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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>8/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
  81               for disabling automatic superposition of multiple
  82               structures and open structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
  99               of features (particularly when transparency is disabled)
 100             </li>
 101           </ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <ul>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 108               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 112               overlapping alignment panel
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!--  JAL-2929 -->overview doesn't show end of unpadded
 116               sequence as gaps
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling improved: CDS not handled correctly if transcript has no UTR
 120             </li>
 121             <li>
 122
 123             </li>
 124             <li>
 125               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 126               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 130               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 134               columns in annotation row
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
 138               honored in interactive and batch mode
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 142               for structures added to existing Jmol view
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 146               entries after importing project with multiple views
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 150               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 151               with negative residue numbers or missing residues fails
 152             </li>
 153             <li>
 154               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 155               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 156               as generated by CONSURF)
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 160               structure and/or overview windows are also shown
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 164               very slow for alignments with large numbers of sequences
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 168               with 'StringIndexOutOfBounds'
 169             </li>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) (<a
 172               href="http://violetlib.org/vaqua/overview.html">download
 173                 here</a>) provided as fallback Look and Feel for OSX
 174               platforms running Java 10
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 178               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 179             </li>
 180           </ul>
 181           <em>Applet</em>
 182           <ul>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 185               should copy the group consensus when popup is opened on it
 186             </li>
 187           </ul>
 188           <em>Batch Mode</em>
 189           <ul>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 192           </li>
 193           </ul>
 194           <em>New Known Defects</em>
 195           <ul>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 198               editing a large alignment and overview is displayed
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 202               repeatedly after a series of edits even when the overview
 203               is no longer reflecting updates
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 207               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 208               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 209               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 210             </li>
 211           </ul>
 212         </div>
 213           </td>
 214     </tr>
 215     <tr>
 216       <td width="60" nowrap>
 217         <div align="center">
 218           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 219         </div>
 220       </td>
 221       <td><div align="left">
 222           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 223               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 224       <td><div align="left">
 225           <em>Desktop</em><ul>
 226           <ul>
 227             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 228             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 229             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 230             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 231             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 232             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 233             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 234           </ul>
 235           </div>
 236       </td>
 237     </tr>
 238     <tr>
 239       <td width="60" nowrap>
 240         <div align="center">
 241           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 242         </div>
 243       </td>
 244       <td><div align="left">
 245           <em></em>
 246           <ul>
 247             <li>
 248               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 249               rendering of sequence features
 250             </li>
 251             <li>
 252               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 253               429 rate limit request hander
 254             </li>
 255             <li>
 256               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 257               their colours have changed
 258             </li>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 261               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 265               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 269               view from Ensembl locus cross-references
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 273               Alignment report
 274             </li>
 275             <li>
 276               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 277               feature can be disabled
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 281               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 285               Uniprot
 286             </li>
 287           </ul>
 288           <em>Scripting</em>
 289           <ul>
 290             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 291             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 292               percent identity scores for current alignment.</li>
 293           </ul>
 294           <em>Testing and Deployment</em>
 295           <ul>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 298             </li>
 299           </ul>
 300         </div></td>
 301       <td><div align="left">
 302           <em>General</em>
 303           <ul>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 306               threshold text field doesn't trigger an update to the
 307               alignment view
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 311               strings in parallel
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 315               alignment window is closed
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 319               group visibility
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 323               takes a long time in Cursor mode
 324             </li>
 325           </ul>
 326           <em>Desktop</em>
 327           <ul>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 330               cannot be viewed in Chimera
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 334               CDS/Protein view
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 338               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 339               Search Dialogs
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 349               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 353               scrolling right in unwapped alignment view
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 357               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 358               database
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 362               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 366               features of same type and group to be selected for
 367               amending
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 371               alignments when hidden columns are present
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 375               displaying several structures
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 379               moving a window
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 383               within the Jalview desktop on OSX
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 387               when in wrapped alignment mode
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 391               hand end of alignment
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 395               each selected sequence do not have correct start/end
 396               positions
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 400               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 404               restoring project until a new view is created
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 408               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 409               configured (since 2.10.2b2)
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 413               position is adjusted
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 417               in a multi-chain structure when viewing alignment
 418               involving more than one chain (since 2.10)
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 422               if new selection moves alignment window
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 426               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 430               that produces correctly annotated transcripts and products
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 434               doesn't update associated structure view
 435             </li>
 436           </ul>
 437           <em>Applet</em><br />
 438           <ul>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 441               closing alignment panel
 442             </li>
 443           </ul>
 444           <em>BioJSON</em><br />
 445           <ul>
 446             <li>
 447               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 448               non-positional features
 449             </li>
 450           </ul>
 451           <em>New Known Issues</em>
 452           <ul>
 453             <li>
 454               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 455               sequence features correctly (for many previous versions of
 456               Jalview)
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 460               using cursor in wrapped panel other than top
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 464               graduated colour threshold
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 468               always preserve numbering and sequence features
 469             </li>
 470           </ul>
 471           <em>Known Java 9 Issues</em>
 472           <ul>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 475               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 476               9.01, OSX 10.10)
 477             </li>
 478           </ul>
 479         </div></td>
 480     </tr>
 481     <tr>
 482       <td width="60" nowrap>
 483         <div align="center">
 484           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 485             <em>2/10/2017</em></strong>
 486         </div>
 487       </td>
 488       <td><div align="left">
 489           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 490           <ul>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 493             </li>
 494             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 495             </li>
 496           </ul>
 497         </div></td>
 498       <td><div align="left">
 499         </div></td>
 500     </tr>
 501     <tr>
 502       <td width="60" nowrap>
 503         <div align="center">
 504           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 505             <em>7/9/2017</em></strong>
 506         </div>
 507       </td>
 508       <td><div align="left">
 509           <em></em>
 510           <ul>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 513               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 514               white)
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 518               Preferences
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 522               in size and progress bar shown as higher resolution
 523               overview is recalculated
 524             </li>
 525
 526           </ul>
 527         </div></td>
 528       <td><div align="left">
 529           <em></em>
 530           <ul>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 533               column region row by row
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 537               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 541               format setting is unticked
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 545               if group has show boxes format setting unticked
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 549               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 550               include sequences and columns not currently displayed
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 554               assemblies are imported via CIF file
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 558               displayed when threshold or conservation colouring is also
 559               enabled.
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 563               server version
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 567               dragging a selected region off the visible region of the
 568               alignment
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 572               colourscheme to all groups in a view
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 576               initially after font size change using the Font chooser or
 577               middle-mouse zoom
 578             </li>
 579           </ul>
 580         </div></td>
 581     </tr>
 582     <tr>
 583       <td width="60" nowrap>
 584         <div align="center">
 585           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 586         </div>
 587       </td>
 588       <td><div align="left">
 589           <em>Calculations</em>
 590           <ul>
 591
 592             <li>
 593               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 594               ungapped positions in each column of the alignment.
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 598               a calculation dialog box
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 602               and memory efficiency (~30x faster)
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 606               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 607               and other calculations
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 611               files within the Jalview codebase
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 615               Similarity may have different topology due to increased
 616               precision
 617             </li>
 618           </ul>
 619           <em>Rendering</em>
 620           <ul>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 623               model for alignments and groups
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 627               scripts
 628             </li>
 629           </ul>
 630           <em>Overview</em>
 631           <ul>
 632             <li>
 633               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 634               with alignment and overview windows
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 638               overview
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 642               omitted in Overview
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 646               adjustment of visible position
 647             </li>
 648           </ul>
 649
 650           <em>Data import/export</em>
 651           <ul>
 652             <li>
 653               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 654               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 655             </li>
 656             <li>
 657               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 658               annotation input/output via stockholm flatfile
 659             </li>
 660             <li>
 661               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 662               extension when importing structure files without embedded
 663               names or PDB accessions
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 667               format sequence substitution matrices
 668             </li>
 669           </ul>
 670           <em>User Interface</em>
 671           <ul>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 674               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 675               the application.
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 679               via Overview or sequence motif search operations
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 683               opened by double clicking gaps within sequence feature
 684               extent
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 688               aligned positions were available to create a 3D structure
 689               superposition.
 690             </li>
 691           </ul>
 692           <em>3D Structure</em>
 693           <ul>
 694             <li>
 695               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 696               coloured in linked structure views
 697             </li>
 698             <li>
 699               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 700               file-based command exchange
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 704               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 705               structures are already available for sequences
 706             </li>
 707             <li>
 708               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 709               the Jalview project rather than downloaded again when the
 710               project is reopened.
