src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.beans.*;\r
  22 import java.io.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import java.awt.print.*;\r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 import jalview.jbgui.*;\r
  31 import jalview.schemes.*;\r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class AlignmentPanel\r
  40     extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  41 {\r
  42   public AlignViewport av;\r
  43   OverviewPanel overviewPanel;\r
  44   SeqPanel seqPanel;\r
  45   IdPanel idPanel;\r
  46   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  47 \r
  48   /** DOCUMENT ME!! */\r
  49   public AlignFrame alignFrame;\r
  50   ScalePanel scalePanel;\r
  51   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  52   AnnotationLabels alabels;\r
  53 \r
  54   // this value is set false when selection area being dragged\r
  55   boolean fastPaint = true;\r
  56   int hextent = 0;\r
  57   int vextent = 0;\r
  58 \r
  59   /**\r
  60    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  61    *\r
  62    * @param af DOCUMENT ME!\r
  63    * @param av DOCUMENT ME!\r
  64    */\r
  65   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  66   {\r
  67     alignFrame = af;\r
  68     this.av = av;\r
  69     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  70     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  71 \r
  72     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  73 \r
  74     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  75     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  76     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  77 \r
  78     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  79     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  80 \r
  81     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  82     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  83 \r
  84     fontChanged();\r
  85 \r
  86     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  87     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  88 \r
  89     setScrollValues(0, 0);\r
  90 \r
  91     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
  92 \r
  93     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  94     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  95 \r
  96     final AlignmentPanel ap = this;\r
  97     av.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
  98     {\r
  99       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 100       {\r
 101         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 102         {\r
 103           PaintRefresher.Refresh(ap,\r
 104                                  av.getSequenceSetId(),\r
 105                                  true,\r
 106                                  true);\r
 107           alignmentChanged();\r
 108         }\r
 109       }\r
 110     });\r
 111 \r
 112     adjustAnnotationHeight();\r
 113 \r
 114   }\r
 115 \r
 116   public void alignmentChanged()\r
 117   {\r
 118     av.alignmentChanged(this);\r
 119 \r
 120     if (overviewPanel != null)\r
 121     {\r
 122       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 123     }\r
 124 \r
 125     alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 126 \r
 127     repaint();\r
 128   }\r
 129 \r
 130   /**\r
 131    * DOCUMENT ME!\r
 132    */\r
 133   public void fontChanged()\r
 134   {\r
 135     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 136     // to prevent drawing old image\r
 137     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 138 \r
 139     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 140         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 141     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 142         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 143 \r
 144     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 145     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 146     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 147 \r
 148     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 149     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 150     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 151     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 152 \r
 153     if (overviewPanel != null)\r
 154     {\r
 155       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 156     }\r
 157 \r
 158     repaint();\r
 159   }\r
 160 \r
 161   /**\r
 162    * DOCUMENT ME!\r
 163    *\r
 164    * @return DOCUMENT ME!\r
 165    */\r
 166   public Dimension calculateIdWidth()\r
 167   {\r
 168     Container c = new Container();\r
 169 \r
 170     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(\r
 171         new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));\r
 172 \r
 173     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 174 \r
 175     int i = 0;\r
 176     int idWidth = 0;\r
 177     String id;\r
 178 \r
 179     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 180     {\r
 181       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 182 \r
 183       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 184 \r
 185       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 186       {\r
 187         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 188       }\r
 189 \r
 190       i++;\r
 191     }\r
 192 \r
 193     // Also check annotation label widths\r
 194     i = 0;\r
 195 \r
 196     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 197     {\r
 198       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 199 \r
 200       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 201       {\r
 202         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 203 \r
