src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 import jalview.analysis.SequenceIdMatcher;
  24 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  25 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  26 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  27 import jalview.datamodel.Mapping;
  28 import jalview.datamodel.Sequence;
  29 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.util.DBRefUtils;
  32 import jalview.util.DnaUtils;
  33 import jalview.util.MapList;
  34 import jalview.util.MappingUtils;
  35 import jalview.util.StringUtils;
  36
  37 import java.util.Arrays;
  38 import java.util.Hashtable;
  39 import java.util.List;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.Map.Entry;
  42 import java.util.Vector;
  43 import java.util.regex.Pattern;
  44
  45 /**
  46  * Data model for one entry returned from an EMBL query, as marshalled by a
  47  * Castor binding file
  48  *
  49  * For example:
  50  * http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch?db=ena_sequence&id=J03321
  51  * &format=emblxml
  52  *
  53  * @see embl_mapping.xml
  54  */
  55 public class EmblEntry
  56 {
  57   private static final Pattern SPACE_PATTERN = Pattern.compile(" ");
  58
  59   String accession;
  60
  61   String entryVersion;
  62
  63   String sequenceVersion;
  64
  65   String dataClass;
  66
  67   String moleculeType;
  68
  69   String topology;
  70
  71   String sequenceLength;
  72
  73   String taxonomicDivision;
  74
  75   String description;
  76
  77   String firstPublicDate;
  78
  79   String firstPublicRelease;
  80
  81   String lastUpdatedDate;
  82
  83   String lastUpdatedRelease;
  84
  85   Vector<String> keywords;
  86
  87   Vector<DBRefEntry> dbRefs;
  88
  89   Vector<EmblFeature> features;
  90
  91   EmblSequence sequence;
  92
  93   /**
  94    * @return the accession
  95    */
  96   public String getAccession()
  97   {
  98     return accession;
  99   }
 100
 101   /**
 102    * @param accession
 103    *          the accession to set
 104    */
 105   public void setAccession(String accession)
 106   {
 107     this.accession = accession;
 108   }
 109
 110   /**
 111    * @return the dbRefs
 112    */
 113   public Vector<DBRefEntry> getDbRefs()
 114   {
 115     return dbRefs;
 116   }
 117
 118   /**
 119    * @param dbRefs
 120    *          the dbRefs to set
 121    */
 122   public void setDbRefs(Vector<DBRefEntry> dbRefs)
 123   {
 124     this.dbRefs = dbRefs;
 125   }
 126
 127   /**
 128    * @return the features
 129    */
 130   public Vector<EmblFeature> getFeatures()
 131   {
 132     return features;
 133   }
 134
 135   /**
 136    * @param features
 137    *          the features to set
 138    */
 139   public void setFeatures(Vector<EmblFeature> features)
 140   {
 141     this.features = features;
 142   }
 143
 144   /**
 145    * @return the keywords
 146    */
 147   public Vector<String> getKeywords()
 148   {
 149     return keywords;
 150   }
 151
 152   /**
 153    * @param keywords
 154    *          the keywords to set
 155    */
 156   public void setKeywords(Vector<String> keywords)
 157   {
 158     this.keywords = keywords;
 159   }
 160
 161   /**
 162    * @return the sequence
 163    */
 164   public EmblSequence getSequence()
 165   {
 166     return sequence;
 167   }
 168
 169   /**
 170    * @param sequence
 171    *          the sequence to set
 172    */
 173   public void setSequence(EmblSequence sequence)
 174   {
 175     this.sequence = sequence;
 176   }
 177
 178   /**
 179    * Recover annotated sequences from EMBL file
 180    *
 181    * @param sourceDb
 182    * @param peptides
 183    *          a list of protein products found so far (to add to)
 184    * @return dna dataset sequence with DBRefs and features
 185    */
 186   public SequenceI getSequence(String sourceDb, List<SequenceI> peptides)
 187   {
 188     SequenceI dna = new Sequence(sourceDb + "|" + accession,
 189             sequence.getSequence());
 190     dna.setDescription(description);
 191     DBRefEntry retrievedref = new DBRefEntry(sourceDb,
