src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.SearchResults;
  29 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.structure.SelectionListener;
  36 import jalview.structure.SelectionSource;
  37 import jalview.structure.SequenceListener;
  38 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  39 import jalview.structure.VamsasSource;
  40 import jalview.util.MappingUtils;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  43
  44 import java.awt.BorderLayout;
  45 import java.awt.Font;
  46 import java.awt.FontMetrics;
  47 import java.awt.Panel;
  48 import java.awt.Point;
  49 import java.awt.event.InputEvent;
  50 import java.awt.event.MouseEvent;
  51 import java.awt.event.MouseListener;
  52 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  56         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  57 {
  58
  59   public SeqCanvas seqCanvas;
  60
  61   public AlignmentPanel ap;
  62
  63   protected int lastres;
  64
  65   protected int startseq;
  66
  67   protected AlignViewport av;
  68
  69   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  70   // conservation
  71   boolean seqEditOccurred = false;
  72
  73   ScrollThread scrollThread = null;
  74
  75   boolean mouseDragging = false;
  76
  77   boolean editingSeqs = false;
  78
  79   boolean groupEditing = false;
  80
  81   int oldSeq = -1;
  82
  83   boolean changeEndSeq = false;
  84
  85   boolean changeStartSeq = false;
  86
  87   boolean changeEndRes = false;
  88
  89   boolean changeStartRes = false;
  90
  91   SequenceGroup stretchGroup = null;
  92
  93   StringBuffer keyboardNo1;
  94
  95   StringBuffer keyboardNo2;
  96
  97   boolean mouseWheelPressed = false;
  98
  99   Point lastMousePress;
 100
 101   EditCommand editCommand;
 102
 103   StructureSelectionManager ssm;
 104
 105   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 106   {
 107     this.av = avp;
 108
 109     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 110     setLayout(new BorderLayout());
 111     add(seqCanvas);
 112
 113     ap = p;
 114
 115     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 116     seqCanvas.addMouseListener(this);
 117     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 118     ssm.addStructureViewerListener(this);
 119     ssm.addSelectionListener(this);
 120
 121     seqCanvas.repaint();
 122   }
 123
 124   void endEditing()
 125   {
 126     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 127     {
 128       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 129       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 130               .getSequences());
 131     }
 132
 133     startseq = -1;
 134     lastres = -1;
 135     editingSeqs = false;
 136     groupEditing = false;
 137     keyboardNo1 = null;
 138     keyboardNo2 = null;
 139     editCommand = null;
 140   }
 141
 142   void setCursorRow()
 143   {
 144     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 145     scrollToVisible();
 146   }
 147
 148   void setCursorColumn()
 149   {
 150     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 151     scrollToVisible();
 152   }
 153
 154   void setCursorRowAndColumn()
 155   {
 156     if (keyboardNo2 == null)
 157     {
 158       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 159     }
 160     else
 161     {
 162       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 163       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 164       scrollToVisible();
 165     }
 166   }
 167
 168   void setCursorPosition()
 169   {
 170     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 171
 172     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 173     scrollToVisible();
 174   }
 175
 176   void moveCursor(int dx, int dy)
 177   {
 178     seqCanvas.cursorX += dx;
 179     seqCanvas.cursorY += dy;
 180     if (av.hasHiddenColumns()
 181             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 182     {
 183       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 184       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 185
 186       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 187               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 188       {
 189         seqCanvas.cursorX += dx;
 190       }
 191
 192       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 193               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 194       {
 195         seqCanvas.cursorX = original;
 196       }
 197     }
 198     scrollToVisible();
 199   }
 200
 201   void scrollToVisible()
 202   {
 203     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 204     {
 205       seqCanvas.cursorX = 0;
 206     }
 207     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 208     {
 209       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 210     }
 211
 212     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 213     {
 214       seqCanvas.cursorY = 0;
 215     }
 216     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 217     {
 218       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 219     }
 220
 221     endEditing();
 222     if (av.getWrapAlignment())
 223     {
 224       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 225     }
 226     else
 227     {
 228       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 229       {
 230         ap.scrollUp(true);
 231       }
 232       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 233       {
 234         ap.scrollUp(false);
 235       }
 236       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 237               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 238       {
 239
 240         if (!ap.scrollRight(false))
 241         {
 242           break;
 243         }
 244       }
 245       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 246               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 247       {
