src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.bin.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class AlignViewport\r
  41 {\r
  42     int startRes;\r
  43     int endRes;\r
  44     int startSeq;\r
  45     int endSeq;\r
  46     boolean showFullId = false;\r
  47     boolean showText = true;\r
  48     boolean showColourText = false;\r
  49     boolean showBoxes = true;\r
  50     boolean wrapAlignment = false;\r
  51     boolean renderGaps = true;\r
  52     boolean showSequenceFeatures = false;\r
  53     boolean showAnnotation = true;\r
  54     boolean showConservation = true;\r
  55     boolean showQuality = true;\r
  56     boolean showIdentity = true;\r
  57     boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  58     ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  59     boolean conservationColourSelected = false;\r
  60     boolean abovePIDThreshold = false;\r
  61     SequenceGroup selectionGroup;\r
  62     int charHeight;\r
  63     int charWidth;\r
  64     int chunkWidth;\r
  65     int chunkHeight;\r
  66     Font font = new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 10);\r
  67     AlignmentI alignment;\r
  68     ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  69     int threshold;\r
  70     int increment;\r
  71     NJTree currentTree = null;\r
  72     boolean scaleAboveWrapped = false;\r
  73     boolean scaleLeftWrapped = true;\r
  74     boolean scaleRightWrapped = true;\r
  75 \r
  76     /** DOCUMENT ME!! */\r
  77     public Vector vconsensus;\r
  78     AlignmentAnnotation consensus;\r
  79     AlignmentAnnotation conservation;\r
  80     AlignmentAnnotation quality;\r
  81 \r
  82     /** DOCUMENT ME!! */\r
  83     public int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!\r
  84 \r
  85     // JBPNote Prolly only need this in the applet version.\r
  86     private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(this);\r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * Creates a new AlignViewport object.\r
  90      *\r
  91      * @param al DOCUMENT ME!\r
  92      */\r
  93     public AlignViewport(AlignmentI al)\r
  94     {\r
  95         setAlignment(al);\r
  96         this.startRes = 0;\r
  97         this.endRes = al.getWidth() - 1;\r
  98         this.startSeq = 0;\r
  99         this.endSeq = al.getHeight() - 1;\r
 100 \r
 101         updateFromPreferences();\r
 102     }\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * DOCUMENT ME!\r
 106      */\r
 107     public void updateFromPreferences()\r
 108     {\r
 109       showFullId = Cache.getDefault("SHOW_FULL_ID", true);\r
 110       showAnnotation = Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true);\r
 111       showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);\r
 112 \r
 113       showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);\r
 114       showIdentity = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);\r
 115 \r
 116        String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");\r
 117        String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "") ;\r
 118        String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");\r
 119 \r
 120        int style = 0;\r
 121 \r
 122        if (fontStyle.equals("bold"))\r
 123        {\r
 124          style = 1;\r
 125        }\r
 126        else if (fontStyle.equals("italic"))\r
 127        {\r
 128          style = 2;\r
 129        }\r
 130 \r
 131        setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)));\r
 132 \r
 133 \r
 134        alignment.setGapCharacter( Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0) );\r
 135 \r
 136 \r
 137         // We must set conservation and consensus before setting colour,\r
 138         // as Blosum and Clustal require this to be done\r
 139         updateConservation();\r
 140         updateConsensus();\r
 141 \r
 142         if (jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR") != null)\r
