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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96           </ul>
  97           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  98       </td>
  99       <td><div align="left">
 100           <em>General</em>
 101           <ul>
 102             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 103             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 104             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 105           </ul>
 106           <em>Desktop</em>
 107           <ul>
 108             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 109             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 110             </li>
 111             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 112             </li>
 113             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 114             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 115             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 116             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 117             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 118             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 119             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 120             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 121             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 122             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 123            </ul>
 124           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 125            <ul>
 126             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 127           </ul>
 128       </td>
 129     </tr>
 130     <tr>
 131       <td width="60" nowrap>
 132         <div align="center">
 133           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 134             <em>2/10/2017</em></strong>
 135         </div>
 136       </td>
 137       <td><div align="left">
 138           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 139           <ul>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 142             </li>
 143             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 144             </li>
 145           </ul>
 146         </div></td>
 147       <td><div align="left">
 148         </div></td>
 149     </tr>
 150     <tr>
 151       <td width="60" nowrap>
 152         <div align="center">
 153           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 154             <em>7/9/2017</em></strong>
 155         </div>
 156       </td>
 157       <td><div align="left">
 158           <em></em>
 159           <ul>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 162               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 163               white)
 164             </li>
 165             <li>
 166               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 167               Preferences
 168             </li>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 171               in size and progress bar shown as higher resolution
 172               overview is recalculated
 173             </li>
 174
 175           </ul>
 176         </div></td>
 177       <td><div align="left">
 178           <em></em>
 179           <ul>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 182               column region row by row
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 186               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 190               format setting is unticked
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 194               if group has show boxes format setting unticked
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 198               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 199               include sequences and columns not currently displayed
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 203               assemblies are imported via CIF file
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 207               displayed when threshold or conservation colouring is also
 208               enabled.
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 212               server version
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 216               dragging a selected region off the visible region of the
 217               alignment
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 221               colourscheme to all groups in a view
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 225               initially after font size change using the Font chooser or
 226               middle-mouse zoom
 227             </li>
 228           </ul>
 229         </div></td>
 230     </tr>
 231     <tr>
 232       <td width="60" nowrap>
 233         <div align="center">
 234           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 235         </div>
 236       </td>
 237       <td><div align="left">
 238           <em>Calculations</em>
 239           <ul>
 240
 241             <li>
 242               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 243               ungapped positions in each column of the alignment.
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 247               a calculation dialog box
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 251               and memory efficiency (~30x faster)
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 255               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 256               and other calculations
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 260               files within the Jalview codebase
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 264               Similarity may have different topology due to increased
 265               precision
 266             </li>
 267           </ul>
 268           <em>Rendering</em>
 269           <ul>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 272               model for alignments and groups
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 276               scripts
 277             </li>
 278           </ul>
 279           <em>Overview</em>
 280           <ul>
 281             <li>
 282               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 283               with alignment and overview windows
 284             </li>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 287               overview
 288             </li>
 289             <li>
 290               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 291               omitted in Overview
 292             </li>
 293             <li>
 294               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 295               adjustment of visible position
 296             </li>
 297           </ul>
 298
 299           <em>Data import/export</em>
 300           <ul>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 303               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 307               annotation input/output via stockholm flatfile
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 311               extension when importing structure files without embedded
 312               names or PDB accessions
 313             </li>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 316               format sequence substitution matrices
 317             </li>
 318           </ul>
 319           <em>User Interface</em>
 320           <ul>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 323               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 324               the application.
 325             </li>
 326             <li>
 327               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 328               via Overview or sequence motif search operations
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 332               opened by double clicking gaps within sequence feature
 333               extent
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 337               aligned positions were available to create a 3D structure
 338               superposition.
 339             </li>
 340           </ul>
 341           <em>3D Structure</em>
 342           <ul>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 345               coloured in linked structure views
 346             </li>
 347             <li>
 348               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 349               file-based command exchange
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 353               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 354               structures are already available for sequences
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 358               the Jalview project rather than downloaded again when the
 359               project is reopened.
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 363               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 364               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 365                 Feature</strong>)
 366             </li>
 367           </ul>
 368           <em>Web Services</em>
 369           <ul>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 375               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 376               Analysis services
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 380               cross-references provided by identifiers.org and the
 381               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 382             </li>
 383           </ul>
 384
 385           <em>Scripting</em>
 386           <ul>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 389               identifying file formats (instead of String constants)
 390             </li>
 391             <li>
 392               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 393               efficiency when counting all displayed features (not
 394               backwards compatible with 2.10.1)
 395             </li>
 396           </ul>
 397           <em>Example files</em>
 398           <ul>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 401               included in the example feature file
 402             </li>
 403           </ul>
 404           <em>Documentation</em>
 405           <ul>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 408               with the built-in Java help viewer
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 412               sequence description' option
 413             </li>
 414           </ul>
 415           <em>Test Suite</em>
 416           <ul>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 419               Uniprot REST Free Text Search Client
 420             </li>
 421             <li>
 422               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 423             </li>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 426               during tests
 427             </li>
 428           </ul>
 429         </div></td>
 430       <td><div align="left">
 431           <em>Calculations</em>
 432           <ul>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 435               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 436               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 437             </li>
 438             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 439               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 440               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 441               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 442               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 443               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 444               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 445               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 446               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 447               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 448               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 449               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 450               // for 2.10.1 mode <br />
 451               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 452               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 453                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 454                 calculations (not recommended)</em></li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 457               scaling of branch lengths for trees computed using
 458               Sequence Feature Similarity.
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 462               generating output report when working with highly
 463               redundant alignments
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 467               right of selected region when gaps present on right-hand
 468               boundary
 469             </li>
 470           </ul>
 471           <em>User Interface</em>
 472           <ul>
 473             <li>
 474               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 475               doesn't reselect a specific sequence's associated
 476               annotation after it was used for colouring a view
 477             </li>
 478             <li>
 479               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 480               opened on a region of alignment without groups
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 484               of an alignment with overlapping groups
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 488               name and description match
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 492               hidden regions results in incorrect hidden regions
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 496               changing colour does not apply Conservation slider value
 497               to all groups
 498             </li>
 499             <li>
 500               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 501               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 505               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 509               gaps before start of features
 510             </li>
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 513               restored to UI when feature colour is edited
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 517               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 521               as graduate feature colour settings are modified via the
 522               dialog box
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 526               when a group defined on the alignment is resized
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 530               wrapped view result in positional status updates
 531             </li>
 532
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 535               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 539               alignment included gapped columns
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 543               widgets don't permanently disappear
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 547               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 548               T-Coffee column reliability scores)
 549             </li>
 550             <li>
 551               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 552               sequence feature on gaps only
 553             </li>
 554             <li>
 555               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 556               button from a Find inherit previously defined feature type
 557               rather than the Find query string
 558             </li>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 561               exporting tree calculated in Jalview
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 565               and then revealing them reorders sequences on the
 566               alignment
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 570               doesn't update to reflect available set of groups after
 571               interactively adding or modifying features
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 575               Linux
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 579               only excluded gaps in current sequence and ignored
 580               selection.
 581             </li>
 582           </ul>
 583           <em>Rendering</em>
 584           <ul>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 587               erratically when hidden rows or columns are present
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 591               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 592               sequence colouring
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 596               colour and group colour menu for protein alignments
 597             </li>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 600               reflect currently selected view or group's shading
 601               thresholds
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 605               when rendered on overview and structures when opacity at
 606               100%
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 610               overview when features overlaid on alignment
 611             </li>
 612           </ul>
 613           <em>Data import/export</em>
 614           <ul>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 617               load
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 621               added after a sequence was imported are not written to
 622               Stockholm File
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 626               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 630               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 634               with lightGray or darkGray via features file (but can
 635               specify lightgray)
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 639               when alignment view imported from project
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 643               structure and sequences extracted from structure files
 644               imported via URL and viewed in Jmol
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 648               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 649               the project is loaded and the structure viewed
 650             </li>
 651           </ul>
 652           <em>Web Services</em>
 653           <ul>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 656               release of Ensembl v.88
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 660               appear enabled in Preferences->Connections
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 664               removed from console output
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 668               Ensembl by Peptide ID
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 672               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 673               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 674               due to 'null' string rather than empty string used for
 675               residues with no corresponding PDB mapping).
