src/jalview/gui/JalviewChimeraXBindingModel.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import jalview.datamodel.PDBEntry;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ext.rbvi.chimera.ChimeraXCommands;
   6 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
   7 import jalview.io.DataSourceType;
   8 import jalview.structure.StructureCommand;
   9 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  10
  11 import java.util.List;
  12
  13 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraModel;
  14 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  15 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  16
  17 public class JalviewChimeraXBindingModel extends JalviewChimeraBindingModel
  18 {
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  20   public JalviewChimeraXBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  21           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  22           SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
  23   {
  24     super(chimeraViewFrame, ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  25     setStructureCommands(new ChimeraXCommands());
  26   }
  27
  28   @Override
  29   protected List<String> getChimeraPaths()
  30   {
  31     return StructureManager.getChimeraPaths(true);
  32   }
  33
  34   @Override
  35   protected void addChimeraModel(PDBEntry pe,
  36           List<ChimeraModel> modelsToMap)
  37   {
  38     /*
  39      * ChimeraX hack: force chimera model name to pdbId here
  40      */
  41     int modelNumber = chimeraMaps.size() + 1;
  42     String command = "setattr #" + modelNumber + " models name "
  43             + pe.getId();
  44     executeCommand(new StructureCommand(command), false);
  45     modelsToMap.add(new ChimeraModel(pe.getId(), ModelType.PDB_MODEL,
  46             modelNumber, 0));
  47   }
  48
  49   /**
  50    * {@inheritDoc}
  51    *
  52    * @return
  53    */
  54   @Override
  55   protected String getCommandFileExtension()
  56   {
  57     return ".cxc";
  58   }
  59
  60   /**
  61    * Returns the file extension to use for a saved viewer session file
  62    *
  63    * @return
  64    */
  65   @Override
  66   public String getSessionFileExtension()
  67   {
  68     return ".cxs";
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public String getHelpURL()
  73   {
  74     return "http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/index.html";
  75   }
  76
  77   @Override
  78   protected ViewerType getViewerType()
  79   {
  80     return ViewerType.CHIMERAX;
  81   }
  82
  83   @Override
  84   protected String getModelId(int pdbfnum, String file)
  85   {
  86     return String.valueOf(pdbfnum + 1);
  87   }
  88
  89 }