src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.io.BufferedReader;
  22 import java.io.File;
  23 import java.io.FileOutputStream;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.io.OutputStreamWriter;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.lang.reflect.Constructor;
  28 import java.net.URL;
  29 import java.util.*;
  30
  31 import javax.swing.*;
  32
  33 import jalview.gui.*;
  34 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  35
  36 /**
  37  * Main class for Jalview Application <br>
  38  * <br>
  39  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  40  *
  41  * @author $author$
  42  * @version $Revision$
  43  */
  44 public class Jalview
  45 {
  46
  47   /**
  48    * main class for Jalview application
  49    *
  50    * @param args
  51    *                open <em>filename</em>
  52    */
  53   public static void main(String[] args)
  54   {
  55     System.out.println("Java version: "
  56             + System.getProperty("java.version"));
  57     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  58             + System.getProperty("os.name") + " "
  59             + System.getProperty("os.version"));
  60
  61     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  62     boolean headless = false;
  63
  64     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
  65     {
  66       System.out
  67               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
  68                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
  69                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
  70                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
  71                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
  72                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
  73                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
  74                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
  75                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
  76                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
  77                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
  78                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
  79                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
  80                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
  81                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
  82                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
  83                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment."
  84                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires."
  85                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check."
  86                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname (alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments."
  87                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them."
  88                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)"
  89                       + "\n\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
  90       System.exit(0);
  91     }
  92
  93     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
  94     // anything else!
  95
  96     if (aparser.contains("nodisplay"))
  97     {
  98       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
  99     }
 100     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 101             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 102     {
 103       headless = true;
 104     }
 105
 106     try
 107     {
 108       Cache.initLogger();
 109     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 110     {
 111       error.printStackTrace();
 112       System.out
 113               .println("\nEssential logging libraries not found."
 114                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 115       System.exit(0);
 116     }
 117
 118     Desktop desktop = null;
 119
 120     try
 121     {
 122       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()
 123       // UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()
 124               // "com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"
 125               // "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"
 126               // "com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"
 127               // "com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"
 128
 129               );
 130     } catch (Exception ex)
 131     {
 132     }
 133     if (!headless)
 134     {
 135       desktop = new Desktop();
 136       desktop.setVisible(true);
 137       desktop.discoverer.start();
 138       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 139       {
 140         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 141         if (url != null)
 142         {
 143           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 144           // questionnaire
 145           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 146           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 147         }
 148         else
 149         {
 150           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 151           {
 152             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 153             // questionnaire
 154             // String defurl =
 155             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 156             // //
 157             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 158             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 159                     + defurl);
 160             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 161
 162           }
 163         }
 164       }
 165     }
 166
 167     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 168     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 169     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 170                                 // features from
 171     // loading is done.
 172     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 173                                 // completed one way or another
 174     // extract groovy argument and execute if necessary
 175     groovyscript = aparser.getValue("groovy");
 176     file = aparser.getValue("open");
 177
 178     if (file == null && desktop == null)
 179     {
 180       System.out.println("No files to open!");
 181       System.exit(1);
 182     }
 183
 184     if (file != null)
 185     {
 186       System.out.println("Opening file: " + file);
 187
 188       if (!file.startsWith("http://"))
 189       {
 190         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 191         {
 192           System.out.println("Can't find " + file);
 193           if (headless)
 194           {
 195             System.exit(1);
 196           }
 197         }
 198       }
 199
 200       protocol = checkProtocol(file);
 201
 202       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 203
 204       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 205               format);
 206
 207       if (af == null)
 208       {
 209         System.out.println("error");
 210         return;
 211       }
 212
 213       data = aparser.getValue("colour");
 214       if (data != null)
 215       {
 216         data.replaceAll("%20", " ");
 217
 218         jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 219                 .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 220
 221         if (cs == null)
 222         {
 223           jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 224                   "white");
 225           ucs.parseAppletParameter(data);
 226           cs = ucs;
 227         }
 228
 229         System.out.println("colour is " + data);
 230         af.changeColour(cs);
 231       }
 232
 233       // Must maintain ability to use the groups flag
 234       data = aparser.getValue("groups");
 235       if (data != null)
 236       {
 237         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 238         System.out.println("Added " + data);
 239       }
 240       data = aparser.getValue("features");
 241       if (data != null)
 242       {
 243         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 244         System.out.println("Added " + data);
 245       }
 246
 247       data = aparser.getValue("annotations");
 248       if (data != null)
 249       {
 250         af.loadJalviewDataFile(data);
 251         System.out.println("Added " + data);
 252       }
 253       data = aparser.getValue("tree");
 254       if (data != null)
 255       {
 256         jalview.io.NewickFile fin = null;
 257         try
 258         {
 259           fin = new jalview.io.NewickFile(data, checkProtocol(data));
 260           if (fin != null)
 261           {
 262             af.getViewport().setCurrentTree(
 263                     af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 264             System.out.println("Added tree " + data);
 265           }
 266         } catch (IOException ex)
 267         {
 268           System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 269           ex.printStackTrace(System.err);
 270         }
 271       }
 272       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 273       if (af != null && getFeatures != null)
 274       {
 275         startFeatureFetching(getFeatures);
 276         // need to block until fetching is complete.
