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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
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  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>17/11/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97             <li><!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise Alignment report</li>
  98             <li><!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch' feature can be disabled</li>
  99             <li><!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs</li>
 100             <li><!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from Uniprot</li>
 101           </ul>
 102           <em>Scripting</em>
 103           <ul>
 104             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 105             <li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li>
 106           </ul>
 107           <em>Testing and Deployment</em>
 108           <ul>
 109             <li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li>
 110           </ul>
 111         </div>
 112       </td>
 113       <td><div align="left">
 114           <em>General</em>
 115           <ul>
 116             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 117             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 118             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 119             <li><!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect group visibility</li>
 120             <li><!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000 takes a long time in Cursor mode</li>
 121           </ul>
 122           <em>Desktop</em>
 123           <ul>
 124             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 125             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 126             </li>
 127             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 128             </li>
 129             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 130             <li><!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query</li>
 131             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 132             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 133             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 134             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 135             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 136             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 137             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 138             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 139             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 140             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 141             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 142             <li><!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment only aligns selected regions of each selected sequence</li>
 143             <li><!-- JAL-2973 -->Alignment ruler height set incorrectly after canceling the Alignment Window's Font dialog</li>
 144             <li><!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after restoring project until a new view is created</li>
 145             <li><!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in URL links appears when only default EMBL-EBI link is configured (since 2.10.2b2)</li>
 146             <li><!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box position is adjusted</li>
 147             <li><!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains in a multi-chain structure when viewing alignment involving more than one chain (since 2.10)</li>
 148             <li><!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode if new selection moves alignment window</li>
 149            </ul>
 150           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 151            <ul>
 152             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 153           </ul>
 154           <strong><em>BioJSON</em></strong><br/>
 155           <ul>
 156           <li>
 157             <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve non-positional features
 158           </li>
 159           </ul>
 160           <strong>Known Java 9 Issues</strong>
 161           <ul>
 162             <li><!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 163             not responsive when entering characters (Webstart, Java 9.01,
 164             OSX 10.10)
 165             </li>
 166           </ul>
 167           <strong>New Known Issues</strong>
 168           <ul>
 169           <li><!-- JAL- --></li>
 170           </ul>
 171           </div>
 172       </td>
 173     </tr>
 174     <tr>
 175       <td width="60" nowrap>
 176         <div align="center">
 177           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 178             <em>2/10/2017</em></strong>
 179         </div>
 180       </td>
 181       <td><div align="left">
 182           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 183           <ul>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 186             </li>
 187             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 188             </li>
 189           </ul>
 190         </div></td>
 191       <td><div align="left">
 192         </div></td>
 193     </tr>
 194     <tr>
 195       <td width="60" nowrap>
 196         <div align="center">
 197           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 198             <em>7/9/2017</em></strong>
 199         </div>
 200       </td>
 201       <td><div align="left">
 202           <em></em>
 203           <ul>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 206               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 207               white)
 208             </li>
 209             <li>
 210               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 211               Preferences
 212             </li>
 213             <li>
 214               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 215               in size and progress bar shown as higher resolution
 216               overview is recalculated
 217             </li>
 218
 219           </ul>
 220         </div></td>
 221       <td><div align="left">
 222           <em></em>
 223           <ul>
 224             <li>
 225               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 226               column region row by row
 227             </li>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 230               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 234               format setting is unticked
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 238               if group has show boxes format setting unticked
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 242               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 243               include sequences and columns not currently displayed
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 247               assemblies are imported via CIF file
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 251               displayed when threshold or conservation colouring is also
 252               enabled.
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 256               server version
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 260               dragging a selected region off the visible region of the
 261               alignment
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 265               colourscheme to all groups in a view
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 269               initially after font size change using the Font chooser or
 270               middle-mouse zoom
 271             </li>
 272           </ul>
 273         </div></td>
 274     </tr>
 275     <tr>
 276       <td width="60" nowrap>
 277         <div align="center">
 278           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 279         </div>
 280       </td>
 281       <td><div align="left">
 282           <em>Calculations</em>
 283           <ul>
 284
 285             <li>
 286               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 287               ungapped positions in each column of the alignment.
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 291               a calculation dialog box
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 295               and memory efficiency (~30x faster)
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 299               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 300               and other calculations
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 304               files within the Jalview codebase
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 308               Similarity may have different topology due to increased
 309               precision
 310             </li>
 311           </ul>
 312           <em>Rendering</em>
 313           <ul>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 316               model for alignments and groups
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 320               scripts
 321             </li>
 322           </ul>
 323           <em>Overview</em>
 324           <ul>
 325             <li>
 326               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 327               with alignment and overview windows
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 331               overview
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 335               omitted in Overview
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 339               adjustment of visible position
 340             </li>
 341           </ul>
 342
 343           <em>Data import/export</em>
 344           <ul>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 347               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 348             </li>
 349             <li>
 350               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 351               annotation input/output via stockholm flatfile
 352             </li>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 355               extension when importing structure files without embedded
 356               names or PDB accessions
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 360               format sequence substitution matrices
 361             </li>
 362           </ul>
 363           <em>User Interface</em>
 364           <ul>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 367               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 368               the application.
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 372               via Overview or sequence motif search operations
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 376               opened by double clicking gaps within sequence feature
 377               extent
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 381               aligned positions were available to create a 3D structure
 382               superposition.
 383             </li>
 384           </ul>
 385           <em>3D Structure</em>
 386           <ul>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 389               coloured in linked structure views
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 393               file-based command exchange
 394             </li>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 397               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 398               structures are already available for sequences
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 402               the Jalview project rather than downloaded again when the
 403               project is reopened.
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 407               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 408               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 409                 Feature</strong>)
 410             </li>
 411           </ul>
 412           <em>Web Services</em>
 413           <ul>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 419               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 420               Analysis services
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 424               cross-references provided by identifiers.org and the
 425               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 426             </li>
 427           </ul>
 428
 429           <em>Scripting</em>
 430           <ul>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 433               identifying file formats (instead of String constants)
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 437               efficiency when counting all displayed features (not
 438               backwards compatible with 2.10.1)
 439             </li>
 440           </ul>
 441           <em>Example files</em>
 442           <ul>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 445               included in the example feature file
 446             </li>
 447           </ul>
 448           <em>Documentation</em>
 449           <ul>
 450             <li>
 451               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 452               with the built-in Java help viewer
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 456               sequence description' option
 457             </li>
 458           </ul>
 459           <em>Test Suite</em>
 460           <ul>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 463               Uniprot REST Free Text Search Client
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 470               during tests
 471             </li>
 472           </ul>
 473         </div></td>
 474       <td><div align="left">
 475           <em>Calculations</em>
 476           <ul>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 479               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 480               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 481             </li>
 482             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 483               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 484               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 485               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 486               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 487               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 488               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 489               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 490               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 491               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 492               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 493               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 494               // for 2.10.1 mode <br />
 495               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 496               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 497                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 498                 calculations (not recommended)</em></li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 501               scaling of branch lengths for trees computed using
 502               Sequence Feature Similarity.
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 506               generating output report when working with highly
 507               redundant alignments
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 511               right of selected region when gaps present on right-hand
 512               boundary
 513             </li>
 514           </ul>
 515           <em>User Interface</em>
 516           <ul>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 519               doesn't reselect a specific sequence's associated
 520               annotation after it was used for colouring a view
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 524               opened on a region of alignment without groups
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 528               of an alignment with overlapping groups
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 532               name and description match
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 536               hidden regions results in incorrect hidden regions
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 540               changing colour does not apply Conservation slider value
 541               to all groups
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 545               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 549               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 553               gaps before start of features
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 557               restored to UI when feature colour is edited
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 561               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 565               as graduate feature colour settings are modified via the
 566               dialog box
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 570               when a group defined on the alignment is resized
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 574               wrapped view result in positional status updates
 575             </li>
 576
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 579               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 583               alignment included gapped columns
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 587               widgets don't permanently disappear
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 591               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 592               T-Coffee column reliability scores)
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 596               sequence feature on gaps only
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 600               button from a Find inherit previously defined feature type
 601               rather than the Find query string
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 605               exporting tree calculated in Jalview
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 609               and then revealing them reorders sequences on the
 610               alignment
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 614               doesn't update to reflect available set of groups after
 615               interactively adding or modifying features
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 619               Linux
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 623               only excluded gaps in current sequence and ignored
 624               selection.