 711             </li>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 714               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 715               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 716                 Feature</strong>)
 717             </li>
 718           </ul>
 719           <em>Web Services</em>
 720           <ul>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 723             </li>
 724             <li>
 725               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 726               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 727               Analysis services
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 731               cross-references provided by identifiers.org and the
 732               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 733             </li>
 734           </ul>
 735
 736           <em>Scripting</em>
 737           <ul>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 740               identifying file formats (instead of String constants)
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 744               efficiency when counting all displayed features (not
 745               backwards compatible with 2.10.1)
 746             </li>
 747           </ul>
 748           <em>Example files</em>
 749           <ul>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 752               included in the example feature file
 753             </li>
 754           </ul>
 755           <em>Documentation</em>
 756           <ul>
 757             <li>
 758               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 759               with the built-in Java help viewer
 760             </li>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 763               sequence description' option
 764             </li>
 765           </ul>
 766           <em>Test Suite</em>
 767           <ul>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 770               Uniprot REST Free Text Search Client
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 777               during tests
 778             </li>
 779           </ul>
 780         </div></td>
 781       <td><div align="left">
 782           <em>Calculations</em>
 783           <ul>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 786               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 787               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 788             </li>
 789             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 790               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 791               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 792               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 793               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 794               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 795               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 796               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 797               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 798               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 799               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 800               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 801               // for 2.10.1 mode <br />
 802               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 803               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 804                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 805                 calculations (not recommended)</em></li>
 806             <li>
 807               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 808               scaling of branch lengths for trees computed using
 809               Sequence Feature Similarity.
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 813               generating output report when working with highly
 814               redundant alignments
 815             </li>
 816             <li>
 817               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 818               right of selected region when gaps present on right-hand
 819               boundary
 820             </li>
 821           </ul>
 822           <em>User Interface</em>
 823           <ul>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 826               doesn't reselect a specific sequence's associated
 827               annotation after it was used for colouring a view
 828             </li>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 831               opened on a region of alignment without groups
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 835               of an alignment with overlapping groups
 836             </li>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 839               name and description match
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 843               hidden regions results in incorrect hidden regions
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 847               changing colour does not apply Conservation slider value
 848               to all groups
 849             </li>
 850             <li>
 851               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 852               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 856               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 857             </li>
 858             <li>
 859               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 860               gaps before start of features
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 864               restored to UI when feature colour is edited
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 868               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 869             </li>
 870             <li>
 871               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 872               as graduate feature colour settings are modified via the
 873               dialog box
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 877               when a group defined on the alignment is resized
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 881               wrapped view result in positional status updates
 882             </li>
 883
 884             <li>
 885               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 886               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 890               alignment included gapped columns
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 894               widgets don't permanently disappear
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 898               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 899               T-Coffee column reliability scores)
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 903               sequence feature on gaps only
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 907               button from a Find inherit previously defined feature type
 908               rather than the Find query string
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 912               exporting tree calculated in Jalview
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 916               and then revealing them reorders sequences on the
 917               alignment
 918             </li>
 919             <li>
 920               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 921               doesn't update to reflect available set of groups after
 922               interactively adding or modifying features
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 926               Linux
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 930               only excluded gaps in current sequence and ignored
 931               selection.
 932             </li>
 933           </ul>
 934           <em>Rendering</em>
 935           <ul>
 936             <li>
 937               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 938               erratically when hidden rows or columns are present
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 942               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 943               sequence colouring
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 947               colour and group colour menu for protein alignments
 948             </li>
 949             <li>
 950               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 951               reflect currently selected view or group's shading
 952               thresholds
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 956               when rendered on overview and structures when opacity at
 957               100%
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 961               overview when features overlaid on alignment
 962             </li>
 963           </ul>
 964           <em>Data import/export</em>
 965           <ul>
 966             <li>
 967               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 968               load
 969             </li>
 970             <li>
 971               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 972               added after a sequence was imported are not written to
 973               Stockholm File
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 977               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 981               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 985               with lightGray or darkGray via features file (but can
 986               specify lightgray)
 987             </li>
 988             <li>
 989               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 990               when alignment view imported from project
 991             </li>
 992             <li>
 993               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 994               structure and sequences extracted from structure files
 995               imported via URL and viewed in Jmol
 996             </li>
 997             <li>
 998               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 999               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1000               the project is loaded and the structure viewed
1001             </li>
1002           </ul>
1003           <em>Web Services</em>
1004           <ul>
1005             <li>
1006               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1007               release of Ensembl v.88
1008             </li>
1009             <li>
1010               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1011               appear enabled in Preferences->Connections
1012             </li>
1013             <li>
1014               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1015               removed from console output
1016             </li>
1017             <li>
1018               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1019               Ensembl by Peptide ID
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1023               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1024               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1025               due to 'null' string rather than empty string used for
1026               residues with no corresponding PDB mapping).
1027             </li>
1028           </ul>
1029           <em>Application UI</em>
1030           <ul>
1031             <li>
1032               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1033               menu
1034             </li>
1035             <li>
1036               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1037               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1038               new documentation and tooltips added)
1039             </li>
1040             <li>
1041               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1042               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1043             </li>
1044             <li>
1045               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1046               new features are added to alignment
1047             </li>
1048             <li>
1049               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1050               changes to feature colours via the Amend features dialog
1051             </li>
1052             <li>
1053               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1054               edit graduated feature colour via amend features dialog
1055               box
1056             </li>
1057             <li>
1058               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1059               selection menu changes colours of alignment views
1060             </li>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1063               from alignment calculation workers after alignment has
1064               been closed
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1068               groups now 'Create Group'
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1072               Create/Undefine group doesn't always work
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1076               shown again after pressing 'Cancel'
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1080               adjusts start position in wrap mode
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1084               ambiguous amino acids
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1088               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1089               proteins
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1093               Defined' don't appear in Colours menu
1094             </li>
1095           </ul>
1096           <em>Applet</em>
1097           <ul>
1098             <li>
1099               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1100               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1101             </li>
1102             <li>
1103               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1104               overview or linked structure view
1105             </li>
1106             <li>
1107               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1108               work (since 2.8)
1109             </li>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1112               user-defined colourscheme doesn't restore original
1113               colourscheme
1114             </li>
1115           </ul>
1116           <em>Test Suite</em>
1117           <ul>
1118             <li>
1119               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1120               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1121             </li>
1122             <li>
1123               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1124               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1125               problems with deep array comparison equality asserts in
1126               successive versions of TestNG
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1130               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1131             </li>
1132           </ul>
1133           <em>New Known Issues</em>
1134           <ul>
1135             <li>
1136               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1137               phase after a sequence motif find operation
1138             </li>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1141               containing just upper and lower case letters are
1142               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1146               reliably from eggnog Ortholog database
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1150               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1151               to mark columns containing highlighted regions.
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1155               doesn't always add secondary structure annotation.
1156             </li>
1157           </ul>
1158         </div>
1159     <tr>
1160       <td width="60" nowrap>
1161         <div align="center">
1162           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1163         </div>
1164       </td>
1165       <td><div align="left">
1166           <em>General</em>
1167           <ul>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1170               for all consensus calculations
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1174               3rd Oct 2016)
1175             </li>
1176             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1177               for 2016-2017</li>
1178           </ul>
1179           <em>Application</em>
1180           <ul>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1183               set of database cross-references, sorted alphabetically
1184             </li>
1185             <li>
1186               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1187               from database cross references. Users with custom links
1188               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1189                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1193               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1194               Chimera session
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1198               the Chimera it is connected to is shut down
1199             </li>
1200             <li>
1201               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1202               columns menu item to mark columns containing highlighted
1203               regions (e.g. from structure selections or results of a
1204               Find operation)
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1208               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1209               MSAviewer
1210             </li>
1211           </ul>
1212         </div></td>
1213       <td>
1214         <div align="left">
1215           <em>General</em>
1216           <ul>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1219               are not coloured or thresholded according to percent
1220               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1224               hydrophobic
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1228               threshold, amino acid properties)
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1232               reported as mapped to residues in a structure file in the
1233               View Mapping report
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1237               could be added multiple times to a sequence
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1241               bond features shown as two highlighted residues rather
1242               than a range in linked structure views, and treated
1243               correctly when selecting and computing trees from features
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1247               cross-references are matched to database name regardless
1248               of case
1249             </li>
1250
1251           </ul>
1252           <em>Application</em>
1253           <ul>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1256               names without regular expressions also offer links from
1257               Sequence ID
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1261               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1262               update Jalview configuration
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1266               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1270               files with similarly named sequences if dropped onto the
1271               alignment
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1275               entries where more chains exist in the PDB accession than
1276               are reported in the SIFTS file
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1280               the structure view when displayed with Chimera
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1284               panel's View->Show Chains submenu
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1288               work for wrapped alignment views
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1292               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1296               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1297               first annotation row
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1301               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1305               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1306             </li>
1307             <!-- JAL-2319 -->
1308             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1309             coordindate data
1310             </li>
1311           </ul>
1312           <!--           <em>New Known Issues</em>
1313           <ul>
1314             <li></li>
1315           </ul> -->
1316         </div>
1317       </td>
1318     </tr>
1319     <td width="60" nowrap>
1320       <div align="center">
1321         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1322           <em>25/10/2016</em></strong>
1323       </div>
1324     </td>
1325     <td><em>Application</em>
1326       <ul>
1327         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1328           view if structures already loaded</li>
1329         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1330           structure views</li>
1331       </ul></td>
1332     <td>
1333       <div align="left">
1334         <em>General</em>
1335         <ul>
1336           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1337             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1338           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1339             example sequences/projects/trees</li>
1340         </ul>
1341         <em>Application</em>
1342         <ul>
1343           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1344             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1345           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1346             without timeout for structures with multiple models or
1347             multiple sequences in alignment</li>
1348           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1349             PDB ID HEADER line</li>
1350           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1351             is performed</li>
1352           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1353             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1354           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1355           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1356             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1357             option</li>
1358           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1359             is created on the alignment</li>
1360           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1361             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1362             pop-up menu</li>
1363         </ul>
1364         <em>Build and deployment</em>
1365         <ul>
1366           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1367             tags</li>
1368         </ul>
1369         <em>New Known Issues</em>
1370         <ul>
1371           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1372             on Windows</li>
1373         </ul>
1374       </div>
1375     </td>
1376     </tr>
1377     <tr>
1378       <td width="60" nowrap>
1379         <div align="center">
1380           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1381         </div>
1382       </td>
1383       <td><em>General</em>
1384         <ul>
1385           <li>
1386             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1387           </li>
1388           <li>
1389             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1390             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1391             better PDB parsing.