 248         if (!ap.scrollRight(true))
 249         {
 250           break;
 251         }
 252       }
 253     }
 254     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 255             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 256
 257     seqCanvas.repaint();
 258   }
 259
 260   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 261   {
 262     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 263
 264     if (av.getSelectionGroup() != null)
 265     {
 266       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 267       // Find the top and bottom of this group
 268       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 269       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 270       {
 271         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 272         if (index > max)
 273         {
 274           max = index;
 275         }
 276         if (index < min)
 277         {
 278           min = index;
 279         }
 280       }
 281
 282       max++;
 283
 284       if (topLeft)
 285       {
 286         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 287         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 288         {
 289           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 290         }
 291
 292         min = seqCanvas.cursorY;
 293       }
 294       else
 295       {
 296         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 297         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 298         {
 299           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 300         }
 301
 302         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 303       }
 304
 305       if (min > max)
 306       {
 307         // Only the user can do this
 308         av.setSelectionGroup(null);
 309       }
 310       else
 311       {
 312         // Now add any sequences between min and max
 313         sg.clear();
 314         for (int i = min; i < max; i++)
 315         {
 316           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 317         }
 318       }
 319     }
 320
 321     if (av.getSelectionGroup() == null)
 322     {
 323       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 324       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 325       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 326       sg.addSequence(sequence, false);
 327       av.setSelectionGroup(sg);
 328     }
 329     ap.paintAlignment(false);
 330     av.sendSelection();
 331   }
 332
 333   void insertGapAtCursor(boolean group)
 334   {
 335     groupEditing = group;
 336     startseq = seqCanvas.cursorY;
 337     lastres = seqCanvas.cursorX;
 338     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 339     endEditing();
 340   }
 341
 342   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 343   {
 344     groupEditing = group;
 345     startseq = seqCanvas.cursorY;
 346     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 347     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 348     endEditing();
 349   }
 350
 351   void numberPressed(char value)
 352   {
 353     if (keyboardNo1 == null)
 354     {
 355       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 356     }
 357
 358     if (keyboardNo2 != null)
 359     {
 360       keyboardNo2.append(value);
 361     }
 362     else
 363     {
 364       keyboardNo1.append(value);
 365     }
 366   }
 367
 368   int getKeyboardNo1()
 369   {
 370     try
 371     {
 372       if (keyboardNo1 != null)
 373       {
 374         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 375         keyboardNo1 = null;
 376         return value;
 377       }
 378     } catch (Exception x)
 379     {
 380     }
 381     keyboardNo1 = null;
 382     return 1;
 383   }
 384
 385   int getKeyboardNo2()
 386   {
 387     try
 388     {
 389       if (keyboardNo2 != null)
 390       {
 391         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 392         keyboardNo2 = null;
 393         return value;
 394       }
 395     } catch (Exception x)
 396     {
 397     }
 398     keyboardNo2 = null;
 399     return 1;
 400   }
 401
 402   /**
 403    * Set status message in alignment panel
 404    *
 405    * @param sequence
 406    *          aligned sequence object
 407    * @param res
 408    *          alignment column
 409    * @param seq
 410    *          index of sequence in alignment
 411    * @return position of res in sequence
 412    */
 413   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 414   {
 415     // TODO remove duplication of identical gui method
 416     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 417     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 418     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 419
 420     String residue = null;
 421     /*
 422      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 423      */
 424     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 425     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 426     {
 427       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 428       if (residue != null)
 429       {
 430         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 431       }
 432     }
 433     else
 434     {
 435       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X" : ("*"
 436               .equals(displayChar) ? "STOP" : ResidueProperties.aa2Triplet
 437               .get(displayChar));
 438       if (residue != null)
 439       {
 440         text.append(" Residue: ").append(residue);
 441       }
 442     }
 443
 444     int pos = -1;
 445     if (residue != null)
 446     {
 447       pos = sequence.findPosition(res);
 448       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 449     }
 450
 451     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 452   }
 453
 454   /**
 455    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 456    * search results.
