src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.io.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignViewport\r
  11 {\r
  12   int startRes;\r
  13   int endRes;\r
  14 \r
  15   int startSeq;\r
  16   int endSeq;\r
  17 \r
  18   boolean showScores=false;\r
  19   boolean showText=true;\r
  20   boolean showColourText=false;\r
  21   boolean showBoxes=true;\r
  22   boolean wrapAlignment=false;\r
  23   boolean renderGaps = true;\r
  24 \r
  25   ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  26   boolean conservationColourSelected = false;\r
  27 \r
  28   SequenceGroup rubberbandGroup = null;\r
  29 \r
  30   RendererI renderer = new SequenceRenderer(this);\r
  31 \r
  32   int             charHeight;\r
  33   int             charWidth;\r
  34   int             chunkWidth;\r
  35   int             chunkHeight;\r
  36 \r
  37   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  38   AlignmentI      alignment;\r
  39 \r
  40   Selection       sel    = new Selection(this);\r
  41   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  42 \r
  43   OutputGenerator og;\r
  44 \r
  45   String visibleConsensus;\r
  46 \r
  47   int threshold;\r
  48   int increment;\r
  49 \r
  50   NJTree currentTree = null;\r
  51 \r
  52   int window   = 50;\r
  53   int baseline = 30;\r
  54 \r
  55   Vector kmers;\r
  56 \r
  57   public AlignViewport(AlignmentI da,\r
  58                        boolean showScores,\r
  59                        boolean showText,\r
  60                        boolean showBoxes,\r
  61                        boolean wrapAlignment) {\r
  62     this(0,da.getWidth()-1,0,da.getHeight()-1,showScores,\r
  63          showText,\r
  64          showBoxes,\r
  65          wrapAlignment);\r
  66 \r
  67     setAlignment(da);\r
  68   }\r
  69 \r
  70   public AlignViewport(int startRes, int endRes,\r
  71                        int startSeq, int endSeq,\r
  72                        boolean showScores,\r
  73                        boolean showText,\r
  74                        boolean showBoxes,\r
  75                        boolean wrapAlignment) {\r
  76 \r
  77     this.startRes = startRes;\r
  78     this.endRes   = endRes;\r
  79     this.startSeq = startSeq;\r
  80     this.endSeq   = endSeq;\r
  81 \r
  82     this.showScores    = showScores;\r
  83     this.showText      = showText;\r
  84     this.showBoxes     = showBoxes;\r
  85     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  86 \r
  87    // og  = new AlignmentOutputGenerator(this);\r
  88 \r
  89     setFont( font );\r
  90  }\r
  91 \r
  92 \r
  93   public String getVisibleConsensus()\r
  94   {\r
  95     return visibleConsensus;\r
  96   }\r
  97 \r
  98   Vector consensus = new Vector();\r
  99   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
 100   {\r
 101     if(recalculate || consensus.size()<1)\r
 102     {\r
 103       consensus = alignment.getAAFrequency();\r
 104       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 105       Hashtable hash = null;\r
 106       for (int i = 0; i < consensus.size(); i++)\r
 107       {\r
 108         hash = (Hashtable) consensus.elementAt(i);\r
 109         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 110       }\r
 111       visibleConsensus = sb.toString();\r
 112     }\r
 113 \r
 114 \r
 115     return consensus;\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public SequenceGroup getRubberbandGroup()\r
 119   {\r
 120     return rubberbandGroup;\r
 121   }\r
 122 \r
 123   public void setRubberbandGroup(SequenceGroup sg)\r
 124   {\r
 125     rubberbandGroup = sg;\r
 126   }\r
 127 \r
 128  public boolean getConservationSelected()\r
 129  {\r
 130    return conservationColourSelected;\r
 131  }\r
 132 \r
 133  public void setConservationSelected(boolean b)\r
 134  {\r
 135    conservationColourSelected = b;\r
 136  }\r
 137 \r
 138   public int getStartRes() {\r
 139     return startRes;\r
 140   }\r
 141 \r
 142   public int getEndRes() {\r
 143     return endRes;\r
 144   }\r
 145 \r
 146   public int getStartSeq() {\r
 147     return startSeq;\r
 148   }\r
 149 \r
 150   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 151   {\r
 152      globalColourScheme = cs;\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 156   {\r
 157     return globalColourScheme;\r
 158   }\r
 159 \r
 160 \r
 161   public void setStartRes(int res) {\r
 162     this.startRes = res;\r
 163   }\r
 164   public void setStartSeq(int seq) {\r
 165     this.startSeq = seq;\r
 166   }\r
 167   public void setEndRes(int res) {\r
 168     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 169       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 170        res = alignment.getWidth() -1;\r
 171     }\r
 172     if (res < 0) {\r
 173       res = 0;\r
 174     }\r
 175     this.endRes = res;\r
 176   }\r
 177   public void setEndSeq(int seq) {\r
 178     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 179       seq = alignment.getHeight();\r
 180     }\r
 181     if (seq < 0) {\r
 182       seq = 0;\r
 183     }\r
 184     this.endSeq = seq;\r
 185   }\r
 186   public int getEndSeq() {\r
 187     return endSeq;\r
 188   }\r