 143         {\r
 144           globalColourScheme = ColourSchemeProperty.getColour(alignment,\r
 145               jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR"));\r
 146 \r
 147             if (globalColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
 148             {\r
 149                 globalColourScheme = UserDefinedColours.loadDefaultColours();\r
 150             }\r
 151 \r
 152             if (globalColourScheme != null)\r
 153             {\r
 154                 globalColourScheme.setConsensus(vconsensus);\r
 155             }\r
 156         }\r
 157     }\r
 158 \r
 159 \r
 160 \r
 161     /**\r
 162      * DOCUMENT ME!\r
 163      *\r
 164      * @param b DOCUMENT ME!\r
 165      */\r
 166     public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
 167     {\r
 168         showSequenceFeatures = b;\r
 169     }\r
 170 \r
 171     /**\r
 172      * DOCUMENT ME!\r
 173      */\r
 174     public void updateConservation()\r
 175     {\r
 176         Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
 177                 jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,\r
 178                 alignment.getSequences(), 0, alignment.getWidth() - 1);\r
 179         cons.calculate();\r
 180         cons.verdict(false, ConsPercGaps);\r
 181         cons.findQuality();\r
 182 \r
 183         int alWidth = alignment.getWidth();\r
 184         Annotation[] annotations = new Annotation[alWidth];\r
 185         Annotation[] qannotations = new Annotation[alWidth];\r
 186         String sequence = cons.getConsSequence().getSequence();\r
 187         float minR;\r
 188         float minG;\r
 189         float minB;\r
 190         float maxR;\r
 191         float maxG;\r
 192         float maxB;\r
 193         minR = 0.3f;\r
 194         minG = 0.0f;\r
 195         minB = 0f;\r
 196         maxR = 1.0f - minR;\r
 197         maxG = 0.9f - minG;\r
 198         maxB = 0f - minB; // scalable range for colouring both Conservation and Quality\r
 199 \r
 200         float min = 0f;\r
 201         float max = 11f;\r
 202         float qmin = cons.qualityRange[0].floatValue();\r
 203         float qmax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 204 \r
 205         for (int i = 0; i < alWidth; i++)\r
 206         {\r
 207             float value = 0;\r
 208 \r
 209             try\r
 210             {\r
 211                 value = Integer.parseInt(sequence.charAt(i) + "");\r
 212             }\r
 213             catch (Exception ex)\r
 214             {\r
 215                 if (sequence.charAt(i) == '*')\r
 216                 {\r
 217                     value = 11;\r
 218                 }\r
 219 \r
 220                 if (sequence.charAt(i) == '+')\r
 221                 {\r
 222                     value = 10;\r
 223                 }\r
 224             }\r
 225 \r
 226             float vprop = value - min;\r
 227             vprop /= max;\r
 228             annotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 229                     String.valueOf(value), ' ', value,\r
 230                     new Color(minR + (maxR * vprop), minG + (maxG * vprop),\r
 231                         minB + (maxB * vprop)));\r
 232 \r
 233             // Quality calc\r
 234             value = ((Double) cons.quality.get(i)).floatValue();\r
 235             vprop = value - qmin;\r
 236             vprop /= qmax;\r
 237             qannotations[i] = new Annotation(" ", String.valueOf(value), ' ',\r
 238                     value,\r
 239                     new Color(minR + (maxR * vprop), minG + (maxG * vprop),\r
 240                         minB + (maxB * vprop)));\r
 241         }\r
 242 \r
 243         if (conservation == null)\r
 244         {\r
 245             conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",\r
 246                     "Conservation of total alignment less than " +\r
