src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  29 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  30 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  31 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  32 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  34 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  37 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  40 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  41 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  42 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  43 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  44 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  45 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  48 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  49 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  53 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  54 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  55 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  56 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  57 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  58 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  59 \r
  60 import java.awt.BorderLayout;\r
  61 import java.awt.Canvas;\r
  62 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  63 import java.awt.Color;\r
  64 import java.awt.Font;\r
  65 import java.awt.FontMetrics;\r
  66 import java.awt.Frame;\r
  67 import java.awt.Graphics;\r
  68 import java.awt.Label;\r
  69 import java.awt.Menu;\r
  70 import java.awt.MenuBar;\r
  71 import java.awt.MenuItem;\r
  72 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  73 import java.awt.event.ActionListener;\r
  74 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  75 import java.awt.event.FocusListener;\r
  76 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  77 import java.awt.event.ItemListener;\r
  78 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  79 import java.awt.event.KeyListener;\r
  80 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  81 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  82 import java.io.IOException;\r
  83 import java.io.InputStreamReader;\r
  84 import java.net.URL;\r
  85 import java.net.URLEncoder;\r
  86 import java.util.Enumeration;\r
  87 import java.util.Hashtable;\r
  88 import java.util.StringTokenizer;\r
  89 import java.util.Vector;\r
  90 \r
  91 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemListener, KeyListener\r
  92 {\r
  93   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  94 \r
  95   public AlignViewport viewport;\r
  96 \r
  97   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
  98 \r
  99   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 100 \r
 101   String jalviewServletURL;\r
 102   \r
 103 \r
 104   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet, String title, boolean embedded)\r
 105   {\r
 106     if (applet != null)\r
 107     {\r
 108       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 109     }\r
 110 \r
 111     try\r
 112     {\r
 113       jbInit();\r
 114     } catch (Exception ex)\r
 115     {\r
 116       ex.printStackTrace();\r
 117     }\r
 118 \r
 119     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 120     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 121 \r
 122     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 123     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 124 \r
 125     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 126     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowunconserved());\r
 127     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 128     showGroupConsensus.setState(viewport.showGroupConsensus);\r
 129     showGroupConservation.setState(viewport.showGroupConservation);\r
 130     showConsensusHistogram.setState(viewport.showConsensusHistogram);\r
 131     showSequenceLogo.setState(viewport.showSequenceLogo);\r
 132 \r
 133     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 134 \r
 135     if (applet != null)\r
 136     {\r
 137       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 138       if (param != null)\r
 139       {\r
 140         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 141         {\r
 142           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 143         }\r
 144         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 145         {\r
 146           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 147         }\r
 148         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 149         {\r
 150           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 151         }\r
 152       }\r
 153 \r
 154       param = applet.getParameter("wrap");\r
 155       if (param != null)\r
 156       {\r
 157         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 158         {\r
 159           wrapMenuItem.setState(true);\r
 160           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 161         }\r
 162       }\r
 163       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 164       if (param != null)\r
 165       {\r
 166         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 167         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 168       }\r
 169       try\r
 170       {\r
 171         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 172         if (param != null)\r
 173         {\r
 174           int width = Integer.parseInt(param);\r
 175           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 176         }\r
 177         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 178         if (param != null)\r
 179         {\r
 180           int height = Integer.parseInt(param);\r
 181           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 182         }\r
 183       } catch (Exception ex)\r
 184       {\r
 185       }\r
 186 \r
 187     }\r
 188 \r
 189     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 190     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 191     // now\r
 192     this.addKeyListener(this);\r
 193     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 194     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 195     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 196     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 197     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 198     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 199     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 200     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 201 \r
 202     validate();\r
 203     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 204     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 205   }\r
 206 \r
 207   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 208   {\r
 209     return viewport;\r
 210   }\r
 211 \r
 212   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 213   {\r
 214     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 215   }\r
 216 \r
 217   /**\r
 218    * Load a features file onto the alignment\r
 219    * \r
 220    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 221    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 222    */\r
 223 \r
 224   public void parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 225   {\r
 226     parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 227   }\r
 228   \r
 229   /**\r
 230    * Load a features file onto the alignment\r
 231    * \r
 232    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 233    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 234    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 235    */\r
 236   public void parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 237   {    \r
 238     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 239     boolean featuresFile = false;\r
 240     try\r
 241     {\r
 242       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 243               .parse(viewport.alignment,\r
 244                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 245                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 246     } catch (Exception ex)\r
 247     {\r
 248       ex.printStackTrace();\r
 249     }\r
 250 \r
 251     if (featuresFile)\r
 252     {\r
 253       if (featureLinks.size() > 0)\r
 254       {\r
 255         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 256       }\r
 257       if (autoenabledisplay)\r
 258       {\r
 259         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 260         sequenceFeatures.setState(true);\r
 261       }\r
 262       if (viewport.featureSettings != null)\r
 263       {\r
 264         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 265       }\r
 266       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 267     }\r
 268 \r
 269   }\r
 270 \r
 271   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 272   {\r
 273     if (viewport.cursorMode\r
 274             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 275                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 276                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 277             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 278       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 279 \r
 280     switch (evt.getKeyCode())\r
 281     {\r
 282     case 27: // escape key\r
 283       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 284       \r
 285       alignPanel.alabels.cancelDrag(); \r
 286       break;\r
 287     case KeyEvent.VK_X:\r
 288       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 289       {\r
 290         cut_actionPerformed();\r
 291       }\r
 292       break;\r
 293     case KeyEvent.VK_C:\r
 294       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 295       {\r
 296         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 297       }\r
 298       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 299       {\r
 300         copy_actionPerformed();\r
 301       }\r
 302       break;\r
 303     case KeyEvent.VK_V:\r
 304       if (evt.isControlDown())\r
 305       {\r
 306         paste(evt.isShiftDown());\r
 307       }\r
 308       break;\r
 309     case KeyEvent.VK_A:\r
 310       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 311       {\r
 312         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 313       }\r
 314       break;\r
 315     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 316       if (viewport.cursorMode)\r
 317       {\r
 318         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 319       }\r
 320       else\r
 321       {\r
 322         moveSelectedSequences(false);\r
 323       }\r
 324       break;\r
 325 \r
 326     case KeyEvent.VK_UP:\r
 327       if (viewport.cursorMode)\r
 328       {\r
 329         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 330       }\r
 331       else\r
 332       {\r
 333         moveSelectedSequences(true);\r
 334       }\r
 335       break;\r
 336 \r
 337     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 338       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 339         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 340       else\r
 341         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 342       break;\r
 343 \r
 344     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 345       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 346         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 347       else\r
 348         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 349       break;\r
 350 \r
 351     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 352       if (viewport.cursorMode)\r
 353       {\r
 354         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 355                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 356       }\r
 357       break;\r
 358 \r
 359     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 360     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 361       if (viewport.cursorMode)\r
 362       {\r
 363         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 364                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 365       }\r
 366       else\r
 367       {\r
 368         cut_actionPerformed();\r
 369         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 370       }\r
 371       break;\r
 372 \r
 373     case KeyEvent.VK_S:\r
 374       if (viewport.cursorMode)\r
 375       {\r
 376         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 377       }\r
 378       break;\r
 379     case KeyEvent.VK_P:\r
 380       if (viewport.cursorMode)\r
 381       {\r
 382         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 383       }\r
 384       break;\r
 385 \r
 386     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 387     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 388       if (viewport.cursorMode)\r
 389       {\r
 390         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 391       }\r
 392       break;\r
 393 \r
 394     case KeyEvent.VK_Q:\r
 395       if (viewport.cursorMode)\r
 396       {\r
 397         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 398       }\r
 399       break;\r
 400     case KeyEvent.VK_M:\r
 401       if (viewport.cursorMode)\r
 402       {\r
 403         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 404       }\r
 405       break;\r
 406 \r
 407     case KeyEvent.VK_F2:\r
 408       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 409       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 410               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 411       if (viewport.cursorMode)\r
 412       {\r
 413         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 414         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 415       }\r
 416       break;\r
 417 \r
 418     case KeyEvent.VK_F:\r
 419       if (evt.isControlDown())\r
 420       {\r
 421         findMenuItem_actionPerformed();\r
 422       }\r
 423       break;\r
 424 \r
 425     case KeyEvent.VK_H:\r
 426     {\r
 427       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 428       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 429       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 430       break;\r
 431     }\r
 432 \r
 433     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 434       if (viewport.wrapAlignment)\r
 435       {\r
 436         alignPanel.scrollUp(true);\r
 437       }\r
 438       else\r
 439       {\r
 440         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 441                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 442       }\r
 443       break;\r
 444 \r
 445     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 446       if (viewport.wrapAlignment)\r
 447       {\r
 448         alignPanel.scrollUp(false);\r
 449       }\r
 450       else\r
 451       {\r
 452         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 453                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 454       }\r
 455       break;\r
 456 \r
 457     case KeyEvent.VK_Z:\r
 458       if (evt.isControlDown())\r
 459       {\r
 460         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 461       }\r
 462       break;\r
 463 \r
 464     case KeyEvent.VK_Y:\r
 465       if (evt.isControlDown())\r
 466       {\r
 467         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 468       }\r
 469       break;\r
 470 \r
 471     case KeyEvent.VK_L:\r
 472       if (evt.isControlDown())\r
 473       {\r
 474         trimAlignment(true);\r
 475       }\r
 476       break;\r
 477 \r
 478     case KeyEvent.VK_R:\r
 479       if (evt.isControlDown())\r
 480       {\r
 481         trimAlignment(false);\r
 482       }\r
 483       break;\r
 484 \r
 485     case KeyEvent.VK_E:\r
 486       if (evt.isControlDown())\r
 487       {\r
 488         if (evt.isShiftDown())\r
 489         {\r
 490           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 491         }\r
 492         else\r
 493         {\r
 494           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 495         }\r
 496       }\r
 497       break;\r
 498     case KeyEvent.VK_I:\r
 499       if (evt.isControlDown())\r
 500       {\r
 501         if (evt.isAltDown())\r
 502         {\r
 503           invertColSel_actionPerformed();\r
 504         }\r
 505         else\r
 506         {\r
 507           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 508         }\r
 509       }\r
 510       break;\r
 511 \r
 512     case KeyEvent.VK_U:\r
 513       if (evt.isControlDown())\r
 514       {\r
 515         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 516       }\r
 517       break;\r
