src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.FeatureRenderer;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  28 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.ext.rbvi.chimera.AtomSpecModel;
  31 import jalview.gui.IProgressIndicator;
  32 import jalview.io.DataSourceType;
  33 import jalview.io.StructureFile;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.structure.AtomSpec;
  37 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  38 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.awt.Container;
  43 import java.awt.event.ComponentEvent;
  44 import java.awt.event.ComponentListener;
  45 import java.io.File;
  46 import java.net.URL;
  47 import java.util.ArrayList;
  48 import java.util.BitSet;
  49 import java.util.Hashtable;
  50 import java.util.List;
  51 import java.util.Map;
  52 import java.util.StringTokenizer;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  56 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  57 import org.jmol.api.JmolSelectionListener;
  58 import org.jmol.api.JmolStatusListener;
  59 import org.jmol.api.JmolViewer;
  60 import org.jmol.c.CBK;
  61 import org.jmol.script.T;
  62 import org.jmol.viewer.Viewer;
  63
  64 public abstract class JalviewJmolBinding extends AAStructureBindingModel
  65         implements JmolStatusListener, JmolSelectionListener,
  66         ComponentListener
  67 {
  68   private String lastMessage;
  69
  70   boolean allChainsSelected = false;
  71
  72   /*
  73    * when true, try to search the associated datamodel for sequences that are
  74    * associated with any unknown structures in the Jmol view.
  75    */
  76   private boolean associateNewStructs = false;
  77
  78   Vector<String> atomsPicked = new Vector<>();
  79
  80   private List<String> chainNames;
  81
  82   Hashtable<String, String> chainFile;
  83
  84   /*
  85    * the default or current model displayed if the model cannot be identified
  86    * from the selection message
  87    */
  88   int frameNo = 0;
  89
  90   // protected JmolGenericPopup jmolpopup; // not used - remove?
  91
  92   String lastCommand;
  93
  94   boolean loadedInline;
  95
  96   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
  97
  98   public Viewer viewer;
  99
 100   public JalviewJmolBinding(StructureSelectionManager ssm,
 101           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs,
 102           DataSourceType protocol)
 103   {
 104     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
 105     /*
 106      * viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel, new SmarterJmolAdapter(),
 107      * "jalviewJmol", ap.av.applet .getDocumentBase(),
 108      * ap.av.applet.getCodeBase(), "", this);
 109      *
 110      * jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, true, "Jmol", true);
 111      */
 112   }
 113
 114   public JalviewJmolBinding(StructureSelectionManager ssm,
 115           SequenceI[][] seqs, Viewer theViewer)
 116   {
 117     super(ssm, seqs);
 118
 119     viewer = theViewer;
 120     viewer.setJmolStatusListener(this);
 121     viewer.addSelectionListener(this);
 122   }
 123
 124   /**
 125    * construct a title string for the viewer window based on the data jalview
 126    * knows about
 127    *
 128    * @return
 129    */
 130   public String getViewerTitle()
 131   {
 132     return getViewerTitle("Jmol", true);
 133   }
 134
 135   /**
 136    * prepare the view for a given set of models/chains. chainList contains strings
 137    * of the form 'pdbfilename:Chaincode'
 138    *
 139    * @deprecated now only used by applet code
 140    */
 141   @Deprecated
 142   public void centerViewer()
 143   {
 144     StringBuilder cmd = new StringBuilder(128);
 145     int mlength, p;
 146     for (String lbl : chainsToShow)
 147     {
 148       mlength = 0;
 149       do
 150       {
 151         p = mlength;
 152         mlength = lbl.indexOf(":", p);
 153       } while (p < mlength && mlength < (lbl.length() - 2));
 154       // TODO: lookup each pdb id and recover proper model number for it.
 155       cmd.append(":" + lbl.substring(mlength + 1) + " /"
 156               + (1 + getModelNum(chainFile.get(lbl))) + " or ");
 157     }
 158     if (cmd.length() > 0)
 159     {
 160       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 161     }
 162     String command = "select *;restrict " + cmd + ";cartoon;center " + cmd;
 163     evalStateCommand(command);
 164   }
 165
 166   public void closeViewer()
 167   {
 168     // remove listeners for all structures in viewer
 169     getSsm().removeStructureViewerListener(this, this.getStructureFiles());
 170     viewer.dispose();
 171     lastCommand = null;
 172     viewer = null;
 173     releaseUIResources();
 174   }
 175
 176   @Override
 177   public void colourByChain()
 178   {
 179     colourBySequence = false;
 180     // TODO: colour by chain should colour each chain distinctly across all
 181     // visible models
 182     // TODO: http://issues.jalview.org/browse/JAL-628
 183     evalStateCommand("select *;color chain");
 184   }
 185
 186   @Override
 187   public void colourByCharge()
 188   {
 189     colourBySequence = false;
 190     evalStateCommand("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 191             + "select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 192   }
 193
 194   /**
 195    * superpose the structures associated with sequences in the alignment
 196    * according to their corresponding positions.
