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[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
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2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
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12 action.print = Print...
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182 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
183 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
184 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
185 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
186 label.status_bar = Status bar
187 label.out_to_textbox = Output to Textbox
188 label.occupancy = Occupancy
189 # delete Clustal - use FileFormat name instead
190 label.clustal = Clustal
191 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
192 label.colourScheme_clustal = Clustalx
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222 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
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271 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
272 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
273 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
274 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
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319 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
320 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
321 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
322 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
323 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
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325 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
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341 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
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358 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
359 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
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374 label.example_param = Example: {0}
375 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
376 label.file_format_not_specified = File format not specified
377 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
378 label.error_saving_file = Error Saving File
379 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
380 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
381 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
382 label.invalid_selection = Invalid Selection
383 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
384 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
385 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
386 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
387 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
388 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
389 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
390 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
391 label.translation_failed = Translation Failed
392 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
393 label.implementation_error  = Implementation error:
394 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
395 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
396 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
397 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
398 label.view_name_original = Original
399 label.enter_view_name = Enter View Name
400 label.enter_label = Enter label
401 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
402 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
403 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
404 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
405 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
406 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
407 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
408 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
409 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
410 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
411 label.error_parsing_text = Error parsing text
412 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
413 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
414 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
415 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
416 label.input_alignment = Input Alignment
417 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
418 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
419 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
420 label.url_not_found = URL not found
421 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
422 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
423 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
424 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
425 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
426 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
427 label.invalid_url = Invalid URL !
428 label.error_loading_file = Error loading file
429 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
430 label.file_open_error = File open error
431 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
432 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
433 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
434 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
435 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
436 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
437 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
438 label.alignment_props = Alignment Properties
439 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
440 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
441 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
442 label.annotations = Annotations
443 label.structure_options = Structure Options
444 label.features = Features
445 label.overview_params = Overview {0}
446 label.paste_newick_file = Paste Newick file
447 label.load_tree_from_file = From File - 
448 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
449 label.selection_output_command = Selection output - {0}
450 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
451 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
452 label.pca_details = PCA details
453 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
454 label.user_defined_colours = User defined colours
455 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
456 label.jaview_build_date = Build date: {0}
457 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
458 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
459 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
460 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
461 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
462 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
463 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
464 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
465 label.right_click = Right click
466 label.to_add_annotation = to add annotation
467 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
468 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
469 label.label = Label
470 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
471 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
472 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
473 label.calculating_pca= Calculating PCA
474 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
475 label.jalview_applet = Jalview applet
476 label.loading_data = Loading data
477 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
478 label.calculating_tree = Calculating tree
479 label.state_queueing = queuing
480 label.state_running = running
481 label.state_completed = finished
482 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
483 label.state_job_error = job error!
484 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
485 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
486 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
487 label.structure_type = Structure type
488 label.settings_for_type = Settings for {0}
489 label.view_full_application = View in Full Application
490 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
491 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
492 label.export_features = Export Features...
493 label.export_annotations = Export Annotations...