 518 \r
 519     case KeyEvent.VK_T:\r
 520       if (evt.isControlDown())\r
 521       {\r
 522         newView(null);\r
 523       }\r
 524       break;\r
 525 \r
 526     }\r
 527     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 528   }\r
 529 \r
 530   /**\r
 531    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 532    * \r
 533    * @param toggleSeqs\r
 534    * @param toggleCols\r
 535    */\r
 536   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 537   {\r
 538     boolean hide = false;\r
 539     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 540     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 541     {\r
 542       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 543       // invert and then hide\r
 544       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 545       if ((viewport.colSel != null && viewport.colSel.getSelected() != null && viewport.colSel\r
 546               .getSelected().size() > 0)\r
 547               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 548                       .getEndRes()))\r
 549       {\r
 550         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 551         // that no hiding is required.\r
 552         if (sg != null)\r
 553         {\r
 554           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 555           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 556           toggleSeqs = true;\r
 557 \r
 558         }\r
 559         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 560         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 561         // selection and indicate it should be hidden.\r
 562         invertColSel_actionPerformed();\r
 563         toggleCols = true;\r
 564       }\r
 565     }\r
 566 \r
 567     if (toggleSeqs)\r
 568     {\r
 569       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.alignment.getHeight())\r
 570       {\r
 571         hide = true;\r
 572         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 573       }\r
 574       else if (!(toggleCols && viewport.colSel.getSelected().size() > 0))\r
 575       {\r
 576         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 577       }\r
 578     }\r
 579 \r
 580     if (toggleCols)\r
 581     {\r
 582       if (viewport.colSel.getSelected().size() > 0)\r
 583       {\r
 584         viewport.hideSelectedColumns();\r
 585         if (!toggleSeqs)\r
 586         {\r
 587           viewport.selectionGroup = sg;\r
 588         }\r
 589       }\r
 590       else if (!hide)\r
 591       {\r
 592         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 593       }\r
 594     }\r
 595   }\r
 596 \r
 597   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 598   {\r
 599   }\r
 600 \r
 601   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 602   {\r
 603   }\r
 604 \r
 605   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 606   {\r
 607     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 608     {\r
 609       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 610     }\r
 611     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 612     {\r
 613       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 614     }\r
 615     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 616     {\r
 617       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 618     }\r
 619     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 620     {\r
 621       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 622     }\r
 623     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 624     {\r
 625       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 626     }\r
 627     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 628     {\r
 629       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 630     }\r
 631     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 632     {\r
 633       seqLimits_itemStateChanged();\r
 634     }\r
 635     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 636     {\r
 637       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 638     }\r
 639     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 640     {\r
 641       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 642     }\r
 643     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 644     {\r
 645       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 646     }\r
 647     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 648     {\r
 649       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 650       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 651     }\r
 652     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 653     {\r
 654       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 655       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 656     }\r
 657     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 658     {\r
 659       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 660     }\r
 661     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 662     {\r
 663       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 664     }\r
 665     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 666     {\r
 667       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 668     }\r
 669     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 670     {\r
 671       viewport.autocalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 672     }\r
 673     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 674     {\r
 675       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 676     }\r
 677     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 678     {\r
 679       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 680     }\r
 681     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 682     {\r
 683       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 684     }\r
 685     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 686     {\r
 687       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 688     }\r
 689     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 690     {\r
 691       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 692     }\r
 693     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 694     {\r
 695       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 696     }\r
 697     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 698     {\r
 699       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 700     }\r
 701     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 702     {\r
 703       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 704     }\r
 705     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 706   }\r
 707 \r
 708   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 709   {\r
 710     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 711     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 712     // searchresults.\r
 713   }\r
 714 \r
 715   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 716   {\r
 717     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 718     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 719   }\r
 720 \r
 721   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 722   {\r
 723     Object source = evt.getSource();\r
 724 \r
 725     if (source == inputText)\r
 726     {\r
 727       inputText_actionPerformed();\r
 728     }\r
 729     else if (source == loadTree)\r
 730     {\r
 731       loadTree_actionPerformed();\r
 732     }\r
 733     else if (source == loadApplication)\r
 734     {\r
 735       launchFullApplication();\r
 736     }\r
 737     else if (source == loadAnnotations)\r
 738     {\r
 739       loadAnnotations();\r
 740     }\r
 741     else if( source == loadScores ) {\r
 742         loadScores();\r
 743     }\r
 744     else if (source == outputAnnotations)\r
 745     {\r
 746       outputAnnotations(true);\r
 747     }\r
 748     else if (source == outputFeatures)\r
 749     {\r
 750       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 751     }\r
 752     else if (source == closeMenuItem)\r
 753     {\r
 754       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 755     }\r
 756     else if (source == copy)\r
 757     {\r
 758       copy_actionPerformed();\r
 759     }\r
 760     else if (source == undoMenuItem)\r
 761     {\r
 762       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 763     }\r
 764     else if (source == redoMenuItem)\r
 765     {\r
 766       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 767     }\r
 768     else if (source == inputText)\r
 769     {\r
 770       inputText_actionPerformed();\r
 771     }\r
 772     else if (source == closeMenuItem)\r
 773     {\r
 774       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 775     }\r
 776     else if (source == undoMenuItem)\r
 777     {\r
 778       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 779     }\r
 780     else if (source == redoMenuItem)\r
 781     {\r
 782       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 783     }\r
 784     else if (source == copy)\r
 785     {\r
 786       copy_actionPerformed();\r
 787     }\r
 788     else if (source == pasteNew)\r
 789     {\r
 790       pasteNew_actionPerformed();\r
 791     }\r
 792     else if (source == pasteThis)\r
 793     {\r
 794       pasteThis_actionPerformed();\r
 795     }\r
 796     else if (source == cut)\r
 797     {\r
 798       cut_actionPerformed();\r
 799     }\r
 800     else if (source == delete)\r
 801     {\r
 802       delete_actionPerformed();\r
 803     }\r
 804     else if (source == grpsFromSelection)\r
 805     {\r
 806       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 807     }\r
 808     else if (source == deleteGroups)\r
 809     {\r
 810       deleteGroups_actionPerformed();\r
 811     }\r
 812     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 813     {\r
 814       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 815     }\r
 816     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 817     {\r
 818       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 819     }\r
 820     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 821     {\r
 822       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 823     }\r
 824     else if (source == invertColSel)\r
 825     {\r
 826       viewport.invertColumnSelection();\r
 827       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 828     }\r
 829     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 830     {\r
 831       trimAlignment(true);\r
 832     }\r
 833     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 834     {\r
 835       trimAlignment(false);\r
 836     }\r
 837     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 838     {\r
 839       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 840     }\r
 841     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 842     {\r
 843       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 844     }\r
 845     else if (source == findMenuItem)\r
 846     {\r
 847       findMenuItem_actionPerformed();\r
 848     }\r
 849     else if (source == font)\r
 850     {\r
 851       new FontChooser(alignPanel);\r
 852     }\r
 853     else if (source == newView)\r
 854     {\r
 855       newView(null);\r
 856     }\r
 857     else if (source == showColumns)\r
 858     {\r
 859       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 860       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 861     }\r
 862     else if (source == showSeqs)\r
 863     {\r
 864       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 865       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 866     }\r
 867     else if (source == hideColumns)\r
 868     {\r
 869       viewport.hideSelectedColumns();\r
 870       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 871     }\r
 872     else if (source == hideSequences\r
 873             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 874     {\r
 875       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 876       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 877     }\r
 878     else if (source == hideAllButSelection)\r
 879     {\r
 880       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 881       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 882     }\r
 883     else if (source == hideAllSelection)\r
 884     {\r
 885       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 886       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 887       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 888       viewport.hideSelectedColumns();\r
 889       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 890     }\r
 891     else if (source == showAllHidden)\r
 892     {\r
 893       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 894       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 895       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 896     }\r
 897     else if (source == showGroupConsensus)\r
 898     {\r
 899       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 900     }\r
 901     else if (source == showGroupConservation)\r
 902     {\r
 903       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 904     }\r
 905     else if (source == showSequenceLogo)\r
 906     {\r
 907       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 908     }\r
 909     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 910     {\r
 911       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 912     }\r
 913     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 914     {\r
 915       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 916     }\r
 917     else if (source == featureSettings)\r
 918     {\r
 919       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 920     }\r
 921     else if (source == alProperties)\r
 922     {\r
 923       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 924               viewport.alignment).formatAsString();\r
 925       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 926       cap.setText(contents.toString());\r
 927       Frame frame = new Frame();\r
 928       frame.add(cap);\r
 929       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 930               + getTitle(), 400, 250);\r
 931     }\r
 932     else if (source == overviewMenuItem)\r
 933     {\r
 934       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 935     }\r
 936     else if (source == noColourmenuItem)\r
 937     {\r
 938       changeColour(null);\r
 939     }\r
 940     else if (source == clustalColour)\r
 941     {\r
 942       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 943       changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
 944               viewport.alignment.getSequences(),\r
 945               viewport.alignment.getWidth()));\r
 946     }\r
 947     else if (source == zappoColour)\r
 948     {\r
 949       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 950     }\r
 951     else if (source == taylorColour)\r
 952     {\r
 953       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 954     }\r
 955     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 956     {\r
 957       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 958     }\r
 959     else if (source == helixColour)\r
 960     {\r
 961       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 962     }\r
 963     else if (source == strandColour)\r
 964     {\r
 965       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 966     }\r
 967     else if (source == turnColour)\r
 968     {\r
 969       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 970     }\r
 971     else if (source == buriedColour)\r
 972     {\r
 973       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 974     }\r
 975     else if (source == nucleotideColour)\r
 976     {\r
 977       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 978     }\r
 979     else if (source == modifyPID)\r
 980     {\r
 981       modifyPID_actionPerformed();\r
 982     }\r
 983     else if (source == modifyConservation)\r
 984     {\r
 985       modifyConservation_actionPerformed();\r
 986     }\r
 987     else if (source == userDefinedColour)\r
 988     {\r
 989       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
 990     }\r
 991     else if (source == PIDColour)\r
 992     {\r
 993       changeColour(new PIDColourScheme());\r
 994     }\r
 995     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 996     {\r
 997       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
 998     }\r
 999     else if (source == tcoffeeColour) {\r
1000         changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1001     }\r
1002     else if (source == annotationColour)\r
1003     {\r
