src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.JalviewLite;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  34 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  35 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  36 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  37 import jalview.datamodel.SequenceI;
  38 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  39 import jalview.io.DataSourceType;
  40 import jalview.io.FileFormat;
  41 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  42 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  43 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  44 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  45 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  46 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  47 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  48 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  49 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  50 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  51 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  52 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  53 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  54 import jalview.util.MessageManager;
  55 import jalview.util.UrlLink;
  56
  57 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  58 import java.awt.Frame;
  59 import java.awt.Menu;
  60 import java.awt.MenuItem;
  61 import java.awt.event.ActionEvent;
  62 import java.awt.event.ActionListener;
  63 import java.awt.event.ItemEvent;
  64 import java.awt.event.ItemListener;
  65 import java.util.Arrays;
  66 import java.util.Collections;
  67 import java.util.LinkedHashMap;
  68 import java.util.List;
  69 import java.util.Map;
  70 import java.util.TreeMap;
  71 import java.util.Vector;
  72
  73 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  74         ActionListener, ItemListener
  75 {
  76   private static final String ALL_ANNOTATIONS = "All";
  77
  78   Menu groupMenu = new Menu();
  79
  80   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  81
  82   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  83
  84   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  85
  86   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  87
  88   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  89
  90   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  91
  92   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  93
  94   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  95
  96   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  97
  98   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  99
 100   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
 101
 102   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
 103
 104   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
 105
 106   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
 107
 108   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
 109
 110   final AlignmentPanel ap;
 111
 112   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 113
 114   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 115
 116   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
 117
 118   Menu colourMenu = new Menu();
 119
 120   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 121
 122   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 123
 124   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 125
 126   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 127
 128   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 129           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 130
 131   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 132           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 133
 134   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 135           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 136
 137   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 138           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 139
 140   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 141           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 142
 143   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 144           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 145
 146   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 147
 148   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 149
 150   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 151
 152   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 153           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 154
 155   MenuItem toLower = new MenuItem(
 156           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 157
 158   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 159           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 160
 161   Menu outputmenu = new Menu();
 162
 163   Menu seqMenu = new Menu();
 164
 165   MenuItem pdb = new MenuItem();
 166
 167   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 168
 169   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 170
 171   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 172           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 173
 174   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 175           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 176
 177   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 178           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 179
 180   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 181           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 182
 183   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 184           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 185
 186   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 187
 188   SequenceI seq;
 189
 190   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 191
 192   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 193
 194   /**
 195    * index of sequence to be revealed
 196    */
 197   int revealSeq_index = -1;
 198
 199   Menu menu1 = new Menu();
 200
 201   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 202           Vector<String> links)
 203   {
 204     // /////////////////////////////////////////////////////////
 205     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 206     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 207     //
 208     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 209     // ////////////////////////////////////////////////////////
 210
 211     this.ap = apanel;
 212     this.seq = seq;
 213
 214     try
 215     {
 216       jbInit();
 217     } catch (Exception e)
 218     {
 219       e.printStackTrace();
 220     }
 221
 222     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 223     {
 224       MenuItem item = new MenuItem(
 225               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 226
 227       item.addActionListener(this);
 228       outputmenu.add(item);
 229     }
 230
 231     buildAnnotationSubmenus();
 232
 233     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 234     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 235     {
 236       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 237               "label.name_param", new Object[] { sg.getName() }));
 238       showText.setState(sg.getDisplayText());
 239       showColourText.setState(sg.getColourText());
 240       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 241       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 242       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 243       {
 244         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 245         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 246       }
 247       else
 248       {
 249         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 250         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 251       }
 252
 253     }
 254     else