494 label.to_upper_case = To Upper Case
495 label.to_lower_case = To Lower Case
496 label.toggle_case = Toggle Case
497 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
498 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
499 label.edit_sequence = Edit Sequence
500 label.edit_sequences = Edit Sequences
501 label.sequence_details = Sequence Details
502 label.jmol_help = Jmol Help
503 label.chimera_help = Chimera Help
504 label.close_viewer = Close Viewer
505 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
506 label.all = All
507 label.sort_by = Sort alignment by
508 label.sort_by_score = Sort by Score
509 label.sort_by_density = Sort by Density
510 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
511 label.sort_ann_by = Sort annotations by
512 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
513 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
514 label.reveal = Reveal
515 label.hide_columns = Hide Columns
516 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
517 label.load_tree_file = Load a tree file
518 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
519 label.standard_databases = Standard Databases
520 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
521 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
522 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
523 label.connect_to_session = Connect to session {0}
524 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
525 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
526 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
527 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
528 label.adjust_threshold = Adjust threshold
529 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
530 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
531 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
532 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
533 label.open_url_param = Open URL {0}
534 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
535 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
536 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
537 label.dark_colour = Dark Colour
538 label.light_colour = Light Colour
539 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
540 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
541 label.copy_format_from = Copy format from
542 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
543 label.select_all_views = Select all views
544 label.select_many_views = Select many views
545 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
546 label.open_local_file = Open local file
547 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
548 label.listen_for_selections = Listen for selections
549 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
550 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
551 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
552 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
553 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
554 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
555 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
556 label.no_services = <No Services>
557 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
558 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
559 label.connect_to = Connect to
560 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
561 label.from_url = from URL
562 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
563 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
564 label.from_textbox = from Textbox
565 label.window = Window
566 label.preferences = Preferences
567 label.tools = Tools
568 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
569 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
570 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
571 label.collect_garbage = Collect Garbage
572 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
573 label.show_java_console = Show Java Console
574 label.show_jalview_news = Show Jalview News
575 label.take_snapshot = Take snapshot
576 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
577 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
578 label.monospaced_font= Monospaced
579 label.quality = Quality
580 label.maximize_window = Maximize Window
581 label.conservation = Conservation
582 label.consensus = Consensus
583 label.histogram = Histogram
584 label.logo = Logo
585 label.non_positional_features = List Non-positional Features
586 label.database_references = List Database References
587 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
588 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
589 label.gap_symbol = Gap Symbol
590 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
591 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
592 label.address = Address
593 label.port = Port
594 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
595 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
596 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
597 label.check_for_latest_version = Check for latest version
598 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
599 label.use_proxy_server = Use a proxy server
600 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
601 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
602 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
603 label.smooth_font = Smooth Font
604 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
605 label.pad_gaps = Pad Gaps
606 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
607 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
608 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
609 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
610 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
611 label.right_align_ids = Right Align Ids
612 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
613 label.open_overview = Open Overview
614 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
615 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
616 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
617 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
618 label.visual = Visual
619 label.connections = Connections
620 label.output = Output
621 label.editing = Editing
622 label.das_settings = DAS Settings
623 label.web_services = Web Services
624 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
625 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
626 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
627 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
628 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
629 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
630 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
631 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
632 label.new_service_url = New Service URL
633 label.edit_service_url = Edit Service URL
634 label.delete_service_url = Delete Service URL
635 label.details = Details
636 label.options = Options
637 label.parameters = Parameters
638 label.available_das_sources = Available DAS Sources
639 label.full_details = Full Details
640 label.authority = Authority
641 label.type = Type
642 label.proxy_server = Proxy Server
643 label.file_output = File Output
644 label.select_input_type = Select input type
645 label.set_options_for_type = Set options for type
646 label.data_input_parameters = Data input parameters
647 label.data_returned_by_service = Data returned by service
648 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
649 label.parsing_errors = Parsing errors
650 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
651 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
652 label.input_parameter_name = Input Parameter name
653 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
654 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
655 label.brief_description_service = Brief description of service
656 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
657 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
658 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
659 label.gap_character = Gap character
660 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
661 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
662 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
663 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
664 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
665 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
666 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
667 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
668 label.input_output = Input/Output
669 label.cut_paste = Cut'n'Paste
670 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
671 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
672 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
673 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
674 label.from_file = From File
675 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
676 label.enter_pdb_id_tip = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
677 label.text_colour = Text Colour...
678 label.structure = Structure
679 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
680 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
681 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
682 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
683 label.sequence_name = Sequence Name
684 label.sequence_description = Sequence Description
685 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
686 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
687 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
688 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
689 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
690 label.web_browser_not_found = Web browser not found
691 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
692 label.html = HTML
693 label.wrap = Wrap
694 label.show_database_refs = Show Database Refs
695 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
696 label.save_png_image = Save As PNG Image
697 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
698 label.export_image = Export Image
699 label.vamsas_store = VAMSAS store
700 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
701 label.reverse = Reverse
702 label.reverse_complement = Reverse Complement
703 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
704 label.extract_scores = Extract Scores
705 label.get_cross_refs = Get Cross-References
706 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
707 label.add_sequences = Add Sequences
708 label.new_window = New Window
709 label.split_window = Split Window
710 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
711 label.use_registry = Use Registry
712 label.add_local_source = Add Local Source
713 label.set_as_default = Set as Default
714 label.show_labels = Show labels
715 action.background_colour = Background Colour...
