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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
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  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96           </ul>
  97           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  98           <em>Testing and Deployment</em>
  99           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 100           </div>
 101       </td>
 102       <td><div align="left">
 103           <em>General</em>
 104           <ul>
 105             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 106             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 107             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 108           </ul>
 109           <em>Desktop</em>
 110           <ul>
 111             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 112             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 113             </li>
 114             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 115             </li>
 116             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 117             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 118             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 119             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 120             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 121             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 122             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 123             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 124             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 125             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 126             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 127            </ul>
 128           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 129            <ul>
 130             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 131           </ul>
 132           </div>
 133       </td>
 134     </tr>
 135     <tr>
 136       <td width="60" nowrap>
 137         <div align="center">
 138           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 139             <em>2/10/2017</em></strong>
 140         </div>
 141       </td>
 142       <td><div align="left">
 143           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 144           <ul>
 145             <li>
 146               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 147             </li>
 148             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 149             </li>
 150           </ul>
 151         </div></td>
 152       <td><div align="left">
 153         </div></td>
 154     </tr>
 155     <tr>
 156       <td width="60" nowrap>
 157         <div align="center">
 158           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 159             <em>7/9/2017</em></strong>
 160         </div>
 161       </td>
 162       <td><div align="left">
 163           <em></em>
 164           <ul>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 167               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 168               white)
 169             </li>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 172               Preferences
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 176               in size and progress bar shown as higher resolution
 177               overview is recalculated
 178             </li>
 179
 180           </ul>
 181         </div></td>
 182       <td><div align="left">
 183           <em></em>
 184           <ul>
 185             <li>
 186               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 187               column region row by row
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 191               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 195               format setting is unticked
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 199               if group has show boxes format setting unticked
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 203               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 204               include sequences and columns not currently displayed
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 208               assemblies are imported via CIF file
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 212               displayed when threshold or conservation colouring is also
 213               enabled.
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 217               server version
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 221               dragging a selected region off the visible region of the
 222               alignment
 223             </li>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 226               colourscheme to all groups in a view
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 230               initially after font size change using the Font chooser or
 231               middle-mouse zoom
 232             </li>
 233           </ul>
 234         </div></td>
 235     </tr>
 236     <tr>
 237       <td width="60" nowrap>
 238         <div align="center">
 239           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 240         </div>
 241       </td>
 242       <td><div align="left">
 243           <em>Calculations</em>
 244           <ul>
 245
 246             <li>
 247               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 248               ungapped positions in each column of the alignment.
 249             </li>
 250             <li>
 251               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 252               a calculation dialog box
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 256               and memory efficiency (~30x faster)
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 260               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 261               and other calculations
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 265               files within the Jalview codebase
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 269               Similarity may have different topology due to increased
 270               precision
 271             </li>
 272           </ul>
 273           <em>Rendering</em>
 274           <ul>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 277               model for alignments and groups
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 281               scripts
 282             </li>
 283           </ul>
 284           <em>Overview</em>
 285           <ul>
 286             <li>
 287               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 288               with alignment and overview windows
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 292               overview
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 296               omitted in Overview
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 300               adjustment of visible position
 301             </li>
 302           </ul>
 303
 304           <em>Data import/export</em>
 305           <ul>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 308               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 312               annotation input/output via stockholm flatfile
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 316               extension when importing structure files without embedded
 317               names or PDB accessions
 318             </li>
 319             <li>
 320               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 321               format sequence substitution matrices
 322             </li>
 323           </ul>
 324           <em>User Interface</em>
 325           <ul>
 326             <li>
 327               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 328               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 329               the application.
 330             </li>
 331             <li>
 332               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 333               via Overview or sequence motif search operations
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 337               opened by double clicking gaps within sequence feature
 338               extent
 339             </li>
 340             <li>
 341               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 342               aligned positions were available to create a 3D structure
 343               superposition.
 344             </li>
 345           </ul>
 346           <em>3D Structure</em>
 347           <ul>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 350               coloured in linked structure views
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 354               file-based command exchange
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 358               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 359               structures are already available for sequences
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 363               the Jalview project rather than downloaded again when the
 364               project is reopened.
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 368               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 369               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 370                 Feature</strong>)
 371             </li>
 372           </ul>
 373           <em>Web Services</em>
 374           <ul>
 375             <li>
 376               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 380               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 381               Analysis services
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 385               cross-references provided by identifiers.org and the
 386               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 387             </li>
 388           </ul>
 389
 390           <em>Scripting</em>
 391           <ul>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 394               identifying file formats (instead of String constants)
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 398               efficiency when counting all displayed features (not
 399               backwards compatible with 2.10.1)
 400             </li>
 401           </ul>
 402           <em>Example files</em>
 403           <ul>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 406               included in the example feature file
 407             </li>
 408           </ul>
 409           <em>Documentation</em>
 410           <ul>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 413               with the built-in Java help viewer
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 417               sequence description' option
 418             </li>
 419           </ul>
 420           <em>Test Suite</em>
 421           <ul>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 424               Uniprot REST Free Text Search Client
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 431               during tests
 432             </li>
 433           </ul>
 434         </div></td>
 435       <td><div align="left">
 436           <em>Calculations</em>
 437           <ul>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 440               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 441               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 442             </li>
 443             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 444               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 445               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 446               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 447               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 448               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 449               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 450               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 451               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 452               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 453               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 454               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 455               // for 2.10.1 mode <br />
 456               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 457               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 458                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 459                 calculations (not recommended)</em></li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 462               scaling of branch lengths for trees computed using
 463               Sequence Feature Similarity.
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 467               generating output report when working with highly
 468               redundant alignments
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 472               right of selected region when gaps present on right-hand
 473               boundary
 474             </li>
 475           </ul>
 476           <em>User Interface</em>
 477           <ul>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 480               doesn't reselect a specific sequence's associated
 481               annotation after it was used for colouring a view
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 485               opened on a region of alignment without groups
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 489               of an alignment with overlapping groups
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 493               name and description match
 494             </li>
 495             <li>
 496               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 497               hidden regions results in incorrect hidden regions
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 501               changing colour does not apply Conservation slider value
 502               to all groups
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 506               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 510               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 514               gaps before start of features
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 518               restored to UI when feature colour is edited
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 522               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 526               as graduate feature colour settings are modified via the
 527               dialog box
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 531               when a group defined on the alignment is resized
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 535               wrapped view result in positional status updates
 536             </li>
 537
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 540               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 544               alignment included gapped columns
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 548               widgets don't permanently disappear
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 552               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 553               T-Coffee column reliability scores)
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 557               sequence feature on gaps only
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 561               button from a Find inherit previously defined feature type
 562               rather than the Find query string
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 566               exporting tree calculated in Jalview
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 570               and then revealing them reorders sequences on the
 571               alignment
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 575               doesn't update to reflect available set of groups after
 576               interactively adding or modifying features
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 580               Linux
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 584               only excluded gaps in current sequence and ignored
 585               selection.
 586             </li>
 587           </ul>
 588           <em>Rendering</em>
 589           <ul>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 592               erratically when hidden rows or columns are present
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 596               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 597               sequence colouring
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 601               colour and group colour menu for protein alignments
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 605               reflect currently selected view or group's shading
 606               thresholds
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 610               when rendered on overview and structures when opacity at
 611               100%
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 615               overview when features overlaid on alignment
 616             </li>
 617           </ul>
 618           <em>Data import/export</em>
 619           <ul>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 622               load
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 626               added after a sequence was imported are not written to
 627               Stockholm File
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 631               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 635               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 639               with lightGray or darkGray via features file (but can
 640               specify lightgray)
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 644               when alignment view imported from project
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 648               structure and sequences extracted from structure files
 649               imported via URL and viewed in Jmol
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 653               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 654               the project is loaded and the structure viewed
 655             </li>
 656           </ul>
 657           <em>Web Services</em>
 658           <ul>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 661               release of Ensembl v.88
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 665               appear enabled in Preferences->Connections
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 669               removed from console output
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 673               Ensembl by Peptide ID
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 677               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 678               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 679               due to 'null' string rather than empty string used for
 680               residues with no corresponding PDB mapping).
