  63             <li><!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on dialog warning user about disconnecting Jalview from a Chimera session</li>
  64             <li><!-- JAL-2281-->Custom URL links for database cross-references are matched to database name regardless of case</li>
  65             <li></li>
  66
  67
  68           </ul>
  69           <em>Applet</em>
  70           <ul>
  71           </ul>
  72           <em>Build and deployment</em>
  73           <ul>
  74             <li></li>
  75           </ul>
  76           </div>
  77       </td>
  78       <td>
  79         <div align="left">
  80           <em>General</em>
  81           <ul>
  82             <li><!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue are not coloured or thresholded according to percent identity (first observed in Jalview 2.8.2)</li>
  83             <li><!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not hydrophobic</li>
  84             <li><!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID threshold, amino acid properties)</li>
  85             <li><!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not reported as mapped to residues in a structure file in the View Mapping report</li>
  86           </ul>
  87           <em>Application</em>
  88           <ul>
  89             <li><!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database names without regular expressions also offer invalid links from Sequence ID</li>
  90             <li><!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the URL links pane in Connections preferences doesn't actually update Jalview configuration</li>
  91             <li><!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan</li>
  92             <li><!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF files with similarly named sequences if dropped onto the alignment</li>
  93             <li><!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB entries where more chains exist in the PDB accession than are reported in the SIFTS file</li>
  94             <li><!-- --></li>
  95             <li><!-- --></li>
  96             <li><!-- --></li>
  97           </ul>
  98           <em>Applet</em>
  99           <ul>
 100           </ul>
 101           <em>Build and deployment</em>
 102           <ul>
 103             <li><!-- JAL-2308, -->Failing/passing unit tests</li>
 104           </ul>
 105           <em>New Known Issues</em>
 106           <ul>
 107             <li></li>
 108           </ul>
 109         </div>
 110       </td>
 111     </tr>
 112       <td width="60" nowrap>
 113         <div align="center">
 114           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 115             <em>25/10/2016</em></strong>
 116         </div>
 117       </td>
 118       <td><em>Application</em>
 119         <ul>
 120           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 121             view if structures already loaded</li>
 122           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 123             structure views</li>
 124         </ul></td>
 125       <td>
 126         <div align="left">
 127           <em>General</em>
 128           <ul>
 129             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 130               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 131             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 132               example sequences/projects/trees</li>
 133           </ul>
 134           <em>Application</em>
 135           <ul>
 136             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 137               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 138             <li>Multiple structure views can be opened and
 139               superposed without timeout for structures with multiple
 140               models or multiple sequences in alignment</li>
 141             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 142               a PDB ID HEADER line</li>
 143             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 144               superposition is performed</li>
 145             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 146               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 147             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 148             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 149               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 150               Refs UI option</li>
 151             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 152               view is created on the alignment</li>
 153             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 154               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 155               to open group pop-up menu</li>
 156           </ul>
 157           <em>Build and deployment</em>
 158           <ul>
 159             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 160               tags</li>
 161           </ul>
 162           <em>New Known Issues</em>
 163           <ul>
 164             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 165               work on Windows</li>
 166           </ul>
 167         </div>
 168       </td>
 169     </tr>
 170     <tr>
 171       <td width="60" nowrap>
 172         <div align="center">
 173           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 174         </div>
 175       </td>
 176       <td><em>General</em>
 177         <ul>
 178           <li>
 179           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 180           </li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 183             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 184             better PDB parsing.
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 188             reference sequence
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 192             mousing over sequence associated annotation
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 196             for manual entry
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 200             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 201             for each column
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 205             showing or hiding columns containing a feature
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 209             group and sequence associated annotation labels
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 213             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 214             dialogs
 215           </li>
 216
 217         </ul> <em>Application</em>
 218         <ul>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 221             gene/transcript view
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 225             dialog
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 229             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 233             Pfam sources to xfam.org
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 240             over sequences in Jalview
 241           </li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 244             regions in ENA and EMBL
 245           </li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 248             for record retrieval via ENA rest API
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 252             complement operator
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 256             groovy script execution
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 260             alignment window's Calculate menu
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 264             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 265           </li>
 266           <li>
 267             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 268             calculation workers from groovy scripts
 269           </li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 272             Jalview projects
 273           </li>
 274           <li>
 275             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 276             associations are now saved/restored from project
 277           </li>
 278           <li>
 279             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 280             before sequence fetcher is opened
 281           </li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 284             database chooser opens a sequence fetcher
 285           </li>
 286           <li>
 287             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 288             the UniProt REST API
 289           </li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 292             the news reader opening
 293           </li>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 296             querying stored in preferences
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 300             search results
 301           </li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 307             menu for nucleotide sequences
 308           </li>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 311             and feature counts preserves alignment ordering (and
 312             debugged for complex feature sets).
 313           </li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 316             viewing structures with Jalview 2.10
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 320             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 321             Ensembl Genomes REST API
 322           </li>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 325             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 326             (Ensembl)
 327           </li>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 330             sequences
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 334             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 335             data from external database records.
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 339             efficient recovery of sequence coding and alignment
 340             annotation relationships.
 341           </li>
 342         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 343         <ul>
 344           <li>
 345             -- JAL---
 346           </li>
 347         </ul> --></td>
 348       <td>
 349         <div align="left">
 350           <em>General</em>
 351           <ul>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 354               menu on OSX
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 358               includes graduated colourschemes
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 362               working with big alignments and lots of hidden columns
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 366               at right of alignment window
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 370               contents
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 374               for DNA alignments
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 378               based tree calculation
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 382               unconserved enabled for group on alignment
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 386               set as reference
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 390               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 391               annotation
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 395               hidden columns present
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 399               user created annotation added to alignment
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 403               '()' base pair annotation
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 407               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 408               Consensus
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 412               feature not working
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 416               beginning of sequence
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 420               entry 3a6s
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 424               from a tree when t-coffee scores are shown
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 428               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 432               some structures
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 436               to Clustal, PIR and PileUp output
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 440               not visible causes alignment window to repaint
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 444               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 445               scores associated with features and annotation rows
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 449               calculation should be case independent
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 453               columns
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 457               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 458               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 462               problems when reference sequence defined and 'show
 463               non-conserved' enabled
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 467               load even when Consensus calculation is disabled
 468             </li>
 469           </ul>
 470           <em>Application</em>
 471           <ul>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 474               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 475               yet fixed for El Capitan)
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 479               output when running on non-gb/us i18n platforms
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 483               hidden sequences as flat-file alignment
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 487               launching Chimera
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 491               (also hotfix for 2.9.0b2)
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 495               reference sequence defined
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 499               alignments and views when revealing hidden columns
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 503               view in a cDNA/Protein splitframe
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 507               sequence from project when only one sequence is
 508               represented
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 512               in Structure Chooser
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 516               structure consensus didn't refresh annotation panel
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 520               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 524               dialogs format columns correctly, don't display array
 525               data, sort columns according to type
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 529               file chooser is cancelled during an image export
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 533               sequence name containing special characters
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 537               case insensitive
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 541               formatting don't wrap
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 545               truncated so L looks like I in consensus annotation
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 549               currently displayed features for the current selection or
 550               view
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 554               after fetching cross-references, and restoring from project
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 558               followed in the structure viewer
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 562               splitframe not restored from project
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 566               trailing end of protein alignment in transcript/product
 567               splitview when pad-gaps not enabled by default
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 571               is case dependent
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 575               article has been read (reopened issue due to
 576               internationalisation problems)
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 580               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 581               cross-references
 582             </li>
 583
 584             <li>
 585               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 586               alignment as HTML
 587             </li>
 588             <li>
 589               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 590               multiple structures are shown for one or more sequences.