 255     {
 256       remove(hideSeqs);
 257       remove(groupMenu);
 258     }
 259
 260     if (links != null && links.size() > 0)
 261     {
 262       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 263       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 264       {
 265         String link = links.elementAt(i);
 266         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 267         if (!urlLink.isValid())
 268         {
 269           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 270           continue;
 271         }
 272         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 273         // link.indexOf("|"));
 274         final String label = urlLink.getLabel();
 275         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 276         {
 277
 278           // collect matching db-refs
 279           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 280                   seq.getDBRefs(), new String[] { target });
 281           // collect id string too
 282           String id = seq.getName();
 283           String descr = seq.getDescription();
 284           if (descr != null && descr.length() < 1)
 285           {
 286             descr = null;
 287           }
 288           if (dbr != null)
 289           {
 290             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 291             {
 292               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 293               {
 294                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 295                 // string with this link
 296                 id = null;
 297               }
 298               // create Bare ID link for this RUL
 299               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 300                       true);
 301               if (urls != null)
 302               {
 303                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 304                 {
 305                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 306                 }
 307               }
 308             }
 309           }
 310           if (id != null)
 311           {
 312             // create Bare ID link for this RUL
 313             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 314             if (urls != null)
 315             {
 316               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 317               {
 318                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 319               }
 320             }
 321             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 322           }
 323           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 324           // URL links
 325           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 326           {
 327             // create link for this URL from description only if regex matches
 328             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 329             if (urls != null)
 330             {
 331               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 332               {
 333                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 334               }
 335             }
 336           }
 337         }
 338         else
 339         {
 340           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 341         }
 342         /*
 343          * final String url;
 344          *
 345          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 346          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 347          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 348          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 349          *
 350          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 351          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 352          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 353          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 354          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 355          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 356          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 357          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 358          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 359          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 360          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 361          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 362          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 363          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 364          */
 365       }
 366       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 367       {
 368         if (seq != null)
 369         {
 370           seqMenu.add(linkMenu);
 371         }
 372         else
 373         {
 374           add(linkMenu);
 375         }
 376       }
 377     }
 378     // TODO: add group link menu entry here
 379     if (seq != null)
 380     {
 381       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 382       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 383       {
 384         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 385                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 386                                                           // representative");
 387       }
 388       else
 389       {
 390         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 391                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 392       }
 393       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 394               "label.represent_group_with", new Object[] { seq.getName() }));
 395     }
 396     else
 397     {
 398       remove(seqMenu);
 399     }
 400
 401     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 402     {
 403       remove(revealAll);
 404       remove(revealSeq);
 405     }
 406     else
 407     {
 408       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 409
 410       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 411               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 412       {
 413         revealSeq_index = index;
 414       }
 415       else
 416       {
 417         remove(revealSeq);
 418       }
 419     }
 420   }
 421
 422   /**
 423    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 424    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 425    */
 426   private void buildAnnotationSubmenus()
 427   {
 428     /*
 429      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 430      */
 431     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 432             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 433     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 434             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 435     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 436             selectedSequence);
 437
 438     /*
 439      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 440      */
 441     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 442             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 443             .getSequences());
 444     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 445             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 446     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 447             selectedGroup);
 448   }
 449
 450   /**
 451    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 452    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 453    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 454    *
 455    * @param menu
 456    * @param forSequences
 457    */
 458   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 459           List<SequenceI> forSequences)
 460   {
 461     menuItem.setEnabled(false);
 462
 463     /*
 464      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 465      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 466      */