 204         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 205         {\r
 206           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 207         }\r
 208 \r
 209         i++;\r
 210       }\r
 211     }\r
 212 \r
 213     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 214   }\r
 215 \r
 216   /**\r
 217    * DOCUMENT ME!\r
 218    *\r
 219    * @param results DOCUMENT ME!\r
 220    */\r
 221   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 222   {\r
 223     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 224 \r
 225     // do we need to scroll the panel?\r
 226     if (results != null)\r
 227     {\r
 228       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 229       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 230       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 231       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 232 \r
 233       if (!av.wrapAlignment)\r
 234       {\r
 235         if ( (av.getStartRes() > end) || (av.getEndRes() < start) ||\r
 236             ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 237         {\r
 238           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 239         }\r
 240       }\r
 241       else\r
 242       {\r
 243         scrollToWrappedVisible(start);\r
 244       }\r
 245     }\r
 246   }\r
 247 \r
 248   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 249   {\r
 250     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 251         getWidth());\r
 252     if (res <= av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))\r
 253     {\r
 254       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 255       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 256     }\r
 257   }\r
 258 \r
 259   /**\r
 260    * DOCUMENT ME!\r
 261    *\r
 262    * @return DOCUMENT ME!\r
 263    */\r
 264   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 265   {\r
 266     return overviewPanel;\r
 267   }\r
 268 \r
 269   /**\r
 270    * DOCUMENT ME!\r
 271    *\r
 272    * @param op DOCUMENT ME!\r
 273    */\r
 274   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 275   {\r
 276     overviewPanel = op;\r
 277   }\r
 278 \r
 279   /**\r
 280    * DOCUMENT ME!\r
 281    *\r
 282    * @param b DOCUMENT ME!\r
 283    */\r
 284   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 285   {\r
 286     if (!av.wrapAlignment)\r
 287     {\r
 288       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 289       annotationScroller.setVisible(b);\r
 290     }\r
 291     repaint();\r
 292   }\r
 293 \r
 294   public void adjustAnnotationHeight()\r
 295   {\r
 296     if (alignFrame.getHeight() == 0)\r
 297     {\r
 298       System.out.println("NEEDS FIXING");\r
 299     }\r
 300 \r
 301     int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 302 \r
 303     if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
 304     {\r
 305       height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
 306     }\r
 307 \r
 308     annotationScroller.setPreferredSize(\r
 309         new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
 310                       height));\r
 311 \r
 312     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 313         annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
 314         height));\r
 315 \r
 316     repaint();\r
 317   }\r
 318 \r
 319   /**\r
 320    * DOCUMENT ME!\r
 321    *\r
 322    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 323    */\r
 324   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 325   {\r
 326     av.startSeq = 0;\r
 327     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 328     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 329     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 330 \r
 331     if (wrap)\r
 332     {\r
 333       annotationScroller.setVisible(false);\r
 334       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 335     }\r
 336     else if (av.showAnnotation)\r
 337     {\r
 338       annotationScroller.setVisible(true);\r
 339       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 340     }\r
 341 \r
 342     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 343 \r
 344     repaint();\r
 345   }\r
 346 \r
 347   // return value is true if the scroll is valid\r
 348   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 349   {\r
 350     if (up)\r
 351     {\r
 352       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 353       {\r
 354         return false;\r
 355       }\r
 356 \r
 357       fastPaint = false;\r
 358       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 359     }\r
 360     else\r
 361     {\r
 362       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 363       {\r
 364         return false;\r
 365       }\r
 366 \r
 367       fastPaint = false;\r
 368       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 369     }\r
 370 \r
 371     fastPaint = true;\r
 372 \r
 373     return true;\r
 374   }\r
 375 \r
 376   /**\r
 377    * DOCUMENT ME!\r
 378    *\r
 379    * @param right DOCUMENT ME!\r
 380    *\r
 381    * @return DOCUMENT ME!\r
 382    */\r
 383   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 384   {\r
 385     if (!right)\r
 386     {\r
 387       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 388       {\r
 389         return false;\r
 390       }\r
 391 \r
 392       fastPaint = false;\r
 393       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 394     }\r
 395     else\r
 396     {\r
 397       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 398       {\r
 399         return false;\r
 400       }\r
 401 \r
 402       fastPaint = false;\r
 403       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 404     }\r
 405 \r
 406     fastPaint = true;\r
 407 \r
 408     return true;\r