716 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
717 label.link_name = Link Name
718 label.pdb_file = PDB file
719 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
720 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
721 label.superpose_structures = Superpose Structures
722 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
723 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
724 label.jmol = Jmol
725 label.chimera = Chimera
726 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
727 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
728 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
729 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
730 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
731 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
732 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
733 label.case_sensitive = Case Sensitive
734 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
735 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
736 label.index_by_host = Index by Host
737 label.index_by_type = Index by Type
738 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
739 label.display_warnings = Display Warnings
740 label.move_url_up = Move URL Up
741 label.move_url_down = Move URL Down
742 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
743 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
744 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
745 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
746 label.sequences_updated = Sequences updated
747 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
748 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
749 label.paste_new_window = Paste To New Window
750 label.settings_for_param = Settings for {0}
751 label.view_params = View {0}
752 label.aacon_calculations = AACon Calculations
753 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
754 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
755 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
756 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
757 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
758 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
759 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
760 label.all_views = All Views
761 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
762 label.realign_with_params = Realign with {0}
763 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
764 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
765 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
766 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
767 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
768 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
769 label.view_documentation = View documentation
770 label.select_return_type = Select return type
771 label.translation_of_params = Translation of {0}
772 label.features_for_params = Features for - {0}
773 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
774 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
775 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
776 label.varna_params = VARNA - {0}
777 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
778 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
779 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
780 label.points_for_params = Points for {0}
781 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
782 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
783 label.select_background_colour = Select Background Colour
784 label.invalid_font = Invalid Font
785 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
786 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
787 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
788 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
789 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
790 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
791 label.example_query_param = Example query: {0}
792 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
793 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
794 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
795 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
796 label.select_columns_containing = Select columns containing
797 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
798 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
799 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
800 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
801 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
802 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
803 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
804 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
805 label.use_sequence_id_4 = 
806 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
807 label.switch_server = Switch server
808 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
809 label.services_at = Services at {0}
810 label.rest_client_submit = {0} using {1}
811 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
812 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
813 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
814 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
815 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
816 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
817 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
818 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
819 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
820 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
821 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
822 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
823 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
824 label.user_preset = User Preset
825 label.service_preset = Service Preset
826 label.run_with_preset = Run {0} with preset
827 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
828 action.by_title_param = By {0}
829 label.source_from_db_source = Sources from {0}
830 label.from_msname = from {0}
831 label.superpose_with = Superpose with
832 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
833 label.add_new_row = Add New Row
834 label.edit_label_description = Edit Label/Description
835 label.hide_row = Hide This Row
836 label.delete_row = Delete This Row
837 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
838 label.export_annotation = Export Annotation
839 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
840 label.helix = Helix
841 label.sheet = Sheet
842 label.rna_helix = RNA Helix
843 label.remove_annotation = Remove Annotation
844 label.colour_by = Colour by...
