src/jalview/datamodel/AlignmentRowsCollection.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.Iterator;
  24
  25 public class AlignmentRowsCollection implements Iterable<Integer>
  26 {
  27   int start;
  28
  29   int end;
  30
  31   AlignmentI alignment;
  32
  33   HiddenSequences hidden;
  34
  35   public AlignmentRowsCollection(int s, int e, AlignmentI al)
  36   {
  37     start = s;
  38     end = e;
  39     alignment = al;
  40     hidden = al.getHiddenSequences();
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public Iterator<Integer> iterator()
  45   {
  46     return new AllRowsIterator(start, end, alignment);
  47   }
  48
  49   /**
  50    * Answers if the sequence at the position is hidden.
  51    */
  52   public boolean isHidden(int seq)
  53   {
  54     return hidden.isHidden(seq);
  55   }
  56
  57   public SequenceI getSequence(int seq)
  58   {
  59     return alignment.getSequenceAtAbsoluteIndex(seq);
  60   }
  61 }
  62