1004       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1005     }\r
1006     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1007     {\r
1008       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1009     }\r
1010     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1011     {\r
1012       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1013     }\r
1014     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1015     {\r
1016       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1017     }\r
1018     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1019     {\r
1020       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1021     }\r
1022     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1023     {\r
1024       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1025     }\r
1026     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1027     {\r
1028       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1029     }\r
1030     else if (source == PCAMenuItem)\r
1031     {\r
1032       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1033     }\r
1034     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1035     {\r
1036       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1037     }\r
1038     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1039     {\r
1040       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1041     }\r
1042     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1043     {\r
1044       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1045     }\r
1046     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1047     {\r
1048       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1049     }\r
1050     else if (source == documentation)\r
1051     {\r
1052       documentation_actionPerformed();\r
1053     }\r
1054     else if (source == about)\r
1055     {\r
1056       about_actionPerformed();\r
1057     }\r
1058 \r
1059   }\r
1060 \r
1061   public void inputText_actionPerformed()\r
1062   {\r
1063     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1064     Frame frame = new Frame();\r
1065     frame.add(cap);\r
1066     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1067   }\r
1068 \r
1069   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1070   {\r
1071     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1072     Frame frame = new Frame();\r
1073     frame.add(cap);\r
1074     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1075             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1076     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1077             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1078             viewport.showJVSuffix));\r
1079   }\r
1080 \r
1081   public void loadAnnotations()\r
1082   {\r
1083     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1084     cap.setText("Paste your features / annotations file here.");\r
1085     cap.setAnnotationImport();\r
1086     Frame frame = new Frame();\r
1087     frame.add(cap);\r
1088     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1089 \r
1090   }\r
1091   \r
1092   public void loadScores() {\r
1093           //TODO\r
1094           \r
1095   }\r
1096 \r
1097   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1098   {\r
1099     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1100             viewport.showAnnotation ? viewport.alignment\r
1101                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.alignment\r
1102                     .getGroups(),\r
1103             ((Alignment) viewport.alignment).alignmentProperties);\r
1104 \r
1105     if (displayTextbox)\r
1106     {\r
1107       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1108       Frame frame = new Frame();\r
1109       frame.add(cap);\r
1110       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1111       cap.setText(annotation);\r
1112     }\r
1113 \r
1114     return annotation;\r
1115   }\r
1116 \r
1117   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1118   {\r
1119     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1120     {\r
1121       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1122       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1123       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1124       while (en.hasMoreElements())\r
1125       {\r
1126         Object col = en.nextElement();\r
1127         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1128       }\r
1129       return fcols;\r
1130     }\r
1131     return null;\r
1132   }\r
1133 \r
1134   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1135   {\r
1136     String features;\r
1137     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1138     {\r
1139       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1140               viewport.alignment.getSequencesArray(),\r
1141               getDisplayedFeatureCols());\r
1142     }\r
1143     else\r
1144     {\r
1145       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1146               viewport.alignment.getSequencesArray(),\r
1147               getDisplayedFeatureCols());\r
1148     }\r
1149 \r
1150     if (displayTextbox)\r
1151     {\r
1152       boolean frimport=false;\r
1153       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1154       {\r
1155         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1156         frimport=true;\r
1157       }\r
1158       \r
1159       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1160       if (frimport)\r
1161       {\r
1162         cap.setAnnotationImport();\r
1163       }\r
1164       Frame frame = new Frame();\r
1165       frame.add(cap);\r
1166       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1167       cap.setText(features);\r
1168     } else {\r
1169       if (features==null)\r
1170         features = "";\r
1171     }\r
1172 \r
1173     return features;\r
1174   }\r
1175 \r
1176   void launchFullApplication()\r
1177   {\r
1178     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1179 \r
1180     url.append("?open="\r
1181             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1182 \r
1183     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1184     {\r
1185       url.append("&features=");\r
1186       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1187     }\r
1188 \r
1189     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1190     {\r
1191       url.append("&annotations=");\r
1192       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1193     }\r
1194 \r
1195     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1196     {\r
1197       url.append("&annotations=");\r
1198       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1199     }\r
1200 \r
1201     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1202     {\r
1203       url.append("&colour="\r
1204               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1205                       .getParameter("defaultColour")));\r
1206     }\r
1207 \r
1208     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1209     {\r
1210       url.append("&colour="\r
1211               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1212                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1213     }\r
1214     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1215     {\r
1216       url.append("&tree="\r
1217               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1218     }\r
1219     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1220     {\r
1221       url.append("&tree="\r
1222               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1223     }\r
1224 \r
1225     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1226   }\r
1227 \r
1228   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1229   {\r
1230     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1231     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1232     {\r
1233       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1234       {\r
1235         sb.append("%20");\r
1236       }\r
1237       else\r
1238       {\r
1239         sb.append(colour.charAt(i));\r
1240       }\r
1241     }\r
1242 \r
1243     return sb.toString();\r
1244   }\r
1245 \r
1246   String appendProtocol(String url)\r
1247   {\r
1248     try\r
1249     {\r
1250       new URL(url);\r
1251       url = URLEncoder.encode(url);\r
1252     }\r
1253     /*\r
1254      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1255      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1256      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1257      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1258      * ex.printStackTrace(); }\r
1259      */\r
1260     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1261     {\r
1262       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1263     }\r
1264     return url;\r
1265   }\r
1266 \r
1267   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1268   {\r
1269     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1270     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1271     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1272 \r
1273     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1274     {\r
1275       System.exit(0);\r
1276     } else {\r
1277     }\r
1278     viewport = null;\r
1279     alignPanel = null;\r
1280     this.dispose();\r
1281   }\r
1282 \r
1283   /**\r
1284    * DOCUMENT ME!\r
1285    */\r
1286   void updateEditMenuBar()\r
1287   {\r
1288 \r
1289     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1290     {\r
1291       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1292       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1293       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1294     }\r
1295     else\r
1296     {\r
1297       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1298       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1299     }\r
1300 \r
1301     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1302     {\r
1303       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1304 \r
1305       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1306       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1307     }\r
1308     else\r
1309     {\r
1310       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1311       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1312     }\r
1313   }\r
1314 \r
1315   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1316   {\r
1317     if (command.getSize() > 0)\r
1318     {\r
1319       viewport.historyList.push(command);\r
1320       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1321       updateEditMenuBar();\r
1322       viewport.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1323     }\r
1324   }\r
1325 \r
1326   /**\r
1327    * DOCUMENT ME!\r
1328    * \r
1329    * @param e\r
1330    *          DOCUMENT ME!\r
1331    */\r
1332   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1333   {\r
1334     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1335     {\r
1336       return;\r
1337     }\r
1338 \r
1339     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1340     viewport.redoList.push(command);\r
1341     command.undoCommand(null);\r
1342 \r
1343     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1344 \r
1345     originalSource.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1346     updateEditMenuBar();\r
1347     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1348             originalSource.alignment.getSequences());\r
1349   }\r
1350 \r
1351   /**\r
1352    * DOCUMENT ME!\r
1353    * \r
1354    * @param e\r
1355    *          DOCUMENT ME!\r
1356    */\r
1357   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1358   {\r
1359     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1360     {\r
1361       return;\r
1362     }\r
1363 \r
1364     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1365     viewport.historyList.push(command);\r
1366     command.doCommand(null);\r
1367 \r
1368     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1369     originalSource.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1370 \r
1371     updateEditMenuBar();\r
1372     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1373             originalSource.alignment.getSequences());\r
1374   }\r
1375 \r
1376   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1377   {\r
1378     AlignViewport originalSource = null;\r
1379     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1380     // the property change event FROM the viewport where the\r
1381     // original alignment was altered\r
1382     AlignmentI al = null;\r
1383     if (command instanceof EditCommand)\r
1384     {\r
1385       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1386       al = editCommand.getAlignment();\r
1387       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1388               .getSequenceSetId());\r
1389       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1390       {\r
1391         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1392         {\r
1393           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.alignment)\r
1394           {\r
1395             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1396             break;\r
1397           }\r
1398         }\r
1399       }\r
1400     }\r
1401 \r
1402     if (originalSource == null)\r
1403     {\r
1404       // The original view is closed, we must validate\r
1405       // the current view against the closed view first\r
1406       if (al != null)\r
1407       {\r
1408         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.alignment);\r
1409       }\r
1410 \r
1411       originalSource = viewport;\r
1412     }\r
1413 \r
1414     return originalSource;\r
1415   }\r
1416 \r
1417   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1418   {\r
1419     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1420     if (sg == null)\r
1421     {\r
1422       return;\r
1423     }\r
1424 \r
1425     if (up)\r
1426     {\r
1427       for (int i = 1; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
1428       {\r
1429         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
1430         if (!sg.getSequences(null).contains(seq))\r
1431         {\r
1432           continue;\r
1433         }\r
1434 \r
1435         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i - 1);\r
1436         if (sg.getSequences(null).contains(temp))\r
1437         {\r
1438           continue;\r
1439         }\r
1440 \r
1441         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1442         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
1443       }\r
1444     }\r
1445     else\r
1446     {\r
1447       for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
1448       {\r
1449         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
1450         if (!sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences).contains(seq))\r
1451         {\r
1452           continue;\r
1453         }\r
1454 \r
1455         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i + 1);\r
1456         if (sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences).contains(temp))\r
1457         {\r
1458           continue;\r
1459         }\r
1460 \r
1461         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1462         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
1463       }\r
1464     }\r
1465 \r
1466     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1467   }\r
1468 \r
1469   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1470   {\r
1471     Vector sg = new Vector();\r
1472     if (viewport.cursorMode)\r
1473     {\r
1474       sg.addElement(viewport.alignment\r
1475               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1476     }\r
1477     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1478             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.alignment\r
1479                     .getHeight())\r
1480     {\r
1481       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1482               viewport.hiddenRepSequences);\r
1483     }\r
1484 \r
1485     if (sg.size() < 1)\r
1486     {\r
1487       return;\r
1488     }\r
1489 \r
1490     Vector invertGroup = new Vector();\r
1491 \r
1492     for (int i = 0; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
1493     {\r
1494       if (!sg.contains(viewport.alignment.getSequenceAt(i)))\r
1495         invertGroup.addElement(viewport.alignment.getSequenceAt(i));\r
1496     }\r
1497 \r
1498     SequenceI[] seqs1 = new SequenceI[sg.size()];\r
1499     for (int i = 0; i < sg.size(); i++)\r
1500       seqs1[i] = (SequenceI) sg.elementAt(i);\r
1501 \r
1502     SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[invertGroup.size()];\r
