src/jalview/datamodel/Sequence.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.analysis.*;\r
   4 import java.awt.*;\r
   5 import java.util.StringTokenizer;\r
   6 import MCview.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class Sequence implements SequenceI\r
  10 {\r
  11   protected String   name;\r
  12   protected String   sequence;\r
  13   protected int      start;\r
  14   protected int      end;\r
  15   protected String   description;\r
  16   protected int      charHeight;\r
  17   protected String   displayId;\r
  18   protected Color    color = Color.white;\r
  19   PDBfile pdb;\r
  20    public int maxchain = -1;\r
  21 \r
  22    public int pdbstart;\r
  23    public int pdbend;\r
  24    public int seqstart;\r
  25    public int seqend;\r
  26    public void setPDBfile(PDBfile pdb)\r
  27    {\r
  28      this.pdb = pdb;\r
  29      int max = -10;\r
  30      maxchain = -1;\r
  31 \r
  32      for (int i=0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
  33 \r
  34        System.out.println("PDB sequence = " + ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(i)).sequence);\r
  35        // Now lets compare the sequences to get\r
  36        // the start and end points.\r
  37 \r
  38 \r
  39      StringTokenizer str = new StringTokenizer(sequence, ".");\r
  40      String newString = "";\r
  41 \r
  42      while (str.hasMoreTokens()) {\r
  43          newString += str.nextToken();\r
  44      }\r
  45        // Align the sequence to the pdb\r
  46        AlignSeq as = new AlignSeq(this,((PDBChain)pdb.chains.elementAt(i)).sequence,"pep");\r
  47        as.calcScoreMatrix();\r
  48        as.traceAlignment();\r
  49        as.printAlignment();\r
  50 \r
  51        System.out.println("Score = " + as.maxscore);\r
  52        if (as.maxscore > max) {\r
  53          System.out.println("New max score");\r
  54          max = as.maxscore;\r
  55          maxchain = i;\r
  56 \r
  57          pdbstart = as.seq2start;\r
  58          pdbend = as.seq2end;\r
  59          seqstart = as.seq1start  - 1 ;\r
  60          seqend = as.seq1end  -1;\r
  61        }\r
  62 \r
  63        System.out.println("PDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);\r
  64        System.out.println("SEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);\r
  65      }\r
  66    }\r
  67 \r
  68   public Sequence(String name, String sequence, int start, int end)\r
  69   {\r
  70 \r
  71     this.name     = name;\r
  72     this.sequence = sequence;\r
  73     this.start    = start;\r
  74     this.end      = end;\r
  75 \r
  76     setDisplayId();\r
  77 \r
  78   }\r
  79 \r
  80   public Sequence(String name,String sequence) {\r
  81     this(name,sequence,1,sequence.length());\r
  82   }\r
  83   public Sequence(SequenceI seq) {\r
  84     this(seq.getName(),seq.getSequence(),seq.getStart(),seq.getEnd());\r
  85   }\r
  86   public String getDisplayId() {\r
  87     return displayId;\r
  88   }\r
  89   public void setDisplayId() {\r
  90     displayId = name + "/" + start + "-" + end;\r
  91   }\r
  92   public void setName(String name) {\r
  93     this.name = name;\r
  94     setDisplayId();\r
  95   }\r
  96   public String getName() {\r
  97     return this.name;\r
  98   }\r
  99   public void setStart(int start) {\r
 100     this.start = start;\r
 101     setDisplayId();\r
 102   }\r
 103   public int getStart() {\r
 104     return this.start;\r
 105   }\r
 106   public void setEnd(int end) {\r
 107     this.end = end;\r
 108     setDisplayId();\r
 109   }\r
 110   public int getEnd() {\r
 111     return this.end;\r
 112   }\r
 113   public int getLength() {\r
 114     return this.sequence.length();\r
 115   }\r
 116   public void setSequence(String seq) {\r
 117     this.sequence = seq;\r
 118   }\r
 119   public String getSequence() {\r
 120     return this.sequence;\r
 121   }\r
 122   public String getSequence(int start,int end) {\r
 123     return this.sequence.substring(start,end);\r
 124   }\r
 125 \r
 126   public char getCharAt(int i) {\r
 127     if (i < sequence.length()) {\r
 128       return sequence.charAt(i);\r
 129     } else {\r
 130       return ' ';\r
 131     }\r
 132   }\r
 133   public void setDescription(String desc) {\r
 134     this.description = desc;\r
 135   }\r
 136   public String getDescription() {\r
 137     return this.description;\r
 138   }\r
 139 \r
 140   public int findIndex(int pos) {\r
 141     // returns the alignment position for a residue\r
 142     int j = start;\r
 143     int i = 0;\r
 144 \r
 145     while (i< sequence.length() && j <= end && j <= pos) {\r
 146 \r
 147       char c = sequence.charAt(i);\r
 148 \r
 149       if (!jalview.util.Comparison.isGap((c)))\r
 150         j++;\r
 151 \r
 152       i++;\r
 153     }\r
 154     if (j == end && j < pos)\r
 155       return end+1;\r
 156     else\r
 157       return i;\r
 158 \r
 159   }\r
 160 \r
 161   public int findPosition(int i) {\r
 162     // Returns the sequence position for an alignment position\r
 163     int j   = 0;\r
 164     int pos = start;\r
 165 \r
 166     while (j < i)\r
 167     {\r
 168       char c = sequence.charAt(j);\r
 169 \r
 170       if (!jalview.util.Comparison.isGap((c)))\r
 171         pos++;\r
 172 \r
 173       j++;\r
 174     }\r
 175     return pos;\r
 176   }\r
 177   public void deleteCharAt(int i)\r
 178   {\r
 179     StringBuffer sbuffer = new StringBuffer(sequence);\r
 180     sbuffer.deleteCharAt(i);\r
 181     sequence = sbuffer.toString();\r
 182   }\r
 183 \r
 184   public void insertCharAt(int i, char c)\r
 185   {\r
 186     insertCharAt(i,c,true);\r
 187   }\r
 188 \r
 189   public void insertCharAt(int i,char c,boolean chop) {\r
 190 \r
 191     String tmp = new String(sequence);\r
 192 \r
 193     if (i < sequence.length()) {\r
 194       sequence = tmp.substring(0,i) + String.valueOf(c) + tmp.substring(i);\r
 195     } else {\r
 196       sequence = tmp + String.valueOf(c);\r
 197     }\r
 198 \r
 199   }\r
 200 \r
 201   public void        setColor(Color c) {\r
 202     this.color = c;\r
 203   }\r
 204 \r
 205   public Color       getColor() {\r
 206     return color;\r
 207   }\r
 208 \r
 209 }\r