 676             </li>
 677           </ul>
 678           <em>Application UI</em>
 679           <ul>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 682               menu
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 686               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 687               new documentation and tooltips added)
 688             </li>
 689             <li>
 690               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 691               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 695               new features are added to alignment
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 699               changes to feature colours via the Amend features dialog
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 703               edit graduated feature colour via amend features dialog
 704               box
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 708               selection menu changes colours of alignment views
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 712               from alignment calculation workers after alignment has
 713               been closed
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 717               groups now 'Create Group'
 718             </li>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 721               Create/Undefine group doesn't always work
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 725               shown again after pressing 'Cancel'
 726             </li>
 727             <li>
 728               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 729               adjusts start position in wrap mode
 730             </li>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 733               ambiguous amino acids
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 737               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 738               proteins
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 742               Defined' don't appear in Colours menu
 743             </li>
 744           </ul>
 745           <em>Applet</em>
 746           <ul>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 749               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 753               overview or linked structure view
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 757               work (since 2.8)
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 761               user-defined colourscheme doesn't restore original
 762               colourscheme
 763             </li>
 764           </ul>
 765           <em>Test Suite</em>
 766           <ul>
 767             <li>
 768               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 769               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 773               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 774               problems with deep array comparison equality asserts in
 775               successive versions of TestNG
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 779               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 780             </li>
 781           </ul>
 782           <em>New Known Issues</em>
 783           <ul>
 784             <li>
 785               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 786               phase after a sequence motif find operation
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 790               containing just upper and lower case letters are
 791               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 795               reliably from eggnog Ortholog database
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 799               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 800               to mark columns containing highlighted regions.
 801             </li>
 802             <li>
 803               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 804               doesn't always add secondary structure annotation.
 805             </li>
 806           </ul>
 807         </div>
 808     <tr>
 809       <td width="60" nowrap>
 810         <div align="center">
 811           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 812         </div>
 813       </td>
 814       <td><div align="left">
 815           <em>General</em>
 816           <ul>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 819               for all consensus calculations
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 823               3rd Oct 2016)
 824             </li>
 825             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 826               for 2016-2017</li>
 827           </ul>
 828           <em>Application</em>
 829           <ul>
 830             <li>
 831               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 832               set of database cross-references, sorted alphabetically
 833             </li>
 834             <li>
 835               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 836               from database cross references. Users with custom links
 837               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 838                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 842               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 843               Chimera session
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 847               the Chimera it is connected to is shut down
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 851               columns menu item to mark columns containing highlighted
 852               regions (e.g. from structure selections or results of a
 853               Find operation)
 854             </li>
 855             <li>
 856               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 857               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 858               MSAviewer
 859             </li>
 860           </ul>
 861         </div></td>
 862       <td>
 863         <div align="left">
 864           <em>General</em>
 865           <ul>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 868               are not coloured or thresholded according to percent
 869               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 873               hydrophobic
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 877               threshold, amino acid properties)
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 881               reported as mapped to residues in a structure file in the
 882               View Mapping report
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 886               could be added multiple times to a sequence
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 890               bond features shown as two highlighted residues rather
 891               than a range in linked structure views, and treated
 892               correctly when selecting and computing trees from features
 893             </li>
 894             <li>
 895               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 896               cross-references are matched to database name regardless
 897               of case
 898             </li>
 899
 900           </ul>
 901           <em>Application</em>
 902           <ul>
 903             <li>
 904               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 905               names without regular expressions also offer links from
 906               Sequence ID
 907             </li>
 908             <li>
 909               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 910               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 911               update Jalview configuration
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 915               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 919               files with similarly named sequences if dropped onto the
 920               alignment
 921             </li>
 922             <li>
 923               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 924               entries where more chains exist in the PDB accession than
 925               are reported in the SIFTS file
 926             </li>
 927             <li>
 928               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 929               the structure view when displayed with Chimera
 930             </li>
 931             <li>
 932               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 933               panel's View->Show Chains submenu
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 937               work for wrapped alignment views
 938             </li>
 939             <li>
 940               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 941               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 942             </li>
 943             <li>
 944               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 945               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 946               first annotation row
 947             </li>
 948             <li>
 949               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 950               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 951             </li>
 952             <li>
 953               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 954               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 955             </li>
 956             <!-- JAL-2319 -->
 957             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 958             coordindate data
 959             </li>
 960           </ul>
 961           <!--           <em>New Known Issues</em>
 962           <ul>
 963             <li></li>
 964           </ul> -->
 965         </div>
 966       </td>
 967     </tr>
 968     <td width="60" nowrap>
 969       <div align="center">
 970         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 971           <em>25/10/2016</em></strong>
 972       </div>
 973     </td>
 974     <td><em>Application</em>
 975       <ul>
 976         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 977           view if structures already loaded</li>
 978         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 979           structure views</li>
 980       </ul></td>
 981     <td>
 982       <div align="left">
 983         <em>General</em>
 984         <ul>
 985           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 986             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 987           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 988             example sequences/projects/trees</li>
 989         </ul>
 990         <em>Application</em>
 991         <ul>
 992           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 993             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 994           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 995             without timeout for structures with multiple models or
 996             multiple sequences in alignment</li>
 997           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 998             PDB ID HEADER line</li>
 999           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1000             is performed</li>
1001           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1002             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1003           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1004           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1005             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1006             option</li>
1007           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1008             is created on the alignment</li>
1009           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1010             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1011             pop-up menu</li>
1012         </ul>
1013         <em>Build and deployment</em>
1014         <ul>
1015           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1016             tags</li>
1017         </ul>
1018         <em>New Known Issues</em>
1019         <ul>
1020           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1021             on Windows</li>
1022         </ul>
1023       </div>
1024     </td>
1025     </tr>
1026     <tr>
1027       <td width="60" nowrap>
1028         <div align="center">
1029           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1030         </div>
1031       </td>
1032       <td><em>General</em>
1033         <ul>
1034           <li>
1035             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1036           </li>
1037           <li>
1038             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1039             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1040             better PDB parsing.
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1044             reference sequence
1045           </li>
1046           <li>
1047             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1048             mousing over sequence associated annotation
1049           </li>
1050           <li>
1051             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1052             for manual entry
1053           </li>
1054           <li>
1055             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1056             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1057             for each column
1058           </li>
1059           <li>
1060             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1061             showing or hiding columns containing a feature
1062           </li>
1063           <li>
1064             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1065             group and sequence associated annotation labels
1066           </li>
1067           <li>
1068             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1069             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1070             dialogs
1071           </li>
1072
1073         </ul> <em>Application</em>
1074         <ul>
1075           <li>
1076             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1077             gene/transcript view
1078           </li>
1079           <li>
1080             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1081             dialog
1082           </li>
1083           <li>
1084             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1085             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1086           </li>
1087           <li>
1088             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1089             Pfam sources to xfam.org
1090           </li>
1091           <li>
1092             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1096             over sequences in Jalview
1097           </li>
1098           <li>
1099             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1100             regions in ENA and EMBL
1101           </li>
1102           <li>
1103             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1104             for record retrieval via ENA rest API
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1108             complement operator
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1112             groovy script execution
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1116             alignment window's Calculate menu
1117           </li>
1118           <li>
1119             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1120             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1121           </li>
1122           <li>
1123             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1124             calculation workers from groovy scripts
1125           </li>
1126           <li>
1127             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1128             Jalview projects
1129           </li>
1130           <li>
1131             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1132             associations are now saved/restored from project
1133           </li>
1134           <li>
1135             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1136             before sequence fetcher is opened
1137           </li>
1138           <li>
1139             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1140             database chooser opens a sequence fetcher
1141           </li>
1142           <li>
1143             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1144             the UniProt REST API
1145           </li>
1146           <li>
1147             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1148             the news reader opening
1149           </li>
1150           <li>
1151             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1152             querying stored in preferences
1153           </li>
1154           <li>
1155             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1156             search results
1157           </li>
1158           <li>
1159             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1160           </li>
1161           <li>
1162             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1163             menu for nucleotide sequences
1164           </li>
1165           <li>
1166             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1167             and feature counts preserves alignment ordering (and
1168             debugged for complex feature sets).
1169           </li>
1170           <li>
1171             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1172             viewing structures with Jalview 2.10
1173           </li>
1174           <li>
1175             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1176             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1177             Ensembl Genomes REST API
1178           </li>
1179           <li>
1180             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1181             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1182             (Ensembl)
1183           </li>
1184           <li>
1185             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1186             sequences
1187           </li>
1188           <li>
1189             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1190             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1191             data from external database records.