1503     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1504       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1505 \r
1506     SlideSequencesCommand ssc;\r
1507     if (right)\r
1508       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1509               size, viewport.getGapCharacter());\r
1510     else\r
1511       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1512               size, viewport.getGapCharacter());\r
1513 \r
1514     int groupAdjustment = 0;\r
1515     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1516     {\r
1517       if (viewport.cursorMode)\r
1518         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1519       else\r
1520         groupAdjustment = size;\r
1521     }\r
1522     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1523     {\r
1524       if (viewport.cursorMode)\r
1525         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1526       else\r
1527         groupAdjustment = -size;\r
1528     }\r
1529 \r
1530     if (groupAdjustment != 0)\r
1531     {\r
1532       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1533               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1534       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1535               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1536     }\r
1537 \r
1538     boolean appendHistoryItem = false;\r
1539     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1540             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1541     {\r
1542       appendHistoryItem = ssc\r
1543               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1544                       .peek());\r
1545     }\r
1546 \r
1547     if (!appendHistoryItem)\r
1548       addHistoryItem(ssc);\r
1549 \r
1550     repaint();\r
1551   }\r
1552 \r
1553   static StringBuffer copiedSequences;\r
1554 \r
1555   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1556 \r
1557   protected void copy_actionPerformed()\r
1558   {\r
1559     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1560     {\r
1561       return;\r
1562     }\r
1563 \r
1564     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1565     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1566     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1567     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1568     {\r
1569       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1570       int index = viewport.alignment.findIndex(seq);\r
1571       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1572     }\r
1573 \r
1574     int index = 0, startRes, endRes;\r
1575     char ch;\r
1576 \r
1577     if (viewport.hasHiddenColumns && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1578     {\r
1579       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1580       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1581       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1582               .size(); i++)\r
1583       {\r
1584         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1585                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1586 \r
1587         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1588         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1589       }\r
1590     }\r
1591     else\r
1592     {\r
1593       copiedHiddenColumns = null;\r
1594     }\r
1595 \r
1596     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1597     {\r
1598       SequenceI seq = null;\r
1599 \r
1600       while (seq == null)\r
1601       {\r
1602         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1603         {\r
1604           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1605           index++;\r
1606 \r
1607           break;\r
1608         }\r
1609         else\r
1610         {\r
1611           index++;\r
1612         }\r
1613       }\r
1614 \r
1615       // FIND START RES\r
1616       // Returns residue following index if gap\r
1617       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1618 \r
1619       // FIND END RES\r
1620       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1621       endRes = 0;\r
1622 \r
1623       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1624       {\r
1625         ch = seq.getCharAt(j);\r
1626         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1627         {\r
1628           endRes++;\r
1629         }\r
1630       }\r
1631 \r
1632       if (endRes > 0)\r
1633       {\r
1634         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1635       }\r
1636 \r
1637       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1638               + "\t"\r
1639               + startRes\r
1640               + "\t"\r
1641               + endRes\r
1642               + "\t"\r
1643               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1644                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1645     }\r
1646 \r
1647   }\r
1648 \r
1649   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1650   {\r
1651     paste(true);\r
1652   }\r
1653 \r
1654   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1655   {\r
1656     paste(false);\r
1657   }\r
1658 \r
1659   void paste(boolean newAlignment)\r
1660   {\r
1661     try\r
1662     {\r
1663 \r
1664       if (copiedSequences == null)\r
1665       {\r
1666         return;\r
1667       }\r
1668 \r
1669       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1670       Vector seqs = new Vector();\r
1671       while (st.hasMoreElements())\r
1672       {\r
1673         String name = st.nextToken();\r
1674         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1675         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1676         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1677       }\r
1678       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1679       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1680       {\r
1681         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1682       }\r
1683 \r
1684       if (newAlignment)\r
1685       {\r
1686         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1687         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1688         {\r
1689           newtitle = getTitle();\r
1690         }\r
1691         else\r
1692         {\r
1693           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1694         }\r
1695         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1696                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1697         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1698         {\r
1699           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1700           {\r
1701             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1702             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1703           }\r
1704         }\r
1705 \r
1706         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1707                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1708       }\r
1709       else\r
1710       {\r
1711         addSequences(newSeqs);\r
1712       }\r
1713 \r
1714     } catch (Exception ex)\r
1715     {\r
1716     } // could be anything being pasted in here\r
1717 \r
1718   }\r
1719 \r
1720   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1721   {\r
1722     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1723     {\r
1724       viewport.alignment.addSequence(seqs[i]);\r
1725     }\r
1726 \r
1727     // !newAlignment\r
1728     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1729             seqs, 0, viewport.alignment.getWidth(), viewport.alignment));\r
1730 \r
1731     viewport.setEndSeq(viewport.alignment.getHeight());\r
1732     viewport.alignment.getWidth();\r
1733     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1734             viewport.alignment.getSequences());\r
1735 \r
1736   }\r
1737 \r
1738   protected void cut_actionPerformed()\r
1739   {\r
1740     copy_actionPerformed();\r
1741     delete_actionPerformed();\r
1742   }\r
1743 \r
1744   protected void delete_actionPerformed()\r
1745   {\r
1746 \r
1747     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1748     if (sg == null)\r
1749     {\r
1750       return;\r
1751     }\r
1752 \r
1753     Vector seqs = new Vector();\r
1754     SequenceI seq;\r
1755     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1756     {\r
1757       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1758       seqs.addElement(seq);\r
1759     }\r
1760 \r
1761     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1762     if (sg.getSize() == viewport.alignment.getHeight())\r
1763     {\r
1764       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1765               sg.getEndRes() + 1);\r
1766     }\r
1767 \r
1768     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1769     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1770     {\r
1771       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1772     }\r
1773 \r
1774     /*\r
1775      * //ADD HISTORY ITEM\r
1776      */\r
1777     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1778             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1779             viewport.alignment));\r
1780 \r
1781     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1782     viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
1783 \r
1784     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1785             .getSequences());\r
1786 \r
1787     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1788     {\r
1789       this.setVisible(false);\r
1790     }\r
1791     viewport.sendSelection();\r
1792   }\r
1793 \r
1794   /**\r
1795    * group consensus toggled\r
1796    * \r
1797    */\r
1798   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1799   {\r
1800     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1801     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1802 \r
1803   }\r
1804 \r
1805   /**\r
1806    * group conservation toggled.\r
1807    */\r
1808   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1809   {\r
1810     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1811     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1812   }\r
1813 \r
1814   /*\r
1815    * (non-Javadoc)\r
1816    * \r
1817    * @see\r
1818    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1819    * .event.ActionEvent)\r
1820    */\r
1821   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1822   {\r
1823     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1824     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1825   }\r
1826   /*\r
1827    * (non-Javadoc)\r
1828    * \r
1829    * @see\r
1830    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1831    * .event.ActionEvent)\r
1832    */\r
1833   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1834   {\r
1835     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1836     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1837   }\r
1838 \r
1839   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1840   {\r
1841     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1842   }\r
1843 \r
1844   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1845   {\r
1846     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1847     {\r
1848       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1849               viewport.getSequenceSelection(),\r
1850               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1851                       viewport.getGapCharacter()),\r
1852               viewport.alignment.getGroups());\r
1853       viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
1854       viewport.sequenceColours = null;\r
1855       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1856       // set view properties for each group\r
1857       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1858       {\r
1859         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1860         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1861         viewport.alignment.addGroup(gps[g]);\r
1862         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1863                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1864         col = col.brighter();\r
1865         for (Enumeration sq = gps[g].getSequences(null).elements(); sq\r
1866                 .hasMoreElements(); viewport.setSequenceColour(\r
1867                 (SequenceI) sq.nextElement(), col))\r
1868           ;\r
1869       }\r
1870       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1871       alignPanel.updateAnnotation();\r
1872       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1873     }\r
1874   }\r
1875 \r
1876   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1877   {\r
1878     viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
1879     viewport.sequenceColours = null;\r
1880     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1881 \r
1882     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1883   }\r
1884 \r
1885   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1886   {\r
1887     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1888     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1889     {\r
1890       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1891     }\r
1892     sg.setEndRes(viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1893     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1894     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1895     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1896     viewport.sendSelection();\r
1897   }\r
1898 \r
1899   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1900   {\r
1901     if (viewport.cursorMode)\r
1902     {\r
1903       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1904       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1905     }\r
1906     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1907     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1908     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1909     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1910     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1911     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1912     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1913     viewport.sendSelection();\r
1914   }\r
1915 \r
1916   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1917   {\r
1918     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1919     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1920     {\r
1921       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1922     }\r
1923 \r
1924     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1925     viewport.sendSelection();\r
1926   }\r
1927 \r
1928   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1929   {\r
1930     viewport.invertColumnSelection();\r
1931     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1932     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1933     viewport.sendSelection();\r
1934   }\r
1935 \r
1936   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1937   {\r
1938     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1939     int column;\r
1940 \r
1941     if (colSel.size() > 0)\r
1942     {\r
1943       if (trimLeft)\r
1944       {\r
1945         column = colSel.getMin();\r
1946       }\r
1947       else\r
1948       {\r
1949         column = colSel.getMax();\r
1950       }\r
1951 \r
1952       SequenceI[] seqs;\r
1953       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1954       {\r
1955         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1956                 viewport.hiddenRepSequences);\r
1957       }\r
1958       else\r
1959       {\r
1960         seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
1961       }\r
1962 \r
1963       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1964       if (trimLeft)\r
1965       {\r
1966         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
1967                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
1968                 viewport.alignment, viewport.colSel,\r
1969                 viewport.selectionGroup);\r
1970         viewport.setStartRes(0);\r
1971       }\r
1972       else\r
1973       {\r
1974         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
1975                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
1976                 viewport.alignment, viewport.colSel,\r
1977                 viewport.selectionGroup);\r
1978       }\r
1979 \r
1980       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
1981 \r
1982       addHistoryItem(trimRegion);\r
1983 \r
1984       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1985 \r
1986       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1987       {\r
1988         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1989 \r