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 594               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 595               is enabled.
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 599               specific PDB id for sequence
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 603               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 604               columns' is disabled.
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 608               selects lowest rather than highest resolution structures
 609               for each sequence
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 613               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 614             </li>
 615             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 616             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 617           </ul>
 618           <em>Applet</em>
 619           <ul>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 622               hidden columns present before start of sequence
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 626               (JSON jars)
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 630               sequences are hidden in applet
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 634               deployment on examples pages.
 635             </li>
 636           </ul>
 637         </div>
 638       </td>
 639     </tr>
 640     <tr>
 641       <td width="60" nowrap>
 642         <div align="center">
 643           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 644             <em>16/10/2015</em></strong>
 645         </div>
 646       </td>
 647       <td><em>General</em>
 648         <ul>
 649           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 650             jars</li>
 651         </ul></td>
 652       <td>
 653         <div align="left">
 654           <em>Application</em>
 655           <ul>
 656             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 657               shown when tree is partitioned</li>
 658             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 659               multiple cDNA/Protein split views</li>
 660           </ul>
 661         </div>
 662       </td>
 663     </tr>
 664     <tr>
 665       <td width="60" nowrap>
 666         <div align="center">
 667           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 668             <em>8/10/2015</em></strong>
 669         </div>
 670       </td>
 671       <td><em>General</em>
 672         <ul>
 673           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 674             2.9</li>
 675         </ul> <em>Application</em>
 676         <ul>
 677           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 678           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 679           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 680         </ul> <em>Applet</em>
 681         <ul>
 682           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 683         </ul></td>
 684       <td>
 685         <div align="left">
 686           <em>General</em>
 687           <ul>
 688             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 689               incorrect when sequence start > 1</li>
 690             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 691               documentation</li>
 692             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 693             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 694               loading a features file containing HTML tags in feature
 695               description</li>
 696
 697           </ul>
 698           <em>Application</em>
 699           <ul>
 700             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 701               reimport</li>
 702             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 703               with 'trim retrieved sequences'</li>
 704             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 705               deleting selected columns</li>
 706             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 707               JNLP templates for webstart launch</li>
 708             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 709               unreleased structures for download or viewing</li>
 710             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 711               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 712             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 713               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 714             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 715               recovered from jalview project</li>
 716             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 717               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 718               alignment view</li>
 719             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 720               color schemes from BioJSON</li>
 721           </ul>
 722           <em>Applet</em>
 723           <ul>
 724             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 725               frame</li>
 726             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 727           </ul>
 728         </div>
 729       </td>
 730     </tr>
 731     <tr>
 732       <td><div align="center">
 733           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 734         </div></td>
 735       <td><em>General</em>
 736         <ul>
 737           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 738             alignments:
 739             <ul>
 740               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 741                 and DNA alignment views</li>
 742               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 743                 cDNA alignment views</li>
 744               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 745                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 746               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 747                 protein sequences</li>
 748             </ul>
 749           </li>
 750           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 751           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 752             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 753           <li>New alignment annotation file statements for
 754             reference sequences and marking hidden columns</li>
 755           <li>Reference sequence based alignment shading to
 756             highlight variation</li>
 757           <li>Select or hide columns according to alignment
 758             annotation</li>
 759           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 760           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 761             acid conservation row</li>
 762           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 763         </ul> <em>Application</em>
 764         <ul>
 765           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 766             <ul>
 767               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 768                 view with cDNA/Protein</li>
 769               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 770                 sequences are placed in the same alignment</li>
 771               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 772                 projects</li>
 773             </ul>
 774           </li>
 775
 776           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 777           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 778             Jalview windows</li>
 779
 780           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 781           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 782           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 783             be shown in VARNA</li>
 784
 785           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 786             as the active selected region</li>
 787
 788           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 789             similarity</li>
 790           <li>New Export options
 791             <ul>
 792               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 793                 region export in flat file generation</li>
 794
 795               <li>Export alignment views for display with the <a
 796                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 797
 798               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 799               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 800                 alignment figures to HTML</li>
 801           </li>
 802           <li>3D structure retrieval and display
 803             <ul>
 804               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 805                 Search API</li>
 806               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 807                 PDB structures for a sequence set</li>
 808             </ul>
 809           </li>
 810
 811           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 812             predictions</li>
 813           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 814             for one or a group of sequences</li>
 815           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 816             from the JPred4 web server</li>
 817           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 818             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 819             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 820           </li>
 821           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 822             VARNA 2D Structure'</li>
 823           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 824             Structure ..."</li>
 825
 826         </ul> <em>Applet</em>
 827         <ul>
 828           <li>New layout for applet example pages</li>
 829           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 830             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 831           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 832             Protein alignments</li>
 833         </ul> <em>Development and deployment</em>
 834         <ul>
 835           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 836           <li>Include installation type and git revision in build
 837             properties and console log output</li>
 838           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 839             storing BioJsMSA Templates</li>
 840           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 841         </ul></td>
 842       <td>
 843         <!-- <em>General</em>
 844         <ul>
 845         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 846         <ul>
 847           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 848           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 849           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 850             predictions are not highlighted in amber</li>
 851           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 852             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 853           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 854             associated structure views</li>
 855           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 856             width checkbox not enabled</li>
 857           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 858             creating user defined colours</li>
 859           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 860             mappings for just that viewer's sequences</li>
 861           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 862             multiple models in Chimera</li>
 863           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 864             over Jmol structure</li>
 865           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 866             output to text box</li>
 867           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 868             have incorrect sequence start/end</li>
 869           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 870             Jalview fails</li>
 871           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 872             work for nucleotide</li>
 873           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 874             to a grey/invisible alignment window</li>
 875           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 876             imports to different position</li>
 877           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 878             on some platforms</li>
 879           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 880             populated</li>
 881           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 882             console if Chimera has been opened</li>
 883           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 884           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 885             retrieved</li>
 886           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 887           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 888             either sequence shows on first structure</li>
 889           <li>'Show annotations' options should not make
 890             non-positional annotations visible</li>
 891           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 892             in right place after 'view flanking regions'</li>
 893           <li>File Save As type unset when current file format is
 894             unknown</li>
 895           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 896             projects</li>
 897           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 898             responsive</li>
 899           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 900             several views on same alignment</li>
 901           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 902           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 903             spaces</li>
 904         </ul> <em>Applet</em>
 905         <ul>
 906           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 907           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 908             descriptions containing angle brackets</li>
 909         </ul> <em>General</em>
 910         <ul>
 911           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 912             via jalview annotation file</li>
 913           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 914             with RNA secondary structure</li>
 915           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 916             translation doesn't work.</li>
 917           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 918           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 919             positions</li>
 920           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 921             choosing 1pt font</li>
 922           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 923             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 924             'h'</li>
 925           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 926             new feature</li>
 927           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 928             order dependent</li>
 929           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 930             sequences</li>
 931           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 932         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 933         <ul>
 934           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 935             www.jalview.org</li>
 936         </ul> <em>Application Known issues</em>
 937         <ul>
 938           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 939           <li>Misleading message appears after trying to delete
 940             solid column.</li>
