src/jalview/bin/Commands.java

   1 package jalview.bin;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.Arrays;
   6 import java.util.Collections;
   7 import java.util.HashMap;
   8 import java.util.Iterator;
   9 import java.util.List;
  10 import java.util.Locale;
  11 import java.util.Map;
  12
  13 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  14 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  15 import jalview.bin.ArgParser.Arg;
  16 import jalview.bin.ArgParser.ArgValues;
  17 import jalview.bin.ArgParser.SubVal;
  18 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  19 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  20 import jalview.datamodel.SequenceI;
  21 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  22 import jalview.gui.AlignFrame;
  23 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  24 import jalview.gui.Desktop;
  25 import jalview.gui.StructureChooser;
  26 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  27 import jalview.io.DataSourceType;
  28 import jalview.io.FileFormatException;
  29 import jalview.io.FileFormatI;
  30 import jalview.io.FileLoader;
  31 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  32 import jalview.io.IdentifyFile;
  33 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  34 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  35 import jalview.util.HttpUtils;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.util.Platform;
  38 import jalview.ws.dbsources.EBIAlfaFold;
  39
  40 public class Commands
  41 {
  42   Desktop desktop;
  43
  44   private static boolean headless;
  45
  46   private static ArgParser argParser;
  47
  48   private Map<String, AlignFrame> afMap;
  49
  50   public static void processArgs(ArgParser ap, boolean h)
  51   {
  52     argParser = ap;
  53     headless = h;
  54     if (argParser != null && argParser.linkedIds() != null)
  55     {
  56       for (String id : argParser.linkedIds())
  57       {
  58         Commands cmds = new Commands();
  59         if (id == null)
  60         {
  61           cmds.processUnlinked(id);
  62         }
  63         else
  64         {
  65           cmds.processLinked(id);
  66         }
  67         cmds.processImages(id);
  68       }
  69
  70       if (argParser.getBool(Arg.QUIT))
  71       {
  72         Jalview.getInstance().quit();
  73       }
  74     }
  75   }
  76
  77   public Commands()
  78   {
  79     this(Desktop.instance);
  80   }
  81
  82   public Commands(Desktop d)
  83   {
  84     this.desktop = d;
  85     afMap = new HashMap<String, AlignFrame>();
  86   }
  87
  88   protected void processUnlinked(String id)
  89   {
  90     processLinked(id);
  91   }
  92
  93   protected void processLinked(String id)
  94   {
  95     Map<Arg, ArgValues> m = argParser.linkedArgs(id);
  96
  97     /*
  98     // script to execute after all loading is completed one way or another
  99     String groovyscript = m.get(Arg.GROOVY) == null ? null
 100             : m.get(Arg.GROOVY).getValue();
 101     String file = m.get(Arg.OPEN) == null ? null
 102             : m.get(Arg.OPEN).getValue();
 103     String data = null;
 104     FileFormatI format = null;
 105     DataSourceType protocol = null;
 106     */
 107
 108     if (ArgParser.getArgValues(m, Arg.OPEN) != null)
 109     {
 110       long progress = -1;
 111
 112       boolean first = true;
 113       AlignFrame af;
 114       OPEN: for (String openFile : ArgParser.getValues(m, Arg.OPEN))
 115       {
 116         if (openFile == null)
 117           continue OPEN;
 118
 119         if (first)
 120         {
 121           first = false;
 122           if (!headless)
 123           {
 124             desktop.setProgressBar(
 125                     MessageManager.getString(
 126                             "status.processing_commandline_args"),
 127                     progress = System.currentTimeMillis());
 128           }
 129         }
 130
 131         if (!Platform.isJS())
 132         /**
 133          * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 134          *
 135          * @j2sIgnore
 136          */
 137         {
 138           if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile))
 139           {
 140             if (!(new File(openFile)).exists())
 141             {
 142               Console.warn("Can't find file '" + openFile + "'");
 143               continue OPEN;
 144             }
 145           }
 146         }
 147
 148         DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter
 149                 .checkProtocol(openFile);
 150
 151         FileFormatI format = null;
 152         try
 153         {
 154           format = new IdentifyFile().identify(openFile, protocol);
 155         } catch (FileFormatException e1)
 156         {
 157           Console.error("Unknown file format for '" + openFile + "'");
 158         }
 159
 160         af = afMap.get(id);
 161         if (af == null)
 162         {
 163           /*
 164            * this approach isn't working yet
 165           // get default annotations before opening AlignFrame
 166           if (m.get(Arg.SSANNOTATION) != null)
 167           {
 168             Console.debug("***** SSANNOTATION="
 169                     + m.get(Arg.SSANNOTATION).getBoolean());
 170           }
 171           if (m.get(Arg.NOTEMPFAC) != null)
 172           {
 173             Console.debug(
 174                     "***** NOTEMPFAC=" + m.get(Arg.NOTEMPFAC).getBoolean());
 175           }
 176           boolean showSecondaryStructure = (m.get(Arg.SSANNOTATION) != null)
 177                   ? m.get(Arg.SSANNOTATION).getBoolean()
 178                   : false;
 179           boolean showTemperatureFactor = (m.get(Arg.NOTEMPFAC) != null)
 180                   ? !m.get(Arg.NOTEMPFAC).getBoolean()
 181                   : false;
 182           Console.debug("***** tempfac=" + showTemperatureFactor
 183                   + ", showSS=" + showSecondaryStructure);
 184           StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 185                   .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 186           if (ssm != null)
 187           {
 188             ssm.setAddTempFacAnnot(showTemperatureFactor);
 189             ssm.setProcessSecondaryStructure(showSecondaryStructure);
 190           }
 191            */
 192
 193           // get kind of temperature factor annotation
 194           StructureImportSettings.TFType tempfacType = TFType.DEFAULT;
 195           if ((!ArgParser.getBoolean(m, Arg.NOTEMPFAC))
 196                   && ArgParser.getArgValues(m, Arg.TEMPFAC) != null)
 197           {
 198             try
 199             {
 200               tempfacType = StructureImportSettings.TFType.valueOf(ArgParser
 201                       .getValue(m, Arg.TEMPFAC).toUpperCase(Locale.ROOT));
 202               Console.debug("Obtained Temperature Factor type of '"
 203                       + tempfacType + "'");
 204             } catch (IllegalArgumentException e)
 205             {
 206               // Just an error message!