 457    *
 458    * @param results
 459    * @return true if results were matched, false if not
 460    */
 461   private boolean setStatusMessage(SearchResults results)
 462   {
 463     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 464     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 465     if (sequenceIndex == -1)
 466     {
 467       return false;
 468     }
 469     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 470     for (Match m : results.getResults())
 471     {
 472       SequenceI seq = m.getSequence();
 473       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 474       {
 475         seq = seq.getDatasetSequence();
 476       }
 477
 478       if (seq == ds)
 479       {
 480         /*
 481          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 482          * index (base 0)
 483          */
 484         int start = m.getStart() - 1;
 485         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 486         return true;
 487       }
 488     }
 489     return false;
 490   }
 491
 492   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 493   {
 494     lastMousePress = evt.getPoint();
 495
 496     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 497     // As the Button2_mask always seems to be true
 498     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 499             && !av.MAC)
 500     {
 501       mouseWheelPressed = true;
 502       return;
 503     }
 504
 505     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 506     {
 507       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 508       {
 509         groupEditing = true;
 510       }
 511       editingSeqs = true;
 512     }
 513     else
 514     {
 515       doMousePressedDefineMode(evt);
 516       return;
 517     }
 518
 519     int seq = findSeq(evt);
 520     int res = findRes(evt);
 521
 522     if (seq < 0 || res < 0)
 523     {
 524       return;
 525     }
 526
 527     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 528             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 529     {
 530       startseq = seq;
 531       lastres = res;
 532     }
 533     else
 534     {
 535       startseq = -1;
 536       lastres = -1;
 537     }
 538
 539     return;
 540   }
 541
 542   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 543   {
 544     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 545     if (evt.getClickCount() > 1)
 546     {
 547       if (av.getSelectionGroup() != null
 548               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 549               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 550                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 551       {
 552         av.setSelectionGroup(null);
 553       }
 554
 555       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 556               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 557
 558       if (features != null && features.length > 0)
 559       {
 560         SearchResults highlight = new SearchResults();
 561         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 562                 features[0].getEnd());
 563         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 564       }
 565       if (features != null && features.length > 0)
 566       {
 567         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
 568         { sequence }, features, false, ap);
 569
 570         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 571       }
 572     }
 573   }
 574
 575   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 576   {
 577     mouseDragging = false;
 578     mouseWheelPressed = false;
 579     ap.paintAlignment(true);
 580
 581     if (!editingSeqs)
 582     {
 583       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 584       return;
 585     }
 586
 587     endEditing();
 588
 589   }
 590
 591   int startWrapBlock = -1;
 592
 593   int wrappedBlock = -1;
 594
 595   int findRes(MouseEvent evt)
 596   {
 597     int res = 0;
 598     int x = evt.getX();
 599
 600     if (av.getWrapAlignment())
 601     {
 602
 603       int hgap = av.getCharHeight();
 604       if (av.getScaleAboveWrapped())
 605       {
 606         hgap += av.getCharHeight();
 607       }
 608
 609       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 610               + hgap
 611               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 612
 613       int y = evt.getY();
 614       y -= hgap;
 615       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 616
 617       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 618       if (cwidth < 1)
 619       {
 620         return 0;
 621       }
 622
 623       wrappedBlock = y / cHeight;
 624       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 625
 626       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 627
 628     }
 629     else
 630     {
 631       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 632     }
 633
 634     if (av.hasHiddenColumns())
 635     {
 636       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 637     }
 638
 639     return res;
 640
 641   }
 642
 643   int findSeq(MouseEvent evt)
 644   {
 645     final int sqnum = findAlRow(evt);
 646     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 647   }
 648
 649   /**
 650    *
 651    * @param evt
 652    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 653    */
 654   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 655   {
 656     int seq = 0;
 657     int y = evt.getY();
 658
 659     if (av.getWrapAlignment())
 660     {
 661       int hgap = av.getCharHeight();
 662       if (av.getScaleAboveWrapped())
 663       {
 664         hgap += av.getCharHeight();
 665       }
 666
 667       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 668               + hgap
 669               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 670
 671       y -= hgap;
 672
 673       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 674               .getHeight() - 1);
 675       if (seq < 0)
 676       {
 677         seq = -1;
 678       }
 679     }
 680     else
 681     {
 682       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 683               .getAlignment().getHeight() - 1);
 684       if (seq < 0)
 685       {
 686         seq = -1;
 687       }
 688     }
 689
 690     return seq;
 691   }
 692
 693   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 694   {
 695
 696     int seq = findSeq(evt);
 697     int res = findRes(evt);