 467     Map<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 468     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 469     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 470     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 471             tipEntries, candidates, al);
 472     if (!candidates.isEmpty())
 473     {
 474       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 475       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 476
 477       /*
 478        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 479        * configure its action.
 480        */
 481       menuItem.setEnabled(true);
 482
 483       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 484       {
 485         @Override
 486         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 487         {
 488           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 489         }
 490       });
 491     }
 492   }
 493
 494   /**
 495    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 496    *
 497    * @param candidates
 498    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 499    *          of annotations to add to each sequence
 500    */
 501   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 502           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 503   {
 504     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 505     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 506     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 507             selectionGroup);
 508     refresh();
 509   }
 510
 511   /**
 512    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 513    *
 514    * @param linkMenu
 515    * @param target
 516    *          - menu label string
 517    * @param url
 518    *          - url to open
 519    */
 520   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 521           final String url)
 522   {
 523     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 524   }
 525
 526   /**
 527    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 528    *
 529    * @param linkMenu
 530    * @param target
 531    *          - URL target window
 532    * @param label
 533    *          - menu label string
 534    * @param url
 535    *          - url to open
 536    */
 537   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 538           final String label, final String url)
 539   {
 540     MenuItem item = new MenuItem(label);
 541     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 542     {
 543       @Override
 544       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 545       {
 546         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 547       }
 548     });
 549     linkMenu.add(item);
 550   }
 551
 552   @Override
 553   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 554   {
 555     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 556     {
 557       abovePIDColour_itemStateChanged();
 558     }
 559     else if (evt.getSource() == showColourText)
 560     {
 561       showColourText_itemStateChanged();
 562     }
 563     else if (evt.getSource() == showText)
 564     {
 565       showText_itemStateChanged();
 566     }
 567     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 568     {
 569       showBoxes_itemStateChanged();
 570     }
 571     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 572     {
 573       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 574     }
 575   }
 576
 577   @Override
 578   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 579   {
 580     Object source = evt.getSource();
 581     if (source == clustalColour)
 582     {
 583       clustalColour_actionPerformed();
 584     }
 585     else if (source == zappoColour)
 586     {
 587       zappoColour_actionPerformed();
 588     }
 589     else if (source == taylorColour)
 590     {
 591       taylorColour_actionPerformed();
 592     }
 593     else if (source == hydrophobicityColour)
 594     {
 595       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 596     }
 597     else if (source == helixColour)
 598     {
 599       helixColour_actionPerformed();
 600     }
 601     else if (source == strandColour)
 602     {
 603       strandColour_actionPerformed();
 604     }
 605     else if (source == turnColour)
 606     {
 607       turnColour_actionPerformed();
 608     }
 609     else if (source == buriedColour)
 610     {
 611       buriedColour_actionPerformed();
 612     }
 613     else if (source == nucleotideMenuItem)
 614     {
 615       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 616     }
 617
 618     else if (source == userDefinedColour)
 619     {
 620       userDefinedColour_actionPerformed();
 621     }
 622     else if (source == PIDColour)
 623     {
 624       PIDColour_actionPerformed();
 625     }
 626     else if (source == BLOSUM62Colour)
 627     {
 628       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 629     }
 630     else if (source == noColourmenuItem)
 631     {
 632       noColourmenuItem_actionPerformed();
 633     }
 634     else if (source == conservationMenuItem)
 635     {
 636       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 637     }
 638     else if (source == unGroupMenuItem)
 639     {
 640       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 641     }
 642
 643     else if (source == createGroupMenuItem)
 644     {
 645       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 646     }
 647
 648     else if (source == sequenceName)
 649     {
 650       editName();
 651     }
 652     else if (source == makeReferenceSeq)
 653     {
 654       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 655     }
 656     else if (source == sequenceDetails)
 657     {
 658       showSequenceDetails();
 659     }
 660     else if (source == selSeqDetails)
 661     {
 662       showSequenceSelectionDetails();
 663     }
 664     else if (source == pdb)
 665     {
 666       addPDB();
 667     }
 668     else if (source == hideSeqs)
 669     {
 670       hideSequences(false);
 671     }
 672     else if (source == repGroup)
 673     {
 674       hideSequences(true);
 675     }
 676     else if (source == revealSeq)
 677     {
 678       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 679     }
 680     else if (source == revealAll)
 681     {
 682       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 683     }
 684
 685     else if (source == editGroupName)
 686     {
 687       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 688               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 689               "Group Description", ap.alignFrame,
 690               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 691
 692       if (dialog.accept)
 693       {
 694         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 695         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 696       }
 697
 698     }
 699     else if (source == copy)
 700     {
 701       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 702     }
 703     else if (source == cut)
 704     {
 705       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 706     }
 707     else if (source == editSequence)
 708     {
 709       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 710
 711       if (sg != null)
 712       {
 713         if (seq == null)
 714         {
 715           seq = sg.getSequenceAt(0);
 716         }
 717
 718         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 719                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 720                 "Edit Sequence ", null,
 721
 722                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 723
 724         if (dialog.accept)
 725         {
 726           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 727                   MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 728                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 729                           ap.av.getGapCharacter()),