 681             </li>
 682           </ul>
 683           <em>Application UI</em>
 684           <ul>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 687               menu
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 691               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 692               new documentation and tooltips added)
 693             </li>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 696               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 700               new features are added to alignment
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 704               changes to feature colours via the Amend features dialog
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 708               edit graduated feature colour via amend features dialog
 709               box
 710             </li>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 713               selection menu changes colours of alignment views
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 717               from alignment calculation workers after alignment has
 718               been closed
 719             </li>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 722               groups now 'Create Group'
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 726               Create/Undefine group doesn't always work
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 730               shown again after pressing 'Cancel'
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 734               adjusts start position in wrap mode
 735             </li>
 736             <li>
 737               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 738               ambiguous amino acids
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 742               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 743               proteins
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 747               Defined' don't appear in Colours menu
 748             </li>
 749           </ul>
 750           <em>Applet</em>
 751           <ul>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 754               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 758               overview or linked structure view
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 762               work (since 2.8)
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 766               user-defined colourscheme doesn't restore original
 767               colourscheme
 768             </li>
 769           </ul>
 770           <em>Test Suite</em>
 771           <ul>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 774               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 778               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 779               problems with deep array comparison equality asserts in
 780               successive versions of TestNG
 781             </li>
 782             <li>
 783               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 784               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 785             </li>
 786           </ul>
 787           <em>New Known Issues</em>
 788           <ul>
 789             <li>
 790               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 791               phase after a sequence motif find operation
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 795               containing just upper and lower case letters are
 796               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 800               reliably from eggnog Ortholog database
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 804               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 805               to mark columns containing highlighted regions.
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 809               doesn't always add secondary structure annotation.
 810             </li>
 811           </ul>
 812         </div>
 813     <tr>
 814       <td width="60" nowrap>
 815         <div align="center">
 816           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 817         </div>
 818       </td>
 819       <td><div align="left">
 820           <em>General</em>
 821           <ul>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 824               for all consensus calculations
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 828               3rd Oct 2016)
 829             </li>
 830             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 831               for 2016-2017</li>
 832           </ul>
 833           <em>Application</em>
 834           <ul>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 837               set of database cross-references, sorted alphabetically
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 841               from database cross references. Users with custom links
 842               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 843                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 847               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 848               Chimera session
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 852               the Chimera it is connected to is shut down
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 856               columns menu item to mark columns containing highlighted
 857               regions (e.g. from structure selections or results of a
 858               Find operation)
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 862               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 863               MSAviewer
 864             </li>
 865           </ul>
 866         </div></td>
 867       <td>
 868         <div align="left">
 869           <em>General</em>
 870           <ul>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 873               are not coloured or thresholded according to percent
 874               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 878               hydrophobic
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 882               threshold, amino acid properties)
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 886               reported as mapped to residues in a structure file in the
 887               View Mapping report
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 891               could be added multiple times to a sequence
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 895               bond features shown as two highlighted residues rather
 896               than a range in linked structure views, and treated
 897               correctly when selecting and computing trees from features
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 901               cross-references are matched to database name regardless
 902               of case
 903             </li>
 904
 905           </ul>
 906           <em>Application</em>
 907           <ul>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 910               names without regular expressions also offer links from
 911               Sequence ID
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 915               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 916               update Jalview configuration
 917             </li>
 918             <li>
 919               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 920               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 924               files with similarly named sequences if dropped onto the
 925               alignment
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 929               entries where more chains exist in the PDB accession than
 930               are reported in the SIFTS file
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 934               the structure view when displayed with Chimera
 935             </li>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 938               panel's View->Show Chains submenu
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 942               work for wrapped alignment views
 943             </li>
 944             <li>
 945               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 946               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 950               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 951               first annotation row
 952             </li>
 953             <li>
 954               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 955               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 959               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 960             </li>
 961             <!-- JAL-2319 -->
 962             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 963             coordindate data
 964             </li>
 965           </ul>
 966           <!--           <em>New Known Issues</em>
 967           <ul>
 968             <li></li>
 969           </ul> -->
 970         </div>
 971       </td>
 972     </tr>
 973     <td width="60" nowrap>
 974       <div align="center">
 975         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 976           <em>25/10/2016</em></strong>
 977       </div>
 978     </td>
 979     <td><em>Application</em>
 980       <ul>
 981         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 982           view if structures already loaded</li>
 983         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 984           structure views</li>
 985       </ul></td>
 986     <td>
 987       <div align="left">
 988         <em>General</em>
 989         <ul>
 990           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 991             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 992           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 993             example sequences/projects/trees</li>
 994         </ul>
 995         <em>Application</em>
 996         <ul>
 997           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 998             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 999           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1000             without timeout for structures with multiple models or
1001             multiple sequences in alignment</li>
1002           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1003             PDB ID HEADER line</li>
1004           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1005             is performed</li>
1006           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1007             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1008           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1009           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1010             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1011             option</li>
1012           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1013             is created on the alignment</li>
1014           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1015             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1016             pop-up menu</li>
1017         </ul>
1018         <em>Build and deployment</em>
1019         <ul>
1020           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1021             tags</li>
1022         </ul>
1023         <em>New Known Issues</em>
1024         <ul>
1025           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1026             on Windows</li>
1027         </ul>
1028       </div>
1029     </td>
1030     </tr>
1031     <tr>
1032       <td width="60" nowrap>
1033         <div align="center">
1034           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1035         </div>
1036       </td>
1037       <td><em>General</em>
1038         <ul>
1039           <li>
1040             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1044             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1045             better PDB parsing.
1046           </li>
1047           <li>
1048             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1049             reference sequence
1050           </li>
1051           <li>
1052             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1053             mousing over sequence associated annotation
1054           </li>
1055           <li>
1056             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1057             for manual entry
1058           </li>
1059           <li>
1060             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1061             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1062             for each column
1063           </li>
1064           <li>
1065             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1066             showing or hiding columns containing a feature
1067           </li>
1068           <li>
1069             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1070             group and sequence associated annotation labels
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1074             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1075             dialogs
1076           </li>
1077
1078         </ul> <em>Application</em>
1079         <ul>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1082             gene/transcript view
1083           </li>
1084           <li>
1085             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1086             dialog
1087           </li>
1088           <li>
1089             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1090             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1094             Pfam sources to xfam.org
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1098           </li>
1099           <li>
1100             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1101             over sequences in Jalview
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1105             regions in ENA and EMBL
1106           </li>
1107           <li>
1108             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1109             for record retrieval via ENA rest API
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1113             complement operator
1114           </li>
1115           <li>
1116             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1117             groovy script execution
1118           </li>
1119           <li>
1120             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1121             alignment window's Calculate menu
1122           </li>
1123           <li>
1124             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1125             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1129             calculation workers from groovy scripts
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1133             Jalview projects
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1137             associations are now saved/restored from project
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1141             before sequence fetcher is opened
1142           </li>
1143           <li>
1144             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1145             database chooser opens a sequence fetcher
1146           </li>
1147           <li>
1148             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1149             the UniProt REST API
1150           </li>
1151           <li>
1152             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1153             the news reader opening
1154           </li>
1155           <li>
1156             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1157             querying stored in preferences
1158           </li>
1159           <li>
1160             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1161             search results
1162           </li>
1163           <li>
1164             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1165           </li>
1166           <li>
1167             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1168             menu for nucleotide sequences
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1172             and feature counts preserves alignment ordering (and
1173             debugged for complex feature sets).
1174           </li>
1175           <li>
1176             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1177             viewing structures with Jalview 2.10
1178           </li>
1179           <li>
1180             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1181             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1182             Ensembl Genomes REST API
1183           </li>
1184           <li>
1185             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1186             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1187             (Ensembl)
1188           </li>
1189           <li>
1190             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1191             sequences
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1195             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1196             data from external database records.
1197           </li>
1198           <li>
1199             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1200             efficient recovery of sequence coding and alignment
1201             annotation relationships.