 197    */
 198   public void superposeStructures(AlignmentI alignment)
 199   {
 200     superposeStructures(alignment, -1, null);
 201   }
 202
 203   /**
 204    * superpose the structures associated with sequences in the alignment
 205    * according to their corresponding positions. ded)
 206    *
 207    * @param refStructure
 208    *          - select which pdb file to use as reference (default is -1 - the
 209    *          first structure in the alignment)
 210    */
 211   public void superposeStructures(AlignmentI alignment, int refStructure)
 212   {
 213     superposeStructures(alignment, refStructure, null);
 214   }
 215
 216   /**
 217    * superpose the structures associated with sequences in the alignment
 218    * according to their corresponding positions. ded)
 219    *
 220    * @param refStructure
 221    *          - select which pdb file to use as reference (default is -1 - the
 222    *          first structure in the alignment)
 223    * @param hiddenCols
 224    *          TODO
 225    */
 226   public void superposeStructures(AlignmentI alignment, int refStructure,
 227           HiddenColumns hiddenCols)
 228   {
 229     superposeStructures(new AlignmentI[] { alignment },
 230             new int[]
 231             { refStructure }, new HiddenColumns[] { hiddenCols });
 232   }
 233
 234   /**
 235    * {@inheritDoc}
 236    */
 237   @Override
 238   public String superposeStructures(AlignmentI[] _alignment,
 239           int[] _refStructure, HiddenColumns[] _hiddenCols)
 240   {
 241     while (viewer.isScriptExecuting())
 242     {
 243       try
 244       {
 245         Thread.sleep(10);
 246       } catch (InterruptedException i)
 247       {
 248       }
 249     }
 250
 251     /*
 252      * get the distinct structure files modelled
 253      * (a file with multiple chains may map to multiple sequences)
 254      */
 255     String[] files = getStructureFiles();
 256     if (!waitForFileLoad(files))
 257     {
 258       return null;
 259     }
 260
 261     StringBuilder selectioncom = new StringBuilder(256);
 262     // In principle - nSeconds specifies the speed of animation for each
 263     // superposition - but is seems to behave weirdly, so we don't specify it.
 264     String nSeconds = " ";
 265     if (files.length > 10)
 266     {
 267       nSeconds = " 0.005 ";
 268     }
 269     else
 270     {
 271       nSeconds = " " + (2.0 / files.length) + " ";
 272       // if (nSeconds).substring(0,5)+" ";
 273     }
 274
 275     // see JAL-1345 - should really automatically turn off the animation for
 276     // large numbers of structures, but Jmol doesn't seem to allow that.
 277     // nSeconds = " ";
 278     // union of all aligned positions are collected together.
 279     for (int a = 0; a < _alignment.length; a++)
 280     {
 281       int refStructure = _refStructure[a];
 282       AlignmentI alignment = _alignment[a];
 283       HiddenColumns hiddenCols = _hiddenCols[a];
 284       if (a > 0 && selectioncom.length() > 0 && !selectioncom
 285               .substring(selectioncom.length() - 1).equals("|"))
 286       {
 287         selectioncom.append("|");
 288       }
 289       // process this alignment
 290       if (refStructure >= files.length)
 291       {
 292         System.err.println(
 293                 "Invalid reference structure value " + refStructure);
 294         refStructure = -1;
 295       }
 296
 297       /*
 298        * 'matched' bit j will be set for visible alignment columns j where
 299        * all sequences have a residue with a mapping to the PDB structure
 300        */
 301       BitSet matched = new BitSet();
 302       for (int m = 0; m < alignment.getWidth(); m++)
 303       {
 304         if (hiddenCols == null || hiddenCols.isVisible(m))
 305         {
 306           matched.set(m);
 307         }
 308       }
 309
 310       SuperposeData[] structures = new SuperposeData[files.length];
 311       for (int f = 0; f < files.length; f++)
 312       {
 313         structures[f] = new SuperposeData(alignment.getWidth());
 314       }
 315
 316       /*
 317        * Calculate the superposable alignment columns ('matched'), and the
 318        * corresponding structure residue positions (structures.pdbResNo)
 319        */
 320       int candidateRefStructure = findSuperposableResidues(alignment,
 321               matched, structures);
 322       if (refStructure < 0)
 323       {
 324         /*
 325          * If no reference structure was specified, pick the first one that has
 326          * a mapping in the alignment
 327          */
 328         refStructure = candidateRefStructure;
 329       }
 330
 331       String[] selcom = new String[files.length];
 332       int nmatched = matched.cardinality();
 333       if (nmatched < 4)
 334       {
 335         return (MessageManager.formatMessage("label.insufficient_residues",
 336                 nmatched));
 337       }
 338
 339       /*
 340        * generate select statements to select regions to superimpose structures
 341        */
 342       {
 343         // TODO extract method to construct selection statements
 344         for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 345         {
 346           String chainCd = ":" + structures[pdbfnum].chain;
 347           int lpos = -1;
 348           boolean run = false;
 349           StringBuilder molsel = new StringBuilder();
 350           molsel.append("{");
 351
 352           int nextColumnMatch = matched.nextSetBit(0);
 353           while (nextColumnMatch != -1)
 354           {
 355             int pdbResNo = structures[pdbfnum].pdbResNo[nextColumnMatch];
 356             if (lpos != pdbResNo - 1)
 357             {
 358               // discontinuity
 359               if (lpos != -1)
 360               {
 361                 molsel.append(lpos);
 362                 molsel.append(chainCd);
 363                 molsel.append("|");
 364               }
 365               run = false;
 366             }
 367             else
 368             {
 369               // continuous run - and lpos >-1
 370               if (!run)
 371               {
 372                 // at the beginning, so add dash
 373                 molsel.append(lpos);
 374                 molsel.append("-");
 375               }
 376               run = true;
 377             }
 378             lpos = pdbResNo;
 379             nextColumnMatch = matched.nextSetBit(nextColumnMatch + 1);