1990         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
1991                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
1992         {\r
1993           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
1994         }\r
1995       }\r
1996 \r
1997       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
1998               .getAlignment().getSequences());\r
1999     }\r
2000   }\r
2001 \r
2002   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
2003   {\r
2004     int start = 0, end = viewport.alignment.getWidth() - 1;\r
2005 \r
2006     SequenceI[] seqs;\r
2007     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2008     {\r
2009       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2010               viewport.hiddenRepSequences);\r
2011       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2012       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2013     }\r
2014     else\r
2015     {\r
2016       seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
2017     }\r
2018 \r
2019     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2020             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.alignment);\r
2021 \r
2022     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2023 \r
2024     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2025             + " empty columns.");\r
2026 \r
2027     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2028     // of first sequence\r
2029     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
2030     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2031     // ShiftList shifts;\r
2032     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2033     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2034     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2035     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2036     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2037     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2038             .getSequences());\r
2039 \r
2040   }\r
2041 \r
2042   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2043   {\r
2044     int start = 0, end = viewport.alignment.getWidth() - 1;\r
2045 \r
2046     SequenceI[] seqs;\r
2047     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2048     {\r
2049       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2050               viewport.hiddenRepSequences);\r
2051       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2052       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2053     }\r
2054     else\r
2055     {\r
2056       seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
2057     }\r
2058 \r
2059     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2060     // of first sequence\r
2061     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
2062     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2063 \r
2064     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2065             viewport.alignment));\r
2066 \r
2067     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2068 \r
2069     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2070             .getSequences());\r
2071 \r
2072   }\r
2073 \r
2074   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2075   {\r
2076     new Finder(alignPanel);\r
2077   }\r
2078 \r
2079   /**\r
2080    * create a new view derived from the current view\r
2081    * \r
2082    * @param viewtitle\r
2083    * @return frame for the new view\r
2084    */\r
2085   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2086   {\r
2087     AlignmentI newal;\r
2088     if (viewport.hasHiddenRows)\r
2089     {\r
2090       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2091               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2092     }\r
2093     else\r
2094     {\r
2095       newal = new Alignment(viewport.alignment.getSequencesArray());\r
2096     }\r
2097 \r
2098     if (viewport.alignment.getAlignmentAnnotation() != null)\r
2099     {\r
2100       for (int i = 0; i < viewport.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2101       {\r
2102         if (!viewport.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2103         {\r
2104           newal.addAnnotation(viewport.alignment.getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2105         }\r
2106       }\r
2107     }\r
2108 \r
2109     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2110 \r
2111     newaf.viewport.sequenceSetID = alignPanel.av.getSequenceSetId();\r
2112     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2113     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2114             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2115 \r
2116     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2117             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2118     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2119             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2120 \r
2121     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2122             .getSequenceSetId());\r
2123     int viewSize = -1;\r
2124     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2125     {\r
2126       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2127       {\r
2128         viewSize++;\r
2129       }\r
2130     }\r
2131 \r
2132     String title = new String(this.getTitle());\r
2133     if (viewtitle != null)\r
2134     {\r
2135       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2136     }\r
2137     else\r
2138     {\r
2139       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2140       {\r
2141         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2142       }\r
2143       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2144     }\r
2145 \r
2146     newaf.setTitle(title.toString());\r
2147 \r
2148     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2149     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2150     return newaf;\r
2151   }\r
2152 \r
2153   /**\r
2154    * \r
2155    * @return list of feature groups on the view\r
2156    */\r
2157   public String[] getFeatureGroups()\r
2158   {\r
2159     FeatureRenderer fr = null;\r
2160     if (alignPanel != null\r
2161             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2162     {\r
2163       return fr.getGroups();\r
2164     }\r
2165     return null;\r
2166   }\r
2167 \r
2168   /**\r
2169    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2170    * \r
2171    * @param visible\r
2172    *          true is visible\r
2173    * @return list\r
2174    */\r
2175   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2176   {\r
2177     FeatureRenderer fr = null;\r
2178     if (alignPanel != null\r
2179             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2180     {\r
2181       return fr.getGroups(visible);\r
2182     }\r
2183     return null;\r
2184   }\r
2185 \r
2186   /**\r
2187    * Change the display state for the given feature groups\r
2188    * \r
2189    * @param groups\r
2190    *          list of group strings\r
2191    * @param state\r
2192    *          visible or invisible\r
2193    */\r
2194   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2195   {\r
2196     FeatureRenderer fr = null;\r
2197     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2198     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2199     if (alignPanel != null\r
2200             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2201     {\r
2202       fr.setGroupState(groups, state);\r
2203       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2204       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2205       {\r
2206         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2207       }\r
2208     }\r
2209   }\r
2210 \r
2211   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2212   {\r
2213     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2214     alignPanel.fontChanged();\r
2215     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2216   }\r
2217 \r
2218   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2219   {\r
2220     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2221     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2222   }\r
2223 \r
2224   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2225   {\r
2226     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2227     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2228   }\r
2229 \r
2230   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2231   {\r
2232     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2233     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2234     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2235     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2236     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2237     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2238   }\r
2239 \r
2240   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2241   {\r
2242     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2243     {\r
2244       return;\r
2245     }\r
2246 \r
2247     Frame frame = new Frame();\r
2248     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2249     frame.add(overview);\r
2250     // +50 must allow for applet frame window\r
2251     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2252             overview.getPreferredSize().width,\r
2253             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2254 \r
2255     frame.pack();\r
2256     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2257     {\r
2258       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2259       {\r
2260         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
2261       };\r
2262     });\r
2263 \r
2264     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2265 \r
2266   }\r
2267 \r
2268   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2269   {\r
2270     int threshold = 0;\r
2271 \r
2272     if (cs != null)\r
2273     {\r
2274       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2275       {\r
2276         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2277                 "Background");\r
2278 \r
2279         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2280 \r
2281         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2282       }\r
2283       else\r
2284       {\r
2285         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2286       }\r
2287 \r
2288       if (viewport.getConservationSelected())\r
2289       {\r
2290 \r
2291         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
2292         Conservation c = new Conservation("All",\r
2293                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2294                 al.getWidth() - 1);\r
2295 \r
2296         c.calculate();\r
2297         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
2298 \r
2299         cs.setConservation(c);\r
2300 \r
2301         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2302                 cs, "Background"));\r
2303 \r
2304       }\r
2305       else\r
2306       {\r
2307         cs.setConservation(null);\r
2308       }\r
2309 \r
2310       cs.setConsensus(viewport.hconsensus);\r
2311 \r
2312     }             \r
2313     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2314 \r
2315     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
2316     {\r
2317       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
2318       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
2319       {\r
2320         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
2321 \r
2322         if (cs == null)\r
2323         {\r
2324           sg.cs = null;\r
2325           continue;\r
2326         }\r
2327         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
2328         {\r
2329           sg.cs = new ClustalxColourScheme(\r
2330                   sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences),\r
2331                   sg.getWidth());\r
2332         }\r
2333         else\r
2334         {\r
2335           try\r
2336           {\r
2337             sg.cs = cs.getClass().newInstance();\r
2338           } catch (Exception ex)\r
2339           {\r
2340             ex.printStackTrace();\r
2341             sg.cs = cs;\r
2342           }\r
2343         }\r
2344 \r
2345         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2346                 || cs instanceof PIDColourScheme\r
2347                 || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
2348         {\r
2349           sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2350           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
2351                   sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences), 0,\r
2352                   sg.getWidth()));\r
2353         }\r
2354         else\r
2355         {\r
2356           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2357         }\r
2358 \r
2359         if (viewport.getConservationSelected())\r
2360         {\r
2361           Conservation c = new Conservation("Group",\r
2362                   ResidueProperties.propHash, 3,\r
2363                   sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences), 0,\r
2364                   viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
2365           c.calculate();\r
2366           c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
2367           sg.cs.setConservation(c);\r
2368         }\r
2369         else\r
2370         {\r
2371           sg.cs.setConservation(null);\r
2372           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2373         }\r
2374 \r
2375       }\r
2376     }\r
2377 \r
2378     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2379     {\r
2380       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2381     }\r
2382 \r
2383     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2384             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2385                     alignPanel);\r
2386 \r
2387     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2388   }\r
2389 \r
2390   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2391   {\r
2392     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2393             && viewport.globalColourScheme != null)\r
2394     {\r
2395       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2396               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2397       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2398     }\r
2399   }\r
2400 \r
2401   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2402   {\r
2403     if (viewport.getConservationSelected()\r
2404             && viewport.globalColourScheme != null)\r
2405     {\r
2406       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2407               viewport.globalColourScheme, "Background");\r
2408       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2409     }\r
2410   }\r
2411 \r
2412   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2413   {\r
2414     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2415 \r
2416     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2417     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2418 \r
2419     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2420 \r
2421     modifyConservation_actionPerformed();\r
2422   }\r
2423 \r
2424   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2425   {\r
2426     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2427 \r
2428     conservationMenuItem.setState(false);\r
2429     viewport.setConservationSelected(false);\r
2430 \r
2431     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2432 \r
2433     modifyPID_actionPerformed();\r
2434   }\r
2435 \r
2436   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2437   {\r
2438     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2439     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2440             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2441 \r
2442     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2443             viewport.alignment));\r
2444     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2445   }\r
2446 \r
2447   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2448   {\r
2449     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2450     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2451     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.alignment));\r
2452     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2453   }\r
2454 \r
2455   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2456   {\r
2457     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2458     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2459     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2460             viewport.alignment));\r