 625             </li>
 626           </ul>
 627           <em>Rendering</em>
 628           <ul>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 631               erratically when hidden rows or columns are present
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 635               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 636               sequence colouring
 637             </li>
 638             <li>
 639               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 640               colour and group colour menu for protein alignments
 641             </li>
 642             <li>
 643               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 644               reflect currently selected view or group's shading
 645               thresholds
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 649               when rendered on overview and structures when opacity at
 650               100%
 651             </li>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 654               overview when features overlaid on alignment
 655             </li>
 656           </ul>
 657           <em>Data import/export</em>
 658           <ul>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 661               load
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 665               added after a sequence was imported are not written to
 666               Stockholm File
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 670               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 674               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 678               with lightGray or darkGray via features file (but can
 679               specify lightgray)
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 683               when alignment view imported from project
 684             </li>
 685             <li>
 686               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 687               structure and sequences extracted from structure files
 688               imported via URL and viewed in Jmol
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 692               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 693               the project is loaded and the structure viewed
 694             </li>
 695           </ul>
 696           <em>Web Services</em>
 697           <ul>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 700               release of Ensembl v.88
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 704               appear enabled in Preferences->Connections
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 708               removed from console output
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 712               Ensembl by Peptide ID
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 716               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 717               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 718               due to 'null' string rather than empty string used for
 719               residues with no corresponding PDB mapping).
 720             </li>
 721           </ul>
 722           <em>Application UI</em>
 723           <ul>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 726               menu
 727             </li>
 728             <li>
 729               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 730               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 731               new documentation and tooltips added)
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 735               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 739               new features are added to alignment
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 743               changes to feature colours via the Amend features dialog
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 747               edit graduated feature colour via amend features dialog
 748               box
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 752               selection menu changes colours of alignment views
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 756               from alignment calculation workers after alignment has
 757               been closed
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 761               groups now 'Create Group'
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 765               Create/Undefine group doesn't always work
 766             </li>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 769               shown again after pressing 'Cancel'
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 773               adjusts start position in wrap mode
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 777               ambiguous amino acids
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 781               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 782               proteins
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 786               Defined' don't appear in Colours menu
 787             </li>
 788           </ul>
 789           <em>Applet</em>
 790           <ul>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 793               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 797               overview or linked structure view
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 801               work (since 2.8)
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 805               user-defined colourscheme doesn't restore original
 806               colourscheme
 807             </li>
 808           </ul>
 809           <em>Test Suite</em>
 810           <ul>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 813               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 817               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 818               problems with deep array comparison equality asserts in
 819               successive versions of TestNG
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 823               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 824             </li>
 825           </ul>
 826           <em>New Known Issues</em>
 827           <ul>
 828             <li>
 829               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 830               phase after a sequence motif find operation
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 834               containing just upper and lower case letters are
 835               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 839               reliably from eggnog Ortholog database
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 843               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 844               to mark columns containing highlighted regions.
 845             </li>
 846             <li>
 847               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 848               doesn't always add secondary structure annotation.
 849             </li>
 850           </ul>
 851         </div>
 852     <tr>
 853       <td width="60" nowrap>
 854         <div align="center">
 855           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 856         </div>
 857       </td>
 858       <td><div align="left">
 859           <em>General</em>
 860           <ul>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 863               for all consensus calculations
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 867               3rd Oct 2016)
 868             </li>
 869             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 870               for 2016-2017</li>
 871           </ul>
 872           <em>Application</em>
 873           <ul>
 874             <li>
 875               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 876               set of database cross-references, sorted alphabetically
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 880               from database cross references. Users with custom links
 881               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 882                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 886               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 887               Chimera session
 888             </li>
 889             <li>
 890               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 891               the Chimera it is connected to is shut down
 892             </li>
 893             <li>
 894               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 895               columns menu item to mark columns containing highlighted
 896               regions (e.g. from structure selections or results of a
 897               Find operation)
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 901               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 902               MSAviewer
 903             </li>
 904           </ul>
 905         </div></td>
 906       <td>
 907         <div align="left">
 908           <em>General</em>
 909           <ul>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 912               are not coloured or thresholded according to percent
 913               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 917               hydrophobic
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 921               threshold, amino acid properties)
 922             </li>
 923             <li>
 924               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 925               reported as mapped to residues in a structure file in the
 926               View Mapping report
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 930               could be added multiple times to a sequence
 931             </li>
 932             <li>
 933               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 934               bond features shown as two highlighted residues rather
 935               than a range in linked structure views, and treated
 936               correctly when selecting and computing trees from features
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 940               cross-references are matched to database name regardless
 941               of case
 942             </li>
 943
 944           </ul>
 945           <em>Application</em>
 946           <ul>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 949               names without regular expressions also offer links from
 950               Sequence ID
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 954               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 955               update Jalview configuration
 956             </li>
 957             <li>
 958               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 959               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 960             </li>
 961             <li>
 962               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 963               files with similarly named sequences if dropped onto the
 964               alignment
 965             </li>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 968               entries where more chains exist in the PDB accession than
 969               are reported in the SIFTS file
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 973               the structure view when displayed with Chimera
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 977               panel's View->Show Chains submenu
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 981               work for wrapped alignment views
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 985               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 989               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 990               first annotation row
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 994               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 995             </li>
 996             <li>
 997               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 998               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 999             </li>
1000             <!-- JAL-2319 -->
1001             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1002             coordindate data
1003             </li>
1004           </ul>
1005           <!--           <em>New Known Issues</em>
1006           <ul>
1007             <li></li>
1008           </ul> -->
1009         </div>
1010       </td>
1011     </tr>
1012     <td width="60" nowrap>
1013       <div align="center">
1014         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1015           <em>25/10/2016</em></strong>
1016       </div>
1017     </td>
1018     <td><em>Application</em>
1019       <ul>
1020         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1021           view if structures already loaded</li>
1022         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1023           structure views</li>
1024       </ul></td>
1025     <td>
1026       <div align="left">
1027         <em>General</em>
1028         <ul>
1029           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1030             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1031           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1032             example sequences/projects/trees</li>
1033         </ul>
1034         <em>Application</em>
1035         <ul>
1036           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1037             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1038           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1039             without timeout for structures with multiple models or
1040             multiple sequences in alignment</li>
1041           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1042             PDB ID HEADER line</li>
1043           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1044             is performed</li>
1045           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1046             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1047           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1048           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1049             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1050             option</li>
1051           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1052             is created on the alignment</li>
1053           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1054             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1055             pop-up menu</li>
1056         </ul>
1057         <em>Build and deployment</em>
1058         <ul>
1059           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1060             tags</li>
1061         </ul>
1062         <em>New Known Issues</em>
1063         <ul>
1064           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1065             on Windows</li>
1066         </ul>
1067       </div>
1068     </td>
1069     </tr>
1070     <tr>
1071       <td width="60" nowrap>
1072         <div align="center">
1073           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1074         </div>
1075       </td>
1076       <td><em>General</em>
1077         <ul>
1078           <li>
1079             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1080           </li>
1081           <li>
1082             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1083             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1084             better PDB parsing.
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1088             reference sequence
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1092             mousing over sequence associated annotation
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1096             for manual entry
1097           </li>
1098           <li>
1099             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1100             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1101             for each column
1102           </li>
1103           <li>
1104             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1105             showing or hiding columns containing a feature
1106           </li>
1107           <li>
1108             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1109             group and sequence associated annotation labels
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1113             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1114             dialogs
1115           </li>
1116
1117         </ul> <em>Application</em>
1118         <ul>
1119           <li>
1120             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1121             gene/transcript view
1122           </li>
1123           <li>
1124             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1125             dialog
1126           </li>
1127           <li>
1128             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1129             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1133             Pfam sources to xfam.org
1134           </li>
1135           <li>
1136             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1140             over sequences in Jalview
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1144             regions in ENA and EMBL
1145           </li>
1146           <li>
1147             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1148             for record retrieval via ENA rest API
1149           </li>
1150           <li>
1151             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1152             complement operator
1153           </li>
1154           <li>
1155             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1156             groovy script execution
1157           </li>
1158           <li>
1159             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1160             alignment window's Calculate menu
1161           </li>
1162           <li>
1163             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1164             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1165           </li>
1166           <li>
1167             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1168             calculation workers from groovy scripts
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1172             Jalview projects
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1176             associations are now saved/restored from project
1177           </li>
1178           <li>
1179             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1180             before sequence fetcher is opened
1181           </li>
1182           <li>
1183             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1184             database chooser opens a sequence fetcher
1185           </li>
1186           <li>
1187             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1188             the UniProt REST API
1189           </li>
1190           <li>
1191             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1192             the news reader opening
1193           </li>
1194           <li>
1195             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1196             querying stored in preferences
1197           </li>
1198           <li>
1199             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1200             search results
1201           </li>
1202           <li>
1203             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1204           </li>
1205           <li>
1206             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1207             menu for nucleotide sequences
1208           </li>
1209           <li>
1210             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1211             and feature counts preserves alignment ordering (and
1212             debugged for complex feature sets).
