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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96           </ul>
  97           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  98       </td>
  99       <td><div align="left">
 100           <em>General</em>
 101           <ul>
 102             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 103             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 104             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 105           </ul>
 106           <em>Desktop</em>
 107           <ul>
 108             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 109             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 110             </li>
 111             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 112             </li>
 113             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 114             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 115             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 116             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 117             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 118             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 119             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 120             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 121            </ul>
 122           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 123            <ul>
 124             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 125           </ul>
 126       </td>
 127     </tr>
 128     <tr>
 129       <td width="60" nowrap>
 130         <div align="center">
 131           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 132             <em>2/10/2017</em></strong>
 133         </div>
 134       </td>
 135       <td><div align="left">
 136           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 137           <ul>
 138             <li>
 139               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 140             </li>
 141             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 142             </li>
 143           </ul>
 144         </div></td>
 145       <td><div align="left">
 146         </div></td>
 147     </tr>
 148     <tr>
 149       <td width="60" nowrap>
 150         <div align="center">
 151           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 152             <em>7/9/2017</em></strong>
 153         </div>
 154       </td>
 155       <td><div align="left">
 156           <em></em>
 157           <ul>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 160               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 161               white)
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 165               Preferences
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 169               in size and progress bar shown as higher resolution
 170               overview is recalculated
 171             </li>
 172
 173           </ul>
 174         </div></td>
 175       <td><div align="left">
 176           <em></em>
 177           <ul>
 178             <li>
 179               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 180               column region row by row
 181             </li>
 182             <li>
 183               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 184               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 188               format setting is unticked
 189             </li>
 190             <li>
 191               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 192               if group has show boxes format setting unticked
 193             </li>
 194             <li>
 195               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 196               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 197               include sequences and columns not currently displayed
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 201               assemblies are imported via CIF file
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 205               displayed when threshold or conservation colouring is also
 206               enabled.
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 210               server version
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 214               dragging a selected region off the visible region of the
 215               alignment
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 219               colourscheme to all groups in a view
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 223               initially after font size change using the Font chooser or
 224               middle-mouse zoom
 225             </li>
 226           </ul>
 227         </div></td>
 228     </tr>
 229     <tr>
 230       <td width="60" nowrap>
 231         <div align="center">
 232           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 233         </div>
 234       </td>
 235       <td><div align="left">
 236           <em>Calculations</em>
 237           <ul>
 238
 239             <li>
 240               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 241               ungapped positions in each column of the alignment.
 242             </li>
 243             <li>
 244               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 245               a calculation dialog box
 246             </li>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 249               and memory efficiency (~30x faster)
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 253               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 254               and other calculations
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 258               files within the Jalview codebase
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 262               Similarity may have different topology due to increased
 263               precision
 264             </li>
 265           </ul>
 266           <em>Rendering</em>
 267           <ul>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 270               model for alignments and groups
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 274               scripts
 275             </li>
 276           </ul>
 277           <em>Overview</em>
 278           <ul>
 279             <li>
 280               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 281               with alignment and overview windows
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 285               overview
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 289               omitted in Overview
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 293               adjustment of visible position
 294             </li>
 295           </ul>
 296
 297           <em>Data import/export</em>
 298           <ul>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 301               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 302             </li>
 303             <li>
 304               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 305               annotation input/output via stockholm flatfile
 306             </li>
 307             <li>
 308               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 309               extension when importing structure files without embedded
 310               names or PDB accessions
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 314               format sequence substitution matrices
 315             </li>
 316           </ul>
 317           <em>User Interface</em>
 318           <ul>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 321               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 322               the application.
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 326               via Overview or sequence motif search operations
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 330               opened by double clicking gaps within sequence feature
 331               extent
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 335               aligned positions were available to create a 3D structure
 336               superposition.
 337             </li>
 338           </ul>
 339           <em>3D Structure</em>
 340           <ul>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 343               coloured in linked structure views
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 347               file-based command exchange
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 351               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 352               structures are already available for sequences
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 356               the Jalview project rather than downloaded again when the
 357               project is reopened.
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 361               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 362               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 363                 Feature</strong>)
 364             </li>
 365           </ul>
 366           <em>Web Services</em>
 367           <ul>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 370             </li>
 371             <li>
 372               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 373               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 374               Analysis services
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 378               cross-references provided by identifiers.org and the
 379               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 380             </li>
 381           </ul>
 382
 383           <em>Scripting</em>
 384           <ul>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 387               identifying file formats (instead of String constants)
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 391               efficiency when counting all displayed features (not
 392               backwards compatible with 2.10.1)
 393             </li>
 394           </ul>
 395           <em>Example files</em>
 396           <ul>
 397             <li>
 398               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 399               included in the example feature file
 400             </li>
 401           </ul>
 402           <em>Documentation</em>
 403           <ul>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 406               with the built-in Java help viewer
 407             </li>
 408             <li>
 409               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 410               sequence description' option
 411             </li>
 412           </ul>
 413           <em>Test Suite</em>
 414           <ul>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 417               Uniprot REST Free Text Search Client
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 424               during tests
 425             </li>
 426           </ul>
 427         </div></td>
 428       <td><div align="left">
 429           <em>Calculations</em>
 430           <ul>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 433               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 434               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 435             </li>
 436             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 437               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 438               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 439               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 440               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 441               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 442               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 443               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 444               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 445               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 446               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 447               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 448               // for 2.10.1 mode <br />
 449               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 450               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 451                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 452                 calculations (not recommended)</em></li>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 455               scaling of branch lengths for trees computed using
 456               Sequence Feature Similarity.
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 460               generating output report when working with highly
 461               redundant alignments
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 465               right of selected region when gaps present on right-hand
 466               boundary
 467             </li>
 468           </ul>
 469           <em>User Interface</em>
 470           <ul>
 471             <li>
 472               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 473               doesn't reselect a specific sequence's associated
 474               annotation after it was used for colouring a view
 475             </li>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 478               opened on a region of alignment without groups
 479             </li>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 482               of an alignment with overlapping groups
 483             </li>
 484             <li>
 485               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 486               name and description match
 487             </li>
 488             <li>
 489               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 490               hidden regions results in incorrect hidden regions
 491             </li>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 494               changing colour does not apply Conservation slider value
 495               to all groups
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 499               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 503               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 507               gaps before start of features
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 511               restored to UI when feature colour is edited
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 515               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 519               as graduate feature colour settings are modified via the
 520               dialog box
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 524               when a group defined on the alignment is resized
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 528               wrapped view result in positional status updates
 529             </li>
 530
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 533               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 537               alignment included gapped columns
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 541               widgets don't permanently disappear
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 545               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 546               T-Coffee column reliability scores)
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 550               sequence feature on gaps only
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 554               button from a Find inherit previously defined feature type
 555               rather than the Find query string
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 559               exporting tree calculated in Jalview
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 563               and then revealing them reorders sequences on the
 564               alignment
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 568               doesn't update to reflect available set of groups after
 569               interactively adding or modifying features
 570             </li>
 571             <li>
 572               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 573               Linux
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 577               only excluded gaps in current sequence and ignored
 578               selection.
 579             </li>
 580           </ul>
 581           <em>Rendering</em>
 582           <ul>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 585               erratically when hidden rows or columns are present
 586             </li>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 589               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 590               sequence colouring
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 594               colour and group colour menu for protein alignments
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 598               reflect currently selected view or group's shading
 599               thresholds
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 603               when rendered on overview and structures when opacity at
 604               100%
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 608               overview when features overlaid on alignment
 609             </li>
 610           </ul>
 611           <em>Data import/export</em>
 612           <ul>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 615               load
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 619               added after a sequence was imported are not written to
 620               Stockholm File
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 624               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 628               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 629             </li>
 630             <li>
 631               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 632               with lightGray or darkGray via features file (but can
 633               specify lightgray)
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 637               when alignment view imported from project
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 641               structure and sequences extracted from structure files
 642               imported via URL and viewed in Jmol
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 646               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 647               the project is loaded and the structure viewed
 648             </li>
 649           </ul>
 650           <em>Web Services</em>
 651           <ul>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 654               release of Ensembl v.88
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 658               appear enabled in Preferences->Connections
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 662               removed from console output
 663             </li>
 664             <li>
 665               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 666               Ensembl by Peptide ID
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 670               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 671               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 672               due to 'null' string rather than empty string used for
 673               residues with no corresponding PDB mapping).
