src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import java.util.List;
  27
  28 public class ChangeCaseCommand implements CommandI
  29 {
  30   String description;
  31
  32   public final static int TO_LOWER = 0;
  33
  34   public final static int TO_UPPER = 1;
  35
  36   public final static int TOGGLE_CASE = 2;
  37
  38   private int caseChange;
  39
  40   private SequenceI[] seqs;
  41
  42   private List<int[]> regions;
  43
  44   public ChangeCaseCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  45           List<int[]> regions, int caseChange)
  46   {
  47     this.description = description;
  48     this.seqs = seqs;
  49     this.regions = regions;
  50     this.caseChange = caseChange;
  51     doCommand(null);
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public String getDescription()
  56   {
  57     return description;
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public int getSize()
  62   {
  63     return 1;
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public void doCommand(AlignmentI[] views)
  68   {
  69     changeCase(true);
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
  74   {
  75     changeCase(false);
  76   }
  77
  78   void changeCase(boolean doCommand)
  79   {
  80     String sequence;
  81     int start, end;
  82     char nextChar;
  83     for (int[] r : regions)
  84     {
  85       start = r[0];
  86       for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  87       {
  88         sequence = seqs[s].getSequenceAsString();
  89         StringBuffer newSeq = new StringBuffer();
  90
  91         if (r[1] > sequence.length())
  92         {
  93           end = sequence.length();
  94         }
  95         else
  96         {
  97           end = r[1];
  98         }
  99
 100         if (start > 0)
 101         {
 102           newSeq.append(sequence.substring(0, start));
 103         }
 104
 105         if ((caseChange == TO_UPPER && doCommand)
 106                 || (caseChange == TO_LOWER && !doCommand))
 107         {
 108           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toUpperCase());
 109         }
 110
 111         else if ((caseChange == TO_LOWER && doCommand)
 112                 || (caseChange == TO_UPPER && !doCommand))
 113         {
 114           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toLowerCase());
 115         }
 116
 117         else
 118         // TOGGLE CASE
 119         {
 120           for (int c = start; c < end; c++)
 121           {
 122             nextChar = sequence.charAt(c);
 123             if ('a' <= nextChar && nextChar <= 'z')
 124             {
 125               // TO UPPERCASE !!!
 126               nextChar -= ('a' - 'A');
 127             }
 128             else if ('A' <= nextChar && nextChar <= 'Z')
 129             {
 130               // TO LOWERCASE !!!
 131               nextChar += ('a' - 'A');
 132             }
 133             newSeq.append(nextChar);
 134           }
 135         }
 136
 137         if (end < sequence.length())
 138         {
 139           newSeq.append(sequence.substring(end));
 140         }
 141
 142         seqs[s].setSequence(newSeq.toString());
 143       }
 144     }
 145   }
 146
 147 }