 380           }
 381           /*
 382            * add final selection phrase
 383            */
 384           if (lpos != -1)
 385           {
 386             molsel.append(lpos);
 387             molsel.append(chainCd);
 388             molsel.append("}");
 389           }
 390           if (molsel.length() > 1)
 391           {
 392             selcom[pdbfnum] = molsel.toString();
 393             selectioncom.append("((");
 394             selectioncom.append(selcom[pdbfnum].substring(1,
 395                     selcom[pdbfnum].length() - 1));
 396             selectioncom.append(" )& ");
 397             selectioncom.append(pdbfnum + 1);
 398             selectioncom.append(".1)");
 399             if (pdbfnum < files.length - 1)
 400             {
 401               selectioncom.append("|");
 402             }
 403           }
 404           else
 405           {
 406             selcom[pdbfnum] = null;
 407           }
 408         }
 409       }
 410       StringBuilder command = new StringBuilder(256);
 411       // command.append("set spinFps 10;\n");
 412
 413       for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 414       {
 415         if (pdbfnum == refStructure || selcom[pdbfnum] == null
 416                 || selcom[refStructure] == null)
 417         {
 418           continue;
 419         }
 420         command.append("echo ");
 421         command.append("\"Superposing (");
 422         command.append(structures[pdbfnum].pdbId);
 423         command.append(") against reference (");
 424         command.append(structures[refStructure].pdbId);
 425         command.append(")\";\ncompare " + nSeconds);
 426         command.append("{");
 427         command.append(Integer.toString(1 + pdbfnum));
 428         command.append(".1} {");
 429         command.append(Integer.toString(1 + refStructure));
 430         // conformation=1 excludes alternate locations for CA (JAL-1757)
 431         command.append(
 432                 ".1} SUBSET {(*.CA | *.P) and conformation=1} ATOMS ");
 433
 434         // for (int s = 0; s < 2; s++)
 435         // {
 436         // command.append(selcom[(s == 0 ? pdbfnum : refStructure)]);
 437         // }
 438         command.append(selcom[pdbfnum]);
 439         command.append(selcom[refStructure]);
 440         command.append(" ROTATE TRANSLATE;\n");
 441       }
 442       if (selectioncom.length() > 0)
 443       {
 444         // TODO is performing selectioncom redundant here? is done later on
 445         // System.out.println("Select regions:\n" + selectioncom.toString());
 446         evalStateCommand("select *; cartoons off; backbone; select ("
 447                 + selectioncom.toString() + "); cartoons; ");
 448         // selcom.append("; ribbons; ");
 449         String cmdString = command.toString();
 450         // System.out.println("Superimpose command(s):\n" + cmdString);
 451
 452         evalStateCommand(cmdString);
 453       }
 454     }
 455     if (selectioncom.length() > 0)
 456     {// finally, mark all regions that were superposed.
 457       if (selectioncom.substring(selectioncom.length() - 1).equals("|"))
 458       {
 459         selectioncom.setLength(selectioncom.length() - 1);
 460       }
 461       // System.out.println("Select regions:\n" + selectioncom.toString());
 462       evalStateCommand("select *; cartoons off; backbone; select ("
 463               + selectioncom.toString() + "); cartoons; ");
 464       // evalStateCommand("select *; backbone; select "+selcom.toString()+";
 465       // cartoons; center "+selcom.toString());
 466     }
 467
 468     return null;
 469   }
 470
 471   public void evalStateCommand(String command)
 472   {
 473     jmolHistory(false);
 474     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command))
 475     {
 476       viewer.evalStringQuiet(command + "\n");
 477     }
 478     jmolHistory(true);
 479     lastCommand = command;
 480   }
 481
 482   Thread colourby = null;
 483
 484   /**
 485    * Sends a set of colour commands to the structure viewer
 486    *
 487    * @param commands
 488    */
 489   @Override
 490   protected void colourBySequence(final String[] commands)
 491   {
 492     if (colourby != null)
 493     {
 494       colourby.interrupt();
 495       colourby = null;
 496     }
 497     colourby = new Thread(new Runnable()
 498     {
 499       @Override
 500       public void run()
 501       {
 502         for (String cmd : commands)
 503         {
 504           executeWhenReady(cmd);
 505         }
 506       }
 507     });
 508     colourby.start();
 509   }
 510
 511   /**
 512    * @param files
 513    * @param viewPanel
 514    * @return
 515    */
 516   @Override
 517   protected String[] getColourBySequenceCommands(
 518           String[] files, AlignmentViewPanel viewPanel)
 519   {
 520     Map<Object, AtomSpecModel> map = buildColoursMap(viewPanel);
 521
 522     return JmolCommands.getColourBySequenceCommand(map);
 523   }
 524
 525   /**
 526    * @param command
 527    */
 528   protected void executeWhenReady(String command)
 529   {
 530     evalStateCommand(command);
 531   }
 532
 533   public void createImage(String file, String type, int quality)
 534   {
 535     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 536   }
 537
 538   @Override
 539   public String createImage(String fileName, String type,
 540           Object textOrBytes, int quality)
 541   {
 542     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 543     return null;
 544   }
 545
 546   @Override
 547   public String eval(String strEval)
 548   {
 549     // System.out.println(strEval);
 550     // "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 551     return null;
 552   }
 553
 554   // End StructureListener
 555   // //////////////////////////
 556
 557   @Override
 558   public float[][] functionXY(String functionName, int x, int y)
 559   {
 560     return null;
 561   }
 562
 563   @Override
 564   public float[][][] functionXYZ(String functionName, int nx, int ny,
 565           int nz)
 566   {
 567     // TODO Auto-generated method stub
 568     return null;
 569   }
 570
 571   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 572           String pdbfile)
 573   {
 574     if (getModelNum(pdbfile) < 0)
 575     {
 576       return null;
 577     }
 578     // TODO: verify atomIndex is selecting correct model.