1192           </li>
1193           <li>
1194             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1195             efficient recovery of sequence coding and alignment
1196             annotation relationships.
1197           </li>
1198         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1199         <ul>
1200           <li>
1201             -- JAL---
1202           </li>
1203         </ul> --></td>
1204       <td>
1205         <div align="left">
1206           <em>General</em>
1207           <ul>
1208             <li>
1209               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1210               menu on OSX
1211             </li>
1212             <li>
1213               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1214               includes graduated colourschemes
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1218               working with big alignments and lots of hidden columns
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1222               at right of alignment window
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1226               contents
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1230               for DNA alignments
1231             </li>
1232             <li>
1233               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1234               based tree calculation
1235             </li>
1236             <li>
1237               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1238               unconserved enabled for group on alignment
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1242               set as reference
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1246               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1247               annotation
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1251               hidden columns present
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1255               user created annotation added to alignment
1256             </li>
1257             <li>
1258               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1259               '()' base pair annotation
1260             </li>
1261             <li>
1262               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1263               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1264               Consensus
1265             </li>
1266             <li>
1267               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1268               feature not working
1269             </li>
1270             <li>
1271               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1272               beginning of sequence
1273             </li>
1274             <li>
1275               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1276               entry 3a6s
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1280               from a tree when t-coffee scores are shown
1281             </li>
1282             <li>
1283               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1284               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1285             </li>
1286             <li>
1287               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1288               some structures
1289             </li>
1290             <li>
1291               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1292               to Clustal, PIR and PileUp output
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1296               not visible causes alignment window to repaint
1297             </li>
1298             <li>
1299               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1300               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1301               scores associated with features and annotation rows
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1305               calculation should be case independent
1306             </li>
1307             <li>
1308               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1309               columns
1310             </li>
1311             <li>
1312               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1313               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1314               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1315             </li>
1316             <li>
1317               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1318               problems when reference sequence defined and 'show
1319               non-conserved' enabled
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1323               load even when Consensus calculation is disabled
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1327               alignment does nothing
1328             </li>
1329           </ul>
1330           <em>Application</em>
1331           <ul>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1334               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1335               yet fixed for El Capitan)
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1339               output when running on non-gb/us i18n platforms
1340             </li>
1341             <li>
1342               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1343               hidden sequences as flat-file alignment
1344             </li>
1345             <li>
1346               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1347               launching Chimera
1348             </li>
1349             <li>
1350               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1351               (also hotfix for 2.9.0b2)
1352             </li>
1353             <li>
1354               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1355               reference sequence defined
1356             </li>
1357             <li>
1358               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1359               alignments and views when revealing hidden columns
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1363               view in a cDNA/Protein splitframe
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1367               sequence from project when only one sequence is
1368               represented
1369             </li>
1370             <li>
1371               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1372               in Structure Chooser
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1376               structure consensus didn't refresh annotation panel
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1380               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1381             </li>
1382             <li>
1383               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1384               dialogs format columns correctly, don't display array
1385               data, sort columns according to type
1386             </li>
1387             <li>
1388               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1389               file chooser is cancelled during an image export
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1393               sequence name containing special characters
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1397               case insensitive
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1401               formatting don't wrap
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1405               truncated so L looks like I in consensus annotation
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1409               currently displayed features for the current selection or
1410               view
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1414               after fetching cross-references, and restoring from
1415               project
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1419               followed in the structure viewer
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1423               splitframe not restored from project
1424             </li>
1425             <li>
1426               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1427               trailing end of protein alignment in transcript/product
1428               splitview when pad-gaps not enabled by default
1429             </li>
1430             <li>
1431               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1432               is case dependent
1433             </li>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1436               article has been read (reopened issue due to
1437               internationalisation problems)
1438             </li>
1439             <li>
1440               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1441               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1442               cross-references
1443             </li>
1444
1445             <li>
1446               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1447               alignment as HTML
1448             </li>
1449             <li>
1450               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1451               multiple structures are shown for one or more sequences.
1452             </li>
1453             <li>
1454               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1455               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1456               is enabled.
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1460               specific PDB id for sequence
1461             </li>
1462             <li>
1463               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1464               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1465               columns' is disabled.
1466             </li>
1467             <li>
1468               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1469               selects lowest rather than highest resolution structures
1470               for each sequence
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1474               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1478               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1482               after clicking on it to create new annotation for a
1483               column.
1484             </li>
1485             <li>
1486               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1487               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1488             </li>
1489             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1490             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1491           </ul>
1492           <em>Applet</em>
1493           <ul>
1494             <li>
1495               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1496               hidden columns present before start of sequence
1497             </li>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1500               (JSON jars)
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1504               sequences are hidden in applet
1505             </li>
1506             <li>
1507               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1508               deployment on examples pages.
1509             </li>
1510           </ul>
1511         </div>
1512       </td>
1513     </tr>
1514     <tr>
1515       <td width="60" nowrap>
1516         <div align="center">
1517           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1518             <em>16/10/2015</em></strong>
1519         </div>
1520       </td>
1521       <td><em>General</em>
1522         <ul>
1523           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1524             jars</li>
1525         </ul></td>
1526       <td>
1527         <div align="left">
1528           <em>Application</em>
1529           <ul>
1530             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1531               shown when tree is partitioned</li>
1532             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1533               multiple cDNA/Protein split views</li>
1534           </ul>
1535         </div>
1536       </td>
1537     </tr>
1538     <tr>
1539       <td width="60" nowrap>
1540         <div align="center">
1541           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1542             <em>8/10/2015</em></strong>
1543         </div>
1544       </td>
1545       <td><em>General</em>
1546         <ul>
1547           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1548             2.9</li>
1549         </ul> <em>Application</em>
1550         <ul>
1551           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1552           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1553           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1554         </ul> <em>Applet</em>
1555         <ul>
1556           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1557         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1558         <ul>
1559           <li>
1560             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1561             suite
1562           </li>
1563         </ul></td>
1564       <td>
1565         <div align="left">
1566           <em>General</em>
1567           <ul>
1568             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1569               incorrect when sequence start > 1</li>
1570             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1571               documentation</li>
1572             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1573             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1574               loading a features file containing HTML tags in feature
1575               description</li>
1576
1577           </ul>
1578           <em>Application</em>
1579           <ul>
1580             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1581               reimport</li>
1582             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1583               with 'trim retrieved sequences'</li>
1584             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1585               deleting selected columns</li>
1586             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1587               JNLP templates for webstart launch</li>
1588             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1589               unreleased structures for download or viewing</li>
1590             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1591               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1592             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1593               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1594             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1595               recovered from jalview project</li>
1596             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1597               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1598               alignment view</li>
1599             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1600               color schemes from BioJSON</li>
1601           </ul>
1602           <em>Applet</em>
1603           <ul>
1604             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1605               frame</li>
1606             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1607           </ul>
1608         </div>
1609       </td>
1610     </tr>
1611     <tr>
1612       <td><div align="center">
1613           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1614         </div></td>
1615       <td><em>General</em>
1616         <ul>
1617           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1618             alignments:
1619             <ul>
1620               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1621                 and DNA alignment views</li>
1622               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1623                 cDNA alignment views</li>
1624               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1625                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1626               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1627                 protein sequences</li>
1628             </ul>
1629           </li>
1630           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1631           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1632             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1633           <li>New alignment annotation file statements for
1634             reference sequences and marking hidden columns</li>
1635           <li>Reference sequence based alignment shading to
1636             highlight variation</li>
1637           <li>Select or hide columns according to alignment
1638             annotation</li>
1639           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1640           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1641             acid conservation row</li>
1642           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1643         </ul> <em>Application</em>
1644         <ul>
1645           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1646             <ul>
1647               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1648                 view with cDNA/Protein</li>
1649               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1650                 sequences are placed in the same alignment</li>
1651               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1652                 projects</li>
1653             </ul>
1654           </li>
1655
1656           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1657           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1658             Jalview windows</li>
1659
1660           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1661           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1662           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1663             be shown in VARNA</li>
1664
1665           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1666             as the active selected region</li>
1667
1668           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1669             similarity</li>
1670           <li>New Export options
1671             <ul>
1672               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1673                 region export in flat file generation</li>
1674
1675               <li>Export alignment views for display with the <a
1676                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1677
1678               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1679               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1680                 alignment figures to HTML</li>
1681           </li>
1682           <li>3D structure retrieval and display
1683             <ul>
1684               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1685                 Search API</li>
1686               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1687                 PDB structures for a sequence set</li>
1688             </ul>
1689           </li>
1690
1691           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1692             predictions</li>
1693           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1694             for one or a group of sequences</li>
1695           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1696             from the JPred4 web server</li>
1697           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1698             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1699             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1700           </li>
1701           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1702             VARNA 2D Structure'</li>
1703           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1704             Structure ..."</li>
1705
1706         </ul> <em>Applet</em>
1707         <ul>
1708           <li>New layout for applet example pages</li>
1709           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1710             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1711           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1712             Protein alignments</li>
1713         </ul> <em>Development and deployment</em>
1714         <ul>
1715           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1716           <li>Include installation type and git revision in build
1717             properties and console log output</li>
1718           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1719             storing BioJsMSA Templates</li>
1720           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1721         </ul></td>
1722       <td>
1723         <!-- <em>General</em>
1724         <ul>
1725         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1726         <ul>
1727           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1728           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1729           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1730             predictions are not highlighted in amber</li>