 674             </li>
 675           </ul>
 676           <em>Application UI</em>
 677           <ul>
 678             <li>
 679               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 680               menu
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 684               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 685               new documentation and tooltips added)
 686             </li>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 689               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 693               new features are added to alignment
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 697               changes to feature colours via the Amend features dialog
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 701               edit graduated feature colour via amend features dialog
 702               box
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 706               selection menu changes colours of alignment views
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 710               from alignment calculation workers after alignment has
 711               been closed
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 715               groups now 'Create Group'
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 719               Create/Undefine group doesn't always work
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 723               shown again after pressing 'Cancel'
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 727               adjusts start position in wrap mode
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 731               ambiguous amino acids
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 735               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 736               proteins
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 740               Defined' don't appear in Colours menu
 741             </li>
 742           </ul>
 743           <em>Applet</em>
 744           <ul>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 747               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 751               overview or linked structure view
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 755               work (since 2.8)
 756             </li>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 759               user-defined colourscheme doesn't restore original
 760               colourscheme
 761             </li>
 762           </ul>
 763           <em>Test Suite</em>
 764           <ul>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 767               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 768             </li>
 769             <li>
 770               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 771               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 772               problems with deep array comparison equality asserts in
 773               successive versions of TestNG
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 777               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 778             </li>
 779           </ul>
 780           <em>New Known Issues</em>
 781           <ul>
 782             <li>
 783               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 784               phase after a sequence motif find operation
 785             </li>
 786             <li>
 787               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 788               containing just upper and lower case letters are
 789               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 793               reliably from eggnog Ortholog database
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 797               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 798               to mark columns containing highlighted regions.
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 802               doesn't always add secondary structure annotation.
 803             </li>
 804           </ul>
 805         </div>
 806     <tr>
 807       <td width="60" nowrap>
 808         <div align="center">
 809           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 810         </div>
 811       </td>
 812       <td><div align="left">
 813           <em>General</em>
 814           <ul>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 817               for all consensus calculations
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 821               3rd Oct 2016)
 822             </li>
 823             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 824               for 2016-2017</li>
 825           </ul>
 826           <em>Application</em>
 827           <ul>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 830               set of database cross-references, sorted alphabetically
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 834               from database cross references. Users with custom links
 835               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 836                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 840               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 841               Chimera session
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 845               the Chimera it is connected to is shut down
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 849               columns menu item to mark columns containing highlighted
 850               regions (e.g. from structure selections or results of a
 851               Find operation)
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 855               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 856               MSAviewer
 857             </li>
 858           </ul>
 859         </div></td>
 860       <td>
 861         <div align="left">
 862           <em>General</em>
 863           <ul>
 864             <li>
 865               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 866               are not coloured or thresholded according to percent
 867               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 871               hydrophobic
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 875               threshold, amino acid properties)
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 879               reported as mapped to residues in a structure file in the
 880               View Mapping report
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 884               could be added multiple times to a sequence
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 888               bond features shown as two highlighted residues rather
 889               than a range in linked structure views, and treated
 890               correctly when selecting and computing trees from features
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 894               cross-references are matched to database name regardless
 895               of case
 896             </li>
 897
 898           </ul>
 899           <em>Application</em>
 900           <ul>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 903               names without regular expressions also offer links from
 904               Sequence ID
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 908               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 909               update Jalview configuration
 910             </li>
 911             <li>
 912               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 913               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 917               files with similarly named sequences if dropped onto the
 918               alignment
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 922               entries where more chains exist in the PDB accession than
 923               are reported in the SIFTS file
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 927               the structure view when displayed with Chimera
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 931               panel's View->Show Chains submenu
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 935               work for wrapped alignment views
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 939               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 943               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 944               first annotation row
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 948               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 952               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 953             </li>
 954             <!-- JAL-2319 -->
 955             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 956             coordindate data
 957             </li>
 958           </ul>
 959           <!--           <em>New Known Issues</em>
 960           <ul>
 961             <li></li>
 962           </ul> -->
 963         </div>
 964       </td>
 965     </tr>
 966     <td width="60" nowrap>
 967       <div align="center">
 968         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 969           <em>25/10/2016</em></strong>
 970       </div>
 971     </td>
 972     <td><em>Application</em>
 973       <ul>
 974         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 975           view if structures already loaded</li>
 976         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 977           structure views</li>
 978       </ul></td>
 979     <td>
 980       <div align="left">
 981         <em>General</em>
 982         <ul>
 983           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 984             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 985           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 986             example sequences/projects/trees</li>
 987         </ul>
 988         <em>Application</em>
 989         <ul>
 990           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 991             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 992           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 993             without timeout for structures with multiple models or
 994             multiple sequences in alignment</li>
 995           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 996             PDB ID HEADER line</li>
 997           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 998             is performed</li>
 999           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1000             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1001           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1002           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1003             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1004             option</li>
1005           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1006             is created on the alignment</li>
1007           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1008             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1009             pop-up menu</li>
1010         </ul>
1011         <em>Build and deployment</em>
1012         <ul>
1013           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1014             tags</li>
1015         </ul>
1016         <em>New Known Issues</em>
1017         <ul>
1018           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1019             on Windows</li>
1020         </ul>
1021       </div>
1022     </td>
1023     </tr>
1024     <tr>
1025       <td width="60" nowrap>
1026         <div align="center">
1027           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1028         </div>
1029       </td>
1030       <td><em>General</em>
1031         <ul>
1032           <li>
1033             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1034           </li>
1035           <li>
1036             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1037             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1038             better PDB parsing.
1039           </li>
1040           <li>
1041             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1042             reference sequence
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1046             mousing over sequence associated annotation
1047           </li>
1048           <li>
1049             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1050             for manual entry
1051           </li>
1052           <li>
1053             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1054             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1055             for each column
1056           </li>
1057           <li>
1058             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1059             showing or hiding columns containing a feature
1060           </li>
1061           <li>
1062             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1063             group and sequence associated annotation labels
1064           </li>
1065           <li>
1066             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1067             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1068             dialogs
1069           </li>
1070
1071         </ul> <em>Application</em>
1072         <ul>
1073           <li>
1074             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1075             gene/transcript view
1076           </li>
1077           <li>
1078             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1079             dialog
1080           </li>
1081           <li>
1082             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1083             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1084           </li>
1085           <li>
1086             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1087             Pfam sources to xfam.org
1088           </li>
1089           <li>
1090             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1094             over sequences in Jalview
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1098             regions in ENA and EMBL
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1102             for record retrieval via ENA rest API
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1106             complement operator
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1110             groovy script execution
1111           </li>
1112           <li>
1113             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1114             alignment window's Calculate menu
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1118             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1122             calculation workers from groovy scripts
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1126             Jalview projects
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1130             associations are now saved/restored from project
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1134             before sequence fetcher is opened
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1138             database chooser opens a sequence fetcher
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1142             the UniProt REST API
1143           </li>
1144           <li>
1145             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1146             the news reader opening
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1150             querying stored in preferences
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1154             search results
1155           </li>
1156           <li>
1157             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1158           </li>
1159           <li>
1160             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1161             menu for nucleotide sequences
1162           </li>
1163           <li>
1164             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1165             and feature counts preserves alignment ordering (and
1166             debugged for complex feature sets).
1167           </li>
1168           <li>
1169             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1170             viewing structures with Jalview 2.10
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1174             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1175             Ensembl Genomes REST API
1176           </li>
1177           <li>
1178             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1179             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1180             (Ensembl)
1181           </li>
1182           <li>
1183             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1184             sequences
1185           </li>
1186           <li>
1187             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1188             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1189             data from external database records.
1190           </li>
1191           <li>
1192             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1193             efficient recovery of sequence coding and alignment
1194             annotation relationships.