 247                     ConsPercGaps + "% gaps", annotations, 0f, // cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 248                     11f, // cons.qualityRange[1].floatValue()\r
 249                     1);\r
 250 \r
 251             if (showConservation)\r
 252             {\r
 253                 alignment.addAnnotation(conservation);\r
 254             }\r
 255 \r
 256             quality = new AlignmentAnnotation("Quality",\r
 257                     "Alignment Quality based on Blosum62 scores", qannotations,\r
 258                     cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 259                     cons.qualityRange[1].floatValue(), 1);\r
 260 \r
 261             if (showQuality)\r
 262             {\r
 263                 alignment.addAnnotation(quality);\r
 264             }\r
 265         }\r
 266         else\r
 267         {\r
 268             conservation.annotations = annotations;\r
 269             quality.annotations = qannotations;\r
 270             quality.graphMax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 271         }\r
 272     }\r
 273 \r
 274     /**\r
 275      * DOCUMENT ME!\r
 276      */\r
 277     public void updateConsensus()\r
 278     {\r
 279         Annotation[] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
 280 \r
 281         // this routine prevents vconsensus becoming a new object each time\r
 282         // consenus is calculated. Important for speed of Blosum62\r
 283         // and PID colouring of alignment\r
 284         if (vconsensus == null)\r
 285         {\r
 286             vconsensus = alignment.getAAFrequency();\r
 287         }\r
 288         else\r
 289         {\r
 290             Vector temp = alignment.getAAFrequency();\r
 291             vconsensus.clear();\r
 292 \r
 293             Enumeration e = temp.elements();\r
 294 \r
 295             while (e.hasMoreElements())\r
 296             {\r
 297                 vconsensus.add(e.nextElement());\r
 298             }\r
 299         }\r
 300 \r
 301         Hashtable hash = null;\r
 302 \r
 303         for (int i = 0; i < alignment.getWidth(); i++)\r
 304         {\r
 305             hash = (Hashtable) vconsensus.elementAt(i);\r
 306 \r
 307             float value = Float.parseFloat(hash.get("maxCount").toString());\r
 308             value /= Float.parseFloat(hash.get("size").toString());\r
 309 \r
 310             value *= 100;\r
 311 \r
 312             String maxRes = hash.get("maxResidue") + " ";\r
 313             String mouseOver = hash.get("maxResidue") + " ";\r
 314 \r
 315             if (maxRes.length() > 2)\r
 316             {\r
 317                 mouseOver = "[" + maxRes + "] ";\r
 318                 maxRes = "+ ";\r
 319             }\r
 320 \r
 321             mouseOver += ((int) value + "%");\r
 322             annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 323         }\r
 324 \r
 325         if (consensus == null)\r
 326         {\r
 327             consensus = new AlignmentAnnotation("Consensus", "PID",\r
 328                     annotations, 0f, 100f, 1);\r
 329 \r
 330             if (showIdentity)\r
 331             {\r
 332                 alignment.addAnnotation(consensus);\r
 333             }\r
 334         }\r
 335         else\r
 336         {\r
 337             consensus.annotations = annotations;\r
 338         }\r
 339     }\r
 340 \r
 341     /**\r
 342      * DOCUMENT ME!\r
 343      *\r
 344      * @return DOCUMENT ME!\r
 345      */\r
 346     public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 347     {\r
 348         return selectionGroup;\r
 349     }\r
 350 \r
 351     /**\r
 352      * DOCUMENT ME!\r
 353      *\r
 354      * @param sg DOCUMENT ME!\r
 355      */\r
 356     public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 357     {\r
 358         selectionGroup = sg;\r
 359     }\r
 360 \r
 361     /**\r
 362      * DOCUMENT ME!\r
 363      *\r
 364      * @return DOCUMENT ME!\r
 365      */\r
 366     public boolean getConservationSelected()\r