 192             getSequenceVersion(), accession);
 193     dna.addDBRef(retrievedref);
 194     // add map to indicate the sequence is a valid coordinate frame for the
 195     // dbref
 196     retrievedref.setMap(new Mapping(null, new int[] { 1, dna.getLength() },
 197             new int[] { 1, dna.getLength() }, 1, 1));
 198     // TODO: transform EMBL Database refs to canonical form
 199     if (dbRefs != null)
 200     {
 201       for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 202       {
 203         dna.addDBRef(dbref);
 204       }
 205     }
 206
 207     try
 208     {
 209       for (EmblFeature feature : features)
 210       {
 211         if (feature.dbRefs != null)
 212         {
 213           for (DBRefEntry dbref : feature.dbRefs)
 214           {
 215             /*
 216              * convert UniProtKB/Swiss-Prot to UNIPROT
 217              */
 218             dbref.setSource(DBRefUtils.getCanonicalName(dbref.getSource()));
 219             dna.addDBRef(dbref);
 220           }
 221         }
 222         if (FeatureProperties.isCodingFeature(sourceDb, feature.getName()))
 223         {
 224           parseCodingFeature(feature, sourceDb, dna, peptides);
 225         }
 226       }
 227     } catch (Exception e)
 228     {
 229       System.err.println("EMBL Record Features parsing error!");
 230       System.err
 231               .println("Please report the following to help@jalview.org :");
 232       System.err.println("EMBL Record " + accession);
 233       System.err.println("Resulted in exception: " + e.getMessage());
 234       e.printStackTrace(System.err);
 235     }
 236
 237     return dna;
 238   }
 239
 240   /**
 241    * Extracts coding region and product from a CDS feature and properly decorate
 242    * it with annotations.
 243    *
 244    * @param feature
 245    *          coding feature
 246    * @param sourceDb
 247    *          source database for the EMBLXML
 248    * @param dna
 249    *          parent dna sequence for this record
 250    * @param peptides
 251    *          list of protein product sequences for Embl entry
 252    */
 253   void parseCodingFeature(EmblFeature feature, String sourceDb,
 254           SequenceI dna, List<SequenceI> peptides)
 255   {
 256     boolean isEmblCdna = sourceDb.equals(DBRefSource.EMBLCDS);
 257
 258     int[] exon = getCdsRanges(feature);
 259
 260     String prseq = null;
 261     String prname = "";
 262     String prid = null;
 263     Map<String, String> vals = new Hashtable<String, String>();
 264     SequenceIdMatcher matcher = new SequenceIdMatcher(peptides);
 265
 266     /*
 267      * codon_start 1/2/3 in EMBL corresponds to phase 0/1/2 in CDS
 268      * (phase is required for CDS features in GFF3 format)
 269      */
 270     int codonStart = 1;
 271
 272     /*
 273      * parse qualifiers, saving protein translation, protein id,
 274      * codon start position, product (name), and 'other values'
 275      */
 276     if (feature.getQualifiers() != null)
 277     {
 278       for (Qualifier q : feature.getQualifiers())
 279       {
 280         String qname = q.getName();
 281         if (qname.equals("translation"))
 282         {
 283           // remove all spaces (precompiled String.replaceAll(" ", ""))
 284           prseq = SPACE_PATTERN.matcher(q.getValues()[0]).replaceAll("");
 285         }
 286         else if (qname.equals("protein_id"))
 287         {
 288           prid = q.getValues()[0];
 289         }
 290         else if (qname.equals("codon_start"))
 291         {
 292           try
 293           {
 294             codonStart = Integer.parseInt(q.getValues()[0]);
 295           } catch (NumberFormatException e)
 296           {
 297             System.err.println("Invalid codon_start in XML for "
 298                     + accession + ": " + e.getMessage());
 299           }
 300         }
 301         else if (qname.equals("product"))
 302         {
 303           // sometimes name is returned e.g. for V00488
 304           prname = q.getValues()[0];
 305         }
 306         else
 307         {
 308           // throw anything else into the additional properties hash
