help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>What's new ?</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>What's new ?</strong></p>
  24 <p>Jalview 2.5.1 is a bug fix release for the 2.5 version of
  25 Jalview. See the <a href="releases.html#Jalview2.5.1">release
  26 history</a> for the bugs that this release resolves.</p>
  27 <p><strong>Highlights in Jalview Version 2.5</strong></p>
  28 <ul>
  29         Linked viewing of nucleic acid sequences and structures
  30         <br />
  31         Automatic Scrolling option in View menu to display the currently
  32         highlighted region of an alignment.
  33         <br />
  34         Order an alignment by sequence length, or using the average score or
  35         total feature count for each sequence.
  36         <br />
  37         Shading features by score or associated description
  38         <br />
  39         Subdivide alignment and groups based on identity of selected
  40         subsequence (Make Groups from Selection).
  41         <br />
  42         New hide/show options including Shift+Control+H to hide everything but
  43         the currently selected region.
  44         <br />
  45 </ul>
  46 <em>Jalview Desktop:</em>
  47 <ul>
  48         Fetch DB References capabilities and UI expanded to support retrieval
  49         from DAS sequence sources
  50         <br />
  51         Enable or disable non-positional feature and database references in
  52         sequence ID tooltip from View menu in application.
  53         <br />
  54         Group-associated consensus, sequence logos and conservation plots
  55         <br />
  56         Symbol distributions for each column can be exported and visualized as
  57         sequence logos
  58         <br />
  59         Jalview Java Console
  60         <br />
  61         New webservice for submitting sequences and IDs to
  62         <a href="webServices/index.html#envision2">Envision2</a>
  63         Workflows
  64         <br />
  65         Improved VAMSAS synchronization and sharing of selections.
  66         <br />
  67 </ul>
  68 <em>JalviewLite:</em>
  69 <ul>
  70         Middle button resizes annotation row height
  71         <br />
  72         New Parameters - including default tree display settings.
  73         <br />
  74         Non-positional features displayed in ID tooltip
  75         <br />
  76 </ul>
  77 <p><strong>Issues Resolved (a select list)</strong></p>
  78 <ul>
  79         <ul>
  80                 Source field in GFF files parsed as feature source rather than
  81                 description
  82                 <br />
  83                 Non-positional features are now included in sequence feature and gff
  84                 files (controlled via non-positional feature visibility in tooltip).
  85                 <br />
  86                 URL links generated for all feature links (bugfix)
  87                 <br />
  88                 Codons containing ambiguous nucleotides translated as 'X' in peptide
  89                 product
  90                 <br />
  91                 Match case switch in find dialog box works for both sequence ID and
  92                 sequence string and query strings do not have to be in upper case to
  93                 match case-insensitively.
  94                 <br />
  95                 Jalview Annotation File generation/parsing consistent with
  96                 documentation (e.g. Stockholm annotation can be exported and
  97                 re-imported)
  98                 <br />
  99                 Find incrementally searches ID string matches as well as subsequence
 100                 matches, and correctly reports total number of both.
 101                 <br />
 102         </ul>
 103         <em>Desktop Issues</em>
 104         <ul>
 105                 Better handling of exceptions during sequence retrieval
 106                 <br />
 107                 PDB files retrieved from URLs are cached properly
 108                 <br />
 109                 Sequence description lines properly shared via VAMSAS
 110                 <br />
 111                 Sequence fetcher fetches multiple records for all data sources
 112                 <br />
 113                 Ensured that command line das feature retrieval completes before
 114                 alignment figures are generated.
 115                 <br />
 116                 Reduced time taken when opening file browser for first time.
 117                 <br />
 118                 User defined group colours properly recovered from Jalview projects.
 119                 <br />
 120         </ul>
 121 </ul>
 122
 123 <p>&nbsp;</p>
 124 <p>See the <a href="releases.html">Release History</a> page for
 125 details of all new features and resolved issues.</p>
 126 </body>
 127 </html>