1213           </li>
1214           <li>
1215             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1216             viewing structures with Jalview 2.10
1217           </li>
1218           <li>
1219             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1220             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1221             Ensembl Genomes REST API
1222           </li>
1223           <li>
1224             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1225             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1226             (Ensembl)
1227           </li>
1228           <li>
1229             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1230             sequences
1231           </li>
1232           <li>
1233             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1234             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1235             data from external database records.
1236           </li>
1237           <li>
1238             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1239             efficient recovery of sequence coding and alignment
1240             annotation relationships.
1241           </li>
1242         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1243         <ul>
1244           <li>
1245             -- JAL---
1246           </li>
1247         </ul> --></td>
1248       <td>
1249         <div align="left">
1250           <em>General</em>
1251           <ul>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1254               menu on OSX
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1258               includes graduated colourschemes
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1262               working with big alignments and lots of hidden columns
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1266               at right of alignment window
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1270               contents
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1274               for DNA alignments
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1278               based tree calculation
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1282               unconserved enabled for group on alignment
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1286               set as reference
1287             </li>
1288             <li>
1289               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1290               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1291               annotation
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1295               hidden columns present
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1299               user created annotation added to alignment
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1303               '()' base pair annotation
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1307               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1308               Consensus
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1312               feature not working
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1316               beginning of sequence
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1320               entry 3a6s
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1324               from a tree when t-coffee scores are shown
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1328               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1329             </li>
1330             <li>
1331               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1332               some structures
1333             </li>
1334             <li>
1335               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1336               to Clustal, PIR and PileUp output
1337             </li>
1338             <li>
1339               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1340               not visible causes alignment window to repaint
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1344               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1345               scores associated with features and annotation rows
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1349               calculation should be case independent
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1353               columns
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1357               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1358               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1362               problems when reference sequence defined and 'show
1363               non-conserved' enabled
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1367               load even when Consensus calculation is disabled
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1371               alignment does nothing
1372             </li>
1373           </ul>
1374           <em>Application</em>
1375           <ul>
1376             <li>
1377               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1378               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1379               yet fixed for El Capitan)
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1383               output when running on non-gb/us i18n platforms
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1387               hidden sequences as flat-file alignment
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1391               launching Chimera
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1395               (also hotfix for 2.9.0b2)
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1399               reference sequence defined
1400             </li>
1401             <li>
1402               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1403               alignments and views when revealing hidden columns
1404             </li>
1405             <li>
1406               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1407               view in a cDNA/Protein splitframe
1408             </li>
1409             <li>
1410               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1411               sequence from project when only one sequence is
1412               represented
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1416               in Structure Chooser
1417             </li>
1418             <li>
1419               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1420               structure consensus didn't refresh annotation panel
1421             </li>
1422             <li>
1423               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1424               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1428               dialogs format columns correctly, don't display array
1429               data, sort columns according to type
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1433               file chooser is cancelled during an image export
1434             </li>
1435             <li>
1436               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1437               sequence name containing special characters
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1441               case insensitive
1442             </li>
1443             <li>
1444               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1445               formatting don't wrap
1446             </li>
1447             <li>
1448               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1449               truncated so L looks like I in consensus annotation
1450             </li>
1451             <li>
1452               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1453               currently displayed features for the current selection or
1454               view
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1458               after fetching cross-references, and restoring from
1459               project
1460             </li>
1461             <li>
1462               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1463               followed in the structure viewer
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1467               splitframe not restored from project
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1471               trailing end of protein alignment in transcript/product
1472               splitview when pad-gaps not enabled by default
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1476               is case dependent
1477             </li>
1478             <li>
1479               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1480               article has been read (reopened issue due to
1481               internationalisation problems)
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1485               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1486               cross-references
1487             </li>
1488
1489             <li>
1490               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1491               alignment as HTML
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1495               multiple structures are shown for one or more sequences.
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1499               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1500               is enabled.
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1504               specific PDB id for sequence
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1508               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1509               columns' is disabled.
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1513               selects lowest rather than highest resolution structures
1514               for each sequence
1515             </li>
1516             <li>
1517               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1518               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1519             </li>
1520             <li>
1521               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1522               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1526               after clicking on it to create new annotation for a
1527               column.
1528             </li>
1529             <li>
1530               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1531               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1532             </li>
1533             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1534             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1535           </ul>
1536           <em>Applet</em>
1537           <ul>
1538             <li>
1539               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1540               hidden columns present before start of sequence
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1544               (JSON jars)
1545             </li>
1546             <li>
1547               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1548               sequences are hidden in applet
1549             </li>
1550             <li>
1551               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1552               deployment on examples pages.
1553             </li>
1554           </ul>
1555         </div>
1556       </td>
1557     </tr>
1558     <tr>
1559       <td width="60" nowrap>
1560         <div align="center">
1561           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1562             <em>16/10/2015</em></strong>
1563         </div>
1564       </td>
1565       <td><em>General</em>
1566         <ul>
1567           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1568             jars</li>
1569         </ul></td>
1570       <td>
1571         <div align="left">
1572           <em>Application</em>
1573           <ul>
1574             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1575               shown when tree is partitioned</li>
1576             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1577               multiple cDNA/Protein split views</li>
1578           </ul>
1579         </div>
1580       </td>
1581     </tr>
1582     <tr>
1583       <td width="60" nowrap>
1584         <div align="center">
1585           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1586             <em>8/10/2015</em></strong>
1587         </div>
1588       </td>
1589       <td><em>General</em>
1590         <ul>
1591           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1592             2.9</li>
1593         </ul> <em>Application</em>
1594         <ul>
1595           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1596           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1597           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1598         </ul> <em>Applet</em>
1599         <ul>
1600           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1601         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1602         <ul>
1603           <li>
1604             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1605             suite
1606           </li>
1607         </ul></td>
1608       <td>
1609         <div align="left">
1610           <em>General</em>
1611           <ul>
1612             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1613               incorrect when sequence start > 1</li>
1614             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1615               documentation</li>
1616             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1617             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1618               loading a features file containing HTML tags in feature
1619               description</li>
1620
1621           </ul>
1622           <em>Application</em>
1623           <ul>
1624             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1625               reimport</li>
1626             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1627               with 'trim retrieved sequences'</li>
1628             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1629               deleting selected columns</li>
1630             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1631               JNLP templates for webstart launch</li>
1632             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1633               unreleased structures for download or viewing</li>
1634             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1635               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1636             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1637               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1638             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1639               recovered from jalview project</li>
1640             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1641               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1642               alignment view</li>
1643             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1644               color schemes from BioJSON</li>
1645           </ul>
1646           <em>Applet</em>
1647           <ul>
1648             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1649               frame</li>
1650             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1651           </ul>
1652         </div>
1653       </td>
1654     </tr>
1655     <tr>
1656       <td><div align="center">
1657           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1658         </div></td>
1659       <td><em>General</em>
1660         <ul>
1661           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1662             alignments:
1663             <ul>
1664               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1665                 and DNA alignment views</li>
1666               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1667                 cDNA alignment views</li>
1668               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1669                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1670               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1671                 protein sequences</li>
1672             </ul>
1673           </li>
1674           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1675           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1676             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1677           <li>New alignment annotation file statements for
1678             reference sequences and marking hidden columns</li>
1679           <li>Reference sequence based alignment shading to
1680             highlight variation</li>
1681           <li>Select or hide columns according to alignment
1682             annotation</li>
1683           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1684           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1685             acid conservation row</li>
1686           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1687         </ul> <em>Application</em>
1688         <ul>
1689           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1690             <ul>
1691               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1692                 view with cDNA/Protein</li>
1693               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1694                 sequences are placed in the same alignment</li>
1695               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1696                 projects</li>
1697             </ul>
1698           </li>
1699
1700           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1701           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1702             Jalview windows</li>
1703
1704           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1705           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1706           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1707             be shown in VARNA</li>
1708
1709           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1710             as the active selected region</li>
1711
1712           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1713             similarity</li>
1714           <li>New Export options
1715             <ul>
1716               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1717                 region export in flat file generation</li>
1718
1719               <li>Export alignment views for display with the <a
1720                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1721
1722               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1723               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1724                 alignment figures to HTML</li>
1725           </li>
1726           <li>3D structure retrieval and display
1727             <ul>
1728               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1729                 Search API</li>
1730               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1731                 PDB structures for a sequence set</li>
1732             </ul>
1733           </li>
1734
1735           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1736             predictions</li>
1737           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1738             for one or a group of sequences</li>
1739           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1740             from the JPred4 web server</li>
1741           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1742             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1743             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1744           </li>
1745           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1746             VARNA 2D Structure'</li>
1747           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1748             Structure ..."</li>
1749
1750         </ul> <em>Applet</em>
1751         <ul>
1752           <li>New layout for applet example pages</li>
1753           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1754             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1755           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1756             Protein alignments</li>
1757         </ul> <em>Development and deployment</em>
1758         <ul>
1759           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1760           <li>Include installation type and git revision in build
1761             properties and console log output</li>
1762           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1763             storing BioJsMSA Templates</li>
1764           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1765         </ul></td>
1766       <td>
1767         <!-- <em>General</em>
1768         <ul>
1769         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1770         <ul>
1771           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1772           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1773           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1774             predictions are not highlighted in amber</li>