 277         while (af.operationInProgress())
 278         {
 279           // wait around until fetching is finished.
 280           try
 281           {
 282             Thread.sleep(10);
 283           } catch (Exception e)
 284           {
 285
 286           }
 287         }
 288       }
 289       if (groovyscript != null)
 290       {
 291         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 292         // and before any images or figures are generated.
 293         if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 294         {
 295           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 296           executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 297         }
 298         else
 299         {
 300           System.err
 301                   .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 302                           + groovyscript);
 303         }
 304         groovyscript = null;
 305       }
 306       String imageName = "unnamed.png";
 307       while (aparser.getSize() > 1)
 308       {
 309         format = aparser.nextValue();
 310         file = aparser.nextValue();
 311
 312         if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 313         {
 314           af.createPNG(new java.io.File(file));
 315           imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 316           System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 317           continue;
 318         }
 319         else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 320         {
 321           af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 322           System.out.println("Creating image map: " + file);
 323           continue;
 324         }
 325         else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 326         {
 327           System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 328           af.createEPS(new java.io.File(file));
 329           continue;
 330         }
 331
 332         if (af.saveAlignment(file, format))
 333         {
 334           System.out.println("Written alignment in " + format
 335                   + " format to " + file);
 336         }
 337         else
 338         {
 339           System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format
 340                   + " format!!");
 341         }
 342
 343       }
 344
 345       while (aparser.getSize() > 0)
 346       {
 347         System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 348       }
 349     }
 350     AlignFrame startUpAlframe = null;
 351     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 352     // And the user
 353     // ////////////////////
 354     if (!headless && file == null
 355             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 356     {
 357       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 358               "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar");
 359
 360       protocol = "File";
 361
 362       if (file.indexOf("http:") > -1)
 363       {
 364         protocol = "URL";
 365       }
 366
 367       if (file.endsWith(".jar"))
 368       {
 369         format = "Jalview";
 370       }
 371       else
 372       {
 373         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 374       }
 375
 376       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 377               format);
 378       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 379       // extract groovy arguments before anything else.
 380     }
 381     // Once all loading is done. Retrieve features.
 382     if (getFeatures != null)
 383     {
 384       if (startUpAlframe != null)
 385       {
 386         startFeatureFetching(getFeatures);
 387       }
 388     }
 389     if (groovyscript != null)
 390     {
 391       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 392       {
 393         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 394         executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 395       }
 396       else
 397       {
 398         System.err
 399                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 400                         + groovyscript);
 401       }
 402     }
 403
 404     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 405   }
 406
 407   /**
 408    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 409    *
 410    * @param groovyscript
 411    *                the script to execute
 412    * @param jalviewContext
 413    *                the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding
 414    *                as the 'Jalview' object.