2461     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2462   }\r
2463 \r
2464   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2465   {\r
2466     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2467     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2468     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2469             viewport.alignment));\r
2470     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2471 \r
2472   }\r
2473 \r
2474   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2475   {\r
2476     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2477   }\r
2478 \r
2479   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2480   {\r
2481     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2482             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2483     {\r
2484       Frame frame = new Frame();\r
2485       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2486       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2487               500);\r
2488     }\r
2489   }\r
2490 \r
2491   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2492   {\r
2493     // are the sequences aligned?\r
2494     if (!viewport.alignment.isAligned(false))\r
2495     {\r
2496       SequenceI current;\r
2497       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2498 \r
2499       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2500       {\r
2501         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2502 \r
2503         if (current.getLength() < Width)\r
2504         {\r
2505           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2506         }\r
2507       }\r
2508       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2509     }\r
2510 \r
2511     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2512             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2513             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2514             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2515     {\r
2516       return;\r
2517     }\r
2518 \r
2519     try\r
2520     {\r
2521       new PCAPanel(viewport);\r
2522     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2523     {\r
2524     }\r
2525 \r
2526   }\r
2527 \r
2528   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2529   {\r
2530     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2531   }\r
2532 \r
2533   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2534   {\r
2535     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2536   }\r
2537 \r
2538   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2539   {\r
2540     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2541   }\r
2542 \r
2543   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2544   {\r
2545     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2546   }\r
2547 \r
2548   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2549   {\r
2550     // are the sequences aligned?\r
2551     if (!viewport.alignment.isAligned(false))\r
2552     {\r
2553       SequenceI current;\r
2554       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2555 \r
2556       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2557       {\r
2558         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2559 \r
2560         if (current.getLength() < Width)\r
2561         {\r
2562           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2563         }\r
2564       }\r
2565       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2566 \r
2567     }\r
2568 \r
2569     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2570             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2571             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.alignment\r
2572                     .getHeight() > 1))\r
2573     {\r
2574       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2575 \r
2576       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2577 \r
2578       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2579     }\r
2580   }\r
2581 \r
2582   void loadTree_actionPerformed()\r
2583   {\r
2584     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2585     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2586     cap.setTreeImport();\r
2587     Frame frame = new Frame();\r
2588     frame.add(cap);\r
2589     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2590   }\r
2591 \r
2592   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2593   {\r
2594     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2595     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2596     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2597   }\r
2598 \r
2599   /**\r
2600    * sort the alignment using the given treePanel\r
2601    * \r
2602    * @param treePanel\r
2603    *          tree used to sort view\r
2604    * @param title\r
2605    *          string used for undo event name\r
2606    */\r
2607   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2608   {\r
2609     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2610     AlignmentSorter\r
2611             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2612     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2613     // HistoryItem.SORT));\r
2614     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2615             viewport.alignment));\r
2616     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2617   }\r
2618 \r
2619   /**\r
2620    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2621    * the menu structure for the new tree\r
2622    * \r
2623    * @param treePanel\r
2624    * @param title\r
2625    */\r
2626   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2627           final String title)\r
2628   {\r
2629     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2630     sortByTreeMenu.add(item);\r
2631     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2632     {\r
2633       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2634       {\r
2635         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2636       }\r
2637     });\r
2638     \r
2639     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2640     {\r
2641       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2642       {\r
2643         if (viewport.sortByTree)\r
2644         {\r
2645           sortByTree(treePanel, title);\r
2646         }\r
2647         super.windowOpened(e);\r
2648       }\r
2649 \r
2650       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2651       {\r
2652         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2653       };\r
2654     });\r
2655   }\r
2656   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2657   {\r
2658     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2659     .getSequencesArray();\r
2660     if (viewport.applet.debug)\r
2661     {\r
2662       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2663     }\r
2664     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2665     if (undoname!=null)\r
2666     {\r
2667       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.alignment));\r
2668     }\r
2669     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2670     return true;\r
2671   }\r
2672 \r
2673   protected void documentation_actionPerformed()\r
2674   {\r
2675     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2676   }\r
2677 \r
2678   protected void about_actionPerformed()\r
2679   {\r
2680 \r
2681     class AboutPanel extends Canvas\r
2682     {\r
2683       String version;\r
2684 \r
2685       String builddate;\r
2686 \r
2687       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2688       {\r
2689         this.version = version;\r
2690         this.builddate = builddate;\r
2691       }\r
2692 \r
2693       public void paint(Graphics g)\r
2694       {\r
2695         g.setColor(Color.white);\r
2696         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2697         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2698         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2699         int fh = fm.getHeight();\r
2700         int y = 5, x = 7;\r
2701         g.setColor(Color.black);\r
2702         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2703         // lite and application\r
2704         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2705         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2706         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2707         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2708         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2709         g.drawString(\r
2710                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2711                 x, y += fh * 1.5);\r
2712         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2713         g.drawString(\r
2714                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2715                 x, y += fh);\r
2716         g.drawString(\r
2717                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2718                 x, y += fh);\r
2719         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2720         g.drawString(\r
2721                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2722                 x, y += fh);\r
2723         g.drawString(\r
2724                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2725                 x, y += fh);\r
2726         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2727                 x, y += fh);\r
2728       }\r
2729     }\r
2730 \r
2731     Frame frame = new Frame();\r
2732     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2733             .getBuildDate()));\r
2734     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2735 \r
2736   }\r
2737 \r
2738   public void showURL(String url, String target)\r
2739   {\r
2740     if (viewport.applet == null)\r
2741     {\r
2742       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2743     }\r
2744     else\r
2745     {\r
2746       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2747     }\r
2748   }\r
2749 \r
2750   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2751   // JBuilder Graphics here\r
2752 \r
2753   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2754 \r
2755   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2756 \r
2757   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2758 \r
2759   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2760 \r
2761   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2762   \r
2763   MenuItem loadScores = new MenuItem("Load Associated T-Coffee scores ...");\r
2764 \r
2765   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2766 \r
2767   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2768 \r
2769   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2770 \r
2771   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2772 \r
2773   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2774 \r
2775   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2776 \r
2777   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2778 \r
2779   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2780 \r
2781   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2782 \r
2783   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2784 \r
2785   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2786 \r
2787   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2788 \r
2789   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2790 \r
2791   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2792 \r
2793   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2794 \r
2795   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2796 \r
2797   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2798 \r
2799   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2800 \r
2801   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2802 \r
2803   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2804 \r
2805   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2806 \r
2807   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2808 \r
2809   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2810 \r
2811   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2812 \r
2813   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2814 \r
2815   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2816 \r
2817   public Label statusBar = new Label();\r
2818 \r
2819   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2820 \r
2821   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2822 \r
2823   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2824 \r
2825   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2826 \r
2827   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2828 \r
2829   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2830 \r
2831   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2832 \r
2833   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2834 \r
2835   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2836 \r
2837   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2838 \r
2839   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2840 \r
2841   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2842   \r
2843   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2844 \r
2845   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2846 \r
2847   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2848 \r
2849   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2850 \r
2851   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2852 \r
2853   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2854 \r
2855   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2856 \r
2857   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2858 \r
2859   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2860 \r
2861   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2862 \r
2863   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2864 \r
2865   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2866 \r
2867   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2868 \r
2869   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2870 \r
2871   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2872 \r
2873   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2874 \r
2875   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2876 \r
2877   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2878 \r
2879   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2880 \r
2881   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2882 \r
2883   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2884 \r
2885   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2886 \r
2887   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2888 \r
2889   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2890 \r
2891   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2892 \r
2893   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2894 \r
2895   MenuItem font = new MenuItem();\r
2896 \r
2897   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2898 \r
2899   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2900 \r
2901   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2902 \r
2903   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2904 \r
2905   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2906 \r
2907   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2908           "Autocalculate Consensus", true);\r
2909 \r
2910   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2911           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2912 \r
2913   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2914 \r
2915   Menu sort = new Menu();\r
2916 \r
2917   Menu calculate = new Menu();\r
2918 \r
2919   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2920 \r
2921   Menu helpMenu = new Menu();\r
2922 \r
2923   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2924 \r
2925   MenuItem about = new MenuItem();\r
2926 \r
2927   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2928 \r
2929   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2930   \r
2931   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2932   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2933   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2934   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2935   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2936   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2937   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2938 \r
2939   private void jbInit() throws Exception\r
2940   {\r
2941 \r
2942     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2943 \r
2944     MenuItem item;\r
2945 \r