1775           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1776             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1777           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1778             associated structure views</li>
1779           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1780             width checkbox not enabled</li>
1781           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1782             creating user defined colours</li>
1783           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1784             mappings for just that viewer's sequences</li>
1785           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1786             multiple models in Chimera</li>
1787           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1788             over Jmol structure</li>
1789           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1790             output to text box</li>
1791           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1792             have incorrect sequence start/end</li>
1793           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1794             Jalview fails</li>
1795           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1796             work for nucleotide</li>
1797           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1798             to a grey/invisible alignment window</li>
1799           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1800             imports to different position</li>
1801           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1802             on some platforms</li>
1803           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1804             populated</li>
1805           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1806             console if Chimera has been opened</li>
1807           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1808           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1809             retrieved</li>
1810           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1811           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1812             either sequence shows on first structure</li>
1813           <li>'Show annotations' options should not make
1814             non-positional annotations visible</li>
1815           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1816             in right place after 'view flanking regions'</li>
1817           <li>File Save As type unset when current file format is
1818             unknown</li>
1819           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1820             projects</li>
1821           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1822             responsive</li>
1823           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1824             several views on same alignment</li>
1825           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1826           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1827             spaces</li>
1828         </ul> <em>Applet</em>
1829         <ul>
1830           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1831           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1832             descriptions containing angle brackets</li>
1833         </ul> <em>General</em>
1834         <ul>
1835           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1836             via jalview annotation file</li>
1837           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1838             with RNA secondary structure</li>
1839           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1840             translation doesn't work.</li>
1841           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1842           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1843             positions</li>
1844           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1845             choosing 1pt font</li>
1846           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1847             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1848             'h'</li>
1849           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1850             new feature</li>
1851           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1852             order dependent</li>
1853           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1854             sequences</li>
1855           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1856         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1857         <ul>
1858           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1859             www.jalview.org</li>
1860         </ul> <em>Application Known issues</em>
1861         <ul>
1862           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1863           <li>Misleading message appears after trying to delete
1864             solid column.</li>
1865           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1866             version launches</li>
1867           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1868             fails with a sequence mismatch</li>
1869           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1870             scrolling alignment to right</li>
1871           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1872             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1873           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1874             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1875           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1876             ultra-high resolution</li>
1877           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1878             quality and conservation</li>
1879           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1880             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1881         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1882         <ul>
1883           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1884           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1885             window is being resized</li>
1886
1887         </ul>
1888       </td>
1889     </tr>
1890     <tr>
1891       <td><div align="center">
1892           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1893         </div></td>
1894       <td><em>General</em>
1895         <ul>
1896           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1897             Certum.PL.</li>
1898           <li>Features and annotation preserved when performing
1899             pairwise alignment</li>
1900           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1901             imported/exported/displayed</li>
1902           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1903             protein secondary structure</li>
1904           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1905               post-hoc with 2.9 release</em>)
1906           </li>
1907
1908         </ul> <em>Application</em>
1909         <ul>
1910           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1911             with 3D structures</li>
1912           <li>Support for parsing RNAML</li>
1913           <li>Annotations menu for layout
1914             <ul>
1915               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1916               <li>place sequence annotation above/below alignment
1917                 annotation</li>
1918             </ul>
1919           <li>Output in Stockholm format</li>
1920           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1921             translation</li>
1922           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1923           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1924             shared between alignments</li>
1925           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1926             Jalview</li>
1927           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1928             all or current selection</li>
1929           <li>disorder and secondary structure predictions
1930             available as dataset annotation</li>
1931           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1932
1933
1934           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1935             alignments from Rfam</li>
1936           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1937
1938           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1939             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1940           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1941           <li>include installation type in build properties and
1942             console log output</li>
1943           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1944             annotation</li>
1945         </ul></td>
1946       <td>
1947         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1948         <ul>
1949           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1950             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1951           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1952             alignment</li>
1953           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1954           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1955           <li>Double click on sequence associated annotation
1956             selects only first column</li>
1957           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1958             leaves shown in tree</li>
1959           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1960             properly</li>
1961           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1962           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1963             screen and buttons not visible</li>
1964           <li>author list isn't updated if already written to
1965             Jalview properties</li>
1966           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1967             from database</li>
1968           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1969           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1970             browser search window</li>
1971           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1972             in feature settings dialog</li>
1973           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1974             desktop</li>
1975           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1976             pass validation</li>
1977           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1978             fit on screen</li>
1979           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1980             tooltip</li>
1981           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1982             defined user preset</li>
1983           <li>MSA web services warns user if they were launched
1984             with invalid input</li>
1985           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1986             Java 8</li>
1987           <li>
1988             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1989             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1990             created
1991           </li>
1992
1993         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1994         <ul>
1995         </ul> <em>General</em>
1996         <ul>
1997         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1998         <ul>
1999           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2000             memory allocation</li>
2001           <li>launchApp service doesn't automatically open
2002             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2003           <li>
2004             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2005             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2006             1.7_055 is available
2007           </li>
2008         </ul> <em>Application Known issues</em>
2009         <ul>
2010           <li>
2011             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2012             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2013             alignment to right
2014           </li>
2015           <li>
2016             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2017             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2018             with large number of ID
2019           </li>
2020           <li>
2021             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2022             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2023             start/end
2024           </li>
2025           <li>
2026             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2027             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2028             structure tracks are rearranged
2029           </li>
2030           <li>
2031             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2032             invalid rna structure positional highlighting does not
2033             highlight position of invalid base pairs
2034           </li>
2035           <li>
2036             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2037             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2038             project from alignment window file menu
2039           </li>
2040           <li>
2041             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2042             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2043             structures
2044           </li>
2045           <li>
2046             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2047             colour by RNA Helices not enabled when user created
2048             annotation added to alignment
2049           </li>
2050           <li>
2051             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2052             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2053           </li>
2054         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2055         <ul>
2056           <li>
2057             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2058             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2059           </li>
2060           <li>
2061             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2062             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2063           </li>
2064
2065           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2066             when selected</li>
2067         </ul>
2068       </td>
2069     </tr>
2070     <tr>
2071       <td><div align="center">
2072           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2073         </div></td>
2074       <td>
2075         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2076         <em>General</em>
2077         <ul>
2078           <li>Internationalisation of user interface (usually
2079             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2080           <li>Define/Undefine group on current selection with
2081             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2082           <li>Improved group creation/removal options in
2083             alignment/sequence Popup menu</li>
2084           <li>Sensible precision for symbol distribution
2085             percentages shown in logo tooltip.</li>
2086           <li>Annotation panel height set according to amount of
2087             annotation when alignment first opened</li>
2088         </ul> <em>Application</em>
2089         <ul>
2090           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2091             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2092           <li>Select columns containing particular features from
2093             Feature Settings dialog</li>
2094           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2095             sequences</li>
2096           <li>Update Jalview project format:
2097             <ul>
2098               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2099               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2100                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2101               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2102                 colouring</li>
2103             </ul>
2104           </li>
2105           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2106             (PAM250)</li>
2107           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2108             flanking regions for an alignment</li>
2109         </ul>
2110       </td>
2111       <td>
2112         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2113         <ul>
2114           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2115             running after job is cancelled</li>
2116           <li>cannot export features from alignments imported from
2117             Jalview/VAMSAS projects</li>
2118           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2119             float values</li>
2120           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2121             have 'display all symbols' flag set</li>
2122           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2123             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2124           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2125             Jalview</li>
2126           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2127             Lion/Webstart</li>
2128           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2129           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2130           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2131             alignment onto desktop</li>
2132           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2133             'extract scores' function</li>
2134           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2135             alignment window</li>
2136           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2137             performing IUPred disorder prediction</li>
2138           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2139             changing 'normalise logo' display setting</li>
2140           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2141             nothing matches query</li>
2142           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2143             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2144           </li>
2145           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2146             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2147           </li>
2148           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2149             Jalview's menu</li>
2150           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2151             'invalid literal/length code'</li>
2152           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2153             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2154           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2155             colourscheme</li>
2156
2157         </ul> <em>Applet</em>
2158         <ul>
2159           <li>Remove group option is shown even when selection is
2160             not a group</li>
2161           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2162             don't affect groups</li>
2163           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2164             colourscheme name</li>
2165           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2166             Annotation panel is not displayed</li>
2167           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2168             embedded windows</li>
2169         </ul> <em>Other</em>
2170         <ul>
2171           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2172             single sequence were not calculated</li>
2173           <li>annotation files that contain only groups imported as
2174             annotation and junk sequences</li>
2175           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2176             recognised as PFAM or BLC</li>
2177           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2178             doesn't affect background (2.8.0b1)
2179           <li></li>
2180           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2181           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2182             trailing gaps</li>
2183           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2184             registered correctly on import</li>
2185           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2186             certain alignments</li>
2187           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2188             existing annotation based 'use original colours'
2189             colourscheme loses original colours setting</li>
2190         </ul>
2191       </td>
2192     </tr>
2193     <tr>
2194       <td><div align="center">
2195           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2196             <em>30/1/2014</em></strong>
2197         </div></td>
2198       <td>
2199         <ul>
2200           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2201             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2202             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2203             open source project).