 409   }\r
 410 \r
 411   /**\r
 412    * DOCUMENT ME!\r
 413    *\r
 414    * @param x DOCUMENT ME!\r
 415    * @param y DOCUMENT ME!\r
 416    */\r
 417   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 418   {\r
 419 \r
 420     int width = av.alignment.getWidth();\r
 421     int height = av.alignment.getHeight();\r
 422 \r
 423     if (av.hasHiddenColumns)\r
 424     {\r
 425       width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 426     }\r
 427 \r
 428     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) - 1);\r
 429 \r
 430     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 431     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 432 \r
 433     if (hextent > width)\r
 434     {\r
 435       hextent = width;\r
 436     }\r
 437 \r
 438     if (vextent > height)\r
 439     {\r
 440       vextent = height;\r
 441     }\r
 442 \r
 443     if ( (hextent + x) > width)\r
 444     {\r
 445       x = width - hextent;\r
 446     }\r
 447 \r
 448     if ( (vextent + y) > height)\r
 449     {\r
 450       y = height - vextent;\r
 451     }\r
 452 \r
 453     if (y < 0)\r
 454     {\r
 455       y = 0;\r
 456     }\r
 457 \r
 458     if (x < 0)\r
 459     {\r
 460       x = 0;\r
 461     }\r
 462 \r
 463     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 464     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 465   }\r
 466 \r
 467   /**\r
 468    * DOCUMENT ME!\r
 469    *\r
 470    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 471    */\r
 472   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 473   {\r
 474 \r
 475     int oldX = av.getStartRes();\r
 476     int oldY = av.getStartSeq();\r
 477 \r
 478     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 479     {\r
 480       int x = hscroll.getValue();\r
 481       av.setStartRes(x);\r
 482       av.setEndRes( (x +\r
 483                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 484     }\r
 485 \r
 486     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 487     {\r
 488       int offy = vscroll.getValue();\r
 489 \r
 490       if (av.getWrapAlignment())\r
 491       {\r
 492         if (offy > -1)\r
 493         {\r
 494           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 495               seqCanvas.getWidth());\r
 496           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
 497           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
 498         }\r
 499         else\r
 500         {\r
 501           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
 502           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
 503           //as preference setting\r
 504           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 505           {\r
 506             public void run()\r
 507             {\r
 508               setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 509             }\r
 510           });\r
 511         }\r
 512       }\r
 513       else\r
 514       {\r
 515         av.setStartSeq(offy);\r
 516         av.setEndSeq(offy +\r
 517                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 518       }\r
 519     }\r
 520 \r
 521     if (overviewPanel != null)\r
 522     {\r
 523       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 524     }\r
 525 \r
 526     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 527     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 528 \r
 529     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 530     {\r
 531       repaint();\r
 532     }\r
 533     else\r
 534     {\r
 535       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 536       // larger than the visible window\r
 537       if (scrollX > av.endRes - av.startRes)\r
 538       {\r
 539         scrollX = av.endRes - av.startRes;\r
 540       }\r
 541       else if (scrollX < av.startRes - av.endRes)\r
 542       {\r
 543         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 544       }\r
 545 \r
 546       if (scrollX != 0 || scrollY != 0)\r
 547       {\r
 548         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 549         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 550                                      scrollY);\r
 551         scalePanel.repaint();\r
 552 \r
 553         if (av.getShowAnnotation())\r
 554         {\r
 555           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 556         }\r
 557       }\r
 558     }\r
 559   }\r
 560 \r
 561   /**\r
 562    * DOCUMENT ME!\r
 563    *\r
 564    * @param g DOCUMENT ME!\r
 565    */\r
 566   public void paintComponent(Graphics g)\r
 567   {\r
 568     invalidate();\r
 569 \r
 570     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 571     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 572     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 573     validate();\r
 574 \r
 575     if (av.getWrapAlignment())\r
 576     {\r
 577       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 578 \r
 579       if (av.hasHiddenColumns)\r
 580       {\r
 581         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 582       }\r
 583 \r
 584       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 585           seqCanvas.getWidth());\r
 586       if (canvasWidth > 0)\r
 587       {\r
 588         int max = maxwidth /\r
 589             seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 590             getWidth()) +\r
 591             1;\r
 592         vscroll.setMaximum(max);\r
 593         vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 594         vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 595       }\r
 596     }\r
 597     else\r
 598     {\r
 599       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 600     }\r
 601 \r