1392           </li>
1393           <li>
1394             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1395             reference sequence
1396           </li>
1397           <li>
1398             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1399             mousing over sequence associated annotation
1400           </li>
1401           <li>
1402             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1403             for manual entry
1404           </li>
1405           <li>
1406             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1407             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1408             for each column
1409           </li>
1410           <li>
1411             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1412             showing or hiding columns containing a feature
1413           </li>
1414           <li>
1415             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1416             group and sequence associated annotation labels
1417           </li>
1418           <li>
1419             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1420             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1421             dialogs
1422           </li>
1423
1424         </ul> <em>Application</em>
1425         <ul>
1426           <li>
1427             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1428             gene/transcript view
1429           </li>
1430           <li>
1431             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1432             dialog
1433           </li>
1434           <li>
1435             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1436             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1437           </li>
1438           <li>
1439             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1440             Pfam sources to xfam.org
1441           </li>
1442           <li>
1443             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1444           </li>
1445           <li>
1446             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1447             over sequences in Jalview
1448           </li>
1449           <li>
1450             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1451             regions in ENA and EMBL
1452           </li>
1453           <li>
1454             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1455             for record retrieval via ENA rest API
1456           </li>
1457           <li>
1458             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1459             complement operator
1460           </li>
1461           <li>
1462             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1463             groovy script execution
1464           </li>
1465           <li>
1466             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1467             alignment window's Calculate menu
1468           </li>
1469           <li>
1470             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1471             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1472           </li>
1473           <li>
1474             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1475             calculation workers from groovy scripts
1476           </li>
1477           <li>
1478             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1479             Jalview projects
1480           </li>
1481           <li>
1482             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1483             associations are now saved/restored from project
1484           </li>
1485           <li>
1486             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1487             before sequence fetcher is opened
1488           </li>
1489           <li>
1490             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1491             database chooser opens a sequence fetcher
1492           </li>
1493           <li>
1494             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1495             the UniProt REST API
1496           </li>
1497           <li>
1498             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1499             the news reader opening
1500           </li>
1501           <li>
1502             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1503             querying stored in preferences
1504           </li>
1505           <li>
1506             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1507             search results
1508           </li>
1509           <li>
1510             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1511           </li>
1512           <li>
1513             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1514             menu for nucleotide sequences
1515           </li>
1516           <li>
1517             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1518             and feature counts preserves alignment ordering (and
1519             debugged for complex feature sets).
1520           </li>
1521           <li>
1522             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1523             viewing structures with Jalview 2.10
1524           </li>
1525           <li>
1526             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1527             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1528             Ensembl Genomes REST API
1529           </li>
1530           <li>
1531             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1532             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1533             (Ensembl)
1534           </li>
1535           <li>
1536             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1537             sequences
1538           </li>
1539           <li>
1540             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1541             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1542             data from external database records.
1543           </li>
1544           <li>
1545             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1546             efficient recovery of sequence coding and alignment
1547             annotation relationships.
1548           </li>
1549         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1550         <ul>
1551           <li>
1552             -- JAL---
1553           </li>
1554         </ul> --></td>
1555       <td>
1556         <div align="left">
1557           <em>General</em>
1558           <ul>
1559             <li>
1560               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1561               menu on OSX
1562             </li>
1563             <li>
1564               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1565               includes graduated colourschemes
1566             </li>
1567             <li>
1568               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1569               working with big alignments and lots of hidden columns
1570             </li>
1571             <li>
1572               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1573               at right of alignment window
1574             </li>
1575             <li>
1576               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1577               contents
1578             </li>
1579             <li>
1580               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1581               for DNA alignments
1582             </li>
1583             <li>
1584               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1585               based tree calculation
1586             </li>
1587             <li>
1588               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1589               unconserved enabled for group on alignment
1590             </li>
1591             <li>
1592               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1593               set as reference
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1597               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1598               annotation
1599             </li>
1600             <li>
1601               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1602               hidden columns present
1603             </li>
1604             <li>
1605               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1606               user created annotation added to alignment
1607             </li>
1608             <li>
1609               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1610               '()' base pair annotation
1611             </li>
1612             <li>
1613               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1614               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1615               Consensus
1616             </li>
1617             <li>
1618               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1619               feature not working
1620             </li>
1621             <li>
1622               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1623               beginning of sequence
1624             </li>
1625             <li>
1626               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1627               entry 3a6s
1628             </li>
1629             <li>
1630               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1631               from a tree when t-coffee scores are shown
1632             </li>
1633             <li>
1634               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1635               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1636             </li>
1637             <li>
1638               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1639               some structures
1640             </li>
1641             <li>
1642               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1643               to Clustal, PIR and PileUp output
1644             </li>
1645             <li>
1646               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1647               not visible causes alignment window to repaint
1648             </li>
1649             <li>
1650               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1651               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1652               scores associated with features and annotation rows
1653             </li>
1654             <li>
1655               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1656               calculation should be case independent
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1660               columns
1661             </li>
1662             <li>
1663               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1664               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1665               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1669               problems when reference sequence defined and 'show
1670               non-conserved' enabled
1671             </li>
1672             <li>
1673               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1674               load even when Consensus calculation is disabled
1675             </li>
1676             <li>
1677               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1678               alignment does nothing
1679             </li>
1680           </ul>
1681           <em>Application</em>
1682           <ul>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1685               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1686               yet fixed for El Capitan)
1687             </li>
1688             <li>
1689               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1690               output when running on non-gb/us i18n platforms
1691             </li>
1692             <li>
1693               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1694               hidden sequences as flat-file alignment
1695             </li>
1696             <li>
1697               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1698               launching Chimera
1699             </li>
1700             <li>
1701               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1702               (also hotfix for 2.9.0b2)
1703             </li>
1704             <li>
1705               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1706               reference sequence defined
1707             </li>
1708             <li>
1709               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1710               alignments and views when revealing hidden columns
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1714               view in a cDNA/Protein splitframe
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1718               sequence from project when only one sequence is
1719               represented
1720             </li>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1723               in Structure Chooser
1724             </li>
1725             <li>
1726               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1727               structure consensus didn't refresh annotation panel
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1731               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1732             </li>
1733             <li>
1734               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1735               dialogs format columns correctly, don't display array
1736               data, sort columns according to type
1737             </li>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1740               file chooser is cancelled during an image export
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1744               sequence name containing special characters
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1748               case insensitive
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1752               formatting don't wrap
1753             </li>
1754             <li>
1755               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1756               truncated so L looks like I in consensus annotation
1757             </li>
1758             <li>
1759               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1760               currently displayed features for the current selection or
1761               view
1762             </li>
1763             <li>
1764               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1765               after fetching cross-references, and restoring from
1766               project
1767             </li>
1768             <li>
1769               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1770               followed in the structure viewer
1771             </li>
1772             <li>
1773               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1774               splitframe not restored from project
1775             </li>
1776             <li>
1777               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1778               trailing end of protein alignment in transcript/product
1779               splitview when pad-gaps not enabled by default
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1783               is case dependent
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1787               article has been read (reopened issue due to
1788               internationalisation problems)
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1792               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1793               cross-references
1794             </li>
1795
1796             <li>
1797               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1798               alignment as HTML
1799             </li>
1800             <li>
1801               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1802               multiple structures are shown for one or more sequences.
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1806               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1807               is enabled.
1808             </li>
1809             <li>
1810               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1811               specific PDB id for sequence
1812             </li>
1813             <li>
1814               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1815               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1816               columns' is disabled.
1817             </li>
1818             <li>
1819               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1820               selects lowest rather than highest resolution structures
1821               for each sequence
1822             </li>
1823             <li>
1824               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1825               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1826             </li>
1827             <li>
1828               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1829               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1830             </li>
1831             <li>
1832               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1833               after clicking on it to create new annotation for a
1834               column.
1835             </li>
1836             <li>
1837               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1838               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1839             </li>
1840             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1841             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1842           </ul>
1843           <em>Applet</em>
1844           <ul>
1845             <li>
1846               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1847               hidden columns present before start of sequence
1848             </li>
1849             <li>
1850               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1851               (JSON jars)
1852             </li>
1853             <li>
1854               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1855               sequences are hidden in applet
1856             </li>
1857             <li>
1858               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1859               deployment on examples pages.