 189 \r
 190   public void setFont(Font f) {\r
 191     font = f;\r
 192     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 193     temp.addNotify();\r
 194     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 195     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 196     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 197   }\r
 198 \r
 199   public Font getFont() {\r
 200     return font;\r
 201   }\r
 202   public void setCharWidth(int w) {\r
 203     this.charWidth = w;\r
 204   }\r
 205   public int getCharWidth() {\r
 206     return charWidth;\r
 207   }\r
 208   public void setCharHeight(int h) {\r
 209     this.charHeight = h;\r
 210   }\r
 211   public int getCharHeight() {\r
 212     return charHeight;\r
 213   }\r
 214   public void setChunkWidth(int w) {\r
 215     this.chunkWidth = w;\r
 216   }\r
 217   public int getChunkWidth() {\r
 218     return chunkWidth;\r
 219   }\r
 220   public void setChunkHeight(int h) {\r
 221     this.chunkHeight = h;\r
 222   }\r
 223   public int getChunkHeight() {\r
 224     return chunkHeight;\r
 225   }\r
 226   public AlignmentI getAlignment() {\r
 227     return alignment;\r
 228   }\r
 229   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 230     this.alignment = align;\r
 231   }\r
 232   public void setShowScores(boolean state) {\r
 233     showScores = state;\r
 234   }\r
 235   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 236     wrapAlignment = state;\r
 237   }\r
 238   public void setShowText(boolean state) {\r
 239     showText = state;\r
 240   }\r
 241 \r
 242   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 243     renderGaps = state;\r
 244     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 245     {\r
 246       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 247       sr.renderGaps(state);\r
 248     }\r
 249   }\r
 250 \r
 251 \r
 252   public boolean getColourText()\r
 253   {\r
 254     return showColourText;\r
 255   }\r
 256 \r
 257   public void setColourText(boolean state)\r
 258   {\r
 259     showColourText = state;\r
 260   }\r
 261 \r
 262   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 263     showBoxes = state;\r
 264   }\r
 265   public boolean getShowScores() {\r
 266     return showScores;\r
 267   }\r
 268   public boolean getWrapAlignment() {\r
 269       return wrapAlignment;\r
 270   }\r
 271   public boolean getShowText() {\r
 272     return showText;\r
 273   }\r
 274   public boolean getShowBoxes() {\r
 275     return showBoxes;\r
 276   }\r
 277 \r
 278   public char getGapCharacter() {\r
 279     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 280   }\r
 281   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 282     if (getAlignment() != null) {\r
 283       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 284     }\r
 285   }\r
 286   public void setThreshold(int thresh) {\r
 287     threshold = thresh;\r
 288   }\r
 289   public int getThreshold() {\r
 290     return threshold;\r
 291   }\r
 292   public void setIncrement(int inc) {\r
 293     increment = inc;\r
 294   }\r
 295   public int getIncrement() {\r
 296     return increment;\r
 297   }\r
 298   public int getIndex(int y) {\r
 299     int y1     = 0;\r
 300     int starty = getStartSeq();\r
 301     int endy   = getEndSeq();\r
 302 \r
 303     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 304       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 305         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 306 \r
 307         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 308           return i;\r
 309         }\r
 310         y1  = y2;\r
 311       } else {\r
 312         return -1;\r
 313       }\r
 314     }\r
 315     return -1;\r
 316   }\r
 317   public Selection getSelection() {\r
 318     return sel;\r
 319   }\r
 320   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 321     return colSel;\r
 322   }\r
 323   public OutputGenerator getOutputGenerator() {\r
 324     return og;\r
 325   }\r
 326   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 327     setStartSeq(0);\r
 328     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 329   }\r
 330   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 331       currentTree = tree;\r
 332   }\r
 333   public NJTree getCurrentTree() {\r
 334     return currentTree;\r
 335   }\r
 336 \r
 337     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 338         this.renderer = rend;\r
 339     }\r
 340 \r
 341     public RendererI getRenderer() {\r
 342         return renderer;\r
 343     }\r
 344     public int getPIDWindow() {\r
 345         return window;\r
 346     }\r
 347     public void setPIDWindow(int window) {\r
 348         this.window = window;\r
 349     }\r
 350 \r
 351     public int getPIDBaseline() {\r
 352         return baseline;\r
 353     }\r
 354     public void setPIDBaseline(int baseline) {\r
 355         this.baseline = baseline;\r
 356     }\r
 357 \r
 358     public void setKmers(Vector kmers) {\r
 359         this.kmers = kmers;\r
 360     }\r
 361 \r
 362     public Vector getKmers() {\r
 363         return this.kmers;\r
 364     }\r
 365 \r
 366 \r
 367 }\r