 602     if (this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
 603         && overviewPanel != null)\r
 604     {\r
 605       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 606     }\r
 607   }\r
 608 \r
 609   /**\r
 610    * DOCUMENT ME!\r
 611    *\r
 612    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 613    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 614    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 615    *\r
 616    * @return DOCUMENT ME!\r
 617    *\r
 618    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 619    */\r
 620   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 621       throws PrinterException\r
 622   {\r
 623     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 624 \r
 625     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 626     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 627 \r
 628     if (av.getWrapAlignment())\r
 629     {\r
 630       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 631     }\r
 632     else\r
 633     {\r
 634       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 635     }\r
 636   }\r
 637 \r
 638   /**\r
 639    * DOCUMENT ME!\r
 640    *\r
 641    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 642    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 643    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 644    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 645    *\r
 646    * @return DOCUMENT ME!\r
 647    *\r
 648    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 649    */\r
 650   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 651       throws PrinterException\r
 652   {\r
 653     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 654     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 655     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 656 \r
 657     pg.setColor(Color.white);\r
 658     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 659     pg.setFont(av.getFont());\r
 660 \r
 661     ////////////////////////////////////\r
 662     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 663     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 664 \r
 665     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 666         1;\r
 667 \r
 668     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 669 \r
 670     /////////////////////////////\r
 671     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 672     int startRes;\r
 673 \r
 674     /////////////////////////////\r
 675     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 676     int endRes;\r
 677 \r
 678     /////////////////////////////\r
 679     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 680     int startSeq;\r
 681 \r
 682     /////////////////////////////\r
 683     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 684     int endSeq;\r
 685     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 686     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 687 \r
 688     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 689     {\r
 690       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 691     }\r
 692 \r
 693     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 694     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 695 \r
 696     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 697     {\r
 698       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 699     }\r
 700 \r
 701     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 702 \r
 703     if (av.showAnnotation)\r
 704     {\r
 705       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 706     }\r
 707 \r
 708     pagesHigh /= pheight;\r
 709 \r
 710     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 711     {\r
 712       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 713     }\r
 714 \r
 715     //draw Scale\r
 716     pg.translate(idWidth, 0);\r
 717     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 718     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 719 \r
 720     ////////////////\r
 721     // Draw the ids\r
 722     Color currentColor = null;\r
 723     Color currentTextColor = null;\r
 724 \r
 725     pg.setFont(idPanel.idCanvas.idfont);\r
 726 \r
 727     SequenceI seq;\r
 728     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 729     {\r
 730       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 731       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 732           av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))\r
 733       {\r
 734         currentColor = Color.gray;\r
 735         currentTextColor = Color.black;\r
 736       }\r
 737       else\r
 738       {\r
 739         currentColor = av.getSequenceColour(seq);\r
 740         currentTextColor = Color.black;\r
 741       }\r
 742 \r
 743       pg.setColor(currentColor);\r
 744       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 745                   av.getCharHeight());\r
 746 \r
 747       pg.setColor(currentTextColor);\r
 748 \r
 749       int xPos = 0;\r
 750       if (av.rightAlignIds)\r
 751       {\r
 752         fm = pg.getFontMetrics();\r
 753         xPos = idWidth - fm.stringWidth(\r
 754             seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix())\r
 755             ) - 4;\r
 756       }\r
 757 \r
 758       pg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
 759                     xPos,\r
 760                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 761                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 762     }\r
 763 \r
 764     pg.setFont(av.getFont());\r
 765 \r
 766     // draw main sequence panel\r
 767     pg.translate(idWidth, 0);\r
 768     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 769 \r
 770     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 771     {\r