845 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
846 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
847 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
848 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
849 label.multiharmony = Multi-Harmony
850 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
851 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
852 label.prompt_each_time = Prompt each time
853 label.use_source = Use Source
854 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
855 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
856 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
857 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
858 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
859 label.invalid_name = Invalid name
860 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
861 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
862 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
863 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
864 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
865 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
866 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
867 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
868 label.feature_type = Feature Type
869 label.display = Display
870 label.service_url = Service URL
871 label.copied_sequences = Copied sequences
872 label.cut_sequences = Cut Sequences
873 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
874 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
875 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
876 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
877 label.save_features_to_file = Save Features to File
878 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
879 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
880 label.save_pdb_file = Save PDB File
881 label.save_text_to_file = Save Text to File
882 label.save_state = Save State
883 label.restore_state = Restore State
884 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
885 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
886 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
887 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
888 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
889 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
890 label.select_startup_file = Select startup file
891 label.select_default_browser = Select default web browser
892 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
893 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
894 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
895 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
896 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
897 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
898 label.save_as_html = Save as HTML
899 label.recently_opened = Recently Opened
900 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
901 label.tree = Tree
902 label.tree_from = Tree from {0}
903 label.webservice_job_title = {0} using {1}
904 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
905 label.visible = Visible
906 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
907 label.visible_region_of = visible region of
908 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
909 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
910 label.loading_file = Loading File: {0}
911 label.edit_params = Edit {0}
912 label.as_percentage = As Percentage
913 error.not_implemented = Not implemented
914 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
915 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
916 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
917 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
918 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
919 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
920 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
921 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
922 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
923 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
924 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
925 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
926 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
927 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
928 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
929 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
930 error.implementation_error = Implementation error
931 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
932 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
933 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
934 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
935 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
936 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
937 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
938 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
939 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
940 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
941 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
942 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
943 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
944 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
945 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
946 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
947 label.cancelled_params = Cancelled {0}
948 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
949 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
950 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
951 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
952 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
953 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
954 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
955 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
956 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
957 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
958 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
959 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
960 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
961 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
962 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
963 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
964 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
965 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
966 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
967 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
968 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
969 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
970 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
971 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
972 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
973 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
974 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
975 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
976 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
977 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
978 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
979 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
980 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
981 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
982 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
983 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
984 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
985 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
986 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
987 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
988 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
989 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
990 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
991 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
992 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
993 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
994 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
995 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
996 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
997 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
998 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
999 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1000 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1001 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
1002 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1003 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1004 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1005 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1006 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1007 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1008 label.toggled = Toggled
1009 label.marked = Marked
1010 label.containing = containing
1011 label.not_containing = not containing
1012 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1013 label.submission_params = Submission {0}
1014 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1015 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1016 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1017 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1018 label.pca_calculating = Calculating PCA
1019 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1020 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1021 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1022 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1023 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1024 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1025 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1026 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1027 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1028 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1029 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1030 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1031 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1032 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1033 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1034 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1035 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1036 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1037 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1038 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1039 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1040 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1041 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1042 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1043 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1044 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1045 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1046 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1047 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1048 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1049 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1050 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1051 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1052 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1053 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1054 label.mapped = mapped
1055 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1056 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1057 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1058 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1059 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1060 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1061 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1062 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1063 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1064 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1065 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1066 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1067 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1068 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1069 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1070 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1071 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1072 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1073 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1074 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1075 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1076 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1077 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1078 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1079 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1080 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1081 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1082 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1083 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1084 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1085 label.remove_gaps = Remove Gaps
1086 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1087 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1088 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1089 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1090 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1091 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1092 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1093 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1094 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1095 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1096 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1097 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1098 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1099 warn.service_not_supported = Service not supported!
1100 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1101 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1102 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1103 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1104 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1105 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1106 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1107 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1108 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1109 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1110 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1111 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1112 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1113 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1114 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1115 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1116 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1117 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1118 label.eps_file = EPS file
1119 label.png_image = PNG image
1120 status.saving_file = Saving {0}
1121 status.export_complete = {0} Export completed.
1122 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1123 status.refreshing_news = Refreshing news
1124 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1125 status.opening_params = Opening {0}
1126 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1127 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1128 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1129 status.finshed_querying = Finished querying
1130 status.parsing_results = Parsing results.
1131 status.processing = Processing...
1132 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1133 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1134 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1135 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1136 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1137 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1138 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1139 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1140 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1141 status.opening_file_for = opening file for
1142 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1143 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1144 label.font_too_small = Font size is too small
1145 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1146 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1147 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1148 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1149 label.out_of_memory = Out of memory
1150 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1151 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1152 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1153 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1154 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1155 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1156 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1157 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1158 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1159 label.test_server = Test Server?
