src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 import java.awt.*;\r
  25 \r
  26 public class SequenceRenderer\r
  27 {\r
  28   AlignViewport av;\r
  29   FontMetrics fm;\r
  30   boolean renderGaps = true;\r
  31   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  32   SequenceGroup [] allGroups = null;\r
  33   Color resBoxColour;\r
  34   Graphics graphics;\r
  35 \r
  36   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  37   {\r
  38     this.av = av;\r
  39   }\r
  40 \r
  41 \r
  42   public void renderGaps(boolean b)\r
  43   {\r
  44     renderGaps = b;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  48   {\r
  49     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  50     return resBoxColour;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  54   {\r
  55    if (cs != null)\r
  56        resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  57    else\r
  58        resBoxColour = Color.white;\r
  59   }\r
  60 \r
  61   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup [] sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  62   {\r
  63     allGroups = sg;\r
  64 \r
  65     graphics = g;\r
  66 \r
  67     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  68 \r
  69     fm = g.getFontMetrics();\r
  70     drawText(seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  71 \r
  72   }\r
  73 \r
  74   public void drawBoxes(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height) {\r
  75     int i      = start;\r
  76     int length = seq.getLength();\r
  77 \r
  78     int curStart = -1;\r
  79     int curWidth = width;\r
  80 \r
  81     Color tempColour = null;\r
  82     while (i <= end && i < length)\r
  83     {\r
  84       if(inCurrentSequenceGroup(i))\r
  85       {\r
  86         if( currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  87              getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  88         else\r
  89              resBoxColour = Color.white;\r
  90       }\r
  91       else if(av.getShowBoxes())\r
  92             getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
  93       else\r
  94         resBoxColour = Color.white;\r
  95 \r
  96 \r
  97       if (resBoxColour != tempColour)\r
  98       {\r
  99         if(tempColour!=null)\r
 100           graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
 101         graphics.setColor(resBoxColour);\r
 102 \r
 103         curStart = i;\r
 104         curWidth = width;\r
 105         tempColour = resBoxColour;\r
 106 \r
 107       }\r
 108       else\r
 109         curWidth += width;\r
 110 \r
 111       i++;\r
 112     }\r
 113 \r
 114 \r
 115      graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public void drawText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 119   {\r
 120     int pady = height/5;\r
 121     int charOffset=0;\r
 122     char s;\r
 123     // Need to find the sequence position here.\r
 124 \r
 125     String sequence  = seq.getSequence();\r
 126     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 127     {\r
 128         graphics.setColor(Color.black);\r
 129         if(i<sequence.length())\r
 130           s = sequence.charAt(i);\r
 131         else\r
 132           s = ' ';\r
 133 \r
 134         if(!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 135           continue;\r
 136 \r
 137 \r
 138         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 139         {\r
 140           if(!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 141             continue;\r
 142 \r
 143             if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 144             {\r
 145               getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 146               graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 147             }\r
 148         }\r
 149         else\r
 150         {\r
 151           if(!av.getShowText())\r
 152             continue;\r
 153 \r
 154           if(av.getColourText())\r
 155            {\r
 156              getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 157              if(av.getShowBoxes())\r
 158               graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 159             else\r
 160               graphics.setColor(resBoxColour);\r
 161            }\r
 162         }\r
 163 \r
 164           charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 165           graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 166                               charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 167                               y1 + height - pady);\r
 168         }\r
 169 \r
 170 \r
 171   }\r
 172 \r
 173   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 174   {\r
 175     if(allGroups ==null)\r
 176       return false;\r
 177 \r
 178     for(int i=0; i<allGroups.length; i++)\r
 179       if(allGroups[i].getStartRes()<=res && allGroups[i].getEndRes()>=res)\r
 180       {\r
 181          currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 182          return true;\r
 183       }\r
 184 \r
 185     return false;\r
 186   }\r
 187 \r
 188   public void drawHighlightedText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 189   {\r
 190     int pady = height/5;\r
 191     int charOffset=0;\r
 192     graphics.setColor(Color.black);\r
 193     graphics.fillRect(x1,y1,width*(end-start+1),height);\r
 194     graphics.setColor(Color.white);\r
 195 \r
 196     char s='~';\r
 197     // Need to find the sequence position here.\r
 198     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 199     {\r
 200        if(i<seq.getLength())\r
 201           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 202 \r
 203      charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 204       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 205     }\r
 206   }\r
 207 \r
 208 \r
 209 }\r