src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  28 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  29 import jalview.structure.AtomSpec;
  30 import jalview.structure.StructureListener;
  31 import jalview.structure.StructureMapping;
  32 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  33
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.awt.Dimension;
  36 import java.awt.Event;
  37 import java.awt.Font;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.Graphics2D;
  40 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  41 import java.awt.Image;
  42 import java.awt.RenderingHints;
  43 import java.awt.event.KeyAdapter;
  44 import java.awt.event.KeyEvent;
  45 import java.awt.event.MouseEvent;
  46 import java.awt.event.MouseListener;
  47 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  48 import java.io.PrintStream;
  49 import java.util.List;
  50 import java.util.Vector;
  51
  52 import javax.swing.JPanel;
  53 import javax.swing.ToolTipManager;
  54
  55 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener,
  56         MouseMotionListener, StructureListener
  57 {
  58   boolean redrawneeded = true;
  59
  60   int omx = 0;
  61
  62   int mx = 0;
  63
  64   int omy = 0;
  65
  66   int my = 0;
  67
  68   public PDBfile pdb;
  69
  70   PDBEntry pdbentry;
  71
  72   int bsize;
  73
  74   Image img;
  75
  76   Graphics ig;
  77
  78   Dimension prefsize;
  79
  80   float[] centre = new float[3];
  81
  82   float[] width = new float[3];
  83
  84   float maxwidth;
  85
  86   float scale;
  87
  88   String inStr;
  89
  90   String inType;
  91
  92   boolean bysequence = true;
  93
  94   boolean depthcue = true;
  95
  96   boolean wire = false;
  97
  98   boolean bymolecule = false;
  99
 100   boolean zbuffer = true;
 101
 102   boolean dragging;
 103
 104   int xstart;
 105
 106   int xend;
 107
 108   int ystart;
 109
 110   int yend;
 111
 112   int xmid;
 113
 114   int ymid;
 115
 116   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 117
 118   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
 119
 120   public SequenceI[] sequence;
 121
 122   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 123
 124   PDBChain mainchain;
 125
 126   Vector highlightRes;
 127
 128   boolean pdbAction = false;
 129
 130   boolean seqColoursReady = false;
 131
 132   jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
 133
 134   Color backgroundColour = Color.black;
 135
 136   AlignmentPanel ap;
 137
 138   StructureSelectionManager ssm;
 139
 140   String errorMessage;
 141
 142   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 143           AlignmentPanel ap, String protocol)
 144   {
 145     this.ap = ap;
 146     this.pdbentry = pdbentry;
 147     this.sequence = seq;
 148
 149     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 150
 151     try
 152     {
 153       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 154
 155       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 156       {
 157         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 158       }
 159
 160     } catch (Exception ex)
 161     {
 162       ex.printStackTrace();
 163       return;
 164     }
 165
 166     if (pdb == null)
 167     {
 168       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 169       return;
 170     }
 171     pdbentry.setId(pdb.id);
 172
 173     ssm.addStructureViewerListener(this);
 174
 175     colourBySequence();
 176
 177     int max = -10;
 178     int maxchain = -1;
 179     int pdbstart = 0;
 180     int pdbend = 0;
 181     int seqstart = 0;
 182     int seqend = 0;
 183
 184     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 185     SequenceI sequence = seq[0];
 186
 187     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 188     {
 189
 190       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 191               + pdb.chains.elementAt(i).sequence
 192                       .getSequenceAsString());
 193       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 194               + pdb.chains.elementAt(i).residues.size()
 195               + "\n\n");
 196
 197       // Now lets compare the sequences to get
 198       // the start and end points.