1195           </li>
1196         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1197         <ul>
1198           <li>
1199             -- JAL---
1200           </li>
1201         </ul> --></td>
1202       <td>
1203         <div align="left">
1204           <em>General</em>
1205           <ul>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1208               menu on OSX
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1212               includes graduated colourschemes
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1216               working with big alignments and lots of hidden columns
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1220               at right of alignment window
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1224               contents
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1228               for DNA alignments
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1232               based tree calculation
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1236               unconserved enabled for group on alignment
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1240               set as reference
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1244               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1245               annotation
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1249               hidden columns present
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1253               user created annotation added to alignment
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1257               '()' base pair annotation
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1261               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1262               Consensus
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1266               feature not working
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1270               beginning of sequence
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1274               entry 3a6s
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1278               from a tree when t-coffee scores are shown
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1282               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1286               some structures
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1290               to Clustal, PIR and PileUp output
1291             </li>
1292             <li>
1293               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1294               not visible causes alignment window to repaint
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1298               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1299               scores associated with features and annotation rows
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1303               calculation should be case independent
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1307               columns
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1311               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1312               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1316               problems when reference sequence defined and 'show
1317               non-conserved' enabled
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1321               load even when Consensus calculation is disabled
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1325               alignment does nothing
1326             </li>
1327           </ul>
1328           <em>Application</em>
1329           <ul>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1332               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1333               yet fixed for El Capitan)
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1337               output when running on non-gb/us i18n platforms
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1341               hidden sequences as flat-file alignment
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1345               launching Chimera
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1349               (also hotfix for 2.9.0b2)
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1353               reference sequence defined
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1357               alignments and views when revealing hidden columns
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1361               view in a cDNA/Protein splitframe
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1365               sequence from project when only one sequence is
1366               represented
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1370               in Structure Chooser
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1374               structure consensus didn't refresh annotation panel
1375             </li>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1378               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1379             </li>
1380             <li>
1381               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1382               dialogs format columns correctly, don't display array
1383               data, sort columns according to type
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1387               file chooser is cancelled during an image export
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1391               sequence name containing special characters
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1395               case insensitive
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1399               formatting don't wrap
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1403               truncated so L looks like I in consensus annotation
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1407               currently displayed features for the current selection or
1408               view
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1412               after fetching cross-references, and restoring from
1413               project
1414             </li>
1415             <li>
1416               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1417               followed in the structure viewer
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1421               splitframe not restored from project
1422             </li>
1423             <li>
1424               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1425               trailing end of protein alignment in transcript/product
1426               splitview when pad-gaps not enabled by default
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1430               is case dependent
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1434               article has been read (reopened issue due to
1435               internationalisation problems)
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1439               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1440               cross-references
1441             </li>
1442
1443             <li>
1444               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1445               alignment as HTML
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1449               multiple structures are shown for one or more sequences.
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1453               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1454               is enabled.
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1458               specific PDB id for sequence
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1462               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1463               columns' is disabled.
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1467               selects lowest rather than highest resolution structures
1468               for each sequence
1469             </li>
1470             <li>
1471               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1472               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1476               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1480               after clicking on it to create new annotation for a
1481               column.
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1485               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1486             </li>
1487             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1488             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1489           </ul>
1490           <em>Applet</em>
1491           <ul>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1494               hidden columns present before start of sequence
1495             </li>
1496             <li>
1497               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1498               (JSON jars)
1499             </li>
1500             <li>
1501               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1502               sequences are hidden in applet
1503             </li>
1504             <li>
1505               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1506               deployment on examples pages.
1507             </li>
1508           </ul>
1509         </div>
1510       </td>
1511     </tr>
1512     <tr>
1513       <td width="60" nowrap>
1514         <div align="center">
1515           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1516             <em>16/10/2015</em></strong>
1517         </div>
1518       </td>
1519       <td><em>General</em>
1520         <ul>
1521           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1522             jars</li>
1523         </ul></td>
1524       <td>
1525         <div align="left">
1526           <em>Application</em>
1527           <ul>
1528             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1529               shown when tree is partitioned</li>
1530             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1531               multiple cDNA/Protein split views</li>
1532           </ul>
1533         </div>
1534       </td>
1535     </tr>
1536     <tr>
1537       <td width="60" nowrap>
1538         <div align="center">
1539           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1540             <em>8/10/2015</em></strong>
1541         </div>
1542       </td>
1543       <td><em>General</em>
1544         <ul>
1545           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1546             2.9</li>
1547         </ul> <em>Application</em>
1548         <ul>
1549           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1550           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1551           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1552         </ul> <em>Applet</em>
1553         <ul>
1554           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1555         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1556         <ul>
1557           <li>
1558             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1559             suite
1560           </li>
1561         </ul></td>
1562       <td>
1563         <div align="left">
1564           <em>General</em>
1565           <ul>
1566             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1567               incorrect when sequence start > 1</li>
1568             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1569               documentation</li>
1570             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1571             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1572               loading a features file containing HTML tags in feature
1573               description</li>
1574
1575           </ul>
1576           <em>Application</em>
1577           <ul>
1578             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1579               reimport</li>
1580             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1581               with 'trim retrieved sequences'</li>
1582             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1583               deleting selected columns</li>
1584             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1585               JNLP templates for webstart launch</li>
1586             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1587               unreleased structures for download or viewing</li>
1588             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1589               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1590             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1591               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1592             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1593               recovered from jalview project</li>
1594             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1595               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1596               alignment view</li>
1597             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1598               color schemes from BioJSON</li>
1599           </ul>
1600           <em>Applet</em>
1601           <ul>
1602             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1603               frame</li>
1604             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1605           </ul>
1606         </div>
1607       </td>
1608     </tr>
1609     <tr>
1610       <td><div align="center">
1611           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1612         </div></td>
1613       <td><em>General</em>
1614         <ul>
1615           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1616             alignments:
1617             <ul>
1618               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1619                 and DNA alignment views</li>
1620               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1621                 cDNA alignment views</li>
1622               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1623                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1624               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1625                 protein sequences</li>
1626             </ul>
1627           </li>
1628           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1629           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1630             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1631           <li>New alignment annotation file statements for
1632             reference sequences and marking hidden columns</li>
1633           <li>Reference sequence based alignment shading to
1634             highlight variation</li>
1635           <li>Select or hide columns according to alignment
1636             annotation</li>
1637           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1638           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1639             acid conservation row</li>
1640           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1641         </ul> <em>Application</em>
1642         <ul>
1643           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1644             <ul>
1645               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1646                 view with cDNA/Protein</li>
1647               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1648                 sequences are placed in the same alignment</li>
1649               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1650                 projects</li>
1651             </ul>
1652           </li>
1653
1654           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1655           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1656             Jalview windows</li>
1657
1658           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1659           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1660           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1661             be shown in VARNA</li>
1662
1663           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1664             as the active selected region</li>
1665
1666           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1667             similarity</li>
1668           <li>New Export options
1669             <ul>
1670               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1671                 region export in flat file generation</li>
1672
1673               <li>Export alignment views for display with the <a
1674                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1675
1676               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1677               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1678                 alignment figures to HTML</li>
1679           </li>
1680           <li>3D structure retrieval and display
1681             <ul>
1682               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1683                 Search API</li>
1684               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1685                 PDB structures for a sequence set</li>
1686             </ul>
1687           </li>
1688
1689           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1690             predictions</li>
1691           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1692             for one or a group of sequences</li>
1693           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1694             from the JPred4 web server</li>
1695           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1696             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1697             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1698           </li>
1699           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1700             VARNA 2D Structure'</li>
1701           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1702             Structure ..."</li>
1703
1704         </ul> <em>Applet</em>
1705         <ul>
1706           <li>New layout for applet example pages</li>
1707           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1708             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1709           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1710             Protein alignments</li>
1711         </ul> <em>Development and deployment</em>
1712         <ul>
1713           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1714           <li>Include installation type and git revision in build
1715             properties and console log output</li>
1716           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1717             storing BioJsMSA Templates</li>
1718           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1719         </ul></td>
1720       <td>
1721         <!-- <em>General</em>
1722         <ul>
1723         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1724         <ul>
1725           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1726           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1727           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1728             predictions are not highlighted in amber</li>
1729           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1730             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1731           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1732             associated structure views</li>
1733           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1734             width checkbox not enabled</li>
1735           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1736             creating user defined colours</li>
1737           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1738             mappings for just that viewer's sequences</li>
1739           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1740             multiple models in Chimera</li>
1741           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1742             over Jmol structure</li>
1743           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1744             output to text box</li>
1745           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1746             have incorrect sequence start/end</li>