1202           </li>
1203         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1204         <ul>
1205           <li>
1206             -- JAL---
1207           </li>
1208         </ul> --></td>
1209       <td>
1210         <div align="left">
1211           <em>General</em>
1212           <ul>
1213             <li>
1214               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1215               menu on OSX
1216             </li>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1219               includes graduated colourschemes
1220             </li>
1221             <li>
1222               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1223               working with big alignments and lots of hidden columns
1224             </li>
1225             <li>
1226               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1227               at right of alignment window
1228             </li>
1229             <li>
1230               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1231               contents
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1235               for DNA alignments
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1239               based tree calculation
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1243               unconserved enabled for group on alignment
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1247               set as reference
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1251               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1252               annotation
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1256               hidden columns present
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1260               user created annotation added to alignment
1261             </li>
1262             <li>
1263               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1264               '()' base pair annotation
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1268               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1269               Consensus
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1273               feature not working
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1277               beginning of sequence
1278             </li>
1279             <li>
1280               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1281               entry 3a6s
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1285               from a tree when t-coffee scores are shown
1286             </li>
1287             <li>
1288               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1289               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1290             </li>
1291             <li>
1292               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1293               some structures
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1297               to Clustal, PIR and PileUp output
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1301               not visible causes alignment window to repaint
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1305               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1306               scores associated with features and annotation rows
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1310               calculation should be case independent
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1314               columns
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1318               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1319               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1323               problems when reference sequence defined and 'show
1324               non-conserved' enabled
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1328               load even when Consensus calculation is disabled
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1332               alignment does nothing
1333             </li>
1334           </ul>
1335           <em>Application</em>
1336           <ul>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1339               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1340               yet fixed for El Capitan)
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1344               output when running on non-gb/us i18n platforms
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1348               hidden sequences as flat-file alignment
1349             </li>
1350             <li>
1351               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1352               launching Chimera
1353             </li>
1354             <li>
1355               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1356               (also hotfix for 2.9.0b2)
1357             </li>
1358             <li>
1359               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1360               reference sequence defined
1361             </li>
1362             <li>
1363               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1364               alignments and views when revealing hidden columns
1365             </li>
1366             <li>
1367               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1368               view in a cDNA/Protein splitframe
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1372               sequence from project when only one sequence is
1373               represented
1374             </li>
1375             <li>
1376               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1377               in Structure Chooser
1378             </li>
1379             <li>
1380               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1381               structure consensus didn't refresh annotation panel
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1385               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1389               dialogs format columns correctly, don't display array
1390               data, sort columns according to type
1391             </li>
1392             <li>
1393               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1394               file chooser is cancelled during an image export
1395             </li>
1396             <li>
1397               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1398               sequence name containing special characters
1399             </li>
1400             <li>
1401               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1402               case insensitive
1403             </li>
1404             <li>
1405               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1406               formatting don't wrap
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1410               truncated so L looks like I in consensus annotation
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1414               currently displayed features for the current selection or
1415               view
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1419               after fetching cross-references, and restoring from
1420               project
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1424               followed in the structure viewer
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1428               splitframe not restored from project
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1432               trailing end of protein alignment in transcript/product
1433               splitview when pad-gaps not enabled by default
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1437               is case dependent
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1441               article has been read (reopened issue due to
1442               internationalisation problems)
1443             </li>
1444             <li>
1445               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1446               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1447               cross-references
1448             </li>
1449
1450             <li>
1451               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1452               alignment as HTML
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1456               multiple structures are shown for one or more sequences.
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1460               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1461               is enabled.
1462             </li>
1463             <li>
1464               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1465               specific PDB id for sequence
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1469               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1470               columns' is disabled.
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1474               selects lowest rather than highest resolution structures
1475               for each sequence
1476             </li>
1477             <li>
1478               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1479               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1480             </li>
1481             <li>
1482               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1483               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1487               after clicking on it to create new annotation for a
1488               column.
1489             </li>
1490             <li>
1491               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1492               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1493             </li>
1494             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1495             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1496           </ul>
1497           <em>Applet</em>
1498           <ul>
1499             <li>
1500               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1501               hidden columns present before start of sequence
1502             </li>
1503             <li>
1504               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1505               (JSON jars)
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1509               sequences are hidden in applet
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1513               deployment on examples pages.
1514             </li>
1515           </ul>
1516         </div>
1517       </td>
1518     </tr>
1519     <tr>
1520       <td width="60" nowrap>
1521         <div align="center">
1522           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1523             <em>16/10/2015</em></strong>
1524         </div>
1525       </td>
1526       <td><em>General</em>
1527         <ul>
1528           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1529             jars</li>
1530         </ul></td>
1531       <td>
1532         <div align="left">
1533           <em>Application</em>
1534           <ul>
1535             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1536               shown when tree is partitioned</li>
1537             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1538               multiple cDNA/Protein split views</li>
1539           </ul>
1540         </div>
1541       </td>
1542     </tr>
1543     <tr>
1544       <td width="60" nowrap>
1545         <div align="center">
1546           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1547             <em>8/10/2015</em></strong>
1548         </div>
1549       </td>
1550       <td><em>General</em>
1551         <ul>
1552           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1553             2.9</li>
1554         </ul> <em>Application</em>
1555         <ul>
1556           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1557           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1558           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1559         </ul> <em>Applet</em>
1560         <ul>
1561           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1562         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1563         <ul>
1564           <li>
1565             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1566             suite
1567           </li>
1568         </ul></td>
1569       <td>
1570         <div align="left">
1571           <em>General</em>
1572           <ul>
1573             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1574               incorrect when sequence start > 1</li>
1575             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1576               documentation</li>
1577             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1578             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1579               loading a features file containing HTML tags in feature
1580               description</li>
1581
1582           </ul>
1583           <em>Application</em>
1584           <ul>
1585             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1586               reimport</li>
1587             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1588               with 'trim retrieved sequences'</li>
1589             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1590               deleting selected columns</li>
1591             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1592               JNLP templates for webstart launch</li>
1593             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1594               unreleased structures for download or viewing</li>
1595             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1596               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1597             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1598               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1599             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1600               recovered from jalview project</li>
1601             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1602               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1603               alignment view</li>
1604             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1605               color schemes from BioJSON</li>
1606           </ul>
1607           <em>Applet</em>
1608           <ul>
1609             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1610               frame</li>
1611             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1612           </ul>
1613         </div>
1614       </td>
1615     </tr>
1616     <tr>
1617       <td><div align="center">
1618           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1619         </div></td>
1620       <td><em>General</em>
1621         <ul>
1622           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1623             alignments:
1624             <ul>
1625               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1626                 and DNA alignment views</li>
1627               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1628                 cDNA alignment views</li>
1629               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1630                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1631               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1632                 protein sequences</li>
1633             </ul>
1634           </li>
1635           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1636           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1637             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1638           <li>New alignment annotation file statements for
1639             reference sequences and marking hidden columns</li>
1640           <li>Reference sequence based alignment shading to
1641             highlight variation</li>
1642           <li>Select or hide columns according to alignment
1643             annotation</li>
1644           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1645           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1646             acid conservation row</li>
1647           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1648         </ul> <em>Application</em>
1649         <ul>
1650           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1651             <ul>
1652               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1653                 view with cDNA/Protein</li>
1654               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1655                 sequences are placed in the same alignment</li>
1656               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1657                 projects</li>
1658             </ul>
1659           </li>
1660
1661           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1662           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1663             Jalview windows</li>
1664
1665           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1666           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1667           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1668             be shown in VARNA</li>
1669
1670           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1671             as the active selected region</li>
1672
1673           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1674             similarity</li>
1675           <li>New Export options
1676             <ul>
1677               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1678                 region export in flat file generation</li>
1679
1680               <li>Export alignment views for display with the <a
1681                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1682
1683               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1684               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1685                 alignment figures to HTML</li>
1686           </li>
1687           <li>3D structure retrieval and display
1688             <ul>
1689               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1690                 Search API</li>
1691               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1692                 PDB structures for a sequence set</li>
1693             </ul>
1694           </li>
1695
1696           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1697             predictions</li>
1698           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1699             for one or a group of sequences</li>
1700           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1701             from the JPred4 web server</li>
1702           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1703             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1704             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1705           </li>
1706           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1707             VARNA 2D Structure'</li>
1708           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1709             Structure ..."</li>
1710
1711         </ul> <em>Applet</em>
1712         <ul>
1713           <li>New layout for applet example pages</li>
1714           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1715             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1716           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1717             Protein alignments</li>
1718         </ul> <em>Development and deployment</em>
1719         <ul>
1720           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1721           <li>Include installation type and git revision in build
1722             properties and console log output</li>
1723           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1724             storing BioJsMSA Templates</li>
1725           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1726         </ul></td>
1727       <td>
1728         <!-- <em>General</em>
1729         <ul>
1730         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1731         <ul>
1732           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1733           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1734           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1735             predictions are not highlighted in amber</li>
1736           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1737             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1738           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1739             associated structure views</li>
1740           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1741             width checkbox not enabled</li>
1742           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1743             creating user defined colours</li>