2204           </li>
2205           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2206           <li>Output in Stockholm format</li>
2207           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2208           <li>Export/import group and sequence associated line
2209             graph thresholds</li>
2210           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2211             ambiguity codes</li>
2212           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2213             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2214             works</li>
2215           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2216         </ul> <em>Other improvements</em>
2217         <ul>
2218           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2219           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2220             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2221           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2222             files</li>
2223           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2224           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2225             link but no description</li>
2226           <li>Select primary source when selecting authority in
2227             database fetcher GUI</li>
2228           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2229             Jalview</li>
2230           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2231         </ul>
2232       </td>
2233       <td>
2234         <ul>
2235           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2236             displayed</li>
2237           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2238             secondary structure annotation line</li>
2239           <li>Sequence database accessions not imported when
2240             fetching alignments from Rfam</li>
2241           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2242             identical IDs</li>
2243           <li>View all structures does not always superpose
2244             structures</li>
2245           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2246             reflect user or preset settings</li>
2247           <li>Null pointer exceptions for some services without
2248             presets or adjustable parameters</li>
2249           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2250             discover PDB xRefs</li>
2251           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2252             features with DAS</li>
2253           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2254             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2255           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2256             residue follows a gap</li>
2257           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2258             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2259           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2260             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2261           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2262             annotation already exists on alignment</li>
2263           <li>oninit javascript function should be called after
2264             initialisation completes</li>
2265           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2266             alignment window display</li>
2267           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2268           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2269             to annotation file</li>
2270           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2271             groups created</li>
2272           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2273             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2274           <li>Pressing return several times causes Number Format
2275             exceptions in keyboard mode</li>
2276           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2277             correct partitions for input data</li>
2278           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2279           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2280           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2281           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2282             mode</li>
2283           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2284             changes one row&#39;s threshold</li>
2285           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2286             doesn&#39;t open</li>
2287           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2288             quality histograms</li>
2289         </ul>
2290       </td>
2291     </tr>
2292     <tr>
2293       <td><div align="center">
2294           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2295         </div></td>
2296       <td><em>Application</em>
2297         <ul>
2298           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2299             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2300           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2301             preferences</li>
2302           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2303             in Jalview alignment window</li>
2304           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2305             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2306           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2307             RNA and ambiguity codes</li>
2308
2309           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2310           <li>Support fetching and database reference look up
2311             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2312             refs')</li>
2313           <li>Jalview project improvements
2314             <ul>
2315               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2316                 flag for annotation</li>
2317               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2318                 alignment</li>
2319               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2320                 Jalview project</li>
2321
2322             </ul>
2323           </li>
2324           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2325           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2326             running</li>
2327           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2328           <li>visual indication that web service results are still
2329             being retrieved from server</li>
2330           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2331             starts up for first time</li>
2332           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2333             services</li>
2334           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2335             client library</li>
2336           <li>Examples directory and Groovy library included in
2337             InstallAnywhere distribution</li>
2338         </ul> <em>Applet</em>
2339         <ul>
2340           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2341             visualization applet example</li>
2342         </ul> <em>General</em>
2343         <ul>
2344           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2345           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2346             defaults</li>
2347           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2348             calculation</li>
2349           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2350             matrices
2351           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2352             in HTML</li>
2353           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2354             structure contacts</li>
2355           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2356           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2357           <li>Parse sequence associated secondary structure
2358             information in Stockholm files</li>
2359           <li>HTML Export database accessions and annotation
2360             information presented in tooltip for sequences</li>
2361           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2362             style RNA alignment files</li>
2363           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2364             alignment</li>
2365           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2366             shade each sequence according to its associated alignment
2367             annotation</li>
2368           <li>New Jalview Logo</li>
2369         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2370         <ul>
2371           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2372           <li>New Website!</li>
2373         </ul></td>
2374       <td><em>Application</em>
2375         <ul>
2376           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2377             wsdbfetch REST service</li>
2378           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2379           <li>Filetype associations not installed for webstart
2380             launch</li>
2381           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2382             job execution in full once it is complete</li>
2383           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2384             uploaded via ali_file parameter</li>
2385           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2386           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2387           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2388             submitted for prediction</li>
2389           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2390             desktop window</li>
2391           <li>Putting fractional value into integer text box in
2392             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2393           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2394             windows 7</li>
2395           <li>View all structures fails with exception shown in
2396             structure view</li>
2397           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2398             escaped in a platform independent way</li>
2399           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2400             using proxy</li>
2401           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2402             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2403           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2404             failure when java web start temporary file caching is
2405             disabled</li>
2406           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2407             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2408           <li>Errors during processing of command line arguments
2409             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2410           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2411             DAS sources in sequence fetcher</li>
2412           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2413             dialog is shown</li>
2414           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2415           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2416           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2417           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2418             on OSX Mountain Lion</li>
2419           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2420             sequences with alignment annotation are pasted into the
2421             alignment</li>
2422           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2423             when loaded from Jalview project</li>
2424           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2425           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2426             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2427           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2428             associated with all views</li>
2429           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2430             annotation rows to new window</li>
2431         </ul> <em>Applet</em>
2432         <ul>
2433           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2434             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2435           <li>loading features via javascript API automatically
2436             enables feature display</li>
2437           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2438             work</li>
2439         </ul> <em>General</em>
2440         <ul>
2441           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2442           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2443             and then deselected</li>
2444           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2445           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2446             coloured with clustalx</li>
2447           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2448             exceptions and redraw errors</li>
2449           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2450             reconfigured view</li>
2451           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2452             colour</li>
2453           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2454             for lots of labels</li>
2455         </ul>
2456     </tr>
2457     <tr>
2458       <td>
2459         <div align="center">
2460           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2461         </div>
2462       </td>
2463       <td><em>Application</em>
2464         <ul>
2465           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2466           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2467           <li>View/alignment association menu to enable user to
2468             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2469             its colours/correspondences from</li>
2470           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2471           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2472             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2473           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2474           <li>Annotation row column label formatting attributes
2475             stored in project file</li>
2476           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2477             rows preserved in Jalview project file</li>
2478           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2479             saved using Desktop window menu</li>
2480           <li>Visual indication that command line arguments are
2481             still being processed</li>
2482           <li>Groovy script execution from URL</li>
2483           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2484             preferences</li>
2485           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2486             alignment with sequences that have high similarity and
2487             matching IDs</li>
2488           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2489           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2490             structures in same window</li>
2491           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2492           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2493             analysis function in its own submenu</li>
2494         </ul> <em>Applet</em>
2495         <ul>
2496           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2497             groups</li>
2498           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2499           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2500           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2501           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2502           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2503             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2504           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2505           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2506             parameters are treated as such</li>
2507           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2508             <ul>
2509               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2510               <li>Javascript callbacks for
2511                 <ul>
2512                   <li>Applet initialisation</li>
2513                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2514                 </ul>
2515               </li>