 579     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex)); Jmol 12.2.4
 580     int colour = viewer.ms.at[atomIndex].atomPropertyInt(T.color);
 581     return new Color(colour);
 582   }
 583
 584   /**
 585    * instruct the Jalview binding to update the pdbentries vector if necessary
 586    * prior to matching the jmol view's contents to the list of structure files
 587    * Jalview knows about.
 588    */
 589   public abstract void refreshPdbEntries();
 590
 591   private int getModelNum(String modelFileName)
 592   {
 593     String[] mfn = getStructureFiles();
 594     if (mfn == null)
 595     {
 596       return -1;
 597     }
 598     for (int i = 0; i < mfn.length; i++)
 599     {
 600       if (mfn[i].equalsIgnoreCase(modelFileName))
 601       {
 602         return i;
 603       }
 604     }
 605     return -1;
 606   }
 607
 608   /**
 609    * map between index of model filename returned from getPdbFile and the first
 610    * index of models from this file in the viewer. Note - this is not trimmed -
 611    * use getPdbFile to get number of unique models.
 612    */
 613   private int _modelFileNameMap[];
 614
 615   @Override
 616   public synchronized String[] getStructureFiles()
 617   {
 618     List<String> mset = new ArrayList<>();
 619     if (viewer == null)
 620     {
 621       return new String[0];
 622     }
 623
 624     if (modelFileNames == null)
 625     {
 626       int modelCount = viewer.ms.mc;
 627       String filePath = null;
 628       for (int i = 0; i < modelCount; ++i)
 629       {
 630         filePath = viewer.ms.getModelFileName(i);
 631         if (!mset.contains(filePath))
 632         {
 633           mset.add(filePath);
 634         }
 635       }
 636       modelFileNames = mset.toArray(new String[mset.size()]);
 637     }
 638
 639     return modelFileNames;
 640   }
 641
 642   /**
 643    * map from string to applet
 644    */
 645   @Override
 646   public Map<String, Object> getRegistryInfo()
 647   {
 648     // TODO Auto-generated method stub
 649     return null;
 650   }
 651
 652   // ///////////////////////////////
 653   // JmolStatusListener
 654
 655   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 656   {
 657     // jmolpopup.show(x, y);
 658     // jmolpopup.jpiShow(x, y);
 659   }
 660
 661   /**
 662    * Highlight zero, one or more atoms on the structure
 663    */
 664   @Override
 665   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 666   {
 667     if (atoms != null)
 668     {
 669       if (resetLastRes.length() > 0)
 670       {
 671         viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 672         resetLastRes.setLength(0);
 673       }
 674       for (AtomSpec atom : atoms)
 675       {
 676         highlightAtom(atom.getAtomIndex(), atom.getPdbResNum(),
 677                 atom.getChain(), atom.getPdbFile());
 678       }
 679     }
 680   }
 681
 682   // jmol/ssm only
 683   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 684           String pdbfile)
 685   {
 686     if (modelFileNames == null)
 687     {
 688       return;
 689     }
 690
 691     // look up file model number for this pdbfile
 692     int mdlNum = 0;
 693     // may need to adjust for URLencoding here - we don't worry about that yet.
 694     while (mdlNum < modelFileNames.length
 695             && !pdbfile.equals(modelFileNames[mdlNum]))
 696     {
 697       mdlNum++;
 698     }
 699     if (mdlNum == modelFileNames.length)
 700     {
 701       return;
 702     }
 703
 704     jmolHistory(false);
 705
 706     StringBuilder cmd = new StringBuilder(64);
 707     cmd.append("select " + pdbResNum); // +modelNum
 708
 709     resetLastRes.append("select " + pdbResNum); // +modelNum
 710
 711     cmd.append(":");
 712     resetLastRes.append(":");
 713     if (!chain.equals(" "))
 714     {
 715       cmd.append(chain);
 716       resetLastRes.append(chain);
 717     }
 718     {
 719       cmd.append(" /" + (mdlNum + 1));
 720       resetLastRes.append("/" + (mdlNum + 1));
 721     }
 722     cmd.append(";wireframe 100;" + cmd.toString() + " and not hetero;");
 723
 724     resetLastRes.append(";wireframe 0;" + resetLastRes.toString()
 725             + " and not hetero; spacefill 0;");
 726
 727     cmd.append("spacefill 200;select none");
 728
 729     viewer.evalStringQuiet(cmd.toString());
 730     jmolHistory(true);
 731
 732   }
 733
 734   boolean debug = true;
 735
 736   private void jmolHistory(boolean enable)
 737   {
 738     viewer.evalStringQuiet("History " + ((debug || enable) ? "on" : "off"));
 739   }
 740
 741   public void loadInline(String string)
 742   {
 743     loadedInline = true;
 744     // TODO: re JAL-623
 745     // viewer.loadInline(strModel, isAppend);
 746     // could do this:
 747     // construct fake fullPathName and fileName so we can identify the file
 748     // later.
 749     // Then, construct pass a reader for the string to Jmol.