 730                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 731                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 732                   ap.av.getAlignment());
 733
 734           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 735
 736           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 737                   .getSequences());
 738         }
 739       }
 740     }
 741     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 742     {
 743       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 744       if (sg != null)
 745       {
 746         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 747                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 748
 749         String description;
 750         int caseChange;
 751
 752         if (source == toggleCase)
 753         {
 754           description = "Toggle Case";
 755           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 756         }
 757         else if (source == toUpper)
 758         {
 759           description = "To Upper Case";
 760           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 761         }
 762         else
 763         {
 764           description = "To Lower Case";
 765           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 766         }
 767
 768         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 769                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 770                 startEnd, caseChange);
 771
 772         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 773
 774         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 775                 .getSequences());
 776
 777       }
 778     }
 779     else if (source == sequenceFeature)
 780     {
 781       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 782       if (sg == null)
 783       {
 784         return;
 785       }
 786
 787       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 788       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 789       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 790
 791       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 792       {
 793         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 794         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 795         if (start <= end)
 796         {
 797           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 798           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 799                   end, "Jalview");
 800           rsize++;
 801         }
 802       }
 803       rseqs = new SequenceI[rsize];
 804       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 805       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 806       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 807       features = tfeatures;
 808       seqs = rseqs;
 809
 810       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 811               features, true, ap))
 812       {
 813         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 814         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 815         ;
 816         ap.highlightSearchResults(null);
 817       }
 818     }
 819     else
 820     {
 821       outputText(evt);
 822     }
 823
 824   }
 825
 826   void outputText(ActionEvent e)
 827   {
 828     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 829
 830     Frame frame = new Frame();
 831     frame.add(cap);
 832     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 833             "label.selection_output_command",
 834             new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 835     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 836     // now returns a full copy of sequence data
 837     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 838
 839     FileFormat fileFormat = FileFormat.valueOf(e.getActionCommand());
 840     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(fileFormat,
 841             ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 842
 843   }
 844
 845   protected void showSequenceSelectionDetails()
 846   {
 847     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 848   }
 849
 850   protected void showSequenceDetails()
 851   {
 852     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { seq });
 853   }
 854
 855   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 856   {
 857
 858     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 859
 860     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 861     for (SequenceI seq : sequences)
 862     {
 863       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 864               "label.annotation_for_displayid",
 865               new Object[] { seq.getDisplayId(true) }));
 866       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
 867               contents,
 868               seq,
 869               true,
 870               true,
 871               false,
 872               (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr
 873                       .getMinMax() : null);
 874       contents.append("</p>");
 875     }
 876     Frame frame = new Frame();
 877     frame.add(cap);
 878     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 879             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 880                     : "Selection"), 600, 500);
 881     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 882             new Object[] { contents.toString() }));
 883   }
 884
 885   void editName()
 886   {
 887     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 888             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 889             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 890             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 891
 892     if (dialog.accept)
 893     {
 894       seq.setName(dialog.getName());
 895       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 896       ap.paintAlignment(false);
 897     }
 898   }
 899
 900   void addPDB()
 901   {
 902     if (seq.getAllPDBEntries() != null)
 903     {
 904       PDBEntry entry = seq.getAllPDBEntries().firstElement();
 905
 906       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 907       {
 908         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new SequenceI[] { seq },
 909                 null, ap, DataSourceType.URL);
 910       }
 911       else
 912       {
 913         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[] { seq }, null,
 914                 ap, DataSourceType.URL);
 915       }
 916
 917     }
 918     else
 919     {
 920       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 921       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 922       cap.setPDBImport(seq);
 923       Frame frame = new Frame();
 924       frame.add(cap);
 925       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 926               "label.paste_pdb_file_for_sequence",
 927               new Object[] { seq.getName() }), 400, 300);
 928     }
 929   }
 930
 931   private void jbInit() throws Exception
 932   {
 933     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 934     sequenceFeature.addActionListener(this);
 935
 936     editGroupName.addActionListener(this);
 937     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 938             .getString("action.remove_group"));
 939     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 940
 941     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 942             .getString("action.create_group"));
 943     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 944
 945     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager
 946             .getString("label.nucleotide"));
 947     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 948     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 949     abovePIDColour.addItemListener(this);
 950     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 951     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 952     showBoxes.setState(true);