2946     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2947     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2948     {\r
2949 \r
2950       item = new MenuItem(\r
2951               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2952 \r
2953       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2954       {\r
2955         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2956         {\r
2957           outputText_actionPerformed(e);\r
2958         }\r
2959       });\r
2960 \r
2961       outputTextboxMenu.add(item);\r
2962     }\r
2963     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2964     loadApplication.addActionListener(this);\r
2965 \r
2966     loadTree.addActionListener(this);\r
2967     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2968     loadScores.addActionListener(this);\r
2969     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2970     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2971     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2972     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2973     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2974     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2975     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2976     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2977     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2978     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2979     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2980     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2981     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2982     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2983     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2984     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2985     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2986     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2987     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2988     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
2989     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
2990     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
2991     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
2992     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
2993     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
2994     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
2995     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
2996     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
2997     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
2998     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
2999     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
3000     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
3001     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
3002     averageDistanceTreeMenuItem\r
3003             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
3004     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3005     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
3006     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3007     statusBar.setBackground(Color.white);\r
3008     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
3009     statusBar.setText("Status bar");\r
3010     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
3011     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
3012 \r
3013     clustalColour.addActionListener(this);\r
3014     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
3015     zappoColour.addActionListener(this);\r
3016     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
3017     taylorColour.addActionListener(this);\r
3018     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
3019     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
3020     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
3021     helixColour.addActionListener(this);\r
3022     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
3023     strandColour.addActionListener(this);\r
3024     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
3025     turnColour.addActionListener(this);\r
3026     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
3027     buriedColour.addActionListener(this);\r
3028     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
3029     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
3030     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
3031     PIDColour.addActionListener(this);\r
3032     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
3033     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
3034     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
3035     tcoffeeColour.setEnabled(false);    // it will enabled only if a score file is provided\r
3036     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
3037     avDistanceTreeBlosumMenuItem .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
3038     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3039     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
3040     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3041     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
3042     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3043     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
3044     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3045     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
3046     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3047     alProperties.addActionListener(this);\r
3048     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
3049     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3050     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3051     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
3052     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3053     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3054     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3055     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3056     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3057     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3058     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3059     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3060     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3061     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3062     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3063     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3064     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3065     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3066     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3067     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3068     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3069     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3070     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3071     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3072     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3073     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3074     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3075     copy.setLabel("Copy");\r
3076     copy.addActionListener(this);\r
3077     cut.setLabel("Cut");\r
3078     cut.addActionListener(this);\r
3079     delete.setLabel("Delete");\r
3080     delete.addActionListener(this);\r
3081     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3082     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3083     pasteNew.addActionListener(this);\r
3084     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3085     pasteThis.addActionListener(this);\r
3086     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3087     applyToAllGroups.setState(true);\r
3088     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3089     font.setLabel("Font...");\r
3090     font.addActionListener(this);\r
3091     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3092     scaleAbove.setState(true);\r
3093     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3094     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3095     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3096     scaleLeft.setState(true);\r
3097     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3098     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3099     scaleRight.setEnabled(false);\r
3100     scaleRight.setState(true);\r
3101     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3102     scaleRight.addItemListener(this);\r
3103     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3104     modifyPID.addActionListener(this);\r
3105     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3106     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3107     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3108     sort.setLabel("Sort");\r
3109     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3110     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3111     sortByTree.addItemListener(this);\r
3112     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3113     inputText.addActionListener(this);\r
3114     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3115     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3116     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3117     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3118     helpMenu.setLabel("Help");\r
3119     documentation.setLabel("Documentation");\r
3120     documentation.addActionListener(this);\r
3121 \r
3122     about.setLabel("About...");\r
3123     about.addActionListener(this);\r
3124     seqLimits.setState(true);\r
3125     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3126     seqLimits.addItemListener(this);\r
3127     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3128     featureSettings.addActionListener(this);\r
3129     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3130     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3131     sequenceFeatures.setState(false);\r
3132     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3133     annotationColour.addActionListener(this);\r
3134     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3135     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3136     menu1.setLabel("Show");\r
3137     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3138     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3139     menu2.setLabel("Hide");\r
3140     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3141     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3142     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3143     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3144     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3145     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3146     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3147     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3148     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3149     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3150     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3151     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3152     \r
3153     invertColSel.addActionListener(this);\r
3154     showColumns.addActionListener(this);\r
3155     showSeqs.addActionListener(this);\r
3156     hideColumns.addActionListener(this);\r
3157     hideSequences.addActionListener(this);\r
3158     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3159     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3160     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3161     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3162     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3163     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3164     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3165     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3166     formatMenu.setLabel("Format");\r
3167     selectMenu.setLabel("Select");\r
3168     newView.setLabel("New View");\r
3169     newView.addActionListener(this);\r
3170     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3171     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3172     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3173     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3174     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3175     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3176     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3177     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3178 \r
3179     fileMenu.add(inputText);\r
3180     fileMenu.add(loadTree);\r
3181     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3182     fileMenu.add(loadScores);\r
3183     \r
3184     fileMenu.addSeparator();\r
3185     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3186     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3187     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3188 \r
3189     if (jalviewServletURL != null)\r
3190     {\r
3191       fileMenu.add(loadApplication);\r
3192     }\r
3193 \r
3194     fileMenu.addSeparator();\r
3195     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3196 \r
3197     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3198     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3199     editMenu.add(cut);\r
3200     editMenu.add(copy);\r
3201     editMenu.add(pasteMenu);\r
3202     editMenu.add(delete);\r
3203     editMenu.addSeparator();\r
3204     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3205     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3206     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3207     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3208     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3209     viewMenu.add(newView);\r
3210     viewMenu.addSeparator();\r
3211     viewMenu.add(menu1);\r
3212     viewMenu.add(menu2);\r
3213     viewMenu.addSeparator();\r
3214     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3215     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3216     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3217     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3218     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3219     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3220     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3221     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3222     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3223     viewMenu.addSeparator();\r
3224     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3225     viewMenu.add(featureSettings);\r
3226     viewMenu.addSeparator();\r
3227     viewMenu.add(alProperties);\r
3228     viewMenu.addSeparator();\r
3229     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3230     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3231     colourMenu.addSeparator();\r
3232     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3233     colourMenu.add(clustalColour);\r
3234     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3235     colourMenu.add(PIDColour);\r
3236     colourMenu.add(zappoColour);\r
3237     colourMenu.add(taylorColour);\r
3238     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3239     colourMenu.add(helixColour);\r
3240     colourMenu.add(strandColour);\r
3241     colourMenu.add(turnColour);\r
3242     colourMenu.add(buriedColour);\r
3243     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3244     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3245     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3246     colourMenu.addSeparator();\r
3247     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3248     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3249     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3250     colourMenu.add(modifyPID);\r
3251     colourMenu.add(annotationColour);\r
3252     calculateMenu.add(sort);\r
3253     calculateMenu.add(calculate);\r
3254     calculateMenu.addSeparator();\r
3255     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3256     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3257     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3258     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3259     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3260     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3261     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3262     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3263     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3264     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3265     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3266     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3267     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3268     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3269     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3270     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3271     helpMenu.add(documentation);\r