 207               StringBuilder sb = new StringBuilder().append("Cannot set --")
 208                       .append(Arg.TEMPFAC.getName()).append(" to '")
 209                       .append(tempfacType)
 210                       .append("', ignoring.  Valid values are: ");
 211               Iterator<StructureImportSettings.TFType> it = Arrays
 212                       .stream(StructureImportSettings.TFType.values())
 213                       .iterator();
 214               while (it.hasNext())
 215               {
 216                 sb.append(it.next().toString().toLowerCase(Locale.ROOT));
 217                 if (it.hasNext())
 218                   sb.append(", ");
 219               }
 220               Console.warn(sb.toString());
 221             }
 222           }
 223
 224           Console.debug(
 225                   "Opening '" + openFile + "' in new alignment frame");
 226           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 227
 228           StructureImportSettings.setTemperatureFactorType(tempfacType);
 229
 230           af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(openFile, protocol,
 231                   format);
 232
 233           // wrap alignment?
 234           if (ArgParser.getBoolean(m, Arg.WRAP))
 235           {
 236             af.getCurrentView().setWrapAlignment(true);
 237           }
 238
 239           // change alignment frame title
 240           if (ArgParser.getValue(m, Arg.TITLE) != null)
 241             af.setTitle(ArgParser.getValue(m, Arg.TITLE));
 242
 243           /* hacky approach to hiding the annotations */
 244           // show secondary structure annotations?
 245           if (ArgParser.getBoolean(m, Arg.SSANNOTATION))
 246           {
 247             // do this better (annotation types?)
 248             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 249                     af.getCurrentView().getAlignment(),
 250                     Collections.singleton("Secondary Structure"), null,
 251                     false, false);
 252           }
 253
 254           // show temperature factor annotations?
 255           if (ArgParser.getBoolean(m, Arg.NOTEMPFAC))
 256           {
 257             // do this better (annotation types?)
 258             List<String> hideThese = new ArrayList<>();
 259             hideThese.add("Temperature Factor");
 260             hideThese.add(AlphaFoldAnnotationRowBuilder.LABEL);
 261             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 262                     af.getCurrentView().getAlignment(), hideThese, null,
 263                     false, false);
 264           }
 265           else
 266           /* comment out hacky approach up to here and add this line:
 267            if (showTemperatureFactor)
 268              */
 269           {
 270             if (ArgParser.getValue(m, Arg.TEMPFAC_LABEL) != null)
 271             {
 272               AlignmentAnnotation aa = AlignmentUtils
 273                       .getFirstSequenceAnnotationOfType(
 274                               af.getCurrentView().getAlignment(),
 275                               AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH);
 276               String label = ArgParser.getValue(m, Arg.TEMPFAC_LABEL);
 277               if (aa != null)
 278               {
 279                 aa.label = label;
 280               }
 281               else
 282               {
 283                 Console.info(
 284                         "Could not find annotation to apply tempfac_label '"
 285                                 + label);
 286               }
 287             }
 288           }
 289
 290           // store the AlignFrame for this id
 291           afMap.put(id, af);
 292         }
 293         else
 294         {
 295           Console.debug(
 296                   "Opening '" + openFile + "' in existing alignment frame");
 297           af.getCurrentView().addFile(new File(openFile), format);
 298         }
 299
 300         System.out
 301                 .println("Command " + Arg.OPEN + " executed successfully!");
 302
 303       }
 304       if (first) // first=true means nothing opened
 305       {
 306         if (headless)
 307         {
 308           Console.error("Could not open any files in headless mode");
 309           System.exit(1);
 310         }
 311       }
 312       else
 313       {
 314         Console.warn("No more files to open");
 315         if (desktop != null)
 316           desktop.setProgressBar(null, progress);
 317       }
 318
 319     }
 320
 321     // load a pAE file if given
 322     if (ArgParser.getValues(m, Arg.PAEMATRIX) != null)
 323     {
 324       AlignFrame af = afMap.get(id);
 325       if (af != null)
 326       {
 327         for (String val : ArgParser.getValues(m, Arg.PAEMATRIX))
 328         {
 329           SubVal subVal = ArgParser.getSubVal(val);
 330           File paeFile = new File(subVal.content);
 331           if ("structid".equals(subVal.index))
 332           {
 333             EBIAlfaFold.addAlphaFoldPAEToStructure(
 334                     af.getCurrentView().getAlignment(), paeFile,
 335                     subVal.index, subVal.keyValue);
 336           }