 941           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 942             version launches</li>
 943           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 944             fails with a sequence mismatch</li>
 945           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 946             scrolling alignment to right</li>
 947           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 948             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 949           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 950             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 951           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 952             ultra-high resolution</li>
 953           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 954             quality and conservation</li>
 955           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 956             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 957         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 958         <ul>
 959           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 960           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 961             window is being resized</li>
 962
 963         </ul>
 964       </td>
 965     </tr>
 966     <tr>
 967       <td><div align="center">
 968           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 969         </div></td>
 970       <td><em>General</em>
 971         <ul>
 972           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 973             Certum.PL.</li>
 974           <li>Features and annotation preserved when performing
 975             pairwise alignment</li>
 976           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 977             imported/exported/displayed</li>
 978           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 979             protein secondary structure</li>
 980           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 981               post-hoc with 2.9 release</em>)
 982           </li>
 983
 984         </ul> <em>Application</em>
 985         <ul>
 986           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 987             with 3D structures</li>
 988           <li>Support for parsing RNAML</li>
 989           <li>Annotations menu for layout
 990             <ul>
 991               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 992               <li>place sequence annotation above/below alignment
 993                 annotation</li>
 994             </ul>
 995           <li>Output in Stockholm format</li>
 996           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 997             translation</li>
 998           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 999           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1000             shared between alignments</li>
1001           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1002             Jalview</li>
1003           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1004             all or current selection</li>
1005           <li>disorder and secondary structure predictions
1006             available as dataset annotation</li>
1007           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1008
1009
1010           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1011             alignments from Rfam</li>
1012           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1013
1014           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1015             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1016           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1017           <li>include installation type in build properties and
1018             console log output</li>
1019           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1020             annotation</li>
1021         </ul></td>
1022       <td>
1023         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1024         <ul>
1025           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1026             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1027           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1028             alignment</li>
1029           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1030           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1031           <li>Double click on sequence associated annotation
1032             selects only first column</li>
1033           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1034             leaves shown in tree</li>
1035           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1036             properly</li>
1037           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1038           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1039             screen and buttons not visible</li>
1040           <li>author list isn't updated if already written to
1041             Jalview properties</li>
1042           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1043             from database</li>
1044           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1045           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1046             browser search window</li>
1047           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1048             in feature settings dialog</li>
1049           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1050             desktop</li>
1051           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1052             pass validation</li>
1053           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1054             fit on screen</li>
1055           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1056             tooltip</li>
1057           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1058             defined user preset</li>
1059           <li>MSA web services warns user if they were launched
1060             with invalid input</li>
1061           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1062             Java 8</li>
1063           <li>
1064             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1065             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1066             created
1067           </li>
1068
1069         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1070                                 <ul>
1071                                 </ul> <em>General</em>
1072                                 <ul>
1073                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1074         <ul>
1075           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1076             memory allocation</li>
1077           <li>launchApp service doesn't automatically open
1078             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1079           <li>
1080             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1081             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1082             1.7_055 is available
1083           </li>
1084         </ul> <em>Application Known issues</em>
1085         <ul>
1086           <li>
1087             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1088             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1089             alignment to right
1090           </li>
1091           <li>
1092             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1093             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1094             with large number of ID
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1098             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1099             start/end
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1103             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1104             structure tracks are rearranged
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1108             invalid rna structure positional highlighting does not
1109             highlight position of invalid base pairs
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1113             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1114             project from alignment window file menu
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1118             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1119             structures
1120           </li>
1121           <li>
1122             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1123             colour by RNA Helices not enabled when user created
1124             annotation added to alignment
1125           </li>
1126           <li>
1127             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1128             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1129           </li>
1130         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1131         <ul>
1132           <li>
1133             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1134             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1138             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1139           </li>
1140
1141           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1142             when selected</li>
1143         </ul>
1144       </td>
1145     </tr>
1146     <tr>
1147       <td><div align="center">
1148           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1149         </div></td>
1150       <td>
1151         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1152         <em>General</em>
1153         <ul>
1154           <li>Internationalisation of user interface (usually
1155             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1156           <li>Define/Undefine group on current selection with
1157             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1158           <li>Improved group creation/removal options in
1159             alignment/sequence Popup menu</li>
1160           <li>Sensible precision for symbol distribution
1161             percentages shown in logo tooltip.</li>
1162           <li>Annotation panel height set according to amount of
1163             annotation when alignment first opened</li>
1164         </ul> <em>Application</em>
1165         <ul>
1166           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1167             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1168           <li>Select columns containing particular features from
1169             Feature Settings dialog</li>
1170           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1171             sequences</li>
1172           <li>Update Jalview project format:
1173             <ul>
1174               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1175               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1176                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1177               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1178                 colouring</li>
1179             </ul>
1180           </li>
1181           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1182             (PAM250)</li>
1183           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1184             flanking regions for an alignment</li>
1185         </ul>
1186       </td>
1187       <td>
1188         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1189         <ul>
1190           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1191             running after job is cancelled</li>
1192           <li>cannot export features from alignments imported from
1193             Jalview/VAMSAS projects</li>
1194           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1195             float values</li>
1196           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1197             have 'display all symbols' flag set</li>
1198           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1199             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1200           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1201             Jalview</li>
1202           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1203             Lion/Webstart</li>
1204           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1205           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1206           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1207             alignment onto desktop</li>
1208           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1209             'extract scores' function</li>
1210           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1211             alignment window</li>
1212           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1213             performing IUPred disorder prediction</li>
1214           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1215             changing 'normalise logo' display setting</li>
1216           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1217             nothing matches query</li>
1218           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1219             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1220           </li>
1221           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1222             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1223           </li>
1224           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1225             Jalview's menu</li>
1226           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1227             'invalid literal/length code'</li>
1228           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1229             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1230           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1231             colourscheme</li>
1232
1233         </ul> <em>Applet</em>
1234         <ul>
1235           <li>Remove group option is shown even when selection is
1236             not a group</li>
1237           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1238             don't affect groups</li>
1239           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1240             colourscheme name</li>
1241           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1242             Annotation panel is not displayed</li>
1243           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1244             embedded windows</li>
1245         </ul> <em>Other</em>
1246         <ul>
1247           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1248             single sequence were not calculated</li>
1249           <li>annotation files that contain only groups imported as
1250             annotation and junk sequences</li>
1251           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1252             recognised as PFAM or BLC</li>
1253           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1254             doesn't affect background (2.8.0b1)
1255           <li></li>
1256           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1257           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1258             trailing gaps</li>
1259           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1260             registered correctly on import</li>
1261           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1262             certain alignments</li>
1263           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1264             existing annotation based 'use original colours'
1265             colourscheme loses original colours setting</li>
1266         </ul>
1267       </td>
1268     </tr>
1269     <tr>
1270       <td><div align="center">
1271           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1272             <em>30/1/2014</em></strong>
1273         </div></td>
1274       <td>
1275         <ul>
1276           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1277             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1278             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1279             open source project).