 199       // Align the sequence to the pdb
 200       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 201               pdb.chains.elementAt(i).sequence, "pep");
 202       as.calcScoreMatrix();
 203       as.traceAlignment();
 204       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 205       {
 206         public void print(String x)
 207         {
 208           mappingDetails.append(x);
 209         }
 210
 211         public void println()
 212         {
 213           mappingDetails.append("\n");
 214         }
 215       };
 216
 217       as.printAlignment(ps);
 218
 219       if (as.maxscore > max)
 220       {
 221         max = as.maxscore;
 222         maxchain = i;
 223
 224         pdbstart = as.seq2start;
 225         pdbend = as.seq2end;
 226         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 227         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 228       }
 229
 230       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 231       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 232     }
 233
 234     mainchain = pdb.chains.elementAt(maxchain);
 235
 236     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 237     mainchain.pdbend = pdbend;
 238     mainchain.seqstart = seqstart;
 239     mainchain.seqend = seqend;
 240     mainchain.isVisible = true;
 241
 242     this.pdb = pdb;
 243     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 244
 245     addMouseMotionListener(this);
 246     addMouseListener(this);
 247
 248     addKeyListener(new KeyAdapter()
 249     {
 250       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 251       {
 252         keyPressed(evt);
 253       }
 254     });
 255
 256     findCentre();
 257     findWidth();
 258
 259     setupBonds();
 260
 261     scale = findScale();
 262
 263     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 264     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 265     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 266   }
 267
 268   Vector visiblebonds;
 269
 270   void setupBonds()
 271   {
 272     seqColoursReady = false;
 273     // Sort the bonds by z coord
 274     visiblebonds = new Vector();
 275
 276     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 277     {
 278       if (pdb.chains.elementAt(ii).isVisible)
 279       {
 280         Vector tmp = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 281
 282         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 283         {
 284           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 285         }
 286       }
 287     }
 288
 289     updateSeqColours();
 290     seqColoursReady = true;
 291     redrawneeded = true;
 292     repaint();
 293   }
 294
 295   public void findWidth()
 296   {
 297     float[] max = new float[3];
 298     float[] min = new float[3];
 299
 300     max[0] = (float) -1e30;
 301     max[1] = (float) -1e30;
 302     max[2] = (float) -1e30;
 303
 304     min[0] = (float) 1e30;
 305     min[1] = (float) 1e30;
 306     min[2] = (float) 1e30;
 307
 308     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 309     {
 310       if (pdb.chains.elementAt(ii).isVisible)
 311       {
 312         Vector bonds = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 313
 314         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 315         {
 316           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 317
 318           if (tmp.start[0] >= max[0])
 319           {
 320             max[0] = tmp.start[0];
 321           }
 322
 323           if (tmp.start[1] >= max[1])
 324           {
 325             max[1] = tmp.start[1];
 326           }
 327
 328           if (tmp.start[2] >= max[2])
 329           {
 330             max[2] = tmp.start[2];
 331           }
 332
 333           if (tmp.start[0] <= min[0])
 334           {
 335             min[0] = tmp.start[0];
 336           }
 337
 338           if (tmp.start[1] <= min[1])
 339           {
 340             min[1] = tmp.start[1];
 341           }
 342
 343           if (tmp.start[2] <= min[2])
 344           {
 345             min[2] = tmp.start[2];
 346           }
 347
 348           if (tmp.end[0] >= max[0])
 349           {
 350             max[0] = tmp.end[0];
 351           }
 352
 353           if (tmp.end[1] >= max[1])
 354           {
 355             max[1] = tmp.end[1];
 356           }
 357
 358           if (tmp.end[2] >= max[2])
 359           {
 360             max[2] = tmp.end[2];
 361           }
 362
 363           if (tmp.end[0] <= min[0])
 364           {
 365             min[0] = tmp.end[0];
 366           }
 367
 368           if (tmp.end[1] <= min[1])
 369           {
 370             min[1] = tmp.end[1];
 371           }
 372
 373           if (tmp.end[2] <= min[2])
 374           {
 375             min[2] = tmp.end[2];
 376           }
 377         }
 378       }
 379     }
 380     /*
 381      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 382      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 383      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 384      */
 385
 386     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 387     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 388     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 389
 390     maxwidth = width[0];
 391
 392     if (width[1] > width[0])
 393     {
 394       maxwidth = width[1];
 395     }
 396
 397     if (width[2] > width[1])
 398     {
 399       maxwidth = width[2];
 400     }
 401
 402     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 403   }
 404
 405   public float findScale()
 406   {
 407     int dim;
 408     int width;
 409     int height;
 410
 411     if (getWidth() != 0)
 412     {
 413       width = getWidth();
 414       height = getHeight();
 415     }
 416     else
 417     {
 418       width = prefsize.width;
 419       height = prefsize.height;
 420     }
 421
 422     if (width < height)
 423     {
 424       dim = width;
 425     }
 426     else
 427     {
 428       dim = height;
 429     }
 430
 431     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 432   }
 433
 434   public void findCentre()
 435   {
 436     float xtot = 0;
 437     float ytot = 0;
 438     float ztot = 0;
 439
 440     int bsize = 0;
 441
 442     // Find centre coordinate
 443     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 444     {
 445       if (pdb.chains.elementAt(ii).isVisible)
 446       {
 447         Vector bonds = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 448
 449         bsize += bonds.size();
 450
 451         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 452         {
 453           xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0]
 454                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 455
 456           ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1]
 457                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 458
 459           ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2]
 460                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 461         }
 462       }
 463     }
 464