1747           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1748             Jalview fails</li>
1749           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1750             work for nucleotide</li>
1751           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1752             to a grey/invisible alignment window</li>
1753           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1754             imports to different position</li>
1755           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1756             on some platforms</li>
1757           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1758             populated</li>
1759           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1760             console if Chimera has been opened</li>
1761           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1762           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1763             retrieved</li>
1764           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1765           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1766             either sequence shows on first structure</li>
1767           <li>'Show annotations' options should not make
1768             non-positional annotations visible</li>
1769           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1770             in right place after 'view flanking regions'</li>
1771           <li>File Save As type unset when current file format is
1772             unknown</li>
1773           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1774             projects</li>
1775           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1776             responsive</li>
1777           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1778             several views on same alignment</li>
1779           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1780           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1781             spaces</li>
1782         </ul> <em>Applet</em>
1783         <ul>
1784           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1785           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1786             descriptions containing angle brackets</li>
1787         </ul> <em>General</em>
1788         <ul>
1789           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1790             via jalview annotation file</li>
1791           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1792             with RNA secondary structure</li>
1793           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1794             translation doesn't work.</li>
1795           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1796           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1797             positions</li>
1798           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1799             choosing 1pt font</li>
1800           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1801             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1802             'h'</li>
1803           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1804             new feature</li>
1805           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1806             order dependent</li>
1807           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1808             sequences</li>
1809           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1810         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1811         <ul>
1812           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1813             www.jalview.org</li>
1814         </ul> <em>Application Known issues</em>
1815         <ul>
1816           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1817           <li>Misleading message appears after trying to delete
1818             solid column.</li>
1819           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1820             version launches</li>
1821           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1822             fails with a sequence mismatch</li>
1823           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1824             scrolling alignment to right</li>
1825           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1826             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1827           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1828             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1829           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1830             ultra-high resolution</li>
1831           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1832             quality and conservation</li>
1833           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1834             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1835         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1836         <ul>
1837           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1838           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1839             window is being resized</li>
1840
1841         </ul>
1842       </td>
1843     </tr>
1844     <tr>
1845       <td><div align="center">
1846           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1847         </div></td>
1848       <td><em>General</em>
1849         <ul>
1850           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1851             Certum.PL.</li>
1852           <li>Features and annotation preserved when performing
1853             pairwise alignment</li>
1854           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1855             imported/exported/displayed</li>
1856           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1857             protein secondary structure</li>
1858           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1859               post-hoc with 2.9 release</em>)
1860           </li>
1861
1862         </ul> <em>Application</em>
1863         <ul>
1864           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1865             with 3D structures</li>
1866           <li>Support for parsing RNAML</li>
1867           <li>Annotations menu for layout
1868             <ul>
1869               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1870               <li>place sequence annotation above/below alignment
1871                 annotation</li>
1872             </ul>
1873           <li>Output in Stockholm format</li>
1874           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1875             translation</li>
1876           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1877           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1878             shared between alignments</li>
1879           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1880             Jalview</li>
1881           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1882             all or current selection</li>
1883           <li>disorder and secondary structure predictions
1884             available as dataset annotation</li>
1885           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1886
1887
1888           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1889             alignments from Rfam</li>
1890           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1891
1892           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1893             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1894           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1895           <li>include installation type in build properties and
1896             console log output</li>
1897           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1898             annotation</li>
1899         </ul></td>
1900       <td>
1901         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1902         <ul>
1903           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1904             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1905           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1906             alignment</li>
1907           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1908           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1909           <li>Double click on sequence associated annotation
1910             selects only first column</li>
1911           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1912             leaves shown in tree</li>
1913           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1914             properly</li>
1915           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1916           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1917             screen and buttons not visible</li>
1918           <li>author list isn't updated if already written to
1919             Jalview properties</li>
1920           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1921             from database</li>
1922           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1923           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1924             browser search window</li>
1925           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1926             in feature settings dialog</li>
1927           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1928             desktop</li>
1929           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1930             pass validation</li>
1931           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1932             fit on screen</li>
1933           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1934             tooltip</li>
1935           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1936             defined user preset</li>
1937           <li>MSA web services warns user if they were launched
1938             with invalid input</li>
1939           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1940             Java 8</li>
1941           <li>
1942             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1943             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1944             created
1945           </li>
1946
1947         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1948         <ul>
1949         </ul> <em>General</em>
1950         <ul>
1951         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1952         <ul>
1953           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1954             memory allocation</li>
1955           <li>launchApp service doesn't automatically open
1956             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1957           <li>
1958             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1959             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1960             1.7_055 is available
1961           </li>
1962         </ul> <em>Application Known issues</em>
1963         <ul>
1964           <li>
1965             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1966             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1967             alignment to right
1968           </li>
1969           <li>
1970             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1971             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1972             with large number of ID
1973           </li>
1974           <li>
1975             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1976             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1977             start/end
1978           </li>
1979           <li>
1980             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1981             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1982             structure tracks are rearranged
1983           </li>
1984           <li>
1985             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1986             invalid rna structure positional highlighting does not
1987             highlight position of invalid base pairs
1988           </li>
1989           <li>
1990             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1991             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1992             project from alignment window file menu
1993           </li>
1994           <li>
1995             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1996             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1997             structures
1998           </li>
1999           <li>
2000             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2001             colour by RNA Helices not enabled when user created
2002             annotation added to alignment
2003           </li>
2004           <li>
2005             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2006             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2007           </li>
2008         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2009         <ul>
2010           <li>
2011             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2012             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2013           </li>
2014           <li>
2015             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2016             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2017           </li>
2018
2019           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2020             when selected</li>
2021         </ul>
2022       </td>
2023     </tr>
2024     <tr>
2025       <td><div align="center">
2026           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2027         </div></td>
2028       <td>
2029         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2030         <em>General</em>
2031         <ul>
2032           <li>Internationalisation of user interface (usually
2033             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2034           <li>Define/Undefine group on current selection with
2035             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2036           <li>Improved group creation/removal options in
2037             alignment/sequence Popup menu</li>
2038           <li>Sensible precision for symbol distribution
2039             percentages shown in logo tooltip.</li>
2040           <li>Annotation panel height set according to amount of
2041             annotation when alignment first opened</li>
2042         </ul> <em>Application</em>
2043         <ul>
2044           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2045             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2046           <li>Select columns containing particular features from
2047             Feature Settings dialog</li>
2048           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2049             sequences</li>
2050           <li>Update Jalview project format:
2051             <ul>
2052               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2053               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2054                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2055               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2056                 colouring</li>
2057             </ul>
2058           </li>
2059           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2060             (PAM250)</li>
2061           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2062             flanking regions for an alignment</li>
2063         </ul>
2064       </td>
2065       <td>
2066         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2067         <ul>
2068           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2069             running after job is cancelled</li>
2070           <li>cannot export features from alignments imported from
2071             Jalview/VAMSAS projects</li>
2072           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2073             float values</li>
2074           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2075             have 'display all symbols' flag set</li>
2076           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2077             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2078           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2079             Jalview</li>
2080           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2081             Lion/Webstart</li>
2082           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2083           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2084           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2085             alignment onto desktop</li>
2086           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2087             'extract scores' function</li>
2088           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2089             alignment window</li>
2090           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2091             performing IUPred disorder prediction</li>
2092           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2093             changing 'normalise logo' display setting</li>
2094           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2095             nothing matches query</li>
2096           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2097             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2098           </li>
2099           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2100             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2101           </li>
2102           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2103             Jalview's menu</li>
2104           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2105             'invalid literal/length code'</li>
2106           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2107             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2108           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2109             colourscheme</li>
2110
2111         </ul> <em>Applet</em>
2112         <ul>
2113           <li>Remove group option is shown even when selection is
2114             not a group</li>
2115           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2116             don't affect groups</li>
2117           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2118             colourscheme name</li>
2119           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2120             Annotation panel is not displayed</li>
2121           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2122             embedded windows</li>
2123         </ul> <em>Other</em>
2124         <ul>
2125           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2126             single sequence were not calculated</li>
2127           <li>annotation files that contain only groups imported as
2128             annotation and junk sequences</li>
2129           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2130             recognised as PFAM or BLC</li>
2131           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2132             doesn't affect background (2.8.0b1)
2133           <li></li>
2134           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2135           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2136             trailing gaps</li>
2137           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2138             registered correctly on import</li>
2139           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2140             certain alignments</li>
2141           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2142             existing annotation based 'use original colours'
2143             colourscheme loses original colours setting</li>
2144         </ul>
2145       </td>
2146     </tr>
2147     <tr>
2148       <td><div align="center">
2149           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2150             <em>30/1/2014</em></strong>
2151         </div></td>
2152       <td>
2153         <ul>
2154           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2155             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2156             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2157             open source project).