 698
 699     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 700             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 701     {
 702       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 703       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 704       // in the alignment
 705
 706       startseq = seq;
 707       lastres = res;
 708     }
 709     else
 710     {
 711       startseq = -1;
 712       lastres = -1;
 713     }
 714
 715     return;
 716   }
 717
 718   String lastMessage;
 719
 720   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 721   {
 722     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 723     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 724     {
 725       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 726     }
 727
 728     lastMessage = tmp;
 729   }
 730
 731   public void highlightSequence(SearchResults results)
 732   {
 733     if (av.isFollowHighlight())
 734     {
 735       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 736       {
 737         ap.alignFrame.repaint();
 738       }
 739     }
 740     setStatusMessage(results);
 741     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 742
 743   }
 744
 745   @Override
 746   public VamsasSource getVamsasSource()
 747   {
 748     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 749   }
 750
 751   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 752   {
 753     System.out.println("update the seqPanel colours");
 754     // repaint();
 755   }
 756
 757   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 758   {
 759     int res = findRes(evt);
 760     int seq = findSeq(evt);
 761
 762     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 763     {
 764       if (tooltip != null)
 765       {
 766         tooltip.setTip("");
 767       }
 768       return;
 769     }
 770
 771     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 772     if (res > sequence.getLength())
 773     {
 774       if (tooltip != null)
 775       {
 776         tooltip.setTip("");
 777       }
 778       return;
 779     }
 780
 781     int respos = sequence.findPosition(res);
 782     if (ssm != null)
 783     {
 784       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 785     }
 786
 787     StringBuilder text = new StringBuilder();
 788     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 789             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 790
 791     String obj = null;
 792     final String ch = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 793     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 794     {
 795       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 796       if (obj != null)
 797       {
 798         text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 799       }
 800     }
 801     else
 802     {
 803       obj = "X".equalsIgnoreCase(ch) ? "X"
 804               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(ch);
 805       if (obj != null)
 806       {
 807         text.append(" Residue: ").append(obj);
 808       }
 809     }
 810
 811     if (obj != null)
 812     {
 813       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 814     }
 815
 816     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 817
 818     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 819     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 820     if (groups != null)
 821     {
 822       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 823       {
 824         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 825         {
 826           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 827                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 828           {
 829             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 830           }
 831           if (groups[g].getDescription() != null)
 832           {
 833             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 834           }
 835           tooltipText.append("\n");
 836         }
 837       }
 838     }
 839
 840     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 841     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 842             sequence.findPosition(res));
 843
 844     int index = 0;
 845     while (index < allFeatures.length)
 846     {
 847       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 848
 849       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 850
 851       if (sf.getDescription() != null)
 852       {
 853         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 854       }
 855
 856       if (sf.getValue("status") != null)
 857       {
 858         String status = sf.getValue("status").toString();
 859         if (status.length() > 0)
 860         {
 861           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 862         }
 863       }
 864       tooltipText.append("\n");
 865
 866       index++;
 867     }
 868
 869     if (tooltip == null)
 870     {
 871       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 872     }
 873     else
 874     {
 875       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 876     }
 877   }
 878
 879   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 880   {
 881     Vector tmp = new Vector();
 882     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 883     if (features != null)
 884     {
 885       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 886       {
 887         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 888                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(features[i].getType()))
 889         {
 890           continue;
 891         }
 892
 893         if (features[i].featureGroup != null
 894                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(features[i].featureGroup,false))
 895         {
 896           continue;
 897         }
 898
 899         if ((features[i].getBegin() <= res)
 900                 && (features[i].getEnd() >= res))
 901         {
 902           tmp.addElement(features[i]);
 903         }
 904       }
 905     }
 906
 907     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 908     tmp.copyInto(features);
 909
 910     return features;
 911   }
 912
 913   Tooltip tooltip;
 914
 915   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 916   {
 917     if (mouseWheelPressed)
 918     {
 919       int oldWidth = av.getCharWidth();
 920
 921       // Which is bigger, left-right or up-down?