3272     helpMenu.add(about);\r
3273     menu1.add(showColumns);\r
3274     menu1.add(showSeqs);\r
3275     menu1.add(showAllHidden);\r
3276     menu2.add(hideColumns);\r
3277     menu2.add(hideSequences);\r
3278     menu2.add(hideAllSelection);\r
3279     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3280     formatMenu.add(font);\r
3281     formatMenu.add(seqLimits);\r
3282     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3283     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3284     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3285     formatMenu.add(scaleRight);\r
3286     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3287     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3288     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3289     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3290     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3291     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3292     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3293     selectMenu.addSeparator();\r
3294     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3295     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3296     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3297     selectMenu.add(invertColSel);\r
3298     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3299     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3300 \r
3301   }\r
3302 \r
3303   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3304 \r
3305   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3306 \r
3307   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3308 \r
3309   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3310 \r
3311   Menu menu1 = new Menu();\r
3312 \r
3313   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3314 \r
3315   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3316 \r
3317   Menu menu2 = new Menu();\r
3318 \r
3319   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3320 \r
3321   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3322 \r
3323   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3324 \r
3325   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3326 \r
3327   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3328 \r
3329   Menu formatMenu = new Menu();\r
3330 \r
3331   Menu selectMenu = new Menu();\r
3332 \r
3333   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3334 \r
3335   /**\r
3336    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3337    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3338    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3339    * \r
3340    * @param reallyEmbedded\r
3341    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3342    *          in a new window\r
3343    */\r
3344   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3345   {\r
3346     if (reallyEmbedded)\r
3347     {\r
3348       // ////\r
3349       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3350       //\r
3351       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3352       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3353       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3354       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3355               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3356       // and actually add the components to the applet area\r
3357       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3358       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3359       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3360       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3361               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3362                       - statusBar.HEIGHT);\r
3363       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3364       final AlignFrame me = this;\r
3365       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3366       {\r
3367         \r
3368         @Override\r
3369         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3370         {\r
3371           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3372                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3373         }}\r
3374         \r
3375         @Override\r
3376         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3377         {\r
3378           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3379         }\r
3380       });\r
3381       viewport.applet.validate();\r
3382     }\r
3383     else\r
3384     {\r
3385       // //////\r
3386       // test and embed menu bar if necessary.\r
3387       //\r
3388       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3389       {\r
3390         // adjust for status bar height too\r
3391         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3392                 - statusBar.HEIGHT);\r
3393       }\r
3394       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3395       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3396       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3397       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3398               DEFAULT_HEIGHT);\r
3399     }\r
3400   }\r
3401 \r
3402   /**\r
3403    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3404    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3405    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3406    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3407    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3408    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3409    * \r
3410    * @param viewer\r
3411    *          JmolViewer instance\r
3412    * @param sequenceIds\r
3413    *          - sequence Ids to search for associations\r
3414    */\r
3415   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3416           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3417   {\r
3418     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3419     try\r
3420     {\r
3421       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3422     } catch (ClassCastException ex)\r
3423     {\r
3424       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3425               + jmolviewer.getClass());\r
3426     }\r
3427     if (viewer == null)\r
3428     {\r
3429       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3430               + jmolviewer.getClass());\r
3431       return null;\r
3432     }\r
3433     SequenceI[] seqs = null;\r
3434     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3435     {\r
3436       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3437     }\r
3438     else\r
3439     {\r
3440       Vector sqi = new Vector();\r
3441       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3442       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3443       {\r
3444         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3445         if (sq != null)\r
3446         {\r
3447           sqi.addElement(sq);\r
3448         }\r
3449       }\r
3450       if (sqi.size() > 0)\r
3451       {\r
3452         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3453         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3454         {\r
3455           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3456         }\r
3457       }\r
3458       else\r
3459       {\r
3460         return null;\r
3461       }\r
3462     }\r
3463     ExtJmol jmv = null;\r
3464     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3465     if (jmv == null)\r
3466     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3467       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3468     }\r
3469     return jmv;\r
3470 \r
3471   }\r
3472   /**\r
3473    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3474    * \r
3475    * @param sequenceId\r
3476    *          - sequenceId within the dataset.\r
3477    * @param pdbEntryString\r
3478    *          - the short name for the PDB file\r
3479    * @param pdbFile\r
3480    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3481    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3482    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3483    *         fails.\r
3484    */\r
3485   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3486           String pdbFile)\r
3487   {\r
3488     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3489     boolean needtoadd = false;\r
3490     if (toaddpdb != null)\r
3491     {\r
3492       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3493       PDBEntry pdbentry = null;\r
3494       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3495       {\r
3496         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3497         {\r
3498           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3499           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3500                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3501           {\r
3502             pdbentry = null;\r
3503           }\r
3504           else\r
3505           {\r
3506             continue;\r
3507           }\r
3508         }\r
3509       }\r
3510       if (pdbentry == null)\r
3511       {\r
3512         pdbentry = new PDBEntry();\r
3513         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3514         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3515         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3516       }\r
3517       // resolve data source\r
3518       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3519       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3520       if (protocol == null)\r
3521       {\r
3522         return false;\r
3523       }\r
3524       if (needtoadd)\r
3525       {\r
3526         // make a note of the access mode and add\r
3527         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3528         {\r
3529           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3530         }\r
3531         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3532         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3533       }\r
3534     }\r
3535     return true;\r
3536   }\r
3537 \r
3538   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3539   {\r
3540     if (seqs != null)\r
3541     {\r
3542       Vector sequences = new Vector();\r
3543       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3544       {\r
3545         if (seqs[i] != null)\r
3546         {\r
3547           sequences.addElement(new Object[]\r
3548           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3549         }\r
3550       }\r
3551       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3552       chains = new String[sequences.size()];\r
3553       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3554       {\r
3555         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3556 \r
3557         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3558         chains[i] = (String) oj[1];\r
3559       }\r
3560     }\r
3561     return new Object[]\r
3562     { seqs, chains };\r
3563 \r
3564   }\r
3565 \r
3566   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3567           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3568   {\r
3569     // Scrub any null sequences from the array\r
3570     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3571     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3572     chains = (String[]) sqch[1];\r
3573     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3574     {\r
3575       System.err\r
3576               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3577     }\r
3578     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3579             || protocol.equals("null"))\r
3580     {\r
3581       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3582       if (protocol == null)\r
3583       {\r
3584         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3585                 + pdb.getId());\r
3586         return;\r
3587       }\r
3588     }\r
3589     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3590     {\r
3591       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3592       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3593         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3594       }\r
3595       return;\r
3596     }\r
3597     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3598     {\r
3599       // can only do alignments with Jmol\r
3600       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3601       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3602       Vector jmols = applet\r
3603               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3604       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3605       {\r
3606         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3607         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3608         {\r
3609           ajm = tajm;\r
3610           break;\r
3611         }\r
3612       }\r
3613       if (ajm != null)\r
3614       {\r
3615         System.err\r
3616                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3617         // try and add the pdb structure\r
3618         // ajm.addS\r
3619         ajm = null;\r
3620       }\r
3621     }\r
3622     // otherwise, create a new window\r
3623     if (applet.jmolAvailable)\r
3624     {\r
3625       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3626               protocol);\r
3627       applet.lastFrameX += 40;\r
3628       applet.lastFrameY += 40;\r
3629     }\r
3630     else\r
3631     {\r
3632       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3633     }\r
3634 \r
3635   }\r
3636 \r
3637   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3638           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3639   {\r
3640     // TODO Auto-generated method stub\r
3641     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3642   }\r
3643 \r
3644   /**\r
3645    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3646    * @param sel - sequences from this alignment \r
3647    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3648    */\r
3649   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3650   {\r
3651     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3652   }\r
3653 \r
3654   public void scrollTo(int row, int column)\r
3655   {\r
3656     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);    \r
3657   }\r
3658   public void scrollToRow(int row)\r
3659   {\r
3660     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);    \r
3661   }\r
3662   public void scrollToColumn(int column)\r
3663   {\r
3664     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);    \r
3665   }\r
3666   /**\r
3667    * @return the alignments unique ID.\r
3668    */\r
3669   public String getSequenceSetId() {\r
3670     return viewport.getSequenceSetId();\r
3671   }\r
3672   \r
3673   \r
3674   /**\r
3675    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url \r
3676    * \r
3677    * @param url The absolute path from where download and read the score file\r
3678    * @throws IOException \r
3679    */\r
3680   public void loadScoreFile( URL url ) throws IOException {\r
3681           \r
3682           TCoffeeScoreFile file = TCoffeeScoreFile.load( new InputStreamReader( url.openStream() ) );\r
3683           if( file == null ) {\r
3684          // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3685             \r
3686                   throw new RuntimeException("The file provided does not match the T-Coffee scores file format");\r
3687           }\r
3688           \r
3689           /*\r
3690            * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3691            */\r
3692           AlignmentI aln; \r
3693           if( (aln=viewport.alignment) != null && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file.getWidth()) ) {\r
3694             // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3695             throw new RuntimeException("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3696                   \r
3697           }\r
3698           \r
3699            // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3700           if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3701           {\r
3702                   tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3703                   // switch to this color\r
3704                   changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3705           }\r
3706   }\r
3707   \r
3708   \r
3709 }\r