1744           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1745             mappings for just that viewer's sequences</li>
1746           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1747             multiple models in Chimera</li>
1748           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1749             over Jmol structure</li>
1750           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1751             output to text box</li>
1752           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1753             have incorrect sequence start/end</li>
1754           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1755             Jalview fails</li>
1756           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1757             work for nucleotide</li>
1758           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1759             to a grey/invisible alignment window</li>
1760           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1761             imports to different position</li>
1762           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1763             on some platforms</li>
1764           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1765             populated</li>
1766           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1767             console if Chimera has been opened</li>
1768           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1769           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1770             retrieved</li>
1771           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1772           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1773             either sequence shows on first structure</li>
1774           <li>'Show annotations' options should not make
1775             non-positional annotations visible</li>
1776           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1777             in right place after 'view flanking regions'</li>
1778           <li>File Save As type unset when current file format is
1779             unknown</li>
1780           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1781             projects</li>
1782           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1783             responsive</li>
1784           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1785             several views on same alignment</li>
1786           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1787           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1788             spaces</li>
1789         </ul> <em>Applet</em>
1790         <ul>
1791           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1792           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1793             descriptions containing angle brackets</li>
1794         </ul> <em>General</em>
1795         <ul>
1796           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1797             via jalview annotation file</li>
1798           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1799             with RNA secondary structure</li>
1800           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1801             translation doesn't work.</li>
1802           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1803           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1804             positions</li>
1805           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1806             choosing 1pt font</li>
1807           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1808             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1809             'h'</li>
1810           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1811             new feature</li>
1812           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1813             order dependent</li>
1814           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1815             sequences</li>
1816           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1817         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1818         <ul>
1819           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1820             www.jalview.org</li>
1821         </ul> <em>Application Known issues</em>
1822         <ul>
1823           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1824           <li>Misleading message appears after trying to delete
1825             solid column.</li>
1826           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1827             version launches</li>
1828           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1829             fails with a sequence mismatch</li>
1830           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1831             scrolling alignment to right</li>
1832           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1833             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1834           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1835             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1836           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1837             ultra-high resolution</li>
1838           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1839             quality and conservation</li>
1840           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1841             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1842         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1843         <ul>
1844           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1845           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1846             window is being resized</li>
1847
1848         </ul>
1849       </td>
1850     </tr>
1851     <tr>
1852       <td><div align="center">
1853           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1854         </div></td>
1855       <td><em>General</em>
1856         <ul>
1857           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1858             Certum.PL.</li>
1859           <li>Features and annotation preserved when performing
1860             pairwise alignment</li>
1861           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1862             imported/exported/displayed</li>
1863           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1864             protein secondary structure</li>
1865           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1866               post-hoc with 2.9 release</em>)
1867           </li>
1868
1869         </ul> <em>Application</em>
1870         <ul>
1871           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1872             with 3D structures</li>
1873           <li>Support for parsing RNAML</li>
1874           <li>Annotations menu for layout
1875             <ul>
1876               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1877               <li>place sequence annotation above/below alignment
1878                 annotation</li>
1879             </ul>
1880           <li>Output in Stockholm format</li>
1881           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1882             translation</li>
1883           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1884           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1885             shared between alignments</li>
1886           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1887             Jalview</li>
1888           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1889             all or current selection</li>
1890           <li>disorder and secondary structure predictions
1891             available as dataset annotation</li>
1892           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1893
1894
1895           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1896             alignments from Rfam</li>
1897           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1898
1899           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1900             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1901           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1902           <li>include installation type in build properties and
1903             console log output</li>
1904           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1905             annotation</li>
1906         </ul></td>
1907       <td>
1908         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1909         <ul>
1910           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1911             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1912           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1913             alignment</li>
1914           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1915           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1916           <li>Double click on sequence associated annotation
1917             selects only first column</li>
1918           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1919             leaves shown in tree</li>
1920           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1921             properly</li>
1922           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1923           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1924             screen and buttons not visible</li>
1925           <li>author list isn't updated if already written to
1926             Jalview properties</li>
1927           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1928             from database</li>
1929           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1930           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1931             browser search window</li>
1932           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1933             in feature settings dialog</li>
1934           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1935             desktop</li>
1936           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1937             pass validation</li>
1938           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1939             fit on screen</li>
1940           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1941             tooltip</li>
1942           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1943             defined user preset</li>
1944           <li>MSA web services warns user if they were launched
1945             with invalid input</li>
1946           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1947             Java 8</li>
1948           <li>
1949             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1950             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1951             created
1952           </li>
1953
1954         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1955         <ul>
1956         </ul> <em>General</em>
1957         <ul>
1958         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1959         <ul>
1960           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1961             memory allocation</li>
1962           <li>launchApp service doesn't automatically open
1963             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1964           <li>
1965             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1966             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1967             1.7_055 is available
1968           </li>
1969         </ul> <em>Application Known issues</em>
1970         <ul>
1971           <li>
1972             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1973             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1974             alignment to right
1975           </li>
1976           <li>
1977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1978             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1979             with large number of ID
1980           </li>
1981           <li>
1982             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1983             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1984             start/end
1985           </li>
1986           <li>
1987             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1988             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1989             structure tracks are rearranged
1990           </li>
1991           <li>
1992             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1993             invalid rna structure positional highlighting does not
1994             highlight position of invalid base pairs
1995           </li>
1996           <li>
1997             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1998             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1999             project from alignment window file menu
2000           </li>
2001           <li>
2002             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2003             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2004             structures
2005           </li>
2006           <li>
2007             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2008             colour by RNA Helices not enabled when user created
2009             annotation added to alignment
2010           </li>
2011           <li>
2012             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2013             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2014           </li>
2015         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2016         <ul>
2017           <li>
2018             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2019             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2020           </li>
2021           <li>
2022             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2023             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2024           </li>
2025
2026           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2027             when selected</li>
2028         </ul>
2029       </td>
2030     </tr>
2031     <tr>
2032       <td><div align="center">
2033           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2034         </div></td>
2035       <td>
2036         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2037         <em>General</em>
2038         <ul>
2039           <li>Internationalisation of user interface (usually
2040             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2041           <li>Define/Undefine group on current selection with
2042             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2043           <li>Improved group creation/removal options in
2044             alignment/sequence Popup menu</li>
2045           <li>Sensible precision for symbol distribution
2046             percentages shown in logo tooltip.</li>
2047           <li>Annotation panel height set according to amount of
2048             annotation when alignment first opened</li>
2049         </ul> <em>Application</em>
2050         <ul>
2051           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2052             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2053           <li>Select columns containing particular features from
2054             Feature Settings dialog</li>
2055           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2056             sequences</li>
2057           <li>Update Jalview project format:
2058             <ul>
2059               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2060               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2061                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2062               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2063                 colouring</li>
2064             </ul>
2065           </li>
2066           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2067             (PAM250)</li>
2068           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2069             flanking regions for an alignment</li>
2070         </ul>
2071       </td>
2072       <td>
2073         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2074         <ul>
2075           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2076             running after job is cancelled</li>
2077           <li>cannot export features from alignments imported from
2078             Jalview/VAMSAS projects</li>
2079           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2080             float values</li>
2081           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2082             have 'display all symbols' flag set</li>
2083           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2084             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2085           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2086             Jalview</li>
2087           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2088             Lion/Webstart</li>
2089           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2090           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2091           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2092             alignment onto desktop</li>
2093           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2094             'extract scores' function</li>
2095           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2096             alignment window</li>
2097           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2098             performing IUPred disorder prediction</li>
2099           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2100             changing 'normalise logo' display setting</li>
2101           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2102             nothing matches query</li>
2103           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2104             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2105           </li>
2106           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2107             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2108           </li>
2109           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2110             Jalview's menu</li>
2111           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2112             'invalid literal/length code'</li>
2113           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2114             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2115           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2116             colourscheme</li>
2117
2118         </ul> <em>Applet</em>
2119         <ul>
2120           <li>Remove group option is shown even when selection is
2121             not a group</li>
2122           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2123             don't affect groups</li>
2124           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2125             colourscheme name</li>
2126           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2127             Annotation panel is not displayed</li>
2128           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2129             embedded windows</li>
2130         </ul> <em>Other</em>
2131         <ul>
2132           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2133             single sequence were not calculated</li>
2134           <li>annotation files that contain only groups imported as
2135             annotation and junk sequences</li>
2136           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2137             recognised as PFAM or BLC</li>
2138           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2139             doesn't affect background (2.8.0b1)
2140           <li></li>
2141           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2142           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2143             trailing gaps</li>
2144           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2145             registered correctly on import</li>
2146           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2147             certain alignments</li>
2148           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2149             existing annotation based 'use original colours'
2150             colourscheme loses original colours setting</li>
2151         </ul>
2152       </td>
2153     </tr>
2154     <tr>
2155       <td><div align="center">
2156           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2157             <em>30/1/2014</em></strong>
2158         </div></td>
2159       <td>
2160         <ul>
2161           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2162             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2163             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2164             open source project).
