src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.schemes.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import java.util.Vector;\r
   7 \r
   8 public class SequenceGroup\r
   9 {\r
  10   String groupName;\r
  11   Conservation conserve;\r
  12   Vector aaFrequency;\r
  13   boolean displayBoxes;\r
  14   boolean displayText;\r
  15   boolean colourText;\r
  16   boolean aaFrequencyValid = false;\r
  17   public Vector sequences = new Vector();\r
  18   int width = -1;\r
  19   public ColourSchemeI cs;\r
  20   int startRes = 0;\r
  21   int endRes = 0;\r
  22 \r
  23   public SequenceGroup()\r
  24   {\r
  25     groupName = "Group";\r
  26     this.displayBoxes = true;\r
  27     this.displayText = true;\r
  28     this.colourText = false;\r
  29     cs = null;\r
  30   }\r
  31 \r
  32   public SequenceGroup(String groupName, ColourSchemeI scheme,\r
  33                        boolean displayBoxes, boolean displayText,\r
  34                        boolean colourText,\r
  35                        int start,\r
  36                        int end)\r
  37   {\r
  38 \r
  39     this.groupName = groupName;\r
  40     this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  41     this.displayText = displayText;\r
  42     this.colourText = colourText;\r
  43     this.cs = scheme;\r
  44     startRes = start;\r
  45     endRes = end;\r
  46   }\r
  47 \r
  48   public String getName()\r
  49   {\r
  50     return groupName;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public void setName(String name)\r
  54   {\r
  55     groupName = name;\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public Conservation getConservation()\r
  59   {\r
  60     return conserve;\r
  61   }\r
  62 \r
  63   public void setConservation(Conservation c)\r
  64   {\r
  65     conserve = c;\r
  66   }\r
  67 \r
  68   public void addSequence(SequenceI s)\r
  69   {\r
  70     if(!sequences.contains(s))\r
  71       sequences.addElement(s);\r
  72   }\r
  73 \r
  74   public void addOrRemove(SequenceI s)\r
  75   {\r
  76     if(sequences.contains(s))\r
  77       deleteSequence(s);\r
  78     else\r
  79       addSequence(s);\r
  80   }\r
  81 \r
  82   public void deleteSequence(SequenceI s)\r
  83   {\r
  84     sequences.removeElement(s);\r
  85   }\r
  86 \r
  87 \r
  88   public int getStartRes()\r
  89   {\r
  90     return startRes;\r
  91   }\r
  92 \r
  93   public int getEndRes()\r
  94   {\r
  95     return endRes;\r
  96   }\r
  97 \r
  98   public void setStartRes(int i)\r
  99   {\r
 100     startRes = i;\r
 101   }\r
 102 \r
 103   public void setEndRes(int i)\r
 104   {\r
 105     endRes = i;\r
 106   }\r
 107 \r
 108   public int getSize()\r
 109   {\r
 110     return sequences.size();\r
 111   }\r
 112 \r
 113   public SequenceI getSequenceAt(int i)\r
 114   {\r
 115     return (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public void setColourText(boolean state)\r
 119   {\r
 120     colourText = state;\r
 121   }\r
 122 \r
 123   public boolean getColourText()\r
 124   {\r
 125     return colourText;\r
 126   }\r
 127 \r
 128   public void setDisplayText(boolean state)\r
 129   {\r
 130     displayText = state;\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public boolean getDisplayText()\r
 134   {\r
 135     return displayText;\r
 136   }\r
 137 \r
 138   public void setDisplayBoxes(boolean state)\r
 139   {\r
 140     displayBoxes = state;\r
 141   }\r
 142 \r
 143   public boolean getDisplayBoxes()\r
 144   {\r
 145     return displayBoxes;\r
 146   }\r
 147 \r
 148   public Vector getAAFrequency()\r
 149   {\r
 150     if (aaFrequency == null || aaFrequencyValid == false)\r
 151     {\r
 152       aaFrequency = AAFrequency.calculate(sequences, 0, getWidth());\r
 153       aaFrequencyValid = true;\r
 154     }\r
 155     return aaFrequency;\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public int getWidth()\r
 159   {\r
 160     System.out.println("it is called");\r
 161     // MC This needs to get reset when characters are inserted and deleted\r
 162     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 163     {\r
 164       SequenceI seq = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 165       if (seq.getLength() > width)\r
 166         width = seq.getLength();\r
 167     }\r
 168     return width;\r
 169   }\r
 170 }\r