src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4 import java.util.BitSet;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7
   8 import jalview.util.MapList;
   9 import jalview.ws.datamodel.alphafold.MappableContactMatrix;
  10 /**
  11  * Dummy contact matrix based on sequence distance
  12  *
  13  * @author jprocter
  14  *
  15  */
  16 public class SeqDistanceContactMatrix
  17         extends MappableContactMatrix<SeqDistanceContactMatrix>
  18         implements ContactMatrixI
  19 {
  20   private static final String SEQUENCE_DISTANCE = "SEQUENCE_DISTANCE";
  21   private int width = 0;
  22
  23   public SeqDistanceContactMatrix(int width)
  24   {
  25     this.width = width;
  26   }
  27
  28   @Override
  29   public float getMin()
  30   {
  31     return 0f;
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public float getMax()
  36   {
  37     return width;
  38   }
  39
  40   @Override
  41   public ContactListI getContactList(final int column)
  42   {
  43     if (column < 0 || column >= width)
  44     {
  45       return null;
  46     }
  47     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  48     {
  49
  50       int p = column;
  51
  52       // @Override
  53       // public Color getColorForScore(int column)
  54       // {
  55       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(Math.abs(column-p),
  56       // 0, Color.white, width, Color.magenta);
  57       // }
  58       // @Override
  59       // public Color getColorForRange(int from_column, int to_column)
  60       // {
  61       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(
  62       // Math.abs(to_column + from_column - 2 * p) / 2, 0, Color.white, width,
  63       // Color.magenta);
  64       // }
  65
  66       @Override
  67       public int getContactHeight()
  68       {
  69         return width;
  70
  71       }
  72
  73       @Override
  74       public int getPosition()
  75       {
  76         return p;
  77       }
  78
  79       @Override
  80       public double getContactAt(int column)
  81       {
  82         return Math.abs(column - p);
  83       }
  84     });
  85   }
  86
  87   @Override
  88   public String getAnnotDescr()
  89   {
  90     return "Sequence distance matrix";
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public String getAnnotLabel()
  95   {
  96     return "Sequence Distance";
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public String getType()
 101   {
 102     return SEQUENCE_DISTANCE;
 103   }
 104
 105   @Override
 106   public int getWidth()
 107   {
 108     return width;
 109   }
 110
 111   @Override
 112   public int getHeight()
 113   {
 114     return width;
 115   }
 116   @Override
 117   protected double getElementAt(int _column, int i)
 118   {
 119     return Math.abs(_column - i);
 120   }
 121   @Override
 122   protected SeqDistanceContactMatrix newMappableContactMatrix(
 123           SequenceI newRefSeq, MapList newFromMapList)
 124   {
 125
 126     return new SeqDistanceContactMatrix(width);
 127   }
 128 }