runner/compbio/runner/disorder/Disembl.java

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  14  * \r
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  17  */\r
  18 \r
  19 package compbio.runner.disorder;\r
  20 \r
  21 import java.io.FileNotFoundException;\r
  22 import java.io.IOException;\r
  23 import java.util.Arrays;\r
  24 \r
  25 import org.apache.log4j.Logger;\r
  26 \r
  27 import com.sun.xml.internal.bind.api.impl.NameConverter.Standard;\r
  28 import compbio.data.sequence.Alignment;\r
  29 import compbio.data.sequence.UnknownFileFormatException;\r
  30 import compbio.engine.client.Executable;\r
  31 import compbio.engine.client.PipedExecutable;\r
  32 import compbio.engine.client.SkeletalExecutable;\r
  33 import compbio.metadata.Limit;\r
  34 import compbio.metadata.LimitsManager;\r
  35 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;\r
  36 import compbio.runner.Util;\r
  37 \r
  38 /**\r
  39  * @see Standard DisEMBL DisEMBL.py smooth_frame peak_frame join_frame\r
  40  *      fold_coils fold_hotloops fold_rem465 sequence_file print 'A default run\r
  41  *      would be: ./DisEMBL.py 8 8 4 1.2 1.4 1.2 fasta_file > out'\r
  42  * \r
  43  *      new DisEMBL is at /homes/pvtroshin/soft/DisEMBL-1.4raw This is not a\r
  44  *      standard DisEMBL! The script has been modified! DisEMBL.py smooth_frame\r
  45  *      peak_frame join_frame fold_coils fold_hotloops fold_rem465 [mode] <\r
  46  *      fasta_file > out print 'A default run would be: ./DisEMBL.py 8 8 4 1.2\r
  47  *      1.4 1.2 < fasta_file' print 'Mode: "default"(nothing) or "scores" which\r
  48  *      will give scores per residue in TAB separated format'\r
  49  * \r
  50  */\r
  51 public class Disembl extends SkeletalExecutable<Disembl> implements\r
  52         PipedExecutable<Disembl> {\r
  53 \r
  54     private static Logger log = Logger.getLogger(Disembl.class);\r
  55 \r
  56     // Cache for Limits information\r
  57     private static LimitsManager<Disembl> limits;\r
  58 \r
  59     public static final String KEY_VALUE_SEPARATOR = Util.SPACE;\r
  60 \r
  61     public Disembl() {\r
  62         // remove default input to prevent it to appear in the parameters list\r
  63         // that could happen if the parameters are set first\r
  64         // super.setInput("");\r
  65         addParameters(Arrays.asList("8", "8", "4", "1.2", "1.4", "1.2",\r
  66                 "scores"));\r
  67     }\r
  68 \r
  69     @SuppressWarnings("unchecked")\r
  70     public Alignment getResults(String workDirectory)\r
  71             throws ResultNotAvailableException {\r
  72         try {\r
  73             return Util.readClustalFile(workDirectory, getOutput());\r
  74         } catch (FileNotFoundException e) {\r
  75             log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  76             throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  77         } catch (IOException e) {\r
  78             log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  79             throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  80         } catch (UnknownFileFormatException e) {\r
  81             log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  82             throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  83         } catch (NullPointerException e) {\r
  84             log.error(e.getMessage(), e.getCause());\r
  85             throw new ResultNotAvailableException(e);\r
  86         }\r
  87     }\r
  88 \r
  89     @Override\r
  90     public Disembl setInput(String inFile) {\r
  91         super.setInput(inFile);\r
  92         cbuilder.setLast(inFile);\r
  93         return this;\r
  94     }\r
  95 \r
  96     @Override\r
  97     public Limit<Disembl> getLimit(String presetName) {\r
  98         if (limits == null) {\r
  99             limits = getLimits();\r
 100         }\r
 101 \r
 102         Limit<Disembl> limit = null;\r
 103         if (limits != null) {\r
 104             // this returns default limit if preset is undefined!\r
 105             limit = limits.getLimitByName(presetName);\r
 106         }\r
 107         // If limit is not defined for a particular preset, then return default\r
 108         // limit\r
 109         if (limit == null) {\r
 110             log.debug("Limit for the preset " + presetName\r
 111                     + " is not found. Using default");\r
 112             limit = limits.getDefaultLimit();\r
 113         }\r
 114         return limit;\r
 115     }\r
 116 \r
 117     @Override\r
 118     public LimitsManager<Disembl> getLimits() {\r
 119         // synchronise on static field\r
 120         synchronized (log) {\r
 121             if (limits == null) {\r
 122                 limits = Util.getLimits(this.getClass());\r
 123             }\r
 124         }\r
 125         return limits;\r
 126     }\r
 127 \r
 128     @Override\r
 129     public Class<? extends Executable<?>> getType() {\r
 130         return this.getClass();\r
 131     }\r
 132 \r
 133 }\r