 309           String[] qvals = q.getValues();
 310           if (qvals != null)
 311           {
 312             String commaSeparated = StringUtils.arrayToSeparatorList(qvals,
 313                     ",");
 314             vals.put(qname, commaSeparated);
 315           }
 316         }
 317       }
 318     }
 319
 320     DBRefEntry protEMBLCDS = null;
 321     exon = MappingUtils.removeStartPositions(codonStart - 1, exon);
 322     boolean noProteinDbref = true;
 323
 324     SequenceI product = null;
 325     Mapping map = null;
 326     if (prseq != null && prname != null && prid != null)
 327     {
 328       /*
 329        * look for product in peptides list, if not found, add it
 330        */
 331       product = matcher.findIdMatch(prid);
 332       if (product == null)
 333       {
 334         product = new Sequence(prid, prseq, 1, prseq.length());
 335         product.setDescription(((prname.length() == 0) ? "Protein Product from "
 336                 + sourceDb
 337                 : prname));
 338         peptides.add(product);
 339         matcher.add(product);
 340       }
 341
 342       // we have everything - create the mapping and perhaps the protein
 343       // sequence
 344       if (exon == null || exon.length == 0)
 345       {
 346         System.err
 347                 .println("Implementation Notice: EMBLCDS records not properly supported yet - Making up the CDNA region of this sequence... may be incorrect ("
 348                         + sourceDb + ":" + getAccession() + ")");
 349         if (prseq.length() * 3 == (1 - codonStart + dna.getSequence().length))
 350         {
 351           System.err
 352                   .println("Not allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... !");
 353           // this might occur for CDS sequences where no features are
 354           // marked.
 355           exon = new int[] { dna.getStart() + (codonStart - 1),
 356               dna.getEnd() };
 357           map = new Mapping(product, exon, new int[] { 1, prseq.length() },
 358                   3, 1);
 359         }
 360         if ((prseq.length() + 1) * 3 == (1 - codonStart + dna.getSequence().length))
 361         {
 362           System.err
 363                   .println("Allowing for additional stop codon at end of cDNA fragment... will probably cause an error in VAMSAs!");
 364           exon = new int[] { dna.getStart() + (codonStart - 1),
 365               dna.getEnd() - 3 };
 366           map = new Mapping(product, exon, new int[] { 1, prseq.length() },
 367                   3, 1);
 368         }
 369       }
 370       else
 371       {
 372         // Trim the exon mapping if necessary - the given product may only be a
 373         // fragment of a larger protein. (EMBL:AY043181 is an example)
 374
 375         if (isEmblCdna)
 376         {
 377           // TODO: Add a DbRef back to the parent EMBL sequence with the exon
 378           // map
 379           // if given a dataset reference, search dataset for parent EMBL
 380           // sequence if it exists and set its map
 381           // make a new feature annotating the coding contig
 382         }
 383         else
 384         {
 385           // final product length truncation check
 386           // TODO should from range include stop codon even if not in protein
 387           // in order to include stop codon in CDS sequence (as done for
 388           // Ensembl)?
 389           int[] cdsRanges = adjustForProteinLength(prseq.length(), exon);
 390           map = new Mapping(product, cdsRanges, new int[] { 1,
 391               prseq.length() }, 3, 1);
 392           // reconstruct the EMBLCDS entry
 393           // TODO: this is only necessary when there codon annotation is
 394           // complete (I think JBPNote)
 395           DBRefEntry pcdnaref = new DBRefEntry();
 396           pcdnaref.setAccessionId(prid);
 397           pcdnaref.setSource(DBRefSource.EMBLCDS);
 398           pcdnaref.setVersion(getSequenceVersion()); // same as parent EMBL
 399                                                      // version.