 337           else
 338           {
 339             EBIAlfaFold.addAlphaFoldPAEToSequence(
 340                     af.getCurrentView().getAlignment(), paeFile,
 341                     subVal.index,
 342                     "seqid".equals(subVal.keyName) ? subVal.keyValue
 343                             : null);
 344             // required to readjust the height and position of the pAE
 345             // annotation
 346           }
 347           for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
 348           {
 349             ap.adjustAnnotationHeight();
 350           }
 351         }
 352       }
 353     }
 354
 355     // open the structure (from same PDB file or given PDBfile)
 356     if (!ArgParser.getBoolean(m, Arg.NOSTRUCTURE))
 357     {
 358       AlignFrame af = afMap.get(id);
 359       if (ArgParser.getArgValues(m, Arg.STRUCTURE) != null)
 360       {
 361         STRUCTURE: for (String val : ArgParser.getValues(m, Arg.STRUCTURE))
 362         {
 363           SubVal subId = new SubVal(val);
 364           SequenceI seq = getSpecifiedSequence(af, subId);
 365           if (seq == null)
 366           {
 367             Console.warn("Could not find sequence for argument --"
 368                     + Arg.STRUCTURE + "=" + val);
 369             break STRUCTURE;
 370           }
 371           File structureFile = null;
 372           if (subId.content != null && subId.content.length() != 0)
 373           {
 374             structureFile = new File(subId.content);
 375             Console.debug("Using structure file (from argument) '"
 376                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 377           }
 378           /* THIS DOESN'T WORK */
 379           else if (seq.getAllPDBEntries() != null
 380                   && seq.getAllPDBEntries().size() > 0)
 381           {
 382             structureFile = new File(
 383                     seq.getAllPDBEntries().elementAt(0).getFile());
 384             Console.debug("Using structure file (from sequence) '"
 385                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 386           }
 387
 388           if (structureFile == null)
 389           {
 390             Console.warn("Not provided structure file with '" + val + "'");
 391             continue STRUCTURE;
 392           }
 393
 394           if (!structureFile.exists())
 395           {
 396             Console.warn("Structure file '"
 397                     + structureFile.getAbsoluteFile() + "' not found.");
 398             continue STRUCTURE;
 399           }
 400
 401           Console.debug("Using structure file "
 402                   + structureFile.getAbsolutePath());
 403
 404           // open structure view
 405           AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 406           StructureChooser.openStructureFileForSequence(ap, seq,
 407                   structureFile);
 408         }
 409       }
 410     }
 411   }
 412
 413   protected void processImages(String id)
 414   {
 415     Map<Arg, ArgValues> m = argParser.linkedArgs(id);
 416     AlignFrame af = afMap.get(id);
 417
 418     if (af == null)
 419     {
 420       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 421       return;
 422     }
 423
 424     if (ArgParser.getValues(m, Arg.IMAGE) != null)
 425     {
 426       for (String val : ArgParser.getValues(m, Arg.IMAGE))
 427       {
 428         SubVal subVal = new SubVal(val);
 429         String type = "png"; // default
 430         String fileName = subVal.content;
 431         File file = new File(fileName);
 432         if ("type".equals(subVal.keyName))
 433         {
 434           type = subVal.keyValue;
 435         }
 436         else if (fileName != null)
 437         {
 438           for (String ext : new String[] { "svg", "png", "html" })
 439           {
 440             if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 441             {
 442               type = ext;
 443             }
 444           }
 445         }
 446         switch (type)
 447         {
 448         case "svg":
 449           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 450           af.createSVG(file);
 451           break;
 452         case "png":
 453           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 454           af.createPNG(file);
 455           break;
 456         case "html":
 457           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 458           HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 459           htmlSVG.exportHTML(fileName);
 460           break;
 461         default:
 462           Console.warn("--image type '" + type + "' not known. Ignoring");
 463           break;
 464         }
 465       }
 466     }
 467   }
 468
 469   private SequenceI getSpecifiedSequence(AlignFrame af, SubVal subId)
 470   {
 471     AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 472     if (-1 < subId.index && subId.index < al.getSequences().size())
 473     {
 474       return al.getSequenceAt(subId.index);
 475     }
 476     else if ("id".equals(subId.keyName))
 477     {
 478       return al.findName(subId.keyValue);
 479     }
 480     return null;
 481   }
 482 }