 750     // ((org.jmol.Viewer.Viewer) viewer).loadModelFromFile(fullPathName,
 751     // fileName, null, reader, false, null, null, 0);
 752     viewer.openStringInline(string);
 753   }
 754
 755   protected void mouseOverStructure(int atomIndex, final String strInfo)
 756   {
 757     int pdbResNum;
 758     int alocsep = strInfo.indexOf("^");
 759     int mdlSep = strInfo.indexOf("/");
 760     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":"), chainSeparator1 = -1;
 761
 762     if (chainSeparator == -1)
 763     {
 764       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 765       if (mdlSep > -1 && mdlSep < chainSeparator)
 766       {
 767         chainSeparator1 = chainSeparator;
 768         chainSeparator = mdlSep;
 769       }
 770     }
 771     // handle insertion codes
 772     if (alocsep != -1)
 773     {
 774       pdbResNum = Integer.parseInt(
 775               strInfo.substring(strInfo.indexOf("]") + 1, alocsep));
 776
 777     }
 778     else
 779     {
 780       pdbResNum = Integer.parseInt(
 781               strInfo.substring(strInfo.indexOf("]") + 1, chainSeparator));
 782     }
 783     String chainId;
 784
 785     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 786     {
 787       chainId = strInfo.substring(strInfo.indexOf(":") + 1,
 788               strInfo.indexOf("."));
 789     }
 790     else
 791     {
 792       chainId = " ";
 793     }
 794
 795     String pdbfilename = modelFileNames[frameNo]; // default is first or current
 796     // model
 797     if (mdlSep > -1)
 798     {
 799       if (chainSeparator1 == -1)
 800       {
 801         chainSeparator1 = strInfo.indexOf(".", mdlSep);
 802       }
 803       String mdlId = (chainSeparator1 > -1)
 804               ? strInfo.substring(mdlSep + 1, chainSeparator1)
 805               : strInfo.substring(mdlSep + 1);
 806       try
 807       {
 808         // recover PDB filename for the model hovered over.
 809         int mnumber = Integer.valueOf(mdlId).intValue() - 1;
 810         if (_modelFileNameMap != null)
 811         {
 812           int _mp = _modelFileNameMap.length - 1;
 813
 814           while (mnumber < _modelFileNameMap[_mp])
 815           {
 816             _mp--;
 817           }
 818           pdbfilename = modelFileNames[_mp];
 819         }
 820         else
 821         {
 822           if (mnumber >= 0 && mnumber < modelFileNames.length)
 823           {
 824             pdbfilename = modelFileNames[mnumber];
 825           }
 826
 827           if (pdbfilename == null)
 828           {
 829             pdbfilename = new File(viewer.ms.getModelFileName(mnumber))
 830                     .getAbsolutePath();
 831           }
 832         }
 833       } catch (Exception e)
 834       {
 835       }
 836     }
 837
 838     /*
 839      * highlight position on alignment(s); if some text is returned,
 840      * show this as a second line on the structure hover tooltip
 841      */
 842     String label = getSsm().mouseOverStructure(pdbResNum, chainId,
 843             pdbfilename);
 844     if (label != null)
 845     {
 846       // change comma to pipe separator (newline token for Jmol)
 847       label = label.replace(',', '|');
 848       StringTokenizer toks = new StringTokenizer(strInfo, " ");
 849       StringBuilder sb = new StringBuilder();
 850       sb.append("select ").append(String.valueOf(pdbResNum)).append(":")
 851               .append(chainId).append("/1");
 852       sb.append(";set hoverLabel \"").append(toks.nextToken()).append(" ")
 853               .append(toks.nextToken());
 854       sb.append("|").append(label).append("\"");
 855       evalStateCommand(sb.toString());
 856     }
 857   }
 858
 859   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo, String data)
 860   {
 861     if (strInfo.equals(lastMessage))
 862     {
 863       return;
 864     }
 865     lastMessage = strInfo;
 866     if (data != null)
 867     {
 868       System.err.println("Ignoring additional hover info: " + data
 869               + " (other info: '" + strInfo + "' pos " + atomIndex + ")");
 870     }
 871     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 872   }
 873
 874   /*
 875    * { if (history != null && strStatus != null &&
 876    * !strStatus.equals("Script completed")) { history.append("\n" + strStatus);
 877    * } }
 878    */
 879
 880   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo,
 881           String strData)
 882   {
 883     /**
 884      * this implements the toggle label behaviour copied from the original
 885      * structure viewer, MCView
 886      */
 887     if (strData != null)
 888     {
 889       System.err.println("Ignoring additional pick data string " + strData);
 890     }
 891     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 892     int p = 0;
 893     if (chainSeparator == -1)
 894     {
 895       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 896     }
 897
 898     String picked = strInfo.substring(strInfo.indexOf("]") + 1,
 899             chainSeparator);
 900     String mdlString = "";
 901     if ((p = strInfo.indexOf(":")) > -1)
 902     {
 903       picked += strInfo.substring(p, strInfo.indexOf("."));
 904     }
 905
 906     if ((p = strInfo.indexOf("/")) > -1)
 907     {
 908       mdlString += strInfo.substring(p, strInfo.indexOf(" #"));
 909     }
 910     picked = "((" + picked + ".CA" + mdlString + ")|(" + picked + ".P"
 911             + mdlString + "))";
 912     jmolHistory(false);
 913
 914     if (!atomsPicked.contains(picked))
 915     {