1731           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1732             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1733           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1734             associated structure views</li>
1735           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1736             width checkbox not enabled</li>
1737           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1738             creating user defined colours</li>
1739           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1740             mappings for just that viewer's sequences</li>
1741           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1742             multiple models in Chimera</li>
1743           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1744             over Jmol structure</li>
1745           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1746             output to text box</li>
1747           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1748             have incorrect sequence start/end</li>
1749           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1750             Jalview fails</li>
1751           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1752             work for nucleotide</li>
1753           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1754             to a grey/invisible alignment window</li>
1755           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1756             imports to different position</li>
1757           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1758             on some platforms</li>
1759           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1760             populated</li>
1761           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1762             console if Chimera has been opened</li>
1763           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1764           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1765             retrieved</li>
1766           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1767           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1768             either sequence shows on first structure</li>
1769           <li>'Show annotations' options should not make
1770             non-positional annotations visible</li>
1771           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1772             in right place after 'view flanking regions'</li>
1773           <li>File Save As type unset when current file format is
1774             unknown</li>
1775           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1776             projects</li>
1777           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1778             responsive</li>
1779           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1780             several views on same alignment</li>
1781           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1782           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1783             spaces</li>
1784         </ul> <em>Applet</em>
1785         <ul>
1786           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1787           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1788             descriptions containing angle brackets</li>
1789         </ul> <em>General</em>
1790         <ul>
1791           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1792             via jalview annotation file</li>
1793           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1794             with RNA secondary structure</li>
1795           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1796             translation doesn't work.</li>
1797           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1798           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1799             positions</li>
1800           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1801             choosing 1pt font</li>
1802           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1803             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1804             'h'</li>
1805           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1806             new feature</li>
1807           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1808             order dependent</li>
1809           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1810             sequences</li>
1811           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1812         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1813         <ul>
1814           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1815             www.jalview.org</li>
1816         </ul> <em>Application Known issues</em>
1817         <ul>
1818           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1819           <li>Misleading message appears after trying to delete
1820             solid column.</li>
1821           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1822             version launches</li>
1823           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1824             fails with a sequence mismatch</li>
1825           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1826             scrolling alignment to right</li>
1827           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1828             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1829           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1830             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1831           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1832             ultra-high resolution</li>
1833           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1834             quality and conservation</li>
1835           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1836             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1837         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1838         <ul>
1839           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1840           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1841             window is being resized</li>
1842
1843         </ul>
1844       </td>
1845     </tr>
1846     <tr>
1847       <td><div align="center">
1848           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1849         </div></td>
1850       <td><em>General</em>
1851         <ul>
1852           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1853             Certum.PL.</li>
1854           <li>Features and annotation preserved when performing
1855             pairwise alignment</li>
1856           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1857             imported/exported/displayed</li>
1858           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1859             protein secondary structure</li>
1860           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1861               post-hoc with 2.9 release</em>)
1862           </li>
1863
1864         </ul> <em>Application</em>
1865         <ul>
1866           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1867             with 3D structures</li>
1868           <li>Support for parsing RNAML</li>
1869           <li>Annotations menu for layout
1870             <ul>
1871               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1872               <li>place sequence annotation above/below alignment
1873                 annotation</li>
1874             </ul>
1875           <li>Output in Stockholm format</li>
1876           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1877             translation</li>
1878           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1879           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1880             shared between alignments</li>
1881           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1882             Jalview</li>
1883           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1884             all or current selection</li>
1885           <li>disorder and secondary structure predictions
1886             available as dataset annotation</li>
1887           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1888
1889
1890           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1891             alignments from Rfam</li>
1892           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1893
1894           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1895             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1896           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1897           <li>include installation type in build properties and
1898             console log output</li>
1899           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1900             annotation</li>
1901         </ul></td>
1902       <td>
1903         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1904         <ul>
1905           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1906             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1907           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1908             alignment</li>
1909           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1910           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1911           <li>Double click on sequence associated annotation
1912             selects only first column</li>
1913           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1914             leaves shown in tree</li>
1915           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1916             properly</li>
1917           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1918           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1919             screen and buttons not visible</li>
1920           <li>author list isn't updated if already written to
1921             Jalview properties</li>
1922           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1923             from database</li>
1924           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1925           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1926             browser search window</li>
1927           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1928             in feature settings dialog</li>
1929           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1930             desktop</li>
1931           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1932             pass validation</li>
1933           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1934             fit on screen</li>
1935           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1936             tooltip</li>
1937           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1938             defined user preset</li>
1939           <li>MSA web services warns user if they were launched
1940             with invalid input</li>
1941           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1942             Java 8</li>
1943           <li>
1944             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1945             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1946             created
1947           </li>
1948
1949         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1950         <ul>
1951         </ul> <em>General</em>
1952         <ul>
1953         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1954         <ul>
1955           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1956             memory allocation</li>
1957           <li>launchApp service doesn't automatically open
1958             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1959           <li>
1960             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1961             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1962             1.7_055 is available
1963           </li>
1964         </ul> <em>Application Known issues</em>
1965         <ul>
1966           <li>
1967             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1968             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1969             alignment to right
1970           </li>
1971           <li>
1972             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1973             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1974             with large number of ID
1975           </li>
1976           <li>
1977             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1978             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1979             start/end
1980           </li>
1981           <li>
1982             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1983             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1984             structure tracks are rearranged
1985           </li>
1986           <li>
1987             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1988             invalid rna structure positional highlighting does not
1989             highlight position of invalid base pairs
1990           </li>
1991           <li>
1992             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1993             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1994             project from alignment window file menu
1995           </li>
1996           <li>
1997             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1998             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1999             structures
2000           </li>
2001           <li>
2002             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2003             colour by RNA Helices not enabled when user created
2004             annotation added to alignment
2005           </li>
2006           <li>
2007             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2008             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2009           </li>
2010         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2011         <ul>
2012           <li>
2013             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2014             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2015           </li>
2016           <li>
2017             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2018             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2019           </li>
2020
2021           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2022             when selected</li>
2023         </ul>
2024       </td>
2025     </tr>
2026     <tr>
2027       <td><div align="center">
2028           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2029         </div></td>
2030       <td>
2031         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2032         <em>General</em>
2033         <ul>
2034           <li>Internationalisation of user interface (usually
2035             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2036           <li>Define/Undefine group on current selection with
2037             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2038           <li>Improved group creation/removal options in
2039             alignment/sequence Popup menu</li>
2040           <li>Sensible precision for symbol distribution
2041             percentages shown in logo tooltip.</li>
2042           <li>Annotation panel height set according to amount of
2043             annotation when alignment first opened</li>
2044         </ul> <em>Application</em>
2045         <ul>
2046           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2047             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2048           <li>Select columns containing particular features from
2049             Feature Settings dialog</li>
2050           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2051             sequences</li>
2052           <li>Update Jalview project format:
2053             <ul>
2054               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2055               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2056                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2057               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2058                 colouring</li>
2059             </ul>
2060           </li>
2061           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2062             (PAM250)</li>
2063           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2064             flanking regions for an alignment</li>
2065         </ul>
2066       </td>
2067       <td>
2068         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2069         <ul>
2070           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2071             running after job is cancelled</li>
2072           <li>cannot export features from alignments imported from
2073             Jalview/VAMSAS projects</li>
2074           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2075             float values</li>
2076           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2077             have 'display all symbols' flag set</li>
2078           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2079             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2080           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2081             Jalview</li>
2082           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2083             Lion/Webstart</li>
2084           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2085           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2086           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2087             alignment onto desktop</li>
2088           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2089             'extract scores' function</li>
2090           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2091             alignment window</li>
2092           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2093             performing IUPred disorder prediction</li>
2094           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2095             changing 'normalise logo' display setting</li>
2096           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2097             nothing matches query</li>
2098           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2099             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2100           </li>
2101           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2102             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2103           </li>
2104           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2105             Jalview's menu</li>
2106           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2107             'invalid literal/length code'</li>
2108           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2109             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2110           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2111             colourscheme</li>
2112
2113         </ul> <em>Applet</em>
2114         <ul>
2115           <li>Remove group option is shown even when selection is
2116             not a group</li>
2117           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2118             don't affect groups</li>
2119           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2120             colourscheme name</li>
2121           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2122             Annotation panel is not displayed</li>
2123           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2124             embedded windows</li>
2125         </ul> <em>Other</em>
2126         <ul>
2127           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2128             single sequence were not calculated</li>
2129           <li>annotation files that contain only groups imported as
2130             annotation and junk sequences</li>
2131           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2132             recognised as PFAM or BLC</li>
2133           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2134             doesn't affect background (2.8.0b1)
2135           <li></li>
2136           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2137           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2138             trailing gaps</li>
2139           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2140             registered correctly on import</li>
2141           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2142             certain alignments</li>
2143           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2144             existing annotation based 'use original colours'
2145             colourscheme loses original colours setting</li>
2146         </ul>
2147       </td>
2148     </tr>
2149     <tr>
2150       <td><div align="center">
2151           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2152             <em>30/1/2014</em></strong>
2153         </div></td>
2154       <td>
2155         <ul>
2156           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2157             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2158             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2159             open source project).