2158           </li>
2159           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2160           <li>Output in Stockholm format</li>
2161           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2162           <li>Export/import group and sequence associated line
2163             graph thresholds</li>
2164           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2165             ambiguity codes</li>
2166           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2167             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2168             works</li>
2169           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2170         </ul> <em>Other improvements</em>
2171         <ul>
2172           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2173           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2174             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2175           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2176             files</li>
2177           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2178           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2179             link but no description</li>
2180           <li>Select primary source when selecting authority in
2181             database fetcher GUI</li>
2182           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2183             Jalview</li>
2184           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2185         </ul>
2186       </td>
2187       <td>
2188         <ul>
2189           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2190             displayed</li>
2191           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2192             secondary structure annotation line</li>
2193           <li>Sequence database accessions not imported when
2194             fetching alignments from Rfam</li>
2195           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2196             identical IDs</li>
2197           <li>View all structures does not always superpose
2198             structures</li>
2199           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2200             reflect user or preset settings</li>
2201           <li>Null pointer exceptions for some services without
2202             presets or adjustable parameters</li>
2203           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2204             discover PDB xRefs</li>
2205           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2206             features with DAS</li>
2207           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2208             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2209           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2210             residue follows a gap</li>
2211           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2212             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2213           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2214             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2215           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2216             annotation already exists on alignment</li>
2217           <li>oninit javascript function should be called after
2218             initialisation completes</li>
2219           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2220             alignment window display</li>
2221           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2222           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2223             to annotation file</li>
2224           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2225             groups created</li>
2226           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2227             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2228           <li>Pressing return several times causes Number Format
2229             exceptions in keyboard mode</li>
2230           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2231             correct partitions for input data</li>
2232           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2233           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2234           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2235           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2236             mode</li>
2237           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2238             changes one row&#39;s threshold</li>
2239           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2240             doesn&#39;t open</li>
2241           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2242             quality histograms</li>
2243         </ul>
2244       </td>
2245     </tr>
2246     <tr>
2247       <td><div align="center">
2248           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2249         </div></td>
2250       <td><em>Application</em>
2251         <ul>
2252           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2253             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2254           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2255             preferences</li>
2256           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2257             in Jalview alignment window</li>
2258           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2259             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2260           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2261             RNA and ambiguity codes</li>
2262
2263           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2264           <li>Support fetching and database reference look up
2265             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2266             refs')</li>
2267           <li>Jalview project improvements
2268             <ul>
2269               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2270                 flag for annotation</li>
2271               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2272                 alignment</li>
2273               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2274                 Jalview project</li>
2275
2276             </ul>
2277           </li>
2278           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2279           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2280             running</li>
2281           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2282           <li>visual indication that web service results are still
2283             being retrieved from server</li>
2284           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2285             starts up for first time</li>
2286           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2287             services</li>
2288           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2289             client library</li>
2290           <li>Examples directory and Groovy library included in
2291             InstallAnywhere distribution</li>
2292         </ul> <em>Applet</em>
2293         <ul>
2294           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2295             visualization applet example</li>
2296         </ul> <em>General</em>
2297         <ul>
2298           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2299           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2300             defaults</li>
2301           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2302             calculation</li>
2303           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2304             matrices
2305           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2306             in HTML</li>
2307           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2308             structure contacts</li>
2309           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2310           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2311           <li>Parse sequence associated secondary structure
2312             information in Stockholm files</li>
2313           <li>HTML Export database accessions and annotation
2314             information presented in tooltip for sequences</li>
2315           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2316             style RNA alignment files</li>
2317           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2318             alignment</li>
2319           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2320             shade each sequence according to its associated alignment
2321             annotation</li>
2322           <li>New Jalview Logo</li>
2323         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2324         <ul>
2325           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2326           <li>New Website!</li>
2327         </ul></td>
2328       <td><em>Application</em>
2329         <ul>
2330           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2331             wsdbfetch REST service</li>
2332           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2333           <li>Filetype associations not installed for webstart
2334             launch</li>
2335           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2336             job execution in full once it is complete</li>
2337           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2338             uploaded via ali_file parameter</li>
2339           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2340           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2341           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2342             submitted for prediction</li>
2343           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2344             desktop window</li>
2345           <li>Putting fractional value into integer text box in
2346             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2347           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2348             windows 7</li>
2349           <li>View all structures fails with exception shown in
2350             structure view</li>
2351           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2352             escaped in a platform independent way</li>
2353           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2354             using proxy</li>
2355           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2356             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2357           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2358             failure when java web start temporary file caching is
2359             disabled</li>
2360           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2361             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2362           <li>Errors during processing of command line arguments
2363             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2364           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2365             DAS sources in sequence fetcher</li>
2366           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2367             dialog is shown</li>
2368           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2369           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2370           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2371           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2372             on OSX Mountain Lion</li>
2373           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2374             sequences with alignment annotation are pasted into the
2375             alignment</li>
2376           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2377             when loaded from Jalview project</li>
2378           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2379           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2380             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2381           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2382             associated with all views</li>
2383           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2384             annotation rows to new window</li>
2385         </ul> <em>Applet</em>
2386         <ul>
2387           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2388             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2389           <li>loading features via javascript API automatically
2390             enables feature display</li>
2391           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2392             work</li>
2393         </ul> <em>General</em>
2394         <ul>
2395           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2396           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2397             and then deselected</li>
2398           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2399           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2400             coloured with clustalx</li>
2401           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2402             exceptions and redraw errors</li>
2403           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2404             reconfigured view</li>
2405           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2406             colour</li>
2407           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2408             for lots of labels</li>
2409         </ul>
2410     </tr>
2411     <tr>
2412       <td>
2413         <div align="center">
2414           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2415         </div>
2416       </td>
2417       <td><em>Application</em>
2418         <ul>
2419           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2420           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2421           <li>View/alignment association menu to enable user to
2422             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2423             its colours/correspondences from</li>
2424           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2425           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2426             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2427           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2428           <li>Annotation row column label formatting attributes
2429             stored in project file</li>
2430           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2431             rows preserved in Jalview project file</li>
2432           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2433             saved using Desktop window menu</li>
2434           <li>Visual indication that command line arguments are
2435             still being processed</li>
2436           <li>Groovy script execution from URL</li>
2437           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2438             preferences</li>
2439           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2440             alignment with sequences that have high similarity and
2441             matching IDs</li>
2442           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2443           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2444             structures in same window</li>
2445           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2446           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2447             analysis function in its own submenu</li>
2448         </ul> <em>Applet</em>
2449         <ul>
2450           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2451             groups</li>
2452           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2453           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2454           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2455           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2456           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2457             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2458           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2459           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2460             parameters are treated as such</li>
2461           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2462             <ul>
2463               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2464               <li>Javascript callbacks for
2465                 <ul>
2466                   <li>Applet initialisation</li>
2467                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2468                 </ul>
2469               </li>