1280           </li>
1281           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1282           </li>
1283           <li>Output in Stockholm format</li>
1284           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1285           <li>Export/import group and sequence associated line
1286             graph thresholds</li>
1287           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1288             ambiguity codes</li>
1289           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1290             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1291             works</li>
1292           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1293         </ul> <em>Other improvements</em>
1294         <ul>
1295           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1296           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1297             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1298           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1299             files</li>
1300           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1301           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1302             link but no description</li>
1303           <li>Select primary source when selecting authority in
1304             database fetcher GUI</li>
1305           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1306             Jalview</li>
1307           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1308         </ul>
1309       </td>
1310       <td>
1311         <ul>
1312           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1313             displayed</li>
1314           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1315             secondary structure annotation line</li>
1316           <li>Sequence database accessions not imported when
1317             fetching alignments from Rfam</li>
1318           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1319             identical IDs</li>
1320           <li>View all structures does not always superpose
1321             structures</li>
1322           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1323             reflect user or preset settings</li>
1324           <li>Null pointer exceptions for some services without
1325             presets or adjustable parameters</li>
1326           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1327             discover PDB xRefs</li>
1328           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1329             features with DAS</li>
1330           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1331             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1332           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1333             residue follows a gap</li>
1334           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1335             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1336           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1337             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1338           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1339             annotation already exists on alignment</li>
1340           <li>oninit javascript function should be called after
1341             initialisation completes</li>
1342           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1343             alignment window display</li>
1344           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1345           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1346             to annotation file</li>
1347           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1348             groups created</li>
1349           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1350             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1351           <li>Pressing return several times causes Number Format
1352             exceptions in keyboard mode</li>
1353           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1354             correct partitions for input data</li>
1355           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1356           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1357           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1358           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1359             mode</li>
1360           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1361             changes one row&#39;s threshold</li>
1362           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1363             doesn&#39;t open</li>
1364           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1365             quality histograms</li>
1366         </ul>
1367       </td>
1368     </tr>
1369     <tr>
1370       <td><div align="center">
1371           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1372         </div></td>
1373       <td><em>Application</em>
1374         <ul>
1375           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1376             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1377           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1378             preferences</li>
1379           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1380             in Jalview alignment window</li>
1381           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1382             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1383           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1384             RNA and ambiguity codes</li>
1385
1386           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1387           <li>Support fetching and database reference look up
1388             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1389             refs')</li>
1390           <li>Jalview project improvements
1391             <ul>
1392               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1393                 flag for annotation</li>
1394               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1395                 alignment</li>
1396               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1397                 Jalview project</li>
1398
1399             </ul>
1400           </li>
1401           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1402           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1403             running</li>
1404           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1405           <li>visual indication that web service results are still
1406             being retrieved from server</li>
1407           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1408             starts up for first time</li>
1409           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1410             services</li>
1411           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1412             client library</li>
1413           <li>Examples directory and Groovy library included in
1414             InstallAnywhere distribution</li>
1415         </ul> <em>Applet</em>
1416         <ul>
1417           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1418             visualization applet example</li>
1419         </ul> <em>General</em>
1420         <ul>
1421           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1422           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1423             defaults</li>
1424           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1425             calculation</li>
1426           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1427             matrices
1428           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1429             in HTML</li>
1430           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1431             structure contacts</li>
1432           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1433           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1434           <li>Parse sequence associated secondary structure
1435             information in Stockholm files</li>
1436           <li>HTML Export database accessions and annotation
1437             information presented in tooltip for sequences</li>
1438           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1439             style RNA alignment files</li>
1440           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1441             alignment</li>
1442           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1443             shade each sequence according to its associated alignment
1444             annotation</li>
1445           <li>New Jalview Logo</li>
1446         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1447         <ul>
1448           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1449           <li>New Website!</li>
1450         </ul></td>
1451       <td><em>Application</em>
1452         <ul>
1453           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1454             wsdbfetch REST service</li>
1455           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1456           <li>Filetype associations not installed for webstart
1457             launch</li>
1458           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1459             job execution in full once it is complete</li>
1460           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1461             uploaded via ali_file parameter</li>
1462           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1463           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1464           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1465             submitted for prediction</li>
1466           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1467             desktop window</li>
1468           <li>Putting fractional value into integer text box in
1469             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1470           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1471             windows 7</li>
1472           <li>View all structures fails with exception shown in
1473             structure view</li>
1474           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1475             escaped in a platform independent way</li>
1476           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1477             using proxy</li>
1478           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1479             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1480           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1481             failure when java web start temporary file caching is
1482             disabled</li>
1483           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1484             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1485           <li>Errors during processing of command line arguments
1486             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1487           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1488             DAS sources in sequence fetcher</li>
1489           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1490             dialog is shown</li>
1491           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1492           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1493           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1494           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1495             on OSX Mountain Lion</li>
1496           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1497             sequences with alignment annotation are pasted into the
1498             alignment</li>
1499           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1500             when loaded from Jalview project</li>
1501           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1502           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1503             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1504           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1505             associated with all views</li>
1506           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1507             annotation rows to new window</li>
1508         </ul> <em>Applet</em>
1509         <ul>
1510           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1511             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1512           <li>loading features via javascript API automatically
1513             enables feature display</li>
1514           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1515             work</li>
1516         </ul> <em>General</em>
1517         <ul>
1518           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1519           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1520             and then deselected</li>
1521           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1522           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1523             coloured with clustalx</li>
1524           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1525             exceptions and redraw errors</li>
1526           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1527             reconfigured view</li>
1528           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1529             colour</li>