 922       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 923               - lastMousePress.x))
 924       {
 925         int fontSize = av.font.getSize();
 926
 927         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 928         {
 929           fontSize--;
 930         }
 931         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 932         {
 933           fontSize++;
 934         }
 935
 936         if (fontSize < 1)
 937         {
 938           fontSize = 1;
 939         }
 940
 941         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 942         av.setCharWidth(oldWidth);
 943       }
 944       else
 945       {
 946         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 947         {
 948           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 949         }
 950         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 951         {
 952           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 953         }
 954
 955         if (av.getCharWidth() < 1)
 956         {
 957           av.setCharWidth(1);
 958         }
 959       }
 960
 961       ap.fontChanged();
 962
 963       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 964       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 965
 966       lastMousePress = evt.getPoint();
 967
 968       ap.paintAlignment(false);
 969       ap.annotationPanel.image = null;
 970       return;
 971     }
 972
 973     if (!editingSeqs)
 974     {
 975       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 976       return;
 977     }
 978
 979     int res = findRes(evt);
 980
 981     if (res < 0)
 982     {
 983       res = 0;
 984     }
 985
 986     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 987     {
 988       return;
 989     }
 990
 991     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 992     {
 993       // dragLeft, delete gap
 994       editSequence(false, res);
 995     }
 996     else
 997     {
 998       editSequence(true, res);
 999     }
1000
1001     mouseDragging = true;
1002     if (scrollThread != null)
1003     {
1004       scrollThread.setEvent(evt);
1005     }
1006
1007   }
1008
1009   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1010   {
1011     int fixedLeft = -1;
1012     int fixedRight = -1;
1013     boolean fixedColumns = false;
1014     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1015
1016     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1017
1018     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1019     {
1020       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1021       {
1022         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1023         groupEditing = true;
1024       }
1025     }
1026
1027     StringBuffer message = new StringBuffer();
1028     if (groupEditing)
1029     {
1030       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
1031               ":");
1032       if (editCommand == null)
1033       {
1034         editCommand = new EditCommand(
1035                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1036       }
1037     }
1038     else
1039     {
1040       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1041               .append(" " + seq.getName());
1042       String label = seq.getName();
1043       if (label.length() > 10)
1044       {
1045         label = label.substring(0, 10);
1046       }
1047       if (editCommand == null)
1048       {
1049         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1050                 "label.edit_params", new String[]
1051                 { label }));
1052       }
1053     }
1054
1055     if (insertGap)
1056     {
1057       message.append(" insert ");
1058     }
1059     else
1060     {
1061       message.append(" delete ");
1062     }
1063
1064     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1065     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1066
1067     // Are we editing within a selection group?
1068     if (groupEditing
1069             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1070                     .contains(seq)))
1071     {
1072       fixedColumns = true;
1073
1074       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1075       // but the sequence represents a group
1076       if (sg == null)
1077       {
1078         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1079         {
1080           endEditing();
1081           return;
1082         }
1083
1084         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1085       }
1086
1087       fixedLeft = sg.getStartRes();
1088       fixedRight = sg.getEndRes();
1089
1090       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1091               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1092               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1093               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1094       {
1095         endEditing();
1096         return;
1097       }
1098
1099       if (fixedLeft > startres)
1100       {
1101         fixedRight = fixedLeft - 1;
1102         fixedLeft = 0;
1103       }
1104       else if (fixedRight < startres)
1105       {
1106         fixedLeft = fixedRight;
1107         fixedRight = -1;
1108       }
1109     }
1110
1111     if (av.hasHiddenColumns())
1112     {
1113       fixedColumns = true;
1114       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1115       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1116
1117       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1118               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1119       {
1120         endEditing();
1121         return;
1122       }
1123
1124       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1125       // Selection spans a hidden region
1126       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1127       {
1128         if (startres >= y2)
1129         {
1130           fixedLeft = y2;
1131         }
1132         else
1133         {
1134           fixedRight = y2 - 1;
1135         }
1136       }
1137     }
1138
1139     if (groupEditing)
1140     {
1141       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1142               .toArray(new SequenceI[0]);
1143
1144       // drag to right
1145       if (insertGap)
1146       {
1147         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1148         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1149         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1150                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1151         {
1152           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1153           fixedRight = sg.getEndRes();
1154         }
1155
1156         // Is it valid with fixed columns??
1157         // Find the next gap before the end
1158         // of the visible region boundary
1159         boolean blank = false;
1160         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1161         {
1162           blank = true;
1163
1164           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1165           {
1166             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1167             {
1168               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1169                       - j)))
1170               {
1171                 blank = false;
1172                 break;
1173               }
1174             }
1175           }
1176           if (blank)
1177           {
1178             break;
1179           }
1180         }
1181
1182         if (!blank)
1183         {
1184           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1185           {
1186             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1187                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1188             {
1189               endEditing();
1190               return;
1191             }
1192
1193             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1194             if (av.hasHiddenRows())
1195             {
1196               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1197                       .getWidth();
1198               if (hwidth > alWidth)
1199               {
1200                 alWidth = hwidth;
1201               }
1202             }
1203             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1204             // contains all the sequences
1205             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1206             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1207           }
1208           else
1209           {
1210             endEditing();
1211             return;
1212           }
1213         }
1214       }
1215
1216       // drag to left
1217       else if (!insertGap)
1218       {
1219         // / Are we able to delete?