2516               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2517                 functions</li>
2518               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2519               <li>javascript structure viewer harness to pass
2520                 messages between Jmol and Jalview when running as
2521                 distinct applets</li>
2522               <li>sortBy method</li>
2523               <li>Set of applet and application examples shipped
2524                 with documentation</li>
2525               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2526                 javascript message exchange</li>
2527             </ul>
2528         </ul> <em>General</em>
2529         <ul>
2530           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2531             multiple alignments</li>
2532           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2533           <li>User configurable link to enable redirects to a
2534             www.Jalview.org mirror</li>
2535           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2536           <li>Configurable newline string when writing alignment
2537             and other flat files</li>
2538           <li>Allow alignment annotation description lines to
2539             contain html tags</li>
2540         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2541         <ul>
2542           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2543             examples</li>
2544           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2545             using a web service before displaying the result in the
2546             Jalview desktop</li>
2547           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2548           <li>Ant target to publish example html files with applet
2549             archive</li>
2550           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2551           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2552         </ul></td>
2553       <td><em>Application</em>
2554         <ul>
2555           <li>User defined colourscheme throws exception when
2556             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2557           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2558             dialog for valid filename/format</li>
2559           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2560           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2561             P37173</li>
2562           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2563             which sequence is to be associated with the file</li>
2564           <li>Find All raises null pointer exception when query
2565             only matches sequence IDs</li>
2566           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2567           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2568             2.4 cannot be loaded</li>
2569           <li>Filetype associations not installed for webstart
2570             launch</li>
2571           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2572             with sequences in different alignments do not get coloured
2573             by their associated sequence</li>
2574           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2575             not preserved when project is loaded</li>
2576           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2577             stored in Jalview project</li>
2578           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2579             Jalview project</li>
2580           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2581           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2582             by conservation</li>
2583           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2584             created on new view</li>
2585           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2586             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2587           <li>Alignment quality not updated after alignment
2588             annotation row is hidden then shown</li>
2589           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2590             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2591           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2592             properly</li>
2593           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2594             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2595           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2596           <li>Structures imported from file and saved in project
2597             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2598           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2599             job execution in full once it is complete</li>
2600         </ul> <em>Applet</em>
2601         <ul>
2602           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2603             annotation rows are displayed</li>
2604           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2605             codebase</li>
2606           <li>View follows highlighting does not work for positions
2607             in sequences</li>
2608           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2609           <li>Export features raises exception when no features
2610             exist</li>
2611           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2612             for javascript api is modified when separator string
2613             provided as parameter</li>
2614           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2615             alignment with no existing selection</li>
2616           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2617             to applet&#39;s codebase</li>
2618           <li>Status bar not updated after finished searching and
2619             search wraps around to first result</li>
2620           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2621             several Jalview applets causes race conditions and memory
2622             leaks</li>
2623           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2624             not sent from Jmol in applet</li>
2625           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2626             applet API fatally hang browser</li>
2627         </ul> <em>General</em>
2628         <ul>
2629           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2630             position with wrapped view and hidden regions</li>
2631           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2632             with/without hidden columns</li>
2633           <li>Sequence length given in alignment properties window
2634             is off by 1</li>
2635           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2636             import PDB like structure files</li>
2637           <li>Positional search results are only highlighted
2638             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2639           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2640           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2641             given sequence position</li>
2642           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2643             output</li>
2644           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2645             from nucleotide chains correctly</li>
2646           <li>Structure colours not updated when tree partition
2647             changed in alignment</li>
2648           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2649             parsed in interleaved stockholm</li>
2650           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2651             state</li>
2652           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2653             properly</li>
2654           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2655             properly associated with their pdb files</li>
2656         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2657         <ul>
2658           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2659             ApplyCopyright tool</li>
2660         </ul></td>
2661     </tr>
2662     <tr>
2663       <td>
2664         <div align="center">
2665           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2666         </div>
2667       </td>
2668       <td><em>Application</em>
2669         <ul>
2670           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2671             contact web services</li>
2672           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2673             service job window</li>
2674           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2675         </ul></td>
2676       <td>
2677         <ul>
2678           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2679             pir file emitted by Jalview</li>
2680           <li>Existing feature settings transferred to new
2681             alignment view created from cut'n'paste</li>
2682           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2683             parsing PDB files</li>
2684           <li>Consensus and conservation annotation rows
2685             occasionally become blank for all new windows</li>
2686           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2687             in wrapped view mode</li>
2688         </ul> <em>Application</em>
2689         <ul>
2690           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2691             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2692           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2693             parameter names</li>
2694           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2695             is down</li>
2696         </ul>
2697       </td>
2698     </tr>
2699     <tr>
2700       <td>
2701         <div align="center">
2702           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2703         </div>
2704       </td>
2705       <td><em>Application</em>
2706         <ul>
2707           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2708             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2709             (JABAWS)
2710           </li>
2711           <li>Web Services preference tab</li>
2712           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2713             preferences</li>
2714           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2715           <li>Superpose structures using associated sequence
2716             alignment</li>
2717           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2718             viewer</li>
2719         </ul> <em>Applet</em>
2720         <ul>
2721           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2722             link out mechanism</li>
2723         </ul> <em>Other</em>
2724         <ul>
2725           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2726             series 12</li>
2727           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2728             require Java 1.5</li>
2729           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2730             sequence annotation files</li>
2731           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2732             type colour specification</li>
2733           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2734             script to check if it being run in an interactive session or
2735             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2736         </ul></td>
2737       <td>
2738         <ul>
2739           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2740             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2741         </ul> <em>Application</em>
2742         <ul>
2743           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2744             selected Regions menu item</li>
2745           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2746             part of a valid accession ID</li>
2747           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2748             runs out of memory</li>
2749           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2750             analysis results</li>
2751           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2752             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2753           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2754         </ul> <em>Applet</em>
2755         <ul>
2756           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2757             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2758             defined.</li>
2759         </ul>
2760       </td>
2761     </tr>
2762     <tr>
2763       <td>
2764         <div align="center">
2765           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2766         </div>
2767       </td>
2768       <td></td>
2769       <td>
2770         <ul>
2771           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2772             sequence IDs</li>
2773           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2774             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2775           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2776             import correctly</li>
2777           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2778             number of columns are hidden</li>
2779           <li>annotation label popup menu not providing correct
2780             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2781             present</li>
2782           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2783             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2784           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2785             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2786
2787         </ul> <em>Applet</em>
2788         <ul>
2789           <li>annotation panel disappears when annotation is
2790             hidden/removed</li>
2791         </ul> <em>Application</em>
2792         <ul>
2793           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2794             alignment opened where annotation panel is visible but no
2795             annotations are present on alignment</li>
2796           <li>pasted region containing hidden columns is
2797             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2798           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2799             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2800           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2801             selected Rregions menu item.</li>
2802           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2803             'Un' or 'Non'conserved</li>
2804           <li>Sequence feature settings are being shared by
2805             multiple distinct alignments</li>
2806           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2807             changed</li>
2808           <li>double click on group annotation to select sequences
2809             does not propagate to associated trees</li>
2810           <li>Mac OSX specific issues:
2811             <ul>
2812               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2813                 window background</li>
2814               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2815                 name set correctly</li>
2816               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2817                 save feature colourscheme button</li>
2818             </ul>
2819           </li>
2820         </ul>
2821       </td>
2822     </tr>
2823     <tr>
2824
2825       <td>
2826         <div align="center">
2827           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2828         </div>
2829       </td>
2830       <td><em>New Capabilities</em>
2831         <ul>
2832           <li>URL links generated from description line for
2833             regular-expression based URL links (applet and application)
2834
2835           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2836             menu</li>
2837           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2838             structures</li>
2839           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2840             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2841           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2842             average score or total feature count for each sequence.</li>
2843           <li>Shading features by score or associated description</li>
2844           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2845             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2846           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2847             hide everything but the currently selected region.</li>
