src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27 import java.awt.Font;
  28 import java.awt.Graphics;
  29 import java.awt.Image;
  30 import java.awt.Panel;
  31 import java.util.List;
  32
  33 public class IdCanvas extends Panel
  34 {
  35   protected AlignViewport av;
  36
  37   protected boolean showScores = true;
  38
  39   protected int maxIdLength = -1;
  40
  41   protected String maxIdStr = null;
  42
  43   Image image;
  44
  45   Graphics gg;
  46
  47   int imgHeight = 0;
  48
  49   boolean fastPaint = false;
  50
  51   List<SequenceI> searchResults;
  52
  53   public IdCanvas(AlignViewport av)
  54   {
  55     setLayout(null);
  56     this.av = av;
  57     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  58   }
  59
  60   public void drawIdString(Graphics gg, boolean hiddenRows, SequenceI s,
  61           int i, int starty, int ypos)
  62   {
  63     int charHeight = av.getCharHeight();
  64
  65     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))
  66     {
  67       gg.setColor(Color.black);
  68       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  69               charHeight);
  70       gg.setColor(Color.white);
  71     }
  72     else if (av.getSelectionGroup() != null
  73             && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))
  74     {
  75       gg.setColor(Color.lightGray);
  76       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  77               charHeight);
  78       gg.setColor(Color.white);
  79     }
  80     else
  81     {
  82       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));
  83       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  84               charHeight);
  85       gg.setColor(Color.black);
  86     }
  87
  88     gg.drawString(s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
  89             ((i - starty) * charHeight) + ypos + charHeight
  90                     - (charHeight / 5));
  91
  92     if (hiddenRows)
  93     {
  94       drawMarker(i, starty, ypos);
  95     }
  96
  97   }
  98
  99   public void fastPaint(int vertical)
 100   {
 101     if (gg == null)
 102     {
 103       repaint();
 104       return;
 105     }
 106
 107     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 108
 109     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0,
 110             -vertical * av.getCharHeight());
 111
 112     int ss = ranges.getStartSeq(), es = ranges.getEndSeq(), transY = 0;
 113     if (vertical > 0) // scroll down
 114     {
 115       ss = es - vertical;
 116       if (ss < ranges.getStartSeq()) // ie scrolling too fast, more than a page
 117                                      // at a
 118                                  // time
 119       {
 120         ss = ranges.getStartSeq();
 121       }
 122       else
 123       {
 124         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * av.getCharHeight());
 125       }
 126     }
 127     else if (vertical < 0)
 128     {
 129       es = ss - vertical;
 130       if (es > ranges.getEndSeq())
 131       {
 132         es = ranges.getEndSeq();
 133       }
 134     }
 135
 136     gg.translate(0, transY);
 137
 138     drawIds(ss, es);
 139
 140     gg.translate(0, -transY);
 141
 142     fastPaint = true;
 143     repaint();
 144   }
 145
 146   @Override
 147   public void update(Graphics g)
 148   {
 149     paint(g);
 150   }
 151
 152   @Override
 153   public void paint(Graphics g)
 154   {
 155     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)
 156     {
 157       return;
 158     }
 159     if (fastPaint)
 160     {
 161       fastPaint = false;
 162       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 163       return;
 164     }
 165
 166     imgHeight = getSize().height;
 167     imgHeight -= imgHeight % av.getCharHeight();
 168
 169     if (imgHeight < 1)
 170     {
 171       return;
 172     }
 173
 174     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))
 175     {
 176       image = createImage(getSize().width, imgHeight);
 177       gg = image.getGraphics();
 178       gg.setFont(av.getFont());
 179     }
 180
 181     // Fill in the background
 182     gg.setColor(Color.white);
 183     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 184             .getFont().getSize());
 185     gg.setFont(italic);
 186
 187     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 188     drawIds(av.getRanges().getStartSeq(), av.getRanges().getEndSeq());
 189     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 190   }
 191
 192   /**
 193    * local copy of av.getCharHeight set at top of drawIds
 194    */
 195   private int avcharHeight;
 196
 197   void drawIds(int starty, int endy)
 198   {
 199     // hardwired italic IDs in applet currently
 200     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 201             .getFont().getSize());
 202     // temp variable for speed
 203     avcharHeight = av.getCharHeight();
 204
 205     gg.setFont(italic);
 206
 207     Color currentColor = Color.white;
 208     Color currentTextColor = Color.black;
 209
 210     final boolean doHiddenCheck = av.isDisplayReferenceSeq()
 211             || av.hasHiddenRows(), hiddenRows = av.hasHiddenRows()
 212             && av.getShowHiddenMarkers();
 213
 214     if (av.getWrapAlignment())
 215     {
 216       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 217       int alheight = av.getAlignment().getHeight();
 218
 219       if (av.hasHiddenColumns())
 220       {
 221         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 222       }
 223