1220         // ie are all columns blank?
1221
1222         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1223         {
1224           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1225           {
1226             if (gs.getLength() <= j)
1227             {
1228               continue;
1229             }
1230
1231             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1232             {
1233               // Not a gap, block edit not valid
1234               endEditing();
1235               return;
1236             }
1237           }
1238         }
1239       }
1240
1241       if (insertGap)
1242       {
1243         // dragging to the right
1244         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1245         {
1246           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1247           {
1248             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1249           }
1250         }
1251         else
1252         {
1253           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1254                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1255         }
1256       }
1257       else
1258       {
1259         // dragging to the left
1260         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1261         {
1262           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1263           {
1264             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1265           }
1266         }
1267         else
1268         {
1269           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1270                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1271         }
1272
1273       }
1274     }
1275     else
1276     // ///Editing a single sequence///////////
1277     {
1278       if (insertGap)
1279       {
1280         // dragging to the right
1281         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1282         {
1283           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1284           {
1285             insertChar(j, new SequenceI[]
1286             { seq }, fixedRight);
1287           }
1288         }
1289         else
1290         {
1291           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1292           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1293         }
1294       }
1295       else
1296       {
1297         // dragging to the left
1298         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1299         {
1300           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1301           {
1302             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1303             {
1304               endEditing();
1305               break;
1306             }
1307             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1308             { seq }, fixedRight);
1309           }
1310         }
1311         else
1312         {
1313           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1314           int max = 0;
1315           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1316           {
1317             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1318             {
1319               break;
1320             }
1321             max++;
1322           }
1323
1324           if (max > 0)
1325           {
1326             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1327             { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1328           }
1329         }
1330       }
1331     }
1332
1333     lastres = startres;
1334     seqCanvas.repaint();
1335   }
1336
1337   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1338   {
1339     int blankColumn = fixedColumn;
1340     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1341     {
1342       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1343       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1344
1345       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1346       {
1347         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1348         {
1349           // Theres a space, so break and insert the gap
1350           break;
1351         }
1352       }
1353
1354       if (blankColumn <= j)
1355       {
1356         blankColumn = fixedColumn;
1357         endEditing();
1358         return;
1359       }
1360     }
1361
1362     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1363             av.getAlignment(), true);
1364
1365     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1366             true);
1367
1368   }
1369
1370   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1371   {
1372
1373     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1374             true);
1375
1376     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1377             av.getAlignment(), true);
1378   }
1379
1380   // ////////////////////////////////////////
1381   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1382   // ////////////////////////////////////////
1383   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1384   {
1385     if (scrollThread != null)
1386     {
1387       scrollThread.running = false;
1388       scrollThread = null;
1389     }
1390
1391     int res = findRes(evt);
1392     int seq = findSeq(evt);
1393     oldSeq = seq;
1394     startWrapBlock = wrappedBlock;
1395
1396     if (seq == -1)
1397     {
1398       return;
1399     }
1400
1401     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1402
1403     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1404     {
1405       return;
1406     }
1407
1408     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1409
1410     if (stretchGroup == null)
1411     {
1412       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1413       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1414               && res < stretchGroup.getEndRes())
1415       {
1416         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1417       }
1418       else
1419       {
1420         stretchGroup = null;
1421       }
1422     }
1423
1424     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1425             || stretchGroup.getStartRes() > res
1426             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1427     {
1428       stretchGroup = null;
1429
1430       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1431
1432       if (allGroups != null)
1433       {
1434         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1435         {
1436           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1437                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1438           {
1439             stretchGroup = allGroups[i];
1440             break;
1441           }
1442         }
1443       }
1444       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1445     }
1446
1447     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1448     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1449     {
1450       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1451               sequence.findPosition(res));
1452
1453       Vector<String> links = null;
1454       if (allFeatures != null)
1455       {
1456         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1457         {
1458           if (allFeatures[i].links != null)
1459           {
1460             if (links == null)
1461             {
1462               links = new Vector<String>();
1463             }
1464             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1465             {
1466               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1467             }
1468           }
1469         }
1470       }
1471       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1472       this.add(popup);