 367     {\r
 368         return conservationColourSelected;\r
 369     }\r
 370 \r
 371     /**\r
 372      * DOCUMENT ME!\r
 373      *\r
 374      * @param b DOCUMENT ME!\r
 375      */\r
 376     public void setConservationSelected(boolean b)\r
 377     {\r
 378         conservationColourSelected = b;\r
 379     }\r
 380 \r
 381     /**\r
 382      * DOCUMENT ME!\r
 383      *\r
 384      * @return DOCUMENT ME!\r
 385      */\r
 386     public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 387     {\r
 388         return abovePIDThreshold;\r
 389     }\r
 390 \r
 391     /**\r
 392      * DOCUMENT ME!\r
 393      *\r
 394      * @param b DOCUMENT ME!\r
 395      */\r
 396     public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 397     {\r
 398         abovePIDThreshold = b;\r
 399     }\r
 400 \r
 401     /**\r
 402      * DOCUMENT ME!\r
 403      *\r
 404      * @return DOCUMENT ME!\r
 405      */\r
 406     public int getStartRes()\r
 407     {\r
 408         return startRes;\r
 409     }\r
 410 \r
 411     /**\r
 412      * DOCUMENT ME!\r
 413      *\r
 414      * @return DOCUMENT ME!\r
 415      */\r
 416     public int getEndRes()\r
 417     {\r
 418         return endRes;\r
 419     }\r
 420 \r
 421     /**\r
 422      * DOCUMENT ME!\r
 423      *\r
 424      * @return DOCUMENT ME!\r
 425      */\r
 426     public int getStartSeq()\r
 427     {\r
 428         return startSeq;\r
 429     }\r
 430 \r
 431     /**\r
 432      * DOCUMENT ME!\r
 433      *\r
 434      * @param cs DOCUMENT ME!\r
 435      */\r
 436     public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 437     {\r
 438         globalColourScheme = cs;\r
 439     }\r
 440 \r
 441     /**\r
 442      * DOCUMENT ME!\r
 443      *\r
 444      * @return DOCUMENT ME!\r
 445      */\r
 446     public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 447     {\r
 448         return globalColourScheme;\r
 449     }\r
 450 \r
 451     /**\r
 452      * DOCUMENT ME!\r
 453      *\r
 454      * @param res DOCUMENT ME!\r
 455      */\r
 456     public void setStartRes(int res)\r
 457     {\r
 458         this.startRes = res;\r
 459     }\r
 460 \r
 461     /**\r
 462      * DOCUMENT ME!\r
 463      *\r
 464      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 465      */\r
 466     public void setStartSeq(int seq)\r
 467     {\r
 468         this.startSeq = seq;\r
 469     }\r
 470 \r
 471     /**\r
 472      * DOCUMENT ME!\r
 473      *\r
 474      * @param res DOCUMENT ME!\r
 475      */\r
 476     public void setEndRes(int res)\r
 477     {\r
 478         if (res > (alignment.getWidth() - 1))\r
 479         {\r
 480             // log.System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 481             res = alignment.getWidth() - 1;\r
 482         }\r
 483 \r
 484         if (res < 0)\r
 485         {\r
 486             res = 0;\r
 487         }\r
 488 \r
 489         this.endRes = res;\r
 490     }\r
 491 \r
 492     /**\r
 493      * DOCUMENT ME!\r
 494      *\r
 495      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 496      */\r
 497     public void setEndSeq(int seq)\r
 498     {\r
 499         if (seq > alignment.getHeight())\r
 500         {\r
 501             seq = alignment.getHeight();\r
 502         }\r
 503 \r
 504         if (seq < 0)\r
 505         {\r
 506             seq = 0;\r
 507         }\r
 508 \r
 509         this.endSeq = seq;\r
 510     }\r
 511 \r
 512     /**\r
 513      * DOCUMENT ME!\r
 514      *\r
 515      * @return DOCUMENT ME!\r
 516      */\r
 517     public int getEndSeq()\r
 518     {\r
 519         return endSeq;\r
 520     }\r
 521 \r
 522     /**\r
 523      * DOCUMENT ME!\r
 524      *\r
 525      * @param f DOCUMENT ME!\r
 526      */\r
 527     public void setFont(Font f)\r
 528     {\r
 529         font = f;\r
 530 \r
 531         Container c = new Container();\r
 532 \r
 533         java.awt.FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);\r