2165           </li>
2166           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2167           <li>Output in Stockholm format</li>
2168           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2169           <li>Export/import group and sequence associated line
2170             graph thresholds</li>
2171           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2172             ambiguity codes</li>
2173           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2174             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2175             works</li>
2176           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2177         </ul> <em>Other improvements</em>
2178         <ul>
2179           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2180           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2181             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2182           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2183             files</li>
2184           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2185           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2186             link but no description</li>
2187           <li>Select primary source when selecting authority in
2188             database fetcher GUI</li>
2189           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2190             Jalview</li>
2191           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2192         </ul>
2193       </td>
2194       <td>
2195         <ul>
2196           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2197             displayed</li>
2198           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2199             secondary structure annotation line</li>
2200           <li>Sequence database accessions not imported when
2201             fetching alignments from Rfam</li>
2202           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2203             identical IDs</li>
2204           <li>View all structures does not always superpose
2205             structures</li>
2206           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2207             reflect user or preset settings</li>
2208           <li>Null pointer exceptions for some services without
2209             presets or adjustable parameters</li>
2210           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2211             discover PDB xRefs</li>
2212           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2213             features with DAS</li>
2214           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2215             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2216           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2217             residue follows a gap</li>
2218           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2219             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2220           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2221             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2222           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2223             annotation already exists on alignment</li>
2224           <li>oninit javascript function should be called after
2225             initialisation completes</li>
2226           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2227             alignment window display</li>
2228           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2229           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2230             to annotation file</li>
2231           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2232             groups created</li>
2233           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2234             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2235           <li>Pressing return several times causes Number Format
2236             exceptions in keyboard mode</li>
2237           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2238             correct partitions for input data</li>
2239           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2240           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2241           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2242           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2243             mode</li>
2244           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2245             changes one row&#39;s threshold</li>
2246           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2247             doesn&#39;t open</li>
2248           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2249             quality histograms</li>
2250         </ul>
2251       </td>
2252     </tr>
2253     <tr>
2254       <td><div align="center">
2255           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2256         </div></td>
2257       <td><em>Application</em>
2258         <ul>
2259           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2260             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2261           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2262             preferences</li>
2263           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2264             in Jalview alignment window</li>
2265           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2266             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2267           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2268             RNA and ambiguity codes</li>
2269
2270           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2271           <li>Support fetching and database reference look up
2272             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2273             refs')</li>
2274           <li>Jalview project improvements
2275             <ul>
2276               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2277                 flag for annotation</li>
2278               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2279                 alignment</li>
2280               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2281                 Jalview project</li>
2282
2283             </ul>
2284           </li>
2285           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2286           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2287             running</li>
2288           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2289           <li>visual indication that web service results are still
2290             being retrieved from server</li>
2291           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2292             starts up for first time</li>
2293           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2294             services</li>
2295           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2296             client library</li>
2297           <li>Examples directory and Groovy library included in
2298             InstallAnywhere distribution</li>
2299         </ul> <em>Applet</em>
2300         <ul>
2301           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2302             visualization applet example</li>
2303         </ul> <em>General</em>
2304         <ul>
2305           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2306           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2307             defaults</li>
2308           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2309             calculation</li>
2310           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2311             matrices
2312           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2313             in HTML</li>
2314           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2315             structure contacts</li>
2316           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2317           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2318           <li>Parse sequence associated secondary structure
2319             information in Stockholm files</li>
2320           <li>HTML Export database accessions and annotation
2321             information presented in tooltip for sequences</li>
2322           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2323             style RNA alignment files</li>
2324           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2325             alignment</li>
2326           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2327             shade each sequence according to its associated alignment
2328             annotation</li>
2329           <li>New Jalview Logo</li>
2330         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2331         <ul>
2332           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2333           <li>New Website!</li>
2334         </ul></td>
2335       <td><em>Application</em>
2336         <ul>
2337           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2338             wsdbfetch REST service</li>
2339           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2340           <li>Filetype associations not installed for webstart
2341             launch</li>
2342           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2343             job execution in full once it is complete</li>
2344           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2345             uploaded via ali_file parameter</li>
2346           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2347           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2348           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2349             submitted for prediction</li>
2350           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2351             desktop window</li>
2352           <li>Putting fractional value into integer text box in
2353             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2354           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2355             windows 7</li>
2356           <li>View all structures fails with exception shown in
2357             structure view</li>
2358           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2359             escaped in a platform independent way</li>
2360           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2361             using proxy</li>
2362           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2363             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2364           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2365             failure when java web start temporary file caching is
2366             disabled</li>
2367           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2368             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2369           <li>Errors during processing of command line arguments
2370             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2371           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2372             DAS sources in sequence fetcher</li>
2373           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2374             dialog is shown</li>
2375           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2376           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2377           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2378           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2379             on OSX Mountain Lion</li>
2380           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2381             sequences with alignment annotation are pasted into the
2382             alignment</li>
2383           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2384             when loaded from Jalview project</li>
2385           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2386           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2387             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2388           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2389             associated with all views</li>
2390           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2391             annotation rows to new window</li>
2392         </ul> <em>Applet</em>
2393         <ul>
2394           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2395             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2396           <li>loading features via javascript API automatically
2397             enables feature display</li>
2398           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2399             work</li>
2400         </ul> <em>General</em>
2401         <ul>
2402           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2403           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2404             and then deselected</li>
2405           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2406           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2407             coloured with clustalx</li>
2408           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2409             exceptions and redraw errors</li>
2410           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2411             reconfigured view</li>
2412           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2413             colour</li>
2414           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2415             for lots of labels</li>
2416         </ul>
2417     </tr>
2418     <tr>
2419       <td>
2420         <div align="center">
2421           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2422         </div>
2423       </td>
2424       <td><em>Application</em>
2425         <ul>
2426           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2427           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2428           <li>View/alignment association menu to enable user to
2429             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2430             its colours/correspondences from</li>
2431           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2432           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2433             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2434           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2435           <li>Annotation row column label formatting attributes
2436             stored in project file</li>
2437           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2438             rows preserved in Jalview project file</li>
2439           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2440             saved using Desktop window menu</li>
2441           <li>Visual indication that command line arguments are
2442             still being processed</li>
2443           <li>Groovy script execution from URL</li>
2444           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2445             preferences</li>
2446           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2447             alignment with sequences that have high similarity and
2448             matching IDs</li>
2449           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2450           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2451             structures in same window</li>
2452           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2453           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2454             analysis function in its own submenu</li>
2455         </ul> <em>Applet</em>
2456         <ul>
2457           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2458             groups</li>
2459           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2460           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2461           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2462           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2463           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2464             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2465           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2466           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2467             parameters are treated as such</li>
2468           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2469             <ul>
2470               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2471               <li>Javascript callbacks for
2472                 <ul>
2473                   <li>Applet initialisation</li>
2474                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2475                 </ul>
2476               </li>