1860             </li>
1861           </ul>
1862         </div>
1863       </td>
1864     </tr>
1865     <tr>
1866       <td width="60" nowrap>
1867         <div align="center">
1868           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1869             <em>16/10/2015</em></strong>
1870         </div>
1871       </td>
1872       <td><em>General</em>
1873         <ul>
1874           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1875             jars</li>
1876         </ul></td>
1877       <td>
1878         <div align="left">
1879           <em>Application</em>
1880           <ul>
1881             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1882               shown when tree is partitioned</li>
1883             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1884               multiple cDNA/Protein split views</li>
1885           </ul>
1886         </div>
1887       </td>
1888     </tr>
1889     <tr>
1890       <td width="60" nowrap>
1891         <div align="center">
1892           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1893             <em>8/10/2015</em></strong>
1894         </div>
1895       </td>
1896       <td><em>General</em>
1897         <ul>
1898           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1899             2.9</li>
1900         </ul> <em>Application</em>
1901         <ul>
1902           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1903           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1904           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1905         </ul> <em>Applet</em>
1906         <ul>
1907           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1908         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1909         <ul>
1910           <li>
1911             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1912             suite
1913           </li>
1914         </ul></td>
1915       <td>
1916         <div align="left">
1917           <em>General</em>
1918           <ul>
1919             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1920               incorrect when sequence start > 1</li>
1921             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1922               documentation</li>
1923             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1924             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1925               loading a features file containing HTML tags in feature
1926               description</li>
1927
1928           </ul>
1929           <em>Application</em>
1930           <ul>
1931             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1932               reimport</li>
1933             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1934               with 'trim retrieved sequences'</li>
1935             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1936               deleting selected columns</li>
1937             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1938               JNLP templates for webstart launch</li>
1939             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1940               unreleased structures for download or viewing</li>
1941             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1942               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1943             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1944               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1945             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1946               recovered from jalview project</li>
1947             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1948               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1949               alignment view</li>
1950             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1951               color schemes from BioJSON</li>
1952           </ul>
1953           <em>Applet</em>
1954           <ul>
1955             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1956               frame</li>
1957             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1958           </ul>
1959         </div>
1960       </td>
1961     </tr>
1962     <tr>
1963       <td><div align="center">
1964           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1965         </div></td>
1966       <td><em>General</em>
1967         <ul>
1968           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1969             alignments:
1970             <ul>
1971               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1972                 and DNA alignment views</li>
1973               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1974                 cDNA alignment views</li>
1975               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1976                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1977               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1978                 protein sequences</li>
1979             </ul>
1980           </li>
1981           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1982           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1983             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1984           <li>New alignment annotation file statements for
1985             reference sequences and marking hidden columns</li>
1986           <li>Reference sequence based alignment shading to
1987             highlight variation</li>
1988           <li>Select or hide columns according to alignment
1989             annotation</li>
1990           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1991           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1992             acid conservation row</li>
1993           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1994         </ul> <em>Application</em>
1995         <ul>
1996           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1997             <ul>
1998               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1999                 view with cDNA/Protein</li>
2000               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2001                 sequences are placed in the same alignment</li>
2002               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2003                 projects</li>
2004             </ul>
2005           </li>
2006
2007           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2008           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2009             Jalview windows</li>
2010
2011           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2012           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2013           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2014             be shown in VARNA</li>
2015
2016           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2017             as the active selected region</li>
2018
2019           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2020             similarity</li>
2021           <li>New Export options
2022             <ul>
2023               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2024                 region export in flat file generation</li>
2025
2026               <li>Export alignment views for display with the <a
2027                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2028
2029               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2030               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2031                 alignment figures to HTML</li>
2032           </li>
2033           <li>3D structure retrieval and display
2034             <ul>
2035               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2036                 Search API</li>
2037               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2038                 PDB structures for a sequence set</li>
2039             </ul>
2040           </li>
2041
2042           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2043             predictions</li>
2044           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2045             for one or a group of sequences</li>
2046           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2047             from the JPred4 web server</li>
2048           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2049             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2050             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2051           </li>
2052           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2053             VARNA 2D Structure'</li>
2054           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2055             Structure ..."</li>
2056
2057         </ul> <em>Applet</em>
2058         <ul>
2059           <li>New layout for applet example pages</li>
2060           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2061             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2062           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2063             Protein alignments</li>
2064         </ul> <em>Development and deployment</em>
2065         <ul>
2066           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2067           <li>Include installation type and git revision in build
2068             properties and console log output</li>
2069           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2070             storing BioJsMSA Templates</li>
2071           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2072         </ul></td>
2073       <td>
2074         <!-- <em>General</em>
2075         <ul>
2076         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2077         <ul>
2078           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2079           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2080           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2081             predictions are not highlighted in amber</li>
2082           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2083             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2084           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2085             associated structure views</li>
2086           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2087             width checkbox not enabled</li>
2088           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2089             creating user defined colours</li>
2090           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2091             mappings for just that viewer's sequences</li>
2092           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2093             multiple models in Chimera</li>
2094           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2095             over Jmol structure</li>
2096           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2097             output to text box</li>
2098           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2099             have incorrect sequence start/end</li>
2100           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2101             Jalview fails</li>
2102           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2103             work for nucleotide</li>
2104           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2105             to a grey/invisible alignment window</li>
2106           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2107             imports to different position</li>
2108           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2109             on some platforms</li>
2110           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2111             populated</li>
2112           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2113             console if Chimera has been opened</li>
2114           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2115           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2116             retrieved</li>
2117           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2118           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2119             either sequence shows on first structure</li>
2120           <li>'Show annotations' options should not make
2121             non-positional annotations visible</li>
2122           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2123             in right place after 'view flanking regions'</li>
2124           <li>File Save As type unset when current file format is
2125             unknown</li>
2126           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2127             projects</li>
2128           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2129             responsive</li>
2130           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2131             several views on same alignment</li>
2132           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2133           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2134             spaces</li>
2135         </ul> <em>Applet</em>
2136         <ul>
2137           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2138           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2139             descriptions containing angle brackets</li>
2140         </ul> <em>General</em>
2141         <ul>
2142           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2143             via jalview annotation file</li>
2144           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2145             with RNA secondary structure</li>
2146           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2147             translation doesn't work.</li>
2148           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2149           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2150             positions</li>
2151           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2152             choosing 1pt font</li>
2153           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2154             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2155             'h'</li>
2156           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2157             new feature</li>
2158           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2159             order dependent</li>
2160           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2161             sequences</li>
2162           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2163         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2164         <ul>
2165           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2166             www.jalview.org</li>
2167         </ul> <em>Application Known issues</em>
2168         <ul>
2169           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2170           <li>Misleading message appears after trying to delete
2171             solid column.</li>
2172           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2173             version launches</li>
2174           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2175             fails with a sequence mismatch</li>
2176           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2177             scrolling alignment to right</li>
2178           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2179             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2180           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2181             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2182           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2183             ultra-high resolution</li>
2184           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2185             quality and conservation</li>
2186           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2187             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2188         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2189         <ul>
2190           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2191           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2192             window is being resized</li>
2193
2194         </ul>
2195       </td>
2196     </tr>
2197     <tr>
2198       <td><div align="center">
2199           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2200         </div></td>
2201       <td><em>General</em>
2202         <ul>
2203           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2204             Certum.PL.</li>
2205           <li>Features and annotation preserved when performing
2206             pairwise alignment</li>
2207           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2208             imported/exported/displayed</li>
2209           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2210             protein secondary structure</li>
2211           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2212               post-hoc with 2.9 release</em>)
2213           </li>
2214
2215         </ul> <em>Application</em>
2216         <ul>
2217           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2218             with 3D structures</li>
2219           <li>Support for parsing RNAML</li>
2220           <li>Annotations menu for layout
2221             <ul>
2222               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2223               <li>place sequence annotation above/below alignment
2224                 annotation</li>
2225             </ul>
2226           <li>Output in Stockholm format</li>
2227           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2228             translation</li>
2229           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2230           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2231             shared between alignments</li>
2232           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2233             Jalview</li>
2234           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2235             all or current selection</li>
2236           <li>disorder and secondary structure predictions
2237             available as dataset annotation</li>
2238           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2239
2240
2241           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2242             alignments from Rfam</li>
2243           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2244
2245           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2246             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2247           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2248           <li>include installation type in build properties and
2249             console log output</li>
2250           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2251             annotation</li>
2252         </ul></td>
2253       <td>
2254         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2255         <ul>
2256           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2257             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2258           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2259             alignment</li>
2260           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2261           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2262           <li>Double click on sequence associated annotation
2263             selects only first column</li>
2264           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2265             leaves shown in tree</li>