 534         setCharHeight(fm.getHeight());\r
 535         setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 536     }\r
 537 \r
 538     /**\r
 539      * DOCUMENT ME!\r
 540      *\r
 541      * @return DOCUMENT ME!\r
 542      */\r
 543     public Font getFont()\r
 544     {\r
 545         return font;\r
 546     }\r
 547 \r
 548     /**\r
 549      * DOCUMENT ME!\r
 550      *\r
 551      * @param w DOCUMENT ME!\r
 552      */\r
 553     public void setCharWidth(int w)\r
 554     {\r
 555         this.charWidth = w;\r
 556     }\r
 557 \r
 558     /**\r
 559      * DOCUMENT ME!\r
 560      *\r
 561      * @return DOCUMENT ME!\r
 562      */\r
 563     public int getCharWidth()\r
 564     {\r
 565         return charWidth;\r
 566     }\r
 567 \r
 568     /**\r
 569      * DOCUMENT ME!\r
 570      *\r
 571      * @param h DOCUMENT ME!\r
 572      */\r
 573     public void setCharHeight(int h)\r
 574     {\r
 575         this.charHeight = h;\r
 576     }\r
 577 \r
 578     /**\r
 579      * DOCUMENT ME!\r
 580      *\r
 581      * @return DOCUMENT ME!\r
 582      */\r
 583     public int getCharHeight()\r
 584     {\r
 585         return charHeight;\r
 586     }\r
 587 \r
 588     /**\r
 589      * DOCUMENT ME!\r
 590      *\r
 591      * @param w DOCUMENT ME!\r
 592      */\r
 593     public void setChunkWidth(int w)\r
 594     {\r
 595         this.chunkWidth = w;\r
 596     }\r
 597 \r
 598     /**\r
 599      * DOCUMENT ME!\r
 600      *\r
 601      * @return DOCUMENT ME!\r
 602      */\r
 603     public int getChunkWidth()\r
 604     {\r
 605         return chunkWidth;\r
 606     }\r
 607 \r
 608     /**\r
 609      * DOCUMENT ME!\r
 610      *\r
 611      * @param h DOCUMENT ME!\r
 612      */\r
 613     public void setChunkHeight(int h)\r
 614     {\r
 615         this.chunkHeight = h;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     /**\r
 619      * DOCUMENT ME!\r
 620      *\r
 621      * @return DOCUMENT ME!\r
 622      */\r
 623     public int getChunkHeight()\r
 624     {\r
 625         return chunkHeight;\r
 626     }\r
 627 \r
 628     /**\r
 629      * DOCUMENT ME!\r
 630      *\r
 631      * @return DOCUMENT ME!\r
 632      */\r
 633     public AlignmentI getAlignment()\r
 634     {\r
 635         return alignment;\r
 636     }\r
 637 \r
 638     /**\r
 639      * DOCUMENT ME!\r
 640      *\r
 641      * @param align DOCUMENT ME!\r
 642      */\r
 643     public void setAlignment(AlignmentI align)\r
 644     {\r
 645         this.alignment = align;\r
 646     }\r
 647 \r
 648     /**\r
 649      * DOCUMENT ME!\r
 650      *\r
 651      * @param state DOCUMENT ME!\r
 652      */\r
 653     public void setWrapAlignment(boolean state)\r
 654     {\r
 655         wrapAlignment = state;\r
 656     }\r
 657 \r
 658     /**\r
 659      * DOCUMENT ME!\r
 660      *\r
 661      * @param state DOCUMENT ME!\r
 662      */\r
 663     public void setShowText(boolean state)\r
 664     {\r
 665         showText = state;\r
 666     }\r
 667 \r
 668     /**\r
 669      * DOCUMENT ME!\r
 670      *\r
 671      * @param state DOCUMENT ME!\r
 672      */\r
 673     public void setRenderGaps(boolean state)\r
 674     {\r
 675         renderGaps = state;\r
 676     }\r
 677 \r
 678     /**\r
 679      * DOCUMENT ME!\r
 680      *\r
 681      * @return DOCUMENT ME!\r
 682      */\r
 683     public boolean getColourText()\r
 684     {\r
 685         return showColourText;\r
 686     }\r
 687 \r
 688     /**\r
 689      * DOCUMENT ME!\r
 690      *\r
 691      * @param state DOCUMENT ME!\r
 692      */\r
 693     public void setColourText(boolean state)\r
 694     {\r
 695         showColourText = state;\r
 696     }\r
 697 \r
 698     /**\r
 699      * DOCUMENT ME!\r
 700      *\r
 701      * @param state DOCUMENT ME!\r
 702      */\r
 703     public void setShowBoxes(boolean state)\r
 704     {\r
 705         showBoxes = state;\r
 706     }\r
 707 \r