 916       viewer.evalStringQuiet("select " + picked + ";label %n %r:%c");
 917       atomsPicked.addElement(picked);
 918     }
 919     else
 920     {
 921       viewer.evalString("select " + picked + ";label off");
 922       atomsPicked.removeElement(picked);
 923     }
 924     jmolHistory(true);
 925     // TODO: in application this happens
 926     //
 927     // if (scriptWindow != null)
 928     // {
 929     // scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);
 930     // scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");
 931     // }
 932
 933   }
 934
 935   @Override
 936   public void notifyCallback(CBK type, Object[] data)
 937   {
 938     try
 939     {
 940       switch (type)
 941       {
 942       case LOADSTRUCT:
 943         notifyFileLoaded((String) data[1], (String) data[2],
 944                 (String) data[3], (String) data[4],
 945                 ((Integer) data[5]).intValue());
 946
 947         break;
 948       case PICK:
 949         notifyAtomPicked(((Integer) data[2]).intValue(), (String) data[1],
 950                 (String) data[0]);
 951         // also highlight in alignment
 952         // deliberate fall through
 953       case HOVER:
 954         notifyAtomHovered(((Integer) data[2]).intValue(), (String) data[1],
 955                 (String) data[0]);
 956         break;
 957       case SCRIPT:
 958         notifyScriptTermination((String) data[2],
 959                 ((Integer) data[3]).intValue());
 960         break;
 961       case ECHO:
 962         sendConsoleEcho((String) data[1]);
 963         break;
 964       case MESSAGE:
 965         sendConsoleMessage(
 966                 (data == null) ? ((String) null) : (String) data[1]);
 967         break;
 968       case ERROR:
 969         // System.err.println("Ignoring error callback.");
 970         break;
 971       case SYNC:
 972       case RESIZE:
 973         refreshGUI();
 974         break;
 975       case MEASURE:
 976
 977       case CLICK:
 978       default:
 979         System.err.println(
 980                 "Unhandled callback " + type + " " + data[1].toString());
 981         break;
 982       }
 983     } catch (Exception e)
 984     {
 985       System.err.println("Squashed Jmol callback handler error:");
 986       e.printStackTrace();
 987     }
 988   }
 989
 990   @Override
 991   public boolean notifyEnabled(CBK callbackPick)
 992   {
 993     switch (callbackPick)
 994     {
 995     case ECHO:
 996     case LOADSTRUCT:
 997     case MEASURE:
 998     case MESSAGE:
 999     case PICK:
1000     case SCRIPT:
1001     case HOVER:
1002     case ERROR:
1003       return true;
1004     default:
1005       return false;
1006     }
1007   }
1008
1009   // incremented every time a load notification is successfully handled -
1010   // lightweight mechanism for other threads to detect when they can start
1011   // referrring to new structures.
1012   private long loadNotifiesHandled = 0;
1013
1014   public long getLoadNotifiesHandled()
1015   {
1016     return loadNotifiesHandled;
1017   }
1018
1019   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName2,
1020           String modelName, String errorMsg, int modelParts)
1021   {
1022     if (errorMsg != null)
1023     {
1024       fileLoadingError = errorMsg;
1025       refreshGUI();
1026       return;
1027     }
1028     // TODO: deal sensibly with models loaded inLine:
1029     // modelName will be null, as will fullPathName.
1030
1031     // the rest of this routine ignores the arguments, and simply interrogates
1032     // the Jmol view to find out what structures it contains, and adds them to
1033     // the structure selection manager.
1034     fileLoadingError = null;
1035     String[] oldmodels = modelFileNames;
1036     modelFileNames = null;
1037     chainNames = new ArrayList<>();
1038     chainFile = new Hashtable<>();
1039     boolean notifyLoaded = false;
1040     String[] modelfilenames = getStructureFiles();
1041     // first check if we've lost any structures
1042     if (oldmodels != null && oldmodels.length > 0)
1043     {
1044       int oldm = 0;
1045       for (int i = 0; i < oldmodels.length; i++)
1046       {
1047         for (int n = 0; n < modelfilenames.length; n++)
1048         {
1049           if (modelfilenames[n] == oldmodels[i])
1050           {
1051             oldmodels[i] = null;
1052             break;
1053           }
1054         }
1055         if (oldmodels[i] != null)
1056         {
1057           oldm++;
1058         }
1059       }
1060       if (oldm > 0)
1061       {
1062         String[] oldmfn = new String[oldm];
1063         oldm = 0;
1064         for (int i = 0; i < oldmodels.length; i++)
1065         {
1066           if (oldmodels[i] != null)
1067           {
1068             oldmfn[oldm++] = oldmodels[i];
1069           }
1070         }
1071         // deregister the Jmol instance for these structures - we'll add
1072         // ourselves again at the end for the current structure set.
1073         getSsm().removeStructureViewerListener(this, oldmfn);
1074       }
1075     }
1076     refreshPdbEntries();
1077     for (int modelnum = 0; modelnum < modelfilenames.length; modelnum++)
1078     {
1079       String fileName = modelfilenames[modelnum];
1080       boolean foundEntry = false;
1081       StructureFile pdb = null;
1082       String pdbfile = null;
1083       // model was probably loaded inline - so check the pdb file hashcode
1084       if (loadedInline)
1085       {
1086         // calculate essential attributes for the pdb data imported inline.