 465     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 466     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 467     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 468   }
 469
 470   public void paintComponent(Graphics g)
 471   {
 472     super.paintComponent(g);
 473
 474     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 475     {
 476       g.setColor(Color.black);
 477       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 478       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 479               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 480       return;
 481     }
 482
 483     // Only create the image at the beginning -
 484     // this saves much memory usage
 485     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 486             || (prefsize.height != getHeight()))
 487
 488     {
 489       prefsize.width = getWidth();
 490       prefsize.height = getHeight();
 491
 492       scale = findScale();
 493       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 494       ig = img.getGraphics();
 495       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 496
 497       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 498               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 499
 500       redrawneeded = true;
 501     }
 502
 503     if (redrawneeded)
 504     {
 505       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 506       redrawneeded = false;
 507     }
 508
 509     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 510
 511     pdbAction = false;
 512   }
 513
 514   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 515   {
 516     g.setColor(backgroundColour);
 517     g.fillRect(0, 0, width, height);
 518     drawScene(g);
 519     drawLabels(g);
 520   }
 521
 522   public void updateSeqColours()
 523   {
 524     if (pdbAction)
 525     {
 526       return;
 527     }
 528
 529     colourBySequence();
 530
 531     redrawneeded = true;
 532     repaint();
 533   }
 534
 535   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 536   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 537   void colourBySequence()
 538   {
 539     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 540
 541     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 542
 543     boolean showFeatures = false;
 544     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 545     {
 546       if (fr == null)
 547       {
 548         fr = new FeatureRenderer(ap);
 549       }
 550
 551       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 552
 553       showFeatures = true;
 554     }
 555
 556     PDBChain chain;
 557     if (bysequence && pdb != null)
 558     {
 559       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 560       {
 561         chain = pdb.chains.elementAt(ii);
 562
 563         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 564         {
 565           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 566           tmp.startCol = Color.lightGray;
 567           tmp.endCol = Color.lightGray;
 568           if (chain != mainchain)
 569           {
 570             continue;
 571           }
 572
 573           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 574           {
 575             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 576             {
 577               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 578               {
 579                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 580                 if (pos > 0)
 581                 {
 582                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 583                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 584                   if (showFeatures)
 585                   {
 586                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 587                             sequence[s], pos);
 588                   }
 589                 }
 590                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 591                 if (pos > 0)
 592                 {
 593                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 594                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 595                   if (showFeatures)
 596                   {
 597                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 598                             sequence[s], pos);
 599                   }
 600                 }
 601
 602               }
 603             }
 604           }
 605         }
 606       }
 607     }
 608   }
 609
 610   Zsort zsort;
 611
 612   public void drawScene(Graphics g)
 613   {
 614     if (zbuffer)
 615     {
 616       if (zsort == null)
 617       {
 618         zsort = new Zsort();
 619       }
 620
 621       zsort.Zsort(visiblebonds);
 622     }
 623
 624     Bond tmpBond = null;
 625     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 626     {
 627       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 628
 629       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 630       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 631
 632       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 633       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 634
 635       xmid = (xend + xstart) / 2;
 636       ymid = (yend + ystart) / 2;
 637       if (depthcue && !bymolecule)
 638       {
 639         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 640         {
 641
 642           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 643           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 644           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 645           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 646
 647         }
 648         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 649         {
 650           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 651           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 652
 653           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 654           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 655         }
 656         else
 657         {
 658           g.setColor(tmpBond.startCol);
 659           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 660
 661           g.setColor(tmpBond.endCol);
 662           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 663         }
 664       }
 665       else if (depthcue && bymolecule)
 666       {
 667         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 668         {
 669           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 670           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 671         }
 672         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 673         {
 674           g.setColor(Color.green.darker());
 675           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 676         }
 677         else
 678         {
 679           g.setColor(Color.green);
 680           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 681         }
 682       }
 683       else if (!depthcue && !bymolecule)
 684       {
 685         g.setColor(tmpBond.startCol);
 686         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 687         g.setColor(tmpBond.endCol);