1530           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1531             for lots of labels</li>
1532         </ul>
1533     </tr>
1534     <tr>
1535       <td>
1536         <div align="center">
1537           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1538         </div>
1539       </td>
1540       <td><em>Application</em>
1541         <ul>
1542           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1543           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1544           <li>View/alignment association menu to enable user to
1545             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1546             its colours/correspondences from</li>
1547           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1548           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1549             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1550           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1551           <li>Annotation row column label formatting attributes
1552             stored in project file</li>
1553           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1554             rows preserved in Jalview project file</li>
1555           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1556             saved using Desktop window menu</li>
1557           <li>Visual indication that command line arguments are
1558             still being processed</li>
1559           <li>Groovy script execution from URL</li>
1560           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1561             preferences</li>
1562           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1563             alignment with sequences that have high similarity and
1564             matching IDs</li>
1565           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1566           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1567             structures in same window</li>
1568           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1569           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1570             analysis function in its own submenu</li>
1571         </ul> <em>Applet</em>
1572         <ul>
1573           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1574             groups</li>
1575           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1576           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1577           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1578           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1579           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1580             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1581           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1582           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1583             parameters are treated as such</li>
1584           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1585             <ul>
1586               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1587               <li>Javascript callbacks for
1588                 <ul>
1589                   <li>Applet initialisation</li>
1590                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1591                 </ul>
1592               </li>
1593               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1594                 functions</li>
1595               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1596               <li>javascript structure viewer harness to pass
1597                 messages between Jmol and Jalview when running as
1598                 distinct applets</li>
1599               <li>sortBy method</li>
1600               <li>Set of applet and application examples shipped
1601                 with documentation</li>
1602               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1603                 javascript message exchange</li>
1604             </ul>
1605         </ul> <em>General</em>
1606         <ul>
1607           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1608             multiple alignments</li>
1609           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1610           <li>User configurable link to enable redirects to a
1611             www.Jalview.org mirror</li>
1612           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1613           <li>Configurable newline string when writing alignment
1614             and other flat files</li>
1615           <li>Allow alignment annotation description lines to
1616             contain html tags</li>
1617         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1618         <ul>
1619           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1620             examples</li>
1621           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1622             using a web service before displaying the result in the
1623             Jalview desktop</li>
1624           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1625           <li>Ant target to publish example html files with applet
1626             archive</li>
1627           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1628           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1629         </ul></td>
1630       <td><em>Application</em>
1631         <ul>
1632           <li>User defined colourscheme throws exception when
1633             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1634           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1635             dialog for valid filename/format</li>
1636           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1637           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1638             P37173</li>
1639           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1640             which sequence is to be associated with the file</li>
1641           <li>Find All raises null pointer exception when query
1642             only matches sequence IDs</li>
1643           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1644           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1645             2.4 cannot be loaded</li>
1646           <li>Filetype associations not installed for webstart
1647             launch</li>
1648           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1649             with sequences in different alignments do not get coloured
1650             by their associated sequence</li>
1651           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1652             not preserved when project is loaded</li>
1653           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1654             stored in Jalview project</li>
1655           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1656             Jalview project</li>
1657           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1658           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1659             by conservation</li>
1660           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1661             created on new view</li>
1662           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1663             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1664           <li>Alignment quality not updated after alignment
1665             annotation row is hidden then shown</li>
1666           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1667             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1668           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1669             properly</li>
1670           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1671             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1672           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1673           <li>Structures imported from file and saved in project
1674             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1675           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1676             job execution in full once it is complete</li>
1677         </ul> <em>Applet</em>
1678         <ul>
1679           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1680             annotation rows are displayed</li>
1681           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1682             codebase</li>
1683           <li>View follows highlighting does not work for positions
1684             in sequences</li>
1685           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1686           <li>Export features raises exception when no features
1687             exist</li>
1688           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1689             for javascript api is modified when separator string
1690             provided as parameter</li>
1691           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1692             alignment with no existing selection</li>
1693           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1694             to applet&#39;s codebase</li>
1695           <li>Status bar not updated after finished searching and
1696             search wraps around to first result</li>
1697           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1698             several Jalview applets causes race conditions and memory
1699             leaks</li>
1700           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1701             not sent from Jmol in applet</li>
1702           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1703             applet API fatally hang browser</li>
1704         </ul> <em>General</em>
1705         <ul>
1706           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1707             position with wrapped view and hidden regions</li>
1708           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1709             with/without hidden columns</li>
1710           <li>Sequence length given in alignment properties window
1711             is off by 1</li>
1712           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1713             import PDB like structure files</li>
1714           <li>Positional search results are only highlighted
1715             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1716           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1717           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1718             given sequence position</li>
1719           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1720             output</li>
1721           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1722             from nucleotide chains correctly</li>
1723           <li>Structure colours not updated when tree partition
1724             changed in alignment</li>
1725           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1726             parsed in interleaved stockholm</li>
1727           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1728             state</li>
1729           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1730             properly</li>
1731           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1732             properly associated with their pdb files</li>
1733         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1734         <ul>
1735           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1736             ApplyCopyright tool</li>
1737         </ul></td>
1738     </tr>
1739     <tr>
1740       <td>
1741         <div align="center">
1742           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1743         </div>
1744       </td>
1745       <td><em>Application</em>
1746         <ul>
1747           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1748             contact web services</li>
1749           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1750             service job window</li>
1751           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1752         </ul></td>
1753       <td>
1754         <ul>
1755           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1756             pir file emitted by Jalview</li>
1757           <li>Existing feature settings transferred to new
1758             alignment view created from cut'n'paste</li>
1759           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1760             parsing PDB files</li>
1761           <li>Consensus and conservation annotation rows
1762             occasionally become blank for all new windows</li>
1763           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1764             in wrapped view mode</li>
1765         </ul> <em>Application</em>
1766         <ul>
1767           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1768             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1769           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1770             parameter names</li>
1771           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1772             is down</li>
1773         </ul>
1774       </td>
1775     </tr>
1776     <tr>
1777       <td>
1778         <div align="center">
1779           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1780         </div>
1781       </td>
1782       <td><em>Application</em>
1783         <ul>
1784           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1785             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1786             (JABAWS)