 400           MapList mp = new MapList(new int[] { 1, prseq.length() },
 401                   new int[] { 1 + (codonStart - 1),
 402                       (codonStart - 1) + 3 * prseq.length() }, 1, 3);
 403           pcdnaref.setMap(new Mapping(mp));
 404           if (product != null)
 405           {
 406             product.addDBRef(pcdnaref);
 407             protEMBLCDS = new DBRefEntry(pcdnaref);
 408             protEMBLCDS.setSource(DBRefSource.EMBLCDSProduct);
 409             product.addDBRef(protEMBLCDS);
 410           }
 411         }
 412       }
 413       // add cds feature to dna seq - this may include the stop codon
 414       for (int xint = 0; exon != null && xint < exon.length; xint += 2)
 415       {
 416         SequenceFeature sf = makeCdsFeature(exon, xint, prname, prid, vals,
 417                 codonStart);
 418         sf.setType(feature.getName()); // "CDS"
 419         sf.setEnaLocation(feature.getLocation());
 420         sf.setFeatureGroup(sourceDb);
 421         dna.addSequenceFeature(sf);
 422       }
 423     }
 424
 425     /*
 426      * add mappings for Uniprot xrefs
 427      */
 428     if (feature.dbRefs != null)
 429     {
 430       boolean mappingUsed = false;
 431       for (DBRefEntry ref : feature.dbRefs)
 432       {
 433         if (ref.getSource().equals(DBRefSource.UNIPROT))
 434         {
 435           String proteinSeqName = DBRefSource.UNIPROT + "|"
 436                   + ref.getAccessionId();
 437           if (map != null && map.getTo() != null)
 438           {
 439             if (mappingUsed)
 440             {
 441               /*
 442                * two or more Uniprot xrefs for the same CDS -
 443                * each needs a distinct Mapping (as to a different sequence)
 444                */
 445               map = new Mapping(map);
 446             }
 447             mappingUsed = true;
 448
 449             /*
 450              * try to locate the protein mapped to (possibly by a
 451              * previous CDS feature)
 452              */
 453             SequenceI proteinSeq = matcher.findIdMatch(proteinSeqName);
 454             if (proteinSeq == null)
 455             {
 456               proteinSeq = new Sequence(proteinSeqName,
 457                       product.getSequenceAsString());
 458               matcher.add(proteinSeq);
 459               peptides.add(proteinSeq);
 460             }
 461             map.setTo(proteinSeq);
 462             map.getTo().addDBRef(
 463                     new DBRefEntry(ref.getSource(), ref.getVersion(), ref
 464                             .getAccessionId()));
 465             ref.setMap(map);
 466           }
 467           noProteinDbref = false;
 468         }
 469         if (product != null)
 470         {
 471           DBRefEntry pref = new DBRefEntry(ref.getSource(),
 472                   ref.getVersion(), ref.getAccessionId());
 473           pref.setMap(null); // reference is direct
 474           product.addDBRef(pref);
 475           // Add converse mapping reference
 476           if (map != null)
 477           {
 478             Mapping pmap = new Mapping(dna, map.getMap().getInverse());
 479             pref = new DBRefEntry(sourceDb, getSequenceVersion(),
 480                     this.getAccession());
 481             pref.setMap(pmap);
 482             if (map.getTo() != null)
 483             {
 484               map.getTo().addDBRef(pref);
 485             }
 486           }
 487         }
 488       }
 489       if (noProteinDbref && product != null)
 490       {
 491         // add protein coding reference to dna sequence so xref matches
 492         if (protEMBLCDS == null)
 493         {
 494           protEMBLCDS = new DBRefEntry();
 495           protEMBLCDS.setAccessionId(prid);
 496           protEMBLCDS.setSource(DBRefSource.EMBLCDSProduct);
 497           protEMBLCDS.setVersion(getSequenceVersion());
 498           protEMBLCDS
 499                   .setMap(new Mapping(product, map.getMap().getInverse()));
 500         }
 501         product.addDBRef(protEMBLCDS);
 502
 503         // Add converse mapping reference
 504         if (map != null)
 505         {
 506           Mapping pmap = new Mapping(product, protEMBLCDS.getMap().getMap()
 507                   .getInverse());
 508           DBRefEntry ncMap = new DBRefEntry(protEMBLCDS);
