src/jalview/gui/DrawableSequence.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 \r
   7 public class DrawableSequence implements SequenceI {\r
   8   protected boolean fastDraw = true;\r
   9   protected Color   color = Color.black;\r
  10 \r
  11   protected SequenceI sequence;\r
  12 \r
  13   ColourSchemeI cs = null;\r
  14 \r
  15   public DrawableSequence(SequenceI s) {\r
  16     this.sequence = s;\r
  17 \r
  18     _init();\r
  19   }\r
  20 \r
  21   public DrawableSequence(String name,String seq, int start, int end) {\r
  22     sequence   = new Sequence(name,seq,start,end);\r
  23 \r
  24     _init();\r
  25   }\r
  26 \r
  27   private void _init() {\r
  28 \r
  29   }\r
  30 \r
  31   public void setColourScheme(ColourSchemeI cs) {\r
  32     this.cs = cs;\r
  33   }\r
  34 \r
  35   public Color getResidueBoxColour(int i) {\r
  36     Color c = cs.findColour( sequence.getSequence(i,i+1),i,null);\r
  37     return c;\r
  38   }\r
  39 \r
  40   public void drawSequence(Graphics g,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height,boolean showScores, boolean displayBoxes, boolean displayText) {\r
  41 \r
  42     if (displayBoxes == true) {\r
  43       drawBoxes(g,start,end,x1,y1,width, height);\r
  44     }\r
  45     if (displayText == true) {\r
  46         drawText(g,start,end,x1,y1,width,height);\r
  47     }\r
  48   }\r
  49 \r
  50   public void drawBoxes(Graphics g,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height) {\r
  51     int i      = start;\r
  52     int length = getSequence().length();\r
  53 \r
  54     Color currentColor = Color.white;\r
  55 \r
  56     int curStart = x1;\r
  57     int curWidth = width;\r
  58 \r
  59     while (i <= end && i < length) {\r
  60       Color c = getResidueBoxColour(i);\r
  61 \r
  62       if (c != currentColor || c != null) {\r
  63         g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  64 \r
  65         currentColor = c;\r
  66         g.setColor(c);\r
  67 \r
  68         curStart = i;\r
  69         curWidth = width;\r
  70       } else {\r
  71         curWidth += width;\r
  72       }\r
  73 \r
  74       i++;\r
  75     }\r
  76     g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  77   }\r
  78 \r
  79   public void drawText(Graphics g, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height) {\r
  80     int pady = 2;\r
  81     g.setColor(Color.black);\r
  82 System.out.println("drawablesequence is drawing");\r
  83     // Need to find the sequence position here.\r
  84 \r
  85     if (fastDraw) {\r
  86         String s;\r
  87         if (end < getSequence().length()) {\r
  88             s = getSequence().substring(start,end+1);\r
  89         } else {\r
  90             s = getSequence().substring(start);\r
  91         }\r
  92         System.out.println(s+" "+x1+" "+y1);\r
  93       g.drawString(s,x1,y1+height-pady);\r
  94     } else {\r
  95 \r
  96       for (int i=start; i <= end; i++) {\r
  97         String s = "";\r
  98 \r
  99         if (i < end && i < getSequence().length()) {\r
 100           s = getSequence().substring(i,i+1);\r
 101         } else {\r
 102           s = getSequence().substring(i,i+1);\r
 103         }\r
 104 \r
 105 \r
 106         g.drawString(s,x1+width*(i-start),y1+height-pady);\r
 107       }\r
 108 \r
 109     }\r
 110   }\r
 111 \r
 112 \r
 113   public int getPosition(int res) {\r
 114 \r
 115     return res;\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public int getResidue(int pos) {\r
 119 \r
 120     return pos;\r
 121   }\r
 122 \r
 123   // SequenceI methods\r
 124 \r
 125   public void        setName(String name) {\r
 126     sequence.setName(name);\r
 127   }\r
 128   public String      getName() {\r
 129     return sequence.getName();\r
 130   }\r
 131   public String      getDisplayId() {\r
 132     return sequence.getDisplayId();\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public void        setStart(int start) {\r
 136     sequence.setStart(start);\r
 137   }\r
 138   public int         getStart() {\r
 139     return sequence.getStart();\r
 140   }\r
 141 \r
 142   public void        setEnd(int end) {\r
 143     sequence.setEnd(end);\r
 144   }\r
 145   public int         getEnd() {\r
 146     return sequence.getEnd();\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public int         getLength() {\r
 150     return sequence.getLength();\r
 151   }\r
 152 \r
 153   public void        setSequence(String seq) {\r
 154     sequence.setSequence(seq);\r
 155   }\r
 156   public String      getSequence() {\r
 157     return sequence.getSequence();\r
 158   }\r
 159   public String      getSequence(int start,int end) {\r
 160     return sequence.getSequence(start,end);\r
 161   }\r
 162   public char        getCharAt(int i) {\r
 163     return sequence.getCharAt(i);\r
 164   }\r
 165 \r
 166   public void        setDescription(String desc) {\r
 167     sequence.setDescription(desc);\r
 168   }\r
 169   public String      getDescription() {\r
 170     return sequence.getDescription();\r
 171   }\r
 172 \r
 173   public int         findIndex(int pos) {\r
 174     return sequence.findIndex(pos);\r
 175   }\r
 176   public int         findPosition(int i) {\r
 177     return sequence.findPosition(i);\r
 178   }\r
 179 \r
 180 \r
 181   public void deleteCharAt(int i) {\r
 182     sequence.deleteCharAt(i);\r
 183   }\r
 184 \r
 185   public void insertCharAt(int i,char c) {\r
 186     sequence.insertCharAt(i,c);\r
 187 \r
 188   }\r
 189 \r
 190   public void       insertCharAt(int i,char c,boolean chop) {\r
 191     sequence.insertCharAt(i,c,chop);\r
 192 \r
 193   }\r
 194   public Color getColor() {\r
 195     return this.color;\r
 196   }\r
 197 \r
 198   public void setColor(Color c) {\r
 199     this.color = c;\r
 200   }\r
 201 \r
 202 }\r