 688         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 689       }
 690       else
 691       {
 692         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 693       }
 694
 695       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 696       {
 697         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter()
 698                 .brighter());
 699         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 700       }
 701
 702       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 703       {
 704         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
 705                 .brighter());
 706         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 707       }
 708
 709     }
 710
 711   }
 712
 713   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 714   {
 715     if (!wire)
 716     {
 717       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 718       {
 719         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 720         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 721         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 722       }
 723       else
 724       {
 725         g.setColor(g.getColor().brighter());
 726         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 727         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 728         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 729       }
 730     }
 731     else
 732     {
 733       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 734     }
 735   }
 736
 737   public Dimension minimumsize()
 738   {
 739     return prefsize;
 740   }
 741
 742   public Dimension preferredsize()
 743   {
 744     return prefsize;
 745   }
 746
 747   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 748   {
 749     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 750     {
 751       scale = (float) (scale * 1.1);
 752       redrawneeded = true;
 753       repaint();
 754     }
 755     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 756     {
 757       scale = (float) (scale * 0.9);
 758       redrawneeded = true;
 759       repaint();
 760     }
 761   }
 762
 763   public void mousePressed(MouseEvent e)
 764   {
 765     pdbAction = true;
 766     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 767     if (fatom != null)
 768     {
 769       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 770
 771       redrawneeded = true;
 772       repaint();
 773       if (foundchain != -1)
 774       {
 775         PDBChain chain = pdb.chains.elementAt(foundchain);
 776         if (chain == mainchain)
 777         {
 778           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 779           {
 780             if (highlightRes == null)
 781             {
 782               highlightRes = new Vector();
 783             }
 784
 785             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + ""))
 786             {
 787               highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");
 788             }
 789             else
 790             {
 791               highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");
 792             }
 793           }
 794         }
 795       }
 796
 797     }
 798     mx = e.getX();
 799     my = e.getY();
 800     omx = mx;
 801     omy = my;
 802     dragging = false;
 803   }
 804
 805   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 806   {
 807     pdbAction = true;
 808     if (highlightBond1 != null)
 809     {
 810       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 811       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 812       highlightBond1 = null;
 813       highlightBond2 = null;
 814     }
 815
 816     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 817
 818     PDBChain chain = null;
 819     if (foundchain != -1)
 820     {
 821       chain = pdb.chains.elementAt(foundchain);
 822       if (chain == mainchain)
 823       {
 824         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 825       }
 826     }
 827
 828     if (fatom != null)
 829     {
 830       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 831               + fatom.resName);
 832     }
 833     else
 834     {
 835       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 836       this.setToolTipText(null);
 837     }
 838   }
 839
 840   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 841   {
 842   }
 843
 844   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 845   {
 846   }
 847
 848   public void mouseExited(MouseEvent e)
 849   {
 850   }
 851
 852   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 853   {
 854     int x = evt.getX();
 855     int y = evt.getY();
 856     mx = x;
 857     my = y;
 858
 859     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 860     objmat.setIdentity();
 861
 862     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 863     {
 864       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 865     }
 866     else
 867     {
 868       objmat.rotatex(((my - omy)));
 869       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 870     }
 871
 872     // Alter the bonds
 873     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 874     {
 875       Vector bonds = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 876
 877       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 878       {
 879         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 880
 881         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 882         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 883
 884         // Now apply the rotation matrix
 885         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 886         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 887
 888         // Now translate back again
 889         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 890       }
 891     }
 892
 893     objmat = null;
 894
 895     omx = mx;
 896     omy = my;
 897
 898     dragging = true;
 899
 900     redrawneeded = true;
 901
 902     repaint();
 903   }
 904
 905   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 906   {
 907     dragging = false;
 908     return;
 909   }
 910
 911   void drawLabels(Graphics g)
 912   {
 913
 914     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 915     {
 916       PDBChain chain = pdb.chains.elementAt(ii);
 917
 918       if (chain.isVisible)
 919       {
 920         Vector bonds = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 921
 922         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 923         {
 924           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 925
 926           if (tmpBond.at1.isSelected)
 927           {
 928             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 929           }
 930
 931           if (tmpBond.at2.isSelected)
 932           {
 933
 934             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 935           }
 936         }
 937       }
 938     }
 939   }
 940
 941   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 942   {
 943     g.setFont(font);
 944     g.setColor(Color.red);
 945     if (n == 1)