 772       pg.translate( -idWidth - 3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 773       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 774       pg.translate(idWidth + 3, 0);\r
 775       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 776                                     1);\r
 777     }\r
 778 \r
 779     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 780   }\r
 781 \r
 782   /**\r
 783    * DOCUMENT ME!\r
 784    *\r
 785    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 786    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 787    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 788    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 789    *\r
 790    * @return DOCUMENT ME!\r
 791    *\r
 792    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 793    */\r
 794   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 795                                    int pi)\r
 796       throws PrinterException\r
 797   {\r
 798 \r
 799     int annotationHeight = 0;\r
 800     AnnotationLabels labels = null;\r
 801     if (av.showAnnotation)\r
 802     {\r
 803       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 804       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 805     }\r
 806 \r
 807     int hgap = av.charHeight;\r
 808     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 809     {\r
 810       hgap += av.charHeight;\r
 811     }\r
 812 \r
 813     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 814         + hgap\r
 815         + annotationHeight;\r
 816 \r
 817     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 818 \r
 819     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 820     if (av.hasHiddenColumns)\r
 821     {\r
 822       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 823     }\r
 824 \r
 825     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 826         idWidth);\r
 827 \r
 828     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
 829 \r
 830     pg.setColor(Color.white);\r
 831     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 832     pg.setFont(av.getFont());\r
 833 \r
 834     ////////////////\r
 835     // Draw the ids\r
 836     pg.setColor(Color.black);\r
 837 \r
 838     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 839 \r
 840     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 841 \r
 842     int ypos = hgap;\r
 843 \r
 844     do\r
 845     {\r
 846       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 847       {\r
 848         pg.setFont(idPanel.idCanvas.idfont);\r
 849         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 850         String string = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 851         int xPos = 0;\r
 852         if (av.rightAlignIds)\r
 853         {\r
 854           FontMetrics fm = pg.getFontMetrics();\r
 855           xPos = idWidth - fm.stringWidth(string) - 4;\r
 856         }\r
 857         pg.drawString(string, xPos,\r
 858                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 859                       (av.charHeight / 5));\r
 860       }\r
 861       if (labels != null)\r
 862       {\r
 863         pg.translate( -3,\r
 864                      ypos +\r
 865                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 866 \r
 867         pg.setFont(av.getFont());\r
 868         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 869         pg.translate( +3,\r
 870                      -ypos -\r
 871                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 872       }\r
 873 \r
 874       ypos += cHeight;\r
 875     }\r
 876     while (ypos < totalHeight);\r
 877 \r
 878     pg.translate(idWidth, 0);\r
 879 \r
 880     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 881 \r
 882     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 883     {\r
 884       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 885 \r
 886     }\r
 887     else\r
 888     {\r
 889       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 890     }\r
 891   }\r
 892 \r
 893   int getVisibleIdWidth()\r
 894   {\r
 895     return\r
 896         idPanel.getWidth() > 0 ? idPanel.getWidth() :\r
 897         calculateIdWidth().width + 4;\r
 898   }\r
 899 \r
 900   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 901   {\r
 902     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 903     if (av.hasHiddenColumns)\r
 904     {\r
 905       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
 906     }\r
 907 \r
 908     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 909     int width = getVisibleIdWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
 910 \r
 911     if (av.getWrapAlignment())\r
 912     {\r
 913       height = getWrappedHeight();\r
 914       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 915           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 916       {\r
 917         width = alignFrame.getWidth()\r
 918             - vscroll.getPreferredSize().width\r
 919             - alignFrame.getInsets().left\r
 920             - alignFrame.getInsets().right;\r
 921       }\r
 922       else\r
 923       {\r
 924         width = seqPanel.getWidth() + getVisibleIdWidth();\r
 925       }\r
 926 \r
 927     }\r
 928     else if (av.getShowAnnotation())\r
 929     {\r
 930       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 931     }\r
 932 \r
 933     try\r
 934     {\r
 935 \r
 936       jalview.util.ImageMaker im;\r
 937       if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 938       {\r
 939         im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 940                                          jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 941                                          "Create PNG image from alignment",\r