 224       int annotationHeight = 0;
 225       AnnotationLabels labels = null;
 226
 227       if (av.isShowAnnotation())
 228       {
 229         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);
 230         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();
 231         labels = new AnnotationLabels(av);
 232       }
 233       int hgap = avcharHeight;
 234       if (av.getScaleAboveWrapped())
 235       {
 236         hgap += avcharHeight;
 237       }
 238
 239       int cHeight = alheight * avcharHeight + hgap + annotationHeight;
 240
 241       int rowSize = av.getRanges().getEndRes()
 242               - av.getRanges().getStartRes();
 243       // Draw the rest of the panels
 244       for (int ypos = hgap, row = av.getRanges().getStartRes(); (ypos <= getSize().height)
 245               && (row < maxwidth); ypos += cHeight, row += rowSize)
 246       {
 247         for (int i = starty; i < alheight; i++)
 248         {
 249
 250           SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 251           gg.setFont(italic);
 252           if (doHiddenCheck)
 253           {
 254             setHiddenFont(s);
 255           }
 256           drawIdString(gg, hiddenRows, s, i, 0, ypos);
 257         }
 258
 259         if (labels != null)
 260         {
 261           gg.translate(0, ypos + (alheight * avcharHeight));
 262           labels.drawComponent(gg, getSize().width);
 263           gg.translate(0, -ypos - (alheight * avcharHeight));
 264         }
 265
 266       }
 267     }
 268     else
 269     {
 270       // Now draw the id strings
 271       SequenceI seq;
 272       for (int i = starty; i <= endy; i++)
 273       {
 274
 275         seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 276         if (seq == null)
 277         {
 278           continue;
 279         }
 280         gg.setFont(italic);
 281         // boolean isrep=false;
 282         if (doHiddenCheck)
 283         {
 284           // isrep =
 285           setHiddenFont(seq);
 286         }
 287
 288         // Selected sequence colours
 289         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(seq))
 290         {
 291           currentColor = Color.black;
 292           currentTextColor = Color.white;
 293         }
 294         else if ((av.getSelectionGroup() != null)
 295                 && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
 296         {
 297           currentColor = Color.lightGray;
 298           currentTextColor = Color.black;
 299         }
 300         else
 301         {
 302           currentColor = av.getSequenceColour(seq);
 303           currentTextColor = Color.black;
 304         }
 305
 306         gg.setColor(currentColor);
 307         // TODO: isrep could be used to highlight the representative in a
 308         // different way
 309         gg.fillRect(0, (i - starty) * avcharHeight, getSize().width,
 310                 avcharHeight);
 311         gg.setColor(currentTextColor);
 312
 313         gg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
 314                 (((i - starty) * avcharHeight) + avcharHeight)
 315                         - (avcharHeight / 5));
 316
 317         if (hiddenRows)
 318         {
 319           drawMarker(i, starty, 0);
 320         }
 321       }
 322     }
 323   }
 324
 325   public void setHighlighted(List<SequenceI> list)
 326   {
 327     searchResults = list;
 328     repaint();
 329   }
 330
 331   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)
 332   {
 333     SequenceI[] hseqs = av.getAlignment().getHiddenSequences().hiddenSequences;
 334     // Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust
 335     // 3 times.
 336     int hSize = hseqs.length;
 337
 338     int hiddenIndex = i;
 339     int lastIndex = i - 1;
 340     int nextIndex = i + 1;
 341
 342     for (int j = 0; j < hSize; j++)
 343     {
 344       if (hseqs[j] != null)
 345       {
 346         if (j - 1 < hiddenIndex)
 347         {
 348           hiddenIndex++;
 349         }
 350         if (j - 1 < lastIndex)
 351         {
 352           lastIndex++;
 353         }
 354         if (j - 1 < nextIndex)
 355         {
 356           nextIndex++;
 357         }
 358       }
 359     }
 360
 361     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);
 362     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);
 363
 364     gg.setColor(Color.blue);
 365     if (below)
 366     {
 367       gg.fillPolygon(new int[] { getSize().width - avcharHeight,
 368           getSize().width - avcharHeight, getSize().width }, new int[] {
 369           (i - starty) * avcharHeight + yoffset,
 370           (i - starty) * avcharHeight + yoffset + avcharHeight / 4,
 371           (i - starty) * avcharHeight + yoffset }, 3);
 372     }
 373     if (above)
 374     {
 375       gg.fillPolygon(new int[] { getSize().width - avcharHeight,
 376           getSize().width - avcharHeight, getSize().width }, new int[] {
 377           (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset,
 378           (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset - avcharHeight / 4,
 379           (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset }, 3);
 380
 381     }
 382   }
 383
 384   boolean setHiddenFont(SequenceI seq)
 385   {
 386     Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD, av.getFont()
 387             .getSize());
 388
 389     if (av.isReferenceSeq(seq) || av.isHiddenRepSequence(seq))
 390     {
 391       gg.setFont(bold);
 392       return true;
 393     }
 394     return false;
 395   }
 396 }