 946     {
 947       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 948       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 949
 950       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 951     }
 952
 953     if (n == 2)
 954     {
 955       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 956       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 957
 958       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 959     }
 960   }
 961
 962   int foundchain = -1;
 963
 964   public Atom findAtom(int x, int y)
 965   {
 966     Atom fatom = null;
 967
 968     foundchain = -1;
 969
 970     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 971     {
 972       PDBChain chain = pdb.chains.elementAt(ii);
 973       int truex;
 974       Bond tmpBond = null;
 975
 976       if (chain.isVisible)
 977       {
 978         Vector bonds = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 979
 980         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 981         {
 982           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 983
 984           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 985
 986           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 987           {
 988             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 989
 990             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 991             {
 992               fatom = tmpBond.at1;
 993               foundchain = ii;
 994               break;
 995             }
 996           }
 997         }
 998
 999         // Still here? Maybe its the last bond
1000
1001         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
1002
1003         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1004         {
1005           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
1006
1007           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1008           {
1009             fatom = tmpBond.at2;
1010             foundchain = ii;
1011             break;
1012           }
1013         }
1014
1015       }
1016
1017       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1018       {
1019         chain = pdb.chains.elementAt(foundchain);
1020       }
1021     }
1022
1023     return fatom;
1024   }
1025
1026   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1027
1028   public void highlightRes(int ii)
1029   {
1030     if (!seqColoursReady)
1031     {
1032       return;
1033     }
1034
1035     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1036     {
1037       return;
1038     }
1039
1040     int index = -1;
1041     Bond tmpBond;
1042     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1043     {
1044       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1045       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1046       {
1047         if (highlightBond1 != null)
1048         {
1049           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1050         }
1051
1052         if (highlightBond2 != null)
1053         {
1054           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1055         }
1056
1057         highlightBond1 = null;
1058         highlightBond2 = null;
1059
1060         if (index > 0)
1061         {
1062           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1063           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1064         }
1065
1066         if (index != mainchain.bonds.size())
1067         {
1068           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1069           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1070         }
1071
1072         break;
1073       }
1074     }
1075
1076     redrawneeded = true;
1077     repaint();
1078   }
1079
1080   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1081   {
1082     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1083     {
1084       PDBChain chain = pdb.chains.elementAt(ii);
1085       chain.isVisible = b;
1086     }
1087     mainchain.isVisible = true;
1088     findCentre();
1089     setupBonds();
1090   }
1091
1092   // ////////////////////////////////
1093   // /StructureListener
1094   public String[] getPdbFile()
1095   {
1096     return new String[]
1097     { pdbentry.getFile() };
1098   }
1099
1100   String lastMessage;
1101
1102   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1103   {
1104     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1105     {
1106       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1107     }
1108
1109     lastMessage = pdbResNum + chain;
1110   }
1111
1112   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1113
1114   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1115
1116   /**
1117    * Highlight the specified atoms in the structure.
1118    *
1119    * @param atoms
1120    */
1121   @Override
1122   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1123   {
1124     if (!seqColoursReady)
1125     {
1126       return;
1127     }
1128
1129     for (AtomSpec atom : atoms)
1130     {
1131       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1132       if (highlightRes != null
1133               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1134       {
1135         continue;
1136       }
1137
1138       highlightAtom(atomIndex);
1139     }
1140
1141     redrawneeded = true;
1142     repaint();
1143   }
1144
1145   /**
1146    * Highlight the atom at the specified index.
1147    *
1148    * @param atomIndex
1149    */
1150   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1151   {
1152     int index = -1;
1153     Bond tmpBond;
1154     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1155     {
1156       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1157       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1158       {
1159         if (highlightBond1 != null)
1160         {
1161           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1162         }
1163
1164         if (highlightBond2 != null)
1165         {
1166           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1167         }
1168
1169         highlightBond1 = null;
1170         highlightBond2 = null;
1171
1172         if (index > 0)
1173         {
1174           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1175           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1176         }
1177
1178         if (index != mainchain.bonds.size())
1179         {
1180           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1181           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1182         }
1183
1184         break;
1185       }
1186     }
1187   }
1188
1189   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1190           String pdbfile)
1191   {
1192     return Color.white;
1193     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1194     // return null;
1195
1196     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1197   }
1198
1199   public void updateColours(Object source)
1200   {
1201     colourBySequence();
1202     redrawneeded = true;
1203     repaint();
1204   }
1205
1206   @Override
1207   public void releaseReferences(Object svl)
1208   {
1209     // TODO Auto-generated method stub
1210
1211   }
1212
1213 }