 509           ncMap.setMap(pmap);
 510           if (map.getTo() != null)
 511           {
 512             dna.addDBRef(ncMap);
 513           }
 514         }
 515       }
 516     }
 517   }
 518
 519   /**
 520    * Helper method to construct a SequenceFeature for one cds range
 521    *
 522    * @param exons
 523    *          array of cds [start, end, ...] positions
 524    * @param exonStartIndex
 525    *          offset into the exons array
 526    * @param proteinName
 527    * @param proteinAccessionId
 528    * @param vals
 529    *          map of 'miscellaneous values' for feature
 530    * @param codonStart
 531    *          codon start position for CDS (1/2/3, normally 1)
 532    * @return
 533    */
 534   protected SequenceFeature makeCdsFeature(int[] exons, int exonStartIndex,
 535           String proteinName, String proteinAccessionId,
 536           Map<String, String> vals, int codonStart)
 537   {
 538     int exonNumber = exonStartIndex / 2 + 1;
 539     SequenceFeature sf = new SequenceFeature();
 540     sf.setBegin(Math.min(exons[exonStartIndex], exons[exonStartIndex + 1]));
 541     sf.setEnd(Math.max(exons[exonStartIndex], exons[exonStartIndex + 1]));
 542     sf.setDescription(String.format("Exon %d for protein '%s' EMBLCDS:%s",
 543             exonNumber, proteinName, proteinAccessionId));
 544     sf.setPhase(String.valueOf(codonStart - 1));
 545     sf.setStrand(exons[exonStartIndex] <= exons[exonStartIndex + 1] ? "+"
 546             : "-");
 547     sf.setValue(FeatureProperties.EXONPOS, exonNumber);
 548     sf.setValue(FeatureProperties.EXONPRODUCT, proteinName);
 549     if (!vals.isEmpty())
 550     {
 551       StringBuilder sb = new StringBuilder();
 552       boolean first = true;
 553       for (Entry<String, String> val : vals.entrySet())
 554       {
 555         if (!first)
 556         {
 557           sb.append(";");
 558         }
 559         sb.append(val.getKey()).append("=").append(val.getValue());
 560         first = false;
 561         sf.setValue(val.getKey(), val.getValue());
 562       }
 563       sf.setAttributes(sb.toString());
 564     }
 565     return sf;
 566   }
 567
 568   /**
 569    * Returns the CDS positions as a list of [start, end, start, end...]
 570    * positions. If on the reverse strand, these will be in descending order.
 571    *
 572    * @param feature
 573    * @return
 574    */
 575   protected int[] getCdsRanges(EmblFeature feature)
 576   {
 577     if (feature.location == null)
 578     {
 579       return new int[] {};
 580     }
 581     List<int[]> ranges = DnaUtils.parseLocation(feature.location);
 582     return ranges == null ? new int[] {} : listToArray(ranges);
 583   }
 584
 585   /**
 586    * Converts a list of [start, end] ranges to a single array of [start, end,
 587    * start, end ...]
 588    *
 589    * @param ranges
 590    * @return
 591    */
 592   int[] listToArray(List<int[]> ranges)
 593   {
 594     int[] result = new int[ranges.size() * 2];
 595     int i = 0;
 596     for (int[] range : ranges)
 597     {
 598       result[i++] = range[0];
 599       result[i++] = range[1];
 600     }
 601     return result;
 602   }
 603
 604   /**
 605    * truncate the last exon interval to the prlength'th codon
 606    *
 607    * @param prlength
 608    * @param exon
 609    * @return new exon
 610    */
 611   static int[] adjustForProteinLength(int prlength, int[] exon)
 612   {
 613     if (prlength <= 0 || exon == null)
 614     {
 615       return exon;
 616     }
 617     int desiredCdsLength = prlength * 3;
 618     int exonLength = MappingUtils.getLength(Arrays.asList(exon));
 619
 620     /*
 621      * assuming here exon might include stop codon in addition to protein codons
 622      */
 623     if (desiredCdsLength == exonLength
 624             || desiredCdsLength == exonLength - 3)
 625     {
 626       return exon;
 627     }
 628
 629     int origxon[];
 630     int sxpos = -1;
 631     int endxon = 0;
 632     origxon = new int[exon.length];
 633     System.arraycopy(exon, 0, origxon, 0, exon.length);
 634     int cdspos = 0;
 635     for (int x = 0; x < exon.length; x += 2)
 636     {
 637       cdspos += Math.abs(exon[x + 1] - exon[x]) + 1;
 638       if (desiredCdsLength <= cdspos)
 639       {
 640         // advanced beyond last codon.