2470               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2471                 functions</li>
2472               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2473               <li>javascript structure viewer harness to pass
2474                 messages between Jmol and Jalview when running as
2475                 distinct applets</li>
2476               <li>sortBy method</li>
2477               <li>Set of applet and application examples shipped
2478                 with documentation</li>
2479               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2480                 javascript message exchange</li>
2481             </ul>
2482         </ul> <em>General</em>
2483         <ul>
2484           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2485             multiple alignments</li>
2486           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2487           <li>User configurable link to enable redirects to a
2488             www.Jalview.org mirror</li>
2489           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2490           <li>Configurable newline string when writing alignment
2491             and other flat files</li>
2492           <li>Allow alignment annotation description lines to
2493             contain html tags</li>
2494         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2495         <ul>
2496           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2497             examples</li>
2498           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2499             using a web service before displaying the result in the
2500             Jalview desktop</li>
2501           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2502           <li>Ant target to publish example html files with applet
2503             archive</li>
2504           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2505           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2506         </ul></td>
2507       <td><em>Application</em>
2508         <ul>
2509           <li>User defined colourscheme throws exception when
2510             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2511           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2512             dialog for valid filename/format</li>
2513           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2514           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2515             P37173</li>
2516           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2517             which sequence is to be associated with the file</li>
2518           <li>Find All raises null pointer exception when query
2519             only matches sequence IDs</li>
2520           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2521           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2522             2.4 cannot be loaded</li>
2523           <li>Filetype associations not installed for webstart
2524             launch</li>
2525           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2526             with sequences in different alignments do not get coloured
2527             by their associated sequence</li>
2528           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2529             not preserved when project is loaded</li>
2530           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2531             stored in Jalview project</li>
2532           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2533             Jalview project</li>
2534           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2535           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2536             by conservation</li>
2537           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2538             created on new view</li>
2539           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2540             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2541           <li>Alignment quality not updated after alignment
2542             annotation row is hidden then shown</li>
2543           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2544             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2545           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2546             properly</li>
2547           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2548             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2549           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2550           <li>Structures imported from file and saved in project
2551             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2552           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2553             job execution in full once it is complete</li>
2554         </ul> <em>Applet</em>
2555         <ul>
2556           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2557             annotation rows are displayed</li>
2558           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2559             codebase</li>
2560           <li>View follows highlighting does not work for positions
2561             in sequences</li>
2562           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2563           <li>Export features raises exception when no features
2564             exist</li>
2565           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2566             for javascript api is modified when separator string
2567             provided as parameter</li>
2568           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2569             alignment with no existing selection</li>
2570           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2571             to applet&#39;s codebase</li>
2572           <li>Status bar not updated after finished searching and
2573             search wraps around to first result</li>
2574           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2575             several Jalview applets causes race conditions and memory
2576             leaks</li>
2577           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2578             not sent from Jmol in applet</li>
2579           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2580             applet API fatally hang browser</li>
2581         </ul> <em>General</em>
2582         <ul>
2583           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2584             position with wrapped view and hidden regions</li>
2585           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2586             with/without hidden columns</li>
2587           <li>Sequence length given in alignment properties window
2588             is off by 1</li>
2589           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2590             import PDB like structure files</li>
2591           <li>Positional search results are only highlighted
2592             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2593           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2594           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2595             given sequence position</li>
2596           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2597             output</li>
2598           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2599             from nucleotide chains correctly</li>
2600           <li>Structure colours not updated when tree partition
2601             changed in alignment</li>
2602           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2603             parsed in interleaved stockholm</li>
2604           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2605             state</li>
2606           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2607             properly</li>
2608           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2609             properly associated with their pdb files</li>
2610         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2611         <ul>
2612           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2613             ApplyCopyright tool</li>
2614         </ul></td>
2615     </tr>
2616     <tr>
2617       <td>
2618         <div align="center">
2619           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2620         </div>
2621       </td>
2622       <td><em>Application</em>
2623         <ul>
2624           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2625             contact web services</li>
2626           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2627             service job window</li>
2628           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2629         </ul></td>
2630       <td>
2631         <ul>
2632           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2633             pir file emitted by Jalview</li>
2634           <li>Existing feature settings transferred to new
2635             alignment view created from cut'n'paste</li>
2636           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2637             parsing PDB files</li>
2638           <li>Consensus and conservation annotation rows
2639             occasionally become blank for all new windows</li>
2640           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2641             in wrapped view mode</li>
2642         </ul> <em>Application</em>
2643         <ul>
2644           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2645             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2646           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2647             parameter names</li>
2648           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2649             is down</li>
2650         </ul>
2651       </td>
2652     </tr>
2653     <tr>
2654       <td>
2655         <div align="center">
2656           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2657         </div>
2658       </td>
2659       <td><em>Application</em>
2660         <ul>
2661           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2662             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2663             (JABAWS)
2664           </li>
2665           <li>Web Services preference tab</li>
2666           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2667             preferences</li>
2668           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2669           <li>Superpose structures using associated sequence
2670             alignment</li>
2671           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2672             viewer</li>
2673         </ul> <em>Applet</em>
2674         <ul>
2675           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2676             link out mechanism</li>
2677         </ul> <em>Other</em>
2678         <ul>
2679           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2680             series 12</li>
2681           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2682             require Java 1.5</li>
2683           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2684             sequence annotation files</li>
2685           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2686             type colour specification</li>
2687           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2688             script to check if it being run in an interactive session or
2689             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2690         </ul></td>
2691       <td>
2692         <ul>
2693           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2694             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2695         </ul> <em>Application</em>
2696         <ul>
2697           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2698             selected Regions menu item</li>
2699           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2700             part of a valid accession ID</li>
2701           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2702             runs out of memory</li>
2703           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2704             analysis results</li>
2705           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2706             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2707           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2708         </ul> <em>Applet</em>
2709         <ul>
2710           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2711             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2712             defined.</li>
2713         </ul>
2714       </td>
2715     </tr>
2716     <tr>
2717       <td>
2718         <div align="center">
2719           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2720         </div>
2721       </td>
2722       <td></td>
2723       <td>
2724         <ul>
2725           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2726             sequence IDs</li>
2727           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2728             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2729           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2730             import correctly</li>
2731           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2732             number of columns are hidden</li>
2733           <li>annotation label popup menu not providing correct
2734             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2735             present</li>
2736           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2737             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2738           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2739             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2740
2741         </ul> <em>Applet</em>
2742         <ul>
2743           <li>annotation panel disappears when annotation is
2744             hidden/removed</li>
2745         </ul> <em>Application</em>
2746         <ul>
2747           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2748             alignment opened where annotation panel is visible but no
2749             annotations are present on alignment</li>
2750           <li>pasted region containing hidden columns is
2751             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2752           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2753             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2754           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2755             selected Rregions menu item.</li>
2756           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2757             'Un' or 'Non'conserved</li>
2758           <li>Sequence feature settings are being shared by
2759             multiple distinct alignments</li>
2760           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2761             changed</li>
2762           <li>double click on group annotation to select sequences
2763             does not propagate to associated trees</li>
2764           <li>Mac OSX specific issues:
2765             <ul>
2766               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2767                 window background</li>
2768               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2769                 name set correctly</li>
2770               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2771                 save feature colourscheme button</li>
2772             </ul>
2773           </li>
2774         </ul>
2775       </td>
2776     </tr>
2777     <tr>
2778
2779       <td>
2780         <div align="center">
2781           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2782         </div>
2783       </td>
2784       <td><em>New Capabilities</em>
2785         <ul>
2786           <li>URL links generated from description line for
2787             regular-expression based URL links (applet and application)
2788
2789           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2790             menu</li>
2791           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2792             structures</li>
2793           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2794             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2795           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2796             average score or total feature count for each sequence.</li>
2797           <li>Shading features by score or associated description</li>
2798           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2799             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2800           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2801             hide everything but the currently selected region.</li>