1787           </li>
1788           <li>Web Services preference tab</li>
1789           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1790             preferences</li>
1791           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1792           <li>Superpose structures using associated sequence
1793             alignment</li>
1794           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1795             viewer</li>
1796         </ul> <em>Applet</em>
1797         <ul>
1798           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1799             link out mechanism</li>
1800         </ul> <em>Other</em>
1801         <ul>
1802           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1803             series 12</li>
1804           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1805             require Java 1.5</li>
1806           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1807             sequence annotation files</li>
1808           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1809             type colour specification</li>
1810           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1811             script to check if it being run in an interactive session or
1812             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1813         </ul></td>
1814       <td>
1815         <ul>
1816           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1817             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1818         </ul> <em>Application</em>
1819         <ul>
1820           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1821             selected Regions menu item</li>
1822           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1823             part of a valid accession ID</li>
1824           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1825             runs out of memory</li>
1826           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1827             analysis results</li>
1828           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1829             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1830           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1831         </ul> <em>Applet</em>
1832         <ul>
1833           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1834             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1835             defined.</li>
1836         </ul>
1837       </td>
1838     </tr>
1839     <tr>
1840       <td>
1841         <div align="center">
1842           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1843         </div>
1844       </td>
1845       <td></td>
1846       <td>
1847         <ul>
1848           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1849             sequence IDs</li>
1850           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1851             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1852           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1853             import correctly</li>
1854           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1855             number of columns are hidden</li>
1856           <li>annotation label popup menu not providing correct
1857             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1858             present</li>
1859           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1860             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1861           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1862             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1863
1864         </ul> <em>Applet</em>
1865         <ul>
1866           <li>annotation panel disappears when annotation is
1867             hidden/removed</li>
1868         </ul> <em>Application</em>
1869         <ul>
1870           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1871             alignment opened where annotation panel is visible but no
1872             annotations are present on alignment</li>
1873           <li>pasted region containing hidden columns is
1874             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1875           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1876             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1877           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1878             selected Rregions menu item.</li>
1879           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1880             'Un' or 'Non'conserved</li>
1881           <li>Sequence feature settings are being shared by
1882             multiple distinct alignments</li>
1883           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1884             changed</li>
1885           <li>double click on group annotation to select sequences
1886             does not propagate to associated trees</li>
1887           <li>Mac OSX specific issues:
1888             <ul>
1889               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1890                 window background</li>
1891               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1892                 name set correctly</li>
1893               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1894                 save feature colourscheme button</li>
1895             </ul>
1896           </li>
1897         </ul>
1898       </td>
1899     </tr>
1900     <tr>
1901
1902       <td>
1903         <div align="center">
1904           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1905         </div>
1906       </td>
1907       <td><em>New Capabilities</em>
1908         <ul>
1909           <li>URL links generated from description line for
1910             regular-expression based URL links (applet and application)
1911
1912
1913
1914
1915
1916
1917           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1918             menu</li>
1919           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1920             structures</li>
1921           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1922             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1923           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1924             average score or total feature count for each sequence.</li>
1925           <li>Shading features by score or associated description</li>
1926           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1927             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1928           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1929             hide everything but the currently selected region.</li>
1930           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1931         </ul> <em>Application</em>
1932         <ul>
1933           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1934             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1935           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1936             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1937           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1938             database references and protein_name is parsed as
1939             description line (BioSapiens terms).</li>
1940           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1941             references in sequence ID tooltip from View menu in
1942             application.</li>
1943           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1944                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1945           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1946             conservation plots</li>
1947           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1948             and visualized as sequence logos</li>
1949           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1950             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1951           </li>
1952           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1953             when a new tree is opened.</li>
1954           <li>Jalview Java Console</li>
1955           <li>Better placement of desktop window when moving
1956             between different screens.</li>
1957           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1958             consensus annotation</li>
1959           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1960             Workflows</li>
1961           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1962             <ul>
1963               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1964                 used to preserve views, structures, and tree display
1965                 settings)</li>
1966               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1967                 command line</li>
1968               <li>Sharing of selected regions between views and
1969                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1970               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1971             </ul></li>
1972         </ul> <em>Applet</em>
1973         <ul>
1974           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1975           <li>New Parameters
1976             <ul>
1977               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1978                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1979                 opened.</li>
1980               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1981                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1982               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1983                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1984               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1985                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1986                 view</li>
1987               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1988                 increase the height or width of a cell in the alignment
1989                 grid relative to the current font size.</li>
1990             </ul>
1991           </li>
1992           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1993             tooltip</li>
1994         </ul> <em>Other</em>
1995         <ul>
1996           <li>Features format: graduated colour definitions and
1997             specification of feature scores</li>
1998           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1999             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2000             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2001           <li>XML formats extended to support graduated feature
2002             colourschemes, group associated annotation, and profile
2003             visualization settings.</li></td>
2004       <td>
2005         <ul>
2006           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2007             rather than description</li>
2008           <li>Non-positional features are now included in sequence
2009             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2010             visibility in tooltip).</li>
2011           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2012           <li>Added URL embedding instructions to features file
2013             documentation.</li>
2014           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2015             'X' in peptide product</li>
2016           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2017             sequence ID and sequence string and query strings do not
2018             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2019           <li>AMSA files only contain first column of
2020             multi-character column annotation labels</li>
2021           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2022             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2023             exported and re-imported)</li>
2024           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2025             name</li>
2026           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2027             as subsequence matches, and correctly reports total number
2028             of both.</li>
2029           <li>Application:
2030             <ul>
2031               <li>Better handling of exceptions during sequence
2032                 retrieval</li>
2033               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2034                 link text excludes the start_end suffix</li>
2035               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2036                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2037               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2038               <li>Sequence description lines properly shared via
2039                 VAMSAS</li>
2040               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2041                 data sources</li>
2042               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2043                 completes before alignment figures are generated.</li>
2044               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2045                 first time.</li>
2046               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2047                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2048               <li>User defined group colours properly recovered
