src/jalview/ext/forester/io/TreeParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.ext.archaeopteryx.AptxInit;
   4 import jalview.gui.AlignViewport;
   5 //import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeParserI;
   6 import jalview.gui.Desktop;
   7 import jalview.gui.JvOptionPane;
   8 import jalview.io.DataSourceType;
   9 import jalview.io.NewickFile;
  10 import jalview.util.MessageManager;
  11
  12 import java.io.File;
  13 import java.io.IOException;
  14
  15 import org.forester.util.ForesterUtil;
  16
  17 public class TreeParser // implements ExternalTreeParserI<MainFrame>
  18 {
  19   private final String filePath;
  20
  21   private final File file;
  22
  23   public TreeParser(final String treeFilePath)
  24   {
  25     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFilePath);
  26     if (possibleError != null)
  27     {
  28       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  29               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  30               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  31
  32     }
  33     filePath = treeFilePath;
  34     file = new File(filePath);
  35
  36   }
  37
  38   public TreeParser(final File treeFile) throws IOException
  39   {
  40     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFile);
  41     if (possibleError != null)
  42     {
  43       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  44               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  45               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  46
  47     }
  48     file = treeFile;
  49     filePath = file.getCanonicalPath();
  50   }
  51
  52   public void loadTree(AlignViewport viewport)
  53   {
  54
  55       NewickFile fin = null;
  56       try
  57       {
  58         AptxInit.createInstanceFromFile(filePath, viewport);
  59
  60         fin = new NewickFile(filePath, DataSourceType.FILE);
  61         viewport.setCurrentTree(viewport.getAlignPanel().alignFrame
  62                 .showNewickTree(fin, filePath).getTree());
  63       } catch (Exception ex)
  64       {
  65         JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, ex.getMessage(),
  66                 MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  67                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  68         ex.printStackTrace();
  69       }
  70       if (fin != null && fin.hasWarningMessage())
  71       {
  72         JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
  73                 fin.getWarningMessage(),
  74                 MessageManager
  75                         .getString("label.possible_problem_with_tree_file"),
  76                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  77       }
  78     }
  79   }
  80
  81
  82 //
  83 // @Override
  84 // public MainFrame loadTreeFile(AlignmentViewport viewport)
  85 // {
  86 // String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  87 // "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  88 // MainFrame aptx = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  89 //
  90 // LoadedTreeAssociation bindAptxNodes = new LoadedTreeAssociation(
  91 // viewport.getAlignment().getSequencesArray(),
  92 // aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel().getPhylogeny());
  93 //
  94 // bindAptxNodes.associateLeavesToSequences();
  95 //
  96 // new JalviewBinding(aptx, viewport, bindAptxNodes.getAlignmentWithNodes(),
  97 // bindAptxNodes.getNodesWithAlignment());
  98 //
  99 // AptxInit.bindFrameToJalview(aptx);
 100 //
 101 // return aptx;
 102 //
 103 //
 104 // }
 105 // //
 106 // void readPhylogeniesFromURL() {
 107 // URL url = null;
 108 // Phylogeny[] phys = null;
 109 // final String message = "Please enter a complete URL, for example
 110 // \"http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15480?format=nexus\"";
 111 // final String url_string = JOptionPane
 112 // .showInputDialog( this,
 113 // message,
 114 // "Use URL/webservice to obtain a phylogeny",
 115 // JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );
 116 // boolean nhx_or_nexus = false;
 117 // if ( ( url_string != null ) && ( url_string.length() > 0 ) ) {
 118 // try {
 119 // url = new URL( url_string );
 120 // PhylogenyParser parser = null;
 121 // if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
 122 // parser = new TolParser();
 123 // }
 124 // else {
 125 // parser = ParserUtils
 126 // .createParserDependingOnUrlContents( url,
 127 // getConfiguration().isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
 128 // }
 129 // if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 130 // nhx_or_nexus = true;
 131 // }
 132 // else if ( parser instanceof NHXParser ) {
 133 // nhx_or_nexus = true;
 134 // }
 135 // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 136 // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
 137 // }
 138 // else {
 139 // _mainpanel.setWaitCursor();
 140 // }
 141 // final PhylogenyFactory factory =
 142 // ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 143 // phys = factory.create( url.openStream(), parser );
 144 // }
 145 // catch ( final MalformedURLException e ) {
 146 // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 147 // "Malformed URL: " + url + "\n" + e.getLocalizedMessage(),
 148 // "Malformed URL",
 149 // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 150 // }
 151 // catch ( final IOException e ) {
 152 // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 153 // "Could not read from " + url + "\n"
 154 // + ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 155 // "Failed to read URL",
 156 // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 157 // }
 158 // catch ( final Exception e ) {
 159 // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 160 // ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 161 // "Unexpected Exception",
 162 // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 163 // }
 164 // finally {
 165 // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 166 // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 167 // }
 168 // else {
 169 // _mainpanel.setArrowCursor();
 170 // }
 171 // }
 172 // if ( ( phys != null ) && ( phys.length > 0 ) ) {
 173 // if ( nhx_or_nexus &&
 174 // getOptions().isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 175 // for( final Phylogeny phy : phys ) {
 176 // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 177 // }
 178 // }
 179 // AptxUtil.addPhylogeniesToTabs( phys,
 180 // new File( url.getFile() ).getName(),
 181 // new File( url.getFile() ).toString(),
 182 // getConfiguration(),
 183 // getMainPanel() );
 184 // _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 185 // }
 186 // }
 187 // activateSaveAllIfNeeded();
 188 // System.gc();
 189 // }
 190 //
 191 // }
 192 //
 193 //
 194 //
 195 //
 196 //
 197 //