jpred/lib/PSIBLAST/Run.pm

   1 package PSIBLAST::Run;
   2
   3 use Carp;
   4 use base qw(Root);
   5 use Run qw(check);
   6
   7 sub new {
   8   my ( $class, %args ) = @_;
   9   my $self = {};
  10   bless $self, ref($class) || $class;
  11
  12   # -a number of CPUs used (default 1)
  13   # -e e-value threshold for reporting sequences (default 10)
  14   # -h e-value threshold for including sequences in PSSM (default 0.002)
  15   # -m type of output
  16   # -b max number of alignments reported (default 250)
  17   # -v max number of sequences described (default 500)
  18   # -j max number of itterations (default 1)
  19   # $self->args("-e0.05 -h0.01 -m6 -b10000 -v10000 -j3");
  20   # $self->args("-a2 -e0.05 -h0.01 -m6 -b20000 -v20000 -j15");
  21
  22   # Automatically run any arguments passed to the constructor
  23   for ( keys %args ) {
  24     croak "No such method '$_' of object $class" unless $self->can($_);
  25     $self->$_( $args{$_} );
  26   }
  27
  28   return $self;
  29 }
  30
  31 sub path     { defined $_[1] ? $_[0]->{path}   = $_[1]      : $_[0]->{path} }
  32 sub args     { defined $_[1] ? $_[0]->{args}   = $_[1]      : $_[0]->{args} }
  33 sub database { defined $_[1] ? $_[0]->{data}   = "-d $_[1]" : $_[0]->{data} }
  34 sub input    { defined $_[1] ? $_[0]->{input}  = "-i $_[1]" : $_[0]->{input} }
  35 sub output   { defined $_[1] ? $_[0]->{output} = "-o $_[1]" : $_[0]->{output} }
  36 sub matrix   { defined $_[1] ? $_[0]->{matrix} = "-Q $_[1]" : $_[0]->{matrix} }
  37 sub debug    { defined $_[1] ? $_[0]->{debug}  = $_[1]      : $_[0]->{debug} }
  38 sub BLASTMAT { $ENV{BLASTMAT} = $_[1] }
  39 sub BLASTDB  { $ENV{BLASTDB}  = $_[1] }
  40
  41 sub run {
  42   my ($self) = @_;
  43
  44   # Required arguments
  45   for (qw(path output database input)) {
  46     croak "Method '$_' needs to be set" unless defined $self->$_;
  47   }
  48
  49   # Construct the command line
  50   my @cmd;
  51   for (qw(path args database input matrix output)) {
  52     next unless $self->$_;
  53     push @cmd, $self->$_;
  54   }
  55
  56   my $cmd = join " ", @cmd;
  57
  58   # Execute PSIBLAST and check it ran okay
  59   warn "$cmd\n" if ( $self->debug );
  60
  61   system($cmd) == 0 or check( "blastpgp", $? ) and die "blastpgp was naughty";
  62
  63   # Clean up the error.log file it produces
  64   if   ( -z "error.log" ) { unlink "error.log" }
  65   else                    { warn "blastpgp error.log file was not empty\n" }
  66 }
  67
  68 1;