2049                 from Jalview projects.</li>
2050             </ul>
2051           </li>
2052         </ul>
2053       </td>
2054
2055     </tr>
2056     <tr>
2057       <td>
2058         <div align="center">
2059           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2060         </div>
2061       </td>
2062       <td>
2063         <ul>
2064           <li>Experimental support for google analytics usage
2065             tracking.</li>
2066           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2067         </ul>
2068       </td>
2069       <td>
2070         <ul>
2071           <li>Race condition in applet preventing startup in
2072             jre1.6.0u12+.</li>
2073           <li>Exception when feature created from selection beyond
2074             length of sequence.</li>
2075           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2076           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2077             all sequences with a given id</li>
2078           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2079             ID string searches</li>
2080           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2081             alignment to fail with exception</li>
2082         </ul> <em>Application Issues</em>
2083         <ul>
2084           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2085           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2086             data sources</li>
2087         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2088         <ul>
2089           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2090             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2091           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2092             version (java class versioning error fixed)</li>
2093         </ul>
2094       </td>
2095     </tr>
2096     <tr>
2097       <td>
2098
2099         <div align="center">
2100           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2101         </div>
2102       </td>
2103       <td><em>User Interface</em>
2104         <ul>
2105           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2106             translation and protein products</li>
2107           <li>Linked highlighting of structure associated with
2108             residue mapping to codon position</li>
2109           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2110             and 'clear' button</li>
2111           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2112             Tools menu</li>
2113           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2114             numeric data in description line</li>
2115           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2116           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2117             of sequence</li>
2118         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2119         <ul>
2120           <li>JPred3 web service</li>
2121           <li>Prototype sequence search client (no public services
2122             available yet)</li>
2123           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2124             PFAM</li>
2125           <li>URL Links created for matching database cross
2126             references as well as sequence ID</li>
2127           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2128         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2129         <ul>
2130           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2131             databases</li>
2132           <li>Generalised database reference retrieval and
2133             validation to all fetchable databases</li>
2134           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2135             sequence command</li>
2136         </ul> <em>Import and Export</em>
2137         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2138         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2139           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2140         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2141           File</li>
2142         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2143           triplet as name of colourscheme</li>
2144         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2145         <ul>
2146           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2147           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2148             alignments (experimental)</li>
2149           <li>Create new or select existing session to join</li>
2150           <li>load and save of vamsas documents</li>
2151         </ul> <em>Application command line</em>
2152         <ul>
2153           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2154             from applet)</li>
2155           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2156             of DAS servers to query for alignment features</li>
2157           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2158             that are also automatically queried for features</li>
2159           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2160             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2161         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2162         <ul>
2163           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2164             application (when using &quot;View in full
2165             application&quot;)</li>
2166         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2167         <ul>
2168           <li>feature group display control parameter</li>
2169           <li>debug parameter</li>
2170           <li>showbutton parameter</li>
2171         </ul> <em>Applet API methods</em>
2172         <ul>
2173           <li>newView public method</li>
2174           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2175           <li>Feature display control methods</li>
2176           <li>get list of currently selected sequences</li>
2177         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2178         <ul>
2179           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2180           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2181             Jalview release.</li>
2182           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2183             property controls execution of obfuscator</li>
2184           <li>Build target for generating source distribution</li>
2185           <li>Debug flag for javacc</li>
2186           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2187             jalview.bin.Cache</li>
2188           <li>Continuous Build Integration for stable and
2189             development version of Application, Applet and source
2190             distribution</li>
2191         </ul></td>
2192       <td>
2193         <ul>
2194           <li>selected region output includes visible annotations
2195             (for certain formats)</li>
2196           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2197             for editing</li>
2198           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2199           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2200           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2201           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2202             comments</li>
2203           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2204             filenames containing a ':'</li>
2205           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2206             global sequence features</li>
2207           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2208             references from alignment sequences goes to zero</li>
2209           <li>Close of tree branch colour box without colour
2210             selection causes cascading exceptions</li>
2211           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2212           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2213             file parsing fails.</li>
2214           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2215           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2216             not a valid output format</li>
2217           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2218             vamsas</li>
2219           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2220           <li>error messages passed up and output when data read
2221             fails</li>
2222           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2223             sequence is edited</li>
2224           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2225             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2226           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2227             filetype</li>
2228           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2229             import fixed for PFAM records</li>
2230           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2231             window list</li>
2232           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2233             can be read and written correctly to annotation file</li>
2234           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2235             correctly</li>
2236           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2237             non-italic font for representatives in Applet</li>
2238           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2239             Macs.</li>
2240           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2241             Applet)</li>
2242           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2243             due to null pointer exceptions</li>
2244           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2245             first column of alignment</li>
2246           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2247             July 2008</li>
2248           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2249             file is case-insensitive</li>
2250           <li>Sequence features read from Features file appended to
2251             all sequences with matching IDs</li>
2252           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2253             containing a sub-sequence</li>
2254           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2255           <li>feature and annotation file applet parameters
2256             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2257           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2258           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2259             splash-screen version check to complete</li>
2260           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2261             when passing them to the launchApp service</li>
2262           <li>display name and local features preserved in results
2263             retrieved from web service</li>
2264           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2265             sequence fetcher initialisation</li>
2266           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2267             dasobert DAS client</li>
2268           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2269             association</li>
2270           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2271             sequences
2272           </li>
2273         </ul>
2274       </td>
2275     </tr>
2276     <tr>
2277       <td>
2278         <div align="center">
2279           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2280         </div>
2281       </td>
2282       <td>
2283         <ul>
2284           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2285           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2286           <li>Slide sequences</li>
2287           <li>Edit sequence in place</li>
2288           <li>EMBL CDS features</li>
2289           <li>DAS Feature mapping</li>
2290           <li>Feature ordering</li>
2291           <li>Alignment Properties</li>
2292           <li>Annotation Scores</li>
2293           <li>Sort by scores</li>
2294           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2295         </ul>
2296       </td>
2297       <td>
2298         <ul>
2299           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2300           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2301           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2302           <li>Feature group display state in XML</li>
2303           <li>Feature ordering in XML</li>
2304           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2305           <li>Stockholm alignment properties</li>
2306           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2307           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2308           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2309           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2310         </ul>
2311       </td>
2312
2313     </tr>
2314     <tr>
2315       <td>
2316         <div align="center">
2317           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2318         </div>
2319       </td>
2320       <td>
2321         <ul>
2322           <li>Non standard characters can be read and displayed
2323           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2324             applet via textbox