2477               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2478                 functions</li>
2479               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2480               <li>javascript structure viewer harness to pass
2481                 messages between Jmol and Jalview when running as
2482                 distinct applets</li>
2483               <li>sortBy method</li>
2484               <li>Set of applet and application examples shipped
2485                 with documentation</li>
2486               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2487                 javascript message exchange</li>
2488             </ul>
2489         </ul> <em>General</em>
2490         <ul>
2491           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2492             multiple alignments</li>
2493           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2494           <li>User configurable link to enable redirects to a
2495             www.Jalview.org mirror</li>
2496           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2497           <li>Configurable newline string when writing alignment
2498             and other flat files</li>
2499           <li>Allow alignment annotation description lines to
2500             contain html tags</li>
2501         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2502         <ul>
2503           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2504             examples</li>
2505           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2506             using a web service before displaying the result in the
2507             Jalview desktop</li>
2508           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2509           <li>Ant target to publish example html files with applet
2510             archive</li>
2511           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2512           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2513         </ul></td>
2514       <td><em>Application</em>
2515         <ul>
2516           <li>User defined colourscheme throws exception when
2517             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2518           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2519             dialog for valid filename/format</li>
2520           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2521           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2522             P37173</li>
2523           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2524             which sequence is to be associated with the file</li>
2525           <li>Find All raises null pointer exception when query
2526             only matches sequence IDs</li>
2527           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2528           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2529             2.4 cannot be loaded</li>
2530           <li>Filetype associations not installed for webstart
2531             launch</li>
2532           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2533             with sequences in different alignments do not get coloured
2534             by their associated sequence</li>
2535           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2536             not preserved when project is loaded</li>
2537           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2538             stored in Jalview project</li>
2539           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2540             Jalview project</li>
2541           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2542           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2543             by conservation</li>
2544           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2545             created on new view</li>
2546           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2547             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2548           <li>Alignment quality not updated after alignment
2549             annotation row is hidden then shown</li>
2550           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2551             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2552           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2553             properly</li>
2554           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2555             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2556           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2557           <li>Structures imported from file and saved in project
2558             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2559           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2560             job execution in full once it is complete</li>
2561         </ul> <em>Applet</em>
2562         <ul>
2563           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2564             annotation rows are displayed</li>
2565           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2566             codebase</li>
2567           <li>View follows highlighting does not work for positions
2568             in sequences</li>
2569           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2570           <li>Export features raises exception when no features
2571             exist</li>
2572           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2573             for javascript api is modified when separator string
2574             provided as parameter</li>
2575           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2576             alignment with no existing selection</li>
2577           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2578             to applet&#39;s codebase</li>
2579           <li>Status bar not updated after finished searching and
2580             search wraps around to first result</li>
2581           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2582             several Jalview applets causes race conditions and memory
2583             leaks</li>
2584           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2585             not sent from Jmol in applet</li>
2586           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2587             applet API fatally hang browser</li>
2588         </ul> <em>General</em>
2589         <ul>
2590           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2591             position with wrapped view and hidden regions</li>
2592           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2593             with/without hidden columns</li>
2594           <li>Sequence length given in alignment properties window
2595             is off by 1</li>
2596           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2597             import PDB like structure files</li>
2598           <li>Positional search results are only highlighted
2599             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2600           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2601           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2602             given sequence position</li>
2603           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2604             output</li>
2605           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2606             from nucleotide chains correctly</li>
2607           <li>Structure colours not updated when tree partition
2608             changed in alignment</li>
2609           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2610             parsed in interleaved stockholm</li>
2611           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2612             state</li>
2613           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2614             properly</li>
2615           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2616             properly associated with their pdb files</li>
2617         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2618         <ul>
2619           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2620             ApplyCopyright tool</li>
2621         </ul></td>
2622     </tr>
2623     <tr>
2624       <td>
2625         <div align="center">
2626           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2627         </div>
2628       </td>
2629       <td><em>Application</em>
2630         <ul>
2631           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2632             contact web services</li>
2633           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2634             service job window</li>
2635           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2636         </ul></td>
2637       <td>
2638         <ul>
2639           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2640             pir file emitted by Jalview</li>
2641           <li>Existing feature settings transferred to new
2642             alignment view created from cut'n'paste</li>
2643           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2644             parsing PDB files</li>
2645           <li>Consensus and conservation annotation rows
2646             occasionally become blank for all new windows</li>
2647           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2648             in wrapped view mode</li>
2649         </ul> <em>Application</em>
2650         <ul>
2651           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2652             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2653           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2654             parameter names</li>
2655           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2656             is down</li>
2657         </ul>
2658       </td>
2659     </tr>
2660     <tr>
2661       <td>
2662         <div align="center">
2663           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2664         </div>
2665       </td>
2666       <td><em>Application</em>
2667         <ul>
2668           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2669             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2670             (JABAWS)
2671           </li>
2672           <li>Web Services preference tab</li>
2673           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2674             preferences</li>
2675           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2676           <li>Superpose structures using associated sequence
2677             alignment</li>
2678           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2679             viewer</li>
2680         </ul> <em>Applet</em>
2681         <ul>
2682           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2683             link out mechanism</li>
2684         </ul> <em>Other</em>
2685         <ul>
2686           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2687             series 12</li>
2688           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2689             require Java 1.5</li>
2690           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2691             sequence annotation files</li>
2692           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2693             type colour specification</li>
2694           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2695             script to check if it being run in an interactive session or
2696             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2697         </ul></td>
2698       <td>
2699         <ul>
2700           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2701             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2702         </ul> <em>Application</em>
2703         <ul>
2704           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2705             selected Regions menu item</li>
2706           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2707             part of a valid accession ID</li>
2708           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2709             runs out of memory</li>
2710           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2711             analysis results</li>
2712           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2713             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2714           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2715         </ul> <em>Applet</em>
2716         <ul>
2717           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2718             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2719             defined.</li>
2720         </ul>
2721       </td>
2722     </tr>
2723     <tr>
2724       <td>
2725         <div align="center">
2726           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2727         </div>
2728       </td>
2729       <td></td>
2730       <td>
2731         <ul>
2732           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2733             sequence IDs</li>
2734           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2735             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2736           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2737             import correctly</li>
2738           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2739             number of columns are hidden</li>
2740           <li>annotation label popup menu not providing correct
2741             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2742             present</li>
2743           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2744             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2745           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2746             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2747
2748         </ul> <em>Applet</em>
2749         <ul>
2750           <li>annotation panel disappears when annotation is
2751             hidden/removed</li>
2752         </ul> <em>Application</em>
2753         <ul>
2754           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2755             alignment opened where annotation panel is visible but no
2756             annotations are present on alignment</li>
2757           <li>pasted region containing hidden columns is
2758             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2759           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2760             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2761           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2762             selected Rregions menu item.</li>
2763           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2764             'Un' or 'Non'conserved</li>
2765           <li>Sequence feature settings are being shared by
2766             multiple distinct alignments</li>
2767           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2768             changed</li>
2769           <li>double click on group annotation to select sequences
2770             does not propagate to associated trees</li>
2771           <li>Mac OSX specific issues:
2772             <ul>
2773               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2774                 window background</li>
2775               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2776                 name set correctly</li>
2777               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2778                 save feature colourscheme button</li>
2779             </ul>
2780           </li>
2781         </ul>
2782       </td>
2783     </tr>
2784     <tr>
2785
2786       <td>
2787         <div align="center">
2788           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2789         </div>
2790       </td>
2791       <td><em>New Capabilities</em>
2792         <ul>
2793           <li>URL links generated from description line for
2794             regular-expression based URL links (applet and application)
2795
2796           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2797             menu</li>
2798           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2799             structures</li>
2800           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2801             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2802           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2803             average score or total feature count for each sequence.</li>
2804           <li>Shading features by score or associated description</li>
2805           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2806             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2807           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2808             hide everything but the currently selected region.</li>