2266           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2267             properly</li>
2268           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2269           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2270             screen and buttons not visible</li>
2271           <li>author list isn't updated if already written to
2272             Jalview properties</li>
2273           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2274             from database</li>
2275           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2276           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2277             browser search window</li>
2278           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2279             in feature settings dialog</li>
2280           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2281             desktop</li>
2282           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2283             pass validation</li>
2284           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2285             fit on screen</li>
2286           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2287             tooltip</li>
2288           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2289             defined user preset</li>
2290           <li>MSA web services warns user if they were launched
2291             with invalid input</li>
2292           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2293             Java 8</li>
2294           <li>
2295             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2296             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2297             created
2298           </li>
2299
2300         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2301         <ul>
2302         </ul> <em>General</em>
2303         <ul>
2304         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2305         <ul>
2306           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2307             memory allocation</li>
2308           <li>launchApp service doesn't automatically open
2309             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2310           <li>
2311             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2312             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2313             1.7_055 is available
2314           </li>
2315         </ul> <em>Application Known issues</em>
2316         <ul>
2317           <li>
2318             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2319             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2320             alignment to right
2321           </li>
2322           <li>
2323             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2324             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2325             with large number of ID
2326           </li>
2327           <li>
2328             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2329             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2330             start/end
2331           </li>
2332           <li>
2333             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2334             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2335             structure tracks are rearranged
2336           </li>
2337           <li>
2338             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2339             invalid rna structure positional highlighting does not
2340             highlight position of invalid base pairs
2341           </li>
2342           <li>
2343             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2344             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2345             project from alignment window file menu
2346           </li>
2347           <li>
2348             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2349             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2350             structures
2351           </li>
2352           <li>
2353             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2354             colour by RNA Helices not enabled when user created
2355             annotation added to alignment
2356           </li>
2357           <li>
2358             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2359             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2360           </li>
2361         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2362         <ul>
2363           <li>
2364             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2365             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2366           </li>
2367           <li>
2368             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2369             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2370           </li>
2371
2372           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2373             when selected</li>
2374         </ul>
2375       </td>
2376     </tr>
2377     <tr>
2378       <td><div align="center">
2379           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2380         </div></td>
2381       <td>
2382         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2383         <em>General</em>
2384         <ul>
2385           <li>Internationalisation of user interface (usually
2386             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2387           <li>Define/Undefine group on current selection with
2388             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2389           <li>Improved group creation/removal options in
2390             alignment/sequence Popup menu</li>
2391           <li>Sensible precision for symbol distribution
2392             percentages shown in logo tooltip.</li>
2393           <li>Annotation panel height set according to amount of
2394             annotation when alignment first opened</li>
2395         </ul> <em>Application</em>
2396         <ul>
2397           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2398             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2399           <li>Select columns containing particular features from
2400             Feature Settings dialog</li>
2401           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2402             sequences</li>
2403           <li>Update Jalview project format:
2404             <ul>
2405               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2406               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2407                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2408               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2409                 colouring</li>
2410             </ul>
2411           </li>
2412           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2413             (PAM250)</li>
2414           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2415             flanking regions for an alignment</li>
2416         </ul>
2417       </td>
2418       <td>
2419         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2420         <ul>
2421           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2422             running after job is cancelled</li>
2423           <li>cannot export features from alignments imported from
2424             Jalview/VAMSAS projects</li>
2425           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2426             float values</li>
2427           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2428             have 'display all symbols' flag set</li>
2429           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2430             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2431           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2432             Jalview</li>
2433           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2434             Lion/Webstart</li>
2435           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2436           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2437           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2438             alignment onto desktop</li>
2439           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2440             'extract scores' function</li>
2441           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2442             alignment window</li>
2443           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2444             performing IUPred disorder prediction</li>
2445           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2446             changing 'normalise logo' display setting</li>
2447           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2448             nothing matches query</li>
2449           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2450             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2451           </li>
2452           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2453             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2454           </li>
2455           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2456             Jalview's menu</li>
2457           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2458             'invalid literal/length code'</li>
2459           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2460             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2461           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2462             colourscheme</li>
2463
2464         </ul> <em>Applet</em>
2465         <ul>
2466           <li>Remove group option is shown even when selection is
2467             not a group</li>
2468           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2469             don't affect groups</li>
2470           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2471             colourscheme name</li>
2472           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2473             Annotation panel is not displayed</li>
2474           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2475             embedded windows</li>
2476         </ul> <em>Other</em>
2477         <ul>
2478           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2479             single sequence were not calculated</li>
2480           <li>annotation files that contain only groups imported as
2481             annotation and junk sequences</li>
2482           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2483             recognised as PFAM or BLC</li>
2484           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2485             doesn't affect background (2.8.0b1)
2486           <li></li>
2487           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2488           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2489             trailing gaps</li>
2490           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2491             registered correctly on import</li>
2492           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2493             certain alignments</li>
2494           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2495             existing annotation based 'use original colours'
2496             colourscheme loses original colours setting</li>
2497         </ul>
2498       </td>
2499     </tr>
2500     <tr>
2501       <td><div align="center">
2502           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2503             <em>30/1/2014</em></strong>
2504         </div></td>
2505       <td>
2506         <ul>
2507           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2508             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2509             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2510             open source project).
2511           </li>
2512           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2513           <li>Output in Stockholm format</li>
2514           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2515           <li>Export/import group and sequence associated line
2516             graph thresholds</li>
2517           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2518             ambiguity codes</li>
2519           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2520             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2521             works</li>
2522           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2523         </ul> <em>Other improvements</em>
2524         <ul>
2525           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2526           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2527             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2528           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2529             files</li>
2530           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2531           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2532             link but no description</li>
2533           <li>Select primary source when selecting authority in
2534             database fetcher GUI</li>
2535           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2536             Jalview</li>
2537           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2538         </ul>
2539       </td>
2540       <td>
2541         <ul>
2542           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2543             displayed</li>
2544           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2545             secondary structure annotation line</li>
2546           <li>Sequence database accessions not imported when
2547             fetching alignments from Rfam</li>
2548           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2549             identical IDs</li>
2550           <li>View all structures does not always superpose
2551             structures</li>
2552           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2553             reflect user or preset settings</li>
2554           <li>Null pointer exceptions for some services without
2555             presets or adjustable parameters</li>
2556           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2557             discover PDB xRefs</li>
2558           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2559             features with DAS</li>
2560           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2561             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2562           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2563             residue follows a gap</li>
2564           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2565             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2566           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2567             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2568           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2569             annotation already exists on alignment</li>
2570           <li>oninit javascript function should be called after
2571             initialisation completes</li>
2572           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2573             alignment window display</li>
2574           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2575           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2576             to annotation file</li>
2577           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2578             groups created</li>
2579           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2580             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2581           <li>Pressing return several times causes Number Format
2582             exceptions in keyboard mode</li>
2583           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2584             correct partitions for input data</li>
2585           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2586           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2587           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2588           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2589             mode</li>
2590           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2591             changes one row&#39;s threshold</li>
2592           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2593             doesn&#39;t open</li>
2594           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2595             quality histograms</li>
2596         </ul>
2597       </td>
2598     </tr>
2599     <tr>
2600       <td><div align="center">
2601           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2602         </div></td>
2603       <td><em>Application</em>
2604         <ul>
2605           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2606             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2607           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2608             preferences</li>
2609           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2610             in Jalview alignment window</li>
2611           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2612             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2613           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2614             RNA and ambiguity codes</li>
2615
2616           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2617           <li>Support fetching and database reference look up
2618             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2619             refs')</li>
2620           <li>Jalview project improvements
2621             <ul>
2622               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2623                 flag for annotation</li>
2624               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2625                 alignment</li>
2626               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2627                 Jalview project</li>
2628
2629             </ul>
2630           </li>
2631           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2632           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2633             running</li>
2634           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2635           <li>visual indication that web service results are still
2636             being retrieved from server</li>
2637           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2638             starts up for first time</li>
2639           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2640             services</li>
2641           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2642             client library</li>
2643           <li>Examples directory and Groovy library included in
2644             InstallAnywhere distribution</li>
2645         </ul> <em>Applet</em>
2646         <ul>
2647           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2648             visualization applet example</li>
2649         </ul> <em>General</em>
2650         <ul>
2651           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2652           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2653             defaults</li>
2654           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2655             calculation</li>
2656           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2657             matrices
2658           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2659             in HTML</li>
2660           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2661             structure contacts</li>