2160           </li>
2161           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2162           <li>Output in Stockholm format</li>
2163           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2164           <li>Export/import group and sequence associated line
2165             graph thresholds</li>
2166           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2167             ambiguity codes</li>
2168           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2169             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2170             works</li>
2171           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2172         </ul> <em>Other improvements</em>
2173         <ul>
2174           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2175           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2176             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2177           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2178             files</li>
2179           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2180           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2181             link but no description</li>
2182           <li>Select primary source when selecting authority in
2183             database fetcher GUI</li>
2184           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2185             Jalview</li>
2186           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2187         </ul>
2188       </td>
2189       <td>
2190         <ul>
2191           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2192             displayed</li>
2193           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2194             secondary structure annotation line</li>
2195           <li>Sequence database accessions not imported when
2196             fetching alignments from Rfam</li>
2197           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2198             identical IDs</li>
2199           <li>View all structures does not always superpose
2200             structures</li>
2201           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2202             reflect user or preset settings</li>
2203           <li>Null pointer exceptions for some services without
2204             presets or adjustable parameters</li>
2205           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2206             discover PDB xRefs</li>
2207           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2208             features with DAS</li>
2209           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2210             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2211           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2212             residue follows a gap</li>
2213           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2214             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2215           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2216             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2217           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2218             annotation already exists on alignment</li>
2219           <li>oninit javascript function should be called after
2220             initialisation completes</li>
2221           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2222             alignment window display</li>
2223           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2224           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2225             to annotation file</li>
2226           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2227             groups created</li>
2228           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2229             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2230           <li>Pressing return several times causes Number Format
2231             exceptions in keyboard mode</li>
2232           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2233             correct partitions for input data</li>
2234           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2235           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2236           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2237           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2238             mode</li>
2239           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2240             changes one row&#39;s threshold</li>
2241           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2242             doesn&#39;t open</li>
2243           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2244             quality histograms</li>
2245         </ul>
2246       </td>
2247     </tr>
2248     <tr>
2249       <td><div align="center">
2250           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2251         </div></td>
2252       <td><em>Application</em>
2253         <ul>
2254           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2255             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2256           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2257             preferences</li>
2258           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2259             in Jalview alignment window</li>
2260           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2261             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2262           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2263             RNA and ambiguity codes</li>
2264
2265           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2266           <li>Support fetching and database reference look up
2267             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2268             refs')</li>
2269           <li>Jalview project improvements
2270             <ul>
2271               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2272                 flag for annotation</li>
2273               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2274                 alignment</li>
2275               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2276                 Jalview project</li>
2277
2278             </ul>
2279           </li>
2280           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2281           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2282             running</li>
2283           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2284           <li>visual indication that web service results are still
2285             being retrieved from server</li>
2286           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2287             starts up for first time</li>
2288           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2289             services</li>
2290           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2291             client library</li>
2292           <li>Examples directory and Groovy library included in
2293             InstallAnywhere distribution</li>
2294         </ul> <em>Applet</em>
2295         <ul>
2296           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2297             visualization applet example</li>
2298         </ul> <em>General</em>
2299         <ul>
2300           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2301           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2302             defaults</li>
2303           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2304             calculation</li>
2305           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2306             matrices
2307           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2308             in HTML</li>
2309           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2310             structure contacts</li>
2311           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2312           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2313           <li>Parse sequence associated secondary structure
2314             information in Stockholm files</li>
2315           <li>HTML Export database accessions and annotation
2316             information presented in tooltip for sequences</li>
2317           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2318             style RNA alignment files</li>
2319           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2320             alignment</li>
2321           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2322             shade each sequence according to its associated alignment
2323             annotation</li>
2324           <li>New Jalview Logo</li>
2325         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2326         <ul>
2327           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2328           <li>New Website!</li>
2329         </ul></td>
2330       <td><em>Application</em>
2331         <ul>
2332           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2333             wsdbfetch REST service</li>
2334           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2335           <li>Filetype associations not installed for webstart
2336             launch</li>
2337           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2338             job execution in full once it is complete</li>
2339           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2340             uploaded via ali_file parameter</li>
2341           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2342           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2343           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2344             submitted for prediction</li>
2345           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2346             desktop window</li>
2347           <li>Putting fractional value into integer text box in
2348             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2349           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2350             windows 7</li>
2351           <li>View all structures fails with exception shown in
2352             structure view</li>
2353           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2354             escaped in a platform independent way</li>
2355           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2356             using proxy</li>
2357           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2358             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2359           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2360             failure when java web start temporary file caching is
2361             disabled</li>
2362           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2363             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2364           <li>Errors during processing of command line arguments
2365             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2366           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2367             DAS sources in sequence fetcher</li>
2368           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2369             dialog is shown</li>
2370           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2371           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2372           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2373           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2374             on OSX Mountain Lion</li>
2375           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2376             sequences with alignment annotation are pasted into the
2377             alignment</li>
2378           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2379             when loaded from Jalview project</li>
2380           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2381           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2382             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2383           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2384             associated with all views</li>
2385           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2386             annotation rows to new window</li>
2387         </ul> <em>Applet</em>
2388         <ul>
2389           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2390             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2391           <li>loading features via javascript API automatically
2392             enables feature display</li>
2393           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2394             work</li>
2395         </ul> <em>General</em>
2396         <ul>
2397           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2398           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2399             and then deselected</li>
2400           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2401           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2402             coloured with clustalx</li>
2403           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2404             exceptions and redraw errors</li>
2405           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2406             reconfigured view</li>
2407           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2408             colour</li>
2409           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2410             for lots of labels</li>
2411         </ul>
2412     </tr>
2413     <tr>
2414       <td>
2415         <div align="center">
2416           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2417         </div>
2418       </td>
2419       <td><em>Application</em>
2420         <ul>
2421           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2422           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2423           <li>View/alignment association menu to enable user to
2424             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2425             its colours/correspondences from</li>
2426           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2427           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2428             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2429           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2430           <li>Annotation row column label formatting attributes
2431             stored in project file</li>
2432           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2433             rows preserved in Jalview project file</li>
2434           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2435             saved using Desktop window menu</li>
2436           <li>Visual indication that command line arguments are
2437             still being processed</li>
2438           <li>Groovy script execution from URL</li>
2439           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2440             preferences</li>
2441           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2442             alignment with sequences that have high similarity and
2443             matching IDs</li>
2444           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2445           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2446             structures in same window</li>
2447           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2448           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2449             analysis function in its own submenu</li>
2450         </ul> <em>Applet</em>
2451         <ul>
2452           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2453             groups</li>
2454           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2455           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2456           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2457           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2458           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2459             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2460           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2461           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2462             parameters are treated as such</li>
2463           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2464             <ul>
2465               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2466               <li>Javascript callbacks for
2467                 <ul>
2468                   <li>Applet initialisation</li>
2469                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2470                 </ul>
2471               </li>
