src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 public class SequenceRenderer\r
  28 {\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   FontMetrics fm;\r
  31   boolean renderGaps = true;\r
  32   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  33   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  34   Color resBoxColour;\r
  35   Graphics graphics;\r
  36 \r
  37   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  38   {\r
  39     this.av = av;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public void renderGaps(boolean b)\r
  43   {\r
  44     renderGaps = b;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  48   {\r
  49     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  50     return resBoxColour;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  54   {\r
  55     if (cs != null)\r
  56     {\r
  57       resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  58     }\r
  59     else\r
  60     {\r
  61       resBoxColour = Color.white;\r
  62     }\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  66                            int start, int end, int x1, int y1, int width,\r
  67                            int height)\r
  68   {\r
  69     allGroups = sg;\r
  70 \r
  71     graphics = g;\r
  72 \r
  73     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  74 \r
  75     fm = g.getFontMetrics();\r
  76     drawText(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  77 \r
  78   }\r
  79 \r
  80   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
  81                         int width, int height)\r
  82   {\r
  83     int i = start;\r
  84     int length = seq.getLength();\r
  85 \r
  86     int curStart = -1;\r
  87     int curWidth = width;\r
  88 \r
  89     Color tempColour = null;\r
  90     while (i <= end && i < length)\r
  91     {\r
  92       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
  93       {\r
  94         if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  95         {\r
  96           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  97         }\r
  98         else\r
  99         {\r
 100           resBoxColour = Color.white;\r
 101         }\r
 102       }\r
 103       else if (av.getShowBoxes())\r
 104       {\r
 105         getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 106       }\r
 107       else\r
 108       {\r
 109         resBoxColour = Color.white;\r
 110       }\r
 111 \r
 112       if (resBoxColour != tempColour)\r
 113       {\r
 114         if (tempColour != null)\r
 115         {\r
 116           graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth,\r
 117                             height);\r
 118         }\r
 119         graphics.setColor(resBoxColour);\r
 120 \r
 121         curStart = i;\r
 122         curWidth = width;\r
 123         tempColour = resBoxColour;\r
 124 \r
 125       }\r
 126       else\r
 127       {\r
 128         curWidth += width;\r
 129       }\r
 130 \r
 131       i++;\r
 132     }\r
 133 \r
 134     graphics.fillRect(x1 + width * (curStart - start), y1, curWidth, height);\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
 138                        int width, int height)\r
 139   {\r
 140     int pady = height / 5;\r
 141     int charOffset = 0;\r
 142     char s;\r
 143     // Need to find the sequence position here.\r
 144 \r
 145     String sequence = seq.getSequence();\r
 146     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 147     {\r
 148       graphics.setColor(Color.black);\r
 149       if (i < sequence.length())\r
 150       {\r
 151         s = sequence.charAt(i);\r
 152       }\r
 153       else\r
 154       {\r
 155         s = ' ';\r
 156       }\r
 157 \r
 158       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 159       {\r
 160         continue;\r
 161       }\r
 162 \r
 163       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 164       {\r
 165         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 166         {\r
 167           continue;\r
 168         }\r
 169 \r
 170         if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 171         {\r
 172           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 173           graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 174         }\r
 175       }\r
 176       else\r
 177       {\r
 178         if (!av.getShowText())\r
 179         {\r
 180           continue;\r
 181         }\r
 182 \r
 183         if (av.getColourText())\r
 184         {\r
 185           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 186           if (av.getShowBoxes())\r
 187           {\r
 188             graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 189           }\r
 190           else\r
 191           {\r
 192             graphics.setColor(resBoxColour);\r
 193           }\r
 194         }\r
 195       }\r
 196 \r
 197       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 198       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 199                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 200                           y1 + height - pady);\r
 201     }\r
 202 \r
 203   }\r
 204 \r
 205   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 206   {\r
 207     if (allGroups == null)\r
 208     {\r
 209       return false;\r
 210     }\r
 211 \r
 212     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 213     {\r
 214       if (allGroups[i].getStartRes() <= res && allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 215       {\r
 216         currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 217         return true;\r
 218       }\r
 219     }\r
 220 \r
 221     return false;\r
 222   }\r
 223 \r
 224   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end, int x1,\r
 225                                   int y1, int width, int height)\r
 226   {\r
 227     int pady = height / 5;\r
 228     int charOffset = 0;\r
 229     graphics.setColor(Color.black);\r
 230     graphics.fillRect(x1, y1, width * (end - start + 1), height);\r
 231     graphics.setColor(Color.white);\r
 232 \r
 233     char s = '~';\r
 234     // Need to find the sequence position here.\r
 235     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 236     {\r
 237       if (i < seq.getLength())\r
 238       {\r
 239         s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 240       }\r
 241 \r
 242       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 243       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 244                           charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 245                           y1 + height - pady);\r
 246     }\r
 247   }\r
 248 \r
 249 }\r