 708     /**\r
 709      * DOCUMENT ME!\r
 710      *\r
 711      * @return DOCUMENT ME!\r
 712      */\r
 713     public boolean getWrapAlignment()\r
 714     {\r
 715         return wrapAlignment;\r
 716     }\r
 717 \r
 718     /**\r
 719      * DOCUMENT ME!\r
 720      *\r
 721      * @return DOCUMENT ME!\r
 722      */\r
 723     public boolean getShowText()\r
 724     {\r
 725         return showText;\r
 726     }\r
 727 \r
 728     /**\r
 729      * DOCUMENT ME!\r
 730      *\r
 731      * @return DOCUMENT ME!\r
 732      */\r
 733     public boolean getShowBoxes()\r
 734     {\r
 735         return showBoxes;\r
 736     }\r
 737 \r
 738     /**\r
 739      * DOCUMENT ME!\r
 740      *\r
 741      * @return DOCUMENT ME!\r
 742      */\r
 743     public char getGapCharacter()\r
 744     {\r
 745         return getAlignment().getGapCharacter();\r
 746     }\r
 747 \r
 748     /**\r
 749      * DOCUMENT ME!\r
 750      *\r
 751      * @param gap DOCUMENT ME!\r
 752      */\r
 753     public void setGapCharacter(char gap)\r
 754     {\r
 755         if (getAlignment() != null)\r
 756         {\r
 757             getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 758         }\r
 759     }\r
 760 \r
 761     /**\r
 762      * DOCUMENT ME!\r
 763      *\r
 764      * @param thresh DOCUMENT ME!\r
 765      */\r
 766     public void setThreshold(int thresh)\r
 767     {\r
 768         threshold = thresh;\r
 769     }\r
 770 \r
 771     /**\r
 772      * DOCUMENT ME!\r
 773      *\r
 774      * @return DOCUMENT ME!\r
 775      */\r
 776     public int getThreshold()\r
 777     {\r
 778         return threshold;\r
 779     }\r
 780 \r
 781     /**\r
 782      * DOCUMENT ME!\r
 783      *\r
 784      * @param inc DOCUMENT ME!\r
 785      */\r
 786     public void setIncrement(int inc)\r
 787     {\r
 788         increment = inc;\r
 789     }\r
 790 \r
 791     /**\r
 792      * DOCUMENT ME!\r
 793      *\r
 794      * @return DOCUMENT ME!\r
 795      */\r
 796     public int getIncrement()\r
 797     {\r
 798         return increment;\r
 799     }\r
 800 \r
 801     /**\r
 802      * DOCUMENT ME!\r
 803      *\r
 804      * @param y DOCUMENT ME!\r
 805      *\r
 806      * @return DOCUMENT ME!\r
 807      */\r
 808     public int getIndex(int y)\r
 809     {\r
 810         int y1 = 0;\r
 811         int starty = getStartSeq();\r
 812         int endy = getEndSeq();\r
 813 \r
 814         for (int i = starty; i <= endy; i++)\r
 815         {\r
 816             if ((i < alignment.getHeight()) &&\r
 817                     (alignment.getSequenceAt(i) != null))\r
 818             {\r
 819                 int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 820 \r
 821                 if ((y >= y1) && (y <= y2))\r
 822                 {\r
 823                     return i;\r
 824                 }\r
 825 \r
 826                 y1 = y2;\r
 827             }\r
 828             else\r
 829             {\r
 830                 return -1;\r
 831             }\r
 832         }\r
 833 \r
 834         return -1;\r
 835     }\r
 836 \r
 837     /**\r
 838      * DOCUMENT ME!\r
 839      *\r
 840      * @return DOCUMENT ME!\r
 841      */\r
 842     public ColumnSelection getColumnSelection()\r
 843     {\r
 844         return colSel;\r
 845     }\r
 846 \r
 847     /**\r
 848      * DOCUMENT ME!\r
 849      *\r
 850      * @param height DOCUMENT ME!\r
 851      */\r
 852     public void resetSeqLimits(int height)\r
 853     {\r
 854         setEndSeq(height / getCharHeight());\r
 855     }\r
 856 \r
 857     /**\r
 858      * DOCUMENT ME!\r
 859      *\r
 860      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 861      */\r
 862     public void setCurrentTree(NJTree tree)\r
 863     {\r
 864         currentTree = tree;\r
 865     }\r
 866 \r
 867     /**\r
 868      * DOCUMENT ME!\r
 869      *\r
 870      * @return DOCUMENT ME!\r
 871      */\r
 872     public NJTree getCurrentTree()\r
 873     {\r