1087         // prolly need to resolve modelnumber properly - for now just use our
1088         // 'best guess'
1089         pdbfile = viewer.getData(
1090                 "" + (1 + _modelFileNameMap[modelnum]) + ".0", "PDB");
1091       }
1092       // search pdbentries and sequences to find correct pdbentry for this
1093       // model
1094       for (int pe = 0; pe < getPdbCount(); pe++)
1095       {
1096         boolean matches = false;
1097         addSequence(pe, getSequence()[pe]);
1098         if (fileName == null)
1099         {
1100           if (false)
1101           // see JAL-623 - need method of matching pasted data up
1102           {
1103             pdb = getSsm().setMapping(getSequence()[pe], getChains()[pe],
1104                     pdbfile, DataSourceType.PASTE,
1105                     getIProgressIndicator());
1106             getPdbEntry(modelnum).setFile("INLINE" + pdb.getId());
1107             matches = true;
1108             foundEntry = true;
1109           }
1110         }
1111         else
1112         {
1113           File fl = new File(getPdbEntry(pe).getFile());
1114           matches = fl.equals(new File(fileName));
1115           if (matches)
1116           {
1117             foundEntry = true;
1118             // TODO: Jmol can in principle retrieve from CLASSLOADER but
1119             // this
1120             // needs
1121             // to be tested. See mantis bug
1122             // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36605
1123             DataSourceType protocol = DataSourceType.URL;
1124             try
1125             {
1126               if (fl.exists())
1127               {
1128                 protocol = DataSourceType.FILE;
1129               }
1130             } catch (Exception e)
1131             {
1132             } catch (Error e)
1133             {
1134             }
1135             // Explicitly map to the filename used by Jmol ;
1136             pdb = getSsm().setMapping(getSequence()[pe], getChains()[pe],
1137                     fileName, protocol, getIProgressIndicator());
1138             // pdbentry[pe].getFile(), protocol);
1139
1140           }
1141         }
1142         if (matches)
1143         {
1144           // add an entry for every chain in the model
1145           for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
1146           {
1147             String chid = new String(
1148                     pdb.getId() + ":" + pdb.getChains().elementAt(i).id);
1149             chainFile.put(chid, fileName);
1150             chainNames.add(chid);
1151           }
1152           notifyLoaded = true;
1153         }
1154       }
1155
1156       if (!foundEntry && associateNewStructs)
1157       {
1158         // this is a foreign pdb file that jalview doesn't know about - add
1159         // it to the dataset and try to find a home - either on a matching
1160         // sequence or as a new sequence.
1161         String pdbcontent = viewer.getData("/" + (modelnum + 1) + ".1",
1162                 "PDB");
1163         // parse pdb file into a chain, etc.
1164         // locate best match for pdb in associated views and add mapping to
1165         // ssm
1166         // if properly registered then
1167         notifyLoaded = true;
1168
1169       }
1170     }
1171     // FILE LOADED OK
1172     // so finally, update the jmol bits and pieces
1173     // if (jmolpopup != null)
1174     // {
1175     // // potential for deadlock here:
1176     // // jmolpopup.updateComputedMenus();
1177     // }
1178     if (!isLoadingFromArchive())
1179     {
1180       viewer.evalStringQuiet(
1181               "model *; select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
1182     }
1183     // register ourselves as a listener and notify the gui that it needs to
1184     // update itself.
1185     getSsm().addStructureViewerListener(this);
1186     if (notifyLoaded)
1187     {
1188       FeatureRenderer fr = getFeatureRenderer(null);
1189       if (fr != null)
1190       {
1191         fr.featuresAdded();
1192       }
1193       refreshGUI();
1194       loadNotifiesHandled++;
1195     }
1196     setLoadingFromArchive(false);
1197   }
1198
1199   @Override
1200   public List<String> getChainNames()
1201   {
1202     return chainNames;
1203   }
1204
1205   protected IProgressIndicator getIProgressIndicator()
1206   {
1207     return null;
1208   }
1209
1210   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
1211   {
1212     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure, null);
1213   }
1214
1215   public abstract void notifyScriptTermination(String strStatus,
1216           int msWalltime);
1217
1218   /**
1219    * display a message echoed from the jmol viewer
1220    *
1221    * @param strEcho
1222    */
1223   public abstract void sendConsoleEcho(String strEcho); /*
1224                                                          * { showConsole(true);
1225                                                          *
1226                                                          * history.append("\n" +
1227                                                          * strEcho); }
1228                                                          */
1229
1230   // /End JmolStatusListener
1231   // /////////////////////////////
1232
1233   /**
1234    * @param strStatus
1235    *          status message - usually the response received after a script
1236    *          executed
1237    */
1238   public abstract void sendConsoleMessage(String strStatus);
1239
1240   @Override
1241   public void setCallbackFunction(String callbackType,
1242           String callbackFunction)
1243   {
1244     System.err.println("Ignoring set-callback request to associate "
1245             + callbackType + " with function " + callbackFunction);
1246
1247   }
1248
1249   @Override
1250   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
1251   {
1252     colourBySequence = false;
1253
1254     if (cs == null)
1255     {
1256       return;
1257     }
1258
1259     jmolHistory(false);
1260     StringBuilder command = new StringBuilder(128);
1261     command.append("select *;color white;");
1262     List<String> residueSet = ResidueProperties.getResidues(isNucleotide(),
1263             false);
1264     for (String resName : residueSet)
1265     {
1266       char res = resName.length() == 3
1267               ? ResidueProperties.getSingleCharacterCode(resName)
1268               : resName.charAt(0);
1269       Color col = cs.findColour(res, 0, null, null, 0f);
1270       command.append("select " + resName + ";color[" + col.getRed() + ","
1271               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
1272     }
1273
1274     evalStateCommand(command.toString());
1275     jmolHistory(true);
1276   }
1277
1278   public void showHelp()
1279   {
1280     showUrl("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/", "jmolHelp");
1281   }
1282
1283   /**
1284    * open the URL somehow
1285    *
1286    * @param target
1287    */
1288   public abstract void showUrl(String url, String target);
1289
1290   /**
1291    * called when the binding thinks the UI needs to be refreshed after a Jmol
1292    * state change. this could be because structures were loaded, or because an
1293    * error has occured.