2325           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2326             name &amp; description
2327           <li>Preference setting to display sequence name in
2328             italics
2329           <li>Annotation file format extended to allow
2330             Sequence_groups to be defined
2331           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2332             specified in preferences
2333           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2334             sequences
2335         </ul>
2336       </td>
2337       <td>
2338         <ul>
2339           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2340             installed
2341           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2342           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2343         </ul>
2344       </td>
2345     </tr>
2346     <tr>
2347       <td>
2348         <div align="center">
2349           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2350         </div>
2351       </td>
2352       <td>
2353         <ul>
2354           <li>Multiple views on alignment
2355           <li>Sequence feature editing
2356           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2357           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2358           <li>Background dependent text colour
2359           <li>Right align sequence ids
2360           <li>User-defined lower case residue colours
2361           <li>Format Menu
2362           <li>Select Menu
2363           <li>Menu item accelerator keys
2364           <li>Control-V pastes to current alignment
2365           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2366           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2367           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2368
2369
2370
2371
2372
2373
2374           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2375         </ul>
2376       </td>
2377       <td>
2378         <ul>
2379           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2380           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2381             calculations
2382           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2383             edits
2384           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2385             of alignment)
2386           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2387
2388
2389
2390
2391
2392
2393           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2394             display correctly
2395           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2396           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2397             analysis results
2398           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2399             &#8739;
2400           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2401           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2402           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2403
2404
2405
2406
2407
2408
2409         </ul>
2410       </td>
2411     </tr>
2412     <tr>
2413       <td>
2414         <div align="center">
2415           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2416         </div>
2417       </td>
2418       <td>
2419         <ul>
2420           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2421         </ul>
2422       </td>
2423       <td>
2424         <ul>
2425           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2426             sequence id panel has been resized</li>
2427           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2428             rendered</li>
2429           <li>Annotation files with sequence references - all
2430             elements in file are relative to sequence position</li>
2431           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2432         </ul>
2433       </td>
2434     </tr>
2435     <tr>
2436       <td>
2437         <div align="center">
2438           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2439         </div>
2440       </td>
2441       <td>
2442         <ul>
2443           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2444           <li>DAS Feature fetching</li>
2445           <li>Hide sequences and columns</li>
2446           <li>Export Annotations and Features</li>
2447           <li>GFF file reading / writing</li>
2448           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2449             files</li>
2450           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2451           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2452           <li>Applet can launch the full application</li>
2453           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2454             required)</li>
2455           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2456           <li>Applet can load sequences from parameter
2457             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2458           </li>
2459         </ul>
2460       </td>
2461       <td>
2462         <ul>
2463           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2464           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2465           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2466         </ul>
2467       </td>
2468     </tr>
2469     <tr>
2470       <td>
2471         <div align="center">
2472           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2473         </div>
2474       </td>
2475       <td>
2476         <ul>
2477           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2478           <li>Choose to match case when searching</li>
2479           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2480             expand the visible width and height of the alignment</li>
2481         </ul>
2482       </td>
2483       <td>
2484         <ul>
2485           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2486         </ul>
2487       </td>
2488     </tr>
2489     <tr>
2490       <td>
2491         <div align="center">
2492           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2493         </div>
2494       </td>
2495       <td>&nbsp;</td>
2496       <td>
2497         <ul>
2498           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2499           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2500             value</li>
2501         </ul>
2502       </td>
2503     </tr>
2504     <tr>
2505       <td>
2506         <div align="center">
2507           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2508         </div>
2509       </td>
2510       <td>
2511         <ul>
2512           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2513           <li>Keyboard editing</li>
2514           <li>Create sequence features from searches</li>
2515           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2516             alignments</li>
2517           <li>Features file allows grouping of features</li>
2518           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2519           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2520           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2521         </ul>
2522       </td>
2523       <td>
2524         <ul>
2525           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2526           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2527             descriptions saved.</li>
2528         </ul>
2529       </td>
2530     </tr>
2531     <tr>
2532       <td>
2533         <div align="center">
2534           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2535         </div>
2536       </td>
2537       <td>
2538         <ul>
2539           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2540           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2541           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2542             name for file output</li>
2543           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2544           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2545             used for HTML form input</li>
2546         </ul>
2547       </td>
2548       <td>
2549         <ul>
2550           <li>HTML output writes groups and features</li>
2551           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2552           <li>File IO bugs</li>
2553         </ul>
2554       </td>
2555     </tr>
2556     <tr>
2557       <td>
2558         <div align="center">
2559           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2560         </div>
2561       </td>
2562       <td>
2563         <ul>
2564           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2565           <li>More options for PCA viewer</li>
2566         </ul>
2567       </td>
2568       <td>
2569         <ul>
2570           <li>GUI bugs resolved</li>
2571           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2572         </ul>
2573       </td>
2574     </tr>
2575     <tr>
2576       <td height="63">
2577         <div align="center">
2578           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2579         </div>
2580       </td>
2581       <td>
2582         <ul>
2583           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2584           <li>Jar files are executable</li>
2585           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2586         </ul>
2587       </td>
2588       <td>
2589         <ul>
2590           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2591           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2592           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2593         </ul>
2594       </td>
2595     </tr>
2596     <tr>
2597       <td>
2598         <div align="center">
2599           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2600         </div>
2601       </td>
2602       <td>
2603         <ul>
2604           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2605         </ul>
2606       </td>
2607       <td>
2608         <ul>
2609           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2610         </ul>
2611       </td>
2612     </tr>
2613     <tr>
2614       <td>
2615         <div align="center">
2616           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2617         </div>
2618       </td>
2619       <td>
2620         <ul>
2621           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2622             size</li>
2623         </ul>
2624       </td>
2625       <td>
2626         <ul>
2627           <li>Improved JPred client reliability</li>
2628           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2629         </ul>
2630       </td>
2631     </tr>
2632     <tr>
2633       <td>
2634         <div align="center">
2635           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2636         </div>
2637       </td>
2638       <td>
2639         <ul>
2640           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2641           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2642           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2643             to Colour Menu</li>
2644           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2645           <li>Unix users can set default web browser</li>
2646           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2647           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2648         </ul>
2649       </td>
2650       <td>
2651         <ul>
2652           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2653         </ul>
2654       </td>
2655     </tr>
2656     <tr>
2657       <td>
2658         <div align="center">
2659           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2660         </div>
2661       </td>
2662       <td>&nbsp;</td>
2663       <td>
2664         <ul>
2665           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2666             alignment order.</li>
2667         </ul>
2668       </td>
2669     </tr>
2670     <tr>
2671       <td>
2672         <div align="center">
2673           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2674         </div>
2675       </td>
2676       <td>
2677         <ul>
2678           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2679           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2680           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2681             annotations.</li>
2682           <li>Version and build date written to build properties
2683             file.</li>
2684           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2685             at launch of Jalview.</li>
2686         </ul>
2687       </td>
2688       <td>
2689         <ul>
2690           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2691           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2692           <li>Can remove groups one by one.</li>
2693           <li>Filechooser icons installed.</li>
2694           <li>Finder ignores return character when searching.
2695             Return key will initiate a search.<br>
2696           </li>
2697         </ul>
2698       </td>
2699     </tr>
2700     <tr>
2701       <td>
2702         <div align="center">
2703           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2704         </div>
2705       </td>
2706       <td>
2707         <ul>
2708           <li>New codebase</li>
2709         </ul>
2710       </td>
2711       <td>&nbsp;</td>
2712     </tr>
2713   </table>
2714   <p>&nbsp;</p>
2715 </body>
2716 </html>