2662           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2663           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2664           <li>Parse sequence associated secondary structure
2665             information in Stockholm files</li>
2666           <li>HTML Export database accessions and annotation
2667             information presented in tooltip for sequences</li>
2668           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2669             style RNA alignment files</li>
2670           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2671             alignment</li>
2672           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2673             shade each sequence according to its associated alignment
2674             annotation</li>
2675           <li>New Jalview Logo</li>
2676         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2677         <ul>
2678           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2679           <li>New Website!</li>
2680         </ul></td>
2681       <td><em>Application</em>
2682         <ul>
2683           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2684             wsdbfetch REST service</li>
2685           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2686           <li>Filetype associations not installed for webstart
2687             launch</li>
2688           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2689             job execution in full once it is complete</li>
2690           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2691             uploaded via ali_file parameter</li>
2692           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2693           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2694           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2695             submitted for prediction</li>
2696           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2697             desktop window</li>
2698           <li>Putting fractional value into integer text box in
2699             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2700           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2701             windows 7</li>
2702           <li>View all structures fails with exception shown in
2703             structure view</li>
2704           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2705             escaped in a platform independent way</li>
2706           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2707             using proxy</li>
2708           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2709             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2710           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2711             failure when java web start temporary file caching is
2712             disabled</li>
2713           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2714             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2715           <li>Errors during processing of command line arguments
2716             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2717           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2718             DAS sources in sequence fetcher</li>
2719           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2720             dialog is shown</li>
2721           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2722           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2723           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2724           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2725             on OSX Mountain Lion</li>
2726           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2727             sequences with alignment annotation are pasted into the
2728             alignment</li>
2729           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2730             when loaded from Jalview project</li>
2731           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2732           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2733             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2734           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2735             associated with all views</li>
2736           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2737             annotation rows to new window</li>
2738         </ul> <em>Applet</em>
2739         <ul>
2740           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2741             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2742           <li>loading features via javascript API automatically
2743             enables feature display</li>
2744           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2745             work</li>
2746         </ul> <em>General</em>
2747         <ul>
2748           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2749           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2750             and then deselected</li>
2751           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2752           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2753             coloured with clustalx</li>
2754           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2755             exceptions and redraw errors</li>
2756           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2757             reconfigured view</li>
2758           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2759             colour</li>
2760           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2761             for lots of labels</li>
2762         </ul>
2763     </tr>
2764     <tr>
2765       <td>
2766         <div align="center">
2767           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2768         </div>
2769       </td>
2770       <td><em>Application</em>
2771         <ul>
2772           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2773           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2774           <li>View/alignment association menu to enable user to
2775             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2776             its colours/correspondences from</li>
2777           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2778           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2779             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2780           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2781           <li>Annotation row column label formatting attributes
2782             stored in project file</li>
2783           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2784             rows preserved in Jalview project file</li>
2785           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2786             saved using Desktop window menu</li>
2787           <li>Visual indication that command line arguments are
2788             still being processed</li>
2789           <li>Groovy script execution from URL</li>
2790           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2791             preferences</li>
2792           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2793             alignment with sequences that have high similarity and
2794             matching IDs</li>
2795           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2796           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2797             structures in same window</li>
2798           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2799           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2800             analysis function in its own submenu</li>
2801         </ul> <em>Applet</em>
2802         <ul>
2803           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2804             groups</li>
2805           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2806           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2807           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2808           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2809           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2810             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2811           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2812           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2813             parameters are treated as such</li>
2814           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2815             <ul>
2816               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2817               <li>Javascript callbacks for
2818                 <ul>
2819                   <li>Applet initialisation</li>
2820                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2821                 </ul>
2822               </li>
2823               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2824                 functions</li>
2825               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2826               <li>javascript structure viewer harness to pass
2827                 messages between Jmol and Jalview when running as
2828                 distinct applets</li>
2829               <li>sortBy method</li>
2830               <li>Set of applet and application examples shipped
2831                 with documentation</li>
2832               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2833                 javascript message exchange</li>
2834             </ul>
2835         </ul> <em>General</em>
2836         <ul>
2837           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2838             multiple alignments</li>
2839           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2840           <li>User configurable link to enable redirects to a
2841             www.Jalview.org mirror</li>
2842           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2843           <li>Configurable newline string when writing alignment
2844             and other flat files</li>
2845           <li>Allow alignment annotation description lines to
2846             contain html tags</li>
2847         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2848         <ul>
2849           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2850             examples</li>
2851           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2852             using a web service before displaying the result in the
2853             Jalview desktop</li>
2854           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2855           <li>Ant target to publish example html files with applet
2856             archive</li>
2857           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2858           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2859         </ul></td>
2860       <td><em>Application</em>
2861         <ul>
2862           <li>User defined colourscheme throws exception when
2863             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2864           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2865             dialog for valid filename/format</li>
2866           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2867           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2868             P37173</li>
2869           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2870             which sequence is to be associated with the file</li>
2871           <li>Find All raises null pointer exception when query
2872             only matches sequence IDs</li>
2873           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2874           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2875             2.4 cannot be loaded</li>
2876           <li>Filetype associations not installed for webstart
2877             launch</li>
2878           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2879             with sequences in different alignments do not get coloured
2880             by their associated sequence</li>
2881           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2882             not preserved when project is loaded</li>
2883           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2884             stored in Jalview project</li>
2885           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2886             Jalview project</li>
2887           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2888           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2889             by conservation</li>
2890           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2891             created on new view</li>
2892           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2893             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2894           <li>Alignment quality not updated after alignment
2895             annotation row is hidden then shown</li>
2896           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2897             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2898           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2899             properly</li>
2900           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2901             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2902           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2903           <li>Structures imported from file and saved in project
2904             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2905           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2906             job execution in full once it is complete</li>
2907         </ul> <em>Applet</em>
2908         <ul>
2909           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2910             annotation rows are displayed</li>
2911           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2912             codebase</li>
2913           <li>View follows highlighting does not work for positions
2914             in sequences</li>
2915           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2916           <li>Export features raises exception when no features
2917             exist</li>
2918           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2919             for javascript api is modified when separator string
2920             provided as parameter</li>
2921           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2922             alignment with no existing selection</li>
2923           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2924             to applet&#39;s codebase</li>
2925           <li>Status bar not updated after finished searching and
2926             search wraps around to first result</li>
2927           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2928             several Jalview applets causes race conditions and memory
2929             leaks</li>
2930           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2931             not sent from Jmol in applet</li>
2932           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2933             applet API fatally hang browser</li>
2934         </ul> <em>General</em>
2935         <ul>
2936           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2937             position with wrapped view and hidden regions</li>
2938           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2939             with/without hidden columns</li>
2940           <li>Sequence length given in alignment properties window
2941             is off by 1</li>
2942           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2943             import PDB like structure files</li>
2944           <li>Positional search results are only highlighted
2945             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2946           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2947           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2948             given sequence position</li>
2949           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2950             output</li>
2951           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2952             from nucleotide chains correctly</li>
2953           <li>Structure colours not updated when tree partition
2954             changed in alignment</li>
2955           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2956             parsed in interleaved stockholm</li>
2957           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2958             state</li>
2959           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2960             properly</li>
2961           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2962             properly associated with their pdb files</li>
2963         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2964         <ul>
2965           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2966             ApplyCopyright tool</li>
2967         </ul></td>
2968     </tr>
2969     <tr>
2970       <td>
2971         <div align="center">
2972           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2973         </div>
2974       </td>
2975       <td><em>Application</em>
2976         <ul>
2977           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2978             contact web services</li>
2979           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2980             service job window</li>
2981           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2982         </ul></td>
2983       <td>
2984         <ul>
2985           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2986             pir file emitted by Jalview</li>
2987           <li>Existing feature settings transferred to new
2988             alignment view created from cut'n'paste</li>
2989           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2990             parsing PDB files</li>
2991           <li>Consensus and conservation annotation rows
2992             occasionally become blank for all new windows</li>
2993           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2994             in wrapped view mode</li>
2995         </ul> <em>Application</em>
2996         <ul>
2997           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2998             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2999           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3000             parameter names</li>
3001           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3002             is down</li>
3003         </ul>
3004       </td>
3005     </tr>
3006     <tr>
3007       <td>
3008         <div align="center">
3009           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3010         </div>
3011       </td>
3012       <td><em>Application</em>
3013         <ul>
3014           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3015             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3016             (JABAWS)
3017           </li>
3018           <li>Web Services preference tab</li>
3019           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3020             preferences</li>
3021           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3022           <li>Superpose structures using associated sequence
3023             alignment</li>
3024           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3025             viewer</li>
3026         </ul> <em>Applet</em>
3027         <ul>
3028           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3029             link out mechanism</li>
3030         </ul> <em>Other</em>
3031         <ul>
3032           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3033             series 12</li>