2809           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2810         </ul> <em>Application</em>
2811         <ul>
2812           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2813             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2814           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2815             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2816           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2817             database references and protein_name is parsed as
2818             description line (BioSapiens terms).</li>
2819           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2820             references in sequence ID tooltip from View menu in
2821             application.</li>
2822           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2823       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2824           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2825             conservation plots</li>
2826           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2827             and visualized as sequence logos</li>
2828           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2829             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2830           </li>
2831           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2832             when a new tree is opened.</li>
2833           <li>Jalview Java Console</li>
2834           <li>Better placement of desktop window when moving
2835             between different screens.</li>
2836           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2837             consensus annotation</li>
2838           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2839             Workflows</li>
2840           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2841             <ul>
2842               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2843                 used to preserve views, structures, and tree display
2844                 settings)</li>
2845               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2846                 command line</li>
2847               <li>Sharing of selected regions between views and
2848                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2849               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2850             </ul></li>
2851         </ul> <em>Applet</em>
2852         <ul>
2853           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2854           <li>New Parameters
2855             <ul>
2856               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2857                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2858                 opened.</li>
2859               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2860                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2861               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2862                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2863               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2864                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2865                 view</li>
2866               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2867                 increase the height or width of a cell in the alignment
2868                 grid relative to the current font size.</li>
2869             </ul>
2870           </li>
2871           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2872             tooltip</li>
2873         </ul> <em>Other</em>
2874         <ul>
2875           <li>Features format: graduated colour definitions and
2876             specification of feature scores</li>
2877           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2878             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2879             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2880           <li>XML formats extended to support graduated feature
2881             colourschemes, group associated annotation, and profile
2882             visualization settings.</li></td>
2883       <td>
2884         <ul>
2885           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2886             rather than description</li>
2887           <li>Non-positional features are now included in sequence
2888             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2889             visibility in tooltip).</li>
2890           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2891           <li>Added URL embedding instructions to features file
2892             documentation.</li>
2893           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2894             'X' in peptide product</li>
2895           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2896             sequence ID and sequence string and query strings do not
2897             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2898           <li>AMSA files only contain first column of
2899             multi-character column annotation labels</li>
2900           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2901             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2902             exported and re-imported)</li>
2903           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2904             name</li>
2905           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2906             as subsequence matches, and correctly reports total number
2907             of both.</li>
2908           <li>Application:
2909             <ul>
2910               <li>Better handling of exceptions during sequence
2911                 retrieval</li>
2912               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2913                 link text excludes the start_end suffix</li>
2914               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2915                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2916               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2917               <li>Sequence description lines properly shared via
2918                 VAMSAS</li>
2919               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2920                 data sources</li>
2921               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2922                 completes before alignment figures are generated.</li>
2923               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2924                 first time.</li>
2925               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2926                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2927               <li>User defined group colours properly recovered
2928                 from Jalview projects.</li>
2929             </ul>
2930           </li>
2931         </ul>
2932       </td>
2933
2934     </tr>
2935     <tr>
2936       <td>
2937         <div align="center">
2938           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2939         </div>
2940       </td>
2941       <td>
2942         <ul>
2943           <li>Experimental support for google analytics usage
2944             tracking.</li>
2945           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2946         </ul>
2947       </td>
2948       <td>
2949         <ul>
2950           <li>Race condition in applet preventing startup in
2951             jre1.6.0u12+.</li>
2952           <li>Exception when feature created from selection beyond
2953             length of sequence.</li>
2954           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2955           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2956             all sequences with a given id</li>
2957           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2958             ID string searches</li>
2959           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2960             alignment to fail with exception</li>
2961         </ul> <em>Application Issues</em>
2962         <ul>
2963           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2964           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2965             data sources</li>
2966         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2967         <ul>
2968           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2969             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2970           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2971             version (java class versioning error fixed)</li>
2972         </ul>
2973       </td>
2974     </tr>
2975     <tr>
2976       <td>
2977
2978         <div align="center">
2979           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2980         </div>
2981       </td>
2982       <td><em>User Interface</em>
2983         <ul>
2984           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2985             translation and protein products</li>
2986           <li>Linked highlighting of structure associated with
2987             residue mapping to codon position</li>
2988           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2989             and 'clear' button</li>
2990           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2991             Tools menu</li>
2992           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2993             numeric data in description line</li>
2994           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2995           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2996             of sequence</li>
2997         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2998         <ul>
2999           <li>JPred3 web service</li>
3000           <li>Prototype sequence search client (no public services
3001             available yet)</li>
3002           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3003             PFAM</li>
3004           <li>URL Links created for matching database cross
3005             references as well as sequence ID</li>
3006           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3007         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3008         <ul>
3009           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3010             databases</li>
3011           <li>Generalised database reference retrieval and
3012             validation to all fetchable databases</li>
3013           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3014             sequence command</li>
3015         </ul> <em>Import and Export</em>
3016         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3017         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3018           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3019         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3020           File</li>
3021         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3022           triplet as name of colourscheme</li>
3023         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3024         <ul>
3025           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3026           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3027             alignments (experimental)</li>
3028           <li>Create new or select existing session to join</li>
3029           <li>load and save of vamsas documents</li>
3030         </ul> <em>Application command line</em>
3031         <ul>
3032           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3033             from applet)</li>
3034           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3035             of DAS servers to query for alignment features</li>
3036           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3037             that are also automatically queried for features</li>
3038           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3039             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3040         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3041         <ul>
3042           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3043             application (when using &quot;View in full
3044             application&quot;)</li>
3045         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3046         <ul>
3047           <li>feature group display control parameter</li>
3048           <li>debug parameter</li>
3049           <li>showbutton parameter</li>
3050         </ul> <em>Applet API methods</em>
3051         <ul>
3052           <li>newView public method</li>
3053           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3054           <li>Feature display control methods</li>
3055           <li>get list of currently selected sequences</li>
3056         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3057         <ul>
3058           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3059           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3060             Jalview release.</li>
3061           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3062             property controls execution of obfuscator</li>
3063           <li>Build target for generating source distribution</li>
3064           <li>Debug flag for javacc</li>
3065           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3066             jalview.bin.Cache</li>
3067           <li>Continuous Build Integration for stable and
3068             development version of Application, Applet and source
3069             distribution</li>
3070         </ul></td>
3071       <td>
3072         <ul>
3073           <li>selected region output includes visible annotations
3074             (for certain formats)</li>
3075           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3076             for editing</li>
3077           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3078           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3079           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3080           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3081             comments</li>
3082           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3083             filenames containing a ':'</li>
3084           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3085             global sequence features</li>
3086           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3087             references from alignment sequences goes to zero</li>
3088           <li>Close of tree branch colour box without colour
3089             selection causes cascading exceptions</li>
3090           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3091           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3092             file parsing fails.</li>
3093           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3094           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3095             not a valid output format</li>
3096           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3097             vamsas</li>
3098           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3099           <li>error messages passed up and output when data read
3100             fails</li>
3101           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3102             sequence is edited</li>
3103           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3104             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3105           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3106             filetype</li>
3107           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3108             import fixed for PFAM records</li>
3109           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3110             window list</li>
3111           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3112             can be read and written correctly to annotation file</li>
3113           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3114             correctly</li>
3115           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3116             non-italic font for representatives in Applet</li>
3117           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3118             Macs.</li>
3119           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3120             Applet)</li>
3121           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3122             due to null pointer exceptions</li>
3123           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3124             first column of alignment</li>
3125           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3126             July 2008</li>
3127           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3128             file is case-insensitive</li>