1473       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1474       return;
1475     }
1476
1477     if (av.cursorMode)
1478     {
1479       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1480       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1481       seqCanvas.repaint();
1482       return;
1483     }
1484
1485     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1486
1487     if (stretchGroup == null)
1488     {
1489       // define a new group here
1490       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1491       sg.setStartRes(res);
1492       sg.setEndRes(res);
1493       sg.addSequence(sequence, false);
1494       av.setSelectionGroup(sg);
1495       stretchGroup = sg;
1496
1497       if (av.getConservationSelected())
1498       {
1499         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1500                 "Background");
1501       }
1502       if (av.getAbovePIDThreshold())
1503       {
1504         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1505                 "Background");
1506       }
1507
1508     }
1509   }
1510
1511   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1512   {
1513     if (stretchGroup == null)
1514     {
1515       return;
1516     }
1517
1518     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1519                                        // state
1520     if (stretchGroup.cs != null)
1521     {
1522       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1523               av.getHiddenRepSequences());
1524
1525       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1526       {
1527         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1528                 stretchGroup.getName());
1529       }
1530       else
1531       {
1532         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1533                 stretchGroup.getName());
1534       }
1535     }
1536     changeEndRes = false;
1537     changeStartRes = false;
1538     stretchGroup = null;
1539     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1540     ap.paintAlignment(true);
1541     av.sendSelection();
1542   }
1543
1544   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1545   {
1546     int res = findRes(evt);
1547     int y = findSeq(evt);
1548
1549     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1550     {
1551       return;
1552     }
1553
1554     if (stretchGroup == null)
1555     {
1556       return;
1557     }
1558
1559     mouseDragging = true;
1560
1561     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1562     {
1563       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1564     }
1565
1566     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1567     {
1568       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1569     }
1570
1571     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1572     {
1573       // Edit end res position of selected group
1574       changeEndRes = true;
1575     }
1576     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1577     {
1578       // Edit start res position of selected group
1579       changeStartRes = true;
1580     }
1581
1582     if (res < 0)
1583     {
1584       res = 0;
1585     }
1586
1587     if (changeEndRes)
1588     {
1589       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1590       {
1591         stretchGroup.setEndRes(res);
1592       }
1593     }
1594     else if (changeStartRes)
1595     {
1596       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1597       {
1598         stretchGroup.setStartRes(res);
1599       }
1600     }
1601
1602     int dragDirection = 0;
1603
1604     if (y > oldSeq)
1605     {
1606       dragDirection = 1;
1607     }
1608     else if (y < oldSeq)
1609     {
1610       dragDirection = -1;
1611     }
1612
1613     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1614             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1615     {
1616       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1617       // selection is quite slow.
1618       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1619
1620       oldSeq += dragDirection;
1621
1622       if (oldSeq < 0)
1623       {
1624         break;
1625       }
1626
1627       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1628
1629       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1630       {
1631         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1632       }
1633       else
1634       {
1635         if (seq != null)
1636         {
1637           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1638         }
1639
1640         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1641       }
1642     }
1643
1644     if (oldSeq < 0)
1645     {
1646       oldSeq = -1;
1647     }
1648
1649     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1650             || y > av.endSeq)
1651     {
1652       mouseExited(evt);
1653     }
1654
1655     if (scrollThread != null)
1656     {
1657       scrollThread.setEvent(evt);
1658     }
1659
1660     seqCanvas.repaint();
1661   }
1662
1663   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1664   {
1665     if (oldSeq < 0)
1666     {
1667       oldSeq = 0;
1668     }
1669
1670     if (scrollThread != null)
1671     {
1672       scrollThread.running = false;
1673       scrollThread = null;
1674     }
1675   }
1676
1677   public void mouseExited(MouseEvent e)
1678   {
1679     if (av.getWrapAlignment())
1680     {
1681       return;
1682     }
1683
1684     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1685     {
1686       scrollThread = new ScrollThread();
1687     }
1688   }
1689
1690   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1691   {
1692     if (evt == null)
1693     {
1694       if (scrollThread != null)
1695       {
1696         scrollThread.running = false;
1697         scrollThread = null;
1698       }
1699       mouseDragging = false;
1700     }
1701     else
1702     {
1703       if (scrollThread == null)
1704       {
1705         scrollThread = new ScrollThread();
1706       }
1707
1708       mouseDragging = true;
1709       scrollThread.setEvent(evt);
1710     }
1711
1712   }
1713
1714   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1715   class ScrollThread extends Thread
1716   {
1717     MouseEvent evt;
1718
1719     boolean running = false;
1720
1721     public ScrollThread()
1722     {
1723       start();
1724     }
1725
1726     public void setEvent(MouseEvent e)
1727     {
1728       evt = e;
1729     }
1730
1731     public void stopScrolling()
1732     {
1733       running = false;
1734     }
1735
1736     public void run()
1737     {
1738       running = true;
1739       while (running)
1740       {
1741
1742         if (evt != null)
1743         {
1744
1745           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1746           {
1747             running = ap.scrollUp(true);
1748           }
1749
1750           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1751                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1752           {
1753             running = ap.scrollUp(false);
1754           }
1755
1756           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1757           {
1758             running = ap.scrollRight(false);
1759           }
1760
1761           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1762           {
1763             running = ap.scrollRight(true);
1764           }
1765         }
1766
1767         try
1768         {
1769           Thread.sleep(75);
1770         } catch (Exception ex)
1771         {
1772         }
1773       }
1774     }
1775   }
1776
1777   /**
1778    * modify current selection according to a received message.