2802           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2803         </ul> <em>Application</em>
2804         <ul>
2805           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2806             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2807           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2808             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2809           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2810             database references and protein_name is parsed as
2811             description line (BioSapiens terms).</li>
2812           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2813             references in sequence ID tooltip from View menu in
2814             application.</li>
2815           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2816       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2817           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2818             conservation plots</li>
2819           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2820             and visualized as sequence logos</li>
2821           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2822             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2823           </li>
2824           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2825             when a new tree is opened.</li>
2826           <li>Jalview Java Console</li>
2827           <li>Better placement of desktop window when moving
2828             between different screens.</li>
2829           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2830             consensus annotation</li>
2831           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2832             Workflows</li>
2833           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2834             <ul>
2835               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2836                 used to preserve views, structures, and tree display
2837                 settings)</li>
2838               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2839                 command line</li>
2840               <li>Sharing of selected regions between views and
2841                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2842               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2843             </ul></li>
2844         </ul> <em>Applet</em>
2845         <ul>
2846           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2847           <li>New Parameters
2848             <ul>
2849               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2850                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2851                 opened.</li>
2852               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2853                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2854               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2855                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2856               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2857                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2858                 view</li>
2859               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2860                 increase the height or width of a cell in the alignment
2861                 grid relative to the current font size.</li>
2862             </ul>
2863           </li>
2864           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2865             tooltip</li>
2866         </ul> <em>Other</em>
2867         <ul>
2868           <li>Features format: graduated colour definitions and
2869             specification of feature scores</li>
2870           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2871             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2872             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2873           <li>XML formats extended to support graduated feature
2874             colourschemes, group associated annotation, and profile
2875             visualization settings.</li></td>
2876       <td>
2877         <ul>
2878           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2879             rather than description</li>
2880           <li>Non-positional features are now included in sequence
2881             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2882             visibility in tooltip).</li>
2883           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2884           <li>Added URL embedding instructions to features file
2885             documentation.</li>
2886           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2887             'X' in peptide product</li>
2888           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2889             sequence ID and sequence string and query strings do not
2890             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2891           <li>AMSA files only contain first column of
2892             multi-character column annotation labels</li>
2893           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2894             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2895             exported and re-imported)</li>
2896           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2897             name</li>
2898           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2899             as subsequence matches, and correctly reports total number
2900             of both.</li>
2901           <li>Application:
2902             <ul>
2903               <li>Better handling of exceptions during sequence
2904                 retrieval</li>
2905               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2906                 link text excludes the start_end suffix</li>
2907               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2908                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2909               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2910               <li>Sequence description lines properly shared via
2911                 VAMSAS</li>
2912               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2913                 data sources</li>
2914               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2915                 completes before alignment figures are generated.</li>
2916               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2917                 first time.</li>
2918               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2919                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2920               <li>User defined group colours properly recovered
2921                 from Jalview projects.</li>
2922             </ul>
2923           </li>
2924         </ul>
2925       </td>
2926
2927     </tr>
2928     <tr>
2929       <td>
2930         <div align="center">
2931           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2932         </div>
2933       </td>
2934       <td>
2935         <ul>
2936           <li>Experimental support for google analytics usage
2937             tracking.</li>
2938           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2939         </ul>
2940       </td>
2941       <td>
2942         <ul>
2943           <li>Race condition in applet preventing startup in
2944             jre1.6.0u12+.</li>
2945           <li>Exception when feature created from selection beyond
2946             length of sequence.</li>
2947           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2948           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2949             all sequences with a given id</li>
2950           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2951             ID string searches</li>
2952           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2953             alignment to fail with exception</li>
2954         </ul> <em>Application Issues</em>
2955         <ul>
2956           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2957           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2958             data sources</li>
2959         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2960         <ul>
2961           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2962             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2963           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2964             version (java class versioning error fixed)</li>
2965         </ul>
2966       </td>
2967     </tr>
2968     <tr>
2969       <td>
2970
2971         <div align="center">
2972           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2973         </div>
2974       </td>
2975       <td><em>User Interface</em>
2976         <ul>
2977           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2978             translation and protein products</li>
2979           <li>Linked highlighting of structure associated with
2980             residue mapping to codon position</li>
2981           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2982             and 'clear' button</li>
2983           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2984             Tools menu</li>
2985           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2986             numeric data in description line</li>
2987           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2988           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2989             of sequence</li>
2990         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2991         <ul>
2992           <li>JPred3 web service</li>
2993           <li>Prototype sequence search client (no public services
2994             available yet)</li>
2995           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2996             PFAM</li>
2997           <li>URL Links created for matching database cross
2998             references as well as sequence ID</li>
2999           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3000         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3001         <ul>
3002           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3003             databases</li>
3004           <li>Generalised database reference retrieval and
3005             validation to all fetchable databases</li>
3006           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3007             sequence command</li>
3008         </ul> <em>Import and Export</em>
3009         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3010         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3011           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3012         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3013           File</li>
3014         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3015           triplet as name of colourscheme</li>
3016         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3017         <ul>
3018           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3019           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3020             alignments (experimental)</li>
3021           <li>Create new or select existing session to join</li>
3022           <li>load and save of vamsas documents</li>
3023         </ul> <em>Application command line</em>
3024         <ul>
3025           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3026             from applet)</li>
3027           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3028             of DAS servers to query for alignment features</li>
3029           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3030             that are also automatically queried for features</li>
3031           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3032             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3033         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3034         <ul>
3035           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3036             application (when using &quot;View in full
3037             application&quot;)</li>
3038         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3039         <ul>
3040           <li>feature group display control parameter</li>
3041           <li>debug parameter</li>
3042           <li>showbutton parameter</li>
3043         </ul> <em>Applet API methods</em>
3044         <ul>
3045           <li>newView public method</li>
3046           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3047           <li>Feature display control methods</li>
3048           <li>get list of currently selected sequences</li>
3049         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3050         <ul>
3051           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3052           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3053             Jalview release.</li>
3054           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3055             property controls execution of obfuscator</li>
3056           <li>Build target for generating source distribution</li>
3057           <li>Debug flag for javacc</li>
3058           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3059             jalview.bin.Cache</li>
3060           <li>Continuous Build Integration for stable and
3061             development version of Application, Applet and source
3062             distribution</li>
3063         </ul></td>
3064       <td>
3065         <ul>
3066           <li>selected region output includes visible annotations
3067             (for certain formats)</li>
3068           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3069             for editing</li>
3070           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3071           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3072           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3073           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3074             comments</li>
3075           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3076             filenames containing a ':'</li>
3077           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3078             global sequence features</li>
3079           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3080             references from alignment sequences goes to zero</li>
3081           <li>Close of tree branch colour box without colour
3082             selection causes cascading exceptions</li>
3083           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3084           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3085             file parsing fails.</li>
3086           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3087           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3088             not a valid output format</li>
3089           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3090             vamsas</li>
3091           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3092           <li>error messages passed up and output when data read
3093             fails</li>
3094           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3095             sequence is edited</li>
3096           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3097             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3098           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3099             filetype</li>
3100           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3101             import fixed for PFAM records</li>
3102           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3103             window list</li>
3104           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3105             can be read and written correctly to annotation file</li>
3106           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3107             correctly</li>
3108           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3109             non-italic font for representatives in Applet</li>
3110           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3111             Macs.</li>
3112           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3113             Applet)</li>
3114           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3115             due to null pointer exceptions</li>
3116           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3117             first column of alignment</li>
3118           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3119             July 2008</li>
3120           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3121             file is case-insensitive</li>