2848           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2849         </ul> <em>Application</em>
2850         <ul>
2851           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2852             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2853           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2854             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2855           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2856             database references and protein_name is parsed as
2857             description line (BioSapiens terms).</li>
2858           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2859             references in sequence ID tooltip from View menu in
2860             application.</li>
2861           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2862       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2863           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2864             conservation plots</li>
2865           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2866             and visualized as sequence logos</li>
2867           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2868             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2869           </li>
2870           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2871             when a new tree is opened.</li>
2872           <li>Jalview Java Console</li>
2873           <li>Better placement of desktop window when moving
2874             between different screens.</li>
2875           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2876             consensus annotation</li>
2877           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2878             Workflows</li>
2879           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2880             <ul>
2881               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2882                 used to preserve views, structures, and tree display
2883                 settings)</li>
2884               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2885                 command line</li>
2886               <li>Sharing of selected regions between views and
2887                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2888               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2889             </ul></li>
2890         </ul> <em>Applet</em>
2891         <ul>
2892           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2893           <li>New Parameters
2894             <ul>
2895               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2896                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2897                 opened.</li>
2898               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2899                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2900               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2901                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2902               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2903                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2904                 view</li>
2905               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2906                 increase the height or width of a cell in the alignment
2907                 grid relative to the current font size.</li>
2908             </ul>
2909           </li>
2910           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2911             tooltip</li>
2912         </ul> <em>Other</em>
2913         <ul>
2914           <li>Features format: graduated colour definitions and
2915             specification of feature scores</li>
2916           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2917             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2918             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2919           <li>XML formats extended to support graduated feature
2920             colourschemes, group associated annotation, and profile
2921             visualization settings.</li></td>
2922       <td>
2923         <ul>
2924           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2925             rather than description</li>
2926           <li>Non-positional features are now included in sequence
2927             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2928             visibility in tooltip).</li>
2929           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2930           <li>Added URL embedding instructions to features file
2931             documentation.</li>
2932           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2933             'X' in peptide product</li>
2934           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2935             sequence ID and sequence string and query strings do not
2936             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2937           <li>AMSA files only contain first column of
2938             multi-character column annotation labels</li>
2939           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2940             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2941             exported and re-imported)</li>
2942           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2943             name</li>
2944           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2945             as subsequence matches, and correctly reports total number
2946             of both.</li>
2947           <li>Application:
2948             <ul>
2949               <li>Better handling of exceptions during sequence
2950                 retrieval</li>
2951               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2952                 link text excludes the start_end suffix</li>
2953               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2954                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2955               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2956               <li>Sequence description lines properly shared via
2957                 VAMSAS</li>
2958               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2959                 data sources</li>
2960               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2961                 completes before alignment figures are generated.</li>
2962               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2963                 first time.</li>
2964               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2965                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2966               <li>User defined group colours properly recovered
2967                 from Jalview projects.</li>
2968             </ul>
2969           </li>
2970         </ul>
2971       </td>
2972
2973     </tr>
2974     <tr>
2975       <td>
2976         <div align="center">
2977           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2978         </div>
2979       </td>
2980       <td>
2981         <ul>
2982           <li>Experimental support for google analytics usage
2983             tracking.</li>
2984           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2985         </ul>
2986       </td>
2987       <td>
2988         <ul>
2989           <li>Race condition in applet preventing startup in
2990             jre1.6.0u12+.</li>
2991           <li>Exception when feature created from selection beyond
2992             length of sequence.</li>
2993           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2994           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2995             all sequences with a given id</li>
2996           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2997             ID string searches</li>
2998           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2999             alignment to fail with exception</li>
3000         </ul> <em>Application Issues</em>
3001         <ul>
3002           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3003           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3004             data sources</li>
3005         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3006         <ul>
3007           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3008             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3009           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3010             version (java class versioning error fixed)</li>
3011         </ul>
3012       </td>
3013     </tr>
3014     <tr>
3015       <td>
3016
3017         <div align="center">
3018           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3019         </div>
3020       </td>
3021       <td><em>User Interface</em>
3022         <ul>
3023           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3024             translation and protein products</li>
3025           <li>Linked highlighting of structure associated with
3026             residue mapping to codon position</li>
3027           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3028             and 'clear' button</li>
3029           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3030             Tools menu</li>
3031           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3032             numeric data in description line</li>
3033           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3034           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3035             of sequence</li>
3036         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3037         <ul>
3038           <li>JPred3 web service</li>
3039           <li>Prototype sequence search client (no public services
3040             available yet)</li>
3041           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3042             PFAM</li>
3043           <li>URL Links created for matching database cross
3044             references as well as sequence ID</li>
3045           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3046         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3047         <ul>
3048           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3049             databases</li>
3050           <li>Generalised database reference retrieval and
3051             validation to all fetchable databases</li>
3052           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3053             sequence command</li>
3054         </ul> <em>Import and Export</em>
3055         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3056         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3057           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3058         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3059           File</li>
3060         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3061           triplet as name of colourscheme</li>
3062         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3063         <ul>
3064           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3065           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3066             alignments (experimental)</li>
3067           <li>Create new or select existing session to join</li>
3068           <li>load and save of vamsas documents</li>
3069         </ul> <em>Application command line</em>
3070         <ul>
3071           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3072             from applet)</li>
3073           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3074             of DAS servers to query for alignment features</li>
3075           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3076             that are also automatically queried for features</li>
3077           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3078             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3079         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3080         <ul>
3081           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3082             application (when using &quot;View in full
3083             application&quot;)</li>
3084         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3085         <ul>
3086           <li>feature group display control parameter</li>
3087           <li>debug parameter</li>
3088           <li>showbutton parameter</li>
3089         </ul> <em>Applet API methods</em>
3090         <ul>
3091           <li>newView public method</li>
3092           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3093           <li>Feature display control methods</li>
3094           <li>get list of currently selected sequences</li>
3095         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3096         <ul>
3097           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3098           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3099             Jalview release.</li>
3100           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3101             property controls execution of obfuscator</li>
3102           <li>Build target for generating source distribution</li>
3103           <li>Debug flag for javacc</li>
3104           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3105             jalview.bin.Cache</li>
3106           <li>Continuous Build Integration for stable and
3107             development version of Application, Applet and source
3108             distribution</li>
3109         </ul></td>
3110       <td>
3111         <ul>
3112           <li>selected region output includes visible annotations
3113             (for certain formats)</li>
3114           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3115             for editing</li>
3116           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3117           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3118           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3119           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3120             comments</li>
3121           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3122             filenames containing a ':'</li>
3123           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3124             global sequence features</li>
3125           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3126             references from alignment sequences goes to zero</li>
3127           <li>Close of tree branch colour box without colour
3128             selection causes cascading exceptions</li>
3129           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3130           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3131             file parsing fails.</li>
3132           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3133           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3134             not a valid output format</li>
3135           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3136             vamsas</li>
3137           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3138           <li>error messages passed up and output when data read
3139             fails</li>
3140           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3141             sequence is edited</li>
3142           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3143             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3144           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3145             filetype</li>
3146           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3147             import fixed for PFAM records</li>
3148           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3149             window list</li>
3150           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3151             can be read and written correctly to annotation file</li>
3152           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3153             correctly</li>
3154           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3155             non-italic font for representatives in Applet</li>
3156           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3157             Macs.</li>
3158           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3159             Applet)</li>
3160           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3161             due to null pointer exceptions</li>
3162           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3163             first column of alignment</li>
3164           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3165             July 2008</li>
3166           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3167             file is case-insensitive</li>