 953     showBoxes.addItemListener(this);
 954     sequenceName.addActionListener(this);
 955     sequenceDetails.addActionListener(this);
 956     selSeqDetails.addActionListener(this);
 957     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 958             .getString("label.show_non_conversed"));
 959     displayNonconserved.setState(false);
 960     displayNonconserved.addItemListener(this);
 961     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 962     showText.addItemListener(this);
 963     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 964     showColourText.addItemListener(this);
 965     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 966     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 967     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 968     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 969     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 970             "label.represent_group_with", new Object[] { "" }));
 971     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 972     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 973     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group") + ":");
 974     add(groupMenu);
 975     this.add(seqMenu);
 976     this.add(hideSeqs);
 977     this.add(revealSeq);
 978     this.add(revealAll);
 979     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 980     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
 981     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
 982     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
 983     groupMenu.add(editMenu);
 984     groupMenu.add(outputmenu);
 985     groupMenu.add(sequenceFeature);
 986     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 987     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 988     groupMenu.add(menu1);
 989
 990     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 991     colourMenu.add(clustalColour);
 992     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 993     colourMenu.add(PIDColour);
 994     colourMenu.add(zappoColour);
 995     colourMenu.add(taylorColour);
 996     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 997     colourMenu.add(helixColour);
 998     colourMenu.add(strandColour);
 999     colourMenu.add(turnColour);
1000     colourMenu.add(buriedColour);
1001     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
1002     colourMenu.add(userDefinedColour);
1003     colourMenu.addSeparator();
1004     colourMenu.add(abovePIDColour);
1005     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1006
1007     noColourmenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1008     noColourmenuItem.addActionListener(this);
1009
1010     clustalColour.setLabel(MessageManager
1011             .getString("label.clustalx_colours"));
1012     clustalColour.addActionListener(this);
1013     zappoColour.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
1014     zappoColour.addActionListener(this);
1015     taylorColour.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
1016     taylorColour.addActionListener(this);
1017     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager
1018             .getString("label.hydrophobicity"));
1019     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
1020     helixColour
1021             .setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
1022     helixColour.addActionListener(this);
1023     strandColour.setLabel(MessageManager
1024             .getString("label.strand_propensity"));
1025     strandColour.addActionListener(this);
1026     turnColour.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
1027     turnColour.addActionListener(this);
1028     buriedColour.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
1029     buriedColour.addActionListener(this);
1030     abovePIDColour.setLabel(MessageManager
1031             .getString("label.above_identity_percentage"));
1032
1033     userDefinedColour.setLabel(MessageManager
1034             .getString("action.user_defined"));
1035     userDefinedColour.addActionListener(this);
1036     PIDColour.setLabel(MessageManager
1037             .getString("label.percentage_identity"));
1038     PIDColour.addActionListener(this);
1039     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
1040     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
1041     conservationMenuItem.setLabel(MessageManager
1042             .getString("label.conservation"));
1043
1044     editMenu.add(copy);
1045     copy.addActionListener(this);
1046     editMenu.add(cut);
1047     cut.addActionListener(this);
1048
1049     editMenu.add(editSequence);
1050     editSequence.addActionListener(this);
1051
1052     editMenu.add(toUpper);
1053     toUpper.addActionListener(this);
1054     editMenu.add(toLower);
1055     toLower.addActionListener(this);
1056     editMenu.add(toggleCase);
1057     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1058     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1059     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1060     seqMenu.add(sequenceName);
1061     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1062     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1063
1064     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1065     {
1066       seqMenu.add(pdb);
1067     }
1068     seqMenu.add(repGroup);
1069     menu1.add(editGroupName);
1070     menu1.add(colourMenu);
1071     menu1.add(showBoxes);
1072     menu1.add(showText);
1073     menu1.add(showColourText);
1074     menu1.add(displayNonconserved);
1075     toggleCase.addActionListener(this);
1076     pdb.addActionListener(this);
1077     hideSeqs.addActionListener(this);
1078     repGroup.addActionListener(this);
1079     revealAll.addActionListener(this);
1080     revealSeq.addActionListener(this);
1081     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1082   }
1083
1084   void refresh()
1085   {
1086     ap.paintAlignment(true);
1087   }
1088
1089   protected void clustalColour_actionPerformed()
1090   {
1091     SequenceGroup sg = getGroup();
1092     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
1093     refresh();
1094   }
1095
1096   protected void zappoColour_actionPerformed()
1097   {
1098     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1099     refresh();
1100   }
1101
1102   protected void taylorColour_actionPerformed()
1103   {
1104     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1105     refresh();
1106   }
1107
1108   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1109   {
1110     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1111     refresh();
1112   }
1113
1114   protected void helixColour_actionPerformed()
1115   {
1116     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1117     refresh();
1118   }
1119
1120   protected void strandColour_actionPerformed()
1121   {
1122     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1123     refresh();
1124   }
1125
1126   protected void turnColour_actionPerformed()
1127   {
1128     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1129     refresh();
1130   }
1131
1132   protected void buriedColour_actionPerformed()
1133   {
1134     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1135     refresh();
1136   }
1137
1138   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1139   {
1140     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1141     refresh();
1142   }
1143
1144   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1145   {
1146     SequenceGroup sg = getGroup();
1147     if (sg.cs == null)
1148     {
1149       return;
1150     }
1151
1152     if (abovePIDColour.getState())
1153     {
1154       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1155               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1156       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1157               .getName());
1158
1159       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1160
1161       SliderPanel.showPIDSlider();
1162
1163     }