2472               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2473                 functions</li>
2474               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2475               <li>javascript structure viewer harness to pass
2476                 messages between Jmol and Jalview when running as
2477                 distinct applets</li>
2478               <li>sortBy method</li>
2479               <li>Set of applet and application examples shipped
2480                 with documentation</li>
2481               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2482                 javascript message exchange</li>
2483             </ul>
2484         </ul> <em>General</em>
2485         <ul>
2486           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2487             multiple alignments</li>
2488           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2489           <li>User configurable link to enable redirects to a
2490             www.Jalview.org mirror</li>
2491           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2492           <li>Configurable newline string when writing alignment
2493             and other flat files</li>
2494           <li>Allow alignment annotation description lines to
2495             contain html tags</li>
2496         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2497         <ul>
2498           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2499             examples</li>
2500           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2501             using a web service before displaying the result in the
2502             Jalview desktop</li>
2503           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2504           <li>Ant target to publish example html files with applet
2505             archive</li>
2506           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2507           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2508         </ul></td>
2509       <td><em>Application</em>
2510         <ul>
2511           <li>User defined colourscheme throws exception when
2512             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2513           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2514             dialog for valid filename/format</li>
2515           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2516           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2517             P37173</li>
2518           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2519             which sequence is to be associated with the file</li>
2520           <li>Find All raises null pointer exception when query
2521             only matches sequence IDs</li>
2522           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2523           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2524             2.4 cannot be loaded</li>
2525           <li>Filetype associations not installed for webstart
2526             launch</li>
2527           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2528             with sequences in different alignments do not get coloured
2529             by their associated sequence</li>
2530           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2531             not preserved when project is loaded</li>
2532           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2533             stored in Jalview project</li>
2534           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2535             Jalview project</li>
2536           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2537           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2538             by conservation</li>
2539           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2540             created on new view</li>
2541           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2542             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2543           <li>Alignment quality not updated after alignment
2544             annotation row is hidden then shown</li>
2545           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2546             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2547           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2548             properly</li>
2549           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2550             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2551           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2552           <li>Structures imported from file and saved in project
2553             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2554           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2555             job execution in full once it is complete</li>
2556         </ul> <em>Applet</em>
2557         <ul>
2558           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2559             annotation rows are displayed</li>
2560           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2561             codebase</li>
2562           <li>View follows highlighting does not work for positions
2563             in sequences</li>
2564           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2565           <li>Export features raises exception when no features
2566             exist</li>
2567           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2568             for javascript api is modified when separator string
2569             provided as parameter</li>
2570           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2571             alignment with no existing selection</li>
2572           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2573             to applet&#39;s codebase</li>
2574           <li>Status bar not updated after finished searching and
2575             search wraps around to first result</li>
2576           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2577             several Jalview applets causes race conditions and memory
2578             leaks</li>
2579           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2580             not sent from Jmol in applet</li>
2581           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2582             applet API fatally hang browser</li>
2583         </ul> <em>General</em>
2584         <ul>
2585           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2586             position with wrapped view and hidden regions</li>
2587           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2588             with/without hidden columns</li>
2589           <li>Sequence length given in alignment properties window
2590             is off by 1</li>
2591           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2592             import PDB like structure files</li>
2593           <li>Positional search results are only highlighted
2594             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2595           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2596           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2597             given sequence position</li>
2598           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2599             output</li>
2600           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2601             from nucleotide chains correctly</li>
2602           <li>Structure colours not updated when tree partition
2603             changed in alignment</li>
2604           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2605             parsed in interleaved stockholm</li>
2606           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2607             state</li>
2608           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2609             properly</li>
2610           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2611             properly associated with their pdb files</li>
2612         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2613         <ul>
2614           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2615             ApplyCopyright tool</li>
2616         </ul></td>
2617     </tr>
2618     <tr>
2619       <td>
2620         <div align="center">
2621           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2622         </div>
2623       </td>
2624       <td><em>Application</em>
2625         <ul>
2626           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2627             contact web services</li>
2628           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2629             service job window</li>
2630           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2631         </ul></td>
2632       <td>
2633         <ul>
2634           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2635             pir file emitted by Jalview</li>
2636           <li>Existing feature settings transferred to new
2637             alignment view created from cut'n'paste</li>
2638           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2639             parsing PDB files</li>
2640           <li>Consensus and conservation annotation rows
2641             occasionally become blank for all new windows</li>
2642           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2643             in wrapped view mode</li>
2644         </ul> <em>Application</em>
2645         <ul>
2646           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2647             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2648           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2649             parameter names</li>
2650           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2651             is down</li>
2652         </ul>
2653       </td>
2654     </tr>
2655     <tr>
2656       <td>
2657         <div align="center">
2658           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2659         </div>
2660       </td>
2661       <td><em>Application</em>
2662         <ul>
2663           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2664             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2665             (JABAWS)
2666           </li>
2667           <li>Web Services preference tab</li>
2668           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2669             preferences</li>
2670           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2671           <li>Superpose structures using associated sequence
2672             alignment</li>
2673           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2674             viewer</li>
2675         </ul> <em>Applet</em>
2676         <ul>
2677           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2678             link out mechanism</li>
2679         </ul> <em>Other</em>
2680         <ul>
2681           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2682             series 12</li>
2683           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2684             require Java 1.5</li>
2685           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2686             sequence annotation files</li>
2687           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2688             type colour specification</li>
2689           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2690             script to check if it being run in an interactive session or
2691             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2692         </ul></td>
2693       <td>
2694         <ul>
2695           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2696             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2697         </ul> <em>Application</em>
2698         <ul>
2699           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2700             selected Regions menu item</li>
2701           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2702             part of a valid accession ID</li>
2703           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2704             runs out of memory</li>
2705           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2706             analysis results</li>
2707           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2708             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2709           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2710         </ul> <em>Applet</em>
2711         <ul>
2712           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2713             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2714             defined.</li>
2715         </ul>
2716       </td>
2717     </tr>
2718     <tr>
2719       <td>
2720         <div align="center">
2721           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2722         </div>
2723       </td>
2724       <td></td>
2725       <td>
2726         <ul>
2727           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2728             sequence IDs</li>
2729           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2730             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2731           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2732             import correctly</li>
2733           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2734             number of columns are hidden</li>
2735           <li>annotation label popup menu not providing correct
2736             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2737             present</li>
2738           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2739             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2740           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2741             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2742
2743         </ul> <em>Applet</em>
2744         <ul>
2745           <li>annotation panel disappears when annotation is
2746             hidden/removed</li>
2747         </ul> <em>Application</em>
2748         <ul>
2749           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2750             alignment opened where annotation panel is visible but no
2751             annotations are present on alignment</li>
2752           <li>pasted region containing hidden columns is
2753             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2754           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2755             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2756           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2757             selected Rregions menu item.</li>
2758           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2759             'Un' or 'Non'conserved</li>
2760           <li>Sequence feature settings are being shared by
2761             multiple distinct alignments</li>
2762           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2763             changed</li>
2764           <li>double click on group annotation to select sequences
2765             does not propagate to associated trees</li>
2766           <li>Mac OSX specific issues:
2767             <ul>
2768               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2769                 window background</li>
2770               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2771                 name set correctly</li>
2772               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2773                 save feature colourscheme button</li>
2774             </ul>
2775           </li>
2776         </ul>
2777       </td>
2778     </tr>
2779     <tr>
2780
2781       <td>
2782         <div align="center">
2783           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2784         </div>
2785       </td>
2786       <td><em>New Capabilities</em>
2787         <ul>
2788           <li>URL links generated from description line for
2789             regular-expression based URL links (applet and application)
2790
2791           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2792             menu</li>
2793           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2794             structures</li>
2795           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2796             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2797           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2798             average score or total feature count for each sequence.</li>
2799           <li>Shading features by score or associated description</li>
2800           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2801             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2802           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2803             hide everything but the currently selected region.</li>