 942                                          width, height, file, null);\r
 943       }\r
 944       else\r
 945       {\r
 946         im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 947                                          jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 948                                          "Create EPS file from alignment",\r
 949                                          width, height, file,\r
 950                                          alignFrame.getTitle());\r
 951       }\r
 952 \r
 953       if (av.getWrapAlignment())\r
 954       {\r
 955         if (im.getGraphics() != null)\r
 956         {\r
 957           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 958           im.writeImage();\r
 959         }\r
 960       }\r
 961       else\r
 962       {\r
 963         if (im.getGraphics() != null)\r
 964         {\r
 965           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 966           im.writeImage();\r
 967         }\r
 968       }\r
 969     }\r
 970     catch (OutOfMemoryError err)\r
 971     {\r
 972       System.out.println("########################\n"\r
 973                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 974                          + "########################");\r
 975 \r
 976       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 977                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 978                                             +\r
 979                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 980                                             , "Out of memory",\r
 981                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 982       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
 983       System.gc();\r
 984 \r
 985     }\r
 986     catch (Exception ex)\r
 987     {\r
 988       ex.printStackTrace();\r
 989     }\r
 990   }\r
 991 \r
 992   /**\r
 993    * DOCUMENT ME!\r
 994    */\r
 995   public void makeEPS(File epsFile)\r
 996   {\r
 997     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
 998   }\r
 999 \r
1000   /**\r
1001    * DOCUMENT ME!\r
1002    */\r
1003   public void makePNG(File pngFile)\r
1004   {\r
1005     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
1006   }\r
1007 \r
1008   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
1009   {\r
1010     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
1011     //////////////////////////////////////////////\r
1012     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
1013     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
1014     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
1015 \r
1016     // Gen image map\r
1017     //////////////////////////////////\r
1018     if (imgMapFile != null)\r
1019     {\r
1020       try\r
1021       {\r
1022         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
1023             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
1024         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
1025         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
1026         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
1027         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
1028                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
1029                     + "<map name=\"Map\">");\r
1030 \r
1031         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
1032         {\r
1033           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
1034 \r
1035           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1036           SequenceFeature[] features = seq.getDatasetSequence().\r
1037               getSequenceFeatures();\r
1038           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1039           for (res = 0; res < alwidth; res++)\r
1040           {\r
1041             text = new StringBuffer();\r
1042             Object obj = null;\r
1043             if (av.alignment.isNucleotide())\r
1044             {\r
1045               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res) +\r
1046                   "");\r
1047             }\r
1048             else\r
1049             {\r
1050               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1051                   seq.getCharAt(res) + "");\r
1052             }\r
1053 \r
1054             if (obj == null)\r
1055             {\r
1056               continue;\r
1057             }\r
1058 \r
1059             String triplet = obj.toString();\r
1060             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1061             gSize = groups.length;\r
1062             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1063             {\r
1064               if (text.length() < 1)\r
1065               {\r
1066                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1067                             + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1068                             + sy + ","\r
1069                             + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1070                             + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1071                             + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1072                             + alIndex + " " + triplet);\r
1073               }\r
1074 \r
1075               if (groups[g].getStartRes() < res && groups[g].getEndRes() > res)\r
1076               {\r
1077                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1078               }\r
1079             }\r
1080 \r
1081             if (features != null)\r
1082             {\r
1083               if (text.length() < 1)\r
1084               {\r