1164     else
1165     // remove PIDColouring
1166     {
1167       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1168     }
1169
1170     refresh();
1171
1172   }
1173
1174   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1175   {
1176     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1177   }
1178
1179   protected void PIDColour_actionPerformed()
1180   {
1181     SequenceGroup sg = getGroup();
1182     sg.cs = new PIDColourScheme();
1183     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1184             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1185     refresh();
1186   }
1187
1188   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1189   {
1190     SequenceGroup sg = getGroup();
1191
1192     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1193
1194     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1195             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1196
1197     refresh();
1198   }
1199
1200   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1201   {
1202     getGroup().cs = null;
1203     refresh();
1204   }
1205
1206   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1207   {
1208     SequenceGroup sg = getGroup();
1209     if (sg.cs == null)
1210     {
1211       return;
1212     }
1213
1214     if (conservationMenuItem.getState())
1215     {
1216
1217       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1218               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1219                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1220                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1221       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1222       SliderPanel.showConservationSlider();
1223     }
1224     else
1225     // remove ConservationColouring
1226     {
1227       sg.cs.setConservation(null);
1228     }
1229
1230     refresh();
1231   }
1232
1233   SequenceGroup getGroup()
1234   {
1235     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1236
1237     // this method won't add a new group if it already exists
1238     if (sg != null)
1239     {
1240       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1241     }
1242
1243     return sg;
1244   }
1245
1246   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1247   {
1248     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1249     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1250     ap.av.setSelectionGroup(null);
1251     ap.paintAlignment(true);
1252   }
1253
1254   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1255   {
1256     getGroup(); // implicitly create group
1257     refresh();
1258   }
1259
1260   public void showColourText_itemStateChanged()
1261   {
1262     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1263     refresh();
1264   }
1265
1266   public void showText_itemStateChanged()
1267   {
1268     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1269     refresh();
1270   }
1271
1272   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1273   {
1274     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1275     {
1276       // initialise the display flags so the user sees something happen
1277       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1278       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1279       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1280     }
1281     else
1282     {
1283       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1284       {
1285         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1286       }
1287       else
1288       {
1289         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1290       }
1291     }
1292     refresh();
1293   }
1294
1295   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1296   {
1297     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1298     refresh();
1299   }
1300
1301   public void showBoxes_itemStateChanged()
1302   {
1303     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1304     refresh();
1305   }
1306
1307   void hideSequences(boolean representGroup)
1308   {
1309     ap.av.hideSequences(seq, representGroup);
1310   }
1311
1312   /**
1313    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1314    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1315    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1316    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1317    * <p>
1318    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1319    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1320    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1321    * composite type name, e.g.
1322    * <p>
1323    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1324    *
1325    * @param seq
1326    */
1327   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1328           List<SequenceI> forSequences)
1329   {
1330     showMenu.removeAll();
1331     hideMenu.removeAll();
1332
1333     final List<String> all = Arrays.asList(ALL_ANNOTATIONS);
1334     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1335     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1336             false);
1337     showMenu.addSeparator();
1338     hideMenu.addSeparator();
1339
1340     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1341             .getAlignmentAnnotation();
1342
1343     /*
1344      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1345      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1346      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1347      * alignment.
1348      */
1349     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1350     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1351     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1352             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1353
1354     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1355     {
1356       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1357       {
1358         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1359                 false, true);
1360       }
1361     }
1362     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1363     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1364
1365     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1366     {
1367       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1368       {
1369         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1370                 false, false);
1371       }
1372     }
1373     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1374     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1375   }
1376
1377   /**
1378    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1379    * menus.
1380    *
1381    * @param showOrHideMenu
1382    *          the menu to add to
1383    * @param forSequences
1384    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1385    * @param calcId
1386    * @param types
1387    *          the label to add
1388    * @param allTypes
1389    *          if true this is a special label meaning 'All'
1390    * @param actionIsShow
1391    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1392    *          type, else hide
1393    */
1394   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1395           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1396           final List<String> types, final boolean allTypes,
1397           final boolean actionIsShow)
1398   {
1399     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1400     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1401     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1402     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1403     {
1404       @Override
1405       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1406       {
1407         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1408                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1409         refresh();
1410       }
1411     });
1412     showOrHideMenu.add(item);
1413   }
1414
1415 }