2804           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2805         </ul> <em>Application</em>
2806         <ul>
2807           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2808             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2809           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2810             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2811           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2812             database references and protein_name is parsed as
2813             description line (BioSapiens terms).</li>
2814           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2815             references in sequence ID tooltip from View menu in
2816             application.</li>
2817           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2818       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2819           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2820             conservation plots</li>
2821           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2822             and visualized as sequence logos</li>
2823           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2824             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2825           </li>
2826           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2827             when a new tree is opened.</li>
2828           <li>Jalview Java Console</li>
2829           <li>Better placement of desktop window when moving
2830             between different screens.</li>
2831           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2832             consensus annotation</li>
2833           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2834             Workflows</li>
2835           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2836             <ul>
2837               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2838                 used to preserve views, structures, and tree display
2839                 settings)</li>
2840               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2841                 command line</li>
2842               <li>Sharing of selected regions between views and
2843                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2844               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2845             </ul></li>
2846         </ul> <em>Applet</em>
2847         <ul>
2848           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2849           <li>New Parameters
2850             <ul>
2851               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2852                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2853                 opened.</li>
2854               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2855                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2856               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2857                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2858               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2859                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2860                 view</li>
2861               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2862                 increase the height or width of a cell in the alignment
2863                 grid relative to the current font size.</li>
2864             </ul>
2865           </li>
2866           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2867             tooltip</li>
2868         </ul> <em>Other</em>
2869         <ul>
2870           <li>Features format: graduated colour definitions and
2871             specification of feature scores</li>
2872           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2873             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2874             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2875           <li>XML formats extended to support graduated feature
2876             colourschemes, group associated annotation, and profile
2877             visualization settings.</li></td>
2878       <td>
2879         <ul>
2880           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2881             rather than description</li>
2882           <li>Non-positional features are now included in sequence
2883             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2884             visibility in tooltip).</li>
2885           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2886           <li>Added URL embedding instructions to features file
2887             documentation.</li>
2888           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2889             'X' in peptide product</li>
2890           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2891             sequence ID and sequence string and query strings do not
2892             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2893           <li>AMSA files only contain first column of
2894             multi-character column annotation labels</li>
2895           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2896             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2897             exported and re-imported)</li>
2898           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2899             name</li>
2900           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2901             as subsequence matches, and correctly reports total number
2902             of both.</li>
2903           <li>Application:
2904             <ul>
2905               <li>Better handling of exceptions during sequence
2906                 retrieval</li>
2907               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2908                 link text excludes the start_end suffix</li>
2909               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2910                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2911               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2912               <li>Sequence description lines properly shared via
2913                 VAMSAS</li>
2914               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2915                 data sources</li>
2916               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2917                 completes before alignment figures are generated.</li>
2918               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2919                 first time.</li>
2920               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2921                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2922               <li>User defined group colours properly recovered
2923                 from Jalview projects.</li>
2924             </ul>
2925           </li>
2926         </ul>
2927       </td>
2928
2929     </tr>
2930     <tr>
2931       <td>
2932         <div align="center">
2933           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2934         </div>
2935       </td>
2936       <td>
2937         <ul>
2938           <li>Experimental support for google analytics usage
2939             tracking.</li>
2940           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2941         </ul>
2942       </td>
2943       <td>
2944         <ul>
2945           <li>Race condition in applet preventing startup in
2946             jre1.6.0u12+.</li>
2947           <li>Exception when feature created from selection beyond
2948             length of sequence.</li>
2949           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2950           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2951             all sequences with a given id</li>
2952           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2953             ID string searches</li>
2954           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2955             alignment to fail with exception</li>
2956         </ul> <em>Application Issues</em>
2957         <ul>
2958           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2959           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2960             data sources</li>
2961         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2962         <ul>
2963           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2964             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2965           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2966             version (java class versioning error fixed)</li>
2967         </ul>
2968       </td>
2969     </tr>
2970     <tr>
2971       <td>
2972
2973         <div align="center">
2974           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2975         </div>
2976       </td>
2977       <td><em>User Interface</em>
2978         <ul>
2979           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2980             translation and protein products</li>
2981           <li>Linked highlighting of structure associated with
2982             residue mapping to codon position</li>
2983           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2984             and 'clear' button</li>
2985           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2986             Tools menu</li>
2987           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2988             numeric data in description line</li>
2989           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2990           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2991             of sequence</li>
2992         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2993         <ul>
2994           <li>JPred3 web service</li>
2995           <li>Prototype sequence search client (no public services
2996             available yet)</li>
2997           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2998             PFAM</li>
2999           <li>URL Links created for matching database cross
3000             references as well as sequence ID</li>
3001           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3002         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3003         <ul>
3004           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3005             databases</li>
3006           <li>Generalised database reference retrieval and
3007             validation to all fetchable databases</li>
3008           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3009             sequence command</li>
3010         </ul> <em>Import and Export</em>
3011         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3012         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3013           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3014         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3015           File</li>
3016         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3017           triplet as name of colourscheme</li>
3018         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3019         <ul>
3020           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3021           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3022             alignments (experimental)</li>
3023           <li>Create new or select existing session to join</li>
3024           <li>load and save of vamsas documents</li>
3025         </ul> <em>Application command line</em>
3026         <ul>
3027           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3028             from applet)</li>
3029           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3030             of DAS servers to query for alignment features</li>
3031           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3032             that are also automatically queried for features</li>
3033           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3034             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3035         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3036         <ul>
3037           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3038             application (when using &quot;View in full
3039             application&quot;)</li>
3040         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3041         <ul>
3042           <li>feature group display control parameter</li>
3043           <li>debug parameter</li>
3044           <li>showbutton parameter</li>
3045         </ul> <em>Applet API methods</em>
3046         <ul>
3047           <li>newView public method</li>
3048           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3049           <li>Feature display control methods</li>
3050           <li>get list of currently selected sequences</li>
3051         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3052         <ul>
3053           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3054           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3055             Jalview release.</li>
3056           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3057             property controls execution of obfuscator</li>
3058           <li>Build target for generating source distribution</li>
3059           <li>Debug flag for javacc</li>
3060           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3061             jalview.bin.Cache</li>
3062           <li>Continuous Build Integration for stable and
3063             development version of Application, Applet and source
3064             distribution</li>
3065         </ul></td>
3066       <td>
3067         <ul>
3068           <li>selected region output includes visible annotations
3069             (for certain formats)</li>
3070           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3071             for editing</li>
3072           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3073           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3074           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3075           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3076             comments</li>
3077           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3078             filenames containing a ':'</li>
3079           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3080             global sequence features</li>
3081           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3082             references from alignment sequences goes to zero</li>
3083           <li>Close of tree branch colour box without colour
3084             selection causes cascading exceptions</li>
3085           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3086           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3087             file parsing fails.</li>
3088           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3089           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3090             not a valid output format</li>
3091           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3092             vamsas</li>
3093           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3094           <li>error messages passed up and output when data read
3095             fails</li>
3096           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3097             sequence is edited</li>
3098           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3099             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3100           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3101             filetype</li>
3102           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3103             import fixed for PFAM records</li>
3104           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3105             window list</li>
3106           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3107             can be read and written correctly to annotation file</li>
3108           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3109             correctly</li>
3110           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3111             non-italic font for representatives in Applet</li>
3112           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3113             Macs.</li>
3114           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3115             Applet)</li>
3116           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3117             due to null pointer exceptions</li>
3118           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3119             first column of alignment</li>
3120           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3121             July 2008</li>
3122           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3123             file is case-insensitive</li>