 415    */
 416   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 417           Object jalviewContext)
 418   {
 419     if (jalviewContext == null)
 420     {
 421       System.err
 422               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 423     }
 424     File sfile = null;
 425     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 426     {
 427       // read from stdin into a tempfile and execute it
 428       try
 429       {
 430         sfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 431         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 432                 new FileOutputStream(sfile)));
 433         BufferedReader br = new BufferedReader(
 434                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 435         String line = null;
 436         while ((line = br.readLine()) != null)
 437         {
 438           outfile.write(line + "\n");
 439         }
 440         br.close();
 441         outfile.flush();
 442         outfile.close();
 443
 444       } catch (Exception ex)
 445       {
 446         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 447                 + ((sfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : sfile
 448                         .toString()));
 449         ex.printStackTrace();
 450         return;
 451       }
 452     }
 453     else
 454     {
 455       sfile = new File(groovyscript);
 456     }
 457     if (!sfile.exists())
 458     {
 459       System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 460       return;
 461     }
 462     if (!sfile.canRead())
 463     {
 464       System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 465       return;
 466     }
 467     if (sfile.length() < 1)
 468     {
 469       System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 470       return;
 471     }
 472     boolean success = false;
 473     try
 474     {
 475       /*
 476        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 477        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 478        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 479        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 480        *
 481        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 482        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding =
 483        * new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 484        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 485        */
 486       ClassLoader cl = jalviewContext.getClass().getClassLoader();
 487       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 488       Constructor gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 489       Object gbinding = gbcons.newInstance(null);
 490       java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod("setVariable",
 491               new Class[]
 492               { String.class, Object.class });
 493       setvar.invoke(gbinding, new Object[]
 494       { "Jalview", jalviewContext });
 495       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 496       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 497       { URL[].class }); // String[].class });
 498       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 499       { new URL[]
 500       { sfile.toURL() } }); // .toString() } });
 501       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 502       { String.class, gbindingc });
 503       run.invoke(gse, new Object[]
 504       { sfile.getName(), gbinding });
 505       success = true;
 506     } catch (Exception e)
 507     {
 508       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 509               + " as a groovy script.");
 510       e.printStackTrace(System.err);
 511
 512     }
 513     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 514     {
 515       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 516       // executed
 517       sfile.delete();
 518     }
 519   }
 520
 521   /**
 522    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 523    *
 524    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 525    */
 526   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 527   {
 528     Vector source = null;
 529     String data;
 530     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 531     while ((data = aparser.getValue("dasserver")) != null)
 532     {
 533       String nickname = null;
 534       String url = null;
 535       boolean seq=false,feat=true;
 536       int pos = data.indexOf('=');
 537       // determine capabilities
 538       if (pos > 0)
 539       {
 540         nickname = data.substring(0, pos);
 541       }
 542       url = data.substring(pos + 1);
 543       if (url != null && (url.startsWith("http:") || url.startsWith("sequence:http:")))
 544       {
 545         if (nickname == null)
 546         {
 547           nickname = url;
 548         }
 549         if (locsources == null)
 550         {
 551           locsources = "";
 552         }
 553         else
 554         {
 555           locsources += "\t";
 556         }
 557         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 558         System.err
 559                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 560                         + nickname + "|" + url);
 561         if (source == null)
 562         {
 563           source = new Vector();
 564         }
 565         source.addElement(nickname);
 566       }
 567     } // loop until no more server entries are found.
 568     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 569     {
 570       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 571               + locsources);
 572       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 573     }
 574     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom")) != null)
 575     {
 576       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 577       if (source == null)
 578       {
 579         source = new Vector();
 580       }
 581       source.addElement(data);
 582     }
 583     return source;
 584   }
 585
 586   /**
 587    * start a feature fetcher for every alignment frame
 588    *
 589    * @param dasSources
 590    */
 591   private static void startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 592   {
 593     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 594     if (afs == null || afs.length == 0)
 595     {
 596       return;
 597     }
 598     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 599     {
 600       final AlignFrame af = afs[i];
 601       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 602       {
 603
 604         public void run()
 605         {
 606           af.featureSettings_actionPerformed(null);
 607           af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources);
 608         }
 609       });
 610     }
 611   }
 612
 613   private static String checkProtocol(String file)
 614   {
 615     String protocol = jalview.io.FormatAdapter.FILE;
 616
 617     if (file.indexOf("http:") > -1 || file.indexOf("file:") > -1)
 618     {
 619       protocol = jalview.io.FormatAdapter.URL;
 620     }
 621     return protocol;
 622   }
 623 }
 624
 625 /**
 626  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 627  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 628  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 629  * prefixing it).
 630  *
 631  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 632  *
 633  */
 634 class ArgsParser
 635 {
 636   Vector vargs = null;
 637
 638   public ArgsParser(String[] args)
 639   {
 640     vargs = new Vector();
 641     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 642     {
 643       String arg = args[i].trim();
 644       if (arg.charAt(0) == '-')
 645       {
 646         arg = arg.substring(1);
 647       }
 648       vargs.addElement(arg);
 649     }
 650   }
 651
 652   /**
 653    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 654    *
 655    * @param arg
 656    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 657    */
 658   public String getValue(String arg)
 659   {
 660     int index = vargs.indexOf(arg);
 661     String ret = null;
 662     if (index != -1)
 663     {
 664       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 665       vargs.removeElementAt(index);
 666       vargs.removeElementAt(index);
 667     }
 668     return ret;
 669   }
 670
 671   /**
 672    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
 673    *
 674    * @param arg
 675    * @return true if arg was present in argslist.
 676    */
 677   public boolean contains(String arg)
 678   {
 679     if (vargs.contains(arg))
 680     {
 681       vargs.removeElement(arg);
 682       return true;
 683     }
 684     else
 685     {
 686       return false;
 687     }
 688   }
 689
 690   public String nextValue()
 691   {
 692     return vargs.remove(0).toString();
 693   }
 694
 695   public int getSize()
 696   {
 697     return vargs.size();
 698   }
 699
 700 }