3168           <li>Sequence features read from Features file appended to
3169             all sequences with matching IDs</li>
3170           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3171             containing a sub-sequence</li>
3172           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3173           <li>feature and annotation file applet parameters
3174             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3175           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3176           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3177             splash-screen version check to complete</li>
3178           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3179             when passing them to the launchApp service</li>
3180           <li>display name and local features preserved in results
3181             retrieved from web service</li>
3182           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3183             sequence fetcher initialisation</li>
3184           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3185             dasobert DAS client</li>
3186           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3187             association</li>
3188           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3189             sequences
3190           </li>
3191         </ul>
3192       </td>
3193     </tr>
3194     <tr>
3195       <td>
3196         <div align="center">
3197           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3198         </div>
3199       </td>
3200       <td>
3201         <ul>
3202           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3203           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3204           <li>Slide sequences</li>
3205           <li>Edit sequence in place</li>
3206           <li>EMBL CDS features</li>
3207           <li>DAS Feature mapping</li>
3208           <li>Feature ordering</li>
3209           <li>Alignment Properties</li>
3210           <li>Annotation Scores</li>
3211           <li>Sort by scores</li>
3212           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3213         </ul>
3214       </td>
3215       <td>
3216         <ul>
3217           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3218           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3219           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3220           <li>Feature group display state in XML</li>
3221           <li>Feature ordering in XML</li>
3222           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3223           <li>Stockholm alignment properties</li>
3224           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3225           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3226           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3227           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3228         </ul>
3229       </td>
3230
3231     </tr>
3232     <tr>
3233       <td>
3234         <div align="center">
3235           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3236         </div>
3237       </td>
3238       <td>
3239         <ul>
3240           <li>Non standard characters can be read and displayed
3241           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3242             applet via textbox
3243           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3244             name &amp; description
3245           <li>Preference setting to display sequence name in
3246             italics
3247           <li>Annotation file format extended to allow
3248             Sequence_groups to be defined
3249           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3250             specified in preferences
3251           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3252             sequences
3253         </ul>
3254       </td>
3255       <td>
3256         <ul>
3257           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3258             installed
3259           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3260           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3261         </ul>
3262       </td>
3263     </tr>
3264     <tr>
3265       <td>
3266         <div align="center">
3267           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3268         </div>
3269       </td>
3270       <td>
3271         <ul>
3272           <li>Multiple views on alignment
3273           <li>Sequence feature editing
3274           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3275           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3276           <li>Background dependent text colour
3277           <li>Right align sequence ids
3278           <li>User-defined lower case residue colours
3279           <li>Format Menu
3280           <li>Select Menu
3281           <li>Menu item accelerator keys
3282           <li>Control-V pastes to current alignment
3283           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3284           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3285           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3286
3287           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3288         </ul>
3289       </td>
3290       <td>
3291         <ul>
3292           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3293           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3294             calculations
3295           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3296             edits
3297           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3298             of alignment)
3299           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3300
3301           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3302             display correctly
3303           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3304           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3305             analysis results
3306           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3307             &#8739;
3308           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3309           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3310           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3311
3312         </ul>
3313       </td>
3314     </tr>
3315     <tr>
3316       <td>
3317         <div align="center">
3318           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3319         </div>
3320       </td>
3321       <td>
3322         <ul>
3323           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3324         </ul>
3325       </td>
3326       <td>
3327         <ul>
3328           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3329             sequence id panel has been resized</li>
3330           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3331             rendered</li>
3332           <li>Annotation files with sequence references - all
3333             elements in file are relative to sequence position</li>
3334           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3335         </ul>
3336       </td>
3337     </tr>
3338     <tr>
3339       <td>
3340         <div align="center">
3341           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3342         </div>
3343       </td>
3344       <td>
3345         <ul>
3346           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3347           <li>DAS Feature fetching</li>
3348           <li>Hide sequences and columns</li>
3349           <li>Export Annotations and Features</li>
3350           <li>GFF file reading / writing</li>
3351           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3352             files</li>
3353           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3354           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3355           <li>Applet can launch the full application</li>
3356           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3357             required)</li>
3358           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3359           <li>Applet can load sequences from parameter
3360             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3361           </li>
3362         </ul>
3363       </td>
3364       <td>
3365         <ul>
3366           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3367           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3368           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3369         </ul>
3370       </td>
3371     </tr>
3372     <tr>
3373       <td>
3374         <div align="center">
3375           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3376         </div>
3377       </td>
3378       <td>
3379         <ul>
3380           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3381           <li>Choose to match case when searching</li>
3382           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3383             expand the visible width and height of the alignment</li>
3384         </ul>
3385       </td>
3386       <td>
3387         <ul>
3388           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3389         </ul>
3390       </td>
3391     </tr>
3392     <tr>
3393       <td>
3394         <div align="center">
3395           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3396         </div>
3397       </td>
3398       <td>&nbsp;</td>
3399       <td>
3400         <ul>
3401           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3402           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3403             value</li>
3404         </ul>
3405       </td>
3406     </tr>
3407     <tr>
3408       <td>
3409         <div align="center">
3410           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3411         </div>
3412       </td>
3413       <td>
3414         <ul>
3415           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3416           <li>Keyboard editing</li>
3417           <li>Create sequence features from searches</li>
3418           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3419             alignments</li>
3420           <li>Features file allows grouping of features</li>
3421           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3422           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3423           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3424         </ul>
3425       </td>
3426       <td>
3427         <ul>
3428           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3429           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3430             descriptions saved.</li>
3431         </ul>
3432       </td>
3433     </tr>
3434     <tr>
3435       <td>
3436         <div align="center">
3437           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3438         </div>
3439       </td>
3440       <td>
3441         <ul>
3442           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3443           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3444           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3445             name for file output</li>
3446           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3447           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3448             used for HTML form input</li>
3449         </ul>
3450       </td>
3451       <td>
3452         <ul>
3453           <li>HTML output writes groups and features</li>
3454           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3455           <li>File IO bugs</li>
3456         </ul>
3457       </td>
3458     </tr>
3459     <tr>
3460       <td>
3461         <div align="center">
3462           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3463         </div>
3464       </td>
3465       <td>
3466         <ul>
3467           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3468           <li>More options for PCA viewer</li>
3469         </ul>
3470       </td>
3471       <td>
3472         <ul>
3473           <li>GUI bugs resolved</li>
3474           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3475         </ul>
3476       </td>
3477     </tr>
3478     <tr>
3479       <td height="63">
3480         <div align="center">
3481           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3482         </div>
3483       </td>
3484       <td>
3485         <ul>
3486           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3487           <li>Jar files are executable</li>
3488           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3489         </ul>
3490       </td>
3491       <td>
3492         <ul>
3493           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3494           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3495           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3496         </ul>
3497       </td>
3498     </tr>
3499     <tr>
3500       <td>
3501         <div align="center">
3502           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3503         </div>
3504       </td>
3505       <td>
3506         <ul>
3507           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3508         </ul>
3509       </td>
3510       <td>
3511         <ul>
3512           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3513         </ul>
3514       </td>
3515     </tr>
3516     <tr>
3517       <td>
3518         <div align="center">
3519           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3520         </div>
3521       </td>
3522       <td>
3523         <ul>
3524           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3525             size</li>
3526         </ul>
3527       </td>
3528       <td>
3529         <ul>
3530           <li>Improved JPred client reliability</li>
3531           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3532         </ul>
3533       </td>
3534     </tr>
3535     <tr>
3536       <td>
3537         <div align="center">
3538           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3539         </div>
3540       </td>
3541       <td>
3542         <ul>
3543           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3544           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3545           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3546             to Colour Menu</li>
3547           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3548           <li>Unix users can set default web browser</li>
3549           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3550           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3551         </ul>
3552       </td>
3553       <td>
3554         <ul>
3555           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3556         </ul>
3557       </td>
3558     </tr>
3559     <tr>
3560       <td>
3561         <div align="center">
3562           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3563         </div>
3564       </td>
3565       <td>&nbsp;</td>
3566       <td>
3567         <ul>
3568           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3569             alignment order.</li>
3570         </ul>
3571       </td>
3572     </tr>
3573     <tr>
3574       <td>
3575         <div align="center">
3576           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3577         </div>
3578       </td>
3579       <td>
3580         <ul>
3581           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3582           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3583           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3584             annotations.</li>
3585           <li>Version and build date written to build properties
3586             file.</li>
3587           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3588             at launch of Jalview.</li>
3589         </ul>
3590       </td>
3591       <td>
3592         <ul>
3593           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3594           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3595           <li>Can remove groups one by one.</li>
3596           <li>Filechooser icons installed.</li>
3597           <li>Finder ignores return character when searching.
3598             Return key will initiate a search.<br>
3599           </li>
3600         </ul>
3601       </td>
3602     </tr>
3603     <tr>
3604       <td>
3605         <div align="center">
3606           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3607         </div>
3608       </td>
3609       <td>
3610         <ul>
3611           <li>New codebase</li>
3612         </ul>
3613       </td>
3614       <td>&nbsp;</td>
3615     </tr>
3616   </table>
3617   <p>&nbsp;</p>
3618 </body>
3619 </html>