3129           <li>Sequence features read from Features file appended to
3130             all sequences with matching IDs</li>
3131           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3132             containing a sub-sequence</li>
3133           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3134           <li>feature and annotation file applet parameters
3135             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3136           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3137           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3138             splash-screen version check to complete</li>
3139           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3140             when passing them to the launchApp service</li>
3141           <li>display name and local features preserved in results
3142             retrieved from web service</li>
3143           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3144             sequence fetcher initialisation</li>
3145           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3146             dasobert DAS client</li>
3147           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3148             association</li>
3149           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3150             sequences
3151           </li>
3152         </ul>
3153       </td>
3154     </tr>
3155     <tr>
3156       <td>
3157         <div align="center">
3158           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3159         </div>
3160       </td>
3161       <td>
3162         <ul>
3163           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3164           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3165           <li>Slide sequences</li>
3166           <li>Edit sequence in place</li>
3167           <li>EMBL CDS features</li>
3168           <li>DAS Feature mapping</li>
3169           <li>Feature ordering</li>
3170           <li>Alignment Properties</li>
3171           <li>Annotation Scores</li>
3172           <li>Sort by scores</li>
3173           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3174         </ul>
3175       </td>
3176       <td>
3177         <ul>
3178           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3179           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3180           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3181           <li>Feature group display state in XML</li>
3182           <li>Feature ordering in XML</li>
3183           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3184           <li>Stockholm alignment properties</li>
3185           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3186           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3187           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3188           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3189         </ul>
3190       </td>
3191
3192     </tr>
3193     <tr>
3194       <td>
3195         <div align="center">
3196           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3197         </div>
3198       </td>
3199       <td>
3200         <ul>
3201           <li>Non standard characters can be read and displayed
3202           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3203             applet via textbox
3204           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3205             name &amp; description
3206           <li>Preference setting to display sequence name in
3207             italics
3208           <li>Annotation file format extended to allow
3209             Sequence_groups to be defined
3210           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3211             specified in preferences
3212           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3213             sequences
3214         </ul>
3215       </td>
3216       <td>
3217         <ul>
3218           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3219             installed
3220           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3221           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3222         </ul>
3223       </td>
3224     </tr>
3225     <tr>
3226       <td>
3227         <div align="center">
3228           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3229         </div>
3230       </td>
3231       <td>
3232         <ul>
3233           <li>Multiple views on alignment
3234           <li>Sequence feature editing
3235           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3236           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3237           <li>Background dependent text colour
3238           <li>Right align sequence ids
3239           <li>User-defined lower case residue colours
3240           <li>Format Menu
3241           <li>Select Menu
3242           <li>Menu item accelerator keys
3243           <li>Control-V pastes to current alignment
3244           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3245           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3246           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3247
3248           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3249         </ul>
3250       </td>
3251       <td>
3252         <ul>
3253           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3254           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3255             calculations
3256           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3257             edits
3258           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3259             of alignment)
3260           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3261
3262           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3263             display correctly
3264           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3265           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3266             analysis results
3267           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3268             &#8739;
3269           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3270           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3271           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3272
3273         </ul>
3274       </td>
3275     </tr>
3276     <tr>
3277       <td>
3278         <div align="center">
3279           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3280         </div>
3281       </td>
3282       <td>
3283         <ul>
3284           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3285         </ul>
3286       </td>
3287       <td>
3288         <ul>
3289           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3290             sequence id panel has been resized</li>
3291           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3292             rendered</li>
3293           <li>Annotation files with sequence references - all
3294             elements in file are relative to sequence position</li>
3295           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3296         </ul>
3297       </td>
3298     </tr>
3299     <tr>
3300       <td>
3301         <div align="center">
3302           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3303         </div>
3304       </td>
3305       <td>
3306         <ul>
3307           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3308           <li>DAS Feature fetching</li>
3309           <li>Hide sequences and columns</li>
3310           <li>Export Annotations and Features</li>
3311           <li>GFF file reading / writing</li>
3312           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3313             files</li>
3314           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3315           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3316           <li>Applet can launch the full application</li>
3317           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3318             required)</li>
3319           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3320           <li>Applet can load sequences from parameter
3321             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3322           </li>
3323         </ul>
3324       </td>
3325       <td>
3326         <ul>
3327           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3328           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3329           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3330         </ul>
3331       </td>
3332     </tr>
3333     <tr>
3334       <td>
3335         <div align="center">
3336           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3337         </div>
3338       </td>
3339       <td>
3340         <ul>
3341           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3342           <li>Choose to match case when searching</li>
3343           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3344             expand the visible width and height of the alignment</li>
3345         </ul>
3346       </td>
3347       <td>
3348         <ul>
3349           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3350         </ul>
3351       </td>
3352     </tr>
3353     <tr>
3354       <td>
3355         <div align="center">
3356           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3357         </div>
3358       </td>
3359       <td>&nbsp;</td>
3360       <td>
3361         <ul>
3362           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3363           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3364             value</li>
3365         </ul>
3366       </td>
3367     </tr>
3368     <tr>
3369       <td>
3370         <div align="center">
3371           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3372         </div>
3373       </td>
3374       <td>
3375         <ul>
3376           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3377           <li>Keyboard editing</li>
3378           <li>Create sequence features from searches</li>
3379           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3380             alignments</li>
3381           <li>Features file allows grouping of features</li>
3382           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3383           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3384           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3385         </ul>
3386       </td>
3387       <td>
3388         <ul>
3389           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3390           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3391             descriptions saved.</li>
3392         </ul>
3393       </td>
3394     </tr>
3395     <tr>
3396       <td>
3397         <div align="center">
3398           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3399         </div>
3400       </td>
3401       <td>
3402         <ul>
3403           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3404           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3405           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3406             name for file output</li>
3407           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3408           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3409             used for HTML form input</li>
3410         </ul>
3411       </td>
3412       <td>
3413         <ul>
3414           <li>HTML output writes groups and features</li>
3415           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3416           <li>File IO bugs</li>
3417         </ul>
3418       </td>
3419     </tr>
3420     <tr>
3421       <td>
3422         <div align="center">
3423           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3424         </div>
3425       </td>
3426       <td>
3427         <ul>
3428           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3429           <li>More options for PCA viewer</li>
3430         </ul>
3431       </td>
3432       <td>
3433         <ul>
3434           <li>GUI bugs resolved</li>
3435           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3436         </ul>
3437       </td>
3438     </tr>
3439     <tr>
3440       <td height="63">
3441         <div align="center">
3442           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3443         </div>
3444       </td>
3445       <td>
3446         <ul>
3447           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3448           <li>Jar files are executable</li>
3449           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3450         </ul>
3451       </td>
3452       <td>
3453         <ul>
3454           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3455           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3456           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3457         </ul>
3458       </td>
3459     </tr>
3460     <tr>
3461       <td>
3462         <div align="center">
3463           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3464         </div>
3465       </td>
3466       <td>
3467         <ul>
3468           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3469         </ul>
3470       </td>
3471       <td>
3472         <ul>
3473           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3474         </ul>
3475       </td>
3476     </tr>
3477     <tr>
3478       <td>
3479         <div align="center">
3480           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3481         </div>
3482       </td>
3483       <td>
3484         <ul>
3485           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3486             size</li>
3487         </ul>
3488       </td>
3489       <td>
3490         <ul>
3491           <li>Improved JPred client reliability</li>
3492           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3493         </ul>
3494       </td>
3495     </tr>
3496     <tr>
3497       <td>
3498         <div align="center">
3499           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3500         </div>
3501       </td>
3502       <td>
3503         <ul>
3504           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3505           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3506           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3507             to Colour Menu</li>
3508           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3509           <li>Unix users can set default web browser</li>
3510           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3511           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3512         </ul>
3513       </td>
3514       <td>
3515         <ul>
3516           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3517         </ul>
3518       </td>
3519     </tr>
3520     <tr>
3521       <td>
3522         <div align="center">
3523           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3524         </div>
3525       </td>
3526       <td>&nbsp;</td>
3527       <td>
3528         <ul>
3529           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3530             alignment order.</li>
3531         </ul>
3532       </td>
3533     </tr>
3534     <tr>
3535       <td>
3536         <div align="center">
3537           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3538         </div>
3539       </td>
3540       <td>
3541         <ul>
3542           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3543           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3544           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3545             annotations.</li>
3546           <li>Version and build date written to build properties
3547             file.</li>
3548           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3549             at launch of Jalview.</li>
3550         </ul>
3551       </td>
3552       <td>
3553         <ul>
3554           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3555           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3556           <li>Can remove groups one by one.</li>
3557           <li>Filechooser icons installed.</li>
3558           <li>Finder ignores return character when searching.
3559             Return key will initiate a search.<br>
3560           </li>
3561         </ul>
3562       </td>
3563     </tr>
3564     <tr>
3565       <td>
3566         <div align="center">
3567           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3568         </div>
3569       </td>
3570       <td>
3571         <ul>
3572           <li>New codebase</li>
3573         </ul>
3574       </td>
3575       <td>&nbsp;</td>
3576     </tr>
3577   </table>
3578   <p>&nbsp;</p>
3579 </body>
3580 </html>