3122           <li>Sequence features read from Features file appended to
3123             all sequences with matching IDs</li>
3124           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3125             containing a sub-sequence</li>
3126           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3127           <li>feature and annotation file applet parameters
3128             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3129           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3130           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3131             splash-screen version check to complete</li>
3132           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3133             when passing them to the launchApp service</li>
3134           <li>display name and local features preserved in results
3135             retrieved from web service</li>
3136           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3137             sequence fetcher initialisation</li>
3138           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3139             dasobert DAS client</li>
3140           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3141             association</li>
3142           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3143             sequences
3144           </li>
3145         </ul>
3146       </td>
3147     </tr>
3148     <tr>
3149       <td>
3150         <div align="center">
3151           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3152         </div>
3153       </td>
3154       <td>
3155         <ul>
3156           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3157           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3158           <li>Slide sequences</li>
3159           <li>Edit sequence in place</li>
3160           <li>EMBL CDS features</li>
3161           <li>DAS Feature mapping</li>
3162           <li>Feature ordering</li>
3163           <li>Alignment Properties</li>
3164           <li>Annotation Scores</li>
3165           <li>Sort by scores</li>
3166           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3167         </ul>
3168       </td>
3169       <td>
3170         <ul>
3171           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3172           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3173           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3174           <li>Feature group display state in XML</li>
3175           <li>Feature ordering in XML</li>
3176           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3177           <li>Stockholm alignment properties</li>
3178           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3179           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3180           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3181           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3182         </ul>
3183       </td>
3184
3185     </tr>
3186     <tr>
3187       <td>
3188         <div align="center">
3189           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3190         </div>
3191       </td>
3192       <td>
3193         <ul>
3194           <li>Non standard characters can be read and displayed
3195           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3196             applet via textbox
3197           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3198             name &amp; description
3199           <li>Preference setting to display sequence name in
3200             italics
3201           <li>Annotation file format extended to allow
3202             Sequence_groups to be defined
3203           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3204             specified in preferences
3205           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3206             sequences
3207         </ul>
3208       </td>
3209       <td>
3210         <ul>
3211           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3212             installed
3213           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3214           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3215         </ul>
3216       </td>
3217     </tr>
3218     <tr>
3219       <td>
3220         <div align="center">
3221           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3222         </div>
3223       </td>
3224       <td>
3225         <ul>
3226           <li>Multiple views on alignment
3227           <li>Sequence feature editing
3228           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3229           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3230           <li>Background dependent text colour
3231           <li>Right align sequence ids
3232           <li>User-defined lower case residue colours
3233           <li>Format Menu
3234           <li>Select Menu
3235           <li>Menu item accelerator keys
3236           <li>Control-V pastes to current alignment
3237           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3238           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3239           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3240
3241           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3242         </ul>
3243       </td>
3244       <td>
3245         <ul>
3246           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3247           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3248             calculations
3249           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3250             edits
3251           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3252             of alignment)
3253           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3254
3255           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3256             display correctly
3257           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3258           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3259             analysis results
3260           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3261             &#8739;
3262           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3263           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3264           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3265
3266         </ul>
3267       </td>
3268     </tr>
3269     <tr>
3270       <td>
3271         <div align="center">
3272           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3273         </div>
3274       </td>
3275       <td>
3276         <ul>
3277           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3278         </ul>
3279       </td>
3280       <td>
3281         <ul>
3282           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3283             sequence id panel has been resized</li>
3284           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3285             rendered</li>
3286           <li>Annotation files with sequence references - all
3287             elements in file are relative to sequence position</li>
3288           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3289         </ul>
3290       </td>
3291     </tr>
3292     <tr>
3293       <td>
3294         <div align="center">
3295           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3296         </div>
3297       </td>
3298       <td>
3299         <ul>
3300           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3301           <li>DAS Feature fetching</li>
3302           <li>Hide sequences and columns</li>
3303           <li>Export Annotations and Features</li>
3304           <li>GFF file reading / writing</li>
3305           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3306             files</li>
3307           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3308           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3309           <li>Applet can launch the full application</li>
3310           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3311             required)</li>
3312           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3313           <li>Applet can load sequences from parameter
3314             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3315           </li>
3316         </ul>
3317       </td>
3318       <td>
3319         <ul>
3320           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3321           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3322           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3323         </ul>
3324       </td>
3325     </tr>
3326     <tr>
3327       <td>
3328         <div align="center">
3329           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3330         </div>
3331       </td>
3332       <td>
3333         <ul>
3334           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3335           <li>Choose to match case when searching</li>
3336           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3337             expand the visible width and height of the alignment</li>
3338         </ul>
3339       </td>
3340       <td>
3341         <ul>
3342           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3343         </ul>
3344       </td>
3345     </tr>
3346     <tr>
3347       <td>
3348         <div align="center">
3349           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3350         </div>
3351       </td>
3352       <td>&nbsp;</td>
3353       <td>
3354         <ul>
3355           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3356           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3357             value</li>
3358         </ul>
3359       </td>
3360     </tr>
3361     <tr>
3362       <td>
3363         <div align="center">
3364           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3365         </div>
3366       </td>
3367       <td>
3368         <ul>
3369           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3370           <li>Keyboard editing</li>
3371           <li>Create sequence features from searches</li>
3372           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3373             alignments</li>
3374           <li>Features file allows grouping of features</li>
3375           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3376           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3377           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3378         </ul>
3379       </td>
3380       <td>
3381         <ul>
3382           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3383           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3384             descriptions saved.</li>
3385         </ul>
3386       </td>
3387     </tr>
3388     <tr>
3389       <td>
3390         <div align="center">
3391           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3392         </div>
3393       </td>
3394       <td>
3395         <ul>
3396           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3397           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3398           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3399             name for file output</li>
3400           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3401           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3402             used for HTML form input</li>
3403         </ul>
3404       </td>
3405       <td>
3406         <ul>
3407           <li>HTML output writes groups and features</li>
3408           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3409           <li>File IO bugs</li>
3410         </ul>
3411       </td>
3412     </tr>
3413     <tr>
3414       <td>
3415         <div align="center">
3416           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3417         </div>
3418       </td>
3419       <td>
3420         <ul>
3421           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3422           <li>More options for PCA viewer</li>
3423         </ul>
3424       </td>
3425       <td>
3426         <ul>
3427           <li>GUI bugs resolved</li>
3428           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3429         </ul>
3430       </td>
3431     </tr>
3432     <tr>
3433       <td height="63">
3434         <div align="center">
3435           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3436         </div>
3437       </td>
3438       <td>
3439         <ul>
3440           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3441           <li>Jar files are executable</li>
3442           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3443         </ul>
3444       </td>
3445       <td>
3446         <ul>
3447           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3448           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3449           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3450         </ul>
3451       </td>
3452     </tr>
3453     <tr>
3454       <td>
3455         <div align="center">
3456           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3457         </div>
3458       </td>
3459       <td>
3460         <ul>
3461           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3462         </ul>
3463       </td>
3464       <td>
3465         <ul>
3466           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3467         </ul>
3468       </td>
3469     </tr>
3470     <tr>
3471       <td>
3472         <div align="center">
3473           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3474         </div>
3475       </td>
3476       <td>
3477         <ul>
3478           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3479             size</li>
3480         </ul>
3481       </td>
3482       <td>
3483         <ul>
3484           <li>Improved JPred client reliability</li>
3485           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3486         </ul>
3487       </td>
3488     </tr>
3489     <tr>
3490       <td>
3491         <div align="center">
3492           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3493         </div>
3494       </td>
3495       <td>
3496         <ul>
3497           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3498           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3499           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3500             to Colour Menu</li>
3501           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3502           <li>Unix users can set default web browser</li>
3503           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3504           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3505         </ul>
3506       </td>
3507       <td>
3508         <ul>
3509           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3510         </ul>
3511       </td>
3512     </tr>
3513     <tr>
3514       <td>
3515         <div align="center">
3516           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3517         </div>
3518       </td>
3519       <td>&nbsp;</td>
3520       <td>
3521         <ul>
3522           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3523             alignment order.</li>
3524         </ul>
3525       </td>
3526     </tr>
3527     <tr>
3528       <td>
3529         <div align="center">
3530           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3531         </div>
3532       </td>
3533       <td>
3534         <ul>
3535           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3536           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3537           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3538             annotations.</li>
3539           <li>Version and build date written to build properties
3540             file.</li>
3541           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3542             at launch of Jalview.</li>
3543         </ul>
3544       </td>
3545       <td>
3546         <ul>
3547           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3548           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3549           <li>Can remove groups one by one.</li>
3550           <li>Filechooser icons installed.</li>
3551           <li>Finder ignores return character when searching.
3552             Return key will initiate a search.<br>
3553           </li>
3554         </ul>
3555       </td>
3556     </tr>
3557     <tr>
3558       <td>
3559         <div align="center">
3560           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3561         </div>
3562       </td>
3563       <td>
3564         <ul>
3565           <li>New codebase</li>
3566         </ul>
3567       </td>
3568       <td>&nbsp;</td>
3569     </tr>
3570   </table>
3571   <p>&nbsp;</p>
3572 </body>
3573 </html>