1779    */
1780   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1781           SelectionSource source)
1782   {
1783     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1784     // handles selection messages...
1785     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1786     // shared between viewports.
1787     if (av != null
1788             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1789                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1790     {
1791       return;
1792     }
1793
1794     /*
1795      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1796      * complement.
1797      */
1798     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1799     {
1800       return;
1801     }
1802
1803     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1804     // suspect)
1805     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1806     // sequence selection
1807     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1808     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1809     {
1810       SequenceGroup sgroup = null;
1811       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1812       {
1813         if (av.getAlignment() == null)
1814         {
1815           System.out
1816                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1817                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1818                           + av.getViewId()
1819                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1820           return;
1821         }
1822         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1823                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1824         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1825                 && (colsel == null || colsel.size() == 0))
1826         {
1827           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1828           copycolsel = false;
1829         }
1830       }
1831       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1832       {
1833         av.setSelectionGroup(sgroup);
1834       }
1835       else
1836       {
1837         av.setSelectionGroup(null);
1838       }
1839       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1840     }
1841     if (copycolsel
1842             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1843                     .isColSelChanged(true)))
1844     {
1845       // the current selection is unset or from a previous message
1846       // so import the new colsel.
1847       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1848       {
1849         if (av.getColumnSelection() != null)
1850         {
1851           av.getColumnSelection().clear();
1852         }
1853       }
1854       else
1855       {
1856         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1857         if (av.getColumnSelection() == null)
1858         {
1859           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1860         }
1861         else
1862         {
1863           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1864         }
1865       }
1866       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1867     }
1868     if (copycolsel
1869             && av.hasHiddenColumns()
1870             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1871                     .getHiddenColumns() == null))
1872     {
1873       System.err.println("Bad things");
1874     }
1875     if (repaint)
1876     {
1877       ap.scalePanelHolder.repaint();
1878       ap.repaint();
1879     }
1880   }
1881
1882   /**
1883    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1884    *
1885    * @param row
1886    * @param column
1887    */
1888   public void scrollTo(int row, int column)
1889   {
1890
1891     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1892     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1893     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1894   }
1895
1896   /**
1897    * scroll to the given row - or nearest visible location
1898    *
1899    * @param row
1900    */
1901   public void scrollToRow(int row)
1902   {
1903
1904     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1905     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1906   }
1907
1908   /**
1909    * scroll to the given column - or nearest visible location
1910    *
1911    * @param column
1912    */
1913   public void scrollToColumn(int column)
1914   {
1915
1916     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1917     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1918   }
1919
1920   /**
1921    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1922    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1923    * returns false.
1924    *
1925    * @param seqsel
1926    * @param colsel
1927    * @param source
1928    */
1929   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1930           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
1931   {
1932     if (!(source instanceof AlignViewportI)) {
1933       return false;
1934     }
1935     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1936     if (sourceAv.getCodingComplement() != av && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1937     {
1938       return false;
1939     }
1940
1941     /*
1942      * Map sequence selection
1943      */
1944     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1945     av.setSelectionGroup(sg);
1946     av.isSelectionGroupChanged(true);
1947
1948     /*
1949      * Map column selection
1950      */
1951     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1952             av);
1953     av.setColumnSelection(cs);
1954     av.isColSelChanged(true);
1955
1956     ap.scalePanelHolder.repaint();
1957     ap.repaint();
1958
1959     return true;
1960   }
1961
1962 }