 874         return currentTree;\r
 875     }\r
 876 \r
 877     /**\r
 878      * DOCUMENT ME!\r
 879      *\r
 880      * @param b DOCUMENT ME!\r
 881      */\r
 882     public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 883     {\r
 884         colourAppliesToAllGroups = b;\r
 885     }\r
 886 \r
 887     /**\r
 888      * DOCUMENT ME!\r
 889      *\r
 890      * @return DOCUMENT ME!\r
 891      */\r
 892     public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 893     {\r
 894         return colourAppliesToAllGroups;\r
 895     }\r
 896 \r
 897     /**\r
 898      * DOCUMENT ME!\r
 899      *\r
 900      * @return DOCUMENT ME!\r
 901      */\r
 902     public boolean getShowFullId()\r
 903     {\r
 904         return showFullId;\r
 905     }\r
 906 \r
 907     /**\r
 908      * DOCUMENT ME!\r
 909      *\r
 910      * @param b DOCUMENT ME!\r
 911      */\r
 912     public void setShowFullId(boolean b)\r
 913     {\r
 914         showFullId = b;\r
 915     }\r
 916 \r
 917     /**\r
 918      * DOCUMENT ME!\r
 919      *\r
 920      * @return DOCUMENT ME!\r
 921      */\r
 922     public boolean getShowAnnotation()\r
 923     {\r
 924         return showAnnotation;\r
 925     }\r
 926 \r
 927     /**\r
 928      * DOCUMENT ME!\r
 929      *\r
 930      * @param b DOCUMENT ME!\r
 931      */\r
 932     public void setShowAnnotation(boolean b)\r
 933     {\r
 934         showAnnotation = b;\r
 935     }\r
 936 \r
 937     /**\r
 938      * DOCUMENT ME!\r
 939      *\r
 940      * @return DOCUMENT ME!\r
 941      */\r
 942     public boolean getScaleAboveWrapped()\r
 943     {\r
 944         return scaleAboveWrapped;\r
 945     }\r
 946 \r
 947     /**\r
 948      * DOCUMENT ME!\r
 949      *\r
 950      * @return DOCUMENT ME!\r
 951      */\r
 952     public boolean getScaleLeftWrapped()\r
 953     {\r
 954         return scaleLeftWrapped;\r
 955     }\r
 956 \r
 957     /**\r
 958      * DOCUMENT ME!\r
 959      *\r
 960      * @return DOCUMENT ME!\r
 961      */\r
 962     public boolean getScaleRightWrapped()\r
 963     {\r
 964         return scaleRightWrapped;\r
 965     }\r
 966 \r
 967     /**\r
 968      * DOCUMENT ME!\r
 969      *\r
 970      * @param b DOCUMENT ME!\r
 971      */\r
 972     public void setScaleAboveWrapped(boolean b)\r
 973     {\r
 974         scaleAboveWrapped = b;\r
 975     }\r
 976 \r
 977     /**\r
 978      * DOCUMENT ME!\r
 979      *\r
 980      * @param b DOCUMENT ME!\r
 981      */\r
 982     public void setScaleLeftWrapped(boolean b)\r
 983     {\r
 984         scaleLeftWrapped = b;\r
 985     }\r
 986 \r
 987     /**\r
 988      * DOCUMENT ME!\r
 989      *\r
 990      * @param b DOCUMENT ME!\r
 991      */\r
 992     public void setScaleRightWrapped(boolean b)\r
 993     {\r
 994         scaleRightWrapped = b;\r
 995     }\r
 996 \r
 997     /**\r
 998      * DOCUMENT ME!\r
 999      *\r
1000      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1001      */\r
1002     public void addPropertyChangeListener(\r
1003         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1004     {\r
1005         changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);\r
1006     }\r
1007 \r
1008     /**\r
1009      * DOCUMENT ME!\r
1010      *\r
1011      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1012      */\r
1013     public void removePropertyChangeListener(\r
1014         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1015     {\r
1016         changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);\r
1017     }\r
1018 \r
1019     /**\r
1020      * DOCUMENT ME!\r
1021      *\r
1022      * @param prop DOCUMENT ME!\r
1023      * @param oldvalue DOCUMENT ME!\r
1024      * @param newvalue DOCUMENT ME!\r
1025      */\r
1026     public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue, Object newvalue)\r
1027     {\r
1028         changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);\r
1029     }\r
1030 }\r