1160 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1161 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1162 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1163 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1164 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1165 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1166 label.file_already_exists = File exists
1167 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1168 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1169 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1170 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1171 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1172 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1173 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1174 label.delete_all = Delete all sequences
1175 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1176 label.add_annotations_for = Add annotations for
1177 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1178 label.choose_annotations = Choose Annotations
1179 label.find = Find
1180 label.invalid_search = Search string invalid
1181 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1182 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1183 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1184 label.show_group_logo = Show Group Logo
1185 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1186 label.show_histogram = Show Histogram
1187 label.show_logo = Show Logo
1188 label.normalise_logo = Normalise Logo
1189 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1190 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1191 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1192 label.open_split_window = Open split window
1193 action.no = No
1194 action.yes = Yes
1195 label.for = for
1196 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1197 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1198 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1199 label.alpha_helix = Alpha Helix
1200 label.beta_strand = Beta Strand
1201 label.turn = Turn
1202 label.select_all = Select All
1203 label.structures_filter = Structures Filter
1204 label.search_filter = Search Filter
1205 label.include_description= Include Description
1206 action.back = Back
1207 label.hide_insertions = Hide Insertions
1208 label.mark_as_representative = Mark as representative
1209 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1210 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1211 label.result = result
1212 label.results = results
1213 label.structure_chooser = Structure Chooser
1214 label.select = Select : 
1215 label.invert = Invert 
1216 label.select_pdb_file = Select PDB File
1217 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1218 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1219 label.search_result = Search Result
1220 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1221 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1222 label.start_jalview = Start Jalview
1223 label.biojs_html_export = BioJS
1224 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1225 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1226 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1227 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1228 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1229 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1230 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1231 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1232 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1233 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1234 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1235 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1236 action.export_groups = Export Groups
1237 action.export_annotations = Export Annotations
1238 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1239 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1240 action.export_features = Export Features
1241 label.export_settings = Export Settings
1242 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1243 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1244 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1245 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1246 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1247 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1248 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1249 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1250 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1251 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1252 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1253 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1254 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1255 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1256 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1257 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1258 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1259 label.run_groovy = Run Groovy console script
1260 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1261 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1262 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1263 action.next_page= >> 
1264 action.prev_page= << 
1265 label.next_page_tooltip=Next Page
1266 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1267 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1268 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1269 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1270 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1271 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1272 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1273 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1274 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1275 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1276 label.column = Column
1277 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1278 label.operation_failed = Operation failed
1279 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1280 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1281 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1282 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1283 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1284 label.filter = Filter text:
1285 action.customfilter = Custom only
1286 action.showall = Show All
1287 label.insert = Insert:
1288 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1289 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1290 label.primary = Double Click
1291 label.inmenu = In Menu
1292 label.id = ID
1293 label.database = Database
1294 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1295 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1296 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1297 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1298 label.urllinks = Links
1299 label.default_cache_size = Default Cache Size
1300 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1301 label.togglehidden = Show hidden regions
1302 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1303 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1304 label.consensus_descr = PID
1305 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1306 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1307 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1308 label.show_experimental = Enable experimental features
1309 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1310 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1311 label.overview_settings = Overview settings
1312 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1313 label.gap_colour = Gap colour:
1314 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1315 label.hidden_colour = Hidden colour:
1316 label.select_gap_colour = Select gap colour
1317 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1318 label.overview = Overview
1319 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1320 label.oview_calc = Recalculating overview...
1321 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically
1322 option.autosearch = Autosearch
1323 label.retrieve_ids = Retrieve IDs
1324 label.best_quality = Best Quality
1325 label.best_resolution = Best Resolution
1326 label.most_protein_chain = Most Protein Chain
1327 label.most_bound_molecules = Most Bound Molecules
1328 label.most_polymer_residues = Most Polymer Residues
1329 label.cached_structures = Cached Structures
1330 label.free_text_search = Free Text Search