3034           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3035             require Java 1.5</li>
3036           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3037             sequence annotation files</li>
3038           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3039             type colour specification</li>
3040           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3041             script to check if it being run in an interactive session or
3042             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3043         </ul></td>
3044       <td>
3045         <ul>
3046           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3047             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3048         </ul> <em>Application</em>
3049         <ul>
3050           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3051             selected Regions menu item</li>
3052           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3053             part of a valid accession ID</li>
3054           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3055             runs out of memory</li>
3056           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3057             analysis results</li>
3058           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3059             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3060           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3061         </ul> <em>Applet</em>
3062         <ul>
3063           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3064             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3065             defined.</li>
3066         </ul>
3067       </td>
3068     </tr>
3069     <tr>
3070       <td>
3071         <div align="center">
3072           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3073         </div>
3074       </td>
3075       <td></td>
3076       <td>
3077         <ul>
3078           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3079             sequence IDs</li>
3080           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3081             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3082           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3083             import correctly</li>
3084           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3085             number of columns are hidden</li>
3086           <li>annotation label popup menu not providing correct
3087             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3088             present</li>
3089           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3090             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3091           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3092             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3093
3094         </ul> <em>Applet</em>
3095         <ul>
3096           <li>annotation panel disappears when annotation is
3097             hidden/removed</li>
3098         </ul> <em>Application</em>
3099         <ul>
3100           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3101             alignment opened where annotation panel is visible but no
3102             annotations are present on alignment</li>
3103           <li>pasted region containing hidden columns is
3104             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3105           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3106             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3107           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3108             selected Rregions menu item.</li>
3109           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3110             'Un' or 'Non'conserved</li>
3111           <li>Sequence feature settings are being shared by
3112             multiple distinct alignments</li>
3113           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3114             changed</li>
3115           <li>double click on group annotation to select sequences
3116             does not propagate to associated trees</li>
3117           <li>Mac OSX specific issues:
3118             <ul>
3119               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3120                 window background</li>
3121               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3122                 name set correctly</li>
3123               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3124                 save feature colourscheme button</li>
3125             </ul>
3126           </li>
3127         </ul>
3128       </td>
3129     </tr>
3130     <tr>
3131
3132       <td>
3133         <div align="center">
3134           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3135         </div>
3136       </td>
3137       <td><em>New Capabilities</em>
3138         <ul>
3139           <li>URL links generated from description line for
3140             regular-expression based URL links (applet and application)
3141
3142           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3143             menu</li>
3144           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3145             structures</li>
3146           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3147             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3148           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3149             average score or total feature count for each sequence.</li>
3150           <li>Shading features by score or associated description</li>
3151           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3152             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3153           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3154             hide everything but the currently selected region.</li>
3155           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3156         </ul> <em>Application</em>
3157         <ul>
3158           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3159             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3160           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3161             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3162           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3163             database references and protein_name is parsed as
3164             description line (BioSapiens terms).</li>
3165           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3166             references in sequence ID tooltip from View menu in
3167             application.</li>
3168           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3169       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3170           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3171             conservation plots</li>
3172           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3173             and visualized as sequence logos</li>
3174           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3175             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3176           </li>
3177           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3178             when a new tree is opened.</li>
3179           <li>Jalview Java Console</li>
3180           <li>Better placement of desktop window when moving
3181             between different screens.</li>
3182           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3183             consensus annotation</li>
3184           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3185             Workflows</li>
3186           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3187             <ul>
3188               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3189                 used to preserve views, structures, and tree display
3190                 settings)</li>
3191               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3192                 command line</li>
3193               <li>Sharing of selected regions between views and
3194                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3195               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3196             </ul></li>
3197         </ul> <em>Applet</em>
3198         <ul>
3199           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3200           <li>New Parameters
3201             <ul>
3202               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3203                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3204                 opened.</li>
3205               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3206                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3207               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3208                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3209               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3210                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3211                 view</li>
3212               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3213                 increase the height or width of a cell in the alignment
3214                 grid relative to the current font size.</li>
3215             </ul>
3216           </li>
3217           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3218             tooltip</li>
3219         </ul> <em>Other</em>
3220         <ul>
3221           <li>Features format: graduated colour definitions and
3222             specification of feature scores</li>
3223           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3224             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3225             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3226           <li>XML formats extended to support graduated feature
3227             colourschemes, group associated annotation, and profile
3228             visualization settings.</li></td>
3229       <td>
3230         <ul>
3231           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3232             rather than description</li>
3233           <li>Non-positional features are now included in sequence
3234             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3235             visibility in tooltip).</li>
3236           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3237           <li>Added URL embedding instructions to features file
3238             documentation.</li>
3239           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3240             'X' in peptide product</li>
3241           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3242             sequence ID and sequence string and query strings do not
3243             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3244           <li>AMSA files only contain first column of
3245             multi-character column annotation labels</li>
3246           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3247             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3248             exported and re-imported)</li>
3249           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3250             name</li>
3251           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3252             as subsequence matches, and correctly reports total number
3253             of both.</li>
3254           <li>Application:
3255             <ul>
3256               <li>Better handling of exceptions during sequence
3257                 retrieval</li>
3258               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3259                 link text excludes the start_end suffix</li>
3260               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3261                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3262               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3263               <li>Sequence description lines properly shared via
3264                 VAMSAS</li>
3265               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3266                 data sources</li>
3267               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3268                 completes before alignment figures are generated.</li>
3269               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3270                 first time.</li>
3271               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3272                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3273               <li>User defined group colours properly recovered
3274                 from Jalview projects.</li>
3275             </ul>
3276           </li>
3277         </ul>
3278       </td>
3279
3280     </tr>
3281     <tr>
3282       <td>
3283         <div align="center">
3284           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3285         </div>
3286       </td>
3287       <td>
3288         <ul>
3289           <li>Experimental support for google analytics usage
3290             tracking.</li>
3291           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3292         </ul>
3293       </td>
3294       <td>
3295         <ul>
3296           <li>Race condition in applet preventing startup in
3297             jre1.6.0u12+.</li>
3298           <li>Exception when feature created from selection beyond
3299             length of sequence.</li>
3300           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3301           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3302             all sequences with a given id</li>
3303           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3304             ID string searches</li>
3305           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3306             alignment to fail with exception</li>
3307         </ul> <em>Application Issues</em>
3308         <ul>
3309           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3310           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3311             data sources</li>
3312         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3313         <ul>
3314           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3315             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3316           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3317             version (java class versioning error fixed)</li>
3318         </ul>
3319       </td>
3320     </tr>
3321     <tr>
3322       <td>
3323
3324         <div align="center">
3325           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3326         </div>
3327       </td>
3328       <td><em>User Interface</em>
3329         <ul>
3330           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3331             translation and protein products</li>
3332           <li>Linked highlighting of structure associated with
3333             residue mapping to codon position</li>
3334           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3335             and 'clear' button</li>
3336           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3337             Tools menu</li>
3338           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3339             numeric data in description line</li>
3340           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3341           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3342             of sequence</li>
3343         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3344         <ul>
3345           <li>JPred3 web service</li>
3346           <li>Prototype sequence search client (no public services
3347             available yet)</li>
3348           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3349             PFAM</li>
3350           <li>URL Links created for matching database cross
3351             references as well as sequence ID</li>
3352           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3353         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3354         <ul>
3355           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3356             databases</li>
3357           <li>Generalised database reference retrieval and
3358             validation to all fetchable databases</li>
3359           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3360             sequence command</li>
3361         </ul> <em>Import and Export</em>
3362         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3363         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3364           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3365         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3366           File</li>
3367         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3368           triplet as name of colourscheme</li>
3369         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3370         <ul>
3371           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3372           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3373             alignments (experimental)</li>
3374           <li>Create new or select existing session to join</li>
3375           <li>load and save of vamsas documents</li>
3376         </ul> <em>Application command line</em>
3377         <ul>
3378           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3379             from applet)</li>
3380           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3381             of DAS servers to query for alignment features</li>
3382           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3383             that are also automatically queried for features</li>
3384           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3385             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3386         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3387         <ul>
3388           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3389             application (when using &quot;View in full
3390             application&quot;)</li>
3391         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3392         <ul>
3393           <li>feature group display control parameter</li>
3394           <li>debug parameter</li>
3395           <li>showbutton parameter</li>
3396         </ul> <em>Applet API methods</em>
3397         <ul>
3398           <li>newView public method</li>
3399           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3400           <li>Feature display control methods</li>
3401           <li>get list of currently selected sequences</li>
3402         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3403         <ul>
3404           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3405           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3406             Jalview release.</li>
3407           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3408             property controls execution of obfuscator</li>
3409           <li>Build target for generating source distribution</li>
3410           <li>Debug flag for javacc</li>
3411           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3412             jalview.bin.Cache</li>
3413           <li>Continuous Build Integration for stable and
3414             development version of Application, Applet and source
3415             distribution</li>
3416         </ul></td>
3417       <td>
3418         <ul>
3419           <li>selected region output includes visible annotations
3420             (for certain formats)</li>
3421           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3422             for editing</li>