1085                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1086                             + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1087                             + sy + ","\r
1088                             + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1089                             + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1090                             + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1091                             + alIndex + " " + triplet);\r
1092               }\r
1093               fSize = features.length;\r
1094               for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1095               {\r
1096 \r
1097                 if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1098                     (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1099                 {\r
1100                   if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1101                   {\r
1102                     if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1103                         || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1104                     {\r
1105                       text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() +\r
1106                                   ":" +\r
1107                                   features[f].getEnd());\r
1108                     }\r
1109                   }\r
1110                   else\r
1111                   {\r
1112                     text.append("<br>");\r
1113                     text.append(features[f].getType());\r
1114                     if (features[f].getDescription() != null &&\r
1115                         !features[f].\r
1116                         getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1117                     {\r
1118                       text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1119                     }\r
1120 \r
1121                     if (features[f].getValue("status") != null)\r
1122                     {\r
1123                       text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1124                     }\r
1125                   }\r
1126                 }\r
1127 \r
1128               }\r
1129             }\r
1130             if (text.length() > 1)\r
1131             {\r
1132               text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1133               out.println(text.toString());\r
1134             }\r
1135           }\r
1136         }\r
1137         out.println("</map></body></html>");\r
1138         out.close();\r
1139 \r
1140       }\r
1141       catch (Exception ex)\r
1142       {\r
1143         ex.printStackTrace();\r
1144       }\r
1145     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1146 \r
1147   }\r
1148 \r
1149   int getWrappedHeight()\r
1150   {\r
1151     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1152 \r
1153     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1154         && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1155     {\r
1156       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth()\r
1157           - getVisibleIdWidth()\r
1158           - vscroll.getPreferredSize().width\r
1159           - alignFrame.getInsets().left\r
1160           - alignFrame.getInsets().right;\r
1161     }\r
1162 \r
1163     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1164         seqPanelWidth\r
1165         );\r
1166 \r
1167     int hgap = av.charHeight;\r
1168     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1169     {\r
1170       hgap += av.charHeight;\r
1171     }\r
1172 \r
1173     int annotationHeight = 0;\r
1174     if (av.showAnnotation)\r
1175     {\r
1176       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1177     }\r
1178 \r
1179     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1180         + hgap\r
1181         + annotationHeight;\r
1182 \r
1183     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1184     if (av.hasHiddenColumns)\r
1185     {\r
1186       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1187     }\r
1188 \r
1189     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1190 \r
1191     return height;\r
1192   }\r
1193 \r
1194   /**\r
1195    * DOCUMENT ME!\r
1196    *\r
1197    * @author $author$\r
1198    * @version $Revision$\r
1199    */\r
1200   class Preview\r
1201       extends JFrame\r
1202   {\r
1203     /**\r
1204      * Creates a new Preview object.\r
1205      *\r
1206      * @param image DOCUMENT ME!\r
1207      */\r
1208     public Preview(Image image)\r
1209     {\r
1210       setResizable(true);\r
1211       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1212       setVisible(true);\r
1213       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1214       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1215       validate();\r
1216       repaint();\r
1217     }\r
1218   }\r
1219 \r
1220   /**\r
1221    * DOCUMENT ME!\r
1222    *\r
1223    * @author $author$\r
1224    * @version $Revision$\r
1225    */\r
1226   class PreviewPanel\r
1227       extends JPanel\r
1228   {\r
1229     Image image;\r
1230 \r
1231     /**\r
1232      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1233      *\r
1234      * @param image DOCUMENT ME!\r
1235      */\r
1236     public PreviewPanel(Image image)\r
1237     {\r
1238       this.image = image;\r
1239     }\r
1240 \r
1241     /**\r
1242      * DOCUMENT ME!\r
1243      *\r
1244      * @param g DOCUMENT ME!\r
1245      */\r
1246     public void paintComponent(Graphics g)\r
1247     {\r
1248       if (image != null)\r
1249       {\r
1250         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1251       }\r
1252       else\r
1253       {\r
1254         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1255       }\r
1256     }\r
1257   }\r
1258 }\r