3124           <li>Sequence features read from Features file appended to
3125             all sequences with matching IDs</li>
3126           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3127             containing a sub-sequence</li>
3128           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3129           <li>feature and annotation file applet parameters
3130             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3131           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3132           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3133             splash-screen version check to complete</li>
3134           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3135             when passing them to the launchApp service</li>
3136           <li>display name and local features preserved in results
3137             retrieved from web service</li>
3138           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3139             sequence fetcher initialisation</li>
3140           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3141             dasobert DAS client</li>
3142           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3143             association</li>
3144           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3145             sequences
3146           </li>
3147         </ul>
3148       </td>
3149     </tr>
3150     <tr>
3151       <td>
3152         <div align="center">
3153           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3154         </div>
3155       </td>
3156       <td>
3157         <ul>
3158           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3159           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3160           <li>Slide sequences</li>
3161           <li>Edit sequence in place</li>
3162           <li>EMBL CDS features</li>
3163           <li>DAS Feature mapping</li>
3164           <li>Feature ordering</li>
3165           <li>Alignment Properties</li>
3166           <li>Annotation Scores</li>
3167           <li>Sort by scores</li>
3168           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3169         </ul>
3170       </td>
3171       <td>
3172         <ul>
3173           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3174           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3175           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3176           <li>Feature group display state in XML</li>
3177           <li>Feature ordering in XML</li>
3178           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3179           <li>Stockholm alignment properties</li>
3180           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3181           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3182           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3183           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3184         </ul>
3185       </td>
3186
3187     </tr>
3188     <tr>
3189       <td>
3190         <div align="center">
3191           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3192         </div>
3193       </td>
3194       <td>
3195         <ul>
3196           <li>Non standard characters can be read and displayed
3197           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3198             applet via textbox
3199           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3200             name &amp; description
3201           <li>Preference setting to display sequence name in
3202             italics
3203           <li>Annotation file format extended to allow
3204             Sequence_groups to be defined
3205           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3206             specified in preferences
3207           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3208             sequences
3209         </ul>
3210       </td>
3211       <td>
3212         <ul>
3213           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3214             installed
3215           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3216           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3217         </ul>
3218       </td>
3219     </tr>
3220     <tr>
3221       <td>
3222         <div align="center">
3223           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3224         </div>
3225       </td>
3226       <td>
3227         <ul>
3228           <li>Multiple views on alignment
3229           <li>Sequence feature editing
3230           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3231           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3232           <li>Background dependent text colour
3233           <li>Right align sequence ids
3234           <li>User-defined lower case residue colours
3235           <li>Format Menu
3236           <li>Select Menu
3237           <li>Menu item accelerator keys
3238           <li>Control-V pastes to current alignment
3239           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3240           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3241           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3242
3243           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3244         </ul>
3245       </td>
3246       <td>
3247         <ul>
3248           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3249           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3250             calculations
3251           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3252             edits
3253           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3254             of alignment)
3255           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3256
3257           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3258             display correctly
3259           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3260           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3261             analysis results
3262           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3263             &#8739;
3264           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3265           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3266           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3267
3268         </ul>
3269       </td>
3270     </tr>
3271     <tr>
3272       <td>
3273         <div align="center">
3274           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3275         </div>
3276       </td>
3277       <td>
3278         <ul>
3279           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3280         </ul>
3281       </td>
3282       <td>
3283         <ul>
3284           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3285             sequence id panel has been resized</li>
3286           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3287             rendered</li>
3288           <li>Annotation files with sequence references - all
3289             elements in file are relative to sequence position</li>
3290           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3291         </ul>
3292       </td>
3293     </tr>
3294     <tr>
3295       <td>
3296         <div align="center">
3297           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3298         </div>
3299       </td>
3300       <td>
3301         <ul>
3302           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3303           <li>DAS Feature fetching</li>
3304           <li>Hide sequences and columns</li>
3305           <li>Export Annotations and Features</li>
3306           <li>GFF file reading / writing</li>
3307           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3308             files</li>
3309           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3310           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3311           <li>Applet can launch the full application</li>
3312           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3313             required)</li>
3314           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3315           <li>Applet can load sequences from parameter
3316             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3317           </li>
3318         </ul>
3319       </td>
3320       <td>
3321         <ul>
3322           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3323           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3324           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3325         </ul>
3326       </td>
3327     </tr>
3328     <tr>
3329       <td>
3330         <div align="center">
3331           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3332         </div>
3333       </td>
3334       <td>
3335         <ul>
3336           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3337           <li>Choose to match case when searching</li>
3338           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3339             expand the visible width and height of the alignment</li>
3340         </ul>
3341       </td>
3342       <td>
3343         <ul>
3344           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3345         </ul>
3346       </td>
3347     </tr>
3348     <tr>
3349       <td>
3350         <div align="center">
3351           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3352         </div>
3353       </td>
3354       <td>&nbsp;</td>
3355       <td>
3356         <ul>
3357           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3358           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3359             value</li>
3360         </ul>
3361       </td>
3362     </tr>
3363     <tr>
3364       <td>
3365         <div align="center">
3366           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3367         </div>
3368       </td>
3369       <td>
3370         <ul>
3371           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3372           <li>Keyboard editing</li>
3373           <li>Create sequence features from searches</li>
3374           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3375             alignments</li>
3376           <li>Features file allows grouping of features</li>
3377           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3378           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3379           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3380         </ul>
3381       </td>
3382       <td>
3383         <ul>
3384           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3385           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3386             descriptions saved.</li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389     </tr>
3390     <tr>
3391       <td>
3392         <div align="center">
3393           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3394         </div>
3395       </td>
3396       <td>
3397         <ul>
3398           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3399           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3400           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3401             name for file output</li>
3402           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3403           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3404             used for HTML form input</li>
3405         </ul>
3406       </td>
3407       <td>
3408         <ul>
3409           <li>HTML output writes groups and features</li>
3410           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3411           <li>File IO bugs</li>
3412         </ul>
3413       </td>
3414     </tr>
3415     <tr>
3416       <td>
3417         <div align="center">
3418           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3419         </div>
3420       </td>
3421       <td>
3422         <ul>
3423           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3424           <li>More options for PCA viewer</li>
3425         </ul>
3426       </td>
3427       <td>
3428         <ul>
3429           <li>GUI bugs resolved</li>
3430           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3431         </ul>
3432       </td>
3433     </tr>
3434     <tr>
3435       <td height="63">
3436         <div align="center">
3437           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3438         </div>
3439       </td>
3440       <td>
3441         <ul>
3442           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3443           <li>Jar files are executable</li>
3444           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3445         </ul>
3446       </td>
3447       <td>
3448         <ul>
3449           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3450           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3451           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3452         </ul>
3453       </td>
3454     </tr>
3455     <tr>
3456       <td>
3457         <div align="center">
3458           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3459         </div>
3460       </td>
3461       <td>
3462         <ul>
3463           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3464         </ul>
3465       </td>
3466       <td>
3467         <ul>
3468           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3469         </ul>
3470       </td>
3471     </tr>
3472     <tr>
3473       <td>
3474         <div align="center">
3475           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3476         </div>
3477       </td>
3478       <td>
3479         <ul>
3480           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3481             size</li>
3482         </ul>
3483       </td>
3484       <td>
3485         <ul>
3486           <li>Improved JPred client reliability</li>
3487           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3488         </ul>
3489       </td>
3490     </tr>
3491     <tr>
3492       <td>
3493         <div align="center">
3494           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3495         </div>
3496       </td>
3497       <td>
3498         <ul>
3499           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3500           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3501           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3502             to Colour Menu</li>
3503           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3504           <li>Unix users can set default web browser</li>
3505           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3506           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3507         </ul>
3508       </td>
3509       <td>
3510         <ul>
3511           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3512         </ul>
3513       </td>
3514     </tr>
3515     <tr>
3516       <td>
3517         <div align="center">
3518           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3519         </div>
3520       </td>
3521       <td>&nbsp;</td>
3522       <td>
3523         <ul>
3524           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3525             alignment order.</li>
3526         </ul>
3527       </td>
3528     </tr>
3529     <tr>
3530       <td>
3531         <div align="center">
3532           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3533         </div>
3534       </td>
3535       <td>
3536         <ul>
3537           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3538           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3539           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3540             annotations.</li>
3541           <li>Version and build date written to build properties
3542             file.</li>
3543           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3544             at launch of Jalview.</li>
3545         </ul>
3546       </td>
3547       <td>
3548         <ul>
3549           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3550           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3551           <li>Can remove groups one by one.</li>
3552           <li>Filechooser icons installed.</li>
3553           <li>Finder ignores return character when searching.
3554             Return key will initiate a search.<br>
3555           </li>
3556         </ul>
3557       </td>
3558     </tr>
3559     <tr>
3560       <td>
3561         <div align="center">
3562           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3563         </div>
3564       </td>
3565       <td>
3566         <ul>
3567           <li>New codebase</li>
3568         </ul>
3569       </td>
3570       <td>&nbsp;</td>
3571     </tr>
3572   </table>
3573   <p>&nbsp;</p>
3574 </body>
3575 </html>