3423           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3424           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3425           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3426           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3427             comments</li>
3428           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3429             filenames containing a ':'</li>
3430           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3431             global sequence features</li>
3432           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3433             references from alignment sequences goes to zero</li>
3434           <li>Close of tree branch colour box without colour
3435             selection causes cascading exceptions</li>
3436           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3437           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3438             file parsing fails.</li>
3439           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3440           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3441             not a valid output format</li>
3442           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3443             vamsas</li>
3444           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3445           <li>error messages passed up and output when data read
3446             fails</li>
3447           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3448             sequence is edited</li>
3449           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3450             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3451           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3452             filetype</li>
3453           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3454             import fixed for PFAM records</li>
3455           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3456             window list</li>
3457           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3458             can be read and written correctly to annotation file</li>
3459           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3460             correctly</li>
3461           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3462             non-italic font for representatives in Applet</li>
3463           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3464             Macs.</li>
3465           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3466             Applet)</li>
3467           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3468             due to null pointer exceptions</li>
3469           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3470             first column of alignment</li>
3471           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3472             July 2008</li>
3473           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3474             file is case-insensitive</li>
3475           <li>Sequence features read from Features file appended to
3476             all sequences with matching IDs</li>
3477           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3478             containing a sub-sequence</li>
3479           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3480           <li>feature and annotation file applet parameters
3481             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3482           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3483           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3484             splash-screen version check to complete</li>
3485           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3486             when passing them to the launchApp service</li>
3487           <li>display name and local features preserved in results
3488             retrieved from web service</li>
3489           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3490             sequence fetcher initialisation</li>
3491           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3492             dasobert DAS client</li>
3493           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3494             association</li>
3495           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3496             sequences
3497           </li>
3498         </ul>
3499       </td>
3500     </tr>
3501     <tr>
3502       <td>
3503         <div align="center">
3504           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3505         </div>
3506       </td>
3507       <td>
3508         <ul>
3509           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3510           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3511           <li>Slide sequences</li>
3512           <li>Edit sequence in place</li>
3513           <li>EMBL CDS features</li>
3514           <li>DAS Feature mapping</li>
3515           <li>Feature ordering</li>
3516           <li>Alignment Properties</li>
3517           <li>Annotation Scores</li>
3518           <li>Sort by scores</li>
3519           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3520         </ul>
3521       </td>
3522       <td>
3523         <ul>
3524           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3525           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3526           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3527           <li>Feature group display state in XML</li>
3528           <li>Feature ordering in XML</li>
3529           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3530           <li>Stockholm alignment properties</li>
3531           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3532           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3533           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3534           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3535         </ul>
3536       </td>
3537
3538     </tr>
3539     <tr>
3540       <td>
3541         <div align="center">
3542           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3543         </div>
3544       </td>
3545       <td>
3546         <ul>
3547           <li>Non standard characters can be read and displayed
3548           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3549             applet via textbox
3550           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3551             name &amp; description
3552           <li>Preference setting to display sequence name in
3553             italics
3554           <li>Annotation file format extended to allow
3555             Sequence_groups to be defined
3556           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3557             specified in preferences
3558           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3559             sequences
3560         </ul>
3561       </td>
3562       <td>
3563         <ul>
3564           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3565             installed
3566           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3567           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3568         </ul>
3569       </td>
3570     </tr>
3571     <tr>
3572       <td>
3573         <div align="center">
3574           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3575         </div>
3576       </td>
3577       <td>
3578         <ul>
3579           <li>Multiple views on alignment
3580           <li>Sequence feature editing
3581           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3582           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3583           <li>Background dependent text colour
3584           <li>Right align sequence ids
3585           <li>User-defined lower case residue colours
3586           <li>Format Menu
3587           <li>Select Menu
3588           <li>Menu item accelerator keys
3589           <li>Control-V pastes to current alignment
3590           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3591           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3592           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3593
3594           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3595         </ul>
3596       </td>
3597       <td>
3598         <ul>
3599           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3600           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3601             calculations
3602           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3603             edits
3604           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3605             of alignment)
3606           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3607
3608           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3609             display correctly
3610           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3611           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3612             analysis results
3613           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3614             &#8739;
3615           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3616           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3617           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3618
3619         </ul>
3620       </td>
3621     </tr>
3622     <tr>
3623       <td>
3624         <div align="center">
3625           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3626         </div>
3627       </td>
3628       <td>
3629         <ul>
3630           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3631         </ul>
3632       </td>
3633       <td>
3634         <ul>
3635           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3636             sequence id panel has been resized</li>
3637           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3638             rendered</li>
3639           <li>Annotation files with sequence references - all
3640             elements in file are relative to sequence position</li>
3641           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3642         </ul>
3643       </td>
3644     </tr>
3645     <tr>
3646       <td>
3647         <div align="center">
3648           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3649         </div>
3650       </td>
3651       <td>
3652         <ul>
3653           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3654           <li>DAS Feature fetching</li>
3655           <li>Hide sequences and columns</li>
3656           <li>Export Annotations and Features</li>
3657           <li>GFF file reading / writing</li>
3658           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3659             files</li>
3660           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3661           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3662           <li>Applet can launch the full application</li>
3663           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3664             required)</li>
3665           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3666           <li>Applet can load sequences from parameter
3667             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3668           </li>
3669         </ul>
3670       </td>
3671       <td>
3672         <ul>
3673           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3674           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3675           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3676         </ul>
3677       </td>
3678     </tr>
3679     <tr>
3680       <td>
3681         <div align="center">
3682           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3683         </div>
3684       </td>
3685       <td>
3686         <ul>
3687           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3688           <li>Choose to match case when searching</li>
3689           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3690             expand the visible width and height of the alignment</li>
3691         </ul>
3692       </td>
3693       <td>
3694         <ul>
3695           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3696         </ul>
3697       </td>
3698     </tr>
3699     <tr>
3700       <td>
3701         <div align="center">
3702           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3703         </div>
3704       </td>
3705       <td>&nbsp;</td>
3706       <td>
3707         <ul>
3708           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3709           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3710             value</li>
3711         </ul>
3712       </td>
3713     </tr>
3714     <tr>
3715       <td>
3716         <div align="center">
3717           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3718         </div>
3719       </td>
3720       <td>
3721         <ul>
3722           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3723           <li>Keyboard editing</li>
3724           <li>Create sequence features from searches</li>
3725           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3726             alignments</li>
3727           <li>Features file allows grouping of features</li>
3728           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3729           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3730           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3731         </ul>
3732       </td>
3733       <td>
3734         <ul>
3735           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3736           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3737             descriptions saved.</li>
3738         </ul>
3739       </td>
3740     </tr>
3741     <tr>
3742       <td>
3743         <div align="center">
3744           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3745         </div>
3746       </td>
3747       <td>
3748         <ul>
3749           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3750           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3751           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3752             name for file output</li>
3753           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3754           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3755             used for HTML form input</li>
3756         </ul>
3757       </td>
3758       <td>
3759         <ul>
3760           <li>HTML output writes groups and features</li>
3761           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3762           <li>File IO bugs</li>
3763         </ul>
3764       </td>
3765     </tr>
3766     <tr>
3767       <td>
3768         <div align="center">
3769           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3770         </div>
3771       </td>
3772       <td>
3773         <ul>
3774           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3775           <li>More options for PCA viewer</li>
3776         </ul>
3777       </td>
3778       <td>
3779         <ul>
3780           <li>GUI bugs resolved</li>
3781           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3782         </ul>
3783       </td>
3784     </tr>
3785     <tr>
3786       <td height="63">
3787         <div align="center">
3788           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3789         </div>
3790       </td>
3791       <td>
3792         <ul>
3793           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3794           <li>Jar files are executable</li>
3795           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3796         </ul>
3797       </td>
3798       <td>
3799         <ul>
3800           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3801           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3802           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3803         </ul>
3804       </td>
3805     </tr>
3806     <tr>
3807       <td>
3808         <div align="center">
3809           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3810         </div>
3811       </td>
3812       <td>
3813         <ul>
3814           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3815         </ul>
3816       </td>
3817       <td>
3818         <ul>
3819           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3820         </ul>
3821       </td>
3822     </tr>
3823     <tr>
3824       <td>
3825         <div align="center">
3826           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3827         </div>
3828       </td>
3829       <td>
3830         <ul>
3831           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3832             size</li>
3833         </ul>
3834       </td>
3835       <td>
3836         <ul>
3837           <li>Improved JPred client reliability</li>
3838           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3839         </ul>
3840       </td>
3841     </tr>
3842     <tr>
3843       <td>
3844         <div align="center">
3845           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3846         </div>
3847       </td>
3848       <td>
3849         <ul>
3850           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3851           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3852           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3853             to Colour Menu</li>
3854           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3855           <li>Unix users can set default web browser</li>
3856           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3857           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3858         </ul>
3859       </td>
3860       <td>
3861         <ul>
3862           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3863         </ul>
3864       </td>
3865     </tr>
3866     <tr>
3867       <td>
3868         <div align="center">
3869           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3870         </div>
3871       </td>
3872       <td>&nbsp;</td>
3873       <td>
3874         <ul>
3875           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3876             alignment order.</li>
3877         </ul>
3878       </td>
3879     </tr>
3880     <tr>
3881       <td>
3882         <div align="center">
3883           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3884         </div>
3885       </td>
3886       <td>
3887         <ul>
3888           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3889           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3890           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3891             annotations.</li>
3892           <li>Version and build date written to build properties
3893             file.</li>
3894           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3895             at launch of Jalview.</li>
3896         </ul>
3897       </td>
3898       <td>
3899         <ul>
3900           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3901           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3902           <li>Can remove groups one by one.</li>
3903           <li>Filechooser icons installed.</li>
3904           <li>Finder ignores return character when searching.
3905             Return key will initiate a search.<br>
3906           </li>
3907         </ul>
3908       </td>
3909     </tr>
3910     <tr>
3911       <td>
3912         <div align="center">
3913           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3914         </div>
3915       </td>
3916       <td>
3917         <ul>
3918           <li>New codebase</li>
3919         </ul>
3920       </td>
3921       <td>&nbsp;</td>
3922     </tr>
3923   </table>
3924   <p>&nbsp;</p>
3925 </body>
3926 </html>