1294    */
1295   public abstract void refreshGUI();
1296
1297   /**
1298    * called to show or hide the associated console window container.
1299    *
1300    * @param show
1301    */
1302   public abstract void showConsole(boolean show);
1303
1304   /**
1305    * @param renderPanel
1306    * @param jmolfileio
1307    *          - when true will initialise jmol's file IO system (should be false
1308    *          in applet context)
1309    * @param htmlName
1310    * @param documentBase
1311    * @param codeBase
1312    * @param commandOptions
1313    */
1314   public void allocateViewer(Container renderPanel, boolean jmolfileio,
1315           String htmlName, URL documentBase, URL codeBase,
1316           String commandOptions)
1317   {
1318     allocateViewer(renderPanel, jmolfileio, htmlName, documentBase,
1319             codeBase, commandOptions, null, null);
1320   }
1321
1322   /**
1323    *
1324    * @param renderPanel
1325    * @param jmolfileio
1326    *          - when true will initialise jmol's file IO system (should be false
1327    *          in applet context)
1328    * @param htmlName
1329    * @param documentBase
1330    * @param codeBase
1331    * @param commandOptions
1332    * @param consolePanel
1333    *          - panel to contain Jmol console
1334    * @param buttonsToShow
1335    *          - buttons to show on the console, in ordr
1336    */
1337   public void allocateViewer(Container renderPanel, boolean jmolfileio,
1338           String htmlName, URL documentBase, URL codeBase,
1339           String commandOptions, final Container consolePanel,
1340           String buttonsToShow)
1341   {
1342     if (commandOptions == null)
1343     {
1344       commandOptions = "";
1345     }
1346     viewer = (Viewer) JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,
1347             (jmolfileio ? new SmarterJmolAdapter() : null),
1348             htmlName + ((Object) this).toString(), documentBase, codeBase,
1349             commandOptions, this);
1350
1351     viewer.setJmolStatusListener(this); // extends JmolCallbackListener
1352
1353     console = createJmolConsole(consolePanel, buttonsToShow);
1354     if (consolePanel != null)
1355     {
1356       consolePanel.addComponentListener(this);
1357
1358     }
1359
1360   }
1361
1362   protected abstract JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
1363           Container consolePanel, String buttonsToShow);
1364
1365   protected org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface console = null;
1366
1367   @Override
1368   public void setBackgroundColour(java.awt.Color col)
1369   {
1370     jmolHistory(false);
1371     viewer.evalStringQuiet("background [" + col.getRed() + ","
1372             + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
1373     jmolHistory(true);
1374   }
1375
1376   @Override
1377   public int[] resizeInnerPanel(String data)
1378   {
1379     // Jalview doesn't honour resize panel requests
1380     return null;
1381   }
1382
1383   /**
1384    *
1385    */
1386   protected void closeConsole()
1387   {
1388     if (console != null)
1389     {
1390       try
1391       {
1392         console.setVisible(false);
1393       } catch (Error e)
1394       {
1395       } catch (Exception x)
1396       {
1397       }
1398       ;
1399       console = null;
1400     }
1401   }
1402
1403   /**
1404    * ComponentListener method
1405    */
1406   @Override
1407   public void componentMoved(ComponentEvent e)
1408   {
1409   }
1410
1411   /**
1412    * ComponentListener method
1413    */
1414   @Override
1415   public void componentResized(ComponentEvent e)
1416   {
1417   }
1418
1419   /**
1420    * ComponentListener method
1421    */
1422   @Override
1423   public void componentShown(ComponentEvent e)
1424   {
1425     showConsole(true);
1426   }
1427
1428   /**
1429    * ComponentListener method
1430    */
1431   @Override
1432   public void componentHidden(ComponentEvent e)
1433   {
1434     showConsole(false);
1435   }
1436
1437   @Override
1438   public void showStructures(AlignViewportI av, boolean refocus)
1439   {
1440     StringBuilder cmd = new StringBuilder(128);
1441
1442     if (isShowAlignmentOnly())
1443     {
1444       cmd.append("hide *;");
1445
1446       AtomSpecModel model = getShownResidues(av);
1447       String atomSpec = JmolCommands.getAtomSpec(model);
1448
1449       cmd.append("display ").append(atomSpec);
1450     }
1451     else
1452     {
1453       cmd.append("display *");
1454     }
1455     cmd.append("; cartoon");
1456     if (refocus)
1457     {
1458       cmd.append("; zoom 0");
1459     }
1460     evalStateCommand(cmd.toString());
1461   }
1462
1463   /**
1464    * Answers a Jmol syntax style structure model specification. Model number 0, 1,
1465    * 2... is formatted as "1.1", "2.1", "3.1" etc.
1466    */
1467   @Override
1468   public String getModelSpec(int model)
1469   {
1470     return String.valueOf(model + 1) + ".1";
1471   }
1472 }