 641         sxpos = x;
 642         if (desiredCdsLength != cdspos)
 643         {
 644           // System.err
 645           // .println("Truncating final exon interval on region by "
 646           // + (cdspos - cdslength));
 647         }
 648
 649         /*
 650          * shrink the final exon - reduce end position if forward
 651          * strand, increase it if reverse
 652          */
 653         if (exon[x + 1] >= exon[x])
 654         {
 655           endxon = exon[x + 1] - cdspos + desiredCdsLength;
 656         }
 657         else
 658         {
 659           endxon = exon[x + 1] + cdspos - desiredCdsLength;
 660         }
 661         break;
 662       }
 663     }
 664
 665     if (sxpos != -1)
 666     {
 667       // and trim the exon interval set if necessary
 668       int[] nxon = new int[sxpos + 2];
 669       System.arraycopy(exon, 0, nxon, 0, sxpos + 2);
 670       nxon[sxpos + 1] = endxon; // update the end boundary for the new exon
 671                                 // set
 672       exon = nxon;
 673     }
 674     return exon;
 675   }
 676
 677   public String getSequenceVersion()
 678   {
 679     return sequenceVersion;
 680   }
 681
 682   public void setSequenceVersion(String sequenceVersion)
 683   {
 684     this.sequenceVersion = sequenceVersion;
 685   }
 686
 687   public String getSequenceLength()
 688   {
 689     return sequenceLength;
 690   }
 691
 692   public void setSequenceLength(String sequenceLength)
 693   {
 694     this.sequenceLength = sequenceLength;
 695   }
 696
 697   public String getEntryVersion()
 698   {
 699     return entryVersion;
 700   }
 701
 702   public void setEntryVersion(String entryVersion)
 703   {
 704     this.entryVersion = entryVersion;
 705   }
 706
 707   public String getMoleculeType()
 708   {
 709     return moleculeType;
 710   }
 711
 712   public void setMoleculeType(String moleculeType)
 713   {
 714     this.moleculeType = moleculeType;
 715   }
 716
 717   public String getTopology()
 718   {
 719     return topology;
 720   }
 721
 722   public void setTopology(String topology)
 723   {
 724     this.topology = topology;
 725   }
 726
 727   public String getTaxonomicDivision()
 728   {
 729     return taxonomicDivision;
 730   }
 731
 732   public void setTaxonomicDivision(String taxonomicDivision)
 733   {
 734     this.taxonomicDivision = taxonomicDivision;
 735   }
 736
 737   public String getDescription()
 738   {
 739     return description;
 740   }
 741
 742   public void setDescription(String description)
 743   {
 744     this.description = description;
 745   }
 746
 747   public String getFirstPublicDate()
 748   {
 749     return firstPublicDate;
 750   }
 751
 752   public void setFirstPublicDate(String firstPublicDate)
 753   {
 754     this.firstPublicDate = firstPublicDate;
 755   }
 756
 757   public String getFirstPublicRelease()
 758   {
 759     return firstPublicRelease;
 760   }
 761
 762   public void setFirstPublicRelease(String firstPublicRelease)
 763   {
 764     this.firstPublicRelease = firstPublicRelease;
 765   }
 766
 767   public String getLastUpdatedDate()
 768   {
 769     return lastUpdatedDate;
 770   }
 771
 772   public void setLastUpdatedDate(String lastUpdatedDate)
 773   {
 774     this.lastUpdatedDate = lastUpdatedDate;
 775   }
 776
 777   public String getLastUpdatedRelease()
 778   {
 779     return lastUpdatedRelease;
 780   }
 781
 782   public void setLastUpdatedRelease(String lastUpdatedRelease)
 783   {
 784     this.lastUpdatedRelease = lastUpdatedRelease;
 785   }
 786
 787   public String getDataClass()
 788   {
 789     return dataClass;
 790   }
 791
 792   public void setDataClass(String dataClass)
 793   {
 794     this.dataClass = dataClass;
 795   }
 796 }